作为蒋介石身边的亲信特工头目，戴笠有比常人更清醒的头脑和敏感的神经，尤其是他的强烈的反共意识，使蒋介石分外欣赏。抗战以后，国共进入第二次合作阶段。戴笠公开的反共口号不喊了，但隐蔽的反共活动始终没有停止过。他经常对身边的军统大特务们说，要在国共合作的新形势下，仍然看到中共是我们最大最危险的敌人，如果不把共产党消灭，大家都将死无葬身之地。由于戴笠所从事的特工活动，使他对国民党内部的腐败和堕落看得更为透彻，因而他对国共两党在未来的公开斗争中的处境更为忧虑，并处处不忘利用合作阶段对共产党处处加以限制和打击。
1938 年1 月，军委会成立政治部，陈诚、周恩来分任正副部长，贺衷寒任第一厅厅长，郭沫若任第三厅厅长。康泽任第二厅厅长，主管民众动员事宜。康泽上任后，邀请“东总”负责人、政治部设计委员阎宝航参加拟订计划，并以国民党中央宣传部原有的所谓组训民众办法作为蓝本，进行研究，意在对动员民众问题加以限制，设置障碍。这个计划受到在政治部内工作的共产党人的批评，阎宝航是中共地下党员，也对这个计划极力加以批评。一天，戴笠设宴招待王卓然、王化一、阎宝航、吴瀚涛、田雨时等东北人士。
席间，阎宝航再次批评康泽的这个动员民众计划与抗战精神背道而驰，对动员民众问题除了取缔限制，还是限制取缔。善于逢迎讨好、意图升官的吴瀚涛危言耸听地接上去说：“我们今天不能再来个双十二，张学良已经铸过大错，我们不能再铸个大错，一切都应听从中央。”本就对阎宝航有所戒备的戴笠听到这里，勃然色变地对阎说：“你这话是为共产党开路。老实说，共产党是壮汉子，我们是病汉子，我们不能跟他赛跑，还得拉着他后腿，不让他跑”。宴后，颇谙人情世故的戴笠自觉席上对阎宝航态度粗暴，于是又个别委婉其辞地对阎抚慰说：“玉衡兄，你是社会上有地位的人，言论有影响，以后有机会，我们再仔细谈谈，你好好了解我们的政策。”虽如此，戴笠关于“病汉子”“壮汉子”的观点，倒是多少对国共两党的状况说了老实话。
为了有效地与“壮汉子”进行斗争，戴笠从各方面调整部署，充实人员，要用所谓“看不见的力量”进行防共、限共、溶共、反共，尤其重视在西北地区的反共斗争，吹嘘要在中共的大本营陕甘宁边区周围筑一条无形的封锁线，紧紧地把延安困在里面，然后再派出大批特工打入延安，里应外合，彻底破坏中共组织，实现蒋介石用几十万军队在西北无法达到的目的。
戴笠在西北地区的反共活动虽早有布置，但收效甚微。1936 年，戴笠曾指示马志超办了一期“特警训练班”，这是军统历史上最早的专以打入边区为目标的训练班，并从南京派遣有对共斗争经验的特务骨干娄剑任队长，用半年时间训练了五六十名学生。期满后，挑选了小部分高材生混入延安，但很快因无法立足，只好撤回，戴笠原打算通过这些潜伏特务建立延安组的计划只好放弃。西安事变后，特务处在陕西的组织遭到严重破坏，活动暂时停顿。
1937 年初，“西北剿总”撤销，成立军委会西安行营，蒋调军政部次长顾祝同任行营主任。戴利用这个机会，派大特务王天木随顾祝同入陕，重建西北区。1937 年夏，又调原西北区第一任区长张严佛第二次入陕任西北区长，以加强西北地区的反共活动。张严佛第二次入陕不久，就与西安行营第二厅厅长谷正鼎、副厅长顾希平、行营政治部主任任觉五等人针对西安事变后国共合作的新形势，密谋策划，在西安建立了“特种会报”制度，联合西安党政军警宪特等各方面的力量，共同对付中国共产党。这个建议由西安行营新任主任蒋鼎文批准，于1937 年11 月正式施行。“特种会报”每星期举行1 次，参加成员分别是西安党政军警宪特的最高负责人，内容就是座谈关于中共问题、进步党派、青年学生等各方面的动态，商讨研究对策。
