1938 年3 月29 日至4 月1 日，国民党召开了临时全国代表大会。大会于3 月29 日上午8 时在重庆国民政府礼堂举行开幕式，同日晚8 时移至武昌珞珈山武汉大学礼堂举行预备会议。在历时4 天的会议中，就政治、党务和军事等许多问题作了讨论。其中重要议程之一是决定撤销复兴社等党内各派系组织，设立三民主义青年团。同时决定对1935 年5 月成立的军委会调查统计局和1937 年9 月成立的军委会大本营第六部（即党务、特务部，陈立夫任部长，戴笠、徐恩曾分任该部的组长）进行改组。扩大成立为3 个公开的特务组织，一为隶属中央党部的调查统计局（简称中统局）、二为隶属军事委员会的调查统计局（简称军统局）、三为隶属军委会办公厅的特种邮电检查处（简称特检处）。
蒋介石规定，中统局局长由中央党部秘书长兼任，军统局局长由委员长侍从室第一处主任兼任。两统都由副局长负实际责任。这样，中统局局长由CC 系大头目、中央党部秘书长朱家骅兼任，徐恩曾任副局长主持工作；军统局局长由侍从室第一处主任贺耀祖兼任，戴笠任副局长主持工作。当时，表面上的理由是徐恩曾、戴笠等人的资历太浅，超升太快，难孚众望，但蒋的内心则是不想让特工头目地位太高，以至位高权重，难以抑制。因此，徐恩曾直到1945 年下台也没有能当上局长，戴笠的局长职务是在死后才公布的。
可见蒋对特工头目戒备之严。
戴笠未能当上局长，对郑介民的安排倒颇使蒋斟酌一番。最后决定在军统内设主任秘书一职，由郑介民担任。郑介民不愿屈就这个幕僚长的官职，采取软抗的办法，借故不到军统局工作，一心扑在军令部二厅中将副厅长的职位上。戴笠知道郑对主任秘书一职不感兴趣，只好在军统局内设代理主任秘书，初调大特务张严佛担任，后由心腹亲信毛人凤接替。从此，毛人凤在戴笠的逐步提携下，成为军统的“内当家”和接班人。
在这次特工机构大改组中，真正的赢家仍是戴笠。一是戴笠的死对头、CC 系大头目陈立夫经戴笠多次向蒋密报攻击，这次被蒋削弱了对中统组织的直接控制权，使中统力量有所削弱。二是军统局的历任局长贺耀祖、林蔚、张治中，钱大钧等人都清楚蒋的一贯作风，无不自觉回避军统局的实际工作，放手让戴笠去抓。三是将郑介民由副职降低为幕僚长，戴在军统更是一手遮天，无人能敌其锋。
军统局局长编阶为中将，副局长编阶为少将。5 月份，军统局在武昌平悦路正式成立。8 月初，戴笠正式就少将副局长职，并亲率军统局科长以上干部到武昌行营晋见蒋介石。接见时，蒋拿着一份事先由戴笠准备好的被召见人名单，逐个点名，点到某人时，此人即起身、肃立、注目，蒋先对此人端详一番，然后便按此人名单上的情况略问数语，如年龄、籍贯、学历、经历之类，并在那份名单上注上记号或写上几个字。点名之后，蒋便对全体人员作一番训示，要旨仍是强调特务工作必须绝对服从命令，作好领袖的耳目与手足，防止敌谍汉奸活动，增强抗战力量等等。然后由戴笠代表大家表示接受领袖的训示，努力去干，不负所望等等。蒋介石于此连说了几个“好！
好！”召见仪式便算结束。
