直系是北洋军阀的主要派系之一。1916年袁世凯死后，由北洋军阀分裂而成。因首领冯国璋是直隶（今河北）人，故称直系。
冯国璋，字华南，直隶河间人。1859年生于一个农家。1884年到天津大沽口投淮军当兵。1885年考入天津北洋武备学堂。1890年毕业后，留学堂充任教官。不久投聂士成幕，很受聂士成青睐，后被推荐给中国驻日本公使裕庚做军事随员。在日本期间，冯国璋结识了一批日本军界人士，并留心考察近代军制和日本军事，编成兵书数册。
1896年，冯国璋回国后，将他所编的兵书呈送聂士成，聂士成转交给了正在天津小站练兵的袁世凯。袁世凯当时正在寻访军事人材，见到这几册兵书，如获至宝，大加赞赏说：“军界之学子无逾公者”，很快将其罗致门下。冯国璋到小站后，充分发挥他的军事才干，帮助袁世凯编定新军兵法操典，很快成为袁世凯的心腹爱将，与王士珍、段祺瑞并称“北洋三杰”，后来亦称“王龙”、“段虎”、“冯狗”。皆因王士珍在政治舞台上时隐时现，似龙见首不见尾；段祺瑞暴躁如虎；冯国璋狗头狗脑，聪明善变。自投袁世凯后，冯国璋历任新建陆军督练营务处总办、军政司教练处总办、中央练兵处军学司司长、北洋陆军速成学堂督办、军咨使等。冯国璋也不忘袁世凯的提携之恩，当袁世凯在1908年被放逐回籍后，冯国璋不时前往探望，并常与他保持联络。
1911年10月10日，武昌起义爆发。为扑灭起义，清廷派荫昌统率北洋两军南下镇压，其中荫昌亲率第一军，第二军则由冯国璋督率。冯国璋在受命的当天，便秘密跑到彰德拜见袁世凯，请示机宜，袁世凯授以“慢慢走，等着瞧”的秘诀。北洋军早已养成了“只知有袁宫保，不知有大清朝”的心理，再加上冯国璋从中作梗，部队走走停停，令朝廷惊慌失措，不得已下令召回荫昌，派袁世凯为钦差大臣，以冯国璋为第一军军统，担任前方作战任务，段祺瑞为第二军军统，为后方接应。
袁世凯出山后，冯国璋便率军猛攻汉口，用重炮轰击人烟稠密的市区，革命军被迫退出汉口。占领汉口后，冯国璋击退了黄兴所组织的反攻，不久又攻克了汉阳。冯国璋因军功被朝廷授予二等男爵。袁世凯在军事上占上风之后，便命令停止进攻，开始私下与革命军进行谈判，在清政府与革命军之间谋取私利。此外，为了更有效地控制清政府，袁世凯这时即调冯国璋回京，接替载涛任禁卫军统领。在辛亥革命中，冯国璋为袁世凯窃取革命成果，当上临时大总统立下了汗马功劳。
民国成立后，袁世凯实行独裁统治，谋刺宋教仁，解散国会。孙中山发起二次革命，在江西、安徽、南京、上海等地首先起事。冯国璋再次被袁世凯委以重任，出任江淮宣抚使兼第二军军长，督率第四、第五两师各一部及雷震春、倪嗣冲部，会同辫帅张勋沿津浦路南下，很快攻占徐州、蚌埠，再合攻南京。攻下南京后，北洋军进行了残酷的洗劫。冯国璋镇压二次革命立了大功，晋升陆军上将，出任直隶总督，江苏都督由张勋出任。由于张勋不属袁世凯亲信，袁世凯不放心他占据江苏这块东南重地，于是，以张勋在南京纵兵烧杀抢掠引起外交压力为由，改张勋为长江巡阅使，冯国璋为江苏都督，这使得冯国璋不仅有了实力，也有了块富庶之区作为自己的地盘。
不久，袁世凯为抑制北洋将领私人势力的扩大，加强中央集权和个人对全国局面的控制，陆续抛出废省改道、裁撤都督、设立将军府等方案。冯国璋作为地方实力派，正想扩展自己的地盘，当然联络其他北洋将领暗地抵制和反对，从而与袁世凯的关系出现了裂痕。不过，袁世凯对冯国璋还是尽力笼络，当冯国璋原配夫人新故，袁世凯便撮合婚姻，把自己的家庭女教师周道如介绍给他做夫人，并派自己的第三妾金氏送亲到南京与冯国璋完婚。
