陈果夫在政治上积极反共，在经济上又为蒋介石不遗余力地卖命，为维护蒋家王朝的统治，可谓殚精竭虑，呕心沥血，用心良苦。
蒋介石对陈果夫、陈立夫兄弟百般欣赏与信任，而在感情上却与他们若即若离，所以二陈一直得不到重用，而且，蒋介石还想找机会把他们踢开。这一点，二陈开始没感觉到，后来慢慢感觉到了，但不知道是什么原因。他们不明白自己已经挡住了蒋经国升官的途径。
1933年5月，陈果夫辞去监察院副院长的职务，10月，蒋介石任命他为江苏省政府主席。
当了多年京官，现在下到地方去当地方官，似乎多有降职之嫌，但陈果夫想到下边干一番事业，也认为这是蒋对自己的考验，于是答应的很利索。
殊不知，蒋介石见陈氏兄弟身居高位后，有时也跟自己顶几句，渐渐对二陈有了疑心。蒋介石想把一切权力都揽在自己手中，但由于政务、军务缠身，分身无术，还是把一部分日常管理权让给了二陈。
从1935年起，蒋介石便在忠于自己的党棍中给陈氏兄弟物色对手，并不断调整二陈的职务。
派陈果夫到江苏省任政府主席，是蒋介石想法赶走二陈的第一步棋。
陈果夫在江苏省政府主席的位置上干了五年，仍不见蒋把他调回南京，他开始有感觉了，便给蒋介石写了辞职报告，表示自己体弱多病，不能胜任多年的政府主席。
蒋介石见陈果夫态度诚恳，且在江苏任职期间政绩突出，只好批准。
陈果夫卸任的第二天，便乘汽车前往安徽安庆，然后到江西九江，与他先前离开江苏的夫人朱明、父亲陈其业、弟弟陈立夫等人汇合，再乘轮船到武汉。
不久，武汉告急，他又迁往长沙，最后到达重庆。
陈果夫离职后，曾对今后的任职做过预料，但怎么也没想到，会被任命为中央政治学校代理教育长。
接到任职后，陈果夫一直闷闷不乐，经过在地方五年的锻炼，是准备回中央担任要职的，没承想，却离开中央，去了政校。他不仅懊悔自己未能在党内担任要职，更担心自己离开中央时间久了，有碍CC势力的发展，而蒋介石之所以不让他到中央任职，也恰恰是从这方面考虑的。
尽管陈果夫对自己的任职很不高兴，但恭敬不如从命，还是愉快地到职了，而且一心扑在教育事业上，大显身手。
但是，蒋介石还是一心想把他赶到外省地方去，而且越远越好。
1938年9月，蒋介石召见陈果夫，让他到甘肃省担任政府主席。
陈果夫吃了一惊，他离开江苏省主席的位置，是想回中央任职的，结果，没在中央任上要职，还要到大西北去，他想不开。
蒋介石见他不说话，便开导他：“你在江苏任职五年，政绩是很突出的，这说明你在省主席的职务上是称职的，这次派你去甘肃，到艰苦的环境时去锻炼，用不了三年两载，就让你回中央来。”
陈果夫吃惊地看着蒋介石，最后说：“让我考虑几天吧。”
陈果夫一连想了好几天，终于找了一个冠冕堂皇的理由来回敬蒋介石。他说：“现在抗战中兴，最好此时不主张更换甘肃省主席，军政仍应该同意，要考虑新疆盛世才的猜疑。”
蒋介石知道陈果夫是不想去，但他说的又有道理，只好放弃此议。
但蒋介石赶陈果夫离开中央的念头一直没有打消，此后，蒋介石又几次劝陈果夫下去当省主席，陈果夫均以身体不好为由加以拒绝。
1946年的一天，蒋介石召见陈果夫。
陈果夫不知何事，进屋坐在沙发上，听候蒋介石的吩咐。
蒋介石说：“浙江省主席黄季宽要辞职，这事你听说了吗？”
陈果夫不知道蒋介石这话是什么意思，对于黄季宽辞职，他确实有所耳闻，但并未在意，因为他觉得与自己无关。听蒋介石这么一问，他便说：“我现在有病卧床，当然消息也不会灵通。”
蒋介石却说：“我想让你去顶替黄的位置，不知你意下如何？”
