冯玉祥见蒋介石便说：“武汉丢了，大家都很焦心，要让全国都深切明白，广州失陷，武汉撤退，都不要紧，我们抗战已入佳境，抗战到底必定胜利。”接着以三国东吴孙权拔剑砍桌为例，说明只有抗战才有生路，并劝蒋介石对众宣言，如再有敢言和者，即是汉奸国贼，必定要严办。
蒋听了表示赞成。冯玉祥又提了10多条抗日救国的建议。蒋道：“您说的都极重要，最好请您写下来给我。”
冯玉祥即写了《上委员长书》，共17条，其中包括“为整饬政治，以适应目前新阶段，实有改组政府，使成真正抗日政府之必要”等等建议。
11月初，蒋介石主持高级军事会议。蒋介石问湖南省政府主席兼保安司令张治中：“敌人来了，你们长沙怎么办？”
张治中说：“我们已构成了1000余公里的国防工事，可以凭借工事进行坚强抵抗。”
“你以为这些工事可以抵抗敌人的进犯吗？你以为省府可以在长沙待下去吗？”蒋介石已准备放弃长沙，他不愿再说守长沙的事。
张治中说：“我绝不躲避责任，绝不畏惧艰苦，愿与湖南3000万民众同生死，共患难，誓死保卫湖南！”
唐生智和冯玉祥相继发言表示坚决支持张治中誓死保卫湖南。
蒋介石说：“文白的决心很好，但事情并不是那么简单。
现在最急迫的问题是敌人来了，长沙怎么办？”
张治中恍然大悟，蒋介石并不关心湖南准备怎样抵抗敌人的进犯，而是考虑怎么处理长沙。武汉和广州失守前，不少物资和交通工具都运到了长沙，敌人来了，这些东西怎么处理，确实要有个办法。于是便说：
“长沙囤积的物资，以及运来的火车头和车皮，是否趁早运到西南去？”
蒋介石不耐烦地说：“不行！这些车头和车皮运到西南，就把铁路占满了，西南铁路要不要开车？最简单的办法，就是烧掉！”
白崇禧说：“车头和车皮恐怕不好烧吧！”
蒋介石道：“有什么不好烧的？倒上煤油，把所有的火车头和车皮都烧掉！”
张治中见蒋介石讲得那样坚决，猜想蒋还有什么想法，试探着问：“长沙呢？”
“还有什么可思索的，都用火烧了。长沙我们不能住了，也不能让敌人来住，都给我用火烧了！”
张治中内心不同意蒋介石火烧办法，但他深知蒋介石的脾气，凡是他决定的事，下级很难改变。他认为蒋没有深思熟虑，又不好当面反对，便提醒道：“长沙的物资怎么办？”
蒋介石不加思索地说：“不论什么物资，粮食也好，器材也好，凡是不能带走的东西都用火烧掉！统统烧掉！不容易烧的东西，要多准备一些煤油，就可以全部烧光了！”
冯玉祥不全同意蒋介石的意见，便道：“放火烧东西，是表示抗战的决心，可也要照顾到反攻的时候，把敌人打跑了，我们也没法住了。”
白崇禧道：“焕章兄的话有道理，值得重视。物资，特别是前方所需要的物资，是否利用空车皮运一些出去？”
“运到哪里去？放在什么地方？现在是什么时候？来得及吗？”蒋介石已成惊弓之鸟。
蒋介石见冯玉祥、白崇禧、唐生智一再支持张治中的意见，便草草结束会议。
当天晚上，蒋介石密召戴笠和长沙警备司令酆悌、警备第2团团长徐昆、长沙警察局长文重孚，叮嘱说：“局势紧急，万一日军要来，先放火烧光，任何牺牲在所不惜！”
次日，蒋介石和国民党政府军政部门暂时移到衡山。
11月12日，日军攻陷岳阳。蒋介石电令张治中：“长沙如失陷，务将全城焚毁，望事前妥密准备，勿误！”蒋介石还不放心，要侍从室副主任林蔚给张治中打电话：“我们对长沙要用焦土政策。”
张治中接电大惊，思潮起伏，矛盾苦闷已极：他在长沙工作一年多，对长沙人民有了深厚感情，怎忍使长沙人民的生命财产付之一炬？但若不执行，此为最高统帅命令，是抗令不遵。想来想去，还是把警备司令酆悌找来，示以蒋介石电令，说：“此事可否交你去办？”
