1950年1月20日，蒋介石给在美国养病的李宗仁发电报，请他返台。李宗仁立即复电，表示病体须休养，未能即返。
2月4日，台北《中央日报》、《中华日报》、《扫荡报》同时发表社论，呼吁蒋介石“主领国事，统帅三军”。
2月，台北“国民大会代表”联谊会电责李宗仁不负责任，请蒋出任“总统”。
3月1日，蒋介石正式宣布：恢复他的“中华民国总统”职务。
在美国新泽西州做寓公的李宗仁立即通电，斥其荒谬。
李宗仁引证“宪法”第49条规定：“总统”，缺位时由“副总统”继位，“正、副总统”均缺位由“行政院长”代行职权，并由“立法院长”于3个月内召集“国民大会”，补选“总统”。
蒋介石复职是根据哪条“宪法”？
李宗仁眼里识得破，心里忍不过。
其实，早在1949年12月17日，李宗仁在复白崇禧、李品仙、夏威等电报时就说：“甲，请总裁考虑复职事不必提出，因复职无法律根据。
“理由是：子，总裁既已引退，即为平民，决不能恢复已放弃之职位；丑，仁之代理，非代理总裁个人，乃代理总统之职位；寅，依照宪法，缺位为死亡，总裁非死亡，亦非因故不能行使职权，第49条全不适用，故用代理字样；卯，代总统引退，则由行政院长代理，3个月后另选，不能由前任总统复职。乙、总裁派俞大维来美，要求动用经援余款9000万美元，甘介侯已函杜鲁门、艾奇逊，请将该款分用于海南、台湾两地，因该款明年2月不用即作废，故不反对。”
1950年2月13日，国民党中央非常委员会致电李宗仁，明确提出：
“同人等认为总统及统帅之职权不可再虚悬，政府更不能处于危疑奠定之境，如我公能于立法院开会以前命驾返台，主持国政，实为衷心所祷。倘公届时实在不能返国，则同人等怵于时局难危，群情殷切，惟有吁请总裁依照中常会三十八年十一月二十七日，临时会议之决议，继续行使总统职权。”
李宗仁于接电后14日复电：
“余出院后，即准备返国，嗣据医嘱，身体尚未完全复原，不能于此时遽作长途旅行。”
李宗仁的电报显然是推托之辞，他心里明白，他无论赴不赴台，是不能阻挡蒋介石复职的。
李宗仁在他的回忆录里这样解释自己的此种举动：“蒋先生复职并未使我惊异，因为事实上他早已是台湾的独裁者了。我之所以要通电斥责，原因是作为代总统身份，我至少应作诛锄叛逆的表示，以为国家法统留一丝尊严。”
蒋介石却不把李宗仁的“法统”之辩放在眼里。他称自己恢复“总统”职务乃是由于“国民大会代表的建议”，加上“多方面的肯切要求”，是“顺应群情”。
然而，蒋介石自己知道，在大陆选出的“国大”代表1300余人，如今有的已经成为北京新政协的代表，有的留在大陆，有的则不知逃向何处，随蒋介石到台湾的，远不是法定人数。
他推出“国民大会代表的建议”作为复职的依据，并不能使他的“总统”有更多的合法性。
其实，合法不合法，又奈蒋介石如何，法就是蒋家定的，天下也是蒋家的，信手拈来，想坐就坐，坐烦了就“引退”，何况，蒋介石的三次“引退”，都是被迫不得已，实际上又引而未退，想复出还不是轻而易举的事。
蒋介石复出以后，第一件事就是清理门户。
蒋介石早想好了，台湾，还是要由蒋家来“经营”，自己虽年过六旬，尚余勇可贾，但将来有一天，会把“宝座”让给亲生儿子蒋经国。
但蒋介石心里十分清楚，此时的蒋经国资历尚浅，国民党内部有一部分人不买他的账，如果眼下就把蒋经国摆在太显眼的位置，那就会弄出“蜀中无大将”的寒酸相，影响不太好。
