戴笠与CC系的矛盾由来已久，到30 年代中期，这种矛盾已变得更加深刻而尖锐。追溯矛盾的起源，应归因于蒋介石手下的政治派别活动。
蒋介石手下历来有三大政治派系。一派是政学系，以湖北省政府主席杨永泰、江西省政府主席熊式辉、国民政府外交部长张群为首，其间集结了一批政府机关要人，仅各省的省政府主席就有10 人。政学系的辈份较高，上层基础强大，久经宦海沉浮，政治经验丰富。从表面上看，蒋介石在某些重大问题上都能与他们商量，采用他们的意见，显得比较得势。另两派是以陈果夫、陈立夫兄弟为代表的主管党务和文化教育的CC系和以复兴社为代表的主军的黄埔系，班辈低一些，但组织严密，下层力量雄厚，权力欲和排他性强，向外进攻凌厉。三派虽然都受蒋介石直接掌握，是支撑蒋介石统治基础的三大支柱，然而三派之间由于各有长短，互不相能，相互之间争权夺利、勾心斗角、拳打脚踢，从来没有停止过。
从黄埔系这一方面看，他们认为政学系始终不过是受蒋雇佣的一群伙计，充其量只能是些“师爷”、“管家”，永远当不了“老板”。黄埔系背后称杨永泰为“杨师爷”，张群为“张总管”。政学系控制的主要是政府部门，与主军的黄埔系尚没有根本的利害冲突。有时黄埔系对政学系操纵得太过火也只是骂骂而已，没有动真格的。但是，黄埔系对CC系就不一样了。黄埔系一贯自诩为蒋介石的唯一嫡系，而把CC系看作是蒋的“螟蛉子”，他们间的矛盾是争当嫡系和主流派的斗争。
从CC系这一方面来看，则是采取两面作战的态势，即一方面要和政学系这一批老官僚作战，另一方面则要对付以复兴社为代表的黄埔系这一批“天子门生”的挑战。CC系要搞党天下，不能没有政权，由此而视政学系为眼中钉，肉中刺，必欲除之而后快，以至发展到后来，竟雇佣杀手将杨永泰杀于汉口海关轮渡码头。在CC系眼中，复兴社这一批黄埔军人，只不过是给蒋介石的浙江系官僚当差的保镖，现在居然也想染指政权，当然不能同意。于是，CC系同复兴社的矛盾亦很尖锐，两派的明争暗斗，简直成了双方组织活动的重心和动力来源。有时，双方的一般成员对所谓“异党活动”的防范，只不过是奉命行事而已，只有对CC系和复兴社的摩擦纠纷，才真正感到“劲头十足”，“斗志昂扬”。但就态势而言，复兴社取攻势的时候多，CC系取守势的时候多。
戴笠的特务处与CC系掌握的调查科是蒋介石掌握的两大特工组织。从时间上来说，CC系的调查科成立在先，戴笠的特务处成立在后；从发展的速度上来说，特务处发展更快，调查科发展较慢。特别在行动工作方面，调查科更比不上特务处有成绩。1932 年夏天，CC特务系统召开了一次高干会议，专门检讨与特务处的斗争问题。在会上，陈立夫、张道藩、洪兰友、叶秀峰、徐恩曾等CC大头目都认为戴笠的特务处在行动工作方面已经后来居上，调查科的破案率只及特务处的十分之一。调查科只在南京、上海、九江、汉口有行动表现，而特务处的行动成果已经遍及全国。在会上，CC大头目叶秀峰等人猛烈攻击调查科驻沪特派员黄凯，指责他在上海成天抽鸦片、嫖妓女，私生活太坏，在特务工作方面没有做出成绩，应对CC特务系统的坍台负责。并警告说：“你再不努力，以后全部工作由姓戴的去做了。”这次会议后，CC特务系统决定成立肃反委员会，又计划成立东南、西南、华北、华中、特区等5 个分局，准备与戴笠抗衡。黄凯的驻沪特派员因与戴笠在上海的特务工作竞争不力被撤职。可见当时CC与戴笠斗争的激烈程度。
在初期，戴笠与CC系斗争时，双方还顾及到一些面子，没有撕破脸皮干，只是在暗中憋着劲较量。相互通过各种方法，抬高自己，贬低对方，以便把对手踏在脚下。这也是戴笠所以在反共方面不惜代价，要与调查科争锋的原因。但争来争去，戴笠在反共方面还是争不过调查科。CC系的调查科自从在30 年代初破获顾顺章案，一炮打红后，又相继破获了中共的一些重要组织，其中有共青团中央、中共临时中央等重要机关，先后被捕的有中共上海局书记李竹声、中共临时中央总负责卢福坦、中共中央组织部长盛忠亮等重要干部。这与戴笠抓了个“怪西人”，却没有下文的场面比较起来，声势自然不同。