酆悌前已在蒋介石面前信誓旦旦，现又见到蒋的电令便道：“舍不得孩子打不得狼，半个中国都丢得，一个长沙有什么丢不得的？既有最高统帅的命令，我就照办！”
他把文重孚、徐昆找来，说：“日军离长沙只有200多里了，上峰有令对长沙实行焦土政策，我们3人负责具体执行。”
于是这3位法西斯狂徒分头行动，各自召集军警、布置放火任务。当日深夜，3人率300余人肩背油桶，分赴全城各处，一齐纵火烧城。大火四起，初时只见火光不见人声，继尔人声大喧，哭天喊地，惨叫四起。因为火起骤然，又在深夜，居民还没明白怎么回事，就被大火吞没。那放火大军，三五人一队，每隔十户八户人家，便往房屋上洒汽油，尔后纵火焚烧。火柱升起，被风一吹，风助火势，火势越来越大，连成一片火海。长沙城惨叫哭喊惊天动地，大火映红天空。这场大火整整烧了3天3夜，长沙古城烧毁了9A10，成了一片灰烬，男女老少和伤兵烧死近3万人，烧毁100万余户人家，公私财产损失无法统计，整个长沙市只有东南角还留下一些房子。
然而日军却停留在130公里之外的岳阳，并没有来攻长沙，而且在以后的6年内长沙仍由中国军队防守。这场大火激起民众极大愤怒，国人闻之，无不切齿，坚决要求国民政府追查责任者，绳之以法以平民愤。
蒋介石见民愤汹涌，严厉训斥省主席张治中，说：“让你焚毁长沙，并没让你焚烧民众，此事当由你负全责！”命令立即写一份焚城报告上交。张治中只好把“长沙市火变——日记”呈蒋。蒋看了知道张治中的用意，怕追究责任追到他的头上。然而为维护“领袖威信”，他只能心中有数，“火变”闪烁其词，没有点明，并且还说：“我应该承担责任，没有领导好，是我的过失，请求委座严予处分，以为失职者戒！”
蒋介石要戴笠派人四出把事态查明。蒋介石也由衡山来到长沙“视察”，外国侨民以及外交使团人员纷纷找上门来：“为什么日兵未到，城先烧了？”“为什么纵火之前，不通知外侨？”蒋介石无言以答，只表示一定要严办失职人员。
蒋介石为安抚外国人，举办一个茶会，邀请长沙外侨，当面道歉。不料茶话会变成了控拆会。外国洋人纷纷诉述他们遇到的苦难，和目睹到的惨景。一位洋人说：
“蒋先生，你们这个玩笑开得实在太大了。伤兵医院没人管，伤兵们在地上乱爬惨叫，抱住看护小姐不肯放，有几位女护士就是这样活活烧死，有几位小姐头发烧光。那些伤兵一面被烧，一面惨嚎！”
蒋介石道过歉，向满目疮痍的长沙瞥了一眼，疲乏地垂下头来，用颤抖的手写道：“祸首长沙警备司令酆悌、警备2团团长徐昆、省会警察局长文重孚交由军委会高等军事法庭判决死刑。湖南省主席张治中用人不当，特予革职留任处分，并负责办理善后。”
张治中认为酆悌等人不过是执行了蒋介石焦土抗战、火烧长沙的命令，当了蒋的替死鬼，死得冤枉。他两次向蒋介石建议，可否不判死判，或者判死刑缓期2年执行。蒋介石一度认为可以考虑，旋即想起不能留下“活口”，否则说出真相，后患无穷，没有改变决定，酆悌等3人便被枪决了。国民政府又拨出10万元经费给长沙民众，以安抚人心。
长沙人不了解真实情况，颇埋怨省主席张治中，事后有人做了一副对联和匾额讥讽他，流传得很广。匾额是“张惶失措”，对联是“治湘有方，五大政策一把火；中心何忍，三个人头十万元”。这个匾额把“张治中”3字嵌在其中。但他们哪里知道这里的奥妙。
岳阳失守后，蒋介石认为抗战第二期开始了。11月25日至28日，蒋介石在湖南南岳召开了军事会议，第三、第九两个战区师长以上100余人参加。中共方面周恩来、叶剑英也应邀参加。蒋介石主持开幕式，并作长篇讲话。他说：
