“公民团”事件发生后，全国舆论大哗，孙中山、唐绍仪、岑春煊、章太炎均致电黎元洪，要求严惩暴徒。阁员伍廷芳、谷钟秀、张耀曾、程璧光等在阁议席上提议内阁全体辞职，段祺瑞置若罔闻。于是，阁员自行辞职。内阁原来人就不齐，这下就剩下段祺瑞和范源濂两人，而范又一直请假，实际上只有段一人在国务院办公。其实无公可办，北京政府陷于瘫痪，国会拒不议事，惟督军团大为活跃，大有包揽一切之势。
冯国璋致电北京政府，对“公民团”包围国会事件不满，斥其为法律外之行动，这是北洋派内冯氏直系军阀第一次与段氏皖系军阀不合作的表现。冯国璋和西南各省把督军团内的代表撤回。
督军团一看国会拒不通过对德宣战，便呈请黎元洪解散国会。黎元洪大怒，斥道：“简直是军人乱国。”恰巧国会呈请黎元洪免去段祺瑞的内阁总理兼陆军部长职务。于是，黎元洪便通电各省，免去段祺瑞国务总理兼陆军总长职务，以伍廷芳为代总理；任命王士珍暂代陆军总长。
段祺瑞和督军团岂肯罢休？经过一番密议，决定前往天津进行活动。不但要解散国会，还要驱走黎元洪。段发表通电称：总统发布命令，按约法规定，必须有总理副署方可生效。而黎元洪的命令，我段某未签署，因而无效。
段祺瑞的通电发表后，倪嗣冲立即宣布安徽独立。接着，河南、浙江、山东、山西、福建、陕西、奉天等省也纷纷宣告独立。不承认黎元洪免段祺瑞的命令。段祺瑞在天津成立了独立各省总统参谋处，以帝制要犯雷振春为总参谋长。
形势陡变，吓得黎元洪惶惶不可终日。他没有什么新招数，仍是一味地恳请北洋派元老徐世昌出来组阁，圆滑的徐世昌却坚辞不就。黎元洪又找王士珍，王则以曾劝黎辞职为嫌回绝。黎又请李经羲出来组阁，李经羲吓得躲在天津租界不敢出来。
黎元洪正在无计可施之时，一直保持沉默的张勋突然打来电报，表示愿进京调停。黎元洪喜出望外，立即复电张勋进京，并派出专车到徐州迎接张勋。
黎元洪没有料到，张勋是以进京调停为名，要清室复辟。他接到复电，哈哈大笑。心想，黎元洪既然已经撤了段祺瑞，我再利用督军团赶走黎元洪，岂不就可以在北京扶幼主登基，恢复大清朝了吗？
6月6日，张勋立刻带领5000辫子军，坐火车直奔天津。黎元洪听到这个消息，莫名其妙：我让他来调停，他怎么带着大队人马来了？黎元洪立即派秘书长夏寿康到天津拜会张勋，弄清原委。
夏寿康来到天津和张勋见面后，说：“我奉总统之命，前来接您。但是总统一再嘱咐，请你简从入京。”
张勋听罢，一拍桌案：“简从入京？哼！你回去告诉黎大总统，我进京调停的条件是：限3日内解散国会，否则，休怪我不负调停之责。”
西南六省纷纷表示反对倪嗣冲等独立各省军阀。孙中山于6月6日与章太炎发表联合通电，指斥倪嗣冲宣布独立为“叛逆”行为，并电促西南六省兴师讨逆。岑春煊与李烈钧自沪电粤，请即发兵讨逆。国民党系的海军总长程璧光通电各省取消独立，又与海军上将萨镇冰联名电告黎元洪：“海军全体拥护中央，惟总统之命是从。”两广巡阅使陆荣廷联络滇、黔、粤、桂四省，共谋防卫，保障东南，拥护中央。李烈钧自上海来到广东，拟联合西南各省，出师北伐，保障共和。李烈钧又与广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明联名发表通电，发起西南六省联盟，倡议公推陆荣廷为盟主，保卫约法，拥护共和，表示“一息尚存，决难坐视，只有效命，以求最后之解决”。在李烈钧的推动下，粤省已经制定了分三路北伐的计划。云南督军唐继尧也通电西南各省，建议在广州组织临时政府，遥戴黎元洪为大总统。
