戴笠死后，军统局撤消，改组为国防部保密局。
1946年国防部各厅局正式于7月1日成立，但军统局直到10月1日才宣告撤销结束，正式改称国防部保密局，蒋介石手今国防部第二厅厅长郑介民兼局长，原军统局主任秘书毛人风任副局长。
蒋介石离不开特工组织，所以他准备对戴笠“一锅端”也并不是取消特务组织，只不过对戴猜忌，嫌他权力过重、势力过大而已。所以呼吁取消特务机关日渐高涨之时，蒋也并不是真心要取消，只是表面应付而已。
本来，中统、陈诚等派系均想打倒军统，进而瓜分。但由于宋子文、胡宗南等实力人物的保护，加上蒋介石觉得，打内战和维护自己的统治，军统还是有作用的，因而主张保留下来。但是，他考虑军统的招牌已经臭了，所以很有必要改头换面，换个招牌，以遮人耳目。
当时，国防部成立时，各厅局名称、组织机构、人员编制、经费等都已决定，唯独军统划归国防部起什么名称，大费脑筋。经过反复研究，蒋介石才批准使用保密局这一名称。
蒋介石最为关心、最费神的问题，是军统局的接班人能不能象戴笠那样，把经营了十多年的这一特工机构很好的领导起来，继续运转起来，以便继续为他效力。他一直认为郑介民、唐纵。毛人凤三人比不上戴笠，也不能使他完全放心，他也只能挫子里拔将军了。
另一个使他头疼的问题是军统开支问题，战时可以由他开特别费，再一个是戴笠很有办法，靠自筹维持。但战后不能再随便开特别费，毛人风也没有戴笠那样的神通。蒋介石多次找毛人风研究，最后决定军统接收的日伪敌产和现金不上交国库。自己开办企业，将盈利作为经费。但蒋介石煞费苦心研究出的这条计策，却由于军统经营不善，利润越来越少。所以只好实行“汰弱留强”的缩编方针，大量裁员，仅军统送往各地军官总队的特务就达两万多人。机构也有的合并，有的裁撤，军统再也没有戴笠时期的鼎盛辉煌了。
蒋介石在保密局成立不久，便招集全局高级干部训话，除大力赞扬戴笠并强调要向他学习外，更着重强调保密局以后的工作任务。
蒋介石认为以后主要的敌人是共产党，他强调同共产党的斗争比过去同日寇和汉奸作斗争要困难的多，每个人必须全力以赴，如果稍为松懈，不只危及党国，而且会死无葬身之地。他反复要求保密局多研究一些办法，多出一些主意，随时总结经验和教训，更好地担负起这项直接与共产党作斗争的任务。
这是蒋介石为保密局工作任务定的基调。
但是，军统局在戴笠生前，由戴笠一手握生杀予夺大权，他的权威无人敢与之匹称。故尔他的号令一下，雷厉风行，效率很快。但戴死后，群龙无首，军统内马上分三派开始争权夺利，以郑介民为首的广东派，以毛人风为首的浙江派和以唐纵为首的湖南派斗争颇为激烈。最后由毛人凤派获得胜利，独掌保密局大权。
但毛人凤的资历比戴笠还要低，原先只不过是县政府的小职员，被戴笠吸收进军统。由于他是戴笠的小学同学，后来逐渐加以培养，做看家工作。他也没有戴笠与国民党内部广泛的社会关系，与蒋介石也不亲密，也不具备戴笠那种才干。因而他只能守成基业，而没有什么大的作为和发展。这也是蒋介石不满意的地方。
但毛人凤在屠杀共产党人方面，比戴笠有过之而无不极，这也受到蒋介石的欣赏。
蒋介石尽管仍然保留了军统，但吸取戴笠生前功高震主、尾大不掉、势力膨胀的弊端，使保密局缩编后，在体制和权力方面都受到了限制。另外，蒋介石采取分而治之的办法，将原来由军统控制和掌握的公开机关都予以撤消，如货运局水陆交通统一检查处、经济检查队等。军统所控制的两个最大机关--警察系统和军队谍报系统，也由蒋介石划出去，由警察总署和军令部二厅管辖（后期厅长由与军统毫无关系的侯腾任厅长）。
加上军统内部三派的斗争，一直争执不休，使军统实力大为消耗，从此一蹶不振。
解放前夕，军统面临崩溃，不少军统老人感于蒋家王朝即将溃灭，纷纷自谋出路，脱离军统。有一部分人与中共早就联系，一旦解放马上弃暗投明。一部分人参加起义投诚。也有军统老人如交警总局局长周伟龙企图调部队擒获蒋介石，投向人民，被毛人民发现密捕枪杀。另外一大批军统高级干部被解放军俘虏。
