1939年初战争开始转入第二阶段，这是1938年末毛在六中全会上所预见的相持的结果。毛曾预言，在这个持久的“新阶段”，抵抗力量（当然主要指共产党领导的力量）将成长壮大。其实这笔帐并不那么单纯。在山东和华中建立了新的根据地，但在华北许多地区人力和丁口因日本的强化治安而丧失。根据地经济面临严重问题，农民所受的苦难比任何时候都重。
相持阶段有两个方面。第一个方面是国民党对共产党的扩张越来越恼怒，共产党的扩张与他们自己的损失呈鲜明对比。当国民党人正被赶出他们拥有最大财富和最高权力的长江中下游地区并在这一过程中丧失了精锐部队时，中国共产党却正在渗入日军战线后面的广阔农村，在那片土地上扩张势力并赢得民众的支持。
第二个方面是日本人想要（并且需要）巩固他们名义上已征服的地区，并从中得到经济利益。归根到底，发动中国事变的理由是利用中国的劳力和资源来增强日本的力量，而不是在中国的广阔领土上耗尽其财富。
一个日军陆军上校悲叹道：“为什么，唉，为什么，在我们已经达到最初目的后，我们不迅速结束中国事变？我们被诱入内地，真是愚蠢……我们所得到的是不动产，而不是我们‘解放’的人民的普遍支持……我们越来越深地陷入了永无尽头的消耗的泥潭中了。”日本的当权者们仍意见分歧，并且互相竞争；他们多方设法以求改善其处境。他们对蒋介石展开新的和平攻势，同时力求建立一个在汪精卫领导下的“改组的”国民党政府，汪已于1938年12月逃离重庆。他们招揽了更多的合作者和傀儡。最后，日本人还采取强有力的军事、政治和经济措施来建立地区性控制并消灭反对力量。