共产党人帮助冯玉祥及时地在甘陕等地颁布了治理条例，改革了地方行政机关，扶助了工农运动。共产党员在陕西省的政府机构、教育部门和群众组织中占了很大比重，中共中央、北方区委、粤区党委也先后派来了200多名共产党员到国民军中担任重要职务。
刘伯承在国民军中有很高的威信，国民军中流传着两句话：“听过刘伯承演一次讲，当得关过3个月的饷。”冯玉祥称赞刘伯承“办事极有精神，每日工作18小时，整日孜孜不倦，……我即无法不钦佩他。”
共产党人宣侠父先后在刘郁芬、孙良诚、吉鸿昌部担任政治部领导工作；陶新畲、刘志丹、方廷祯分别担任孙连仲、马鸿逵、石友三部政治部主任。史可轩任总司令部警卫师师长，邓小平担任中山军事学院政治部主任。王一飞、萧明等人，随军担任军事政治工作，为培养高级军事干部，作出了艰苦的工作。
国民军的宣传工作，主要是在共产党人主持下进行的。李大钊派共产党员蒋听松去包头为国民军办《西北日报》。后改为《中山日报》，中共北方区委又派贾午担任报社领导人。
北伐军肃清江西之敌后，蒋介石立即命令驻守汕头的何应钦所指挥的第一军第3师和第10师的东路北伐军，沿东海沿岸进攻福建。由于孙传芳将主力部队全部投入江西战场，福建空虚，东路军未经激烈战斗，便先后占领了永定、漳州等地。1926年12月18日，何应钦兵不血刃进驻福州，占领了福建全省。
在北伐军接连取胜的时候，张作霖于1926年11月14日在天津蔡园召开了一次大规模的军事会议，奉鲁军阀将领们会集在天津。吴佩孚、阎锡山的代表，以及孙传芳的代表都出席了。
张作霖以会议主持人的身份首先发言，他说自己没有当总统的野心，当前的问题是团结北洋派，先军事后政治。会场气氛相当沉闷。张作霖问孙传芳的代表：“你们那里还有多少军队？”他得到回答说：“还有5万以上。”这显然是骗人的鬼话，张作霖很不愉快。
孙传芳了解到会议的情况，急急忙忙从南京来到天津，直接闯进会场。张作霖吃了一惊，孙传芳向他深深鞠了一躬，说：
“我对不起大帅了。”
张作霖邀请他坐到自己的旁边。孙传芳向会场抱拳致礼，诚恳地说：“过去我们有什么误会，那都是兄弟之争，没什么大不了的。在这里，我给大家赔礼道歉。我们北洋派现在应该重新团结起来，共同对付南方赤党。”
他的话赢得了一片掌声。孙传芳又表示，他决心不回任了，把浙江、江苏和安徽都交给部下去料理。
张作霖一拍大腿，大声道：“大丈夫处世光明磊落，岂肯乘人之危夺人地盘！”
孙传芳又道：“事到如今，就别再说什么地盘不地盘了，我情愿回浙江，让出江苏来请鲁军接防，鲁军总部设在南京，以便指挥前方。”
张宗昌十分激动，大吼道：“你把我看成什么人了！你不要把我张宗昌当成是不讲义气的小人，我的军队开到浦口后，换乘轮船前往前线，决不经过南京。”
“这是各位看得起我孙某人，不过，为了统一指挥起见，目前应组织一个讨贼军统率办事处，推举雨帅为全国讨赤总司令，本人愿听候调遣。”孙传芳说罢，目光扫射各位将领。
众人赞同孙传芳的建议，会场气氛顿时变得极为活跃。会议公推张作霖为联军总司令，吴佩孚、孙传芳、张宗昌、阎锡山为副总司令，杨宇霆为联军总参谋长。
张作霖组织了安国军总司令部，并把总司令部迁到北京，改称大元帅，又重新组织了内阁。