毛人凤在解放前夕制造了多起屠杀事件后，率一部浙江派军统骨干逃往台湾。
毛人凤在临逃往台湾前，奉蒋介石命令，在大陆布置了不少潜伏组织和特务武装，建立所谓“反共基地”，但终被扫清。
解放后，保密局又多次组织特务骚扰大陆，都未获成功。
由蒋介石所授意、戴笠一手创建的在中国大陆纵横了十八年的庞大特务王国，终于随着蒋介石在大陆的彻底垮台，被彻底赶出了中国大陆。
军统的后期领导人毛人凤、唐纵、郑介民到台湾去以后，逐渐被蒋介石排挤，由蒋经国主持特务工作。不过台湾后来的特工单位，很多骨干仍然是军统分子，证明这一特务组织确实是蒋家王朝最得力的保卫者，在蒋介石的统治过程中，确实发挥了其它手段所不能发挥的作用。
所以，蒋介石到台湾后，仍然强化特务统治，只不过他将所有特工单位都由他的儿子蒋经国来主管，以防止危及他的统治。
蒋介石在撤离大陆前，曾布置了一系列暗杀活动，交毛人凤执行。毛人凤秉承了蒋的旨意，策划过暗杀李宗仁、傅作义阴谋，还暗杀了陆大校长杨杰、北平市长何思源和参加起义的军统老人、湖南警察局长刘人爵等活动。
他遵照蒋介石的指示，更加疯狂的破坏共产党组织，1947年夏，他指挥保密局特工破坏了中共北平地下党组织的电台，致使保定、沈阳、西安、兰州等地党组织被破坏，一百多名地下党员被逮捕杀害，只有极个别党员如陈布雷的女儿陈琏等被保释。地下电台的最高领导已潜人国民党保定绥靖公署的第一处处长谢士炎等人，也同被破获被捕，同时已打人沈阳城防司令部和东北行辕大本营的地下党员也均被逮捕。
在上海，毛人凤共指挥逮捕了各类进步人士包括中共党员3万多人，有1万3千多人被害。
在云南昆明，制造过数次血案，镇压学潮，屠杀共产党员。
在重庆军统监狱进行血腥屠杀，并杀害了杨虎城等知名人士。毛人风嗜杀成性，竟连关在监狱里犯了错误的军统特务们也一并杀掉，可见毛人凤的狠毒。在白公馆监狱杀死一百多人，而杀人的特务才只有2块银元的奖金！渣滓洞监狱进行了两次屠杀，共杀害300多人，新世界看守所活埋了200多人，这里的犯人都是不久前逮捕的，大部分是嫌疑犯。但清理时不分是否是共产党，一律杀害。总的来说，这三处被害的大部分是共产党员。
这种血腥屠杀连军统的较高级干部也看不下去。当时执行屠杀任务的负责人之一，保密局二处行动总队副总队长钟铸人事后感慨不已说：“在战场上和敌人打仗，因为怕被敌人打死，开机关枪时越打越起劲；在渣滓洞用机枪扫射人犯，看到他们手无寸铁，乱窜惨叫，心里实在有些难过。但是上面的命令，只好昧着良心指挥他们扫射，这个玩意儿真不好干啊！我们这样杀人，如果共产党捉了我们，对我们还会饶恕吗？”
但是，毛人凤的疯狂却一再受到蒋介石的嘉奖。蒋介石一再指示要大开杀戒。他多次指示：我们那样有势力的时候，共产党都不投降，现在更不行了，只能大杀。
但是，再杀也挽救不了失败的命运。蒋介石最终逃往了海岛一隅。
早在大陆解放前夕，毛人凤就随蒋介石去过台湾，去寻找退路。蒋介石带毛人风同去的目的，还决定在台湾全面推行特务工作。当时，蒋介石在高雄召开秘密会议，成立“政治行动委员会”，其基本任务是：“统一所有情报工作，并使之充实强化”。这次核心会议的主要目的，就是按照蒋介石的旨意，把蒋经国安插在特务系，以加强控制，为将来蒋经国的接班打好基础。
蒋经国早年留学苏联去莫斯科中山大学学习（同去的还有后来成为复兴社和军统头子的康泽、郑介民等），在上学期间由董必武的通讯员李绍鹏介绍加入中共。“四·一二”政变时，蒋经国曾公开谴责蒋介石，宣布断绝关系。后来回国，逐渐受蒋介石的影响，开始做接班的准备。
在去台湾前，蒋介石已有意让他进行锻炼，并开始接触特务工作。
这次核心会议蒋经国也参加了。8月，“政治行动委员会”正式在台北圆山成立，蒋经国被蒋介石指定为委员会的总负责人，并立即听取毛人凤的保密局前期在大陆的“潜伏计划”、“应变措施”及台湾的“保安防谍”工作。
