抗战期间，重庆成为国民党的陪都和国统区的政治、经济、文化中心，为了确保这块反共基地的建设，戴笠几乎调动了军统在重庆的全部力量与中共进行斗争。由于这时国民党不得不在表面上承认共产党的合法身份，因此戴笠在反共手法上也有所变换。
首先，戴笠为了加强反共、防共活动的隐蔽性，注意尽量缩小或撤销公开的反共组织建制，以示维护国共合作的诚意。但在私下，戴笠向重庆局本部所属大大小小50 多个内部组织指示，任何一个军统组织机构都不准放弃对中共的斗争，反共防共是每个特种工作人员的首要任务。军统局重庆特区是抗战时期最庞大的军统外勤组织之一，主管重庆市和川东数十个县的特务工作。戴笠在与历任区长上任谈话时都反复交代，要把对中共的工作作为特区工作重点中的重点，特别是中共办事处与《新华日报》所在地的西郊区特工组，更受到戴笠的关注，不断从人力、物力上进行充实加强。
戴笠交待的监控对象除中共办事处、八路军驻重庆办事处、《新华日报》社等中共组织机构及工作人员以外，还有宋庆龄、史良、沈钧儒、张澜等民主爱国人士。当时因为特务们监视宋庆龄的活动过于嚣张，惹恼了宋美龄。
为此事，宋美龄曾在电话中很严厉地交代宋子文说：“你关照他们（戴笠）
一下，不准在阿姐那里胡来，如果我听到有什么的，我是决不答应的”。戴笠接到宋子文的电话，感到很为难，但思来想去，觉得闹出乱子来，校长还是拗不过夫人，因而对监视宋庆龄的活动有所顾忌，并交代特务们注意策略，不得粗鲁胡来。
军事委员会办公厅特种邮电检查处是由戴笠掌握用来反共防共的最重要的军统公开机关之一。该处的工作重点就是对中共在重庆的办事机关和所有领导人的信件书刊往来及电话进行检查，对邮往外地的《新华日报》进行扣压。国民党政府各机关西迁重庆后，戴笠为了防范中共派人打入这些机关，经报蒋批准同意，便用蒋的名义密令各院、部、会选调一批忠实可靠人员交特检处进行反间谍训练，以便增加军统反共的耳目。
兵工署历来是戴笠注视的一个重要部门，戴笠慑于该署署长俞大维是蒋介石的心腹亲信，不敢与之争锋。国民党五届五中全会以后，戴笠趁机利用反共防共这个题目大做文章，引起蒋的重视。蒋当面向俞大维交代，成立兵工署警卫稽查处，交给戴笠掌握。戴笠专门选派对付中共有经验的老特务张师主持该处工作。
戴笠反共，有时甚至谨慎到恐惧的地步。他日夜担心重庆发生由中共组织的游行示威或暴动，一时没有力量进行应变或镇压，于是在重庆卫戍总司令部稽查处下成立1 个名为侦察大队的组织，先后从各地挑选了200 多名武装特务，终日一边进行训练，一边整装待发，随时准备应付突发情况。除此以外，戴笠还注意在饮食业、医疗卫生界、新闻界、文化界、交通运输业等各方面建立秘密据点，派遣特工人员，开展防共、反共活动。
戴笠在重庆时期开展反共防共活动的另一个手法是广泛运用高级通讯员和情报员。戴笠深知一般军统特务的文化、职业和道德层次很低，无真才实学，这些人往往成事不足，败事有余。当时有两件事发生后使戴笠对这个问题尤为警惕。一件事是关于兵工署警卫稽查处的特务陈昌熙密报某工厂高级职员是共产党嫌疑的事件。因戴笠反共立功心切，对此事未经核实就批准将这名高级职员扣留。结果引起俞大维的愤怒，告状告到蒋介石那里，蒋要戴查实具报。戴笠因提不出有力的证据，难以向蒋交差，一怒之下将陈昌熙枪决，以取得俞大维的谅解。另一件事是负责监视中共办事处的军统重庆特区西郊组的外勤特务向军统局请求领取枪支，以便对付中共人员。戴笠听说后大骂这些特务不能很好地隐蔽自己的身份，惟恐别人不知道自己是军统人员，完全失掉了做秘密工作的意义。这两件事使戴笠认识到与中共进行斗争，必须着力在建立高级通讯员和情报员上下功夫。
戴笠运用的高级通讯或情报人员大都具有较高的地位、职业和文化知识层次。其中既有来自党派团体的知名人士，也有来自政府各部、会的高级职员，还有一些来自经济、金融、新闻、文化、旧军队、帮会、宗教等各界人物。特别是一些以第三者或中间面目出现的政党、团体和知名人士，更是戴笠网罗的对象。戴笠认为这些人往往也是中共争取的对象，因而更容易与中共组织接近。对这些高级通讯员和情报员，戴笠不但在金钱上舍得给予补助，而且在职业、交通、人事关系等方面尽量给予便利。但是，有些通讯或情报人员拿了戴笠的钱，往往用一些道听途说的资料“加工”一下报给戴笠。戴笠吃亏多了，以后得到那些人的情报后，总要交给军统相关部门进行复核印证。也有不少人长期拿了钱却做不出情报，戴笠虽然在私下里发一通牢骚，“有些人拿了我的钱却不给我们做事，有的人不要我们一点好处却异常卖力的帮助我们”。但是，还是照发津贴。在他认为，要钓大鱼，必须先放长线，一旦钓到一条大鱼，则一切都补回来了。