张作霖为了拉拢阎锡山，任阎的驻京代表田应璜为内务总长，又派人将副元帅印信送到太原。
此时的阎锡山已看到国民党营垒的强大，由联合直奉军阀转而联合国民党。奉系军阀对此深为不安，曾多次压迫，要阎协同继续对冯玉祥作战。冯玉祥已公开投入国民党阵营，阎锡山认为对冯作战，无异作茧自缚。于是他玩弄两手政策：一方面极为敷衍张作霖，一方面迅速与冯玉祥和南方国民党人挂钩。阎派代表与冯玉祥多次磋商，终于在山西赵村成立了国民军与晋军的联合办事处。
1926年11月30日，阎锡山致电张作霖，推戴他为安国军总司令。
阎锡山派赵戴文去广州，1927年1月底，蒋介石提请广东政府任命阎锡山为国民革命军北路总司令。6月，阎锡山改换青天白日旗，晋军改为国民革命军北方军。
中共中央与共产国际远东局举行联席会议，对国共合作的形势及政策、策略作了研究，认为要发展农民运动，就不能再维持广东中派政权。不维持中派政权有3条路可走：一是迎汪倒蒋；二是汪蒋合作；三是使蒋成为一个左派，执行左派政策。会议经过讨论之后，感到第一个办法太危险，现时正在北伐，一旦去蒋，影响不好，而且继蒋而起的唐生智等，亦不可靠。他们现在虽然反蒋，恐去蒋后，行动比现在之蒋还右。第三个办法进行亦多困难。比较最好的是取第二办法，即迎接欧洲的汪精卫回国复职，汪蒋合作。陈独秀和共产国际代表的眼睛紧紧地盯住蒋介石、汪精卫、唐生智等，完全忽视共产党自身的力量，及国民党左派和工农武装力量。
迎汪复职的主张提出后，蒋介石即派胡公冕到上海见陈独秀，请C．P勿赞成汪回，汪回国后将为小军阀所利用和蒋捣乱，陈独秀回答说：
“是在下列3个条件之下赞成汪精卫回来的：一是汪蒋合作，不是迎汪倒蒋；二是仍维持蒋之军事首领地位，愈加充实，扩大蒋之实力作更远大之发展，决不主张别的军人拥汪以倒蒋；三是不主张推翻党务整理案。
陈独秀主张军权归蒋，党政大权归汪，而共产党呢？陈独秀说：
“我们的人力务全用在民众方面，万勿参加政府工作，共产党必须立脚于在野党地位。”
党权、政权、军权都一概不要，这个政策在共产党里得到贯彻。中共中央要求江西一些担任地方行政职务的共产党员，必须辞职，或者退党。
迎汪复职的目的是削弱蒋介石的专权，不仅国民党左派拥护，那些出于个人权力欲的右派分子也乐于接受。国民党中央委员会和各省代表联席会议，通过了迎汪复职案。
陈独秀的迎汪复职，纯属为他人作嫁的政策。因为共产党没有军权、政权和党权，共产党夹在汪精卫和蒋介石之间，当均势一旦破裂，为他人作嫁者往往会成为两方的牺牲品。
1926年11月8日，广州国民党中央政治会议作出迁国民政府及中央党部于武汉，并派出外交部长陈友仁、财政部长宋子文、交通部长孙科、司法部长徐谦、苏联顾问鲍罗廷，以及国民党中央执行委员宋庆龄、吴玉章、王法勤等60余人，先到武汉筹备。
12月2日，宋庆龄、鲍罗廷等一行60多人乘船途经南昌，蒋介石身着戎装，满面笑容地前来迎接，他显得非常谦恭、热情，和大家一一握手，表示欢迎。但实际上，蒋介石反对迁都武汉，竭力主张迁都南昌，他提出的理由是：政治应与军事配合，党政中央应与总司令部在一起。蒋介石的真正用意是企图把党政军控制在自己手里。他对每一个到南昌的国民党中央执行委员都积极做工作，并试探他们的态度，希望他们能同意自己的意见。
