黎元洪在湖北惨杀革命党人，湖北、上海两地革命党人对黎怀有深怨巨仇，送以绰号“黎屠夫”。他们不甘坐视，纷纷酝酿誓欲将黎推倒。逃到上海的何海鸣在《民权报》上发表文章，号召与黎元洪反动政权作斗争。在上海活动的革命党人顾斌、顾开文、罗子常、罗子达等到鄂设立秘密机关，称“振武会”。总机关设在武昌城内札珠街13号，顾开文为司令长，顾斌为干事，又设分机关3处，还有许多小的秘密机关不下10处，联络有志为张振武复仇的革命党人。他们一方面鼓吹社会，揭露袁、黎勾结，镇压湖北革命党人的罪行，谓“袁、黎不死，即不能真正享共和之幸福”；另方面积极与军队中党人联络，希图乘时暴动。
驻扎城外南湖之马队第2标积极响应，计划于10月10日武昌起义周年纪念日起事。
黎元洪戒备森严。9月23日，宪兵队在嘉宾楼拿获党首1人，汉口亦获大头目黄某，立即正法。南湖马队恐事机泄漏，决定提前于24日夜12时起事，却不料24日下午城内的总机关被黎元洪的密探侦破，黎当夜派宪兵1营包围札珠街13号，将顾斌、顾开文、罗子常、罗子达等8人抓捕，将二顾二罗4人在都督府前斩首示众，其他4人监禁20年。
南湖马队2标得悉城内机关被破获，即有第2营管带集合全标官兵演说，道：“机关已破，不如趁此时攻进城内。”声称有某标某营可为接应，决不至于失败。2标标统周某亦和之，遂率全标官兵出。先攻起义门，希图乘敌不备，斩关而入，但第4师师长蔡汉卿已奉黎元洪令，事先在起义门埋伏，并在城墙上以重炮向马队轰击，击死数十人。马队后队即往扑保门进攻，那里有第1师师长黎本唐把守。蔡汉卿亦率军出城夹攻，马队官兵腹背受敌，双方激战3个多小时，至天明，马队3营仅剩1营，退回南湖本营，凫水死者甚众，仅存的400余人，犹敢恃险抵抗。黎本唐、蔡汉卿率军追随围捕，直至中午1时始逃散。对于被捕之马队官兵，有的被就地处决，有的被解至都督府或司令部正法，有的被解至阅马场杀害，标统和2营管带均被正法。
次日，黎元洪下令巡查城内各军，遇有马队2标中人，格杀勿论。又令军警稽查散兵，捉获即杀，不问口供，尸体丢进长江，连姓名、罪状均不宣布。此役死于战斗中的马队官兵200余人，湖中泅水死者数十人，被“正法”者数十人，共300余人，此外，有部分并未参加起事的马队也被误会，指为乱兵，四围合攻，当场枪杀200余人。蔡汉卿率军到南湖，又误会炮队参与起事，毙炮队数十人。
马队2标失败后，又有马队1标革命党人继起，密谋再举，结果被拿获，又处决数人。9月25日到10月中旬，又陆续破坏“振武会”机关10余处，数十人被处死。此外，在武昌周围各县：襄河、沙洋都有振武会活动，荆门、当阳等县亦有振武会分支七星会组织，均遭破坏，多人被杀。加上零散被搜捕杀害者，死者当在1000人以上。军法局收禁的人犯达500余人，以至人满为患。这次被杀的革命党人，基本上是国民党员，即原来文学社系统的革命党人，经过这次杀戮，幸存下来的极少。
黎屠夫电告袁世凯，轻描淡写地说：“正法5人，其余均弃械逃溃，暴动业已平定，现在省垣人心安谧。”他虽然这么说，但内心十分恐慌，特电袁世凯要求从直隶、江西、江苏、安徽4省派军到鄂驻扎，以资镇慑。袁世凯立即抽调北洋军1000余人到汉口，驻南湖马队附近，又命4省派军队援鄂。直隶、江西、江苏各派1营陆续到鄂驻扎。