陈果夫一听这话，立马不高兴了，忙说：“现在可当省主席之人不少，我身体尚未痊愈，此时去任此职，一若年前之任组织部长，身体既无好的希望。”
蒋介石不高兴了：“果夫，你受命组织部长时，可是欣然接受啊。”
陈果夫解释说：“在中央任职担子轻些，尚能照顾我的身体。”
蒋介石一听这话，火更大了：“你做一部分事情做得好，在中央做不好。”
陈果夫见蒋介石翻了脸，也忍不住了，多年的积怨一并发出，他提高嗓门反问蒋介石：“你说我在中央做不好，请问委座，现在中央谁做得好？”
蒋介石被问得无话可答。
这是十几年来，陈果夫第一次当面顶撞蒋介石。
蒋介石对这次谈话一直记在心里。
陈果夫不愿下去做省主席，当然不是身体的原因，他是怕被蒋介石挤出中央，使CC派失去首领而陷于衰落，虽然有陈立夫，但毕竟孤掌难鸣。
另外，陈果夫在江苏任省主席五年，深知省主席不好当。蒋介石大搞独裁专制，一切权力都集中在中央，集中在蒋介石手中，什么事都要请示蒋介石，省主席只不过是个代理人而已。
陈果夫也看出来了，蒋介石千方百计地把他挤出中央，是为了扶植太子蒋经国，想法削弱CC派的势力，越是这样，陈果夫就千方百计赖在中央不走。蒋介石也拿他没办法。
陈果夫跟蒋介石发生顶撞以后，一时觉得解气，过了一些时日，又觉得心里不踏实，同时也觉得有些委屈。
他想起了20几年以前，与蒋介石蒋经国父子的一些交往。
蒋介石对蒋经国和蒋纬国非常钟爱，他评价二子说：“经儿可教，纬儿可爱。”所以对蒋经国的教育非常关心，他对奉化的学校不满意，就把蒋经国带到上海，在上海上学。
这时，蒋介石大部分时间是追随孙中山在广东，蒋经国在上海的生活也无人照顾，就把蒋经国托给了陈果夫。
1923年2月28日，蒋介石写信给蒋经国说：“每月可于果夫哥哥处，挪零用钱3元，如果想买各种书籍，并与果夫见商定为要。”
9月4日，蒋介石又给蒋经国写信说：“如有信件可托果夫哥哥写个信封寄出，你弟处应常通函问候。”
9月13日，蒋介石给蒋经国信中说：“再嘱你请果夫哥哥寄陈舜球银20元，给其做学费。”
9月14日信中说：“我上次托果夫转交你的信，想已收到了，我在这里很好，勿念。”
10月13日，又写信说：“你有空闲的时候，可以托果夫哥哥拣几本小说来看看。但小说不能做正项功课，只可算是解心都、发性灵的读物。”
蒋介石把在上海的财产也托陈果夫代为保管，甚至把自己1000多两银子的一个存折，也交给了陈果夫。
1926年，蒋介石第一次东征后，编写《曾朝治兵语录》，邮寄上海，托陈果夫付印。
由此可见，这些年月，蒋陈可谓相交莫逆，情同手足，陈果夫也不负蒋之重托，对蒋经国关怀备至，体贴人微，尽了义务和责任，蒋经国也常夸在口，感激不尽。
蒋介石不忘陈果夫照顾蒋经国之恩，对陈果夫的身体也备加关心照顾，这一点，陈果夫当然心里也十分明白。
1943年夏，陈果夫肺病加重，蒋介石每天派人送去牛乳两磅，供陈果夫营养身体用。
1948年7月，陈果夫去上海为吴倚沧治丧，由于连日辛劳，以致肺病发作，吐血不止。蒋介石又派人专程看望，并嘱咐他悉心静养。
陈果夫的病情加重，吐的多是瘀血，新药国内少，他打听到有一种叫药牛儿海蒙柏拉斯丁的止血好药，四处托人买，怎么也买不到，蒋介石听说了，让宋美龄到中美陆军医院去想办法，又派蒋纬国向美军索取。对此，陈果夫当然感激不尽。
1948年10月9日，陈果夫过生日。许多人送来了生日蛋糕和花篮，人来人往，热闹非凡。