因此，必须另外物色人选，要物色的人必须对老蒋、小蒋均忠诚不二，能够帮着老蒋支撑眼前的局面，又能保证小蒋的地位稳步上升。
谁符合这个条件呢？孔祥熙、宋子文远走高飞了，陈果夫重病在身，陈立夫又不能用，衡量来衡量去，只有陈诚最合适。蒋介石在下野前，就任命陈诚为台湾“省政府主席”。当蒋介石感到下野是不可避免的时候，便突然发表此项任命，而前任“省主席”魏道明事先毫无所知。陈诚得令后，立即自草山迁人台北，并于1949年1月5日就职。
李宗仁曾就此感慨地说：“行动的敏捷，为国民党执政以来所鲜见，由此可知，蒋先生布置的周密。”
陈诚不仅对蒋介石唯命是从，与蒋经国、蒋夫人关系也一非同寻常。陈诚的妻子谭祥是曾当过国府主席，素有“药中甘草”之称的谭延闿的女儿。
陈、谭二人结为连理，是蒋夫人亲手作媒撮合而成，谭祥并认宋美龄为干妈，从这层关系上看，陈诚也是自家人，所以，台湾的“行政院长”一职，自然非陈诚莫属了。
之后，蒋介石又任命吴国桢为台湾“省主席”。
孙立人为“陆军总司令”。
吴国桢毕业于美国普林斯顿大学，获博士学位，一向推崇资产阶级国家的一套政治，有“民主先生”之称，深受美国欣赏。
孙立人也在美国受过高等教育，在军中一副美国式作风，也很讨华盛顿喜欢。
蒋介石所以重用这两个人，自然不是看重了他们的才干，而是向美国人作出姿态，改变自己独裁者的形象，使外界认为自己有决心打破门第观念，不再任人为亲。
“海军总司令”由桂永清担任。
周至柔任“空军总司令”兼“参谋总长”。
蒋经国任“国防部”“总政治部主任”。
其他逃到台湾的国民党元老，则纷纷被打入冷宫。
白崇禧挂了一个“总统府战略顾问委员会副主任”的空名，实际上处于被软禁状态。
白崇禧和薛岳两家，都曾被蒋经国派人检查过，连地板都被挖开搜查一遍，名义说是对所有人都搜查，实际上只有白、薛两家如此。
白崇禧活得极为可怜。当“国大”罢免李宗仁“副总统”时，白崇禧也故意高举赞成罢免的票，以明心迹。每逢当局攻击李宗仁时，白崇禧毫无例外地随声附和，发表一通攻击李的言论。
何应钦当时也挂了一个空有其名的“战略顾问委员会主任”的牌子。
何应钦感到大势已去，因此，处处做出一副绝意于政坛的样子，自称是除了“三打”之外，什么也不打了，一打桥牌，二打猎，三打球。
阎锡山当了“国防部长”，却有职无权，后改为“总统府资政”。
顾祝同、汤恩伯，这些在大陆的“天之骄子”，追随蒋介石到台湾以后，统统靠边站。
风雨飘摇的局势初步稳定以后，政治的焦点开始转移到内部的统治结构方面。
1950年7月26日，蒋介石宣布酝酿已久的中国国民党改造案，开始了旨在重新分配上层统治权力，重建国民党组织的“改造运动”。
蒋介石在一次总理纪念周的集会上，对2000多名中高级干部，发表了演讲。
演讲要点是：
一、虚心接受大陆失败的教训；
二、不惜牺牲感情与颜面，彻底改造国民党；
三、他自己将鞠躬尽瘁，争取最后胜利。
在蒋介石演讲时，在座的国民党干部，还有不少人真动了感情，有的甚至落下泪来。
20多年来，蒋介石是国民党的大独裁者，什么时候说过如此感人肺腑，催人泪下的话？堂堂的蒋先生，什么时候承认过自己曾有错，并为之痛定思痛？
“西安事变”张杨兵谏，不曾使蒋承认有错；三次“下野”，多次政治风波，不曾使蒋承认有错。现在，蒋介石一股脑地把失去大陆的责任推给李宗仁，归根为“李氏贪权误国”，但也不得不婉转地承认，他自己也有不可推卸的责任。