其时南昌的局势并不稳定，商店因拒收蒋介石滥发的“军用钞票”而关门，并宣布罢市，组织抗议游行，原来准备在南昌召开的中央军政会议不得不转移到庐山举行。
12月7日在庐山开会，鲍罗廷、宋庆龄、邓演达等坚持加强团结，巩固后方，开展工农运动，进行社会改革和从政治上改组军队等革命主张。蒋介石和一些右派对此根本不感兴趣，蒋感兴趣的是增加军费，加强对军队的控制等。会上通过了尽快召回寄居海外的汪精卫回国复职的决定。尽管蒋对迎汪复职不满，但他见众人意决，便不露锋芒，顺从大家的意见。
先遣人员到达武汉后，立即召开紧急会议，决定在国民政府未迁到武汉之前，由宋庆龄、陈友仁、吴玉章、徐谦、蒋作宾、鲍罗廷、孙科、宋子文等组成“中国国民党中央执行委员及国民政府委员临时联席会议”，作为迁都前的临时党政最高权力机关。
1927年元旦，国民党中央政治会议决定在武汉设立政治会议武汉分会，徐谦、宋庆龄、宋子文、孙科、陈友仁、蒋作宾、陈铭枢、唐生智、邓演达、王法勤、李宗仁、刘骥、董必武等13人为委员。国民政府正式宣布迁都武汉。
而蒋介石却在1926年12月31日，利用国民党中央执行委员会代理主席张静江及国民政府代理主席谭延闿途经南昌之机，宣称国民党中央党部及国民政府已迁至南昌，并截留经过南昌的国民党中央执委和国民政府委员，擅自召开国民党“中央政治会议临时会议”，决定中央党部及国民政府暂移南昌，企图挟天子令诸侯，使国民政府成为他的囊中之物。
1927年1月3日，武汉政府举行国民政府北迁和北伐胜利的庆祝大会，蒋介石则致电武汉称，根据南昌国民党中央政治会议决定，以及北伐军发展情况，主张国民政府暂设南昌。武汉复电不表赞成。宋庆龄、陈友仁、蒋作宾、唐生智等联名致电蒋介石说：
初列鄂都，时局颇困难，但因人民政府之信用，得将时局改造日趋稳定，外交地位顺利，军事消息日升，财政大有起色，最近占领英租界之举，内顺民心，外崇威信，务希坚持到底，不独战争必须身先士卒，政治亦然。
中央领袖必须亲临政治冲激之地，始能战胜敌人。
蒋在宋庆龄等人的敦促下，同时也为了来武汉窥探虚实，伺机达到其迁都南昌的目的，于1月12日来到武汉。
鲍罗廷对蒋说道：“蒋介石同志，我们3年以来，共事在患难之中，所做的事情，你应该晓得，如果有压迫农工、反对C．P的这种事情，我们无论如何要想法子来打倒他的。”
蒋介石见迁都武汉是大势所趋，人心所向，他只得表示拥护。蒋介石不能如愿，稍留即去。
蒋介石回到南昌，先后两次在欢送中央党部国民党政府迁鄂大会上讲话，说：“武汉是全国的中心，也是政治变迁的策源地。我们党部和政府到了武汉，一定比在南昌发展得更快。我们今天可以代表在南昌的同志，明白的告诉谭主席和各位委员：我们的政府虽然迁到武汉去了，我们在南昌的同志对于拥护政府，拥护党的热忱，比现在还要增加几倍。”
迁都武汉，出乎蒋介石的无奈，他深知起主导作用的是共产党和国民党左派，扬汤止沸，不如釜底抽薪。1927年1月，蒋介石指使张静江、陈果夫、段锡朋等占据国民党江西省党部及许多县党部，把共产党员和国民党左派排斥出去，又用国民党省、县党部的名义，派出大批流氓充当所谓“农民运动特训员”，到处勾结土豪劣绅、贪官污吏，组织假农会，摧残和镇压农民运动。还收买流氓、地主及一切反对派，组织AB团（反共团体），作为反革命活动的骨干。
