1916年6月6日，北洋集团首脑、窃国大盗袁世凯在全国人民的咒骂声中可耻地死去。袁世凯在世时，凭着他的资历、声望和手段，尚能控制整个北洋集团。袁世凯死后，北洋集团群龙无首，很快走向分裂，其中主要的派系，是以段祺瑞为首的皖系、冯国璋为首的直系以及张作霖为首的奉系。这三个军阀集团，互相牵制，互相争斗，长达十年之久。我们在第二章里先谈到皖系，并不是因为最强大，而仅仅是在袁世凯死后，皖系首先控制了北京政权。
皖系军阀首领段祺瑞，字芝泉，安徽合肥人。1865年生。他的祖父以办团练镇压捻军起家，官至淮军统领。其父也在旧军中任过管带。段祺瑞幼承家训，也立志从军，1885考入北洋武备学堂炮兵科。由于学业精良，毕业后被派往德国，在克虏伯炮厂学习。一年后回国，被派往威海随营武备学堂任教习。在旧军中，武备学堂的毕业生并不受重用，段祺瑞当了五年的教习。1895年底，袁世凯受命到天津小站练兵，除了自己的亲兵亲将，他也起用一批武备学堂的毕业生。1896年初，段祺瑞与王士珍、冯国璋等调到小站，很快受到袁世凯的赏识和重用，不久越级提升为炮兵统带兼炮兵学堂监督。一次，袁世凯请德国军官观操，那军官用马鞭指着王、段、冯三人称赞说：“他们不愧为杰出的将才。”因此，王、段、冯三人被吹捧为“北洋三杰”，后来，更形象化地称为“王龙、段虎、冯狗”，段祺瑞因而有“北洋之虎”的美誉。
段祺瑞遇上袁世凯，如鱼得水，尽力为之效力。袁世凯也对他倍加重用，先后任命他为常备军第三镇翼长、第四镇统制、第三镇统制、北洋武备学堂监督、保定军官学校总办、第六镇统制等。此外，袁世凯还把义女张佩蘅嫁给段祺瑞作续配夫人，这样，袁、段的关系又更深入了一层。
1911年10月，武昌起义爆发，清政府被迫起用被开缺回籍的袁世凯。段祺瑞被任命为湖广总督，统领湖北前线各军，协助袁世凯向革命党人不断施加压力，并胁迫清帝退位，使袁世凯当上了中华民国临时大总统，段祺瑞也被任命为陆军总长。1913年7月，段祺瑞还曾担任代理国务总理。
袁世凯当上民国总统以后，精力分散，无暇专管军事。“北洋三杰”中的王士珍退隐正定，安于山林生活；冯国璋在镇压“二次革命”后外调南京，任江苏都督，在中央长期任陆军总长兼总统府军事处长的则是段祺瑞。随着职务的提高和权力的增长，段祺瑞已不甘对袁世凯俯首听命，更不愿当一个有名无实的陆军总长，因此，对一些大事，他往往擅自决定，并在军中培养自己的势力，他的亲信学生和部属，如除树铮、靳云鹏、傅良佐、吴光新、曲同丰等，都担任了要职，在陆军中隐然自成派系。其中徐树铮（江苏萧县人，1880年生），是他的得意学生，长期在他手下任职，1914年迁陆军部次长，成为他的重要助手和智囊，被称为段祺瑞的“灵魂”。
对段祺瑞执掌军权，实力膨胀，袁世凯深有疑虑，但当时他正准备恢复帝制，不得不依仗段祺瑞。袁世凯长子袁克定热衷于实行帝制，希望能当上皇太子及皇位的继承人，他托阮忠枢去游说段祺瑞，想让段祺瑞率北洋将领来一次联名通电，拥袁称帝，不料被段祺瑞一口回绝。袁世凯得知此事，当然对段祺瑞更加忌恨，决定逐步夺回他的兵权。1914年5月，袁世凯听从袁克定的献计，成立了陆海军大元帅统率办事处，硬把正隐居正定的王士珍请出担任办事处坐办。陆军总长、海军总长、参谋总长及大元帅所派高级军官，均为该处办事员，须每日到府办公。如此一来，陆军部名存实亡，总长段祺瑞退为办事员，袁世凯把全国兵权又总揽手中。1914年10月，袁世凯又建立陆军混成模范团，作为自己的亲军，以进一步加强军事集权，逐步把段祺瑞的势力排挤出去。模范团团长开始由袁世凯自兼，为了提高袁克定在军中的威望（袁克定因骑马坠地而成了跛子），到第二期便把团长职务让给了袁克定。1915年，袁世凯加快复辟帝制，更极力排斥段祺瑞，经常说他气色不好，想是有病，应当休息。段祺瑞无奈，只好以“养病”为名避居西山，不久又提出辞呈。袁世凯假意挽留，到了5月，下令派王士珍署理陆军总长；6月，借故免去徐树铮陆军次长的职务；8月29日，袁世凯正式批准解除段祺瑞陆军总长的职务，由王士珍继任。
段祺瑞被解职后，袁世凯复辟帝制，终于当上洪宪皇帝，但是遭到全国人民的愤怒声讨。云南护国军兴，各省纷纷独立，袁世凯很快陷入众叛亲离，岌岌可危的困境。袁世凯打算请出段祺瑞，替他应付局面。他先任命徐树铮为将军府事务厅厅长，借以讨好段祺瑞，然后再请段出山。但是，段祺瑞却以“宿疾未痊”，拒不受命的做法。袁世凯不得已，最后放弃帝位，再亲笔写信请出段祺瑞，委以参谋总长，后又委以国务卿，希望他帮助自己维持总统的职位。但是袁世凯紧握军权及用人权不放，段祺瑞不过是个有名无实的政治傀儡，他当然不肯为袁世凯效死力。
