抗战初期，一方面，军统在沦陷区的各级潜伏组织出现了一股背叛、分化、瓦解之潮；一方面，军统在国统区或大后方的各级组织利用手中的特权，大肆弄权作势，贪赃枉法，胡作非为，使军统恶名远播。这使戴笠感到一种危机，多行不义必自毙，忧虑如此下去，军统组织将有垮台的危险。1940 年12 月30 日，戴笠在重庆军统局本部孙总理纪念周上发表《发扬正气》的讲话时指出：“当然，就我们的政治环境来讲，有的人是很讨厌我们的。但抗战好几年过去了，人家都不能排斥我们，并且不能离开我们，为什么？这就是今天的基础和力量。这就是今天对时代的需要，所以今天我们的问题，不在于我们的工作是否重要，而在于我们的房子很大，柱头很小。我们本身的声望超过了我们的力量，我们怕的是自己实不足以副名，就我们现在所掌握的公开机关的业务性质来说，在交通方面有运输监察；在经济方面有缉私；在治安方面有警卫、稽查和特检；在内政方面有全国警政；在军事方面，各位知道，我们简直关系更大。总之，财政、经济、治安、交通、内政、军事，今天都已掌握在我们的手里。”权力越大，越容易产生腐化现象。为此，戴笠开始在军统内部进行整肃工作。
根据抗战初期军统各地潜伏组织纷纷背叛、瓦解的教训，戴笠首先注意在吸收军统成员时严格把关，驱逐不良分子。早在1938 年5 月4 日，戴笠就致电广州的军统组织，指出：“非常时期之工作，不可用流氓。因流氓行动招摇，不切实际，用之未有不败也”。1939 年7 月3 日，戴笠再次给军统各外勤组织指示：“发展工作需能结纳同志，深入群众”。以后，戴笠进一步提出军统工作的16 字方针“主义领导，理智运用，感情结纳，纪律维系”。
按照这个方针，戴笠十分强调军统组织的发展必须注重政治上绝对可靠忠诚，一方面要加强感情培养，一方面要用严酷的纪律来维系团体的存在。对此，戴笠曾经在军统局本部纪念周会上对军统大特务们大讲他的“官”、“管”、“棺”的三字经，即对特务统治的手法：先是给“官”做，但如果特务们贪赃枉法、不负责任，则加竹为“管”，如还不能达到目的，则加木为“棺”。
戴笠对“管”有很多手法，运用得最多的、惩罚最轻的一种，是在军统局本部纪念周大会上痛骂一番。戴笠骂人的特点是异常冷酷严厉，且越是人多的场合，越是在有来宾的场合，甚至越是在有夫人小姐出场的场合，戴笠骂人的劲头就越是足。因此每到纪念周或每年的“四一”大会、圣诞节、招待会、集会等重要场合，大小特务们无不战战兢兢，提心吊胆，担心由此要吃到一顿“大菜”，即使是亲信大特务亦不能例外。军统大特务赵世瑞，黄埔四期毕业，曾任军统局重庆卫戍总司令部稽查处处长、局本部缉私总处副处长，是戴笠身边的头牌宠信人物，但因为乱搞女人，与军统五原办事处副主任史泓一起，被戴笠在局本部纪念周大会上骂得一塌糊涂。
由于戴笠骂人言词尖刻，态度粗暴，有的大特务甚至因受不了戴笠的痛骂而自杀。曾任重庆卫戍总司令部稽查处副处长的王克全，原是中共叛徒出身，因参与暗杀杨杏佛、史量才而受到戴笠的赏识。但在一次日机对重庆的空袭轰炸中，他保管的100 枝刚从香港购进的左轮手枪被炸毁。戴笠是爱枪如命的，闻之大为光火，当即在电话中对王克全一阵痛骂，声嘶力竭地挖苦训斥：“你不好好保管这批手枪，是不是怕拿去对付你过去的老祖宗（指共产党）！”王闻之羞愧无以自容，精神崩溃竟不能自己，接完电话后，关上稽查处处长办公室的房门就开枪自杀了。军统兰州特训班教官宋良，因忍受不了戴笠的痛骂，竟出家当和尚去了。
对一些年轻气盛的大特务，戴笠不但予以责骂训示，而且故意降级使用，以磨其锋芒。军统大特务毛万里曾任军统北平区站长、区长，1939 年调重庆中央高级干部训练班受训后回到军统等待分配。戴知其恃上傲慢，好高骛远，就将他分配在重庆卫戍司令部稽查处当一名上校秘书。毛万里内心不服，大闹情绪，又遭戴笠一顿痛骂，说：“万（萬）字头上两只角，我是磨角人。”
毛万里知道跳不出戴笠的手心，只是收敛锋芒，老老实实在稽查处干了几年，才得到调升外放，成为独挡一面的大特务。
骂人之外，戴笠惩处特务的方法是撤职查处。在军统内部，大特务们受到撤职可以说是家常便饭。赵世瑞被骂过之后，因恶习难改，坚持要讨小老婆，被戴笠一纸手令，免去缉私总处副处长的本兼各职。受到过撤职或免职处分的还有不少将级大特务，有的还被关押过。至于中、小特务因失职或违反团体纪律被撤职、关押的更是不计其数。戴笠在西安一个会上，就曾经当场宣布将私自结婚的姜维世和陈友桂一对军统夫妇关押5 年的处分，以维护戴笠宣布的军统特务抗战期间不准结婚的禁令。自此以后，特务们均采取秘密结婚的办法，或谎称是从故乡来的父母包办婚姻，在沦陷区的特务则申请结为“工作夫妻”。