黎元洪还采取了多种防范措施：设立鄂军稽查处，加强对革命党人的秘密侦讯；下令禁止军人参加政党、社团，已入者务须脱离，尤禁参与秘密结社或开会，违反者，则惟该管上官是问；加强警戒，各军队按照区域添班逡巡，每晚发特别口号，在险要地点酌设快炮、机关枪，巡警厅、消防厅分途巡逻街道，晚9点钟以后戒严。10月5月以后，又下紧急戒严令。
首义周年纪念日前几天的武汉，气氛异常紧张，人民均有恐惧之色，群以国庆日为不祥之日，必须度过此日，方可安枕。
10月10日，纪念会场设在前清万寿宫，宴会厅设在抱冰堂。两个场所附近皆驻军队，旁架机关枪，预防变乱。参加会议的人限制极严，各行政官署、局、所、学堂、军队只准派2名代表入场，其他一概不准入场。袁世凯这日发布大总统令，授黎元洪为人勋位，特派哈汉章前来参加武汉的纪念会，并带来授与黎元洪的嘉禾勋章1枚，以及纪念祭文一道。黎元洪佩戴此嘉禾章，在首义周年纪念会上演说，他赞颂一番“中华民国共和立宪政体”诞生，然后便把民国成立1周年“国基未固，民生未宁，秩序未复，纪纲未振，风俗未淳，奸宄未戢”等等现象归咎于坚持革命的党人。又把辛亥革命的功劳完全归于袁世凯：“元洪得有今日，武昌得有今日，中华民国得有今日，皆我大总统旋乾转坤，与各都督宣战议和。”
黎元洪演说之后，惟恐革命党会有非常举动，匆匆离开会场，连国庆宴会也未敢参加。
首义纪念日在机枪、大炮保护之下过去，但局势远未平定。1913年阴历年关，又发生“同志乞丐团”的反黎活动。同志乞丐团的主力是退伍军人。他们谋生乏术，日食维难，曾上书黎氏求筹生计，亦被置之不理。于是以胡某等为首，联合被迫遣散而生活无着的起义官兵组成同志乞丐团，设立事务所，印发传单，共谋乞丐生涯。临近旧历年关，同志乞丐团向各暴富户告贷年费，于是各“伟人巨子公馆咸有破衣无褐辈”要求资助，此去彼来，络绎不绝，甚有成群结队硬索巨数，不予不走。
黎元洪惟恐聚众，兹扰来府，别蓄隐谋，即派人携银1．2万元，交给该发起人按名遣散。同志乞丐团拒却不受。该团参与革命党人活动，组织秘密机关，准备发难。黎侦悉后，督饬军士警察日夜奔驰，皆以捕乱党、抄机关、搜军械为事。捕获之人皆由军法处秘密处死。城内宣布戒严，每日下午2时即闭城门，除军警、宪兵外，又加派正式军队2营公驻各街巷；并加派楚材号军舰逡巡武汉。特饬警厅出示禁放鞭炮，甚至不准商铺停贸闭市，不准举办庆祝活动。以至商民无不嗟怨共和反不如专制之自由也。
黎元洪即使这样防范，仍不能安枕。由于历次反黎斗争均以军队为主，他对鄂军队已不信任。同志乞丐团人数甚广，他不敢绳之以法，又苦于无法安置，便电请袁世凯设法维持，于是又一批北洋军进入湖北。
湖北革命党人几经镇压，党人被杀得寥落殆尽，稍有学望节操之士，则去之唯恐不速。南湖马队事件后，军务司正副司长蔡济民、吴醒汉辞职离去，黎元洪在革命党人累累尸骨上，逐步巩固了自己的统治地位。以后又进一步倒向袁世凯，为袁氏北洋军统一全国出力。
孙中山离开北京之后，不再过问袁世凯的政治，而一心扑在中国的铁路建设上，他为考察日本实业和解决经营铁路的经费问题，于1913年2月，与夫人卢慕贞及其子女孙科、孙婉、英文秘书宋霭龄，乘坐山城丸号轮船离开上海，前往日本。
南京临时参议院《临时约法》规定，要在其施行10个月内，需根据临时参议院制定的国会选举法，进行国会选举。袁世凯由于迫不及待地急切登上大总统宝座，要求临时参议院尽快制定出国会组织法和国会选举法。临时参议院在袁世凯的催促下，于8月3日通过了《中华民国国会组织法》和《参议院议员选举法》、《众议院议员选举法》，袁世凯以临时大总统的名义，及时予以颁布。