但西南六省军阀，只限于口诛笔伐，并不打算真的出兵北伐，只有李烈钧和少数军官是真诚响应孙中山的号召，誓师北伐，保卫共和制度。他们人少力单，左右不了西南大局。
黎元洪决定解散国会，拟好命令，邀代理国务总理伍廷芳入公府副署。伍坚决不肯，道：“余法学士也，余未见宪法许总统解散国会。余决不与闻此举，宁死不从！”
黎派人去天津请李经羲副署，李答道：“我既未就职，更说不到副署。”再谦请段祺瑞副署，段拒不接见。
张勋的辫子军的先头部队已开进了北京的天坛和先农坛。张勋所限3日已快到。王士珍见解散国会命令无人副署，张勋一旦翻脸，岂不大祸临头！于是收拾行装拟逃出北京。黎元洪闻讯，立即派江朝宗等奔赴王宅劝阻，王才未能脱身。
黎见距张勋所给时限还剩下几个小时，立即连夜召集会议。公府中空气凝固得似乎就要爆炸，忽有一人提议以步军统领江朝宗代理国务总理，江根本不是国务员，无人异议，江竟义形于色地慨然允诺，道：
“我牺牲一身，替大总统担些干系吧！”
于是，黎元洪绝处逢生，一连发了准免伍廷芳代国务总理职、任命江朝宗代理国务总理、解散国会三道命令。
避难到上海的国会议员不承认黎元洪的命令，他们联名通电说：“解散国会之命令，既总统、总理自认违法，当然无效。”
6月14日，张勋带着李经羲、张镇芳、段芝贵、雷震春、万绳权从天津乘火车直达北京。
张勋率兵入京后，以北京政府“新主人”的姿态劝各省取消独立。6月16日，张勋换上清朝全套官服，陛见清室。
清皇帝仍居住在紫禁城内，保留着小朝廷的格局。13岁的逊帝溥仪听说张求见，师傅陈宝琛给他换上朝服，并把他引到养心殿，他在那里召见了张勋。
张勋诚惶诚恐地行跪拜大礼，赞颂溥仪如何圣明。溥仪大大地夸奖了张勋几句，赐给张勋不少珍藏的古玩字画。张勋跪拜出宫。
康有为从上海化装进京。张勋赶紧上前连连施礼：“康老夫子，远道而来，一路辛苦了。”
康有为是维新之后的保皇党领袖，念念不忘皇恩浩荡。张勋和康有为可谓臭味相投，他们的联系也是由来已久。张勋在徐州时就已经让万绳栻通知在上海的康有为，要他准备溥仪复辟的诏书。
康有为把写好的诏书交给张勋，俩人又密谈了良久。
诸事安排停当，张勋、陈宝琛、刘廷琛、张镇芳、雷震春等人于6月30日晚，鼠窃狗偷般溜进清宫，参加“御前会议”，决定当晚发动政变。深夜，张勋派辫子军占据车站、邮局等要地。
7月1日凌晨4时，张勋指派梁鼎芬为清室代表，王士珍、江朝宗为民国代表，李庆璋为张勋个人代表，同到公府逼迫黎元洪退位，令其在已拟好的“奉还大政”的奏折上签名盖印。
黎元洪震怒，眼睛直视王士珍骂道：“毫无心肝，背叛民国。”又厉声对梁鼎芬说：“民国系国民公有之物，余受国民付托之重，退位一举，当以全国公民之意为从违，与个人毫无关系。君欲尽忠清室，当为清室计万全，复辟以后，余对清室即不负治安责任。”
一直交涉了两个小时，黎誓死不从，6时许，梁鼎芬等出公府。15时，王士珍、江朝宗、吴炳湘3人再入公府，要求总统退位，还政清室。黎元洪正颜厉色道：
“当问国民，余不能私相受授”。
这一天，张勋身穿朝服，率文武官员300余人拥入清宫，跪奏自己“代表22省军民真意，恭请我皇上收回政权。”
溥仪按照师傅的嘱咐，先推辞一番：“不行不行。我年纪尚轻，无才无德，难当大任。”
张勋领着众人一再磕头恳求，溥仪点了点头：“既然如此，我就勉为其难吧。”
溥仪被捧上皇位，即发布复辟诏书。
