共产党人用“磨擦”这个委婉的说法来描述战争中期他们与国民党人的冲突。到1939年，许多观察家认为（或许是错误地认为），出乎意料的真诚协商开始渐趋消退。1939年初，国民党中央委员会采取了一系列限制中国共产党的措施。军事冲突始于夏季，持续到秋冬，越来越频繁和激烈，这些冲突多数发生在华北根据地及其周围。共产党把1939年12月到1940年3 月之间的这段时期称为“第一次反共高潮”。当然，双方相互指责对方是进攻者，而称自己是对无理进攻的自卫。但从战略上看，这次华北“高潮”是国民党为制止中共擅自扩张到指定地区以外，并在已经丢给共产党人和日本人的地区恢复权力所作的一次努力。蒋介石作为一个传统主义者坚持要维护他的法权，而共产党人则坚持他们有发展的权利，对政府法权的道德价值提出质疑。
1939年，国民党人开始对陕甘宁南部和西部边界实行全面封锁。一年内，封锁部队几达40万人，包括一些保存得最完好的由胡宗南全面指挥的中央军。封锁阻止了共产党的进一步扩张，特别在甘肃和绥远，并终止了陕甘宁与在邻接苏联的新疆（中国土耳其斯坦）活动的共产党人的直接接触。新疆的共产党人，包括毛泽东的弟弟，于1942年被害。在甘肃- 陕西边界和陕甘宁东北角长城沿线绥德附近，当封锁军刺探薄弱地点时，爆发了激烈的战斗。贺龙第120 师的一些部队从黄河对岸的晋绥根据地调回，以加强陕甘宁的正规守备。
经济上的封锁甚至更为严重。中央政府给边区预算的补助于1939年中断了。边区与中国其他地区之间的贸易几乎陷于停顿，这对一个许多基本用品不能自给的地区是一个沉重的打击。
国民党和地方势力也谋求把他们的军事和政治权力挤入共产党视作他们根据地的河北、山西、河南和山东地区。共产党反对这些企图，他们有预见地谴责他们的对手危害抗战和损害人民利益。“磨擦专家”据说是为日本人及其傀儡效劳。共产党注意到地方部队与日本人的勾结日益增多，他们认为这是一种蓄意的、不严肃的所谓“曲线救国”的策略，目的在于保存军队以为将来反共之用。尽管如此，中国共产党仍力求避免与重庆的国民党政府公开决裂。在公开场合，中共一贯把这些军事冲突描绘成地方指挥官超越上级命令挑起的，尽管他们明白事实并非如此。蒋介石当然不能否认这种提法，这使共产党的强烈反应显得正当有理。
毛泽东宣布对付这些攻击的总政策是：“有理、有利、有节”。换句话说，当共产党能够表明打是正当的，以及当他们能得到好处时，他们就应该打。但他们的进攻不应超过国民党容忍的限度，不应损害他们在公众中的无私爱国者的形象。中共的武装应尽可能将主动权完整地掌握在自己手中，决定何时交战，是否交战，何时休战。
“第一次反共高潮”中最引人注目的插曲是1939年12月与阎锡山的决裂。整个夏天和秋天，山西的紧张气氛一直在增长，因为阎及其与旧军有联系的保守的追随者看到牺盟会和新军的决死纵队与共产党军队搅在一起了。当山西省的大部分成了根据地和敌占区时，阎被迫流亡到黄河对岸的陕西秋林。11月，阎命令他的旧军在胡宗南派来的中央军协助下解除决死纵队的武装。经过接着发生的血战，这些部队一个个脱离了哪怕是名义上的省的控制，完成了与共军的会合。3 万多人投向共产党。一个国民党情报员沮丧而颇有辩才地概括道：
这是共产党人惯用的手段。起初他们满口甜言蜜语，阿谀逢迎，曲意奉承，目的是要打开局面，为其行为作掩护……但是，一旦他们羽毛丰满，一旦初步的基础已经打好，他们立刻就翻脸咬人……我们心中曾料到结局可能是这样，但不知道情况发展得有多快……也不相信这竟会在中共号召“统一战线”和“团结抗战”之声响彻云霄之时发生。
