1937 年2 月15 日至22 日，国民党在南京举行五届三中全会。这是抗日战争前夕国民党为商讨如何对付共产党和对日本方针而召开的一次重要会议。实际上，这次会议是蒋介石兑现在西安事变中的“承诺”，由内战独裁和对日不抵抗政策，向着和平民主和抗日的方向转化的开始。至此，全国抗日民族统一战线已经初步形成。国民党政策上的这一重大变化，使特务处的工作顿失重要目标，一时不免对反共活动无所适从，一部分特务甚至懈怠消极起来。
戴笠的应变能力是极强的。他揣摸蒋介石的心理，深知蒋之反共是终生矢志不移的国策。当前的国共合作，只不过是在西安事变后蒋迫于国内一致要求抗战的舆论而采取的权宜之计。戴笠认为，反共活动仍然是特务处最重要的工作目标，但是，必须在工作部署上有所变更和掩饰，公开的反共口号和旗帜不能再用了，可以加强秘密布置，用以退为进的方法指导反共活动。
为了迅速应付和适应这一变化了的形势，戴笠多次召集特务处高级特务进行研究，对特务骨干进行训话，指出国家进入抗战时期以后，仍然是进行反共活动的大好时机，“国民党掌握了广大的地区，有丰富的人力财力和军队，既可以利用合作对共产党搞打进拉出，又可以利用高官厚禄来收买，并从内部进行瓦解分化。同时，对不公开的地下党员可以用逮捕汉奸的名义，公开拘捕、囚禁、杀害；对公开了的中共党员可以进行侦察、监视、利诱、威逼。”戴笠分析说：“共产党员，生活艰苦，又没有官位，我们只要舍得拿出钱来，给他们官做，就不愁搞不垮共产党”，“这一政策一定要坚持执行，这一机会千万不能放过。”针对一部分特务对国共再度合作感到迷惑不解的问题，戴笠训诫说：“我们特工人员在政治上本身没有主张”，“我们不是政治集团，我们是领袖的耳目。”“一切唯领袖之命是从，贯彻领袖的意志，替领袖分忧。”如此，特务处的反共活动进入了一个新的时期。戴笠是国民党内较早地认识并运用新的方法和手段与中共进行斗争的顽固派分子之一。
国民党五届三中全会后，国共正式谈判。中共中央副主席周恩来于3 月下旬去杭州，与蒋介石谈判，中间经常回到上海作短期停留，居住在北四川路新亚酒店。戴笠闻讯后，亲自布置上海区长周伟龙调动大批特务进行监视跟踪。当时许多特务都不认识周恩来，戴笠就叫黄埔一期毕业的大特务吴乃宪去帮助指认，特务们在周恩来居住房间的西边和斜对过都开了房间，实行24 小时连续不断的跟踪。上海区对监视结果每天都要向戴笠作详细汇报，但始终没有发现重要情报。戴笠曾多次大骂上海区的特务是一群“饭桶”、“不中用的东西”。5 月份，蒋介石派军委会中将高参涂思宗率领一个访问团赴延安，意在和中共接触，了解延安方面的情况。戴笠知道后，认为这是一个对中共进行侦查的好机会，于是经蒋批准，乘机派遣中共叛徒、特务处军事科长杨蔚扮作访问团成员，随团赴延安搜集情报。但除了了解到一些一般情况外，也没有能弄到重要情报，只得无功而返。
随着国共合作抗日局面的逐步形成，戴笠意识到反共已不是国民党当前的主要目标，抗战已开始成为举国一致的大事。为此，戴笠决定逐步调整特务处的工作重点，加强对日情报和行动工作。这是戴笠特工生涯中的一个重要的转折点。就戴笠的思想倾向来说，他基本上属于黄埔系中主战的少壮派军人阵营。
1937 年7 月7 日晚，戴笠由庐山牯岭街到海会寺，参加庐山训练团第一期毕业典礼和第二期开学典礼。该团是由蒋介石亲自举办的，目的在统一全国党、政、军以及教育界中上层干部对抗战的思想。7 月8 日早晨，北平市市长秦德纯和驻守华北的国民党第二十九军军长宋哲元报告卢沟桥事变的电报分别到达，蒋介石当天就给宋哲元回电：“宛平应固守勿退，并须全体动员，以备事态扩大。”显示了蒋介石开始抗战的决心。
卢沟桥事变给云集庐山参加典礼的各省党政军大员以极大的震动，会前大家都在纷纷讨论这件事。许多军政大员因戴笠是蒋身边的亲信特务头子，了解和参与蒋的许多机密决策，也就聚拢在戴的周围，聆听戴对于形势的宏论。戴笠分析说：“我们这一次一定要打仗了”。当时有几位大员不无忧虑地诘问：“怎么能够打呢？”戴进一步分析必打的道理：“自从九一八以来我们签订了淞沪协定、塘沽协定。日本人没有一天不得寸进尺，步步紧逼，我们忍辱负重，以致到今天。如果这次再不打，试想，一般民众对于领袖会作何感想，我们又有什么方法可以避免亡国的惨祸？”当场又有人问戴笠用什么去打？戴笠回答说：“我们中国有两个不亡的道理，一个是‘置之死地而后生’，一个是‘哀兵必胜’，这在中国五千年历史文化上，可以证明。否则，猪吃饱了等人家过年，是绝对等不到自由平等的。”戴笠的这番议论给在场的许多军政大员们很深的印象。
