随着军统势力的日益膨胀，戴笠在国民党派系斗争中的攻击性、排他性越来越强。
戴笠的攻击目标，当然要首推CC 系的中统特务。随着双方势力的相对消长，戴笠不但希望中统能继续衰落下去，而且希望中统从此消失。由此，在抗战时期，戴笠进一步调整部署，频频对中统发动攻势。不独在反共方面要与中统争功，一较高低，但凡中统盘踞掌握的领域，戴笠如同螃蟹，横竖都要插上一脚，毫不留情地对中统进行打击抑制。
中统受到戴笠的第一个沉重打击是处理有关中共问题的权威性相对削弱。十年内战时期，中统确在反共方面比戴笠棋高一着，颇受蒋介石倚重。
但国共二次合作以后，陈立夫、徐恩曾的反共应变意识不及戴笠敏锐，中统多年来培植积蓄起来的反共人材有一半以上外调，分别进入陈立夫的军委会第六部以及CC 系头目控制的税务、盐务督察和司法部门工作，使中统反共力量严重削弱。以至当蒋介石在国民党五届五中全会上提出“防共”、“溶共”、“限共”、“反共”的方针时，中统的反共活动反不及军统活跃，送到蒋介石手里的反共情报的数量和质量时有不及军统的地方。在甲种会报时，蒋介石要了解中共某一方面的情况时，徐恩曾常被问得张口结舌，而戴笠却能胸有成竹，对答如流。这就使蒋介石开始有了中统反共不力的印象，并逐渐把一些有关中共方面的案件转交戴笠处理，中统垄断中共问题的局面已不复存在。到1939 年10 月，蒋介石为缓和进步舆论对国民党“两统”特务机关露骨进行反共活动的谴责，索性指示重庆市特种会报作出决定，凡属重庆区的共产党案件，一律由重庆市卫戍司令部稽查处统一执行，所有各机关有关共产党的线索全部交给稽查处处理。这是蒋介石第一次在处理关于中共问题的案件时，抑制中统、扶植军统的措施。
1939 年冬，蒋介石曾指示徐恩曾成立经济检查队，调查权势集团扰乱市场的黑幕，以平抑物价、稳定大后方的经济。戴笠深知经济检查队是一项油水极重、权力极大的领域，现在由中统一手掌握控制，心有不甘，蓄谋争夺。
当时，经济检查队在体制上直属行政院国家总动员委员会，由该委员会检察组负具体领导责任。戴笠就来个擒贼先擒王，报准蒋介石派军统大特务严灵峰任检察组主任。并通过严灵峰不断将军统特务插入各地的经济检查队，逐步将经济检查队抢夺过来。
戴笠为了更好地指挥军统对中统的争斗，经常在军统的秘密刊物《家风》上发表演讲，攻击CC 系及中统的工作。军统与中统，同为蒋介石的特工左右手，在局外人看来形同兄弟。但戴笠从来只把中统当作仅次于中共的“敌人”
来对待，对其进行残酷争斗，无情打击。1939 年，中统大特务卢斌赴山东任鲁东行署主任，与戴笠控制的国民党军队厉文礼部发生矛盾，竟被厉文礼扣押枪杀。不久，山东半岛CC 系行政督察专员陆诚也被军统特务指控为共产党员遭到处决，这使两统的矛盾更趋尖锐，势如水火。
戴笠逞强好胜，手下的大小特务也都恃强逞威，经常干出一些横行霸道的事来。一次，军统特务总团黄山特务连与南岸的陆军第十五补训处士兵发生争斗，十五补训处的一名班长竟遭特务连枪杀。蒋介石闻报极为震怒，下令戴笠彻查，严惩不贷。戴笠只得把本已调任西北公路局警卫组长的特务团长王兆槐撤职，送军法总监判刑入监。但1 个月后，事情刚平息，戴以抗战需要人材为名，力保王出狱，先后任老河口、界首等地的货运处长。1939 年6 月，军统贵州站站长兼贵州保安处第四科长余万选与国民党九十四军军长兼保安处长傅仲芳发生矛盾，傅一怒之下，派兵包围第四科。戴大发雷霆，向蒋告状。结果傅被调职，余万选留任贵州。贵州保安处长由戴笠推荐当时相互关系尚好的康泽别动总队的副总队长韩文焕接替。