CC系的特务组织，在与中共地下组织斗争方面，也确有一些手段是戴笠所不及的，体现出较高的反共水平。按照蒋介石对CC系特务组织的要求，主要有5 项调查，即党政调查、党派调查、经济调查、日伪调查、文教调查。
其中党派调查就是对共产党的调查，并规定只要党派工作做好了，即使其它各项工作做得都不好，也能得到领袖的重视和嘉奖。而戴笠反共的决心和劲头虽不亚于CC系，但是，蒋介石交给他的任务是以猎取军事情报、监视军队将领、控制瓦解杂牌军队、完成绑架、暗杀任务等特工活动为主，这样反共就不能做到专心致志。同时，特务处在反共的资历方面，也比CC系的特务系统要浅，人才、技术、经验、基础、条件都不如CC系雄厚优越。
首先在内部建制上，CC系把他们认为基本队伍中最有水平的一批高级特务放在主管反共斗争的第二组。其次，在对共产党的研究上，CC系有一套高出戴笠的办法。这就是搞小组学习，要特务们读马列主义书刊，讨论共产党的党的建设，甚至由专人拟制提纲深入钻研《联共党史》，为小组布置学习问题。这与戴笠对手下特务的思想封闭禁锢，以至谈“马”色变，谈“红”色变来说，确乎要高明一些。再次，CC系特务十分注意研究和提高“劝降”技术，对被捕的中共党员进行“劝降”审讯的时候，一般采取心平气和的“说理”方法，而且善于用国民党的观点“辩驳”马列主义，来动摇共产党人的信念等等，促使其叛变革命。这和戴笠对抓捕的人犯动辄严刑拷打，甚至亲自用刑逼供比较起来，也有水平高下之分。
就特情人员的运用来说，CC系特务也不同于戴笠。他们一旦发现共产党的基层人员，并不急于逮捕逼供，而是先把他们引到偏僻的茶楼酒肆里，进行引诱、威胁，促其办理秘密自首手续，培养成内线“细胞”，然后扩大战果，从各方面创造条件帮助他们打入高一级的中共组织，凡发现不利于“细胞”提升的障碍，立即予以铲除，等等。
正因为CC系特务在反共方面有这些“高明”的手段，在整个30 年代的前期和中期，CC系特务组织的地位始终在特务处之上，尤其是反共方面，CC系特务组织无疑是权威机关。CC系大头目陈立夫也历来瞧不起戴笠动辄绑架、暗杀的土匪作风。在一次CC系特工训练班上，陈立夫对特务们讲情报业务的政治要求，课后，陈立夫对身边的亲信特务说：“戴雨农欢喜蛮干，情报工作人员摆出吃相难看的样子，用便衣武装代替一切，还要情报工作技术有啥用场？”陈立夫虽不满意戴笠的作法，但从不公开批评，只是常在闲谈中讥讽奚落对方。
戴笠何尝不知道CC系的态度。于是，他一方面借重黄埔系的势力，处处与CC系为难。无论什么地方，只要有CC系的势力出现，复兴社和特务处的力量就要打上门去，进行争斗。另外，CC系特务组织所属各单位要搜捕和处理人犯等，必定要经过各地警察局的批准和协助，而警察机构大多掌握在特务处手里，戴笠就借此与CC系为难。只要是CC系提出要捕人，警察机关总是千方百计予以掣肘。30 年代中期，双方的工作重点都放在上海，因而上海市的警察机关成为双方斗法的场所之一。CC系特工总部（即中央组织部调查科）上海区第一任区长史济美通过CC系掌握的上海市警察局督察室的关系，与上海市警察局所辖各分局打交道，但只能在华界地区活动，对于租界当局，是不能去联系的。史济美要捕人，只能用上海市特别党部肃反专员的名义向上海市警察局申请批准后才能执行，而且被捕者要首先送上海市警察局，这给CC系特务们处理中共案件，培养“细胞”、发展内线带来极大不便。当时任上海市警察局侦缉大队副大队长兼特务股主任刘槐因是戴笠的人，处处对史济美进行刁难。史济美忍无可忍之中，还不得不对刘槐低声下气，处处予以拉拢巴结。后来，史济美干脆向特工总部申请了一笔专项费用，按月津贴刘槐，这才算网开一面，让史济美把上海区反共活动的一些特殊工作维持下去。随着时间的推移，戴笠和CC系之间的斗争也就越加尖锐，以至到水火不容的地步。