“自去年7月7日我们和敌人开战，直到现在，已经17个月了；我们这次抗战，依照预定的战略来划分，可以说只有两个时期，截止目前17个月的抗战为第一时期，从今以后的战争，才是第二期战争。在第一期战争中，我们虽然失去了许多土地，死伤了许多同胞，就一时的进退看，表面上我们是失败，但从整个长期的战局上说，在精神上，我们不但没有失败，而且是完全成功的。从第二期抗战开始，希望各位将领要本着我们自己对一般先烈与已死官兵所应有的责任心，以及我们对于国家民族和主义应尽的责任，殚精竭虑，集思广益，看如何才能求得一个以后作战可操必胜的具体方案。然后，以万众一心协同一致的精神，彻底实施，以完成我们第二期抗战的使命。在第二期抗战中，要政治重于军事，民众重于士兵，精神重于物质，游击重于正规，从而达到转败为胜，转守为攻的目的。”
蒋介石强调了整顿军队的必要性，要求分3期轮流整训全国的军队。说以后的抗战建国必须以建军为中心。军队素质低劣，以前作战时，阵亡官兵，多暴尸疆场，士兵逃亡也不能制止。军队所至老百姓就争相逃避，谎报军情不负责任，躲避命令，规避责任，诸如此类，以后都要加以改变。至于第一期作战中的许多重大失败，蒋介石也承认是“统帅职责所在，实不能辞其责”。
白崇禧在会上将毛泽东的《论持久战》一书介绍给蒋介石，并说要全国人民都看看。蒋介石要中共派干部担任“西南游击干部训练班”教员，讲解游击战。此事经中共中央和毛泽东同意，叶剑英任训练班副教育长，周恩来任讲师。
南岳会议根据已经变化了的战场态势，重新划分了战区，即：
第一战区，辖河南和安徽一部，司令长官卫立煌。其部队有孙连仲的第二集团军（辖第30、第42、第68军）、孔桐萱的第三集团军（辖第12军），以及战区直辖之第40、第76军。兵力有12个步兵师，1个步兵旅，1个骑兵师，1个骑兵旅和其他特别部队。
第二战区，辖山西和陕西一部，司令长官阎锡山。其部队有卫立煌兼任总司令的第14集团军（辖第14、第93、第98军）、孙蔚如的第4集团军（辖第38、第96、第47军）、曾万钟的第5集团军（辖第3、第15、第17军）、杨爱源的第6集团军（辖第61、第19、骑1军）、傅作义的第7集团军（辖新1军、第22、第35、东北挺进军）、朱德的第18集团军，以及战区直辖第9军和第71、第66师、暂1、暂2师等。
兵力有32个步兵师，14个步兵旅、5个骑兵师、3个骑兵旅和其他特种及地方部队等。
第三战区，辖苏南、皖南和浙闽两省，司令长官顾祝同。其部队有陈仪的第25集团军（辖第100军、第28师）、刘建绪的第10集团军（辖第28、第91军）、上官云相的第32集团军（辖第25、第29两军、第67师）、唐式遵的第23集团军（辖第21、第50军），以及战区直辖叶挺的新4军。兵力有22个步兵师、2个步兵旅和其他特种部队。
第四战区，辖广东广西两省，司令长官张发奎。其部队有吴奇伟第9集团军（辖第65、第4军）、余汉谋第12集团军（辖第62、第63、第66、第83军）、夏威第16集团军（辖第46、第64军）。兵力有18个步兵师、2个步兵独立旅和其他特种部队。
第五战区，辖皖西豫南鄂北诸地区，司令长官李宗仁。其部队有廖磊的豫鄂皖边区游击总队（辖第7、第48军）、张自忠第33集团军（辖第55、第59、第77军）、李品仙第二集团军（辖第84、第39军）、孙震第22集团军（辖第41、第45军）、王钻绪第29集团军（辖第44军），兵力有26个步兵师、1个骑兵师、1个骑兵旅和其他特种、保安部队。
