因为中国人对国家的凄惨情景、军阀纷争造成的破坏和外国侵略带来的屈辱非常敏感，国民革命军北伐，从南方的广州（始于1926年7 月）到北方的北京（1928年6 月占领），沿途受到民众热烈的欢迎（见第12卷）。对许多中国人来说，国民党统治表明一个新时代的开始，在这个新时代里，中国将重新统一和强盛，全民经济富足，民众不再以做中国人为耻。然而，早在1929年，这些奢望即黯然失色。因为国民党人在把注意力转移到新时代的建设任务之前，首先必须决定党内何人掌握新政府的权力。
自孙逸仙1925年3 月逝世以后，为争夺国民党运动的领导权，国民党内一直存在残酷的、甚至流血的斗争。这些权力的争斗在北伐时曾被掩盖起来。然而，到1927年初，在全国政权垂手可得的诱惑下，党内斗争遂以新的和空前的暴烈行动恢复。所以，在南京政权十年统治开始之时，国民党运动便已混乱不堪。事实上在1927年春，中国有两个国民党政府（蒋介石及“中间派”的南京国民政府和仍与共产党人联合的左派国民党的武汉国民政府）和三个要求国民党领导权的总部（除汉口和南京的总部外，极右翼西山会议派要求它们在上海的中央执行委员会拥有唯一的合法性）。使这种局面复杂化的是，这些权力中心的背后都有一个或几个省的军阀的支持。这些军阀只是新近才宣布拥护革命；他们很少，或完全不受国民党运动的意识形态目的的约束；他们如今只是耽于玩弄政治手腕，希望即便以此不能扩大，也可保全他们个人和地方的权力。
在这些斗争之初，蒋介石几乎被排除在竞争之外。仅仅在南京政府成立三个月之后，蒋介石的军队当其正着手北伐进军北京时，为军阀孙传芳的军队所击败；在他们溃退中，孙传芳的军队甚至威胁要占领南京。结果蒋介石的威望大损，南京政府内以李宗仁和白崇禧的桂系为首的新联盟，在1927年8 月逼蒋介石下野。
与此同时，以汪精卫为首的武汉左派国民党，效法蒋介石也清洗自己队伍里的共产党人。随着蒋介石的下野和对共产党人的清除，党内争吵的两个主要原因已经排除，敌对派系和解的道路得以打开。1927年9 月，南京政府、武汉政府及西山会议派的代表组成了“中央特别委员会”，中央特别委员会在南京建立起新的、表面上统一的国民党政府。
这个新政府并不比前两个政府更稳定。国民党运动的两个最有实力的领袖——蒋介石和汪精卫——被排除在外。新政府在财政上一筹莫展。到1928年1 月，特别委员会的政府垮台。蒋介石在下野五个月（这期间他同美丽的宋美龄结婚）后复职，权力比以前更大。2 月，他被提名担任国民党中央执行委员会主席和国民革命军总司令。10月，他又担任国民政府主席（于是成为国家的首脑）。他如今控制了国民党三位一体政权的全部三条腿——党、政、军。
在蒋介石的主持下，国民党南京政府变成了军事独裁政府。在蒋介石掌握领导权以前，国民党运动（不论是国民党还是其前身）从来不是个团结的、思想统一的，或有严格组织纪律的政党。孙逸仙最初在1894年组织兴中会，他的追随者包括具有各种不同意向和动机的人。事实上，孙逸仙似乎未曾拒绝过任何申请人入党。至少有一个例子，孙逸仙甚至接纳军阀陈炯明的全体军人加入国民党。因此，国民党员汤良礼写道，1924年改组前的国民党不是一个政党，只不过是个“各种各样政客组成的集团，他们大多数很少关心孙逸仙所拥护的主义，只是为达到各自的目的利用孙逸仙在民众中的崇高威望”。国民党的凝聚倾向，随着革命运动走向夺取全国权力的关头而变坏了。由于当时各种政治派别的野心家和政客看风使舵，国民党党员数量从1926年的仅15万人增至1929年的63万人。从未受到严格控制的党组织，完全不顾新申请人的背景、品质或是否信奉革命目标，就接纳他们入党。蒋介石部队的参谋长何应钦在1928年1 月抱怨说，“各级党部只关心（新党员）数量，不注意（新党员）质量。因此，党的精神日益衰败”。这样，国民党党员的构成状况在1927年已混乱不堪，蒋介石因而开始把许多不符合他需要的党员清洗出党。在审查党员过程中，他从根本上改变国民党运动的性质。