1916年5月下旬及6月初，袁世凯因忧愤病生。6月5日，袁世凯自知死期将至，传命徐世昌、段祺瑞、王士珍及表弟张镇芳、长子袁克定等到病榻旁交待后事。徐世昌问及总统继任人，袁世凯只说出“约法”二字。袁克定急忙追问：“金匮石屋？”袁世凯此时只能把头微微一动，似表示同意。原来南京临时政府颁布的约法，规定总统不能行使职权时，由副总统继任。这个约法已被袁世凯下命废止，另搞一个新约法，关于继任总统的人选，规定由现任总统提名三人，写于嘉禾金简 ，藏于金匮石屋，待总统死后取出，从中选定一人为总统。袁克定所问的“金匮石屋”，显然指袁记约法所规定的做法。
6月6日，袁世凯死后，大家打开金匮石屋，见嘉禾金简上写着黎元洪、段祺瑞、徐世昌三人的名字。据后人透露，袁世凯是在几天前将袁克定的名字换上段祺瑞，因为他意识到不会有人推举和辅佐自己的儿子当总统的，害得袁克定白做了一场黄粱美梦。
名单找了出来，究竟应选谁继任总统？老于世故的徐世昌当然不便也不会推举自己，并认为在这个时候段祺瑞也不是合适人选，最好让北洋派及护国军都能接受的副总统黎元洪继任，利用他来收拾残局。徐世昌的主张一提出，段祺瑞也不便再说什么，表示同意。段祺瑞并不是不想当总统，他是意识到自己的威望和实力还不足，如果由他继任总统，必然会招惹冯国璋的忌恨和争斗，以及西南护国军的反对，不如把手无寸铁的黎元洪扶在傀儡总统的位置，自己以内阁总理的身份独揽大权，利用责任内阁之名，行军事独裁之实，这是他同意推举黎元洪为总统的主要原因。
1916年6月7日，黎元洪继袁世凯，就任中华民国总统。在这里，有必要简介黎元洪其人，因为他走上政坛，身居高位，有一段颇为离奇可笑的经历。
黎元洪，字宋卿，祖籍安徽，本籍湖北黄陂，后人也称黎黄陂。1864年生于汉阳。14岁随父上直隶。19岁考上北洋水师学堂，毕业后在广甲舰任职，甲午海战中死里逃生。1895年投两江总督张之洞，备受器重。1905年擢升为第二十一混成协协统。黎元洪平时表现出治军严整、刚正不阿、和善开明，在湖北军政各界留下良好印象。
1911年10月10日，武昌起义爆发。当晚，黎元洪亲手处决了两名准备参加起义的士兵，并威胁部属说：“谁敢造反，如此下场。”10月11日，革命党人攻占武昌，黎元洪已知局势难以控制，换上便装逃往随从参谋刘文吉家躲藏起来。不料，革命党人找到刘文吉家，把黎元洪从床下拽了出来，把他带到楚望台的起义军临时指挥部，后又把他簇拥到咨议局会场。黎元洪以为要把他处决，不料，会场中全体与会者起立，鼓掌欢呼，黎元洪不知所措。原来，革命军攻下武昌，急需组建军政府，革命党人张振武、蔡济民、吴兆麟等及原咨议局长汤化龙等清朝旧员商议，要推出一位众望所归的权威人物来控制局面，发号施令，后来想到了黎元洪。当黎元洪明白事情的原委后，连声高喊：“休要害我，休要害我！”死活不肯在安民告示的都督名下签字。最后，革命党人李翊东用枪对着他的脑袋，逼他签字，他还是不肯签。李翊东干脆将笔夺过，在布告下端划了个黎字，布告于是发出。到12日、13日，汉口、汉阳光复，黎元洪见局势已定，也表示接受出任军政府都督一职。10月16日，黎元洪在武昌阅马场正式宣誓就任中华民国湖北军政府都督。后人都笑他是个“枪口下逼出来的都督”。
其后，南京临时政府成立，黎元洪当上副总统兼湖北都督。南北议和结束，袁世凯篡夺了革命党人用鲜血换来的辛亥革命果实，登上临时大总统的宝座。黎元洪也当上了中华民国的副总统，授衔陆军上将，仍兼湖北都督，坐镇武昌。黎元洪虽然大权在握，但他也深知自己的底细，有些武昌起义元老并不把他放在眼内。为达到排除异己的目的，黎元洪与袁世凯合谋，杀害了张振武和方维，造成民国第一大冤案。1913年二月革命爆发，袁世凯调兵南下，湖北再度成为南北双方争夺的重要战场，黎元洪全力投向袁世凯，帮助袁世凯打败国民党人。尽管黎元洪已甘心投靠袁世凯，但袁世凯派段祺瑞到汉口，以“蹉商要政”为由，迎驾黎元洪北上。谁知，到北京以后，黎元洪使失去了行动自由，成了袁世凯的政治俘虏，只能挂着个副总统的空衔，过着几乎隐居的生活。
