皖系军阀段祺瑞虽然外有日本帝国主义的支持，内有各省皖系军阀为其政治资本，但由于他采取的卖国外交和武力统一的政策不得人心，他所建立的军事独裁政府早已处在风雨飘摇之中。
直系军阀自冯国璋死后，曹锟成为新直系的领袖，又有“后起之秀”吴佩孚在直系阵营中忽然崛起，原来风云一时的长江三督，也都唯曹锟的马首是瞻。因此，直、苏、鄂、赣4省是直系的势力范围。羽毛丰满的奉系军阀张作霖与直系结盟共同反对皖系，奉系有东北三省地盘；河南督军赵倜完全倒向直系一边，曹、张向他许下河南不易督的诺言，他更是有恃无恐了。这样直奉便有8省同盟。徐世昌也因为和段的矛盾，不满徐树铮，而成为8省联盟的支持者。
吴佩孚回到保定与曹锟一起，同江苏、奉天等省代表举行军事秘密会议。
直皖两系剑拔弩张，一触即发。徐世昌想找出一条避免战争的妙计，电告曹锟、张作霖和江苏督军李纯进京商议。李纯称病不到，曹锟借口直军回防须加布置，无法分身。只有张作霖以“调人”姿态单独应召来京。
张下车后，先访徐世昌，次访靳云鹏，后访段祺瑞。他满面春风地表示此行是以“第三者”的地位来说几句公道话。其实，张作霖兵精粮足，早有觊觎关内的心事。他提出以靳云鹏复职与撤换安福系三总长为调停方案，徐世昌请他到保定征求曹锟意见。
张作霖偕同江苏督署参谋长何思溥、江西督署参谋长李竟成及北方各督代表多人到保定。当天举行会议，提出5项条件，请张带回北京：
（1）解散安福系。
（2）靳云鹏复职。
（3）撤换北方议和总代表王揖唐。
（4）罢免安福系三总长。
（5）撤销边防军，改编后归陆军部直辖，罢免徐树铮。
张作霖带着保定方面的条件，来见段祺瑞。段对解除徐树铮的兵权，认为有困难；对于撤换安福系三总长，却可以商量。张同他一连谈了3天，段还是坚持自己的意见不肯让步。
徐世昌知道直皖火并已迫在眉睫，决心促成这场战争，用战争根除皖系在中央的势力。6月27日，他在公府召见段祺瑞和张作霖，提出一个调停方案：请安福系三总长退出内阁，徐树铮免去西北筹边使和西北边防军总司令，委为远威将军。内阁由周树模担任总理，靳云鹏继续留任陆军总长。段说话最少，对这个方案没有表示反对。
段祺瑞回去召集安福系重要人物讨论徐世昌的方案，徐树铮认为不应过分示弱，否则，我辈今后就抬不起头来。段是个意气用事的人，听了这番话，就气鼓鼓地说：“对，我们不能再让一步！”
段祺瑞便向张作霖表示：“吴佩孚区区一师长，公然要挟罢免边防大员，此风一开，中央政府威信何在！你们如果一定要罢免徐树铮，必须同时罢免吴佩孚。”
7月1日，曹锟、吴佩孚发表《直军将士告边防军将士书》，声明要铲除徐树铮和安福系。3日，曹锟、张作霖、李纯联名通电，声讨徐树铮，宣布其6大罪状，斥他祸国殃民、卖国媚外、把持权柄、破坏统一、以下弑上、以奴欺主。
7月4日，徐世昌不顾段祺瑞反对，直接下令裁撤边防军总司令，免去徐树铮西北筹边使，调任他为远威将军，今其留京供职，所部归陆军部接收管辖。
徐树铮再也忍耐不住，他带着卫队，入逼公府，迫令徐世昌罢斥曹、吴。徐世昌没有办法，被迫罢免吴佩孚本兼各职，曹锟褫职留用。
7月5日，段祺瑞下令边防军总动员，并将边防军改为定国军，在团河成立定国军总司令部，自任总司令。命徐树铮为副总司令兼参谋长，段芝贵为前敌总指挥。8日，段由团河回到北京城，在将军府召集全体阁员及军政人员，举行联席会议，决定起兵“讨伐”曹、吴。会后给徐世昌一份呈文，声讨曹吴的罪行：“曹锟逍遥津、保，嗾使吴佩孚叛变，一则要请经略4省，再则恳求增兵4旅，挟势邀常，不获不休。”
