在国民党内部，除了CC 系、政学系、黄埔系这三大派系之外，另有以孔祥熙、宋子文、何应钦、陈诚、朱家骅等人各自为核心分别形成的小圈子。
在这些派系中，除黄埔系因戴笠隶属其中，宋子文、何应钦与戴笠的关系较深外，其他的派系均与戴笠处于对立状态，并先后受到戴笠的无情打击。只有陈诚集团，戴笠始终未敢贸然下手。这一方面固然是由于陈诚倍受蒋介石的宠爱、本人实力雄厚、权重一时外，另一方面也是由于陈诚集团与国民党的其他派系集团比较起来，是较为廉洁踏实肯干的，也较少官僚主义和腐败习气，办事雷厉风行，戴笠长期难以找到可以攻击的口实。1943 年12 月，戴笠在致电中国驻美使馆副武官萧勃时，也不得不承认：“辞修（陈诚字）
先生为现任高级将领中不要钱肯苦干者”。即使如此，戴笠始终是把陈诚作为对手和政敌加以看待的。
陈诚是国民党集团中首屈一指的人物。数十年来，在蒋介石手下大红大紫，无人能及。蒋介石始终对他没有猜忌戒备之心。陈诚出身保定军校，1922年随邓演达到广东参加革命，1924 年进入黄埔军校，开始了他一生追随蒋介石的政治生涯。抗战开始，陈诚由庐山军官训练团副团长出任第三战区前敌总指挥、第十五集团军总司令、第四预备军副司令长官等职，率部参加上海会战。1938 年1 月出任武汉卫戌总司令，2 月兼任军委会政治部部长，6 月兼湖北省主席，同时兼三青团书记长、中训团教育长，第九战区司令长官，1939 年10 月，改兼第六战区司令长官，1943 年2 月出任中国远征军司令长官等。由此可见，蒋介石不但让陈诚一身兼有党政军数要职，而且始终把他摆在各个时期重大事件的中心，加以培植运用，其恩宠有加，在国民党内找不出第二人。当时国内国际、党内党外，都盛传陈诚将成为蒋介石身后最有优势的接班人。
陈诚、戴笠不和，就其根本原因来说，完全是野心的冲突。陈诚比戴笠小1 岁，但是发迹却比戴笠早得多。当戴笠还在黄埔军校充当胡靖安的清共打手时，陈诚已晋升为国民革命军二十一师师长。1931 年初，戴笠还在蒋介石身边“跑单干”，陈诚又跃升为第十八军军长，成为蒋介石手下的主力将领。陈诚早年得志，长期处于权力的中心，更因他性格刚直，高傲冷峻，自认为才干过人，又有其妻谭祥的干娘宋美龄作为后援，因而在国民党统治集团内部形成了独树一帜的作风。他除了对蒋介石绝对忠诚以外，对其他实力派人物均采取排斥打击的策略。他大骂何应钦是“烂好人”，始终不给予合作；他痛恨白崇禧，讥讽他处处玩小聪明；一向看不起胡宗南，认为胡没有真才实学，只不过靠机缘时会，把军队摆在反共第一线而见重于老头子，更认为“汤恩伯专门和奸商勾结，以抢运物资为名，设卡走私，上行下效，军纪废弛，民怨沸腾。以致日寇来攻时，官兵无斗志，稍一接触，即溃不成军。
此人真该杀一儆百，以维士气”。至于戴笠，他以为靠用盯梢窃听、攻讦诬陷等手段邀功取宠于老头子的做法，更是不值一哂。加之戴笠和何应钦、白崇禧、胡宗南、汤恩伯都有很好的个人关系，这就使陈诚和戴笠的关系自然而然地冷淡起来。就陈诚来说，以他的资历、地位、才干及与蒋的关系，他当然不会把戴笠放在眼里，更不会因为戴笠是个特务头子，而对戴笠进行逢迎巴结。撇开政治立场不论，陈诚是国民党统治集团中较有正义感的军人，因而他素来看不起戴笠的那种恶性的特工活动，也历来不肯对军统工作给予善意合作。他甚至建立起自己的特务系统，目的就是防范军统的渗透和打入。
在国民党军队中，建立独立于军统之外的特务系统，除张学良、胡宗南外，陈诚是第三人。张、胡是得到戴的默许的，并与戴笠及军统都有很好的合作关系。唯陈诚的特务系统完全独树一帜，戴笠丝毫不能过问，这使戴笠恨得咬牙切齿，然又奈何不得。同时，戴笠看出，陈诚是最有希望在蒋介石之后取而代之的，这显然对自己的政治前途是不利的，况自己要想作蒋身后的第一人，陈诚是最大的阻力和障碍，野心的冲突，使他们进一步在政治上对立起来，几乎到了你死我活的地步。