9时许，蒋介石和蒋经国也来了，在陈果夫家呆了一刻钟才走。一是来祝贺陈果夫的生日，二是来看望陈果夫的病。
蒋介石说：“果夫今日面色尚好。”
陈果夫说：“面色好是因病中特别设法维护肠胃。肠胃之消化系统，犹之国家之经济机构，经济健全，所以虽有病，气色仍好。”
蒋介石笑笑说：“果夫真是久病成医啊。”
陈果夫听了也苦笑起来。
蒋介石又询问：“用中医治，还是用西医治？”
陈果夫说：“现在用西医，将来培补时需要中医。”
蒋介石说：“还是西医可靠。”
陈果夫说：“就是西医不能做整个计划，又中医有参茸一类补气之药，西医都不会用。”
陈果夫心里明白，蒋介石对自己身体上的关心亦真亦假，而在政治上对自己的排斥，却是千真万确，被蒋介石一脚踢开只是时间的问题。
随着抗战后蒋介石在内战战场上的不断失利，陈果夫和他的CC派对蒋介石的忠心也开始有所动摇。
1944年，国民党六大前夕，在陈果夫、陈立夫的怂恿下，各地的CC派分子发动了一场反对朱家骅继续担任国民党中央组织部长，拥戴陈果夫重新上台的运动。
朱家骅出任组织部长是蒋介石点的将，于是CC派在大攻朱家骅的同时，也公开指责蒋介石不民主。
这时，蒋介石和美国在史迪威去留问题上正闹得不可开交，不想内部再起纠纷，而且蒋介石在未来的“六大”上继续坐“总裁”的宝座，需要CC分子的支持，所以只得向二陈和CC系妥协。
这样，朱家骅交权，陈果夫又重新担任了中央组织部长。
1945年春，CC系组织各种座谈会，该派成员在会上慷慨陈词，揭露各种政治时弊，甚至公开指责蒋介石。
陈果夫出任财政委员会主任和中央农民银行董事长，本是蒋介石让他离开政治的一种手段。而蒋军在第三次内战中连连失利，陈果夫抓住这一事实，对蒋介石政府的政治进行公开的批评。
1946年5月14日，陈果夫在日记中写道：“中国政治之不能上轨道，由于学无系统，亦无中心，学人群趋于皮毛之研究，各是其是，以至不能产生一贯之政策而成今日之局。”
1946年9月24日，陈果夫又在日记中写道：“政府之经济政策总行不通。一、为思想不纯正；二、有自私心者从中作弄；三、人事复杂，不能专心办事，事前亦不专心训练；四、事前未有准备；五、自欺欺人；六、人多而智识不足，三头六臂，如何可以做好。
陈果夫认为，造成国民党危机的有几种原因：
一、经济无办法；
二、下面基础太差；
三、留学生大半为自己，很难断定他们抱有爱国热忱；
四、文武官吏腐化；
五、上好大言者；
六、官吏习于欺骗。
陈果夫说的第五项，显然指的是蒋介石。
随着蒋介石军队在各个战场上的失败，陈果夫对蒋介石的批评指责更加尖锐。
1947年6月4日，陈果夫在国民党中央政治会议上，对与会者说：“现在情况很糟，问题不在下面，而在上面。各省主席均想做好，但制度、作风及革命工作无中心，无目标，自然会到此地步。”
蒋介石是国民党的领导核心，陈果夫声称“无中心”，显然是在指责蒋介石没有起到核心作用。
1947年12月28日，陈果夫又对蒋介石军事上的才能开始指责：“国共作战目的在经济，尤其在东北。此次攻势似甚严重，因煤与米均感困难，不能不守。”
“我由面缩成线，又有线缩成点，一切处于劣势。军力不够用，因为一重要原因，所用兵似不无问题。”
随后，陈果夫又对蒋介石的经济政策进行批评：“中央公布财政经济紧急措施办法四项，自力更生，我甚赞成，但无外援及充分准备，不免带些冒险性质，其中公务员薪水给定得太少，明定大洋一元，换取金元券二元，是物价在人民心理上比战前多加了一倍；而高级公务员薪水反而打了一个二折，比照战前则为一折，如何令人生活，将来毛病必自此起。”