在抗战初期，戴的地位可以说是直线上升。戴笠的本职不过是一个军统局的副局长，兼职中地位较高的也只是个财政部缉私署署长。但在国民党集团中，上至皇亲国戚，下至战区长官、省府主席等地方大员，无不对戴笠心存警戒、礼让三分。1941年4月中旬，蒋介石任命原驻英大使郭泰祺为外交部长。戴笠因工作关系，决定与国际问题研究所所长王芃生一起联名请郭泰祺吃饭。郭泰祺多年任驻欧使节，对国内政坛内幕若明若暗。对戴笠其人，也颇有些陌生。因而对戴笠、王芃生的请柬不屑一顾，连电话也懒得亲自打，只是冷傲地吩咐外交部秘书李铁铮说：“王芃生和一个姓戴的请我吃饭。这个人是重庆的警察局长吧？请你打一电话代我谢谢他，我没有功夫，心领了。”李铁铮接过请柬，见上面是戴笠具名，立即提醒郭泰祺说：“戴笠不是重庆警察局长，他相当于希特勒手下的希姆莱。”郭泰祺对希姆莱是知道的，于是连忙对李铁铮说：“那么，我还是去吧。”
1941 年8 月，曾因杀张超一案而与戴笠结下血海深仇的陈仪调任行政院秘书长，福建省主席一职由刘建绪接任。刘素知戴笠与陈仪之间关系紧张，他自知没有陈仪的那份背景、胆量和魄力，当然不敢与戴为对，于是主动找戴笠修补关系，请戴笠介绍军统人员到福建工作。戴笠即派与刘建绪同属湖南籍的大特务易珍任福建省政府调查室主任，协调军统在闽的活动。从此以后，刘建绪的省主席一职始终做得很稳。
抗战以后，华南、华东、华北、东北的半壁江山相继沦入敌手，许多帮会势力的头面人物无法立足，纷纷流入重庆、成都等内地的大城市。这些人在地面上是不甘寂寞的。流入内地不久，就纷纷再立山门，拉帮结寨，重新活跃起来。由于这些秘密社会组织不受军统控制，这就难免在政治上要产生一些使戴笠为难的问题，使戴笠顾此失彼，穷于应付。有几件事是当时戴笠深以为憾的。
一是杨揆一出逃事件。1939 年，汪精卫从河内到达上海开始“组府”活动，原湖北省政府秘书长杨揆一因有投汪之意，从而在重庆受到军统特务的注意。杨揆一自知独力难以跳出戴笠的手掌心，就利用上海青帮“仁社”会员和汉口“太华山”洪门弟兄的关系，找到时任行政院简任组长、财政部中国农民银行董事长、第二集团军少将参议崔锡麟，伪称要去昆明长住，避开日机在重庆空袭轰炸，请崔帮助搞一张机票。崔锡麟应约找到洪门“太华山”
同参弟兄、交通部技监韦作民设法，韦通过其得意门生、重庆稽查处处长陶一珊，办妥种种手续，辗转购得两张机票，由崔与杨同机到达昆明，结果杨揆一从昆明溜到河内，经香港到达上海，与汪合流。崔回到重庆，即由戴笠一面派大批特务监视在住地南温泉镇卢家花园，一面报请军法执行总监何成浚出拘捕证逮捕。后因韦作民通知第二集团军总司令孙连仲力保，戴笠经过彻查，也确认是江湖帮会关系，方才同意解除对崔的监视。
二是“国民自强社”事件。1939 年，黄埔三期学生石孝先挟袍哥组织“国民自强社”以自重，领导重庆袍哥组织，戴笠知其野心很大，虑其坐大难制，屡加警告，但石孝先自恃帮会后台，竟不买戴笠的账。戴笠于这年夏天突将石孝先逮捕监禁，勒令“国民自强社”解散。但未有数日，石孝先经其外援营救获释，继续组织袍哥组织“蓝社”，并在政治上与中统、军统高级特务交往，不少军统特务被其秘密吸收为得力干部，社员居然在短期内发展到3 万余人，其中多为军警宪特分子。到了这一地步，连戴笠也感到难下杀手，只得任其发展了。
三是所谓杨虎、杜月笙等人的“第三党”活动。1941 年，国民党的著名人士杨杰暗中组织成立“第三党”，进行反蒋活动。其核心的人员除黄琪翔、章伯钧外，另有杜月笙、杨虎、范绍曾等帮会领袖。事后，戴笠得到一些风声，于暗中向蒋密报杨虎有贰心。于是杨虎受到蒋的冷落。杨在抗战的8 年中，蛰居重庆，虽然仍挂着上海警备司令的头衔，却始终只是个光杆司令，除身边一个少年副官外，没有一兵一卒。等到抗战胜利后，杨虎也未能再受到重用。
戴笠出身打流，素知江湖势力如果任其发展，其力量不可测度。于是，决心对帮会力量加以控制。恰在此时，韦作民在重庆开创洪门“丽华山”，并积极联系全国各洪门山主，准备成立全国性的洪门最高山堂的统一组织——总山堂，以谋发展势力。戴向蒋汇报后，蒋介石再三指示戴笠要防范青洪帮势力的发展。蒋曾经加入过陈其美的洪门组织和黄金荣的青帮组织。对帮会的作用和特点的理解上，又比戴笠更深一层。因此，他告诫戴笠，对付帮会要尽量用软的手法，不宜硬干，以免把帮会力量推向对立面，被其他党派利用，动摇后方。