其后，袁世凯积极推行帝制，但又不便自己出面，对冯国璋这样的手下大将也不说真话，使冯国璋极为恼怒，因此，拒绝参加“拥戴”活动。但这样一来，袁、冯之间的裂痕更加扩大。袁世凯称帝后，即下令调冯国璋入京做参谋总长。冯国璋知道这是袁世凯的调虎离山计，装病而不拒不赴任。1915年底，护国军兴，云南、广西等省宣布独立，冯国璋知道袁世凯气数将尽，暗中与各省北洋军人频繁联系，造成在袁世凯与护国军之外的第三种势力，将来准备出来收拾残局。冯国璋暗中支持四川将军陈宦独立。接着，冯国璋联络江西将军李纯、浙江将军朱瑞，山东将军靳云鹏，湖南将军汤芗铭，联名密电各省将军，共同压迫袁世凯取消帝制，惩办祸首。这就是“五将军密电”。直隶将军朱家宝得此密电，急忙告知袁世凯。袁世凯惊得如五雷轰顶，几乎晕倒，绝望地说：“完了，一切都完了。”1916年3月22日，袁世凯被迫取消帝制，但仍当大总统。冯国璋知道袁世凯迟早要倒台，宜采取穷追猛打的策略，4月16日通电劝袁世凯退位，震动了北洋集团，不少军阀纷纷效仿。6月6日，袁世凯终于在四面声讨之中死去。后人作了副对联：“起病六君子，送命二陈汤。”陈树藩、陈宦及汤芗铭的反叛固然令老袁气愤，其实冯国璋更是他主要的送命人。
袁世凯死后，国务总理段祺瑞取代了袁世凯北洋集团首脑的地位。为了缓和南方护国军的态度及堵住冯国璋等北洋将领的进路，便“拥戴”副总统黎元洪为总统，以责任内阁制的名义造成其国务总理的独裁地位。
为了对抗段祺瑞的专制，国会中反段的议员孙洪伊等人便提出“以冯制段”的策略，推举冯国璋为副总统以牵制段祺瑞。冯国璋想到能当副总统，也是一件美事。于是，在1916年10月30日就任此职。不过，冯国璋也深知段祺瑞的打算，想让他入京当个没有兵权的副总统，离开自己经营多年的地盘。因此，他顶着副总统的头衔，却依然留在南京。
其后，黎元洪与段祺瑞的矛盾愈演愈烈，冯国璋静观局势，似乎持中立态度。府院之争，最后导致张勋入京，黎元洪倒台，段祺瑞以讨伐张勋复辟为名，“再造共和”，重登国务总理的地位，冯国璋也被推上大总统的宝座。冯国璋深知段祺瑞的粗暴奸诈，对是否就任总统犹豫不决。他的手下也意见分歧。女婿陈之骥等持反对态度，认为冯国璋不能离开自己的军队和经营多年的长江地盘，到北京做空头大总统。参谋长景云等则认为，当下中央无主，元首虚悬，正是冯国璋执掌中枢，扩大权势的大好时机。曹锟、李纯等直系将领也纷纷通电拥护。于是，冯国璋以李纯接任江苏督军，陈光远为江西督军，安排好一切以后，离开南京。1917年8月4日，冯国璋正式代理大总统，成为中华民国第四位总统。
冯国璋就任总统以后，以直系首领的身份与国务总理、皖系首领段祺瑞进行了一番激烈的争斗，终于在1918年10月被皖系军阀操纵的安福国会逼迫下台。有关这一段历史，在上一章第三节中已经谈过，这里就无须赘述。
冯国璋下野后，回到河间隐居，经营他的家业，所谓家业，主要是他在野时专设的由他直接控制的第十五、十六两师粮饷局，是他的敛财机关。此外，他还投资开滦煤矿、中华汇业银行等。1919年12月28日，冯国璋因肺病死于北京帽儿胡同寓所，享年60岁。冯国璋死后，段祺瑞亲往吊丧，放声大哭，哀伤不已，冯国璋泉下有知，不知作何感想。