“吴佩孚驻守衡州，暗与敌通，受贿60万元，沿途使用广东毫洋，证据确凿，无可讳言。擅自撤防，叛不奉命。”“曹锟勾结陆荣廷诱惑元首，屡请起用复辟罪魁之张勋。”
曹锟宣布讨伐段、徐，将直系军队称为讨逆军。曹锟自任总司令，吴佩孚为前敌总司令。7月13日，吴佩孚通电斥段祺瑞为卖国汉奸。
张作霖由京城回到沈阳，先致电段祺瑞：“此次在京，备悉奸人百计害我三省。作霖忍无可忍，誓将亲率师旅，铲除此祸国之障碍，以解吾民之倒悬”；后致电曹锟：“我辈骨肉至交，当此危急存亡关头，不能不竭力相助。”遂将奉军第27师、28师开进关内天津北仓一带。
直皖两军在京汉、固安、京奉三线相互对峙。7月14日，直皖大战终于在京汉线上爆发。
开战后，吴佩孚设下诱敌之计，令部队稍加抵抗便后退，部队退出高碑店后，他率一部分直军绕到涿州、高碑店之间的松林店，设下地雷阵。定国军第1师师长曲同丰率部猛袭吴佩孚的军队，一举攻陷涿州、定兴，直军退出高碑店，皖军立即占领，大有鲸夺保定之势。但当这路大军进到松林店，地雷齐鸣，皖军被炸得血肉横飞，直军乘胜追杀，皖军伤亡惨重。直军北逼到涿州、琉璃河一线，便将曲同丰及其司令部高级官员全部俘获。
皖军徐树铮部追赶直军到北仓、李家嘴一带，奉军突然杀出，直奉两军合力，打得皖军人仰马翻。7月20日，徐树铮等少数人化装逃回北京。
曲同丰被俘后，在保定光园向曹锟举行献刀典礼，通电皖军反戈。南方护法军政府又发出讨段檄文，支持直系。
段祺瑞四面楚歌，厚着脸皮去见徐世昌，自请罢免官职，并撤销定国军。7月23日，直奉两军先头部队开到北京，分别接收了南北苑营房。这场酝酿了将近2年的直皖战争，只消几天工夫就结束了北京政府重新作了调整后，立即下令解散安福俱乐部，通缉徐树铮、王揖唐、段芝贵等十大祸首。并明令罢免长江上游警备总司令吴光新。湖北督军王占元未等这道命令到达，便把吴光新逮捕判刑。虽然徐树铮等逃往日本，但皖系作为一种政治势力，从此一蹶不振。
直皖战争后，曹锟被任命为直、鲁、豫三省巡阅使，吴佩孚为副使。吴不注重虚名，他认为，一切都得靠军事实力，他率领第3师进驻洛阳，成立了直鲁豫巡阅副使署。他在那里潜心练兵，韬光养晦，准备有朝一日争夺天下霸权。
直皖战争后的北洋政府，表面上是徐世昌为总统，靳云鹏为国务总理，但实权在曹锟、张作霖手里。直奉两系的矛盾又渐渐显露出来，中国大地上酝酿着直奉战争。
孙中山由广州回到上海，他心情虽然十分痛苦，但并没有向恶势力屈服，而是发愤闭门著书，总结奔走国事30余年的经验，以此来启发国民，唤起新社会，到异日时机成熟，一致奋起，除旧布新。
五四运动发生后，孙中山深受鼓舞，他指示胡汉民、戴季陶、朱执信、邵力子、廖仲恺等人负责创办理论宣传刊物《星期评论》、《建设》杂志和《国民日报》副刊《觉悟》，以激扬新文化之波澜，灌输新思想之萌蘖，树立新事业之基础，描绘新计划之雏形。这3个理论宣传刊物分别于1919年6月8日和8月1日创刊出版。
3个刊物除了大力宣传三民主义外，还刊登了不少介绍马克思主义或用马克思主义的某些原理研究中国实际问题的文章。孙中山较早地看到了资本主义的弊病，并认为他的三民主义可举政治革命。朱执信较早地对马克思及其学说作过一些介绍，1906年他曾在《民报》上介绍过马克思、恩格斯的生平，以及《共产党宣言》的要点和“十条纲领”。孙中山曾经称赞马克思“苦心孤诣”撰写《资本论》一书，发阐真理，不遗余力，使原来无条理之学说，遂成为有系统之学理。苏联十月革命的胜利，和中国的五四运动，使孙中山认识到，改造中国之第一步，只有革命，“吾党欲收革命之成功，必有赖于思想之变化。”