戴笠领旨后，第一步先跟杜月笙商量，考虑如何把全国青洪帮、袍哥等帮会的头头和首领组织起来，取名为“中国人民动员委员会”，把各大帮会的主要头头都“邀请”来担任委员，把次要头头用“中国人民动员委员会设计委员”的名义笼络控制起来。
第二步是由自己与杜月笙共同出面，在重庆交通银行大楼设宴，宴请帮会的老头子和山主舵把子。计有上海的杨虎、向海潜，武汉的杨庆山，浙江的张子廉，河北的张树声，重庆的韦作民、田得胜等都是江湖上的顶尖人物，加上戴笠、杜月笙和陪客徐亮，共10 人。徐亮与戴笠的关系很深，在军统内的人缘很好，是个文武双全、好玩好唱，善于应酬的人。戴笠把徐亮介绍给大家，表面上说是见见面，以后即代表戴与他们做做联系工作，实际上也就是通过徐亮来监视控制帮会的活动。
这一次宴会是鱼翅宴，极其丰盛，戴、杜对来宾也极其谦逊客气，为来客斟酒敬菜。酒席完毕，进入客厅，开始言归正传。先由戴作一开场白，传达蒋的旨意，以共同抗日的名义作掩护，抖出组织全国性帮会组织的主旨。
然后由杜月笙具体提出成立“中国人民动员委员会”的计划、措施，“征求”
来客意见。大家明知戴、杜是在唱双簧，但慑于蒋、戴的威势，不能不表赞成，当时座中只有一位洪门“长白山”山主、青帮大字辈的张树声竟不发一言，装作耳聋，以示反对。张树声是西北军的老将军，门徒中有很多政客、军人，如集团军总司令宋哲元等，蒋介石、孔祥熙的侍从副官们也有不少是张树声的门徒。故张敢于和戴、杜唱唱反调。
戴笠的第三步是迅即召开筹备会，推定的筹备人选为戴笠、杜月笙、杨虎、田得胜、韦作民、张树声、杨庆山、向海潜、张子廉、张钫、李福林、梅光培、司徒美堂等，共13 人。戴笠为主任委员，徐亮为主任秘书，每月开会1 次，并指定会址设在重庆海关巷7 号。筹备会议决定不用委员会名义公开对外活动，而用各帮会名义进行活动。委员会设指导委员会、设计委员会、办事处，由书记负责主持一切会务，办事人员均由军统局调用。
在筹备期间，戴笠为了能名正言顺地当上全国各帮会的“总山主”，不得不装模作样地成立了一个“金龙山”，自封为金龙山寨主，并得到与会的各帮会头子的承认。
1941 年夏，“中国人民动员委员会”在重庆莲花池江苏同乡会礼堂召开成立大会。参加大会的青帮代表有杜月笙、张树声、杨虎、张子廉等人，洪门代表有韦作民、向海潜、杨庆山、程壮等人，袍哥代表有田得胜、谭备三、冯什竹、唐绍武、石孝先、何占云等人，另有各帮会骨干分子数百人到会。
大会由徐亮主持，宣布“人民动员委员会”宗旨为“联合全国帮会抗战建国”，要求会员“服从三民主义，拥护蒋总裁”。并说：“戴先生是代表总裁领导大家的”。各帮会代表陆续发言，一致表示拥护。接着宣布组织章程，选举常务委员、委员、书记等。徐亮以常务委员兼主任秘书资格代表主任委员戴笠驻会主持工作，军统特务蒲凤鸣原系云阳袍哥，故被指定为第一任书记，主持办事处工作。蒲死后由军统特务金玉波接替。委员会一切工作均由书记直接联系，指示各帮会进行活动。各帮会也直接与书记联系，不必通过会议。
如此一来，戴笠绕过委员会，把各帮会直接掌握控制在自己手中。动员委员会之下成立“设计委员会”，由军统大特务赵世瑞任总干事，以进一步控制各帮会的上层头目。
在此基础上，戴笠进一步指示军统特务成立一些帮会组织，以融入帮会势力。其中以军统特务周迅予为总社长的袍哥组织“正诚社”，以军统特务罗国熙为山主的洪门组织“武圣山”，以及“融志社”等帮会组织，其成员大都是军统各公开机关系统的成员，一切听命于军统局的指示。从此以后，全国的帮会势力开始在戴笠的控制掌握下，纳入为国民党统治服务的轨道。