中统、军统成立后，两统之间仍然互相攻讦，争功邀宠。蒋一方面有意使两统之间保持一定间距，相互制约，便于居中控制；一方面又不愿看到两统互相火并，以至两败俱伤，影响抗战和对中共的斗争。于是，蒋为了使两统能在一定程度上摆平，特对戴笠、徐恩曾面谕，对中、军统的工作范围作进一步分工，强调中统仍然着重于党务、政治、经济，军统继续着重于军事、特务武装和行动。蒋具体规定，中统越界在军队、军事学校、兵工厂、军需用品工厂中发展的线索和内线移交军统，军统在党、政、教育、经济、文化、一般民用工厂中发展的线索和内线亦移交中统。徐恩曾按蒋的吩咐，只在表面上做了一些工作，戴笠却连这些表面工作也不肯做。戴笠认为，抗战期间执行军事第一的方针，正是发展军统势力的大好时机，如果确按分工去做，岂不是作茧自缚，捆住了自己手脚。因此，从武昌珞珈山会议结束到成立中，军统的第一天起，戴笠就没有真正按中、军统的分工去做过。特别是当时在围绕流亡学生的争夺上，以戴笠为首的一批原复兴社高干发动了一场对CC系的凌厉进攻。
当时抗战初起，大批流亡学生、失业青年逃往大后方。这时，曾在淞沪抗战后担任前方办事处长、负责收容任务的大特务文强触景生情，认为如果能把这批青年学生召集起来，赋以战时短期训练，不啻是“团体”的一支重要力量。据此，文强写了一份建议书，派人送汉口面呈戴笠。戴笠接到文强的报告极为重视。学生训练问题，本归CC 系处理。但戴笠决定先下手为强，把这一大权从cc 系手中硬抢过来。戴一方面电召文强到汉口述职，进行深入讨论，一方面与胡宗南、康泽、桂永清等原复兴社高干交换意见，共谋良策。
1938 年4 月，文强到达汉口。参加了原复兴社高干的秘密会议。会议由戴笠主持，并说在座的都是同学，都是复兴社同志，要对校长负责保密。研究的中心问题是如何与CC 系、共产党争取失学失业的青年学生，所谓为国储才是百年大什，等等。接着由文强介绍了他写建议书的动因和动机，并说“我看逃难的青年男女学生，好像白纸一样，要染成什么颜色就是什么颜色。我们不抓到手，必为延安所争取，也许被CC 系所掌握”。文强讲完后，胡宗南首先发言，表示同意文强的看法和建议，并提出“非有专款和专设机构，请准校长批准非交我们来办不可，否则是办不好的”。胡宗南的结论性意见，得到康泽、桂永清等人的一致赞同，认为一定要争取时间，扩大地、有计划地来办。接下来在讨论上报校长的报告和计划书时，一致认为不可提与CC系争锋的事，而是与延安共产党争，要说得越厉害越好。善于制敌于先的戴笠已经准备好了上报校长报告书及计划书，大家一致通过。唯棋高一着地提出CC 系既抓党，又抓教育，完全不要二陈插手是办不到的，也是不应该的，最好是把要花钱的事，例如要继续升学的、全家逃难要救济的，都推给CC系去办。这样对蒋、对陈都有所交代。说完，大家都哈哈大笑。后来，桂永清通过创办战时青年训练团，康泽通过设立青年训导团、队等机构，大肆招收青年学生。胡宗南的规模更大，先后设立的机构有中央军校第七分校、战干团、劳动营、游击干部训练班、政工干部训练班、特种兵联合分校等等，尤以“青年将领”的招牌在西北地区到处设关建卡，拦截青年学生受训，扩充自己的势力。戴笠则通过大办特训班来贯彻他的意图。抗战期间，在全国各地举办的各种名目的训练班有数百个之多，受训的青年学生有成千上万，其确切数字，连军统人事处也没有彻底搞清过。许多青年学生的思想受到了毒害，为两统之间的争斗作了无为的牺牲。
由于戴笠等人的抢先一步，既有蒋的批示，又有专设机构、专款专人来办，使CC 系在这个问题上大为被动。CC 系头子陈立夫一提起这件事就要大发雷霆。1938 年5 月30 日，国民党副总裁汪精卫宴请中央社会部的重要干部。陈立夫在宴席上就忍不住大发牢骚说：“现在各机关都派人组织民众，大发命令，权限不清，系统不明。如果说时弊，这就是时弊中的最大者！”