西安“特种会报”制度经西安行营和军统局西北区分别上报蒋介石和戴笠。蒋、戴都极为重视，认为这是国共合作时期防共、限共、溶共、反共的好办法，应转发各省施行。戴笠对此评价说，我们过去在防共问题上，都是各干各的，互相牵制，互相闹摩擦。我们的力量不是小了，而是分散了，对消了。久而久之，成了一个病汉子。而共产党与我们刚刚相反，他是以整个力量来对付我们的。用“特种会报”的办法来防共，确是“病汉子”对付“壮汉子”的一着高招。
西北区重建后，戴笠最关心的还是如何能直接派人打入边区或延安，建立延安站或潜伏组的问题。1938 年3 月，西北区通过陕西省电政管理局局长顾德明的关系，派遣西北区无线电支台台长汪克毅任延安电报局长，以便借此站住脚跟，再逐步发展组织，开展活动。戴笠接到张严佛的报告后，满心欢喜，称赞张这一手干得漂亮，一心等汪克毅能在延安干出成绩，好向校长报功。岂知，仅过了两个多月，汪克毅终因站不住脚，就从延安逃了回来。
这使戴笠非常失望，汪克毅从此被晾到一边，不得重用。
直接派遣特务难以打入延安和边区，戴笠指示张严佛运用小商小贩进入边区活动，搜集情报，认为这些人流动性大，不引人注目，即使失败了，于本身也没有多大损失。此举经西北区多次努力，因边区外的行商难以进入边区，边区内的行商只跟共产党走，收买不到，结果这个办法也只好作罢。
不久，军委会天水行营政治部决定派一个考察团去延安，戴笠再次派军统局直属通讯员郭子明随同考察团前往，来回半个多月，然后郭把在延安的所见所闻再加油添醋地形容一番，写成一份报告，报给戴笠。戴看了很满意，认为这是军统特务第一次成功地在延安搜集到的有较高质量的情报。由此，调郭子明到局本部党政处中共科任第一任科长，主持对中共的斗争。
戴笠在抗战初期反共活动的一个重大事件是指使军统西北区密谋暗杀了八路军的著名将领宣侠父。
宣侠父自从与戴笠、胡宗南在镇江三江营分手后，由蒋超雄直接带到南京引见给蒋介石，蒋手令宣为军委会少将参议，派驻淮阴第二十五路军梁冠英部，后宣侠父因反对梁部到江西围剿红军，再一次叛蒋而去。1937 年10月，中共中央在西安后宰门七贤庄1 号设立八路军驻西安办事处，宣侠父以十八集团军少将参议的身份常驻西安，与西安国民党各方面的高层负责人进行联络。
宣侠父有两次叛蒋经历，蒋极为痛恨。戴深知这层关系，密令西北区特务对宣侠父严加监视。经西北区以设点监视、流动跟踪、网络控制、建立内线等办法，广泛搜集宣侠父在西安的活动情报，并及时向戴笠汇报。从1938年初开始，戴笠先后数次向蒋介石密报了宣侠父在西安的活动情况，激起了蒋的杀机，5 月，西北区长张严佛调职武昌军统局代理主任秘书，戴笠又详细听取了张在西安监视宣侠父的情况汇报，再次向蒋作了密报，最后向蒋进言说，宣在西安简直是和我们捣乱，不把他除掉，西安非出乱子不可。由此坚定了蒋的杀心。
7 月，蒋介石正式向西安行营主任蒋鼎文下达了“密裁”宣侠父的命令，由蒋鼎文在西安直接指挥军统西北区执行，同时，戴笠也电饬西北区代区长徐一觉在蒋主任领导下完成“密裁”任务。
