1940 年7 月8 日，戴笠在重庆局本部纪念周上发表讲演，提出“以不变应万变”的原则，并指出“我们工作有三件事，就是情报、行动和电讯，一切工作以增进这三件事的效能为目标，个人方面都要合乎这个工作要求”。
戴笠是个搞情报的老手。在情报业务方面，他认为除了必须掌握《孙子兵法》的“用间”篇、“三十六计”等应变技能外，主要是如何善与人交，投其所好，了解对方心理，取得信任、学会驾驭人的办法。戴经常对大特务们说，概括而论，做特务工作，收集情报，并无一定技巧，而在善于做人做事，洞察人情世故。
如何洞察人情世故，戴笠的经验就是“五字秘诀”，即“裙、办、师、财、干”。只要抓住了这5 个字，并懂得运用之妙，存乎一心，便无往不通，无往不利，无往不胜了。戴笠给手下的特务们解释这“五字诀”时说，中国人玩政治，离不了裙带关系；办“外交”离不了苏秦、张仪那样的说客。现在这样的人物，叫做驻京或驻地方办事处的处长。他们是个千里眼，万事通。
中国人玩政治，离不了“师”，师就是军师，绍兴师爷之流。现在的机要秘书、参谋长，是智囊，是出谋划策者，上下通气，一通万通。戴说：“我之将财字排在后面来谈，不是不重要，而是更重要，它是压阵脚的东西。无钱法不灵，有钱买得鬼推磨。玩政治谁能少得了钱，古今中外恐怕都是一样吧。
当五字诀同时都抓到手是没有的，破竹过关，要一节一节因势利导地去干。”
虽然如此，在抗战以前，戴笠的特务工作仍然是以行动工作搞暗杀、绑票出名。但做情报工作，特别是做中共的情报工作，总是做不过中统特务。
究其原因，戴笠总结的这些“洞察人情世故”、“五字诀”之类的情报工作经验，都是从做反蒋派情报实践中得来的，用到做中共的情报实践中总是不灵，故而CC 系大头目陈立夫历来对戴笠手下的特务是看不起的。但是抗战以后，情况为之一变。卢沟桥一声炮响，国共二度合作，中统顿失工作对象，一时无所适从。倒是戴笠的军统特务，因适应形势的需要，不独在除奸、暗杀等行动工作方面大出风头，而且通过运用“五字诀”做日伪情报，特别是在通过大批投伪的汉奸特务取得情报来源方面占尽优势。在当时“抗战第一，军事第一”的口号下，日伪情报被提到重要位置，由此，军统在蒋介石心目中的地位陡增。在此基础上，戴笠进一步从组织体制上加强特工队伍的建设。
1941 年9 月18 日，戴笠针对沦陷区特务工作的特点，就加强情报工作发出手令：“一、第一处所拟工作部署之地区，固属重要，但有许多地点，只设一通讯员，不另设交通，则紧要情报之取得，临时由何人传递，实一问题。故组员与组长之间，如不设立交通，则每一单位距离组部较远地区之通讯员，非设置一助手不可。二、无论在任何地区之通讯员，均应有适当之职业掩护，而此种掩护职业，亦须便于活动者，如在阳罗之通讯员，最好以开小杂货铺为妥，因为万一无电台可通，亦可借采买货物，至武汉送情报来也。
至于掩护商店，不一定要吾人自己来开设，可于当地物色可靠有知识之小本商人，详加指示，而令其担任也。”由此可见，戴笠对情报工作体制的要求，重在实用、实效，反对追求形式，沽名钓誉，搞花架子。这是戴笠在情报工作中能做出成绩的重要原因之一。
