战争迫使就高等教育应否给军事工作让路，或应否继续追求它的学术目标展开争论。但是到1938年学术界已经接受了继续从事教育工作的任务，认为这对中国的未来是必要的。在大范围的军事动乱和人民流离中，主要大专院校选择了迁往内地较为安全地区的战略。几十所高等教育机构的迁徙——包括迁移计划，为目的地校址谈判，为运送教师、学生、职工、图书设备筹措资金和后勤以及沿途必要的准备等各个阶段——本身就是一部激动人心的传奇。它的实施需要决心、组织技巧、协调和适应。在战争的第一年内学术界就完成了这一任务，并在这个过程中把现代教育带进比较不发达的内地。
东部各省的迁移路线各不相同，但都指向西部、西北或西南。几年前张伯苓已在重庆获得一块校址，以建立南开系统内的第二所中学；因此天津的南开中学毫无困难地迁到了它的重庆新校园。另一方面，南开大学由教育部命令与北大和清华合并，起初在湖南长沙组成临时大学，然后从1938年的晚些时候开始在云南昆明组成国立西南联合大学。其他北方大学，包括北洋工学院，迁往西北，并在西安合并组成战时国立西北联合大学。成都华西协合大学的校园成为其他七所教会大学的家园。还有一些其他学校单独迁移，每一所都在完全陌生的新址重建：例如，国立浙江大学在贵州山城遵义单独办学，国立中央大学则在重庆郊区。
然而，并不是所有的学生都能随他们的学校迁移，教师也是如此；战争的破坏使1937—1938年成为受挫和损失之年。1938年全国学生注册总数比1936年减少约20000人，而教师数量减少约2000人，分别降低约50% 和30% ，当时高等院校的数量则减少到91所。从物质和心理方面看，更具毁灭性的是被损害或破坏的校产的损失并非由于战争的机运，而主要由于日本军人的蓄意行为。战争开始时以南开大学为目标的轰炸使它沦为一片废墟，这一破坏已广为人知，但几乎所有的其他学校在日本占领期间也因轰炸或破坏性使用，而蒙受财产损失。据教育部汇编，到1940年底高等教育机构在建筑和设备方面的损失示于表9 。
相比之下，官方报告的1940年国家直接税收入仅为92441020元。然而面对如此重大的破坏，学校生存下来了，并努力继续发展。恰在数量增加之时，严酷的战时条件不可避免地导致了学术活动的质量下降。院校总数从1937—1938年的低点91所开始上升，超过了1936—1937年的水平，在1940年达到113 所。1945年战争结束时，高等院校已增至145 所，同年注册学生增加到73669 名，再次达到战前高峰年份的一半以上。
为了弄清所迁学校在八年战争期间的作用，让我们看一下其中最著名的国立西南联合大学（联大）。整个学术界顽强坚持是支撑战时教育的关键因素。1937年秋，即当战争扩大到中国更多地方时，联大的课堂教育恢复了：长沙临时大学以其北大、清华和南开大学师生之众，于11月1 日开课。校舍一部分是借用的房屋，一部分是计划中的未来清华大学农学院的校舍，恰在长沙城外，是战前不久获得的。然而，在秋季学期结束时，日本人更迫近长江中游地区，学校决定迁往西南边陲省份云南。没有人提问如此远距离、大规模搬迁中的人力和物力消耗是否适当：高等教育机构显然是国家最有价值的资源，所以只要形势允许，当然必须抢救和重建。
1938年秋，师生在云南昆明重逢（由于容纳不下，文学院和法学院已先在蒙自住了几个月）。大约300 名学生，由几个教授随同，从长沙步行两个月，行程近1000英里，而更大的队伍则乘车船绕道香港和滇越铁路到达。人员会齐之时，联大随之诞生。同时，还举行了入学考试，招收一年级新生，以扩充来自华北的现有学生队伍。