关押军统特务的地方也根据其罪行等级有所区别。罪行较轻的关在望龙门看守所，特务们称之为“小学”；稍进一步则关押到白公馆看守所，谓之“中学”；罪行很大的则关到息烽集中营，谓之“大学”。对于息烽集中营，军统特务沈醉在1941 年5 月8 日的日记中曾有过一段记述：“明选等纵谈息烽在押之人犯种种惨事，闻之使人抱无限同情，尤使人惊心胆小。对今后一切更不能不立稳脚跟，那儿真不是开玩笑的，越想越使人恐慌。人世间之惨举，一幕幕如摆在眼前。诸事留心，不自由的生活真太惨！”又在1942 年3 月6 日的日记中写道：“睡前谈杨（阳）朗坝之惨事太多，神经方面不无影响。为人莫犯法，犯法身无主，思之每为悚然。”
“管”不住，戴笠的手法就是加木为“棺”。抗战初期，戴笠为了整肃内部，表示军统的廉洁，即使是对一些罪不致死的特务，也动辄判处死刑。
贵阳邮检所一个女特务因贪污了几十元汇款，由戴笠亲自审问后处决。当时这名女特务正怀孕，挺着个大肚子，向戴笠哀求能让她把孩子生下来再去死，戴笠也未答应。
戴笠对军统中、小特务有生死予夺之权，可以不经过蒋介石批准而处死。
但有时为了沽名钓誉，在蒋介石心目中取得一个“治理严格”的名声，有意把一些具有宣传效果的案件报请蒋批准。1940 年春，戴笠的随身警卫员王春泉负债与财政部女职员李琼私自结婚，后为还债，借用军统局车队名义，私收重庆商行的运货定金。事发后，被戴笠以诈骗罪判处死刑，向蒋报告后，公开执行枪决。这一年的冬天，戴笠的汽车驾驶员马福玉受命去浙江给局本部运一批贵重药品回重庆，因受局本部汽车队长黄四钦之托，顺便帮他夹带1 箱走私的文具到重庆贩卖，被宪兵团查获。戴笠闻讯，认为马福玉丢了军统的面子，污了军统的名声，立即下令将马福玉扣押，送交军法处。经审讯后由戴笠亲自判成死罪，报蒋介石批准。马福玉为戴笠安全开车10 年，忠心耿耿，很得戴笠赏识，现在竟因受人之托带1 箱走私文具而成死罪，毛人凤、张冠夫不免可惜，于是向戴笠求情，免其一死。戴笠回答说，我报批马福玉的死刑，是为了促批王世和外甥那个案件。结果，王世和外甥没有扳得倒，马福玉却被蒋介石批示枪决，在重庆西区公园执行。马福玉终为王世和外甥而枉送一命。
在抗战前期被戴笠关杀最多的，还是因贪赃枉法而犯案的。即使对一些出身权势之门的特务，戴笠也毫不手软。一次，某中央委员因其子在军统供职时贪污被押，其人访戴笠要求宽大处理。戴笠虽然政治地位远不及中央委员，但权势之大又是中央委员远不及的。结果，戴笠当面应允，待这位委员刚回到家，即报其子已被枪决。还有一次，临训班一名教官调重庆工作后，偷窃同事公款3000 元，事发后戴笠下令枪决。行刑时安排得别开生面，先让该教官去篮球场打球，一球在手举起，行刑人员的枪声已响，人即倒下。戴笠说这是为了“不使殉法者以精神上的痛苦”，实际是杀鸡儆猴，威慑其他军统特务。
抗战期间，戴笠为了整肃内部，到底枪决了多少特务，实无从统计。据说，在军统成立10 周年召开的“四一”大会上，戴笠曾将殉职者与殉法者的照片都在会场陈列起来，两种人加在一起，约500 多人。可见所谓殉法者，当不在少数。戴笠为了笼络人心，对被处决的特务家属，给以与殉职者同样优厚的待遇，对其子女的抚恤也从厚从优，以此表示“团体”的关怀和“家长”的慈悲。军统安徽站芜湖组组长洪云樵，因“擅自撤退”被戴笠下令枪决，后戴笠电令安徽站贵池组组长汪半樵派特务吴智新到泾县桥河查访洪云樵遗孀遗孤上报，不久即予以抚恤安置。平时每逢春节，殉法者家属与殉职者家属一样都能领到怃恤金，婚丧以及意外事故都能批给资助金，以激励和宽慰生者与死者。
为了进一步加强内部整肃活动，从1940 年开始，戴笠在重庆赣江街82号江西会馆万寿宫内秘密开设了监察人员训练班，其任务就是为了加强对特务的秘密活动。不久，戴笠又批准成立视察人员训练班，其任务是对特务进行反贪污活动，班址设在距重庆松林坡戴公馆100 米处，戴笠称他们是特务中的特务。到抗战中、后期，因军统的贪赃枉法、违法乱纪活动愈演愈烈，加之戴笠自身也弄权作势，故眼睁眼闭，不了了之。所谓整肃，也成了整而不肃。