袁世凯死后，黎元洪被推上了总统的位置，但是，北京政府的实权，却由国务总理段祺瑞所控制。以段祺瑞为首的皖系军阀（段是安徽人），形成了一个强大的军事集团。徐树铮、靳云鹏、曲同丰、傅良佐被称为“皖系四大金刚”。此外，段芝贵、吴光新、卢永祥等都是皖系干将。段祺瑞凭借其军事实力，控制着北京政权，控制全国。但是，黎元洪自当上总统以后，也不甘做政治傀儡，争欲执掌实权，于是，黎、段的冲突不可避免，演出了一场府（总统府）院（国务院）之争。
黎元洪上台后，重提裁兵，想将全国军队集中于中央，并削弱段祺瑞的军权，但身兼陆军部长的段祺瑞极力阻挠，使裁兵终遭流产。后段祺瑞任命亲信徐树铮为国务院秘书长，黎元洪只得勉强让步。徐树铮上任后，根本不把大总统放在眼中，平时只到总统府催黎元洪盖印，凡事不须他过问。为反击段祺瑞的嚣张气焰，黎元洪授意总统府秘书长丁世铎制订划分府院权限的文案，主张大总统对国务院自由行使职权，这次，段祺瑞不得不稍作让步。不久，徐树铮又借故打击内务部长孙洪伊，一连四次，手持“孙洪伊着即免职”的命令亲赴总统府，请黎元洪盖印，均遭拒绝。最后，段祺瑞亲自出马，黎元洪依旧不准。段祺瑞盛怒之下弃职离京。黎元洪想请出徐世昌组阁，但徐世昌不肯得罪段祺瑞。黎元洪感到事态严重，不得不向段祺瑞屈服。结果，在徐世昌的调停下，徐树铮、孙洪伊及丁世铎同时被免职，段祺瑞才官复总理原职。
1917年初，第一次世界大战临近尾声。日本和美国出于各自的利益考虑，在中国对德的关系问题上，分别支持主战的段祺瑞和主和的黎元洪。日本政府对德宣战，并怂恿北洋政府总理段祺瑞参战，是以企图攫占德国在华的权益，从而进一步控制中国。段祺瑞则企图以参战为名，向日借款扩充军备加强实力，借日扶持编练“参战军”；黎元洪为首的主和派反对参战则企图利用全国反战舆论打击主战派。结果，两派你争我夺，各不相让。黎元洪请出徐世昌、王士珍、冯国璋出面帮忙，但三人也不敢得罪段祺瑞。结果，3月14日，北京政府正式宣布对德绝交。
之后，段祺瑞又积极准备对德宣战，遭到黎元洪及各方人士的反对。4月，段祺瑞以开军事会议为名，召集安徽督军倪嗣冲、福建督军李厚基、江西督军李纯、湖北督军王占元、河南督军赵倜、吉林督军孟恩远、直隶督军曹锟、山西督军阎锡山、山东督军张怀芝、察哈尔都统田中玉、绥远都统蒋雁行、晋北镇守使孔庚等到北京，成立督军团，以图逼迫黎元洪同意参战，但黎元洪依然拒绝。5月10日国会审批此案时，段祺瑞又指使军警流氓数千人组成“公民请愿团”，包围国会，胁迫议员通过。黎元洪不堪忍受段祺瑞的所为，在美国公使芮恩施的支持下，于5月23日下令免除段祺瑞的国务总理和陆军总长职务，任命伍廷芳为国务代总理，王士珍为京津临时警备司令。
段祺瑞被免职后，退避天津，指使九省督军脱离中央宣布独立，并授意在徐州的长江巡阅使张勋入京倒黎。于是，张勋通电拥护总统，自愿充当府院之争的调停人。黎元洪在皖系压力下内外交困，孤立无援，只好同意由张勋作“调人”，并明令张勋入京“共商国是”。
张勋，江西奉新人。早年投清军。1895年到小站投靠袁世凯。清末曾任云南提督、甘肃提督、江防营统领、江苏巡抚、署理两江总督兼南洋大臣等。民国成立后，历任江苏督军、长江巡阅使、安徽督军等。张勋效忠清室，举队皆留发辫，人称“辫子军”，他也被称为“辫帅”。袁世凯死后，邀集七省军阀代表主盟徐州会议，组成“十三省区联合会”，阴谋复辟清室。这次北上“调解”府院之争，其真实意图也在于趁机搞复辟。6月7日，张勋率五千辫子军自徐州北上，经天津时与段祺瑞密谋。入京后，张勋先逼黎洪解散国会，再逼黎元辞职。黎元洪如梦初醒，自己引狼入室，但悔之已晚，只好只身逃往日本使馆避难。之后，张勋与清朝遗臣筹划复辟。7月1日，拥逊帝溥仪“重登大宝”，宣布改民国六年为宣统九年，恢复清朝官制，大加封官授爵。张勋被封为忠勇亲王、自任首席议政大臣、直隶总督兼北洋大臣。
张勋复辟遭到举国一致反对。黎元洪接受秘书长张国淦的建议：一则致电冯国璋，令其代行大总统职权；另则起用段祺瑞为国务总理，命其出师讨伐张勋。段祺瑞见借张倒黎的目的已达到，便摇身一变，组织“讨逆军”，自任总司令，在天津马厂誓师，进京讨伐张勋。张勋战败，于7月12日逃入荷兰使馆。溥仪再度宣布退位。张勋复辟仅十二天便告收场。
段祺瑞赶跑张勋，接任国务总理，俨然成为“再造共和”的英雄。之后，他假惺惺到日本使馆，恳请黎元洪回府复职。黎元洪作为府院之争的失败者，无意再当“北洋之虎”的政治傀儡，后迁往天津居住。