蒋介石背叛革命的趋向日益明显，他一面通过宋子文、王正廷、吴稚晖、李石曾等勾结西方帝国主义，一面派黄郛、戴季陶、张群等进行勾结日本的活动。2月11日，戴季陶由汉口秘密到了上海，15日化装为日本人，用日本人的假姓名，鬼鬼祟祟地溜到日本。
各帝国主义却也看中了蒋介石是可以利用的新工具，便派大买办虞洽卿秘密到南昌，准备用借款6000万元收买蒋介石充当反共、反人民的大刽子手。戴季陶向日本当局要求援助，其交换条件是答应镇压上海工人罢工。
蒋介石秘密命令北伐军把“打倒帝国主义”的口号，改为“和平奋斗救中国”，作出同帝国主义和好的姿态。
2月20日，蒋介石成立了以西山会议派李烈钧为主席的江西省政府。3月6日，蒋介石密令枪杀赣州总工会委员长、共产党员陈赞贤。17日，在九江收买手执刀械的流氓数百人，捣毁执行三大政策的国民党九江市党部、总工会、第六军政治部，杀害市党部干部3人、总工会干部1人，重伤第六军政治部干部9人。工人纠察队捕获行凶流氓数十人，复被蒋介石的卫兵全部劫去。
在蒋介石的指使下，AB团纠集流氓打手组织了暗杀机关，西山会议派、反革命分子和土豪劣绅横行一时。
蒋介石借总理纪念周之机，多次在南昌总部会议上发表反共演说，道：“现在共产党员，事实上有许多对国民党党员加一种压迫，表示一种强横的态度，并且有排挤国民党员的趋向，使得国民党党员难堪。这样，我便不能照从前一样的对待共产党员了。如果共产党员有跋扈强横的事实发生，那我一定要纠正他，并且一定要制裁他们。”
武汉国民党左派领袖举行高级干部会议，决定实行民主，反对独裁，提高党权，扶助工农运动，并准备召开国民党第二届三中全会对这些问题作彻底的解决，并决定由徐谦、邓演达、吴玉章、孙科、顾孟余等5人组成行动委员会。
国民党二届三中全会本订于3月7日召开，蒋介石托由南昌来武汉的谭延闿、陈公博带来口信，要求把会期改到12日，他才能到会。但大家认为法定人数已足，不能大家等一人，为了给蒋介石一个机会，把7日的会改为预备会，正式会议改为10日召开。蒋介石见形势对己不利，始终没有到会。
出席国民党二届三中全会的代表33人，有中央执行委员宋庆龄、何香凝、谭延闿、徐谦、吴玉章、林伯渠、恽代英、于树德等18人，候补执行委员毛泽东、董必武、邓演达等11人，候补监察委员李宗仁等4人，会议选出谭延闿、宋庆龄、徐谦、孙科、顾孟余等5人为主席团。会议通过《统一革命势力决议案》、《统一党的领导机关决议案》、《军事委员会组织大纲》、《对全体党员的训令》、《对全国民众宣言》等，重申了孙中山的三大革命政策和坚持国共合作的革命原则。
全会斥责了蒋介石搞个人军事独裁的错误，批评了蒋介石以军治党、以军治政的倾向。决定将一切军事、政治、外交、财政等大权，均集中于党，确立中央常务委员会、政治委员会和军事委员会的集体领导制度，取消国民党二届二中全会决定的设常务委员会主席的制度，将权力集中于常务委员会领导。并规定总司令为军事委员会委员之一，裁撤中央军人部。这次全会选出了以汪精卫为首的9人常委会，汪还兼任组织部部长，汪未到任前，由吴玉章代理。