冯国璋死后，曹锟、吴佩孚成为直系的代表人物。这里先说曹锟其人。
曹锟，字仲珊，1862年生于直隶天津一个小业主之家。幼年曾入私塾，粗通文字，好习武。十六岁后，以贩布为生。二十岁时，投淮军当兵。不久，被选送天津武备学堂学习。1890年毕业后，入宋庆的毅军当哨官。1895年，到天津小站投奔袁世凯的新建陆军，凭着他的善于投机钻营，很快搏得袁世凯的欢心，成为“北洋三杰”之外的第四号人物，历任帮带、管带、统领、统制、总兵等。
1912年2月，袁世凯窃取了临时大总统职，南京临时政府派蔡元培、宋教仁、汪精卫等到北京迎接袁世凯南下就职。曹锟当时任北洋第三师师长，在袁世凯的操纵下，于2月29日在北京纵兵哗变，焚掠内外城，为袁世凯制作拒绝南下的借口。1914年4月，曹锟被袁世凯任命为长江上游警备司令，率第三师进驻岳州，监视南方革命势力。1915年，曹锟投袁世凯所好，拥护他称帝。1916年1月，曹锟又受命率军入川，与护国军交战。袁世凯死后，曹锟被调任直隶督军，驻守保定。
曹锟是直系重要头目之一，但他在当时直皖两派尖锐的矛盾冲突中，常以两面敷衍的手法求得自保。他与皖系段祺瑞保持良好关系，段祺瑞以权利诱惑他，他便附和段；冯国璋以直系结合为号召，他又附合冯。曹锟的官瘾大野心大，当时冯国璋任代理大总统，副总统一职虚悬，曹锟梦寐以求想当个副总统，段祺瑞、徐树铮便以“副总统”一职作为钓饵，争取了曹锟加入主战派的行列，并成为主战派督军团的盟主。1918年2月亲领大军南下入湘，3月攻陷岳州，4月占领衡阳。可是，段祺瑞并没有兑现“副总统”之约，反而连他亲手抢下的地盘湖南也让给张敬尧。曹锟一怒之下回到天津。6月，督军团在天津开会，曹锟本拟策动议和，但徐树铮向他百般解释，“副总统”之约一定会兑现。曹锟觉得尚有希望，又继续主战，但和徐树铮讨价还价。徐主张先南下作战，立功后送副总统之座；曹锟坚持先定下副总统归自己，再去南征，双方争持不下。8、9月间，曹锟部将吴佩孚在湖南前线通电攻击段祺瑞内阁及其武力统一政策，曹锟亦暗中支持。面对这种局势，段祺瑞也只得决定让曹锟出任副总统，指使安福国会开会荐举。但是，国会中的交通系、研究系一百多名议员在徐世昌的策动下，以“虚副总统一席以待南方领袖”为由，反对选曹锟为副总统，拒不出席会议。结果，折腾了一番。终因法定人数不够而“流会”收场。曹锟白做了一场“副总统”美梦。
1919年12月，冯国璋病逝，曹锟被奉为直系首领。曹锟与吴佩孚一北一南互相呼应配合，准备与皖系决一雌雄。同时，积极拉拢奉系张作霖，共同对付段祺瑞。于是，直、皖军阀之间的矛盾更加激化，终于在1920年7月14日我爆发了直皖战争。战争只进行了4天，以直系大获全胜而告终（直皖战争的起因及经过详见第二章第四节）。
直皖战争之后，段祺瑞因战败而通电辞职。曹锟和张作霖举行天津会议，商量组阁一事。曹锟本意推荐王士珍，但为了巩固同张作霖的关系，最终同意了张作霖请出其儿女亲家靳云鹏组阁的建议。于是，靳内阁于8月11日组成。8月14日，曹锟、张作霖两位大帅乘坐专列进京，受到徐世昌等以帝王之礼的迎接。
曹锟、张作霖为共同垄断北京政府，达成了分赃协议。曹锟为直鲁豫三省巡阅使，吴佩孚为副使；张作霖晋授为镇威上将军。双方各向北京政府索要军费一千万元后，于9月4日离京返天津。到天津后，由张景惠、靳云鹏撮合，曹锟将七岁之女曹士英许给张作霖八岁之子张学思（后为中国人民解放军海军少将）。曹、张两人又成了儿女亲家。