蒋介石强调，改造中国国民党是救亡图存的唯一途径，国民党必须从痛苦的经验中寻找教训，以沉重的心情赎罪。
在消极方面，要检讨自己的错误，反省自己的缺点：
一、要把失败主义毒素彻底肃清。
二、要把派系倾轧的恶习痛切悔改；
三、要把官僚主义的作风彻底铲除。
在积极方面，首先要确定国民党的组织原则和工作方向。
中国国民党中央改造委员会于1950年8月5日正式宣布成立。
9月1日宣布《本党改造纲要》作为推行改造的根本方针。《纲要》首先宣称，改造的目标，是要确定中国国民党是“以青年知识分子及农工生产者等广大劳动民众为社会基础，以民主集权制为党的组织原则”的“革命民主政党”。
改造运动“以实现主义、尊重组织、坚持政策、深人民众、讲求效率、精诚团结”为整顿作风的准则，“以原则领导、一元领导、民主领导”作为推动工作，发展组织，执行政策的方针。
在这个总目标的基础上，又相继提出了今后的努力方针和‘’中国国民党现阶段政治主张”。
8月，蒋介石发表《本党今后努力的方针》，指出：
国民党今后努力的目标，是建设新“国家”，要从每一个党员内心改革起，做到军事、政治、经济与社会都在三民主义最高指导原则之下。逐步改革，以建立“主权独立，人民自由，政治民主，经济平等”的国家。
而努力的大原则，则是改正旧缺点，“以思想结合同志，排除派系观念，以政策指导行动，铲除官僚作风；以工作考核党员，打倒地域观念；以原则解决一切问题，抛弃人情。派系、地域一切牵挂。”
9月1日，中国国民党中央改造委员会宣布“现阶段政治主张”，提出“四大主张”。
一、坚持“反共抗俄”战争，恢复“中华民国”领土主权完整。
二、实行民生主义的社会经济措施，主张配合国家建设计划，使一般民众不受垄断投机的操纵，各行各业都有均衡合理发展的机会，国营企业应加整顿，民营企业应加扶植，以求生产的加速增进，对外贸易的尽量发展；更主张厉行所得税、遗产税、财产税，以平均社会的财富。
三、完成三民主义的民主政制，主张本着“宪政”的精神，贯彻以民主政治而奋斗的决心；保障人民基本自由，推行地方自治，为民主政治树立坚实基础。
四、积极准备“反攻大陆”。
改造纲要，努力方针及现阶段的政治主张确定之后，国民党改造运动便正式开始。
1950年9月29日，《党员归队实施办法》通过之后，《党员整肃办法》也同时通过施行。凡有下列情形者之一，均为整肃的对象：
一、有叛国通敌之行为者；
二、有跨党变节之行为者；
三、有毁纪反党之行为者；
四、有贪赃读职之行为者；
五、生活腐化，劣迹显著者
六、放弃职守，不负责任者；
七、信仰动摇，工作弛废者；
八、做不正当经营，以取暴利为目的者。
1952年2月1日，国民党中央改造委员会通过“反共抗俄总动员运动纲领”。这场运动的主旨是“联合党、政、军三方面力量，发挥‘全国’人力、物力，建设台湾基地，早日光复大陆，争取反共抗俄战争的胜利”。
国民党“改造”运动，从1950年7月26日起至1952年10月“双十”节，中国国民党第七次全国代表大会在台北阳明山开幕宣告结束，历时两年又三个月。
蒋介石认为“改造”取得了辉煌成果。
对于蒋介石来说，国民党改造运动的主要成果，却是削弱了国民党内几大老派别的政治力量，而代之以较为年轻一辈的心腹嫡系，加强了对国民党的直接控制。
就拿“国民党中央改造委员会”来说，它由16名委员组成，这16名委员是：