第八战区，辖甘宁青及绥远诸地区，司令长官朱绍良。其部队有马鸿宾第17集团军（辖第81军和第168师）、门炳岳第7集团军（辖骑兵第6军），以及战区直辖第80、第82、骑5、骑2、新2军和191师。兵力有6个步兵师、9个步兵旅、4个骑兵师、4个骑兵旅和其他特种、保安部队。
第九战区，辖湘、鄂南和赣之一部。司令长官陈诚，由薛岳代理。部队有罗卓英第19集团军（辖第79、第49、第70、第78、第32军），周礨第31集团军（辖第13、第18、第92、第37、第52军）、樊松甫的湘鄂赣边区游击总队（辖第8、第73军）、龙云第一集团军（辖第58、第60、新3军）、杨森第27集团军（辖第20军）、王陵基第30集团军（辖第72军）；商震第20集团军（辖第54、第53、第87军），以及战区直辖第74军。兵力有53个步兵师，以及其他特种、游击部队。
第十战区，辖陕西之一部，司令长官蒋鼎文。部队有蒋鼎文兼任总司令的第34集团军（辖第27、第90军），战区直辖第16军。兵力有9个步兵师、1个步兵旅、一个骑兵师、1个骑兵旅，以及其他特种、保安部队。
鲁苏战区，辖苏北及山东，总司令于学忠。部队有第51、第89、第57军和一支游击总队。兵力有7个步兵师，以及其他特种、保安部队。
冀察战区、辖冀察方面，总司令鹿钟麟。部队有第99、第69、新5军和河北民团。兵力有5个步兵师、1个骑兵师，以及其他特种、游击部队。
蒋介石除了重新划分战区外，撤销了广州、西安、重庆各行营。重新设立桂林和天水两个行营，统一指挥南北两战场。同时，在沦陷区设立战场党政委员会，直属军事委员会，各沦陷区设立分会，其任务是“发动民众对敌全面抗战，并消灭伪组织，阻止敌政治、经济、文化之侵略”。
南岳军事会议后，国民军事委员会制定了《第二期作战指导方针》，其方针是：连续发动有限度之攻势与反攻，以牵制消耗敌人，策应敌后游击部队，加强敌后之控制与扰袭，化敌人后方为前方，迫敌局促于点线，阻止其全面统治与物资掠夺，粉碎其以华制华以战养战之企图；同时，抽出部队轮流整训，强化战力，准备总反攻。
蒋介石虽然也提出“转守为攻，转败为胜”，但他这只是“有限度之攻势与反攻”，而将大部队调去整训，保存实力。这样一来。日军和蒋介石各自从不同的意图和业已形成的客观态势出发，都把中国共产党领导的解放区战场，摆在抗日战争主要战场的地位。
实际上，中国抗日战争从广州、武汉陷落后，进入了第二阶段，即战略相持阶段。这一阶段的抗日战争更加呈现犬牙交错形态。中国军民从“七·七”事变后，经过一年多的奋力抗战，日军的兵力已大量消耗。随着抗日战争的扩大，战线的延长，日军的兵力越来越分散；特别是中国共产党领导的游击战争的广泛开展，敌后根据地的相继建立，使日军的后方受到日益严重的威胁；由于军费支出的剧增，租税日重，使日本国内人民厌战的心理日增；战争的长期化，使其军事进攻的锐气大受挫折，日军上下都有泥足深陷之感，各种矛盾明显地暴露出来。
战略相持阶段的出现，表明日军“速战速胜”的方针彻底破产。日军本来采用的是“闪电战”，叫嚷“三个月灭亡中国”。侵占南京前，他们便估计“南京的陷落就意味着中国政府的投降”。尔后断言攻占徐州，会促使蒋介石政权屈服或瓦解；后来又寄希望于占领广州、武汉而征服中国。日寇在战争的第一阶段，其进攻的主要矛头是针对着国民党，其口号是“反蒋反共”，或“灭党（国民党）剿共”。
