戴笠一生中并没有进过任何特工学校。他早期所有的特工理论和经验，主要来自于他的实践以及留俄学生翻译出版的苏联“格伯乌”、“契卡”组织的几本小书。他积多年亲身搞特工的经验，认为唯有共产党的地下组织最为严密，也最有力量。因此，在早期创建特务处的过程中，他反复强调要“以组织对组织”，仿效苏联政治保卫局和中国共产党组织的一套办法建立特工体制，与中共进行斗争，打击反蒋势力等等。
据此，戴笠从一开始就严格规定特务处的一切活动均处于地下状态。特务处的对外联络站设在南京鸡鹅巷53 号，这里既不挂任何牌子，也不设任何岗哨。行人亦可以从门前经过，所不同的是门内有带枪的便衣人员把守，进出都要严格检查证件。特务处本部原设在徐府巷，后搬到洪公祠1 号。但特务处外勤人员非有特殊情况不能去洪公祠1 号，而只能到鸡鹅巷53 号接洽，再打电话到洪公祠1 号报告，由那边派人来谈。外边的信件包裹，也都要先寄到鸡鹅巷53 号，再由内部交通转洪公祠。因此，洪公祠1 号不但局外人不得而知，就是特务处的大多数外勤特务也只知有53 号，不知有1 号。
进入鸡鹅巷53 号和洪公祠1 号都必须有特别出入证，但这种出入证照例只有内勤人员才发。出入证每年更换一次，封面只有“出入证”3 个字和1 行号码数字，打开来里面有照片、姓名、工作科室、职级等，却没有工作机关名称。特务们出门时须交登记室，回来时再取回，不准作其它用途。有时，特务们出去后因故不能返回，又无任何证件，连住宿都成问题。一些特务常常私下自嘲：“我们都是一些榜上无名的黑货”，戴笠听到后，却鼓励大家说，这就是“无名英雄”。
戴笠给每个特务严格规定：不准在洪公祠1号或鸡鹅巷53号私自会客，不准泄露办公地址，通信要用鸡鹅巷53号或程阁老巷33号的地址，然后转交。电话也要保密，家属偷向洪公祠1号打电话，有受严厉警告的危险，严重者则受“团体”纪律的严厉制裁。南京的总处机关如此，外勤各级特务组织也都是隐蔽地下活动。
特务处及各级特务组织和重要特务头目，都一律使用化名。戴笠仿照共产党组织活动的特点，规定特务处所属的各级组织之间，只准有纵的关系，不准有横的关系。特务之间一律职务服从，不讲年资功绩。特务刺探、搜集情报的重要手法就是伪装不满现状和“反蒋”的进步姿态，以引起同情者的注意，然后打入反蒋派或中共组织内部进行活动。又由于各组特务常常在一个地方活动，彼此又没有联系，因此一个特务伪装进步，另一个特务则接近上去，自己人做自己人的情报，双方又都是使用的化名、假名，报到上级也不容易发觉，结果花了不少人力、财力、物力，等到双方都表演得差不多，准备逮捕对方时，经核对照片，才知道原来都是自己人。有时，这种假戏演得过分真切，居然惊动戴笠向蒋汇报，等到逮捕后才知道是自己人扮的假货，戴笠一时不好向蒋交代，也只好假亦真时真亦假，以错将错了。不过，戴笠运用这种方法建立特务处的内部体制确使特工活动常常处于主动位置，具有相当大的优势，这也是戴笠的军统组织比蒋的其它特务组织能以更快的速度发展、表现出更高的工作效率的一个重要原因。
为了能更好地仿效苏联“格伯乌”和“契卡”以及中共地下组织的活动方法训练特务，戴笠曾征得中统头目徐恩曾同意，并报请蒋批准，借调原中共中央保卫局负责人、中共叛徒、中统特工训练行家顾顺章担任特务处南京特训班的顾问和教官。戴发现顾顺章训练特务的方法中溶入了中共地下斗争的经验，确有一套，大为赞赏。就用种种方法企图拉拢顾加入特务处，顾也有背徐投戴之心。此事被徐恩曾察觉，就借故把顾顺章除掉，以绝后患。