戴笠在重庆开展反共防共活动的再一个手法是仿效西安特种会报的办法，积极建议和推行甲种、乙种会报机构。甲种会报每次都在重庆中山四路蒋的住处进行。蒋介石亲自主持，出席者都是蒋介石身边的高级谋士或军政大员。会报内容主要是共产党活动情况、重大反共案件的处理以及如何深入反共防共等等。乙种会报虽然也在蒋介石的官邸举行，但主持人则换成侍从室第六组组长唐纵，出席者是军统、中统情报组长，国际问题研究所所长，外交部秘书，军令部第二厅处长等。表面上是研究日伪军的动态，实际上也是商议对八路军、新四军及人民武装在前线和敌后建立根据地的活动和对策。
甲、乙两种会报之外，还有一个“中央党政军联席会报”机构，参加会报的成员有中央组织部、军令部、军统局、中统局、宪兵司令部等单位，由何应钦以中央执委和参谋总长的身份主持，会报内容亦是开展反共防共活动。
戴笠对以上3 个会报都极为重视，每逢甲种会报，必亲自参加，并认真准备汇报材料，以博取蒋的信任和重视。对乙种会报和中央党政军联席会报，戴笠也指示出席者积极参加，利用会报机构努力与中共进行斗争。
戴笠在重庆时期最感头痛的是关于阻止《新华日报》的发行问题。当时，国民党对新闻舆论控制极严，唯有《新华日报》不受其制约，敢于报道事实真相，这使《新华日报》销路大增，以至风靡重庆、行销全国。为此，甲种乙种会报及中央党政军联席会报都曾讨论过这个问题，蒋介石当面指示戴笠、徐恩曾要想出对付《新华日报》的办法，戴笠指示特务们先后用殴打报童、从报童手中强抢报纸销毁、通过邮检扣压、收买报贩把头邓发清、策动流氓阿飞到《新华日报》门市部捣乱等办法，均未能奏效。气得戴笠经常把负责这项活动的重庆稽查处处长陶一珊找去痛骂一顿。
为了把重庆布置成反共防共的大本营，戴笠几乎是动足了一切念头，使尽了浑身解数。尽管如此，还是发生了共产党打入军统心脏重庆电讯总台的重大案件，使戴笠极为震惊。
1940 年春天，军统局电讯处从一次电讯事故的处理中发现重庆电讯总台报务员张蔚林有中共嫌疑，当即向戴笠报告，戴大吃一惊，命令迅速扣押张蔚林，并亲自主持审讯和清查深挖活动，先后逮捕了冯传庆、杨* 、安文远、余力耕等电讯人员，平时与张蔚林接触较多的张露萍也被逮捕，一并囚禁在重庆稽查处看守所内。
原来，这确是一起中共地下组织案件。核心人物张蔚林是无锡人，从特务处上海三极无线电传习所举办的特工电训班毕业后参加特务处江西省站瑞金组。在这段时期，他与中共地下组织发生了联系，并秘密加入中共。抗战后，张蔚林被调往重庆，先后任军统局电讯处科员、重庆稽查处电讯监察科报务员、电讯处重庆总台报务员等工作。在重庆电讯总台，张蔚林先后发展了报务主任、扬州人冯传庆，报务员、辽宁人杨、余力耕，南通人王某等5 个人加入中共地下组织，成立了党小组，并与中共重庆地下党组织取得联系，由女共产党员余慧琳进行联系。余慧琳是四川崇庆人，曾在延安鲁迅艺术学院受训，1938 年加入中共，人极聪明、漂亮、机灵。1939 年到重庆后化名张露萍，对外称是张蔚林的妹妹，与张蔚林进行接触。张蔚林被捕后，利用案件尚未明朗的机会，以50 元法币买通看守所所长毛烈，请其为“家里”送信，地址是重庆市中山二路四德里14 号。结果使中共地下组织得以及时转移，避免了更大的损失。事后，戴笠得知是毛烈送信放跑了中共“要犯”，勃然大怒，立即下令扣押毛烈。毛烈本是戴笠的江山小同乡，又是军统局党政处长何芝园的小舅子，一向横行霸道、弄权勒索，不想此次栽了跟头。虽经何芝园老婆毛同文亲自向戴笠求情，亦未能救毛烈一命。第二天，戴笠下令将毛烈枪毙。多年以后，戴笠为此还恨恨不休。并严格规定，所有政治犯一律不准囚禁在公开特务机关，必须送到军统局望龙门看守所。此案发生后不久，戴笠下令将张蔚林、张露萍一行6 个人送贵州息烽集中营关押。1945年7 月25 日抗战胜利前夕，戴笠指示集中营主任周养浩将6 个人杀害于快活岭。张蔚林“共案”的发现，与1931 年中统发现的钱壮飞“共案”，被蒋介石认为是国民党特务组织两大耻辱。为此，戴笠被蒋介石狠狠地臭骂了一顿，使其在蒋介石面前很长时间抬不起头来。