戴笠一生的仇家遍布天下，许多人是敬鬼神而远之。国民党内，除三陈（陈诚、陈果夫、陈立夫）、黄埔三大哥（宣铁吾、李士珍、黄珍吾）这些蒋身边的心腹，还敢与戴作对或发难外，其他一般的派系或权贵是从不敢公开站出来向戴挑战的。然而，戴笠一死，形势逆转，军统顿处四面楚歌之中。
三陈、黄埔三大哥自以为了解蒋原先要借三大会议的呼声，密令撤销军统局的腹案，因而主张彻底改组瓦解军统的呼声甚高，劲头也特别足。至于孔祥熙、贺衷寒、叶秀峰等人，因过去累受戴笠的攻讦，早已满腹怒火，现在时机一到，也都群起“围剿”，恨不得立将军统整垮取消。至于宋子文、胡宗南、汤恩伯等人，虽在戴笠生前与军统关系极好，但囿于军统名声太臭，戴笠仇家的力量太大，各方面要求取消特务机关的呼声太高，自觉力量有限，难以援手。在这种形势下，不少人认为军统必垮无疑。
岂知蒋介石在这个问题上是另有打算的。当初蒋介石秘密指令要撤销军统机关，其目的对外是为了应付三大会议，对内则是为了抑制戴笠的势力，并且后者的动机比前者更明确。现在戴笠“不打”自倒，后者的目的已圆满达到；内战也一触即发，对三大会议要求取消特务机关的呼声和承诺，也无敷衍应付的必要。因此，蒋一反原来的态度，不但决定把军统组织保留下来，而且当唐纵、毛人凤建议把军统局改为国防警察局隶属内政部时，蒋仍然指示将军统留在军委会系统，军委会改为国防部时，军统局则改为保密局挂靠国防部。这是包括郑介民、唐纵、毛人凤等许多大特务都没有想到的。
但是，蒋介石吸取军统后期尾大不掉、权重震主的教训，对保密局的体制和权力作了精心安排和严格限制，不使其跳出蒋所能掌握的范围。
一是对军统进行大规模的缩编。1946 年10 月1 日，国防部保密局在南京马台街22 号成立（后迁入洪公祠1 号新大楼），全部人数与军统全盛时期相比，精简人数达四分之三左右。在保密局内部机构方面，保留下来的只有情报处、行动处、人事处、电讯处、司法处、经理处、总务处、局长办公室、督察室、总稽核室，其余的机构合并的合并，撤销的撤销。在外勤机构方面，保密局将省站划分为甲、乙、丙三种级别。结合缩编和裁汰人员，保密局在人事上也进行了自成立特务处以来的最大规模的调动，力量受到很大削弱，走上了一蹶不振的道路。
二是实行分而治之的办法，将公开单位逐渐划出，脱离保密局的掌握。
首先，是战时成立的许多公开机关，借口因战争胜利，指令一律办理结束工作。诸如战时货运局水陆交通统一检查处、经济检查队等，都下令予以撤销。其次，是实施特工与警察、特工与谍参系统的分离。警察与军令部二厅掌握的谍报参谋系统是军统控制的两个最大的公开机关。蒋介石决定不再把这两大机关交保密局掌握，在内政部序列中设立全国警察总署，调唐纵任总署长，并让其脱离保密局岗位。至于军令部二厅，初期由郑介民以保密局长身份兼任二厅厅长。后郑介民升任国防部次长，厅长职务由原副厅长、与军统毫无关系的侯腾升任。蒋明知二厅与保密局分庭抗礼，却装聋作哑，使保密局最终失去这块雄厚的领地。保密局失去警察和谍参这两大公开单位，无疑是三分天下已去其二，实力受到极大的影响。另外，在保密局内部，蒋注意扶植不同派别，以便互相牵制，便于自己进行驾驭。蒋在刚刚得到戴笠死讯的时候，就迫不及待地宣布了军统由郑介民代理局长，由唐纵、毛人凤任副局长，形成三驾马车的局面，目的就是不使郑介民再走戴笠的老路，独掌大权。一年后，先后又把唐纵、郑介民调开，由毛人凤继任局长，便于驾驭指挥。