张勋和康有为文武两圣以宣统名义，张勋副署，盖上“御玺”一连发了19道伪谕，宣布废除民国纪年，改用宣统年号，捏造黎元洪“奏还大政”之奏折，并大肆封赏，封张勋为忠勇亲王、黎为一等公等。整个北京一律悬挂龙旗。
黎元洪坚决反对张勋复辟，写了一道起用段祺瑞为国务总理的命令，责成他起兵讨逆。又电请冯国璋副总统依法代行总统职权。
张勋逆历史潮流而动，他复辟清室，只有短短的12天，终于成为历史小丑。
段祺瑞在天津接到黎元洪重新任命他为国务院总理的命令后，东山再起的机会来了。他立即策动驻天津马厂的第8师师长李长泰和驻廊坊的第16混成旅旅长冯玉祥，及驻保定的曹锟等部组织讨逆军，自称讨逆总司令。
可巧，前司法部长梁启超也来到天津，运动段祺瑞讨逆，两人一拍即合。段祺瑞与众位将领商定进兵事宜后，又嘱梁启超代拟讨逆檄文。这时，冯国璋发来电报，愿与段祺瑞联合讨逆。于是，两人共同署名，发一通电，数张勋八大罪状。
段祺瑞设讨逆军总司令部于天津造币厂，任命曹锟为东路讨逆军司令，段芝责为西路讨逆军司令，吴佩孚为前敌总司令。冯国璋又任命倪嗣冲为南路讨逆军总司令，并下令褫夺了张勋两江巡阅使和安徽督军的职务。
讨逆军兵分三路攻京城。张勋决心要背城一战，可是那些复辟派大臣却都担心害怕。他们知道张勋的辫子兵只有5000人，而且战斗力差，不堪一击。张镇芳、雷震春、冯德麟3人见此，出京逃生，统统被讨逆军截住拿下，就是康有为、万绳鲊也准备逃走，背张勋而去。
7月12日凌晨，只听见北京城外“轰轰轰”，炮声连天。炮声响，辫子军闻风丧胆。张勋指挥3000辫子兵集结在天坛一带，讨逆军攻进城后，在天坛一带和辫子兵交战。张军寡不敌众，双方刚一交锋，辫子兵立刻就土崩瓦解、举旗投降。张勋一看大事不好，骑上一匹快马，直奔南河沿自己的公馆，带着家眷跑到荷兰使馆，自己躲了起来，托人把家眷送进德国医院。
至此，讨逆战争结束，从7月6日至12日，历时6天，辫子军被打死者仅70余人，讨逆军战死20余人。
溥仪于7月12日宣布退位，复辟闹剧就此收场。
7月14日，段祺瑞以“再造共和”的功臣姿态回到北京，北京欢迎总理者，何等火炽！段一进北京，立即谒见黎元洪，表示慰问，并下令缉拿民国叛逆张勋、康有为、万绳栻等人。
黎元洪立即发表通电宣布自己要去天津养病，从此以后，隐居家园，不再过问政治。
黎元洪去职，冯国璋带领1师兵力任代理大总统。冯任命亲信将领李纯调任江苏督军，陈光远调任江西督军，作为树援。段祺瑞提出傅良佐出任湖南督军，请冯任命。傅乃段氏弟子，使他督湘，一是据住长江中枢，抵制李陈；二是控制岭南一带，抵制滇粤。冯为直隶人，称直系军阀，段是安徽人，称皖系军阀。直皖军阀为争夺权力又开始斗法。
段祺瑞在梁启超的协助下，国务院顺利地通过了对德宣战。所谓对德宣战，并不是要真的出兵参战，而是以参战为名向日本借款。用大借外债充作军饷，扩充实力，实行武装统一。
财政总长梁启超颇为段祺瑞卖力，他见段对旧国会耿耿于怀，深不愿旧国会之恢复，在旧国会已解散、新国会尚未成立之际，建议召集临时参议院代行国会职权。这个建议深合段意。于是，国务院在致各省的敬电中说，国会业经解散，断无重新召集之理，有参议院行使立法职权，那无异于国会之存在。
段祺瑞不以民主选举而由地方当局指定临时参议院议员的手段，造成一个由他个人控制的临时立法机关。这一做法，受到孙中山和西南各省军阀的反对，形成了护法斗争。
