从世界大战一开始，英国就希望中国加入协约国一方。日本政府不赞成这样做，认为中国参战将增强中国在国际事务中的地位，从而降低日本作为中国的领导者和代言人的地位。与日本磋商后，英国决定在没有日本预先同意前不就中国参战进行谈判。
日本强迫中国签订二十一条就是这种谅解的结果，而且日本政府继续欺骗袁政府。同时，日本在野人士继续利用满、蒙少数民族反对中国人的情绪，阴谋把满洲从中国分离出去，而另一些日本人则继续公开同情孙逸仙周围的南方反袁革命力量。于是，当1915年末袁世凯企图建立一个以自己为君主的新王朝时，日本政府和在野人士同样强烈反对。日本寻求英国支持，然后寻求美国、俄国和法国支持，逼迫袁推迟实行君主制的计划。除美国外，所有国家都赞成。
1915年12月反袁运动在华南发动，而且势力增强以后，日本政府于1916年3 月决定承认南方革命力量为与北方平等的交战团体，并暗中支持那些帮助南方革命力量的日本活动分子。同时，在中国北部，日本活动分子得到日本军方秘密提供的军火，再度策划围绕当时隐居旅顺的肃亲王的一次满蒙独立运动。日本外务省本身暗中支持这些做法，向袁政府施加压力。但袁世凯于1916年6 月逝世。日本军方认为这次运动成功希望微乎其微，因而撤回了它的支持。独立军瓦解，结束了第二次满蒙独立运动。
随着袁世凯去世，控制军队的段祺瑞迅速加强了内阁的行政权，但几乎在每一个问题上不仅与黎元洪总统，而且也与国会发生冲突。为了增强他的政治影响以及巩固他个人的权力基础，段计划与政情也在变动之中的日本发展更为紧密的关系。1916年10月，大隈重信首相由寺内正毅取代，而加藤高明外相由本野一郎取代。寺内计划通过他任朝鲜总督时代以来的密友西原龟三接近段内阁。
在这一时期，美国与德国之间的关系继续恶化。1916年4 月，美国抗议德国的潜艇攻击后，德国保证限制潜艇。然而1917年1 月31日它改变了立场，宣布准备恢复无限制的潜艇战。威尔逊总统立即断绝与德国的外交关系，美国于2 月3 日号召中国和其他中立国也这样做。北京政府要求美国提供一笔贷款作为酬劳。
随着战争进行，欧洲协约国面临法国劳工短缺，于是从中国招募了14万劳工。1917年2 月，一艘载有900 名华工的法国船在地中海被德国潜艇击沉，542 名华工丧生。为了对付德国的潜艇活动，协约国求助于日本海军。英国在上月已请求日本派驱逐舰进入地中海，而日本则乘机要求英国支持日本获得以前德国在山东的权益，以及德国在太平洋赤道以北的领地。日本政府向俄、法、意提出了同样的要求。所有四国都私下保证，在将来任何和平会议上支持日本的要求。此外，中国的段政府目前正准备改善与日本的关系，而战争突然加强了日本的经济实力，也恰好使欧洲特别是英、法在东亚的势力突然削弱。基于这种新的原因，日本政府现在改变了政策，同意中国参战。
1917年1 月，西原安排了500 万日元的贷款给段政府。于是开始了“西原借款”。在短期返日后，西原于2 月回到北京，并通知中国政府如向德国宣战，可望得到充分得多的援助。西原多次会见段总理，强烈要求他参战。段不顾副总统冯国璋的反对以及黎总统更强烈的反对，最后同意了。1917年8 月14日，段政府向德国和奥匈帝国宣战。冯最后在这个问题上与段取得一致，但黎元洪仍坚决反对，促成一场激烈的内部权力斗争。作为中国参战的交换条件，段希望从列强得到财政援助，以增强他本人在国内的领导地位，并提高中国在国际社会中的地位。段的政策得到中国内部三种势力的支持：第一，段本人领导的北洋军阀的皖系；第二，曹汝霖周围的集团，西原借款的主要渠道；最后，议会中梁启超周围保守的共和党人。后者反对革命党和孙逸仙的国民党。积极反对中国参战的是那些有商业利益的人，他们希望从中立中保持繁荣，而国民党则担心参战会使段政权得到加强。
在日本驻北京公使林权助的推动下，日本政府决定全面援助段祺瑞，首先通过增加西原借款，并禁止一切给南方国民党的借款、军火和民间帮助。段和南方革命者之间的冲突加剧了。到1917年8 月末，134 名反段国会议员在广州开会，选举孙逸仙为新的军政府的大元帅。
随着段政府宣战，日本对他的援助大量增加；在1917年和1918年两年间，向段政权提供了约14500 万日元，相当于约7250万美元的共八笔西原借款（其中只有500万日元得到偿还）。这些借款受到以国民党为首的反段分子的猛烈攻击，因为这使国内的不和升级，而且支持了反动政权。于是这项借款成了中国民族主义运动成长的催化剂。
段与寺内政府之间的勾结并未就此结束。当1917年11月布尔什维克革命爆发，新的苏维埃政府通过《布列斯特- 立托夫斯克条约》中止了与德国和奥匈帝国的冲突时，日本怀疑苏维埃与德国结盟。出于对马克思列宁主义的担心，它寻求阻挡西伯利亚的布尔什维克主义浪潮，并为此建议与段政权结成军事同盟。1918年3 月25日，日本外相本野和中国驻日公使章宗祥，在东京同意合作以对抗俄国境内敌对势力的增长。5 月16日，两国签订了一项秘密的军事互助协定，接着又分别签订了一系列详细叙述陆军和海军合作的协定。这些协定的条款中日双方都秘而不宣，两国只声明谈判在进行中。这种神秘状态加深了中国知识分子的担心，他们担心中国军队基本上正被置于日军控制之下，也担心这些协定只是日本渗透的另一种表现。全中国爆发了反对协定的示威，而大量中国留日学生在抗议声中回国。
日本政府积极维护段祺瑞的立场，事实上从财政和军事两方面加强了段政权，并对华南以国民党为中心的反段力量造成了不利影响。因此1919年2 月20日在上海召开的南北和会，一开始就面临难以逾越的障碍，归于失败。无论如何，日本和段政权之间签订的军事协定，随20年代中期段政权的倒台而失去所有影响。1921年1 月28日，中国通知日本全部废除这些协定。
与上海的南北和会几乎同时召开的是巴黎的凡尔赛和会。当和会拒绝中国收回德国在山东的权利的要求时，中国代表团退席，1919年5 月4 日北京爆发了游行示威。外交事务对国内政治的冲击再清楚不过地得到了证明。