陈诚、谷正纲、张道藩、沈昌焕、郑彦泰、萧自诚、蒋经国、陈雪屏、张其购、谷凤翔、袁守谦、曾虚白、连震东、崔书琴、胡健中、郭澄。
这16名委员基本上都是蒋介石自己的心腹和嫡系。
陈诚、袁守谦是黄埔系统，代表军方及政治力量。
谷正纲等系党团出身，代表党务系统。
胡健中、曾虚白、崔书琴是代表党的文宣系统。
蒋经国作为“太子”自然不必说，还有一些新面孔则是蒋介石的秘书和侍从出身。
与此相对照，许多曾赫赫有名的国民党元老，在军界如何应钦、白崇禧、阎锡山却榜上无名。
政学系张群等人销声匿迹。
更让人无法接受的是，被称为“党务专家”的陈果夫。陈立夫兄弟，竟也被拒之门外。
在“四大家族”中，只有陈氏家族死心踏地的跟蒋家逃到台湾，结果等来的却是被抛弃。
陈果夫唉声叹气，郁闷难平，但到台湾后，身体一天不如一天，尽管说是安心养病，不再过问政治，但每天都在关心“改造”的消息，想到离开大陆前的几次跟蒋介石的顶撞，但那都是工作中发生的，之后，并没妨碍他忠于蒋家，失魂落魄带病有疾到台湾，却在政坛销声匿迹。
如果说陈果夫身体欠佳不被重用还可以理解的话，陈立夫年富力强，正是事业有成的季节，也被拒之门外就不可理解了。要说追随蒋介石，在“四大家族”中，陈家虽然与蒋家没有亲缘关系，但其忠诚程度，可以说是死心塌地，卖身投靠了。在二陈中，陈立夫更是忍辱负重，卑躬屈膝，为蒋家出尽了力气，现如今落到这般地步，可谓可悲而又可怜。
尽管陈氏兄弟一时感到接受不了，但也无能力抗争，对于蒋介石，他们最了解不过，想拉就拉，想踢就踢，二陈对于蒋家来说只是块“敲门砖”，大门敲开了，“敲门砖”自然会被扔到一边。
陈立夫对自己来台湾以后的政治境遇是有所预料的，尽管他没料到会这么惨，他总认为被遗弃必须有个过程，没有想到被一脚踢开。
正因为有所意料，1950年8月4日，正是国民党“改造”刚刚开场的时候，陈立夫却怀着无比凄怆的心情，以参加“道德重整会议”的名义，率全家离台赴欧了。
抛弃二陈，蒋介石实际上早就付诸行动了，具体地说，从1946年开始，蒋陈矛盾就逐步公开化。
迁台之后，CC系作为蒋家助手的利用价值降低，而阻碍蒋经国扩张势力的一面更突出了。
蒋介石心里明白，要确保蒋经国在权力再分配中得到好处，就必须排除具有实力而又是争权老手的CC系。
同时，美国对CC系的反感和陈诚与CC系的争权夺利，促使蒋介石最后下定了整肃CC的决心。
还有，由于长期以来，从国民党中央党部到各级地方党部，都为CC系所控制，不清除CC系，改造运动都无从开始，所以，将CC系挤出党务系统，是蒋介石进行改造运动的首要前提和初步目的。
蒋介石知道踢开二陈及CC系也不是轻而易举的事。一来CC系很深蒂固，兵强马壮，在国民党内部很有基础；二来自己与二陈毕竟打交道多年，交情还是有的，要把他们踢开，也要找个借口，或者寻个机会，或顺理成章，或逼他们就范。
蒋介石毕竟是蒋介石，耍手腕是他的老把戏。
从1950年6月起，凡是“中央党部”呈递蒋介石的文件，蒋一律不阅退还。国民党中央常委几次开会，蒋介石概不参加。
这下，CC系开始有“感觉”了。
6月22日，CC系大将，国民党中常委萧挣提出总裁拒不出席中常会，全体“中常委”应主动辞职，以便让总裁实施改造。
当天，国民党中常会决定采纳萧挣建议，并请于右任。居正、邹鲁三位元老晋见蒋介石，请他“宣布”改造方针。