这次全会实际上撤销了蒋介石国民党中央执委常委主席、军事委员会主席和中央组织部长、军人部部长职务。同时任命著名的工人运动领袖苏兆征为劳工部部长，谭平山为农政部部长，宋庆龄为卫生部部长，孔祥熙为实业部部长，顾孟余为教育部总长。
4月6日，武汉国民政府分别任命蒋介石、冯玉祥为国民革命军第一、第二集团军总司令。在第一集团军下设立4个方面军，以何应钦、程潜、李宗仁、唐生智分任总指挥，以限制蒋介石滥用总司令职权。
在汉、浔对立中，蒋介石变本加厉，磨刀霍霍，加快了公开叛变革命的步伐。但其时蒋介石的实力毕竟有限，尤其是军事方面，能由他支配的仅第一军和一些杂乱的反正部队，而汉方却拥有除蒋介石以外的几乎全部国民革命军的主力。
李济深的第四军是一支在训练、装备、军纪各方面都堪与黄埔军媲美的粤系部队，其将官又多为军校毕业生，李济深因与胡汉民有师生之谊，被认为是胡的人，李对蒋介石以“党军”自居、地位权力上升过快而不满，便在国民革命军中以陆大、保定、陆中、陆小4校同学的名义，互相联络，壮大声势，以期在军界结成一个可与蒋的黄埔军相匹的势力。广西的李宗仁、黄绍竑与李济深私交甚厚，所部又多为4校生，与四军的将官有着同窗、学友、师生之谊，也有意依靠4校同学发展自己的势力，故一拍即合。广东军界便产生了一个以粤、桂两系军人为主，称作“四校同学会”的组织，因该会多保定生，也称为“保定帮”。该组织在军界影响迅速扩大，及至唐生智投归广东，使保定帮的实力更为加强了。
蒋介石为了拉拢李、黄、白广西军人，下了一番功夫。他对李宗仁恭维备至，礼遇甚重，不但在军火和军费上给李宗仁大力援助，并逾格擢任白崇禧为北伐军前线代总参谋长，更施出与李宗仁“互换兰谱，结为异姓兄弟”的手段。蒋给李的帖子上写着四句誓词：“谊属同志，情比同胞，同心一德，生死系之。”李宗仁也逢场作戏，依样画葫芦，照样手书一帖奉还。
武汉克复后，李济深部开始分化，以第四军第十师为基础，新编了第十一军，原师长陈铭枢为军长。前方第4军军长陈可钰去日治病，由张发奎继任军长，由于陈铭枢与蒋接近，又被武汉国民政府去职，第11军军长由张发奎兼任。张发奎视汪精卫为精神领袖，所部被视为“左”派依靠的基本军事力量，已明显有脱离李济深部的倾向。
唐生智最初投归广东时，因得四、七两军之助，唐部势力借重北伐在两湖得到迅猛扩大，唐部第八军不到半年，便扩至第八、十二、十七、三十五、三十六计5个军。这使唐生智感到无须再与四、七两军拍挡也可独立发展，也只有这样，才能在两湖独占鳌头，实现他做“两湖王”的美梦，故对同为保定帮的四、七两军势力都有意加以排除。
在蒋介石发起迁都之争时，唐生智、张发奎其时均戴上“左派军人领袖”桂冠，其他军人领袖，如程潜、朱培德等，由于对蒋介石权诈专横、私心自用不满，其时也都站在汉方一边，声讨蒋以军驭党，以军控政的独裁行径。在宋庆龄领衔，发出致蒋电反对迁都南昌主张时，国民革命军的几位军长都列名其中，李宗仁态度虽然不十分明朗，但也挂名其后，同时又私下给南昌的蒋介石拍去一电，劝蒋在迁都问题上让步，暗示蒋：“党务问题上，一埃军事告一段落，再行严密整理。”李与蒋通契，表示在反共问题上与蒋一致。