段祺瑞重新上台，执掌政权后，全国舆论呼吁恢复第二次解散的国会，但遭到段祺瑞的拒绝。孙中山即于7月17日自上海率海军南下护法，在广州组织护法军政府，开始了护法运动。此外，西南滇、桂军阀在这个时候或者标榜自主，或者公开反对段内阁。段祺瑞急于扩充军备，决心发动第二次南北战争，以武力统一中国。为此，他向日本大量借款，其中仅西原借款（由日本寺内正毅内阁的代表西原龟三经手，故名）就有八次之多，约一亿四千五百万日元，用以购买日本军火，编练“参战军”。
袁世凯死后，以直隶河间人冯国璋为首的军阀结成联盟，世称直系。直系的势力当时主要在长江流域，江苏督军冯国璋、江西督军李纯、湖北督军王占元，称“长江三督”。冯国璋出任代理大总统，段祺瑞不无顾忌，但能将冯国璋调离他的势力范围，反倒容易对付。冯国璋也有他的打算，他表示可以北上就职，但必须以李纯接任江苏督军，陈光远为江西督军，自己带一师人马入京。在这些条件满足后，他才动身离开南京。冯国璋虽然当上一个没有多大实权的总统，但新的“长江三督”则是他的外部力量。
冯国璋入京后，段祺瑞即以控制黎元洪一样对他加以架空和利用；冯国璋当然力图摆脱控制，当一个有名有实的总统。双方的矛盾，亦即直、皖两大派系的矛盾，造成了新的“府院之争”。而相争的焦点，是在对西南军阀及广东护法军政府的政策上。段祺瑞主张“武力统一”，借此扩充皖系的势力；冯国璋主张“和平混一”，借此讨好西南军阀，保护直系的利益，从而对抗皖系。
1917年8月，段祺瑞派傅良佐为湖南督军，吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，调北洋第八、第二十两师入湖南。湖南的争夺战，拉开了南北战争（护法战争）的序幕。冯国璋一面与西南实力派陆荣廷等暗中往来，互通声气，一面指使“长江三督”加以牵制。于是，陆荣廷在南宁召开两广援湘军事会议，通电公开讨段，出兵大举援湘。长江三督则联名发表和平建议，与西南军阀呼应。
11月，正当湖南战事继续扩大之时，北洋军第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋突然于11月14日发出通电，主张停战议和。王、范两将均系直隶人，与冯国璋关系良好，故有此举。紧接着，长江三督以及直隶督军曹锟联名发表通电，响应停战。形势的突变使段祺瑞极为被动，只得以退为进，提出辞职。占了上风的冯国璋不失时机，于11月25日下令准免段祺瑞国务总理职，先以外交总长汪大燮代理，后又请出王士珍署理内阁总理兼陆军总长。
段祺瑞解职，不过退居幕后，徐树铮仍在前台活动，在他们的背后，有日本的全力支持。段祺瑞、徐树铮于12月2日策动了北方十督：曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧等齐集天津，举行督军团会议。12月6日，联名电请北京政府明令讨伐西南。冯国璋在督军团的逼迫威胁下，只得表示让步，下达讨伐令。又任命段祺瑞为参战督办，段芝贵为陆军总长，使皖系得以东山再起。此时，由冯国璋原先授意，李纯与陆荣廷达成了谅解。陆荣廷提出恢复国会，停止湘粤进兵和拥护冯国璋继任总统的条件，一旦满足这些条件，两广即取消自主。这样一来，冯国璋又发出了停战布告，责成南北两军停止敌对行动。但北方主战派立即又展开攻势。12月31日，北方十督曹锟等发表通电，坚决反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议会代行国会职权，选举正式大总统，实际是想“合法倒冯”。在这种形势之下，冯国璋改变策略，声称要亲自出征讨伐西南，亲率拱卫军一旅，乘车沿津浦路南下，实质想逃离皖系控制下的北京，回到直系大本营南京。不料，专车开到蚌埠时，被皖系干将倪嗣冲拦截，迫使冯国璋回到北京。这样，冯、段两派的斗争更趋白热化。
为了从根本上打击冯国璋的直系力量，段祺瑞派徐树铮到奉天与奉系首领张作霖商讨合作，调奉军入关“兵谏”，迫使冯国璋就范。以日本运来的军火，作为换取奉军入关的条件。奉系得到军火后，迅速出兵入关，进逼天津。皖、奉联合，冯国璋的处境更加危险，不得已再作妥协，又一次请出段祺瑞当国务总理。
段祺瑞第三次组阁后，继续推行他的武力统一政策，同时按原定合法驱冯的计划，指使临时参议院通过国会组织法和两院议员选举修正案。1918年8月12日，皖系一手操办的安福国会开幕，合法倒冯的时机已成熟。