日本陆军在“七·七”事变前只有17个师团，但到了1938年底扩充到34个师团，4个独立混成旅团，并把其中的31个师团和4个混成旅团近100万兵力用于中国战场，占日军全部兵力的94％以上，花了近一年半的时间，才占据了华北、华中、华南的一些主要的点和线。中国军队仍控制着绝大部分领土，它原有主力并没有被消灭，新的主力军即共产党领导的八路军、新四军正在成长起来。而此时的日军伤亡已达40万人，损失飞机700余架，舰艇100艘，消耗了大量的各种军用物资。日军的锐气日减，士气低落，已深感战争的烦闷和疲惫。
日军在后方占领区，虽有10余个师团和4个独立混成旅团担任驻守和警备，但只能控制主要城市和交通线，成为大海中的孤岛，经常处于被动挨打的境地，它的生存正在受到严重威胁。正面战线无力再发动战略进攻，后方地区又不断丢失，日本侵略者处于两头失控的艰难局面。
1938年7月，日军在苏联边境挑衅，受到苏军的猛烈反击，双方在张鼓峰发生较大规模的战斗，日军死伤1400余人，遭以惨重失败。1939年5月，日军又挑起诺蒙坎事件，先后出动五六万部队向苏军进攻，经过3个月战斗，被歼1．89万人。从此之后，日本帝国主义者不敢轻举妄动了。日本侵华战争深陷泥潭而不能自拔，使国内的阶级矛盾加剧，中产阶级动摇，知识分子烦闷，国内厌战思想和反战运动日益高涨。
日本的军费开支大幅度增长，对外贸易入超增加，海外市场开始缩小，国内黄金储备逐年减少。军事工业畸形发展，刺激物价上升，通货膨胀。而民用工业原料匮乏，电力不足，生产陷于停滞状态，大批企业倒闭，失业人数剧增。青年壮年被抽去当兵，农村劳动力不足，粮食减产，农民债台高筑，广大人民生活日益陷入困境。
由于上述一系列的困难和矛盾，迫使日本侵略者不得不在政治、军事和经济等方面改变其侵华的策略和政策，在政治上，加强了对蒋介石政府的“争取”和诱降活动。日本帝国主义者对国民党的政策由过去的军事打击为主，以政治诱降为辅，改变为以政治诱降为主，以军事打击为辅。在军事侵略战争失利的情况下，谋求以政治进攻、诱降谋略灭亡中国。并分裂国共关系，破坏抗日民族统一战线，利用蒋介石派的力量来牵制抗战最坚决的共产党，停止或减弱向蒋介石的中央军进攻，从政治上鼓励他们进行反共活动。
日军大本营陆军部于1938年11月制定了《陆军作战指导纲要》，其作战方针是：“确保占据地区，促进其安定；以坚强的长期围攻态势，扑灭残余的抗日势力。”并规定：华中方面，参加武汉会战的部队除在安庆上游留下6个师团基干兵力外，其他主要部队调往华北方面。日本侵略者改变了过去轻视共产党和只以第二等部队对付其后方的游击战和抗日根据地的政策。现在要转移其主力来对敌后战场的八路军、新四军。
日军在华北方面原有第1军、驻蒙军，现增设了第12军。
从华中、华南调来第5、第10、第27师团等部队。1939年2月，又在华北增加5个独立混成旅。同年4月，又从日本本土调来第32、第35、第36、第37师团。
1939年，八路军、新四军抗击之日军，即占其侵华总兵力的64％。日军制定“治安肃正计划”，以“巩固点（城市）线（铁路、公路）扩大面的占领”的方针，首先缩小平原游击区，扩大其占领区，并攫取平原地带的人力、物力，作为进攻山岳地带抗日根据地的准备，尔后实行分区“扫荡”，反复进行机敏神速的“讨伐”，并大肆修筑铁路、公路、碉堡和据点，实行“囚笼政策”。
日军在华北，在公路上每隔10余里，在铁路上每隔2—3里便设一据点；在湖泊地区则挖新的河沟，把我根据地分割成不相联结的若干小块。日寇利用“囚笼政策”，实行“分区扫荡、分散配置、灵活进剿”的、以绝对优势兵力“捕捉”我游击队的所谓“牛刀子战术”，“竭泽而渔”的所谓“掏水战术”，集中一路优势兵力深入急袭我中心地区的所谓“单刀直入”战术，妄图以此来消灭我八路军、新四军。