8 月间，军统西北区代区长徐一觉、行动股长丁敏之、直属组长李翰廷等人经反复秘密策划，由蒋鼎文于夜间用电话将宣侠父诱出八路军办事处，然后在半路设伏绑架后，用绳索在车里勒死，投入西安城内东南角城墙边下马陵附近的一口枯井内，上用泥土复盖，事后，分别由蒋鼎文和戴笠向蒋介石复命。
在西北地区，除了军统西北区以外，戴笠还从各方面配合胡宗南开展反共活动。
1937 年11 月，胡宗南率所部17 军团撤出淞沪战场，二次入陕，作为蒋介石手中的一张反共王牌，屯兵西北。戴笠先后派大特务江雄风、俞墉、赵龙文等人到胡部工作，加上主动投奔的梁干乔，在胡部形成一个能力很强的特工人才小集团，深受胡的器重。为了保护胡宗南的安全，同时协助胡宗南的特务系统与军统西北地区的特工组织的关系，戴笠于1937 年底选派浙警校特训班最得意的学生唐西园担任胡宗南的警卫组组长、随从副官、侍勤处长等职，唐深受胡的赏识，成为胡的亲信特务头目。以至到后来，唐之于胡，有如戴之于蒋，到了荣损与共的地步。
西北地区几乎成为戴笠进行反共斗争的第二个大本营。
从淞沪抗战到武汉保卫战时期，戴笠虽然反共的劲头很足，却屡屡不能奏效。他深知，一方面这是他过去擅长的动辄绑架暗杀的手段难以经常使用，手下又缺乏中统长期培养蓄积的反共理论和专业人才，军统虽然也集中了一批中共叛徒，但这些人过去在中共的地位不高，理论水平也有限，因而难以与中共进行有效的斗争。正是在这个时期，他从蒋介石那里得到中共陕甘宁边区政府副主席、代理主席工作的张国焘有意脱离中共的消息后，十分高兴，急电军统在西安的组织，全力配合蒋鼎文、胡宗南拟定接应张国焘到武汉的行动方案。
1938 年4 月7 日，张国焘利用到黄帝陵祭奠的机会，钻进了胡宗南所备的专车，4 月11 日到达汉口。6 天后，张公开声明脱离中共组织，4 月22 日国民党《扫荡报》发表《张国焘声明》，5 月6 日发表《张国焘告国人书》。
自此，张公开投靠了国民党。
张国焘到武汉后，蒋介石十分高兴，他初嘱戴笠照料一切，由戴安排张住在武昌小洋楼，并令武昌警察局长蔡孟坚负责保护，继而又决定交给中统运用，由陈立夫具体找张国焘密谈。这使戴笠极为嫉妒。他掌握到负责接待的中统特务、军委会特检处长丁默邨有贪污招待费的劣迹，就向蒋密报，蒋大为震怒。不但决定追究丁默村的责任，而且决定将特检处划归军统领导，把张国焘以军委会中将委员的名义交由戴笠运用。蒋的这一决定使戴笠兴奋得几乎不能自己。他连续几天惊喜得睡不着觉，每遇一些密友或手下的大特务时，总是得意地说：“连过去共产党中的权威领导人都来帮助我们工作，我们将来打垮共产党还有什么问题。”戴笠认为张国焘此举是对延安的致命打击，如果能利用他过去在中共的显赫地位和声望，对中共开展打进拉出的活动，即使不能彻底整垮共产党，至少可以对分裂中共组织起决定性作用。
戴笠还以能作张国焘的长官而感到自豪，把张作为得意的部属。在武汉时期，张国焘几乎成了戴笠宴客时座上最受欢迎的佳宾。戴每次请客，准备邀请张国焘去参加时，往往用很骄傲的口吻告诉其他被邀请的客人：“明天你来吃饭时，便可以看到共产党里面坐第三把交椅的人物。”
张国焘被交给军统后，戴笠安排各个特务组织轮流找张国焘谈话，索取中共党组织和军队方面活动的情报。张国焘对此十分卖力，供出了所知道的全部情况，并积极为戴笠的反共活动出谋划策。不久，武汉形势吃紧，戴笠把张国焘秘密送往重庆，准备作为手中的一张反共王牌进行充分运用。