《国会组织法》首先确定国会由参议院和众议院组成，其次规定参议院由以下几方面议员组成：1、各省省议会每省选10名；2、蒙古选举会选27名；3、西藏选举会选10名；4、青海选举会选3名；5、中央学会选8名；6、华侨选举会选6名，总计议员274名。众议院以各地方人民选举议员组成，其名额：各省取人口比例主义，每80万人选议员1名，但由于全国人口尚未普查，普查也非一时所能办到，所以各省名额实际分配采取前清谘议局额数1A3为标准，总计议员596名。
国会议员“选举法”规定实行限制选举制。所谓限制选举，除年龄、居住期限有所限制外，最主要的是财产限制、教育限制、性别限制。具体规定是：凡有中华民国国籍的男子，年满21岁以上，于编制选举人名册以前在选举区内居满2年以上，具有下列资格之一者有选举众议员、省议员权：1、年纳直接税2元以上；2、有价值500元以上不动产；3、小学以上毕业；4、有与小学以上毕业的相当资格。其中1、2项为财产资格限制，3、4项为教育资格限制。
限制选举使一般贫苦大众被排于选举之外。相当一部分工商资产者由于无田产，又未能在小学毕业，也失去了选举权。其次，无视女界要求，拒不承认女子有选举权及被选举权。以唐群英为代表的“女子参政同盟会”，为争取政治上男女平等，从南京到北京掀起颇有声势的女子参政活动，接连两次上书临时参议院，指责参议院不承认女子选举权，是违背约法，蹂躏人权，不以女子为人，坚决要求补定“女子选举法”。一部分参议员同情，大部分参议员拒绝，未经讨论，女界要求即被打消了。
“选举法”虽然对选举资格作了种种限制，但各省登记的选民仍有4000万以上，占总人口4万万的9．98％，约每10人中便有1名选民，这较清末谘议局选举则增加24倍以上选民。“选举法”放宽了选举资格，使更多的人获得选举权，毕竟有了点民主气氛，多少体现了民主共和精神。
国会选举自1912年12上旬开始，到次年3月基本结束。
还在国会选举筹备阶段，各党派就已秣马厉兵，为全面竞选作准备，宋教仁担任了国民党代理理事长后，为了使国民党在国会选举中取得多数席位，号召党员：介绍党员，以有选举权者为标准，盖党员愈多，人才愈众。多一党员则将来多一选举权，并可多得一议员，政治上始有权力。宋教仁还说：
“我们此时虽然没有掌握着军权和政权，但世界上的民主国家，政治的权威是集中于国会的。所以，我们要停止一切运动，来专注于选举运动。我们要在国会里头获得半数以上的议席，进而在朝，就可以组成一党的责任内阁；退而在野，也可以严密的监督政府，使它有所惮而不敢妄为，应该为的，也使它有所惮而不敢不为。”
共和党也视国会选举为最注重之事，决心倾力以争。统一党于选举一事，同样不甘落后，它声称：“无论用何项手段，总以不使国民党取胜为是。”民主党虽成立最晚，但它以选举胜利激励党员说：“出而组织内阁，出而为各省省长，掌握政权，亦何所不可。”
各党激烈地竞选，而又不是通过宣传政见，而是倚仗行政手段控制选举，那选举便不可能在完全“合法”范围内进行，以至明抢暗夺，愈演愈烈，出现了种种“怪状”和“丑闻”。诸如浮报选民，竞相效尤；拉票、冒投，还有比拉票、冒投更为新奇的，就是“列名指定”，真是无奇不有；抢票、毁票，时有发生；金钱收买，变本加厉；手持手枪，威逼胁迫；那些预料不能取胜的政党，最后使出拒不到会，以为抵制。“选举法”固然有违法、舞弊情事，得向地方、高等审判厅起诉的明文规定，但司法机关通常为一党把持，很难做出公正裁决，起诉、审判，几若虚设，无法有效地制止舞弊行为的发生。
