没有一个晚清官吏能在同样短暂的时间内比袁世凯取得更多的改革成就。在慈禧太后的支持下，在为实现改革纲领而招募来的日益增多的随从人员帮助下，他几乎参预了帝国末年发起的在制度上进行改造和革新的各个方面。他的爱好是实践而不是理论。他不为改革纲领出主意或发展其原理，而是贯彻执行，证明其可行性。但是，即使考虑到强调实效，人们也会对袁在总统任内转向保守有深刻的印象。
作为实用主义者和政治家，当革命势力已表明它们掌握了国家的时候，他承认了民国的必然性。在共和制的最初几年，他为避免同革命领导人完全决裂而讨好他们，面临对抗时就作策略上的退却。但是，他对革命后政治上和社会上的开明感到不安，不久就变得明显了。他认为，学生已变得难以驾驭了。他感到，妇女平等的鼓吹者是在抨击家庭，因而也是在抨击社会秩序。在他看来，民国元年就从小学课程中去掉孔夫子是走得太远了。他抱怨说，官僚政治的纪律在革命后几乎荡然无存，税收被消耗于地方利益。农村一片混乱。总的说来，他深感中国的落后。他经常指出，改革是必要的，但搞得过多过快。紧缩是他的基调。
在袁任总统的最初几年，最困扰他的国内问题，是政党和议会的作用以及省和中央的关系。
袁就任总统时，宣誓要遵守《约法》。议会的重要地位，是1912年革命党人起草的《临时约法》所固有的，是10多年来政治运动和政治论战的必然的成就。袁不去评论《约法》是否必要，某种代议制是否合适。但是，他对1912年发展起来的体制从来就是不喜欢的，他对这些体制的运转提出了越来越多的批评。他抱怨的一个焦点就是政党。早在1912年7 月，他警告说：“无论何种政党……若乃怀挟阴私……飞短流长，藐法令若弁髦……将使灭亡之祸，于共和时代而发生……”当国会选举在1912年12月开始进行时，他对获胜者可能更关心党的影响而不是公共福利，表示关切。
国民党在选举胜利后就成了显著的敌人，但袁仍然不大关心其他政党。当袁转而为统治国家作自己的安排时，他感到，“查临时约法……即其内容规定，束缚政府，使对于内政外交及紧急事变，几无发展伸缩之余地。本大总统……身受其苦痛，且间接而使四万万同胞无不身受其苦痛者”。这个观点，只是在袁已经肃清了国民党，国会已经失败之后，当要求制订一个更符合政府需要的宪法时，才得到公开的表述。1913年3 月袁暗杀宋教仁，并不简单是清除政敌，而且也表明了袁、宋之间在关于如何适当组织全国政府的观点上隔着一条鸿沟。
袁世凯全神贯注的第二个造成分裂的国内问题，是多大程度上的中央集权制才适合于中国的政体。1911年11月，当梁启超公开拒绝接受袁提供的清朝官职时，他指出，国家面临的基本问题有两个：政体应该是君主制的还是共和制的；政体的组织应该是联邦制的还是一元制的。前一个问题已被革命解决了，而后一个问题尚待作出回答。民国第一年很不正常：总统统辖事实上的联邦，却越来越明确地表示要建立一元制的、中央集权的国家机构。
同代议制政府和政党的作用问题一样，中央集权制问题在前十年就尖锐地提出来了。清廷在最后几年发起的许多改革，都是为了在国内实行权力更加集中的控制。辛亥革命在某种程度上是各省对北京要求增加权力的反应。革命后，那些仍然相信在中央集权下统一的人，对有人把联邦制推向极端感到震惊。官僚政治的、财政的、立法的甚至军事的自治，被大多数省政府广泛采用。争论使人们相信，联邦制会削弱国民政府的力量，中国处在具有掠夺性的帝国主义世界中，只能从根本上加强中央政府的权力。（强调政党和议会的重要性的人，不一定就赞成联邦制，尽管主张自由主义的中央集权制的那些人，比如宋教仁，认为同省自治的捍卫者结成同盟，赞助他们的某些要求，在策略上是有利的。）
在任总统的最初几个月里，袁世凯不得已而默许省自治，但对省自治表现出越来越多的不耐烦情绪。1912年7 月，他同意确认各省在职都督职位的提案，这些人并不是靠他才当上都督的。他虔诚地恳求他们同政府合作。同年秋天，他试图行使任命各省文职官员的权力，没有取得多少成功。这种努力，一般都被当作是对省的内部事务的干涉，而经常遭到抵制，有时抵制是激烈的。11月底，他在要求省当局任命县知事须呈北京批准时，悲哀地指出，《临时约法》赋予了他任命和罢免官员的权力。对此没有什么可察觉到的反应。他为了确立北京在各省内的作用而提出的立法提案，在临时国会中不受欢迎。1913年1 月，他利用国会因选举而实际上休会的机会，颁布了省政府的组织章程。接着而来的是抗议总统专横的风暴。袁在担任共和国职务的第一年中，为重新加强中央权力而采取的低调行动，大都受到阻挠。北京的国库因来自各省的税收不足而相应地遭受损失。
清朝这位伟大的改良主义官员，作为总统，不能够或者不愿意适应民国分权的、自由主义的环境。民国的社会松散，以及在实践中对他的中央政府施加的过分限制，使他感到生气。国民党1913年初在选举中取得的胜利，使他面临权力被进一步限制的前景，甚至达到要他下台的地步。立宪政体、选举和省自治似乎都在迫使他退却。他不退却，而是准备战斗。