除了加强一般情报工作外，抗战以后，戴笠在开展国际和海外情报活动，加强国际情报合作方面，有长足发展。1940 年夏，为了及时了解和掌握日军在南洋一带的活动动向，戴笠派军令部二厅副厅长、局本部主任秘书郑介民亲赴南洋一带视察，于菲律宾马尼拉等地设立情报组，以便加强这些地区的特工活动和组织工作。同时，戴笠应香港当局邀请，派陈一白以军令部第四处名义建立第八工作队，从事香港航空情报侦测工作。1940 年和1941 年，戴笠为了加强南亚一带的特工活动，两次亲赴缅甸视察，建立情报网，并通过孔雀公司领得商用大卡车牌照1000 张，用于滇缅公路运输线。
1940 年下半年，由郑介民联系，蒋介石批准，军统分别与苏、英特工人员合作成立“中苏情报合作所”和“中英情报合作所”，经戴笠推荐，中苏所所长由军令部二厅厅长杨宣诚兼任，副所长由郑介民和苏方1 名人员出任，所址设在重庆夫子池来龙巷庆德里1 号。该所对外由军令部出面合作，而实际工作全部由军统主持。任务是侦收和研究翻译日本陆空军无线通讯密电码，并在重庆南岸黄山放牛坪茶亭子附近设立电讯侦测总台，由戴笠派特务萧坚白任总台长，苏方派副总台长和几十名技术人员。同时，戴笠为了能尽量把苏方侦译日本密码的技术学过来，也为了能在苏方人员中进行收买拉拢，从中布置情报工作，特地把俄语说得流利，善于交际应酬的大特务谢力公、吴景中等人派去该所任科长。另外戴笠还拨出在赣江街附近的一座小洋房交给谢，作为联络应酬之用。谢力公为此虽花了戴笠不少钱，但却没有达到戴笠期望的结果。3 年后，因中美所成立，这项合作也就中止。“中英情报合作所”所长由戴笠推荐军统大特务、时任军委会别动军司令的周伟龙担任，英方特工安德逊任副主任。所址设在重庆小龙坎红糟坊周家湾别动军司令部旁边。该所的任务是由军统向英方提供日本陆海空军在中国沿海及大陆活动的情报，其中着重于日本空军的情报。为此，戴笠曾两次派出特别工作小组，分别去香港、印度、缅甸工作，专门侦测日空军的活动和研译日空军的密电。英方特工曾多次派人想学习军统这方面的侦译密码的技术，但戴笠对此严加提防，双方合作貌合神离，在中美情报合作所成立后，军统也停止了与英方的情报合作。
抗战时期，戴笠在做国民党派系情报工作方面的重要成果是掌握了阎锡山的内幕。自北伐以来，国民党内能够与蒋介石形成劲敌的西北军冯玉祥集团、东北军张学良集团先后瓦解。桂系李、白集团率部出桂参加抗战，与蒋的矛盾缓和。唯有阎锡山的晋军集团，仍然以山西为根据地，继续当他的土皇帝，成了蒋的心腹之患。抗战以前，戴笠为做阎的情报工作，在阎的身边钻营了多年，总是钻不通，原因就在于阎锡山通过各种法西斯手段，对内部控制相当严密。阎锡山的妻妾不许与外人接触，也不许过问幕府里的事。故戴笠的“五字诀”攻不破阎的铁幕。戴为此叹息：“中国最难对付的是山西九尾狐狸阎锡山。”抗战以后，戴笠打听到阎锡山与其胞妹阎慧卿乱伦通奸，阎慧卿利用她的特殊地位经常干预“政事”。于是，戴笠派山西人、黄埔军校五期毕业的大特务乔家才任军统晋东南站站长。目的之一就是做阎锡山的情报。乔家才按照戴的计划，先是给阎慧卿赠送衣料、首饰等贵重物品，暗送了一段时期，却从不提任何要求。阎慧卿逐渐尝出甜头，开始自己找上门来。从此，阎慧卿对乔家才有求必应，阎的内幕全部被戴掌握。以后，戴笠通过阎慧卿，逐步将阎锡山身边的重要人物梁化之、吴绍之、黄胪初等人拉了过来，更有的人被发展加入军统组织，只将个阎锡山蒙在鼓里。结果，阎在山西的一举一动，蒋、戴莫不清楚，阎在抗战期间也始终不敢有所异动。