陈立夫最后义愤填膺地说：“我对当前重大问题，曾提出计划，不但无法付诸实施，连拿出讨论的机会也没有，至今还在档案里睡大觉”。由此可见，戴笠等人的这一手，确是戳到了CC 系的痛处。
戴笠联合黄埔系的中坚力量，确是与CC 系打了一场漂亮的进攻战。但说到底，戴笠对康泽、桂永清等人不过是利用而已，一旦发现黄埔系内部有机可乘，他也是毫不客气的。1938 年，康泽受到陈诚和CC 系的前后夹攻，处境维艰。戴笠见此也趁火打劫，就向蒋保荐郑介民的广东海南同乡、当时与戴笠关系尚好的黄珍吾为别动队副总队长，后又以康泽兼职过多为借口，升任黄为代总队长，把康赶走。康不肯罢休，伺机又重新打回去再任总队长，把黄赶跑，戴见无望，也才罢休。
CC 系老是被动挨打，当然并不甘心。他们了解到争夺青年学生的计划和行动，戴笠是始作俑者，加之复兴社表面上撤销后，CC 系把打击的重点转移到以戴笠为首的军统身上，更与戴势同水火，立意要伺机报复。CC 系特务经多方调查，掌握到进步色彩很浓的“东北救亡总会”暗中受到戴笠的指导和经费接济，决定借此发难，给戴笠一点“脸色”。
首先由负责监视“东总”的CC 系特务齐世英、韩韬捏造了一个惊人的密报，说“东北救亡总会与共产党勾结，联合武汉工人，准备在武汉危急时，夺取汉阳兵工厂武器，举行暴动，劫杀蒋委员长”。然后再假刻印章，伪造了一个有“东总”负责人签名、各部盖印的“会议记录”和“暴动计划”，再由陈立夫将这个密报转呈蒋介石。蒋得报大怒，立批“严办”二字，并严厉申斥戴笠是不是要再来一次“中央党部事件”，限令戴立即查实具报。
戴笠是个心机极其缜密的人。他回到汉口办事处，对CC 系的密报进行了一番深入研究，看出了诸多疑问和破绽，如果“东总”要搞暴动，没有共产党的参与和领导是不可能的。但是这种又是签名、又是盖章、又是形成书面记录和计划的做法，似乎根本不是共产党的一贯作风。虽如此，戴笠却不动声色，他要借此进一步把“东总”推到cc 系的对立面，以壮大自己的势力。
5 月15 日，戴笠约见“东总”负责人之一王化一，一见面就用阴冷的语气说：“化一兄，我们要相见以诚。多年以来，有人屡次给委员长写报告，说东北救亡总会是共产党的外围组织，某某人是共产党员，我都相信你和几位负责同志的话，总说你们是个抗日救亡组织，多数人是四维学会的成员，因为老家没有了，说话有些激烈，那是自然的，但不是共产党的有关组织。
现在我自己打了嘴巴，欺骗了领袖”。王化一因摸不着头脑，故答道：“雨农兄，请相信我们”。戴笠盛怒地抢白说：“我过去最相信张副司令，对他从来未加过小心，但是他却搞出了西安事变。今天我不是凭空说话，请你看看证据”。说着把CC 系交给蒋的密报卷宗交给王化一看。王略为翻阅之后，就很快认定这是伪造，并指出三点明显破绽：一是记录有全体委员的签字，目前在武汉的委员不足半数，况有的签字根本不像，而且签字和记录都出于一个人的笔迹；二是按例从来没有在会议记录上盖章的；三是说东总和共产党、武汉工人勾结暴动，劫杀委员长更是捏造。
戴笠见目的已达到，也就送了一个顺水人情，于是用挑拨的口吻对王化一说：“这个案子如果当时交给中统局处理，恐怕明月桥已经贴上封条了”。
并说：“我认为你的看法有道理，不过我们必须有确定的反征才能答复委员长。你回去同其他几位负责同志研讨一下，怎样进行我们再商量。”
王化一回到明月桥“东总”会址后，经过研究，先由在武汉的“东总”