在蒋对军统组织大刀阔斧地进行改组缩编的同时，军统内部也进行了一场旷日持久的争斗，进一步消耗了军统的实力。特别是广东、湖南、浙江三大派别的斗争，把军统从此送上一蹶不振的道路。
以郑介民为首的广东派，集中了一批广东籍、留苏及二厅工作出身的大特务。以唐纵为首的湖南派，则集中了一批湖南籍及留欧出身的大特务。以毛人风为首的浙江派大特务。三派之中，广东派职务最高，湖南派能力最强，浙江派人数最多。就实力来说，本处于势均力敌状态，湖南派略占优势。但是三派斗争的结果，却是郑派、唐派先后被毛派打垮，保密局逐渐成为毛派的天下。原因在于三派的首领郑介民、唐纵、毛人凤各有不同的打算。
从郑介民来说，一方面，他原先就本无在军统局与戴笠争雄的打算；另一方面，他只想以特工作为基地和本钱，向政府特任官或军队兵团级带兵主官方面发展，因此，他在军统内部根基不深，羽翼不丰。所用的亲信除张炎元、王新衡、程一鸣等一些“十人团”中或留苏的老军统以外，其他人大都能力不强，资历很浅，人数也不多，难以形成声势。就拿局长办公室主任张纪勋、黄天迈来说，其职务相当于过去的主任秘书，郑介民并规定各处、室的公文都要先送局长办公室签署，郑的本意是通过张、黄等人能对内勤各处室加以控制。但浙江派的中坚力量何芝园、叶翔之等人都是老资格的内勤大特务，在张纪勋当科长时，他们都当过张的处长、副处长，那里肯把这些靠着郑介民的“粗腿”窜上来的暴发户放在眼里，并且又有毛人凤在背后撑腰，也就毫无顾忌地向张、黄等人发难。先是张无法工作，郑介民只好将其外调，将黄天迈从天津市外事站站长任上调来接任，也还是工作不下去。郑介民走后，黄也只好卷铺盖走路。找唐纵谋取内警总署外事处长一职，另由毛派的潘其武接任局办公室主任，才算摆平。
从唐纵来说，本可以利用“湖南派”左右军统局势，把军统的权力抓到自己手中。加之唐纵在军统工作方针上与郑介民比较一致，都主张压缩编制、汰弱留强，唐纵如果与郑介民联手，打击毛派自是不成问题。唐纵出身黄埔，因而在军统之外亦有相当的社会关系，这是毛人凤无法比拟的。但是，唐纵多年在蒋介石身边处理特工机要，素来知道蒋对戴笠、徐恩曾等特工头目拉山头、结帮派，以谋求政治势力是不满意的。并且，自蒋任命他为内政部次长兼全国警察总署长后，唐纵一方面已感到满足，另一方面也已知不便与军统内部的派别斗争介入太深，以免招蒋疑忌。于是，唐纵很平静地退出了军统内部三大派别的角逐，一心去经营他的警察王国。没有了唐纵，湖南派顿失重心，造成群龙无首的局面，很快分化瓦解，除一部分游离于各派之间、自称是中间派的大特务外，其余大都分别投靠粤、浙两派以自保。比如李崇诗、张严佛加入广东派，周伟龙、沈醉则成为浙江派。不久，因陆总调查室及南京办事处撤销，李人士被毛人凤送去美国留学特工，文强则成为杜聿明的高级幕僚，湖南派不复存在。
从毛人凤来说，他的出身、资历、学历、社会关系、工作能力等，都不如郑介民、唐纵，本不是郑、唐的对手。但是，毛人凤的长处是有自知之明。