蒋介石是靠特工起家的，所以他有意让蒋经国也从特工方面起家，以此为基础，全面接班。
之后，蒋介石又飞重庆，妄图最后一搏。12月底，在彻底绝望之后，又飞回台湾。
1950年3月1日，蒋介石在台北发表“复职文告”，恢复“总统”职权，并开始对党政军各部门整肃，同时命令蒋经国全面控制特务机关，树立权威。
以后，蒋介石又公开成立“台湾情报工作委员会”，负责协调指挥国民党政、军、警、宪、特各个机构，但蒋同时又不放心，又将原来的“政治行动委员会”改名为‘“总统府资料室”，原空军司令周至柔任主任，但周只不过挂名而已，实际由蒋经国负全责。周至柔也很清楚蒋的用意，除了一年一度工作检讨会上，象征露面而外，其余事情概不过问，统由蒋经国大权独揽。
不久，蒋介石正式任命蒋经国为“总统府资料室”主任。不久，又在蒋介石的帮助下，接管“台湾情报工作委员会”，掌握由军统班底组成的“国防部保密局”、由原中统班底组成的“内务部”调查局，以及“国防部特种军事情报室”、宪兵司令部、警备、警察等情报机构的权力。这样，在蒋介石的帮助下，“总统府资料室“成了台湾所有国民党特工情报机构的总领导机构，蒋经国已成了所有特工情报机构的总负责人，蒋经国等于控制了台湾的各个特务情报机关。
起初，为加强控制，蒋经国规定所有机构搜集到的情报一率送“资料室”处理。为便于指挥，蒋经国又将这些机构的工作范围大致划分：保密局以大陆情报收集和建立情报网为主，“内政部调查局”以岛内社会调查、防止经济犯罪、贪污、漏税为主；其它机构以岛内“防共”与“防暴”为主。
蒋经国因受蒋介石影响，也非常重视特工的特殊力量。对于特务机构稳定和巩固统治的作用看的十分清楚。但过去他基本没有领导、指挥过特务机构，原来的系统各自为政，也不便于领导。因此他主持情报工作以后，为了更好的发挥特务机构的重要作用，便打乱以前特务机构的固定系统，建立以他为核心的新的特工系统。
蒋介石在负责全面整肃党、政、军机构的同时，命令蒋经国负责整顿清理特工情报机构。
不久，蒋经国便初见成效，建立了特工系统的新格局，基本恢复了特工系统在国民党溃败后失去的一些功能。蒋经国初步成立了以“国防部保密局”、“内务部调查局”、保安司令部、宪警、台湾警务处、“国防部政治部”、“国防部二厅”等七大特工系统。
这其中，保密局很受蒋介石的重视。这与毛人凤与蒋经国私交很好有关。因此，对大陆的特工活动，主要依靠保密局去行动。
在保密局撤到台湾以后，毛人凤继续参预破坏“中共台湾省工委”的活动，逮捕了“国防部”中将参谋次长吴石等人并予以枪决，受到蒋氏父子的赞许。对新生的新中国，毛人凤也奉蒋氏父子之命，多次搞破坏活动。
1950年，保密局特务在香港炸毁“泽生”号商船。
1949年12月，又密谋炸毁毛泽东率中共代表团前往苏联为斯大林祝寿的专列，但因在北京的潜伏特务被我破获而未得逞。负责炸毁专列的“保密局东北技术纵队”也悉被逮捕。
保密局还密谋过“萤火虫”行动，主要行动是暗杀中共华东局和上海市委党政军领导人和社会名流陈毅、朱学范、荣毅仁、张承宗等人。在华南密谋暗杀叶剑英等广州市领导，但其杀手都被我捕获，无一成功。
1955年，保密局又密谋暗杀周恩来，炸毁“克什米尔公主号”专机，因周恩来临时改道幸免于难。
同年，保密局利用周恩来出席亚非国家首脑会议之机，训练警犬，妄图利用狗携带炸弹暗杀周恩来。因中国和印尼两国有关方面严加防范，终未得逞。这条狗熟悉周恩来的气味，保密局在毛人凤死后仍保留这条狗。
1955年3月1日，“国防部保密局”改为“国防部情报局”，专门负责对大陆的破坏活动。由于毛人凤向蒋氏父子建议，原中统对中共搞破坏的特工组织，包括原设港、澳和大陆从事特务活动的人和组织，全部移交给“国防部情报局”。
中统由“内政部”调查局改为“司法行政部”调查局，只专门从事台湾岛内“保安防谍”；“国防部保密局”的秘密保防组织也移交给“司法行政部”调查局。从此职责划清，蒋经国领导特工活动也加快了效率。