委员每人签一个自己的名字，再把各部部章和部长名章都盖在一张纸上，一并送给戴笠。戴笠当即从3 个方面进行核证，一是请一位银行的印鉴专家对签字和印鉴加以核对，结论确是相差很多；二是再派特务了解未签名的委员确是不在武汉；三是密令武汉稽查处处长、军统大特务赵世瑞以防奸查户口为名，对齐世英和韩韬等人的办事处及寓所进行突击检查，果然查出伪造文件的底稿和私自仿刻的大小印章。
戴笠搜集了这几个方面的铁证，立即给蒋介石上了一个洋洋得意的签呈。蒋阅后批交陈立夫、徐恩曾彻查，并把陈、徐大骂了一通。
1 个月后，戴笠密派武汉警察局的军统特务方超也对“东总”进行了一番突击检查。结果什么也没有查出，这才有所放心。事后，却派人向“东总”
通风，说此举是Cc 系的报复行动。
戴笠虽然借“东总”狠狠敲了CC 系一记闷棍，但心里尚不解恨。当时，他听到手下的特务密报，CC 系头子陈立夫、张道藩，经常与何应钦、陈公博、罗君强（军委会秘书处长）等人于深夜在租界的咖啡馆等处吃喝玩乐。戴笠当即在夜深的时候到这些地方去查访，果然数次碰到陈立夫、张道藩等人。
于是，再次把这些情况密报给蒋介石。蒋得报对何应钦电话申斥，对陈立夫书面责备，对张道藩当面教育，对罗君强撤职查办，算是按职论罪各得其所。
唯陈公博是汪精卫手下的改组派大将，故网开一面，未予查究。
中、军统成立后，特工力量迅速膨胀，情报数量越来越大，蒋介石深感军政事务繁重，难以对中、军统送来的情报一一详阅，因此考虑在侍从室内增设一名情报参谋，帮助他对各个特务系统送来的情报进行综合、校核、整理、分析工作，以提高对情报的利用质量，并减轻他的工作负荷。并有意考虑从CC 系特务或军统中选调。戴笠从蒋身边的亲信人员中得到这个消息，认为这个极其重要的工作绝不能让CC 系抢走，当即抢先一步向蒋推荐军统老特务唐纵出任这一职务。
唐纵于1936 年春夏间从德国奉调回国。蒋起初拟由他负责新兵补充事宜。唐纵因特工活动步步凶险，一着不慎，即招满身祸事，本意也不想再回特务处工作。但戴笠坚主唐纵回特务处，几乎是“三顾茅庐”，上门动员唐纵归队，并多次向蒋请求。蒋也考虑唐从德国学习了先进的特工经验和技术，让他去加强特务处的工作也好，于是仍把唐派回特务处。唐于此只好硬着头皮“归队”，初任特务处书记长，抗战后调任武昌行营调查科长等职。戴笠赶在陈立夫的前头为唐纵抢到这个要职，极为高兴，认为这是他与CC 系斗争取得的又一个重要胜利。CC 系也确为此懊恼了一段时间。但是一段时期之后，CC 系和戴笠都发现唐纵尽量在两统之间摆平，并没有公然袒护军统，有时甚至能在蒋面前切中要害地批评军统的工作。CC 系这才放心。戴笠也才发觉中了唐纵的韬晦之计，选错了人。但这时唐纵已受蒋的极端信任，被提升为侍从室二处第六组少将组长，主管情报业务。戴无可奈何，深悔当初过于轻率，没有缜密考虑。虽如此，戴笠在表面上仍然极力拉拢唐纵，以尽量取得在与CC 系特务斗争中的有利地位。但是，唐纵毕竟出自黄埔军校和军统组织，在感情上与中统往往格格不入，因此，在中、军统的争宠中，唐也往往站得靠军统近些，自觉不自觉地帮军统谋一些好处。比如，中、军统同样的情报送到唐纵手里，唐按例把军统的先送上去，然后再送中统的。久而久之，蒋形成一个印象，中统的工作总比军统滞后一步，工作效率不如军统高。这就使中统吃了不少暗亏，戴笠得到的好处当然也是不必说的。