1948年，蒋介石支持蒋经国在上海“打老虎”，蒋经国那种雷厉风行的手段，实际上是引起了整个国民党内部贪官污吏阶层的恐惧，所以，这些人群起而攻之，蒋介石只好停止了“打虎”运动。陈氏兄弟趁机推波助澜，最后把蒋经国赶出了上海。
解放战争后期，以蒋经国为首的三青团派逐渐崛起，企图以团代党。
二陈为此深感不安。
这天，二陈找来一些CC骨干分子密谋，大家认为，蒋经国的势力已不可忽视，这对掌管党的CC派来说，无疑是严峻的挑战。
最后，大家想出了一个妥协的办法，即“党”、“团”实行合并，与消弥三青团与CC派的矛盾。
国民党六届三中全会上，由庞镜塘等人提出了“党与团应统一领导”的提案，这一提案得到蒋介石的赞成，他也认为这是处理党团关系的最好办法。
蒋介石曾说：“党、团如再不合并统一，最后的结局惟有同归于尽。”
在国民党中常会上做出决定：“撤销三民主义共青团，归并本党。”
蒋介石为了表示不偏向三青团，便将统一事务交给陈立夫与吴铁城、陈诚具体办理，没让蒋经国插手。
1947年9月9日至13日，国民党六届四中全会暨中央党团联合会议在南京召开，会议通过了《统一中央党部党团组织案》，实现了党团合并。
二陈虽然被选为中央执行委员，但以蒋经国为首的大批原三青团骨干，却一跃成了国民党中央执行委员和中央监察委员。
二陈的如意算盘落空了，他们想合并三青团的企图被蒋氏父子代替了。
从此，“蒋家天下陈家党”的时代一去不复返了。
1948年岁尾。上海。
随着蒋家王朝末日的来临，国民党的达官贵人都开始清理财产准备外逃台湾。
此时，淮海战役已经结束，国民党以80万军队对共产党60万军队的决战，以失败而告终，平津战役打得正酣，人民解放军的大炮直指长江南岸，南京解放，全国解放已是时间的问题。
面临这种局面，陈果夫的病也一天天加重了。
一些亲朋好友来劝陈果夫到台湾养病，陈果夫故作镇静地说：“余实不能打算私事也。人生之命实不能由自己作主，如其事业可随便放弃，生命即失却主宰，余病多年而不死，即因有事业维系之故，今如放弃事业，即无命可逃。况且此时何能庸人自扰耶？”
陈果夫安慰别人，却安慰不了自己，他开始为自己的生命担忧了。
眼看病情一天天加重，连日吐血不止，再加战事慌乱，心境不佳，陈果夫精神恍惚，情绪颓废，整日不得安宁。
也许是耐不住疾病的痛苦，也许是不忍看到共产党的大炮打到上海，1948年11月15日，“不能打算私事”的陈果夫，终于拿起笔，给蒋介石写信，提出离开上海到台湾养病。
蒋介石见陈果夫确已到了苟延残喘的地步，况且也正好借此机会把他踢出政界，没加任何犹豫，当即批准。
陈果夫经过一段时间的清理财产，于12月6日晚上，登上中兴轮，前往台湾。
前来送行的有弟弟陈立夫和CC系的头头脑脑们。
陈果夫望着上海滩的万家灯火，望着上海城参差巍峨的楼宇，禁不住涌起一阵悲凉与酸楚，此次离开上海，何日再返回呢？十年？八年？也许是一辈子也回不来了。
陈立夫见陈果夫满脸的凄凉，也禁不住触景生情，想到了自己的命运，他强装笑颜地对陈果夫说：“上船吧。到台湾后好好静养身体，免得小弟牵挂。”
陈果夫长长地叹了一口气，无限惆怅地道：“人生如梦，往事如烟啊，曲直是非，自有后人评说，人命天定，何必自寻烦恼，还是自我珍重，贻养天年吧。”他朝陈立夫双手一抱，轮船启动了。
望着远去的轮船，陈立夫心中也涌起一股无名的惆怅。