抗战以后的最初3 年间，军统的暗杀活动达到高潮，尤其是在上海演出了一场自上海开埠以来最触目惊心的大暗杀。在这几年中，仅在上海一地被各种狙击暗杀的死伤人数就达数百人之多。其中影响最大的除唐绍仪被杀案之外，还有张啸林、傅筱庵被杀案。
暗杀张啸林一案，戴笠从1938 年5 月汉口谈话会后就开始秘密布置。并先后派遣脚踏青帮和军统两条船的于松乔、陈默到上海执行杀张任务。于松乔、陈默都是杜月笙的亲信学生，对张啸林的活动规律十分熟悉。他们先后两次在上海更新舞台与福熙路口狙击，均未能成功。两次失败后，军统上海区刺张行动组调整部署，决定派遣杀手林怀部打入张啸林身边当保镖。1940年8 月14 日，林怀部在张啸林密谋出任伪浙江省长前夕，将张啸林击毙在家中。
暗杀伪上海特别市长傅筱庵的行动是通过收买傅筱庵身边的义仆朱升源进行的。朱升源少年时在日本人开办的工厂当过童工，受过日本人的欺压虐待，对日本人恶感很深，有一定的民族正义感。傅筱庵当了汉奸后，朱颇不以为然，因而被军统特务利用。1940 年10 月10 日夜，傅筱庵宴游归来，倦睡之际，被朱连砍三菜刀，当场毙命。
张、傅两个一等一的大汉奸被杀后，军统上海区连受戴笠嘉奖。1941 年春，军统上海区与汪伪76 号特务之间的争斗，围绕上海银行业的火并而达到高潮，双方制造了多起震惊国内外的大血案，直杀得双方银行职员胆战心惊，无法工作。重庆财政部门为此向戴笠提出了质询。戴笠感到这样下去，势必两败俱伤，于是主动通过香港杜月笙设法斡旋，暂弭杀风。杜月笙通过自己的门生高兰生，找到76 号大特务吴四宝，通到李士群那儿，李士群欣然同意。
双方达成默契，上海大暗杀就此罢休。
抗战初期，军统活动的最大成就是在侦收和破译日军电讯密码方面。1936年，由魏大铭破译出一份日本外交密电，首开记录。1938 年，戴笠在“破译是胜利女神”这句军事谍报界名言的影响下，报请蒋介石批准，通过驻美使馆的秘密联系，聘请破译精灵、闻名世界的破译巨星、美国密码之父赫伯特·O ·亚德利来华，传授无线通讯破译技术，年薪1 万美元。1939 年，戴笠从俘虏的日本空军大石信三的口供中得知日军使用的密码由日文50 个字母组成，对破译无线电密码取得突破性进展。
1940 年，美国破译专家亚德利与中国女友徐贞合作，经过艰苦努力，终于破译日谍“独臂大盗”的书籍密码，从而帮助戴笠破获了1 个超级谍网。
“独臂大盗”是川军高炮部队的1 名军官，此人虽出身土匪，但会说流利的英语。他勾结蒋介石的德籍军事顾问赫尔·韦纳，组成1 个间谍网，并将中国高射炮的最高射距1 ．2 万英尺用密码密告日军，日军轰炸机由此在1 ．2 万英尺以上高度航行，独来独往，狂轰滥炸，给重庆带来巨大灾难，中国高炮火力却对之无可奈何。军统虽然抄收了“独臂大盗”发出的大量神秘密码，由于无法破译，故始终不好下手。经亚德利反复研译，终于发现“独臂大盗”
使用的密码是“无限不重复式”，即使用过的密码决不再用，并得出结论，这种密码是书籍密码，底本是一本英文长篇小说，它的前100 页中必定有连续3 页的第一个词分别是her 、light 、grain （或groin ）。为了能找到这本英文小说，亚德利请新结识的漂亮女友，也是独臂大盗的女友徐贞小姐相助。