在这里，很有必要先解释一下安福俱乐部，安福系及安福国会等几个名称。安福俱乐部，是皖系军阀的御用团体。1917年3月，段祺瑞为抵制孙中山在广州召开国会非常会议和操纵是年9月的总统大选，指使王揖唐、唐毓隽等在北京安福胡同梁式堂住宅组织俱乐部。3月8日正式成立，因在安福胡同开会，且本部设于此，故取名安福俱乐部。俱乐部的组织具有一个国家全部官制的雏形，下设干事部，主任王揖唐；评议会，会长田应璜；政务研究会，会长李盛铎。以安福俱乐部为组织形式而形成了一个派系，称为安福系，是皖系军阀政治上的中坚和核心力量，其首领为徐树铮、王揖唐等。1917年7月24日，段祺瑞通电各省，征求召集临时参议院的意见。9月29日下令召集，11月10日开会。临时参议院被安福系所控制，主要任务是修改民国元年所定有关国会的各种法规，以便组成有利于皖系的“正式国会”。1918年2月17日公布了《修正国会组织法》，选出参议院议员168名，众议院议员406名。8月12日国会成立。参议院正副议长为李盛铎、田应璜，众议院正副议长为王揖唐、刘恩格。由于它是由安福俱乐部一手包办选举产生，而且安福系占绝对多数议席，故称安福国会。
安福国会的目的是倒冯。冯国璋自知无力抵抗，但又心有不甘，因此提出以段祺瑞同时下台为他下野的条件。正当此时，局势又发生新的变化。原来倾向皖系的直隶总督曹锟及他的第三师师长吴佩孚等前线将领由主战变成了主和。吴佩孚还公开痛骂安福国会甚至段祺瑞本人。沉默已久的长江三督也发出先决时局，后选举总统的通电。这些，都旨在挽救冯国璋，冲击段内阁。面对直系的反扑，段祺瑞决定迅速组织总统选举法，尽早完成合法倒冯计划。为避免直系的直接报复，段祺瑞表示与冯国璋同时下野。9月4日，大总统选举会正式举行，结果徐世昌当选，冯国璋、段祺瑞同时下野。
冯、段的结局，形式相似，内容则完全不同。段祺瑞不过是以退为进，他依旧在幕后操纵和控制着中国政治。而冯国璋则是个彻底的失败者，下野后回到河间隐居，经营产业，一年后在北京帽儿胡同私宅病逝。
冯、段相争的结果，使得徐世昌当上了中华民国第五任大总统。徐世昌，字菊人，号东海等。祖籍直隶天津，本籍河南，1855年生于开封。清朝进士，曾任翰林院编修。因早年认识袁世凯，1895年被袁世凯罗致小站练兵，成了袁世凯的主要策士，有“北洋军师”之称。后曾任东三省总督、军机大臣等要职。民国成立后，曾任国务卿，但更多时，他是以北洋元老的身份充当各派系的“调人”。其实，他是一位圆滑奸诈的老政客。安福国会之所以选举他继任总统，当然是看中他是不掌握兵权的北洋官僚，同时，又是一个能使直、奉及西南军阀所能接受的人选。
徐世昌就任大总统后，曾先后任命钱能训、龚心湛为国务总理，但北京政府的实权仍掌握在参战督办段祺瑞手中，安福系分子对各届内阁都进行着控制，尤其是徐树铮，在国务院事事干涉，无论何项政务，不经他过目，即使片纸只字，亦飞不出国务院大门，国务总理不过是个盖印工具罢了。段祺瑞不任国务总理，专任参战督办，正是为了利用日本帝国主义作为支柱，以巩固和扩大皖系的武装力量，控制中央政权。
徐世昌知道自己不过是个文人总统，无法与气势汹汹的皖系军人抗衡，因此，他以“文治”自我标榜，以示其与以往军阀军人当政之区别。他尽量任用自己的旧幕僚，如梁士诒、叶恭绰、龙建章、吴世湘、曹秉章、许宝衡、钱能训、周树模、朱启钤等，以形成左右政局确保高位的政治势力。此外，他更意识到，真正有势力足以与段氏皖系抗衡的，当时唯有直系曹锟及奉系张作霖，且这两派都与自己夙有渊源，因此，他极力交欢于直、奉双方。对皖系本身，他也搞些分化活动。当时的陆军总长靳云鹏，与直系曹锟、奉系张作霖皆有儿女姻亲，徐世昌便多方笼络，以为己用。1918年第一次世界大战结束，英、美欲与日本争霸东方，先后向徐世昌提出和平统一南北的劝告。当时，国内也群情厌战，徐世昌即因势利导，发布和平令，实施“南北议和”。这样做，一则顺应民意，提高自己的威望，二则也是对皖系军阀“武力统一”的对抗，巩固自己的统治地位。
徐世昌交欢直、奉，抑制皖系的做法，当然遭到段祺瑞的不满，尤其对“南北议和”，更是极力破坏。他一方面利用皖系的附庸陕西督军陈树藩挑起战事，破坏和会；另一方面在北方代表中安插安福系分子，设置障碍，使多次和谈陷于僵局和破裂。