一日，蒋介石召见陈立夫。
这是到台湾以后，蒋介石与陈立夫第一次单独谈话。
寒暄了一阵，蒋介石问陈立夫：“立夫对中央这次改造有何见教啊？”
蒋介石说着，认真察言观色，看陈立夫在面目表情上有什么变化。
陈立夫似乎明白蒋介石找他谈话的用义，知道此时此刻是话不投机半句多，于是很随便地说：“委座推行改造成就是显而易见的。”
蒋介石见陈立夫这么说，心里就踏实了，于是，他问道：“关于党部的人事安排，立夫有什么想法？”
陈立夫当即答道：“大陆失败，党、政、军三方面都应该有人出面承担责任。党的方面应由我和陈果夫承担，因此，我与果夫不宜参加党的改造。”
陈立夫之所以这样说，本是以退为进，投石问路之意，他想看蒋介石作何反应。
没料到蒋介石却顺水推舟：“好，好哇，立夫果然有自以为非的态度，敢于面对现实，值得中正敬佩。”
陈立夫却并不放过蒋介石，他心里明白，既然和蒋介石关系搞到这种程度，何必藏着掖着，委屈求全和虚与委蛇呢？陈立夫语气严肃地说：“那么，请问，委座，军事上。政治上、经济上的责任究竟由谁来承担呢？”说完，他用极少见的眼光看着蒋介石。
蒋介石默不作声，下意识地正正自己的衣服。
陈立夫见蒋介石不说话，气更不打一处来了，他说：“我党曾是拥有400万党员的大党，而来台湾的仅有7万多。2961名国大代表中，来台湾的仅有1080人，总数760名的立法委员，来台湾的约330人。至于军队、地盘、外交、经济、政治等方面的损失，则无法统计，难道这些责任也由我和果夫来负吗？”
蒋介石恼怒了：“怎么，立夫，你想教训我吗？要跟我算账，还是怎么的？”
陈立夫也不示弱：“立夫绝对没有教训总裁之意，是你说到这份上了，我不得不把我要说的话说完。”
蒋介石缓和了一下口气，接着说：“你没有参加改造，当然是不了解情况的。关于失去大陆的问题，我曾在国大会上总结过经验教训。”
蒋介石叹了口气，说：“军事上的失败，是因为国军的一班高级将领，不学无术，愚昧无知，为中外所讽讥，为社会所鄙弃。对于战略战术的修养，不仅毫无根底，而且不加切实研究，甚至连军校时期所学得一点知识，也已经抛弃殆尽。还有，自从抗战末期到现在，我们国民革命内部所表现的贪污腐化的内容和实情，真是光怪陆离，简单令人不能想象。
“至于在政治上、经济上、教育上、外交上等方面的失败，我也没有必要单独跟你陈立夫-一把原因说清楚，但是，党的失败，是因为对革命领导中心产生了动摇。关键时刻，李宗仁、白崇禧逼我下野。对于我个人，不仅不认为领袖，不认为同志，甚至视为囚犯，肆意轻侮。想起来，我感到十分痛心。”蒋介石很悲愤。
陈立夫面对蒋介石的慷慨陈词，感到很厌恶，同时，也感到鄙视，但碍于自己今后还想在政坛上有一席生息之地，他忍住了。
蒋介石见陈立夫不语，便愤然离去。
从此，蒋、陈之间的矛盾更公开、更尖锐化了。
蒋介石所设想的国民党“改造”，并不是一次单纯的思想整风运动，而是一次人事上的大调整和权力的再分配，因此，势必有人要成为此次运动中的牺牲品。
最初蒋选择的打击目标是桂系，“改造”的主要意图是以“蒋总裁”的党权压“李代总统”的政权，为蒋东山再起铺平道路。
到1950年6月，情况发生了变化，原定为“改造”主要目标的桂系已经不复存在，于是陈立夫、陈果夫和他们的CC系便成了“改造”的重点对象。