戴笠是有耐心的。长期以来，他自知不是陈诚的对手，因而用以静制动的办法，不与陈诚作正面交锋，只是像一条有经验的老狼那样，始终躲在暗中窥测时机，待抓住时机，然后闪电般跃出，一击而中，置对手于死地。戴笠的这个策略可以说是完全成功的。并且终于在1943 年冬等到了一个几乎可以置陈诚于死地的机会，事情缘起于抗战初期。
1939 年10 月，陈诚由第九战区司令长官改兼第六战区司令长官。第六战区长官部设在湖北鄂西重镇恩施，任务是防止日军在占领武汉三镇以后，进一步进攻湘西，向川东逼近，因而陈诚负有拱卫重庆政府的重任。
1939 年，中国抗战的形势非常严峻。国民党上层人物中的悲观、失败主义情绪十分严重，汪精卫、陈公博、周佛海等亲日派头子公然叛逃投敌。出于对抗战前途的忧虑，第六战区司令长官部的一批青年军官认为中国所以在抗日战事中一败如斯，主要是国民党上层统治集团中有一批贪官污吏、昏庸腐朽的官僚以及亲日降日的军政大员把蒋介石包围，使蒋介石的英明主张不能贯彻始终。倘若要使中国得救，必须进行一次军事行动，把蒋介石身边的那些昏庸腐朽的人物清除出去，使真正抗日爱国和廉洁踏实肯干的精英人材进入高层领导，辅佐蒋介石领导抗战和治理国家。某种程度上，这些青年军官把陈诚作为理想的辅佐领袖的人材。这次密谋就是“清君侧”计划。这些青年军官深知自己的力量有限，不足以成大事。于是，他们一方面利用部分青年军官进入陆军大学深造的机会，进一步在陆大中寻找知音，以扩张力量；一方面积极与在华帮助中国军队训练的美国军官进行联系，寻求外力的支持。美国朝野上下也有许多人谴责国民党政府的贪污腐败和无能现象。到后来，美国总统罗斯福的信心也产生了动摇。1943 年的开罗会议期间，他直接了当地问驻华美军司令官、同盟国中国战区参谋长史迪威：“你认为蒋介石能支持多久？”史迪威回答，如果日军再发动一次1942 年那样的夏季攻势，蒋介石就会垮台。罗斯福又问：“那么，我们是否应该寻找另外某个人或几个人来支撑局面”。史迪威表示，这样的人选“很可能都要指靠我们”。出于美国对蒋政权的失望和“换马”动机，一部分驻华美军人员以及美国战略情报局的特务对中国一些青年军官策划的“清君侧”的密谋活动逐渐引起重视，并在暗中给予必要的支持。但是，以史迪威为首的美国人不只是要清除何应钦等亲日派将领和政客，而且要彻底倒蒋，建立一个由陈诚、薛岳、胡宗南等青年将领领导的政权。
“清君侧”计划很快被军统人员截获，送到戴笠手上。无疑，这是一份重大的情报，就是撇开戴笠和陈诚的私仇不说，这也是一个极重大的案件。
但是，戴笠经过一番缜密的考虑，决定暂不打草惊蛇，只是由军统组织和特检处加强对六战区长官部及陆大内这批青年军官的监视，以搜集新的证据。
戴笠的考虑是：其一，军统对这批人的“政变”计划没有完全了解，难以窥视全貌；其二，这批“政变”分子的中坚只是一些参谋幕僚人员，并不是带兵官，并且主要矛头不是指向蒋介石，可以用一段时间静候他们的发展变化；其三，也是最重要的一点，目前尚不清楚陈诚有没有牵连在内，在没有抓住陈诚的把柄时，过早出击，会给陈诚以脱身之机，反而功亏一篑。
“清君侧”的密谋活动仍在秘密策划，但是他们的组织工作似乎相当严密，在相当长的一段时间内，特务们并没有搞到更多的情报和证据。然而，戴笠也不急躁，他知道有些事情是需要耐心和时间的。果然，进入1943 年，情况有了转机。
1943 年2 月，蒋介石命令成立“中国远征军司令长官部”，调心腹陈诚任远征军司令长官。