1919年1月，各战胜国在巴黎凡尔赛宫召开战后“和平会议”。中国政府也以战胜国的资格出席了和会，并提出希望帝国主义放弃在华特权，取消日本帝国主义和袁世凯订立的二十一条、归还德国在山东的各种特权等，遭到帝国主义的蛮横拒绝，竟将德国在山东掠夺的一切权利全都让予日本。巴黎和会上中国外交失败的消息传到国内，全国人民大为震惊，而北京政府竟准备同意在和约上签字。于是，全国舆论鼎沸，群情激愤，爆发了五四运动。
五四运动是一场规模巨大的反帝反封建的爱国运动，对亲日的段祺瑞皖系，更是一个沉重的打击，弄得声名狼藉。段祺瑞负隅顽抗，直、奉军阀也乘势反皖。段祺瑞用日本金钱和武器装备的嫡系部队“参战军”共三师四个混成旅，因第一次世界大战结束而失去“参战”的借口，于是，他先后改名为“国防军”、“边防军”，派徐树铮主管，自己亦改名为“边防督办”。徐树铮具有强烈的个人野心，飞扬跋扈，遭到其他派系及徐世昌的嫉恨。因此，当皖系军阀整编边防军时，徐世昌为调虎离山，于1919年6月24日任命他为西北筹边使兼西北边防军总司令。但徐树铮至库伦后，积极经营，不久控制了西北地区，反而使皖系多了一块大地盘。
在内阁问题上，五四运动期间，段祺瑞指责国务总理钱能训镇压学潮无能，企图使安福系首领王揖唐出组新阁；徐世昌不同意，推出财政总长龚心湛暂代。后来经过反复争斗，徐世昌和直、奉军阀联合，有意推荐靳云鹏出任国务总理。靳云鹏是皖系大将，“四大金刚”之一，段祺瑞不便反对；靳云鹏与徐树铮关系恶劣，推出靳云鹏，可以达到分裂皖系的目的；此外，靳云鹏又是大总统徐世昌的门生，奉系张作霖的儿女亲家，直系大将曹锟的换贴兄弟，对直、奉方面都有利。果然，段祺瑞不作公开反对，但提出要以安福系干将曾毓隽、李思浩、姚震、朱深分任秘书长和财政、司法、交通三总长，靳云鹏不接受。而靳云鹏提出的阁员名单，又遭到段祺瑞、徐树铮和安福议员们的反对。到11月28日靳云鹏正式组阁时，曾毓隽、李思浩、朱深还是被塞进了内阁。靳云鹏难安其位，与段祺瑞、徐树铮的裂痕迅速扩大。
1919年12月，冯国璋病死，曹锟被奉为直系首领，其手下大将吴佩孚更异常活跃，对皖系和安福系不断发起挑战。曹锟于保定、吴佩孚于湖南，一北一南，互相呼应。与此同时，直系还利用皖、奉的矛盾，积极争取张作霖，共同把矛头指向皖系段祺瑞。
1920年4月，曹锟在保定召开直、苏、赣、鄂、豫、吉、黑八省军阀代表会议，讨论反皖对策，结成八省反皖同盟。5月，吴佩孚从湖南撤军北上。与此同时，段祺瑞也调动兵力，作出迎击准备。6月22 日，曹锟召集反皖同盟在保定再举行会议，提出解散安福国会、罢免安福系三总长、撤销边防军等多项条件，继而再提出惩办“祸国殃民”、“卖国媚外”的徐树铮。段祺瑞也召集安福系重要人物讨论时局对策，坚决不肯退让。几经反复，徐世昌在直、奉双方的作用之下，于7月4日发布命令：调任徐树铮为远威将军，免去西北筹边使，令其留京供职。这一命令激怒了段祺瑞，7月8日，他由团河回到北京，在将军府召集全体阁员及军政人员开联席会议，决定起兵讨伐曹锟、吴佩孚，并在团河成立定国军总司令部，自任总司令，徐树铮为总参谋长，段芝贵为第一路司令兼京师总司令，曲同丰为第二路司令，李进才为第三路司令，傅良佐为总参议。双方剑拨弩张，战争一触即发。在这最后时刻，徐世昌不得已又下了一道命令：惩办吴佩孚，将曹锟“褫职留任”，但已无法阻止局势的发展。7月14日晚，直皖战争终于爆发。
直皖战争的主要战场在京汉路和京津路之间的河北涿州、高碑店和杨村一带。直系兵分两路，吴佩孚任直军前敌总司令兼西路总指挥，曹瑛任东路总指挥，另派第一混成旅旅长王承斌驻郑州，为后路总指挥。7月14日晚，皖军首先向直军的杨村进攻，直军放弃杨村败退北仓固守。初战皖军告捷。7月17日，战情发生变化。吴佩孚率军退出高碑店，奔袭皖军西路军指挥部所在地松林店，指挥曲同丰被俘，余部投降。同日，奉系军阀张作霖通电与直军并肩作战，令二十七师、二十八师开进关内，分驻马厂和军粮城一带配合直军作战，皖系东路军指挥徐树铮在廊房不战而逃回北京，所部向京绥路败走。至此，东西两路皖军均大败。在战争开始后，南方军阀支持直系。孙中山的广东护法军政府也发布讨段檄文。段祺瑞四面楚歌，被迫于7月19日通电罢免官职，撤销定国军名义。7月22日，直系察哈尔都统王廷桢率部进驻康庄，在居庸关附近打败皖军残部。7月23日，直、奉两军进驻京都，直皖战争结束。
直皖战争一结束，北京政府即下令：撤销对曹锟、吴佩孚等处分；免去段祺瑞本兼各职，撤销督办边防事务处及西北边防军名义；通辑祸首徐树铮、曾毓隽、段芝贵、王揖唐、丁士源、梁鸿志、王郅隆、张宣等人； 夺曲同丰、陈文运等人官职；解散安福俱乐部。皖系势力从此衰弱下去。