庐山训练团毕业典礼之后，戴笠已知大规模的抗战将不可避免，即匆匆赶回南京进行布置。他首先指示特务处各外勤区、站、组要迅速布置潜伏组织，以应付抗战初期部分国土沦陷后的对日情报工作，特别是华北和东南沿海地区的各大城市尤应及早抓紧落实。其次，他规定特务处的工作要立即转入战时体制，精简机关，充实一线人员，提高办事效能，以适应战时需要。
不久，戴笠又下令，抗战期间特务严禁结婚，违者处5 年以上、10 年以下徒刑。为了家庭安全和减少牵挂，戴笠同时决定把母亲蓝氏和夫人毛氏送回江山县保安村老家，并打电报给在甘肃景泰县县长任上的弟弟戴春榜，叫他“景泰县长不必做”，回家照料母亲，并建造一座戴公馆，以减少后顾之忧。戴春榜遵命辞职回乡。后来由戴笠让他在忠义救国军里挂了一个少将军阶领薪水。
7 月中旬，戴笠亲自赶到上海布置对日工作和潜伏组织。当时，戴笠在法租界枫林桥附近的寓所召集上海区组长以上的10 余名骨干特务开会，讨论在吴淞、江湾、虹口和闸北4 个地点建立潜伏组的人事问题。因虹口和闸北地区是当时日本人集中居住的地区，过去只有一个在虹口东有恒路开小当铺的老板朱松舟是专搞对日情报的，也曾搜集到一些比较重要的情报，因此戴笠很重视这个潜伏组的力量配备，提出要有10 名左右的组员，并配备1 部电台，迅速派遣进去。但是当时的情况已发生了很大变化，七七事变后，上海形势一日数变，日海军第三舰队云集上海，对海面实施封锁；日军在各通衢哨所增加兵力，构筑工事，日夜连续举行演习，日侨开始撤离上海等等。上海一时谣言四起，人心摇动。这时在虹口区的中国人纷纷撤离，有钱的达官贵人坐飞机、火车、轮船跑到香港或内地大城市以及上海英法租界，没钱的也要携儿带女逃离虹口。在这种情况下，潜伏组进入虹口，不仅目标显著，极易被日奸注意，而且一旦暴露，随时有生命危险。因此，当上海区长周伟龙提出了两名组长人选时，他们马上表示自己的身份已经在社会暴露，不适宜做潜伏工作。周伟龙无奈，又提出由沈醉任组长。沈醉本想提出自己多年搞行动工作，也不宜进行潜伏活动，但是戴笠已不容沈醉开口，马上点头表示同意，又给沈醉戴“高帽子”，加以勉励说：“你是湖南人，一向不怕死，还是你去吧！”沈醉只好答应下来。
第二天，沈醉即开始着手找人，加上报务员共14 人，临出发前，沈醉去请示戴笠，潜伏组的工作目标除日军以外，要不要同时注意中共组织。戴笠沉吟了一下，指示可以不必专门去搞共产党，不过发现了还是应当要做这方面的工作。沈醉受命出发，进入虹口地区。由于这项工作开展得太晚，虹口潜伏组虽然在侦察、搜集日军情报、指示轰炸目标、进行暗杀活动方面做过一些工作，终无大的收获。加之沈醉等人不是黄埔学生出身，又没有受过正规军事训练，还经常在军事常识上出些差错。潜伏组建立不到1 个月，终在日军的一次大搜捕中被全部赶了出来。
戴笠正在上海紧张地布置潜伏工作时，蒋介石在南京紧急召回戴笠。让他参与侦破一起最高军事机密泄露案。原来在8 月初，蒋介石主持召开最高国防会议。会议的主题是贯彻“制敌机先”的战略，在日军发动上海战役前，先行歼灭在上海的日本海军陆战队，封锁江阴要塞，拦截江阴上游各港口和江面上的日本军舰与商船，确保南京、武汉等大城市的安全。但是这个命令还未下达到有关军队，原先耀武扬威地停泊与行驶在南京、武汉、重庆一带的日军舰船以及这一带侨民几乎在一夜之间撤往江阴以下江面，且撤退的情景非常慌乱和狼狈。在这同时，当蒋介石决定出席中央军校“总理纪念周”
对学生进行训话时，发现居然有日特事先得到消息企图混入，因门卫严密检查而临时逃离。蒋介石闻讯大怒，严令南京各特务军警宪机关组成联合专案组，迅速侦破。
戴笠经过分析，认为这两件被泄露的机密都是当时最重大的国家机密，事先能够与闻的人很少，只要把能够与会或接触到这两件机密情报的人员进行过筛排查，不难发现蛛丝马迹和嫌疑对象。果不出戴笠所料，经过一番严密的过滤，很快发现行政院机要秘书黄浚有重大嫌疑。此人是福州人，早年曾在日本留学，其子亦经日本留学被分配在外交部工作。经调查黄浚平时生活腐化，挥霍无度，其经济来源可疑。且黄浚是最高国防会议的与会人之一。
据此，戴笠进一步派特务对黄浚和其子进行监视跟踪，发现黄浚经常独自一人去的地方一是南京新街口一家外国人开的咖啡馆；一是玄武湖公园。
于是戴重点对这两个地方进行周密的设点监测，终于发现这是黄浚向日本人递送情报的地点。结果在黄浚和日本特务又一次交接情报时被当场拿获，其子也因参与他的活动被逮捕。经军事法庭会审，黄浚供认全部罪行，蒋下令将黄浚以卖国罪枪决。这是戴笠在抗战初期与日奸和日谍人员的第一次较量。