陈诚就任远征军司令长官后，第六战区仍由他负责，只是由他向蒋推荐调孙连仲暂代。同时，陈诚又从六战区司令长官部带了一大批人员到楚雄组建远征军司令长官部。这样，一批策划“政变”的青年军官开始渗透进远征军司令长官部，并在这里继续进行计划并组织实施。在不长的时间里，青年军官们已经拟定了“政变”的组织章程、行动计划，并决定将行动时间定在“西安事变”7 周年纪念日——1943 年12 月12 日举行，这的确是意味深长的。
但是，这批青年军官忽视了一个重要问题。原先，六战区司令长官部偏处鄂西一隅，交通闭塞，军统势力难以渗入。而远征军司令长官部距昆明仅100 多公里，云南是军统力量经营多年的地方，人员集中，势力雄厚，况军统对策划“政变”的青年军官早有监视，因此，军统云南站很快将青年军官们的“政变”组织章程、行动计划以及行动日期搞到手。特别是戴笠查清了在这批青年军官中有一名与陈诚关系密切的亲戚。
这时戴笠认为，打击陈诚的时间到了。一方面他当时已与胡宗南、汤恩伯联盟，自己的实力大大增强，而陈诚是“三王”集团的主要政敌，必须首先给予打击。另一方面距离这批青年军人发动“政变”的时间越来越近，必须先下手为强，否则一旦贻误时机，将遗患无穷。于是，戴笠带着这一案件的全部案卷，亲自向蒋面报，并在暗中透风给何应钦，要他注意提高警惕，以防有人对他有不利举动等等。
蒋介石闻报后，立即批准了戴笠的行动计划，并给陈诚下令，立即将远征军司令部内所有参加“政变”密谋活动的青年军官交给军统审讯。戴笠同时下令将六战区司令长官部和陆大内参预活动的学生进行逮捕，被秘密分开囚禁在中美所内的警卫大队部。其先后逮捕的人数累计600 人左右。
戴笠对被逮捕的首要分子亲自进行审讯，要他们供出“政变”密谋活动是得到陈诚的支持。但审来审去，始终没有结果。但多少弄清了以史迪威为首的美国人在暗中支持了这批青年军官的活动。蒋介石闻报极为震怒。当时，蒋介石和史迪威之间的矛盾本已十分激烈，现加上这一个背景，蒋介石再也不能容忍了。
蒋介石不惜冒得罪美国政府的危险，正式通知罗斯福总统，要求解除史迪威的职务，调史迪威回国。后来，经过东南亚盟军司令蒙巴顿将军和美国空军补给司令萨摩维尔中将出面斡旋，并由与美国关系根深的宋美龄、宋霭龄等人施加压力，同时考虑到罗斯福正在不顾邱吉尔的反对，邀蒋参加开罗首脑会议，蒋终于同意由史迪威于1943 年10 月17 日到蒋官邸当面向蒋道歉，这场风波才算过去。
蒋介石虽然宠爱陈诚，并且相信陈诚不会介入这次“政变”活动，但是他作为第六战区及中国远征军的司令长官，不能推卸责任。加之戴笠、何应钦等反对陈诚的军政大员不断向蒋施加压力，蒋介石不得已于11 月份临去开罗参加中、美、英三国首脑会议之前，决定解除陈诚的中国远征军司令长官职务，对外则由陈诚以养病为由，主动请辞职务作为借口，蒋另调卫立煌接任，以示对陈诚的惩戒。
蒋介石从开罗回国后，下令对16 名为首的年轻军官进行秘密处决。
蒋介石认定在美国参予的这次密谋活动中，与美国政府关系历来密切的孔祥熙、宋子文、宋美龄等人不能辞其咎，甚至认为孔、宋等人多少知道一些内幕情况，而没有预先报告，因而蒋开始抑制打击孔、宋家族的计划。从此，孔氏家族开始在中国政坛上失势。宋子文被蒋冷落闲置了1 年多时间，才重新启用。
戴笠的这一击，虽然没有能把陈诚彻底打倒，但确使陈诚锐气大减。从1943 年11 月至1944 年6 月止，陈诚经历了他一生中政治上的一个空白时期。
1944 年6 月，国民党豫中会战失败，西北告急，蒋介石对汤恩伯、蒋鼎文等人失望之极，决定重新启用陈诚，前往汉中任第一战区司令长官。10 月，陈诚又挤掉何应钦，升任军委会军政部长，再次活跃在中国政坛的中心。戴笠对蒋如此宠信陈诚，甚为不满，但也无可奈何。