戴季陶和胡汉民都开始研究马克思主义，戴季陶的研究侧重于马克思的经济学说，胡汉民的研究侧重于马克思主义的唯物史观，他们俩都发表过不少文章，在客观上，有助于马克思主义的传播，但是，他们不是马思主义者，不赞成马克思主义的阶级斗争学说。
孙中山为了更好的领导国内的革命斗争，以便重新创造一个国民所有的新国家，便于1919年10月10日将中华革命党改组为中国国民党，并制定了《中国国民党规约》，规定了“以巩固共和，实行三民主义”为最高革命原则。
陈独秀出狱之后，主持《新青年》编委会议，讨论今后的编辑方针问题，并发表《本志宣言》，目的是统一同人的意见。
陈独秀被捕后，胡适接办《每周评论》。胡适是个反对马克思主义的人，他发表文章说，国内新分子闭口“不谈具体的政治问题，却高谈什么无政府主义和马克思主义。我看不过了，忍不住了——因为我是个实验主义的信徒——于是发愤要想谈政治。”
李大钊立即发表《再论问题与主义》，同胡适展开了论战。他反对胡适的改良主义，主张以马克思主义为指针，经过群众运动，对中国社会进行根本的改造。
团结在《新青年》周围的文化统一战线，就此开始分化。陈独秀的《本志宣言》，标明《新青年》从宣传西方资产阶级文化，开始转向宣传马克思主义。陈独秀也开始由民主主义者转向马克思主义者。
1920年1月，陈独秀应汪精卫、章士钊函邀，秘密离京南下上海，同他们一起筹办西南大学，广东军政府拨款100万元作为筹办西南大学经费。陈独秀刚到上海，又接到湖北省教育厅长李汉俊的邀请，去武昌参加文华大学的毕业典礼。
陈独秀于2月2日乘“大通轮”，溯江而上。他到达汉口时，文华大学协进会和武汉学生联合会都派代表冒雪渡江，迎接这位名震国内的革命者。
陈独秀来鄂的消息传出后，武汉人士盼望一睹陈独秀的风采言论，邀请他讲演的人络绎不绝。他在文华大学举行的欢迎会上作了《社会改造的方法与信仰》，在文华大学第4讲堂举行的毕业典礼上作了《知识教育与情感教育问题》的讲演。又应汉口青年会邀请，在武昌高等师范学校作了《新教育之精神》讲演，听众除青年学生外，还有省议员。接着他又到堤口下段保安会举行的欢迎大会上发表演说，到会数百人。除此之外，陈独秀还应邀参加了几个小型座谈会。
陈独秀在武汉短短的4天，席不暇暖，抓紧时间宣传新思想。《国民新报》美誉陈独秀的演说“卓识谠论”、“颇受学生所欢迎”。但湖北官吏对于陈所主张之主义，大为惊骇，令其休止讲演，速去武汉。陈独秀愤恨湖北当局者压迫言论之自由，于8月乘车北上返京。
陈独秀在武汉的讲演，国内各地报纸都摘要登载，北洋政府看到了这些消息，才知道他离京讲演，最使政府当局恼火的是陈独秀提出了消灭私有财产制的主张。陈在《社会改造的方法与信仰》中，认为社会改造的方法：
（1）打破阶级的制度，实行平民社会主义，人人不要虚荣心。
（2）打破继承的制度，实行共同劳动工作，不使无产者苦，有产的安享。
（3）打破遗产的制度，不使田地归私人传留享有，应归为社会的共产，不种田地的人，不应该享有田地的权利。
北京警察厅企图在陈独秀自武汉回京时，加以逮捕，派警察在陈的北池子寓所门前站岗。
高一涵得知这个消息，便同李大钊商议，派人先到西车站，把陈独秀接到王星拱家里暂避一避，再设法送他离京。
李大钊挺身而出，自愿护送陈独秀从公路出走。因李大钊是河北人，讲的是北方话，衣着又朴素，很像生意人，由他护送，万无一失。