但蒋介石此时仍不放心，怕老特务们妨碍蒋经国对特工机构的领导，据说郑介民后来受蒋猜忌，因吃了蒋介石送的一块西瓜而一命呜呼。唐纵一直小心谨慎，后来又调任国民党中央党部代理书记长，一直相安无事。1955年，毛人凤患肝癌住院，宋美龄受蒋介石委托探望，后送美国治疗，医治无效回到台湾死去。毛人凤生前推荐张炎元接任情报局长，张炎元也是军统早期骨干，经蒋介石同意，继毛人凤为“国防部”情报局局长。
1960年，张炎元调任国民党中央委员会第二组主任，由叶‘翔之接任情报局长，叶翔之也是军统老人，在戴笠手下曾任行动部门负责人。叶翔之的一件大杰作就是暗杀江南，当时曾鼓动世界。
中统特工系统在大陆未解放以前，已不受用于蒋介石。蒋介石一直认为中统不得力，主要领导人不务正业。所以一怒之下撤去徐恩曾“本兼各职，永不录用”，继任者叶秀峰还不如徐恩曾。
蒋介石后曾与陈立夫发生矛盾，因选票问题导致蒋的大怒。
蒋介石到台湾后，为蒋经国出山，开始排挤元老派人物。对陈氏兄弟的态度也发生变化。而国民党内三青团派系（为蒋经国掌握）、陈诚派系和毛人凤军统局派等对陈立夫群起攻之。就连“C·C”系派内部，也对陈立夫表示不满。
1949年5月20日，国民党中央政治学校举行校庆，有人当着陈立夫的面指责：“由于C·C集团上层顽固腐败，把国事党务弄得一败涂地，臭名昭彰，遭到人民的唾弃”。弄得陈立夫下不了台。蒋介石赴台后，暗示失败由陈氏兄弟承担责任，陈立夫被迫赴美闲居。临行前，宋美龄送他一本《圣经》说：“你在政治上负这么大责任，现在一下子冷落下来，会感到很难适应。这里送你一本《圣经》，你带到美国念念，会在心灵上得到不少慰藉”。陈感到无限凄凉，望着墙上的蒋介石像回答说：“夫人，那活着的上帝都不信任我，我还想得到耶稣的信任吗！？”
1950年6月朝鲜战争爆发后，蒋介石于7月26日宣布改造国民党，成立“中央改造委员会”。原来的中执会、中监会被撤销，改以25人组成的中央评议会所替代。原来在国民党中常委和党务上握有大权的陈氏兄弟被彻底抛弃，评议委员、中央改造委员均无陈立夫。虽然有陈果夫，但陈果夫实已卧床不起，所以只是虚名而已。
蒋经国的三青团派系和陈诚的派系双面夹攻，也在彻底扫清C·C势力。蒋介石的意图很明显了：就是要赶陈立夫下台，为“太子”上台扫清阻力。
蒋经国对于陈立夫原领导的中统特工机构，也一再加以改造。大陆解放后，中统在香港、澳门、台湾和大陆都潜伏组织，尤其港、澳、台地区更为强大。蒋介石、蒋经国觉得应限制中统活动。中统在抗战结束后改为“内政部”调查局，后又改为“司法行政部”调查局。蒋介石以划清界限、提高效率为名，主张限制中统的权限。毛人凤也多次建议对中统实行削权。
蒋经国便采纳毛人风的建议，并按蒋介石的指示，命令中统原来所有反共业务、组织、人员一律移交军统的“国防部”情报局。而中统的“司法行政部”调查局负责台湾地区的“保安防谍”业务，专门对内。
这一方面体现了多年来中统与军统的斗争划上了个句号，以毛人凤为代表的军统局派系取得胜利，并大大加强实力。另一方面，也体现了蒋介石、蒋经国对陈立夫派系包括属于他领导过的中统组织的排挤。
中统原来专以镇压、破坏共产党为业务专长，这项业务全部移交给军统系，表明中统也从此彻底走向了末路，彻底结束它作为一个特工组织的从发达走向衰亡的过程。
中统、军统均是蒋介石赖以发家的重要支柱。但为了使“太子”从容登基，蒋介石也不惜另起炉灶，大加改造、排斥，这一点证明蒋介石对特工机构的控制简直到了得心应手、左右逢源的地步。
总的来看，军统、中统的历史到此成了一曲“海岛余音”。蒋氏父子所领导的特工活动，对外在屡次受到中国共产党挫败之后，“配合反攻大陆”的高调越来越弱，基本上偏安一隅，再也成不了什么气候。
“天下没有不散的筵席”。蒋介石一手培植的特务王国从聚到散，随着蒋氏父子的相继死去，终于成为历史上翻过去的一页。