直皖战争以皖系的失败而告终。其原因，除了皖系已声名狼藉，直系迅速崛起等原因外，奉系的介入起到决定的作用。日本帝国主义看到皖系已无多大的利用价值，便抛弃皖系，大力扶持奉系，指使奉系联直倒皖，战后在中央政府中和直系平分秋色。直、奉两系共同把持的北京政府，实际上是英美日三国的共同侵略工具。但是，由于帝国主义相互间的矛盾，又迅速导致了直、奉两系的矛盾和斗争。在其后数年间，直、奉两系不断磨擦和争斗，终于爆发了两次直奉大战。由于事件繁多而复杂，留待后两章再详述，这里仅谈皖系残余势力的活动。
直皖战争后，段祺瑞避居天津，等待时机，以图再起。而徐树铮则逃往上海，因皖系干将卢永祥占有浙江、上海一带的地盘。卢永祥，山东济阳人，清末曾任北洋军统带、统领。民国成立后，历任陆军第二十四师师长、第十师师长、淞沪护军使等。1919年8月起任浙江都督兼第十师师长。直皖战争后，提倡“省自治”以及“联省自治”以求自保。
1922年第一次直奉战争后，英美支持直系控制了北京政权。1923年直系首领曹锟当上了贿选总统，遭到全国人民反对。反直系的各派也乘机反对曹锟、吴佩孚。皖系军阀卢永祥首先在浙江发出不承认曹锟为总统的通电，一时间，反直势力齐集杭州、上海，浙、沪一带俨然成了反直的中心。奉系张作霖也起而响应，并联系在广东的孙中山，与浙江卢永祥结成反直三角同盟。直系军阀为拨除浙、沪这个钉子，吴佩孚支持江苏都督齐燮元联合闽粤边防督办孙传芳、福建都督周荫人、江西都督蔡成勋、安徽都督马联甲联合进击卢永祥，爆发了江浙战争，又称“齐卢之战”。
1924年9月3日晨，江、浙两军正式开战，激战于上海外围的嘉定、宝山、松江、太仓、浏河和宜兴一带，初战浙军略占优势。后孙传芳率兵乘虚越过仙霞岭，9月16日攻下江山，击溃浙江守江山的张载阳第三路，逼进杭州。这时，浙江警务处处长夏超倒戈，暗通孙传芳，导致浙军放弃杭州，收缩兵力于上海。9月25日，孙传芳部进入杭州。10月初，齐军、孙军攻下上海外围的宝山、嘉定、松江等地。10月13日，卢永祥通电下野，偕同部将何丰林等乘船逃往日本。浙沪联军残部推皖系健将徐树铮为总司令，继续作战。10月15日，徐树铮被上海工部局软禁，浙沪联军遂告失败。
江浙战争是第二次直奉战争的导火线和前哨战，江浙战争爆发后，北方的第二次直奉战争立即发动。这场战争双方有40多万人参加，战争首先在热河揭开，主要战场在山海关一带。10月，正当吴佩孚在山海关前线同奉军激战时，直系第三军总司令冯玉祥与直系援军第二路司令胡景翼，联合京畿警备副司令孙岳秘密计划倒戈。10月22日晚，冯部李鸣钟旅及鹿钟麟旅开回北京，占领交通、电讯等重要机关。23日，冯玉祥到达北京，通电停战，囚禁了贿选总统曹锟，发动了北京政变。吴佩孚率残部乘舰南逃。第二次直奉战争，以直系吴佩孚失败而告结束。直系政权亦随之倒台。
北京政变后，冯玉祥将所部改为国民军。批准颜惠庆内阁辞职，任命黄郛代理国务总理并摄行总统职务。冯玉祥通过摄政内阁会议，修正清室优待条件，并于11月5日派京师警备总司令鹿钟麟将末代皇帝溥仪驱逐出宫。冯玉祥还与胡景翼、孙岳等联名电邀孙中山北上共商国是，改组北京政府。冯玉祥的这些做法，深为北洋各实力派所忌，各帝国主义也不断地向其施加压力。同时，张作霖的奉军入关后，冯、张很快又发生了尖锐矛盾，而长江流域各省的直系势力还随时可能北上。在这种情况下，冯玉祥为了平衡与奉张的关系，阻止直系势力北上，便决定联络皖系军阀郑士琦，使他在山东截阻直军，并决定请段祺瑞出山。1924年11月15日，由张作霖、卢永祥、冯玉祥、胡景翼、孙岳五人以联名推戴的方式，公举段祺瑞为中华民国总执政，执行政府职权。段祺瑞不仅为冯奉两系所推戴，而且还受到直系及西南军阀所拥护。四年前曾经受到国人唾骂的卖国贼，这时突然变为全国实力派所拥护的对象，这也属怪事一桩。不过，说怪也不怪，当几派军阀都暂时无法称霸时，请出一位政治傀儡来平衡各方的关系，恐怕也是最好不过的办法了。
1924年11月22日段祺瑞入京，24日在陆军部宣誓就职，临时政府宣告成立。段祺瑞在就职宣言中说道：“本执政誓当巩固共和，导扬民智，内谋更新，外崇国信”。这里所说的“外崇国信”，显然就是要承认几十年来帝国主义强加于中国的一切不平等条约，就是要维持它们在中国的既得权利和统治特权。段祺瑞从重新上台的第一天起，又成了各帝国主义侵华的共同工具。