徐贞出于爱国热忱，不避险恶，慨然应允。2 个人设计到大盗家中拜访。经过一番艰险丛生的周折，终于由徐贞从大盗的书房中弄清其使用的书籍密码的底本是美国著名女作家、诺贝尔文学奖获得者赛珍珠的长篇小说《大地》，该书的第17、18、19 页上的第1 个词果然是亚德利分析推导的那3 个词。亚德利回去后，当即设法找来1 本《大地》，连夜组织人苦干，终于破译了大盗的密电。所有间谍活动均被戴笠掌握，参加这个超级谍网的成员也全部落网。该案的破获使日汪十分震惊，蒋戴额手相庆。蒋亲自召见亚德利，嘉勉良久。徐贞因协助亚德利侦查书籍密码底本，被日汪间谍人员注意，于是决定赴香港。徐贞于去机场途中渡江时，被蓄意制造的舢板翻沉事故淹死在江涛之中。亚德利闻讯，悲愤交加，于1940 年7 月完成与戴笠的约定后回国。
1941 年，亚德利写成记叙中国之行与徐贞功绩的《中国密室》一书，但美国务院以保密为由禁止出版，直到1983 年该书才得以付印发行。
1941 年，戴笠的军统对日密电侦收和破译工作已有相当基础，并不断取得新的成就。
第一是军统经济专家邓葆光通过分析破译的一份“日本外交密电本”，发现日本正与苏联政府举行商务谈判，由日方以橡胶交换苏联的木材。日本是个资源贫乏国，何来橡胶资源？由此，邓葆光断定日军将南下侵略盛产橡胶的东南亚诸国。这份情报由戴笠转告英国远东军总部，但未引起重视，再转告美国海军参谋部，引起美方重视。美海军参谋部开始派人与军统邓葆光等经济专家接触。
第二是军统于1941 年11 月份破译出一份日本外交密电，日方派富有谈判经验的前驻德大使来栖三郎去美国执行“和谈”任务，企图与美结盟。戴笠即将这份密电呈送蒋介石。蒋令外交部长郭泰祺致电美国总统罗斯福，要求美向日宣战，否则中国“自己出卖自己”，郭泰祺则以宋美龄的个人名义发出该电。由此，美在与中、英、荷、澳等国使节磋商后，交给日方一份《赫尔备忘录》，要求日本从中国和印度支那撤出全部军队，在中国除支持蒋介石外，不得支持任何其它政府或政权，以及废除日、德、意三国同盟条约等等。由此，美日“和谈”未有成果，导致日方加紧进行偷袭珍珠港的准备。
第三是1941 年12 月初，军统破译出日海军将偷袭珍珠港的密电。经蒋介石批准，由戴笠将这份密电经军统美国站站长、中国驻美使馆武官萧勃，通过中国驻美大使郭德权透露给美五角大楼海军司令部，但未引起美国海军应有的注意。不久，珍珠港事件发生。
戴笠在加强军统对日密电侦收破译工作的同时，军统电讯业务得到空前的发展，工作人员达4000 余人，电台达数百部之多。不但所有的外勤区、站、办事处等机构配备了电台，一些大区还建立了支台，而且大多数外勤情报组也配备了电台，使军统的工作效率大大提高。但军统电讯专家魏大铭把持电讯处，在军统内部俨然是一个“国中之国”，渐渐引起戴的疑忌。因而萌生“去魏”之心，只是苦于没有把柄，一时不得下手。1941 年夏，福州第一次沦陷，蒋介石向戴笠催问日军在福建的活动情况。因在这之前，蒋曾关照戴应在福建沿海地区多布置一些潜伏电台，以作应变措施。戴亦批示魏大铭办理。但是，现在军统电讯总台与福建沿海潜伏电台联系不上，戴情况不明，无法向蒋交待，不由得把一腔怒气集中到魏大铭身上。戴把魏大铭叫到电讯总台，责问他为什么不能通报，魏认为可以联系上。戴目露凶光地掏出手枪向桌上一拍，指着魏说：“叫不通福建的潜伏台，它就对你不客气了”。魏果然技艺超群，上机不到1 小时，就叫通了对方。这使魏躲过了一次厄运，也使戴顺利地在蒋面前交了差。在整个抗战时期，军统的电讯技术和由此而产生的工作效率，不但是国民党集团中无可比拟的，就是在世界上也是出类拔萃的。