阴历年底，正是北京生意人往各地收账的时候。于是，李大钊便雇了一辆骡车，陈独秀脱去西服，穿上王星拱家里厨师的衣服，油迹满衣，光着发亮，头戴毡帽，坐在骡车里。李大钊跨在车把上，携带几本账簿，印成店家红纸片子，从朝阳门出走南下。沿途住店一切交涉，都由李大钊出面办理，不要陈独秀出口，恐怕漏出南方的口音。他们一路上交换了关于建立中国共产党的意见，畅谈了如何使中国摆脱贫穷落后的面貌，走向共产主义的光明前途。他们相约在北京和上海，分别进行活动，筹建共产党。他们一路顺利地到了天津。
李大钊怕火车站有警察“恭候”，便让陈独秀换上西服，摆出教授派头，送他上外国轮船。
陈独秀紧紧地握着李大钊的手，说道：“后会有期！”
陈独秀踏上外轮，说着一口流利的英语，俨然是一位高等华人。他在2月19日到达上海，叫了一辆黄包车，下榻于不醒目的惠中旅店。
由于连日奔波，他受了风寒，休息五六日，便朝五马路踱去。他来到亚东图书馆，老友汪孟邹一见到他突然出现在面前，惊叫一声：“仲甫兄！”俩人立即上楼细谈。
陈独秀从惠中旅店搬到亚东图书馆楼上居住。北京警方似乎没有派人追捕陈独秀，他便在上海搞起政治活动。
2月27日，陈独秀出席上海工读互助团筹备会。该团的宗旨是本互助的精神，实行半工半读。参加的大多数是青年学生。3月20日，陈独秀在青年会发表《新文化运动是什么》的演说。29日，在江苏省教育会演讲教育问题，到会的千余人。4月21日，在中国公学讲演《五四运动的精神是什么》。
陈独秀每到一个地方，都有青年团体或教育机关邀请他发表演说。但不久，他的演说对象发生了变化，由知识青年转向劳苦工人。
陈独秀仓惶离京，家眷尚在北京，他希望在上海找一安静住所，接来家眷同住，把《新青年》杂志编辑部也从北京迁来。汪孟邹给他出了一个主意：柏文蔚在上海的公馆正空着，他被委任为鄂西靖国军总司令和长江上游招讨使，携眷上任，何不住到那里去？“于是，陈独秀便在4月份搬进了座落在法租界环龙路老渔阳里2号的柏公馆。这是老式石库门房子，砖木结构，二层楼房，进大门有天井，中间是客堂，陈设沙发4只、椅子数把，壁间挂大理石嵌屏4幅。客堂后有小天井，再后是灶间，有后门通向弄堂。客堂的左边是前、后、中3个厢房。楼上，前面是统厢房，即陈独秀的卧室兼书房，室内陈设有写字台、转椅、大钢床、皮沙发、茶几、缝衣机等。厢房的隔壁是客堂楼，后有晒台，全部建筑面积约140平方米。这就是陈独秀的住处，也是《新青年》编辑部的办公室。
陈独秀积极参加和领导工人运动，他调查研究中国工人阶级状况，筹办工人刊物，向工人宣传马克思主义，组织工会。4月2日，他出席了上海船务栈房工界联合会成立大会，演说《劳动者的觉悟》。16日出席中华工业协会各业代表与各部干事联席会议，被推举为教育主任，即席演讲上海工界现状，强调注重工人义务教育，并自愿担任义务教授。18日，他参加中华工业协会、中华工会总会、电器工界联合会、中华全国工界协进会、中华工界志成会，船务栈房工界联合会、药业友谊联合会7团体召开的联席会议，演说劳工要旨。被推为筹备世界劳动节大会顾问。
陈独秀主编的《新青年》为五一劳动节编辑了《劳动节纪念号》，共400页，内容丰富新颖，有孙中山、蔡元培等16人题字。第一篇文章是李大钊写的《五一运动史》，介绍国际劳动节的由来及欧美工人为实现8小时工作制的斗争史；2A3的篇幅是对国内劳动状况调查的文章，其中有陈独秀的《劳动者的觉悟》和《上海厚生纱厂湖南女工问题》两篇文章。另外有美国、英国、日本劳动运动的介绍，还全文刊载了《俄罗斯苏维埃联邦共和国劳动法典》，以及苏俄第一次对华宣言，即宣布废除沙皇俄国与日本、协约国各国与中国所缔结的一切秘密条约，废除沙皇俄国在中国的一切特权。
5月1日，陈独秀组织了规模较大的五一庆祝活动。这是上海工人阶级第一次纪念自己的节日。