联大教员包括中国一些最有名望的学者。到1940年，注册学生增加到3000多人。学生的增加迫使联大于1940年开始在四川叙永建立新生分校。昆明的设施负担过重，既有借自当地学校的旧建筑，也有在1938—1939年仓促建起的廉价的“新校舍”。在原有的文学校、理学院、法商学院和工学院等四个学院之外，增了师范学院，课程的范围扩大了。蒋梦麟、梅贻琦和张伯苓，他们分别是战前北大、清华和南开的校长，显示了政治家风度的分工合作才能。蒋和张在重庆度过了大部分时间，与政府保持经常联系以照顾联大的利益，而梅则在昆明负责学校的日常管理。教师努力从教，同时使自己的学术工作适应极不相同的地理环境和知识环境。例如，社会学家费孝通已重新就职于省立云南大学，虽然有时也被邀在联大讲课，但他把对长江下游农村的研究转移到考察中国西南的少数民族；南开经济研究所切断了与华北基地的联系，转而发掘不发达的内陆的经济。
随着战争的延续，严重的实际困难加剧了。一个长期的难题是怎样获得图书和设备。经抢救并运到云南的远远不够，而新的供应品又难以获得，特别在1940年滇越铁路中断之后。1939—1940年国民政府提供了100 万美元为各大学购买图书和设备，但到1945年“仍未全部到达”。政府下令中学的自然科学课程应只用国产品作实验以便把进口货留给大学实验室，但是这些措施远远不够。这类物资匮乏使科学和技术科目的课程作业质量下降。同时，图书馆书本不足使大多数大学课程严重依赖课堂笔记和基本教科书，结果教学双方都受到严重的限制。
另一个问题是师生生活水平持续下降。由于通货膨胀恶化，教授的创造力常被转向维持生计。政府特许教育和公务人员每月以固定的低价购买定量的大米。许多大学生处境更为困难。战争初期政府开始向与家庭切断联系而确实贫穷的学生提供贷金，到1941年16000 多名学生接受过这种帮助。补贴仅能使接受者勉强维持生存，整年食不果腹，衣不蔽体，更不用说书籍和其他必需品了。1941年初联大有一种说法，抵押冬衣买春季用书，然后在秋季抵押书本赎冬衣。
第三个问题虽然不那么迫在眉睫，却是最根本性的困难，那就是现政权与自由知识分子之间的关系，后者把自己视为现代中国建设者之一。建设国家的努力现在不得不用战时极为珍贵的资源来实现，这一事实加剧了自由主义知识分子与国民党专政之间的目标分歧。教育部长陈立夫渴望扩大自由中国的学生队伍，并使他们信奉孙逸仙的三民主义，希望借以阻止心怀不满的青年转向共产党。由此产生的国民党对师生思想的控制，在联大导致了尖锐的冲突。由于昆明物价的上涨高于其他地方，政府的配给在联大益显不足。反对国民党独裁的联大教授从地方军阀云南省主席龙云得到支持，他阻碍了中央政府代理人控制大学校园政治思想的措施。在这种形势下，表面上对实际问题的分歧有可能导致观点上的分化。例如，1940年政治学教授钱端升表达了对政府以损害人文学科为代价过份强调大学课程的功利主义部分的不满，他说：“大学的基本目标是求知，它不是功利的。如果大学能同时生产一些有用的东西，那是一种附属功能而不是它原来的目标”。这个声明显示新文化运动固有的两重性：哪一个更重要，是通过知识的追求发展个人的心智，还是为了民族的集体目的而使用有用的知识？
高级研究的困难与高等教育类似。中央研究院的各研究所重新安置在数处，包括昆明、重庆和四川的其他地方，在那里科学家和学者尽其所能进行研究。1941年9月中国的天文学家组织了一次远征，到西北观察日全食。为适应战争的需要，某些新的技术领域得到了发展，如工业化学和运输的木- 油燃料的利用。但总的说来，战时的学术和科学工作是一种维持活动。
战后的变化
战争早已把中国高等教育驱出了具有外国色彩的象牙之塔。战后的岁月使它陷入革命的混乱之中。当1945年11月昆明学生领导反内战示威时，云南的政治气候已在变化；云南省长龙云虽然在战时与中央政府合作，但也保护了学术界。战争一结束，对该省的权力之争接踵而至。龙被斗败，重庆政府以卢汉取而代之，卢同意中央政府在云南行使更多的权力。所以学生的反内战运动使他们与国民党当局发生正面冲突，当局采取迅速行动，禁止表示任何不同政见。在学术界和自由职业界有广泛代表性的民主同盟采取了支持学生的坚定立场，并要求建立联合政府。11月末，阵线已经分明。联大学生于11月25日领导了一次大会，抗议国共重开内战，但被武装军队驱散。当时政府仍在重庆与中共领导人谈判，它断然声称反战情绪是共产党煽动的。然而，学生们坚持斗争，12月1 日，一帮武装分子，其中一些身穿军服，侵入了几个校园，这时几乎昆明所有的大中学生都被卷入一次大示威的计划。战斗爆发了，石块对抗枪械和手榴弹。战斗结束时有三个学生和一名音乐教师被杀，十几名学生受伤。