国会选举开始，人们普遍欢欣鼓舞，认为“吾国今日之国势已如是，强弱兴亡，在此一举”。但五花八门的选举作弊现象，使许多人大失所望，也引起不少选民的反感。但是，尽管暴露出上述种种污点，却并非所有选民都不珍惜自己的权利，因此卷入了唯党是争的漩涡，当选议员者，也不都是出于非法手段。有数千万选民参加的国会选举，客观上又是全国范围内的一次民主大演习，使人民平等、人民有权利决定国家事务的观念得到进一步传播。
宋教仁担任了国民党代理理事长后，成为该党最引人注目的人物。为了把中国建成一个独立富强的资产阶级民主共和国，他第一步是领导国民党夺取国会选举胜利，组织完全政党内阁。1912年10月18日，宋教仁离京南下，布置各省选举事宜，同时顺道探望离别8年的老母和妻子。不久，传来国民党初选告捷的消息，他兴奋不已，又匆匆告别亲人，继续出游。他经长沙到上海，后又到杭州与南京，到处会见国民党人，到处发表慷慨激昂的演说，他的演说没有谩骂，没有恫吓，表现了一个政治家“平心论事的风度”。他的演说，抨击袁世凯政府，反复宣传国民党的政见，满怀信心地准备组织国民党内阁，实行他的政治抱负。宋教仁的活动，博得了各界的支持。
在参众两院初选和复选中，国民党获得了压倒优势的胜利。在众议院的596个席位中，国民党获得269个，占45．1％，共和、统一、民主党为154个，占25．7％。在参议院的274个席位中，国民党获得123个，占44．9％，共和党、统一、民主党为69个，占25．2％。国民党虽未能达到超过半数的地位，但所占议席数，远远超过了其他任何政党。国民党竞选的胜利，使全党一片欢腾。但是，在国会如何开法？宪法如何制定？国民党人同袁世凯势力展开了激烈地争论。
《民权报》在上海组织欢迎国会团，发表《欢迎国会团宣言书》，倡议国会自行召集，先开预备会议于上海，再举行成立会于南京，认为这样可以保持立法机关的安全，预防北京的干涉，使议员可以自由议定宪法，选举总统。
袁氏一闻此说，即张皇失措，日夕焦虑，求所以消弭之策。首先出来替袁世凯说话的是原同盟会会员孙毓筠。他发表反对迁移国会的通电。说自行召集国会，自行择定国会地点，即是变更国都地点，欲假国会之力，迫政府使必迁南方而后已。自孙、黄入都后，南北意见已洽，今倡此议，徒今南北人心又生一重恶感，影响所及大有全国分裂之忧，小则亦起乱公安之渐。
针对孙毓筠的通电，激进派进行批驳，双方又展开了激烈的论战。
袁世凯使出种种手段，力图取消“国会欢迎团”。他暗中指使冯国璋通电进行威吓，说：“该团员竞肆其无意识谬论，冀破坏我民国初基，其罪既不容诛，其心尤不可问。国璋嫉恶如仇，爱国如命，凡有敢簧鼓其僻辞邪说，冀以动摇国本、盅惑人心者，惟有执法以随其后。”
袁世凯亲自上阵，电令程德全取消“国会欢迎团”，并通电各省：“谓人心甫定，倘再动摇，演成分裂局面，不啻自求灭亡。”
有人问袁：“上海欢迎国会团一事，甚为危险，总统当有以防其渐。”
袁答道：“这都是瞎闹，本可以不理他们，他们若真干起来，则稳健派必齐到了北京，其余暴烈派主张南都者，必不肯来，就一概不要他，一概除名，令各地方另选。如果他们不服，我自有办法。”