郑介民、唐纵抓特工，都只是想借此接近蒋介石，讨其欢心，然后当大官，发大财。因而并不以当特务头子为终身职业。从而在军统工作中也就没有长期打算。唯有毛人凤，他深知自己的经历和学历，绝无当大官的可能，倒是死了一条心，把占据把持军统作为自己的终身职业，兢兢业业地钻营下去，而这一点很得蒋介石的欣赏，并有了培养毛人凤接任局长的意向。毛人凤长期在军统负责内勤工作，对军统内部的情况十分熟悉，当然也了解所谓广东派、湖南派的种种致命弱点。因此，在三派角逐中，毛人凤利用郑介民单纯抓黄埔军人、抓上层的弱点，拚命抓江山人、抓学生，抓基层实际工作，并积极填补唐纵退出角逐后湖南派形成的空白，因而势力大增。特别是到了保
密局时期，黄埔出身的大特务大部分离开军统自谋发展去了，在保密局起骨干作用的大都是军统各训练班毕业的特务。毛人凤通过各种手段把这批人笼络在自己手中，无疑奠定了胜利的基础。这些人在浙江派的率领下，跟着毛人凤，形成一股雄厚的力量，不断向广东派“围剿”，直打得郑介民防不胜防。以至连郑介民的老婆利用保密局公款吃珍珠粉都能很快传到蒋的耳中。
此时，蒋也认为郑介民不宜在保密局再干下去，而是利用他在北平工作期间与美国马歇尔、魏德迈将军形成的良好关系，出任国防部次长，专门与美国军方接洽，向美国乞求军援。毛人凤顺利地接任保密局长，经过一番整顿，郑派、唐派纷纷不能立足，相继被赶了出去。保密局开始形成毛派力量占据主要地位的局面。
经过郑、唐、毛三派大战，毛人凤的少壮派虽然得势，但是军统的元气大伤，力量已经受到极度削弱，到解放战争末期，许多能力强、资历老、经验丰富的大特务们一方面有感于战争的失败，一方面因与毛派格格不入，从而纷纷自谋出路，形成一个新的叛逆“团体”之潮。他们中有的与中共组织早有联系，全国解放时马上投奔共产党，如在上海创办东方经济研究所的邓葆光、救济总署上海汽车管理处处长余乐醒、保密局北平站站长徐宗尧等；有的跟随国民党将领战场起义，在关键时刻弃暗投明，如保密局云南站站长沈醉、国民党湖南省政府办公厅副主任张严佛、湖南省长沙市警察局长刘人爵等（刘人爵当时被毛人凤派特务暗杀）；有的因有进步表现而遭毛人凤疑忌，被密捕枪杀，如交通警察总局局长周伟龙等；有的则脱离军统，另谋出路，如保密局情报处长何芝园（请长假去台湾经商）、保密局东北区长文强等；更多的军统大特务则在解放战争中成了俘虏。其中，比较著名的计有：
原财政部缉私署副署长、后任内警总署主任秘书马策，保密局经理处长、华南办事处主任郭旭，保密局总务处处长成希超，原军统军事情报处处长鲍志鸿、副处长胡屏翰、张柏山，训练处处长郑锡麟，电讯处副处长董益三，保
密局西南特区区长徐远举、副区长周养浩，西南特区副区长兼重庆站站长李修凯，保密局东北区副区长陈昶新，浙江站站长章微寒，河南站站长岳烛远，天津站站长李俊才，康定站站长董士立，闽南站站长沈觐康，湖南站站长李人士、黄康永，兵工署稽查处处长廖宗泽，贵州省贵阳市警察局长东方白，天津市警察局长李汉元，公路总局警稽室主任蔡慎初，原军统局上海实验区区长王一心，原军统华南区区长邢森洲，保密局一处副处长黄逸公，原军统别动队第六纵队指挥官何际元，等等。这些被俘的都是军统将字号的大特务，至于校官级的骨干特务，则成百上千，不胜枚举。至此，除一部分老军统及以毛人凤为核心的浙江派特务仓皇逃往台湾外，其余在大陆的特务不是被俘被捕，就是在顽抗中被打死。至此，由戴笠一手创立，在中国大陆猖獗了18年的庞大军统特工王国，随着国民党政权在大陆的垮台，而被赶出中国大陆。