首先受到清洗的是共产党人。如果没有孙逸仙在1923—1924年同中国共产党人和苏联组成的统一战线，国民党人十之八九不可能取得全国的政权。国民党借助于共产党人的建议、物资支援和组织技巧，按照俄国共产党的模式改组；一支由党领导和受过政治灌输的军队得以建立起来；青年革命干部到军阀割据地区的农民和工人中去，鼓动和组织农工支持革命。有意义的是，那些曾从事困难而又危险的组织群众工作的人，被认为更接近共产党人而非国民党人。何应钦承认“国民党员不愿做实际的下层工作，结果共产党人很自然地把这项工作担负起来，使我们的党同农工分离”。那些较少承担革命义务的人避免在群众中工作，从而避免了共产主义的感染。所以，清洗共产党人具有过滤的效果，使得求私利的人可以不受影响；而从革命运动中清除出去的，是那些曾在革命期间向国民党灌输活力、纪律和献身精神的人。
然而，甚至在清洗共产党人之后，依然留下了主张采取比蒋介石所赞成的更为激进的解决全国问题办法的广大的国民党员阶层。国民党左派在1928年和1929年间，是蒋介石最难对付的政治对手；只是在经过近两年的残酷斗争之后，蒋介石才把他们镇压下去。左派分子大声指责蒋介石正在建立的“个人军事独裁”，要求国民党恢复1924年孙逸仙领导革命时期激励革命运动的政策和精神。他们主张应由党而不是由军队来控制和提供政权的方向。左派分子同共产党人不同，他们拒绝接受阶级斗争的观念和政策；但是他们认为党必须通过农、工及其他群众团体以保持和加强同民众的关系。他们坚持，只有有了这样的群众基础，他们才能阻止革命成为官僚和军阀的玩物。
许多国民党员，也许是大多数党员，支持这些激进观点。但是，身为国民党左派的汤良礼的估计，即这个时期80% 的党员属左派，确实是夸大了。然而，很清楚，许多下层和青年党员（1929年1/3 国民党员年龄在25岁以下）是同情左派观点的。
汪精卫是左派公认的领袖，但是他1928年和1929年寄居欧洲，并且至少在表面上与反蒋运动无关。所以，左派组织的幕后策动者是陈公博，汪精卫的忠实伙伴，一度曾是共产党人；1928年5 月他创办《革命评论》周刊作为左派喉舌。虽然该刊发行量从未超过1.5 万份，但声望和影响是如此之大，以致南京政府在该刊创刊仅四个半月以后，就在9 月勒令其停刊。
面对政府镇压的前景，陈公博决定，左派——它至今依然是一群无组织的汪精卫的支持者——应当组织起来。虽然，汪精卫把自己视为国民党全党的领袖，而不只是派系领袖，他本人对这项计划摇摆不定，但是，陈公博在1928年末组织了中国国民党改组同志会——这个名称象征该会拥护国民党在1924年改组时通过的革命原则。改组派正如它的名称所示，是一个有书面党章的正式组织，在上海设有总部，在全国许多地方设有分部。1928年，陈公博又在上海组织大陆大学，建校宗旨是向青年灌输左派的政治观点，并为改组派培训干部。
左派分子虽然都承认汪精卫是他们的领袖，但并不团结一致。在改组派内，顾孟馀派显然不如陈公博派激进。顾孟馀在他本人主办的刊物《前进》上发表他的观点，不赞成陈公博强调以农、工、小资产阶级为国民革命的核心。顾孟馀还对群众运动表示更大的疑惑。其他左派分子如何炳贤，不喜欢陈公博，而置身于改组派之外，虽然他们仍忠实于汪精卫。这样，国民党左派也一如蒋介石所领导的右派，同样受到内部分裂之苦。
国民党左派反蒋和反南京当局，不限于意识形态的理论讨论和宣传，因为这些往往在地方党部和省党部占主导地位的激进分子，狂热地工作以求实现革命。例如，在浙江，左派分子组织抵制洋货，领导民众游行示威反对外国教会和医院。他们组织特别法庭审判和惩办反革命分子。他们也开始实行减租的方案，激起了地主阶级的敌视，从而损害了南京当局从那一群体筹款的工作。同样，在江苏，激进分子组织民众，并没收寺庙，改为本地人的福利中心，也引起南京当局的不满。