随着特务处的创建和发展，戴笠逐渐感到德国和意大利法西斯特务组织的一套办法更适应他的需要。于是，他又把眼光转向德、意特务组织的经验和办法。1933年下半年，戴笠一次因事去河南活动，特务处书记唐纵主持工作期间，批准赵世瑞秘密逮捕了汪精卫的改组派分子。事后，汪精卫得知是特务处所为，大怒之下，向蒋要人。蒋为了敷衍汪精卫，不得不下令将唐、赵扣押。戴得悉后，匆匆赶回南京，向蒋力陈保释，并善言抚慰唐、赵二人。
适时，复兴社高干酆悌奉派驻德大使馆武官。经戴向蒋建议，唐纵被派任驻德大使馆副武官。行前，蒋、戴分别交代唐去德国的目的，是要他学习德国法西斯特工组织的经验。唐果然不负戴望，在德期间专心调查掌握德国特工活动的办法，定期有详细报告给戴，介绍德国特工各方面的情况，特别建议戴笠要掌握警察、交通、检查、邮电等公开部门，并渗入工厂、机关、军队、团体、监测无线电台和收音机以及干扰广播，以便配合特工活动。唐纵还建议要多派特务到德、意学习，开阔眼界，吸取经验，培养人材，引进先进设备等等。戴对唐的这些意见极为重视，多次向蒋报告，并提出改进特工建设的意见和措施，供蒋决策。蒋采纳戴的建议，不久便加派郑介民随复兴社的一批高干潘佑强、杜心如、滕杰等7 人，以军事考察团的名义前往欧洲考察，主要是考察德、意两国的法西斯组织和特工活动。戴笠同时也选派从浙警校正科生中毕业的冯文尧、王渭周、蒋镇南、范学文等几十个特务赴德、意学习受训。对照唐纵、郑介民等人学习考察成果，根据蒋的指令，戴笠对特务处的活动作了不少改进调整。
戴笠对特务处最重大的改进调整就是在“公开掩护秘密、秘密领导公开”
的方针下，大量控制掌握公开机关，为蒋建立严密的特务统治体系。在早期，最先落入戴笠之手的公开机关是首都警察厅的调查课。由戴笠推荐特务处特务、黄埔四期毕业生、浙江诸暨人赵世瑞任职。接着掌握了杭州市警察局和浙江警官学校；不久，浙江省保安处调查股也落入戴手，由戴推荐翁光辉任股长。
京沪杭甬铁路警察总署是戴笠掌握的第一个交通警察机构。经戴推荐特务处上海区长、老资格的黄埔一期生、广东琼山人吴乃宪出任总署长。从此，特务处掌握了这两铁路的控制权，不但南京总处交通科的特务交通员每人都领到了京沪杭甬铁路局二等车的长期免费票，就是总处机关和上海区的许多内勤特务来往于京沪杭之间，也能得到免费优待。从杭州、上海等地解送人犯去南京，也得到路警的全力协助。驻苏州警务段长韩尚英，还被吴乃宪专门指定担任协助上海区解送人犯的工作。
戴笠在上海掌握的公开机关有上海市警备司令部侦察大队和上海市警察局侦缉大队，对特务处上海区帮助极大。许多案件上海区不便出面，借助这两个机构便可以放手进行活动，大大提高了特务处的工作效率。另外，特务处还掌握了私立上海肇和中学、三极无线电传习所、上海警士教练所、上海招商局警卫组等公开单位。
国民党的邮电检查开始于1931 年，但最初由CC 系统的中统特务组织把持。戴笠的特务处由于插手较晚，缺乏优势，因而与中统的争夺十分激烈，有时一些地方的邮电所长甚至被双方的特务暗杀。直到抗战初期，戴笠才把这个机构彻底从中统手中夺过来。