约一个月以后，在1940年2 月到3 月，八路军部队打退了这次所谓的高潮。张荫梧部在冀北平原被击溃缴械。在冀南，朱怀冰和石友三同国民党任命的河北省主席鹿钟麟一样被赶出根据地。虽然在这一地区仍留有少数非共产党武装，但晋察冀和晋冀鲁豫根据地不再受到中央政府所属部队的严重威胁。中共指控石友三与日本人勾结，经证实后，石友三于该年晚些时候被中央政府处决。
1939年末，中共中央当局声称，“而现实能够发展武装的地区，主要的只有山东与华中”。中共仍试图在这两个地区开辟他们能活动的根据地。
山东局势混乱。日军入侵后，国民党所属部队多数留在省内，因而共产党的武装和根据地比西边薄弱和分散。直到1938年后期，徐向前和罗荣桓指挥的八路军第115 师和第129 师的大部队才进入该省，与山东纵队和地方游击队（包括近遭日军杀伤的一支大部队的残部）会合。这些行动导致与日军和各种从属于国民党的团伙冲突，当时他们都比共产党人强大。直到1940年后期，中共与这些国民党军的冲突比与日军的冲突还要残酷。
中共知道他的中国对手互相严重猜疑，而且他们对中共的态度也大不一样。主要的国民党军队并未紧密地依附于中央政府或蒋介石，他们归独立的、有时是桀骜的地区司令官指挥。共产党的策略被概括为几句口号：“发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力”；“取悦上层，罗致中层，袭击下层”；和“争取于学忠，孤立沈鸿烈，消灭秦启荣”。然而，不像其他华北根据地，共产党人花了几年时间都不能使山东的国民党军保持中立，若不是日军扫荡削弱了他们，共产党人当时甚至可能没有能力这样做。
到1940年11月，徐向前声称已取得相当大的进展，但他承认山东还不是巩固的根据地。中共的努力在沿山东- 河北交界的部分地区、鲁中泰山周围和半岛最东端附近最为成功。他承认其他地方“进步力量尚弱”。八路军正规部队可能有7 万人，远低于党中央的要求——15万正规军和150 万到200 万自卫队。事实上一直没有实行系统的经济改革。大家熟悉的没收、征收救国粮、捐献和公债与传统的税收体制并存，只是对后者加以调整，以照顾较贫困的农民。
与在北边相比，共产党在华中的扩张更充满与中央政府军队发生大规模冲突的危险。鉴于华北大部分“磨擦”是因共产党迅速扩张到半真空地区引起的，中共在华中建设根据地的尝试要求他们取代与蒋介石和重庆政府有密切联系的现有的国民党军政人员。
发展华中根据地的任务最初由第六支队（皖北和江苏）和第五支队承担，并得到黄克诚率领的 15000到20000 八路军强有力的支援。当陈毅的第1 支队通过管文蔚的地方武装提供的走廊由江南到达江北时，他们也积极地参与了。这一扩展是对毛泽东和刘少奇各项指示的响应，这些指示经过1939年后期进入1940年时变得愈来愈紧迫了。这使得江北的新四军与安徽和江苏国民党当局，特别与江苏省主席韩德勤领导的军队之间的冲突变得更加频繁和尖锐。
然而，江南的项英并没有直接向重庆的指挥官们提出挑战。或许如毛后来指责的那样，他曾受王明影响，或许他别无选择。他的部队——三个支队加上新四军总部——在数量上远不及顾祝同的国民党军队，更不要说日军和伪军了。虽然毛坚持在任何地方都可以建立根据地，但上海- 杭州- 南京三角地带是一个罕见的困难环境。项英和他的同伴们于1934年至1937年间在华南山区面对残酷的围剿——直到抗日战争爆发才被取消——以巨大的韧性和勇气幸存了下来。能够经受如此艰辛的人突然成了“右倾投降主义者”，这似乎是不可能的。项英的“调和”和“妥协”或许更能反映这一地区真正的力量平衡。然而，到1940年春，毛对项英甚至逼得更紧了：