7月下旬，蒋介石下令免去陈果夫“中央财政委员会”主任职务，裁撤“中央合作金库”（原由陈果夫任董事长），裁撤“中央农民银行”（原由陈果夫任董事长）办事机构，保留名义，只留保管处，一举削去了CC系的三大经济支柱。
7月21日，蒋介石召集全体国民党中常委谈话，惟独没有通知CC系的“大炮”萧挣和邵华。
在这次会议上，蒋介石点名批评了陈立夫。
7月26日，蒋介石宣布由他个人拟定的“中央改造委员会”及“中央评议委员会”名单，除谷正纲和张道藩外，包括陈立夫在内的相当一批CC要员没有位置。
陈果夫只挂名为安慰性的“中央评议委员”，此时，他已是缠绵于病榻之上的垂危之人。
吕月初，蒋介石又下令改组由陈果夫任董事长的农业教育电影公司，让蒋经国接办，这就又削掉了CC系掌握的一大舆论阵地。
在此之前，围绕“行政院”授权问题，陈诚与CC派也闹得不可开交。
按照伪宪法规定，“行政院”向“立法院”负责，行政命令唯有经“立法院”批准才有法律效力，但在李宗仁当“代总统”时，为使亲蒋的何应钦能以“行政院长”身份抗衡李宗仁，蒋介石曾授意CC系掌握的“立法院”授予“行政院”以行政命令代法律的特权，此项特权，在李宗仁赴美后，已由“立法院”收回。
1950年3月，陈诚由台湾“省主席”升任“行政院长”，他组阁后不久即表示希望“立法院”能再度授权“行政院”，使行政命令具有法律效力。
当时“立法院长”孙科不肯去台湾，“立法院”工作由副院长陈立夫主持。
一日，陈诚当着蒋介石的面交涉此事，被陈立夫拒绝。
陈诚不肯善罢干休，遂即以“行政院”名义致函“立法院”，要求代行许多本属“立法院”的职权。
“立法院”接函后予以讨论，引起了“立法委员”的群起猛攻，迅速将此案否决。
陈诚得知授权案被否决的消息时正主持“行政院”院会，他当场大发雷霆，称授权案被否决是CC系反对所致，从此之后，“行政院长”除了陈立夫无人能够胜任，本人决心马上辞职，“行政院”院会立即休会。
这在台湾政坛上掀起了一场轩然大波。
此后，陈诚又多次向蒋介石建议，把陈立夫、萧挣等送到火烧岛监禁。
同年7月12日，在台湾的国民党中央执、监委员240人联名上书蒋介石，要求实施本党改造，清算CC派。
对此，蒋介石不得不认真考虑，不管怎么说，他与二陈的关系毕竟是渊远流长的，要他真正下决心踢开二陈，真有些为难。
经过深思熟虑和反复权衡利弊，蒋介石还是决定抛弃二陈。
7月22日，蒋介石在台北主持了国民党中常会临时会议，通过了《本党改造之措施及其程序》，会议决定授权蒋介石进选15至20人组成“中央改造委员会”，原国民党“中央执行委员会”和“中央监察委员会”均停止行使职权。
7月26日；蒋介石发表演讲说，提出成立“中央改造委员会”，负责重新组织国民党，使过去庞大的组织由大改小，撤销国民党“中央执行委员会和监察委员会”，改以“中央评议会”代替，并宣布了酝酿已久的国民党改造方案和新的“中央改造委员会、中央评议委员会”名单。
蒋介石这次发动的“改造”运动，其结果是解除了二陈为代表的CC系的党政大权。
至此，执掌国民党党权达20年之久的二陈，代替整个国民党，代替蒋介石负起大陆失败的整个责任，从而被排斥在权力之外。
至此，“蒋家天下陈家党”的历史彻底结束了。
至此，二陈在国民党中的政治生命划了一个句号。
至此，二陈所领导的CC系成了一个历史名词。
被蒋介石一脚踢开的陈立夫、陈果夫在痛苦中呻吟，在沉思中自省。
但离开政坛的现实告诉他们，必须在后半生的历史中做出新的选择。