戴笠把军队特工系统的控制权从邓文仪手中夺来完全得益于南昌机场大火案。1934 年夏，正当蒋介石集中全力在江西围剿苏区红军的时候，南昌飞机场不明不白地一把大火，把飞机和油库等付之一炬。此事立即震动了京市朝野。蒋介石闻讯暴跳如雷，下令邓文仪一周内破案。邓文仪深入一查，初步确认是放火而不是失火。放火的目的是要消灭一件购买飞机贪污的证据，而此案又与宋美龄有些关系，故邓文仪不便于报放火，亦不便报失火，只得这样一周两周、一月两月的拖延，久不断案。结果，由于各界的穷追不舍，蒋被惹得火冒三丈，一怒之下，当即下手令撤销了邓文仪的南昌行营调查科长等14 个兼职。凡邓手下的1722 名特务，全部移交并入戴笠的复兴社特务处系统，并由戴兼任南昌行营调查科长。
戴笠的喜悦真是难以表达，难以形容。但是，他也不便于得罪复兴社的一批大头目们，于是小心翼翼地避开飞机案。而且，他不亲自出马，另派特务处特务、黄埔三期毕业的老大哥柯建安作代表去接收。当邓文仪系统的大特务张严佛率南昌行营调查科机关的100 多名特务到南京特务处机关报到的那天，戴笠组织全处机关的特务们列队欢迎，并作了热情洋溢的讲话。为了安抚邓系人心，收买邓系的特务为己所用，他声言今后一视同仁，和衷共济。
并慷慨任命张严佛为特务处的书记。
从此，戴笠不但实力大增，而且控制了整个军队的谍参和特工系统。这批人中，戴笠尤为得意的是接收了设计委员会一批曾留学过德、日、俄等国的所谓学有专长的学者，其中有出卖陈独秀的中共叛徒谢力公，有著书立说的程一鸣等等，还有日本通顾子载等。另有一些知名人士被陈诚挖走，戴笠无奈，只好在背后诟骂，以发泄不满。
以往，特务处没有定制，经费开销，捉襟见肘，不能满足特工队伍迅速发展的需要。现在接过邓文仪的摊子，不但原来的经费照领，而且利用调查科的定制，大胆造具预算请领经费，经费大大增加，更有利于特工活动的开展。
戴笠在回忆早期特务处的发展时，经常夸耀说：掌握浙警校是他走的第一个红运，接收南昌行营调查科是他走的第二个红运，有了这两个红运，才能有早期特务处的迅速发展壮大。这话确是不错的。
为了进一步加强对军事谍报工作的控制，戴笠先后在南京洪公祠和慧圆街举办“参谋本部乙种参谋业务训练班”，所调训人员皆为现役谍报参谋人员。调训完毕仍回原部队服务，该班主任由兼任参谋本部第二厅第四处处长职务的郑介民担任，特务处中校特务文强任政治指导员。该班先后举办了3 期，每期6 个月，为军队训练了大批军事特工人员。
这时，戴笠掌握公开机关的又一个成就是推荐周伟龙出任国民政府禁烟密查组组长，开始把特务势力打入禁烟机构。蒋介石的禁烟活动始于大革命以后。当时各省军阀割据的地区烟馆林立，烟毒泛滥。四川刘湘、杨森，贵州尤国材、王家烈，湖南鲁涤平、何键，甘肃、宁夏的马福祥、马鸿逵，新疆的盛世才等，既是军阀头子，又是贩毒头子。一船烟土出江顺流东下，一船枪械入江逆流西上；一批烟土东运，一批金银西运；安徽、河南等地的军阀眼红，也强迫老百姓栽种罂粟，大做贩毒生意。这时，蒋介石的军队只能控制长江宜昌以下至江浙一线，权力亦只能及此，汉口虽设有特税局，负责征收烟税，但又被湖北省主席、武汉行营主任何成浚和武汉警备司令夏斗寅等地方实力派人物把持，形同虚设。特税成为地方实力派中饱私囊的财源，蒋介石不得不另谋良策对付这种局面。于是，蒋的亲信谋臣策士陈布雷、杨永泰、陈芒汀等替蒋出谋划策，提出取消特税局，设立督察处，实行统收统运的建议。这样既不受各省市、各部院管辖，也不受立法、行政、司法各机关法令的限制，而是直接以军事委员会委员长命令行事。这个建议很合蒋的心理和口味，很快提出“两年禁毒，六年禁烟”的口号。表面上似乎大张旗鼓地推行禁烟，实际上是为了“剿匪”这个中心问题。蒋在江西“剿匪”，调动了数十万大军，军费开支十分巨大，财政部支应不足，所以蒋通过特税另辟财源。1933 年，蒋把每年两三千万元的禁烟所得划归行营直接管辖，一切收入支出，财政部不能过问，全部交由蒋一人随时支用。蒋为此专设中国农民银行，实际上是蒋的私人银行。同时，蒋还通过“禁烟”这块招牌，对各地阳奉阴违的地方大员和军阀，随便安上一个违反禁烟禁毒法令的罪名，给以惩处打击，达到排除异己、消除政敌的目的。