因此，我们均能够发展，均应该发展。这种发展的方针，中央曾多次给你们指出来了。所谓发展，就是不受国民党的限制，超越国民党所能允许的范围，不要别人委任，不靠上级发饷，独立自主地放手地扩大军队，坚决地建立根据地，在这种根据地上独立自主地发动群众，建立共产党领导的抗日统一战线的政权，向一切敌人占领区域发展。
国民党和共产党之间的争夺不仅仅是为控制敌后地区而进行的斗争。它还涉及国家的政治、意识形态和领导权。对中共来说，一个令人担忧的发展是在整个1939年期间提高蒋介石威望和官方权力的运动，在他的党、政、军最高职位外增加了更多的头衔。1939年初，中央执行委员会任命他为国民党“总裁”，不禁使人想起孙逸仙以前拥有的头衔。更有甚者，1939年夏、秋之际，出现了有关宪政的讲话。11月，国民党宣布了一年后召开制宪会议的计划。如果蒋真能兑现人们期待已久的许诺，他和他的政府也许可以获得新的合法地位和更孚众望。
毛泽东和他的同事们不能让这些发展不受挑战。如果国民党要有一个至高无上的领袖和权威发言人，那么中国共产党也应该有一个。毛的名著《新民主主义论》写于1939年晚些时候，而发表于第二年元月，这不是偶然的。这一著作的要旨在较早的声明中已预先表达，但其发表时机和充分发挥则受国民党宪政运动的影响。它体现了中共参与竞争，不但争取得到（国民党以外的）支持，而且是中共期望领导的各阶层统一战线大联合的声明。《新民主主义论》中表面温和而有节制的语气使许多中国人相信中共或者已淡化了他们的革命目标，或者已把它推迟到遥远的将来。但在这里，像在中共许多其他声明中一样，措词往往一语双关。对国民党统治区的人来说，文本让人们按英美民主的自由主义价值观解释：民众参预，多党政府，依法保护公民权利。但在共产党控制的边区，同样的话具有较多的权力主义的和以阶级为基础的涵义。在保密的非公开传播的党内文件中，模棱两可的词句不见了，人们因而可以清楚地看到党不只是对于抗战而且也是对于社会控制和社会改革的顽强、坚韧和灵活的承诺。
在同一时期，共产党人声称对国民党投降日本的危险深感忧虑，这种危险不仅发生在敌后的战场上，而且也发生在最高层。可以肯定，其中有些是宣传，但在宣传的背后也有真正的担忧。在1939年末和1940年初，一切有政治意识的中国人都知道日本正在与一年前逃离重庆的反复无常的汪精卫谈判。1940年3 月，一个“改组的国民政府”最终在南京成立，这是当时最可怕的勾结。
在同一时间，不那么广为人知的是日本人正通过香港的中间人寻求与蒋介石本人达成谅解。这一“为蒋设宴”的任务被称为“桐工作”，它既有高层次密谋的成分，也有低级滑稽剧的成分。据传蒋对和平感兴趣可能是为了使汪精卫进一步丢脸而设下的一个骗局。他们让汪在舞台的侧面等候，直到“桐工作”完全失败。但是即使蒋无意与日本人达成协议，共产党在这个多方位的和平攻势失败之前，也不可能确知它的后果。
中国从没有像1940年中期那样孤立过。在欧洲，“虚假的战争”因跨越低地国家的德国闪电战而于春天结束。法国很快被击败，而英国似乎也将陷落。日本利用这种形势要求切断中国与外界脆弱的最后联系：滇缅公路、与中立的香港的贸易，以及河内到昆明的铁路。与此同时，苏联陷入棘手而令人困扰的对芬兰的战争，并削减对国民党人的军事援助。美国则刚从孤立主义中逐渐摆脱出来，而且明确地认为英国比中国更重要。在重庆和自由中国的其他地区，对战争感到疲惫、绝望和士气低落的迹象是显而易见的。