孙中山在袁世凯死后，抱着息事宁人的态度，表示愿与段祺瑞合作，特派中华革命党人萧萱和叶夏声到北京，征询段对处理反袁战争善后问题的意见，并主动提出收束中华革命党的军队。与此同时，孙中山电令国内各地中华革命军罢兵息战，实现国内和平，一切俟法律解决。他分别致电山东的居正和广东的朱执信说：“袁死政局一变，我宜按兵勿动，候商黎大总统解决。”孙中山确定了“召开国会”、“息纷争，事建设”、“固国体”的方针。
国会在北京恢复后，黎元洪电请孙中山北上，并聘请孙中山为高等顾问，孙辞谢。孙中山对全党宣示今后方针曰：“约法既复，黎总统为依法继承之人，故相劝罢兵，示仗义者非为权利而动，至今后对于政府、国民监督指导，则其责任有不容逶避者。”
当时，中华革命军分布在山东、福建、广东、四川等省，有一定的实力。中华革命军将领和一些志愿从事反袁的华侨，对孙中山立即结束军事行动并解散革命军队持有异议。但孙中山力排众议，一再发出立即收束的命令。对少数抵触情绪较大的中华革命军将领，孙中山甚至采取了强硬的态度。他电告在山东的中华革命军东北军总司令居正说：“各军如不依令解散，即脱离关系。”对于华侨战士，孙中山则反复劝谕说：“假如今日军队不解散，其数不过10万，华侨队不过千数百人，其力未必能谓之无敌。惟以心力护此共和，则效力远胜于武力。”
孙中山还派廖仲恺、许崇清、蒋介石等人从上海乘轮船赴山东潍县，向中华革命军东北军传达孙中山“罢兵”之意，与居正等人面商军队收束各事。孙中山命夏重民率华侨讨袁敢死先锋队从山东潍县撤往上海徐园。孙中山亲往徐园慰问华侨敢死先锋队全体同志，发表演说，并设宴为归国从军华侨洗尘，以表中华革命党酬谢诸君之热心。
几百名敢死先锋队员需要一笔遣散费，而中华革命党财政部又缺款。孙中山命廖仲恺向各方筹借款项，得南洋烟草公司经理简照南捐助3万元，孙中山又卖掉了自己的那部小汽车，才凑足此数，每人发300元遣散旅费。廖仲恺将加拿大的华侨讨袁敢死队员马湘荐给孙中山作卫士。
在孙中山的督促下，居正等赴济南，与山东督军张怀芝和北京政府代表商定编遣中华革命军东北军事宜。不久，中华革命军东北军在潍县、高密、昌东等地交枪，由北京政府和山东督军派人编遣。
在广东，中华革命军有3个军，数万人。孙中山多次致电朱执信遣散军队。数月间，广东的中华革命军烟消云散，想留在军中学习军事的华侨同志，也被孙中山劝回南洋各埠。
陈炯明的讨逆共和军也被编遣。但陈明炯提出：“个人放弃兵权，部队不能遣散。”他是个久掌军权的人，深知保重军队的重要性。因此，他在交出军队时，谋取隐保军队之策，希望时机到来，再把军队拉出来，树旗立寨。
陈炯明派亲信马育航、钟景棠等人去广州，与广东省省长朱庆澜谈判，以“军中多属粤省退伍军官，略事改编，即成劲旅，较重新征募训练，事半功倍”为理由，要求把讨逆共和军全部改编为正式陆军。朱是北洋派官僚，与桂系军阀素无交往，和南方国民党人却有些交情。而且他初到广东，毫无基础，需要拉拢地方势力，收编军队以巩固自己的地位。陈炯明的要求正好迎合了他的需要。
朱庆澜将讨逆共和军汰弱留强，编为省警卫军20营，归朱庆澜管辖，分兵驻守东江各属。这样，陈炯明部队就借“警卫军”这一合法外衣保存下来，这支部队基本上仍在陈炯明的老部下洪兆麟、罗绍雄、熊略等人的控制下。到后来孙中山在广州组建中华民国军政府时，这支部队成为援闽粤军的基本力量。
在四川、福建的中华革命军，也都结束了军事行动，并相继解散。
不仅中华革命军完全收束，就是中华革命党，也宣布停止活动。孙中山指示中华革命党本部向各地支部发出通告，宣布不仅收束军事，一切党务亦应停止。