上海欢迎国会团成立后，曾派出代表到各地活动，并得到各地革命派的激烈进步分子的热烈响应，继上海欢迎国会团之后，在北京成立了国会地点研究会。袁世凯想尽办法，破坏欢迎国会团。利用金钱收买，允以官爵加以引诱，是袁世凯的一贯手法。袁通过孙毓筠用巨款收买了北京国会地点研究会赴上海代表石寅生，让石寅生到上海去活动，解散欢迎国会团。由于国民党稳健派不支持欢迎国会团的活动，它们的目的便不能达到。
宪法如何制定问题，袁世凯一再声明，他反对制定限制总统权力的宪法；国民党人则反复论述，宪法为一国基础，一字之出入，或关系于国本之安危，一语之增减，或关系于国民之消长，决不可忽视。袁世凯无视国会组织法“宪法由参众两院各选同数委员起草议定”之规定，企图另行成立宪法起草机构，以便加以操纵控制。在袁的授意下，江苏都督程德全发出通电说：
“夫宪法必由国会起草，表面虽似合共和原理，而实质上其弊甚大，因为国会中立法事件，极为纷繁，再益以最重之宪法草案，其不能得宽闲之时间，静一以求之，是可断言者。”
他主张由各省都督联合呈请大总统向参议院提议，仿美国各州推举代表之例，由各省都督，各举学高行修识宏才俊之士2人，一为本省者，一为非本省者，集为宪法起草委员会。草案既立，然后提交国会，再行议决。
程德全的通电，遭到国民党的猛烈抨击，但得到许多都督的通电赞同。袁世凯便利用这些通电，宣布成立宪法起草委员会，国务院选定李家驹、汪荣宝、杨度等为委员。
袁世凯的这一举动，立即遭到国民党的反对，北京国民党本部否认宪法起草委员会。不仅国民党否认，连一向支持袁世凯的黎元洪也不赞成设立宪法起草委员会。
袁世凯鉴于成立宪法起草委员会确实没有法律根据，便将起草委员会改称讨论委员会。这事又遭到国民党人的批驳，激烈抨击袁世凯有心劫夺，必欲将仅存一线之立法权摧残之无余而后快。袁世凯又将宪法讨论委员会改称宪法研究委员会，但仍遭到批驳。
国民党与袁世凯势力的争论，不限于宪法的起草权，而且涉及宪法的内容。袁世凯先是一再表示反对限制总统权力的“弱国宪法”，后来又明白地提出，宪法必须规定“国务总理及陆海军总长委任之权，为总统专有，方能为正式总统之候补员。”为适应袁世凯的要求，云南都督蔡锷、江苏都督程德全、贵州都督唐继尧、四川都督胡景伊、直隶都督冯国璋、山东都督周自齐、河南都督张镇芳、陕西都督张凤翙八省都督，致电袁世凯，提出制定宪法的4条要点，为袁世凯张目。这4条是：1、组织内阁无须取得国会同意；2、大总统任期7年以上；3、大总统有解散国会之权；4、大总统有不可裁夺之法律权。袁世凯接此电，喜出望外，立刻交给宪法研究会作为议题。
这个消息发表后，国民党人立即发表文章抨击，指责8都督逢迎袁世凯，实为无理取闹。国民党根本不承认什么宪法研究会，声言研究会的经费应该由都督自己拿出，所研究的结果，不得向国会饶舌一句。
袁世凯没有达到目的，由于舆论界的批驳，使各省所举宪法起草委员，其自好者皆电京辞不就职。这样袁世凯始终没有能建起一个“学高行修识宏才俊之士”的班子。袁世凯所成立的那个有杨度、汪荣宝、李家驹等人的“旋起旋灭”的宪法起草委员会，也始终没有得到参议院的通过。袁世凯得知参议院将他提出的“宪法起草委员会大纲案”打消的消息，大怒：“若正式政府成立，选举余为大总统，国会新订宪法对大总统责任权限过于苛刻，没有意外干涉，余不认其咎。”
除国会如何开法，宪法如何制定之外，还有选举谁做正式大总统问题。