如果政府开始谨慎地疏远知识分子，它不会取得像1945年12月1 日那样强烈的结果。疏远已是一个公开的事实，同盟国胜利后不到一年，昆明正在变成知识分子的“恐怖世界”：首先，谣传政府已列了一份“黑名单”，然后发生了两起对两位教授的暗杀：李公朴于1946年7 月11日被害，而闻一多于7 月15日在一次公开悼念李的大会上发表一篇激动人心的讲演后被害。10名民盟其他领导成员，包括潘光旦教授（清华教务长），费孝通（人类学家，云南大学）和张奚若（政治学家，联大）立即前往美国驻昆明领事馆避难，直到他们的安全得到一个来自重庆的特使保证为止。
在这种变化莫测、忧虑和对现权力结构越来越不抱幻想的境况中，学术界的主要任务是收拾行装，把学校迁回原来的校园。搬迁工作完成得极其迅速。例如，1946年秋季学期，南开大学在天津郊外的八里台校园重新开学。800 多名学生在原址恢复学习，那里70% 的建筑已被毁坏，但一年后恢复工作就完成了大约30% ，而管理人员为重建学校仍有一段漫长的路要走。政府继续执行其统一和理解的政策，把全部第一流大学，包括南开在内，变为国立。增设和改组也在进行。例如，北洋工学院战后从陕西迁回，1946年重新命名为北洋大学，人员被配置在两个部分，即一个理学院和一个工学院。几所教会大学从四川迁回后联合组成华东大学，设在上海前圣约翰大学的校园里。
1944年，拨给高等教育的经费总数已达180 亿元（1937年为3000万元），但它的真正购买力只相当于1937年期间的180 万元。40年代末期学生人数较多，学校也较多，这意味着质量急剧下降。从总体看，在战争年代数量的增长没有带来相应的质量的提高，虽然在某些学校某些专业领域的大学教学仍设法保持世界标准的高水平。从1941—1942年开始教育部对大学员工进行个别正式登记和任命的政策也引起了争议。
1946年9 月一份新周刊《观察》的出版可以被看成本世纪中期中国自由主义分子的最后抵抗。主编储安平得到来自像十几年前曾向《独立评论》投稿的那样的知识分子的积极支持。为第一期《观察》写作的名单是一份高等教育和现代专门职业界领袖的部分点名册：王芸生，《大公报》总主笔，该报当时是一份最受重视并广泛传播的日报；伍启元，清华经济学教授；蔡维藩，南开历史学教授；冯友兰，清华哲学教授，文学院院长；张东荪，燕京大学政治学教授；陈之迈，政治学家，当时是中国驻华盛顿大使馆的参事；卞之琳，诗人，南开大学文学教授。
储安平宣布《观察》是“一个发表政论的刊物，而不是政治斗争的工具”，这份杂志“除大体上代表着一般自由思想分子，并替广大人民群众说话以外，我们背后另无任何组织”。储提出了可以作为中国自由主义墓志铭的四个信条：首先，在中国发扬民主。“国家政策必须容许人民讨论，政权进退必须由人民决定，而一切施政必须对人民负责”。第二，支持各种基本人权，法律面前人人平等。第三，促进中国的民主政治，工业化，以及科学精神和现代思想的成长。最后，推动用理性解决各种纷争避免感情用事和使用武力。“抗战虽然胜利，大局愈见混乱。政治激荡，经济凋敝，整个社会，已步近崩溃的边缘……”在这样的逆境中，战后年代的学术界只能试图保留过去10年军事、政治和经济动荡中幸存下来的东西。到1949年，中国自由的或自治的高等教育的前景似乎十分暗淡。学者和政治当局的关系长期以来就是共和国辩论和斗争的主题，今后也不会松弛或放任。然而新中国的建立，包括国家权力的重建，不会减少对学术创造力的需要。