孙中山认为执法者已赞成共和，中国已具备了从事和平建设的环境，“破坏既终，建设方始”。孙中山为了向国人表示从事和平建设的决心，宣布从此不再过问国事。这和当时进步党人、国民党稳健派标榜的“不党主义”相仿。
孙中山为了表示与北京政府合作的诚意，接受了黎元洪颁授的大勋位，并在上海寓所举行了正式接受大勋位的仪式。他多次鼓励在上海的国民党议员北上，以便组织一个好国会，制定一部好宪法。他在欢送国会议员北上的茶话会上，向全世界公开提出以“地方自治为建国基础”的政治主张。
国会议员北上后，孙中山游历杭州、绍兴、宁波等地，行踪所至，无不发表讲演，鼓吹地方自治和直接民权。孙中山的这一救国方案，仍是以美国为模式的资产阶级政治制度。他认为，学习美国、瑞士等国家实行地方自治的制度，便能建设真正的共和，使民国名实相符。孙中山的这一设想，并不合中国国情，因为中国没有实行资产阶级民主制度的条件，所谓地方自治，只能是地方军阀割据和专政。
孙中山密切注视着北京“府院之争”的演变和督军团祸乱以及张勋复辟的表演，看到了建立护法政府的必要性和紧迫性。随着国会第二次被解散，中华民国名存实亡。奸贼当权，国家遭殃。而民主政治的历史潮流不可阻挡，国人不能容羿、浞、莽、操之徒窃据大位，时势迫亟，民国不可一日无主。他通电号召两院议员全体南下，自由集会，以存正气，以振国纪。并派刘成禺、符梦松北上欢迎，汪精卫则驻沪招待南下议员。孙中山曾一度考虑以上海为护法根据地。但上海是帝国主义和封建顽固势力集中之地，外交问题十分棘手；那里的政学会分子又是非不辨，不愿与他合作共事，复辟势力的暗流或隐或现，蠢蠢欲动；护法力量很难发展。因此，他毅然放弃上海而选择广东为护法根据地。孙中山在上海几次与海军总长程璧光磋商，希望海军也参加护法行列。
程璧光原是孙中山的朋友，老兴中会会员，即表示愿同孙中山一起护法。
程璧光在6月5日离开北京前，夜访伍廷芳，探询他对时局的看法。伍回答说：“国事至此，若图挽救，非一手一足之烈。孙中山、唐绍议、岑春煊三君虽在野，未尝一日忘国事，现皆居沪。君抵沪，必与计议，国事可为也。”
程璧光于6月9日抵沪，拜会孙中山。孙中山促其即行出师讨逆，勿以经费为虑。23日，孙中山与唐绍仪、岑春煊联名宴请程璧光于上海静安寺路哈同花园。27日，孙中山派人送银行支票30万元给程，以作护法军饷之用。7月4日，程璧光发表讨贼檄文，痛斥张勋复辟的狼子野心，宣称即日出师，挥戈北上。孙中山即在上海召集重要会议，决定率领海军南下广州，建立护法政府。孙中山把西南六省看作是“民国干净土”，认为“默观时势，江河流域已为荆棘之区。惟西南诸省拥护共和，欢迎国会”。张勋在北京复辟期间，广东省长朱庆澜派人到上海邀请孙中山组织军政府，而驻粤滇军将领张开儒也通电主张迁都广州，认为“国都既陷，政无所出。
维今大计，速迁政府，设置地点，广州为宜”。
中华革命党讨袁军事斗争结束后，已停止在华侨中筹款，孙中山决定南下护法时，经济上极为困绌，为了进行护法斗争，孙中山于1917年6月19日以总理名义通告中华革命党海外各支分部，就地恢复筹助军饷等工作。孙中山以个人名义向德国驻上海领事及上海德国犹太人、富商哈同借款140万元，解决南下广州护法的燃眉之急。
7月6日，孙中山偕夫人宋庆龄率海琛、应瑞舰离沪赴粤，章太炎、朱执信、陈炯明等同行。他们于10日抵汕头，13日，孙中山派章太炎先到广州接洽。
7月17日，孙中山等到达虎门，旋改乘江固舰抵黄埔，广东督车陈炳筼、省长朱庆澜等前往江边迎接。