激进分子的活动及汪精卫含蓄的政治挑战，使国民党右派深为不安。所以，紧接着蒋介石于1928年1 月重新掌权之后，南京当局开始大力镇压国民党左派，尽管一般没有流血。例如，在2 月国民党中央执行委员会第四次全体会议上，所有“不为党带来荣誉的”省党部都奉命解散，命令党员重新进行登记；要求全体党员必须按党的领导“精神”行事。重新登记党员的措施，显然是为了清除有激进思想表现的分子，保证党员能顺从地接受当权者的命令。民众运动事实上也已中止。此后，民众团体将充当南京当局进行控制的工具，而不是表达民意或创制的喉舌。在浙江，地主反对土地重新分配的政策极为凶残，至少有一个左派领袖被暗杀，另一些被打伤和刺伤。地主可能对这种暴行负有责任。但是，浙江省政府在蒋介石的亲密支持者张人杰（张静江）的主持下，通过逮捕不服从的左派分子，并勒令为左派分子控制的省党报《民国日报》停刊，以此来袒护地主。
青年最易受左派理想主义和激进主义的影响，他们明确地受到告诫要远离政治。四中全会宣言（1928年2 月）称：“最不幸的事实是，如今未成熟的学生参加我们的政治社会斗争。准许这些尚未成熟和没有足够的知识和经验的少男少女自由参加国家事务，不仅会牺牲我们民族未来的生命，而且也会使他们视整个国家和人类社会为儿戏。”
国民党右派的最高权力的地位，终于在1929年3 月国民党第三次全国代表大会上正式确立。蒋介石派注意到党的下层组织充满左派的支持者，采取特别措施保证右派对大会的控制。以党员重新登记尚未完成和地方党组织尚处于混乱状态为由，大会代表只有1/4 是由党员选举的，其余代表全由中央党部指定。左派分子强烈谴责这一破坏党内民主原则的行为，宣布第三次全国代表大会为非法。然而，这些指责终归徒然，因为蒋介石已经安置好他的支持者控制国民党，把他本人的革命观念强加给党和政府。左派领袖因不服从而受到处分，陈公博和甘乃光被‘永远开除’出党；顾孟馀被停止党籍三年；汪精卫因‘跨党’错误受到警告。其后，左派的论点，革命建设时期政府应该只是党的行政部门，党应该是最高的机关，最后被拒绝。相反，在1929—1931年间，党被剥夺了大多数权力，不论在制订政策上，还是在充当监督机关上，都不再有所作为。更早一些时候，蒋介石已废止了军队内的党代表制度。无可奈何的是，左派受到压制，而党的地位也相应降低。
正当蒋介石把共产党人和国民党左派分子清洗出国民党运动时，他也越来越依赖旧式官僚和军队。革命一旦成功在望，过去各个军阀政权的官僚纷纷南下南京，谋求有利可图的新职。蒋介石面临管理一个全国性政府的挑战，欢迎他们投入他的阵营。到1929年，十个部中至少有四个部长由这些新归顺革命事业的旧官僚担任。他们还塞满了官僚政治的许多其他职位，以致国民党老党员郭泰祺愤怒地辞去外交部次长职务，指责说，“党在去年被共产党人篡夺，现在差不多被旧官僚势力所篡夺，实无二致”。旧官僚势力对新政权的影响深远。这些旧官僚带来在他们先前职位中表现出来的同样的人生观，同样的权力贪欲而不顾公益。官僚政治变得程序化了；官僚写出数不清的公文，倒腾文件，但很少注意政策的实际贯彻；贪污腐败迅速浸透了行政机关。这样，旧军阀政权的价值观、态度和做法，一起注入了新政府。甚至18年后，在1946年，一些想革新国民党的党员调查了他们政府的腐败，并把腐败归因于当时涌进国民党的政治投机分子和旧官僚。
或许，确定国民党运动未来方向的更具有决定意义的因素，是军人的普遍影响。孙逸仙在世时，军人在国民党运动中比较受到轻视。然而，在蒋介石领导下，孙逸仙的排列顺序——首先是党，其次是政府，最后是军队——已被颠倒了过来，军队如今成为首要的组成部分。在下列事实中可以看出这种状况：1929年，在国内国民党一半以上的党员是军人，而不是平民。在党的领导人——中央执行委员——中，在1935年有43% 是军官。在1927到1937年间，国民党人控制的33个省份的省主席，有25个是将军。在这10年间，政府支出的大约2/3 拨充军费和偿还债务（大部分债款是根据契约应付的军事费用）。然而，军人统治的真正程度，还不完全表现在这些统计数字上，它更表现在蒋介石这个军人的巨大存在上——他的存在，随着南京政权10年的发展，变得越来越重要。