戴笠也看中了禁烟督察处，千方百计地加以钻营。其目的一是可以借禁烟缉私进行特工活动，掌握各地反蒋势力的情报，打击或利用反蒋力量；二是可以掌握控制缉私团为特务武装，扩充特务处的实力；三是可以从中截留经费，弥补特工经费的不足；四是可以加强特务处在蒋心目中的地位和份量。
蒋也知道离开特务搞禁烟督察是不行的，于是在改组两湖特税局为禁烟督察处时，戴笠就安插了不少特务进去，监察主任办公室、监运所、缉私主任办公室等这些重要的机构大都被戴笠的特务控制。各省的禁烟督察处禁烟特派员公署一旦成立，戴笠总要千方百计保荐特务去当秘书或缉私团的团长、营长等。戴笠手下的大特务李崇诗就曾被派到广东禁烟特派员公署任秘书，以便监视牵制禁烟特派员萧觉天。
早期，在禁烟督察方面，戴笠最大的劲敌是邱开基。邱是云南景东人，黄埔三期毕业，复兴社高干，南昌行营调查科邓文仪特务系统的第二把手。
邓文仪被赶出特务系统后，邱仍见重于蒋介石，被任命为10 省禁烟督察处缉私处处长，拥有几个团的缉私部队，当然不把戴笠放在眼里。当时，邱开基的势力发展在先，戴笠的势力发展在后，这也是由于禁烟机构本是从南昌行营发展到豫、鄂、皖三省再逐步推进到全国的缘故。但戴笠的势力发展很快，最终形成两人力量不相上下，暗斗颇烈的状况。双方都拥有相当兵力和特工人员，又都是蒋的亲信心腹，一时谁也吃不了谁，只好达成君子协定：“划江而治”。邱开基的工作范围是：从重庆、宜昌沿长江到汉口，又从洛阳、襄阳沿襄河到汉口，这两条支线合为一线，再从汉口沿江而下，经九江、安庆、芜湖、南京直到上海。戴笠的工作范围是：由重庆出乌江到贵阳，经桂林、柳州到梧州，出西江到广州、福建，沿海岸线直到上海。这是当时全国两条最重要的运土贩毒路线。
戴笠与邱开基表面上达成默契，一时相安无事。但戴笠做人的信念就是平生不与对手作任何妥协。他表面上把长江一线让给邱开基去搞，暗中却指使特务处湖北站站长周伟龙从各方面收集邱开基徇私舞弊、贪赃枉法的材料，不断通过第三者的渠道向蒋密报，而自己则装得很超然的样子隔岸观火。
果然，蒋对邱起了厌恶之心，下手令委派周伟龙为禁烟密查组组长，调查邱开基违法乱纪的黑幕。不久，蒋根据戴笠呈报的大量揭发材料，一怒之下，把邱送进监狱。关了一段时间后，贬谪云南任省警保处长，彻底赶出缉私系统。邱在长江沿线的势力也全部被戴接管。
戴笠为了提高特务处的工作效率，十分重视对无线电通讯系统的建设。
1933 年11 月，特务处就建立了电讯系统，设总台于南京，由当时号称全国两个半电讯人员之一的魏大铭主持其事。不但各个省站配有无线电台，而且许多重要地区的情报组都配备有无线电台。主要情报，各情报组可以不经省站直报“总处”。1933 年12 月，戴笠为了加强对中共地下组织的斗争，特别聘请清华大学教授温毓庆博士从事密码破译活动。这项工作的研究成果，在几年后的抗日战争中，对破译日军密码起了重要作用，对军统的发展产生了意想不到的效果。为了加强电讯人员的培训，戴笠除了在浙警校举办电讯班以外，还在上海办了一所三极无线电所，专门培训特务处电讯方面的发报、译电和破译人员，大大提高了特务处特工活动的工作效率。为此，戴曾多次受到蒋的表扬。