自1938 年创办临训班成功之后，戴笠举办各种训练班的劲头一发不可收拾。到1941 年，在军统内部已经形成临训、黔训、息训、兰训、渝训等五大训练班，以及息烽、兰州、重庆、东南建瓯等四大训练中心，达到抗战时期特工训练的第一个高潮。
黔训班成立于1938 年12 月，因班址设在湘西黔阳县而得名。该班分游击、情报、行动、会计、电讯、缉私6 个大队，学生900 余人，于1939 年11 月毕业。因黔训班是临训班的续办，故也称黔训班二期。
息训班始于1939 年底，由黔训班迁于贵州息烽续办，故也称息训班三期。该班分情报、行动、警政和电讯系，每期学生500 至1000 人不等。息训班从1939 年底创办至1944 年6 月改为中美班为止，一共办了3 期，息烽成办军统创办最早的训练中心。
兰训班亦于1939 年创办，班址设在甘肃省兰州市黄河铁桥边的木塔寺。
共举办5 期，设有爆破、情报、警政、电政、俄文、边疆系，2 期以后，爆破和情报合为谍报系，俄文改为外交系，另设军事系。该班共训练学生7000余人，大部分学生毕业被分配在西北地区。因而成为军统西北地区的特工训练中心。
渝训班不同予以上各大型综合性训练班。它是抗战时期戴笠在重庆举办的各种专业训练班的总称。包括财政部查缉训练班、财政部货运局训练班、监察人员训练班等等。办到最后，班名层出不穷，以至于会计训练班、总务训练班、勤务训练班、使用警犬训练班、暑期训练班（训练学生特务）等等，大凡军统工作，没有一项不经过训练班训练一下。
戴笠在重庆办班办得最早的是外事训练班。该班自创办以后，有几件大事在军统中造成较大影响：
一是该班学员文化程度之高，在军统各期训练班中可以说是首屈一指。
该班于1938 年夏经蒋介石批办，报名的很多是北大、清华和教会大学外文系的毕业生。
二是该班招考时，两名中统局特务因不明内幕，前往应考，录取后始知是军统所办，但已欲退无门。戴笠查出后，认为是中统派遣打入军统的奸细，立即下令关押。其中有个叫祝麟的，其胞兄通过熟人请陈果夫出面向戴笠讲情，戴也未予理睬。结果一关就是4 年，后来祝麟与看守人员混熟，才乘隙潜逃回到中统。
三是该班于1940 年5 月毕业，本拟分配到外交部驻外使领馆任职，担任国际情报特务。但由于国民党内老资格的外交家、法学家、外交部长王宠惠拒绝接收戴笠的这批“私货”，戴笠只得将他们分配在军统工作，其中大部分进入局本部各处室。
四是因余淑恒事件而有的悲喜剧“香港历险记”。余淑恒，原是中央大学英语系的高材生，不但英语说得十分流利，且人极机灵漂亮。外训班毕业后，即成为戴笠的情妇。当时，戴笠的原配夫人毛氏新亡不久，戴有意娶余淑恒为妻，由此于1 年后决定送她赴美国留学“镀金”。1941 年6 月，余在香港办好出国手续，戴笠特地从重庆乘飞机到香港为其送行。刚下飞机，英方检查人员发现戴的手提箱中有大量的美钞和港币，怀疑他是敌国间谍或黑社会人员，乃将其拘留。经军统局香港区急电局本部毛人凤，由重庆国民党政府与英国驻华大使馆交涉，戴被扣12 小时后才获释放。戴再次“栽”在港英当局手里，对英国人观感更坏。但此一时彼一时，戴笠此次被扣不同于1936年。当时戴笠在国际上尚是个无名小卒，且又是追捕政治犯，触及了“民主国家”英国的大忌。而这一次戴笠是打着“抗战”的旗号到香港办事，且中英都是同盟国成员，戴笠在国际上已有相当影响，故英国政府对处理这件事故极为重视。先是英国驻华大使亲自飞港道歉；接着是港督签发保障证明书，戴笠持此证明书进出港境可以不接受检查登记，随时乘坐各种交通工具；最后是英国内政部门派香港、仰光、新洲三处殖民地的警察负责长官到重庆当面向戴笠道歉，一时为戴捞足了面子。戴笠为此在1941 年6 月23 日的重庆局本部纪念周上，津津乐道的吹嘘了一番“香港历险记”。
五是戴笠在香港“历险”期间，重庆于6 月5 日夜间发生了大隧道惨剧。
因日机空袭，国民党军警当局疏于管理，数千人在大隧道中窒息而亡，其中有外事训练班的学员20 余人。这是军统训练史上的空前惨案。戴笠于6 月下旬回渝闻讯，极为震怒，当即下令将负有直接责任的军统特务总队总队长张业、军委会特检处处长刘协以及外训班的队长、区队长等人一并扣押。刘协由于阻止外训班学生进入防空洞，致摔死学生四五人，戴对其更为憎恨，决定把他作为不爱护学生的典型报蒋枪决示众，一时弄得空气十分紧张。偏偏刘协又是黄埔一期毕业的湖南籍大特务，不独许多湖南籍的黄埔一期同学为其说情（黄埔一期生635 人中，湖南籍为184 人），连胡宗南也打电报为之力保，戴笠也知道蒋介石对黄埔学生、特别是对一、二、三期毕业的学生历来是十分宠爱的，不到万不得已，不下杀手。自己硬上，不见得蒋会同意。
于是也就见好就收，送给胡宗南等人一个人情，免了刘协一个死罪。只把他作撤职处理。这一次日机一个多月的疲劳轰炸，使军统局本部多处受到破坏，情报处和人事处房屋中弹，炸死5 人，伤10 余人。戴笠为此主持召开追悼会，率领几百人送殡到歌乐山墓地。为避免再发生外训班和局本部这样的教训，戴笠下令将局本部迁乡下缫丝厂办公，情报处迁歌乐山下白公馆办公，并下令疏散特务家眷，以应付大轰炸。
1938 年至1941 年，军统开始进入膨胀阶段。在这段时期，每年毕业数以千计的特训班学生仍然不能满足军统的需要。尤其鉴于军统已在国统区的西北、西南等地建立了几个训练中心，而在东南地区还没有建有训练基地，于是，戴笠决定在福建建瓯的东峰创办一个东南训练中心。
东南班选址于建瓯东峰山区，这里群山林立，奇峰挺秀，地势高峻，交通偏僻，本不适宜举办大型综合训练班。但这处地址却是戴笠于1941 年春赴东南视察时亲自赴东峰实地勘察选择决定的。戴笠的理由是东南班地处东南沿海，情况复杂，训练特务之处应尽量保密秘密，遮掩外人耳目。特别是东峰附近常有中共闽北游击队活动，班址设此，可以扼制游击队出没，不失为是一着反共的“妙棋”。东南班共举办两期，仅副主任就换了4 任，平均每位副主任只负责了半期，这是因为东南班远离重庆，戴笠担心他们搞独立王国，故频繁换人，可见戴笠对特训班负责人防范之严。