临时政府成立后，公布了临时政府的组织条例，规定临时政府不设内阁总理，以执政兼理内阁，总揽军政事务，统率陆海军，对外代表中国，其身份、职权和总统相当。11月25日，任命唐绍仪、龚心湛、李思浩、吴光新、林建章、章士钊、王九龄、杨庶堪、叶恭绰为阁员，梁鸿志为秘书长。其中，梁鸿志与财政总长李思浩、陆军总长吴光新都是安福系人物。
尽管段祺瑞以总统而兼总理，又组织了一个以安福系为中心的政府，但是，当时中国政坛的主角毕竟已不是段祺瑞和安福系，而是手握兵权的国民军首领冯玉祥及奉系军阀张作霖等，对段祺瑞及安福系，我们只简述以下几件事。
1924年11月10日，孙中山发表北上宣言，主张召开国民会议解决国是。段祺瑞则为使其统治合法化，并延续北洋军阀统治的寿命，积极筹备善后会议，抵制孙中山关于召开国民会议“以谋中国之统一与建设”的主张。1925年2月1日，善后会议召开，会员共86人，绝大多数为各省军阀代表及政客，这实则是一次各系军阀权力分配的会议。在全国人民的强烈反对下，会议通过了几项条例后，于4月21日草草收场。
善后会议之后，段祺瑞为收回庚款展缓之款一千零三万余元以解临时执政府各项军政费用之急需，并争取与法国政府通过悬而未解的金佛郎案的解决，使海关二五加税得到实现以增加临时政府的财源，于4月正式公布金佛郎案新协定。这是一件曹锟政府也不敢做的事。金佛郎案成立后，中国方面在金纸对比上所受损失达到八千几百万元。
善后会议之后，段祺瑞为了巩固地位，装点门面，设立了临时参政院为代替国会的临时立法机关，由各省军民长官所派代表，各省省议会议长及执政特聘人员组成。临时参政院实际是军阀、官僚、政客的“联合交易所”，丝毫不能代表民意。
1925年5、6月间，帝国主义者制造了五卅惨案和沙基惨案，激起了中国人民的反帝怒潮。面对帝国主义的侵略暴行，段政府表现得软弱无能。五卅惨案之后，全国反帝斗争日益高涨，作为帝国主义工具的临时执政府更被全国人民所厌恶。段祺瑞为了逃避集矢于一身，特于1925年12月26日公布了《修正临时政府制》，增设国务院，任命国务总理，恢复责任内阁制，借此作为自己的挡箭牌。但是实际上，依然由他严密控制一切。
随着冯、奉两派军阀的矛盾日益加深，段祺瑞的地位岌岌可危。为了满足冯、奉两系的地盘欲望，坐稳临时执政的位置，他先后牺牲了手下的皖系干将卢永祥、郑士琦、王揖唐、吴炳湘、吴新田等的利益和地位，使皖系已名存实亡。江浙战争以后，徐树铮出走欧洲。段祺瑞重新上台后，由于徐树铮的名声不好，不敢召他回国，叫他留在国外以专使的名义进行外交活动。1925年12月10日徐树铮回到上海，27日入京见段祺瑞，后在北京到处公开活动，引起物议沸腾。因徐树铮过去杀害了冯玉祥的舅父——陕西军阀陆建章，段祺瑞叫他不要在京久留。29日晚，徐树铮乘坐专列离京。十时到达廊房车站，即被人拉下车去枪杀。事后传闻是冯玉祥指使陆建章之子陆承武替父报仇把他打死的。徐树铮被杀，段祺瑞惶惶不可终日，但又舍不得辞职。
1926年初，奉、直军阀联合进攻国民军。3月，日本军舰协助奉系，炮击大沽口。国民军开炮还击，将日舰驱逐。日本纠集各帝国主义将二十多艘军舰集中于大沽口，以武力相威胁。3月18日，北京各界群众约五千人在天安门前集合抗议。会后，二千多群众赴国务院请愿。竟遭到事先布置的军警枪击，当场被打死47人，打伤二百多人，造成三·一八惨案。
三·一八惨案后，段祺瑞政府遭到全国人民的激烈反抗，已难以维持统治。国民军退守北京，遭到奉、直军阀的包围。这时，段祺瑞为保住执政的地位，又企图联合奉系，指派吴光新联络奉军张学良，作奉军的内应，先将鹿钟麟逮捕，与奉军里应外合赶走在北京的冯军。不料，消息被鹿钟麟发觉。4月9日，鹿钟麟率所部国民军包围执政府。因消息走漏，段祺瑞及李思浩、曾敏隽等皖系政客逃匿东交民巷。4月15日，吴佩孚电令部将唐之道拘捕段祺瑞。4月20日，段祺瑞与曾敏隽、梁鸿志、吴光新、姚震、姚国祯、许世英、曲同丰、段宏业（段祺瑞子）等在直鲁联军保护下乘汽车赴天津，临时执政府倒台。段祺瑞先后六次组阁，在中国的政治舞台上活跃了十年之久，这一次则是他政治生命的终结，同时，也是皖系军阀的最后消亡。
段祺瑞下野之后，闲居天津。1933年，移居上海。1935年，蒋介石曾任他为国民政府委员，但他没有就职，后移居庐山。1936年11月2日，曾经在中国政坛上煊赫一时的北洋皖系军阀首领段祺瑞，在其上海寓所中病逝,享年71岁。