但是，曹、张两人的合作以及直、奉两派的联合，只是极其短暂的。直系要保住已得利益并继续抢占地盘，奉系为扩大势力范围而不断向关内发展，双方很快形成了尖锐的冲突。靳云鹏内阁上台后，完全受直、奉两系的控制，任何一件国事均需取得直奉双方的同意。靳云鹏为了统一步骤，调处直奉矛盾，邀请张作霖、曹锟、王占元到天津开会，时称天津四巨头会议，也称巡阅使会议。会议从1921年4月下旬开至5月下旬，就财政、内阁、裁兵等问题进行了了激烈的讨论和争吵。双方虽有所妥协，各有收获，但无法解决根本的问题，反使直奉矛盾更加尖锐激化，最后不欢而散。在内外交困的形势下，靳内阁支撑了数月之后，不得不在12月17日宣布辞职。12月24日，张作霖荐举亲日派梁士诒当了国务总理。梁士诒上台后，干了一系列亲日卖国勾当，引起全国各界不满。直系的吴佩孚也趁机大肆攻击梁内阁，矛头实则指向了张作霖。张作霖则扬言，如果吴佩孚再反对梁内阁，即以“反抗元首”和“军人干政”的罪名加以讨伐。直奉战争一触即发。
在这紧急的情况下，徐世昌要求直奉两系推荐一个双方可以同意的内阁总理，张作霖表示“拥护元首，应由元首主持”，吴佩孚则表示“军人不干政”。1922年4月初，徐世昌任命周自齐署理内阁总理，不料遭到奉系的反对。4月10日开始，奉军相继开进关内，以军粮城为本营，从军粮城、马厂、静海一直开至德州附近。奉军号称镇威军，张作霖自任镇威军总司令，孙烈臣为副司令，设总部于山海关，后分两路出击。
对奉军的进逼，曹锟电令直军不作抵抗，引起了直军将领一致不满。吴佩孚不顾曹锟指令，积极调兵准备应战。最后，曹锟只好任吴佩孚为总司令，以保定为大本营，分头抵御。
4月29日，张作霖下总攻击令，第一次直奉战争正式爆发。这次战争，东路在天津浦路马厂一带，西路在京汉路的长辛店一带。最激烈的战斗是在长辛店和琉璃河之间进行，两军屡进屡退，互有伤亡，不分胜负。战至5月3日，吴佩孚转守为攻，以一部作正面钳制，另以主力绕到奉军背后，直扑芦沟桥，使西路奉军腹背受敌。5月5日，西路奉军张景惠部第十六师师长邹芬倒戈，当日长辛店就被直军占领，奉军大败退至北京。奉军东路闻长辛店失守，军心大乱，斗志消失 ，纷纷溃退。张作霖被迫下令退却，后经天津、滦州率残部出关。奉军战败后，大总统徐世昌应直系要求，下令免除张作霖所任各职听候查办。张作霖在日本帝国主义支持下，于5月12日宣布独立。19日出任东三省保安总司令，继续整军备战，以图反攻。6月17日，双方在英国的干预下进行停战议和，直军全权代表王承斌、杨清臣，奉军全权代表孙烈臣、张学良，在秦皇岛海面英国克尔笛号军舰上签订了停战条约，以山海关为两军界线。第一次直奉战争以直系军阀大获全胜而告终，直系军阀从此完全控制了北京的中央政权。
直系军阀独掌北京政权后，梦寐以求想当总统的曹锟，想立即驱逐徐世昌，由自己登台。还是吴佩孚想得深入全面一些，主张召集旧国会，把黎元洪挖出来复位，用“恢复法统”的名义来作为过渡的办法，这样，可以使直系的统治披上“合法”的外衣，可以使总统和国会都成为直系的手中的傀儡，也利于曹锟在黎元洪“补足任期”后，“名正言顺”地取得总统的位置。曹锟同意了吴佩孚的主张，两人领衔发出征求恢复国会意见的通电，得到一大批军阀和社会名流的支持。直系将领孙传芳多次发表通电，主张恢复“法统”，请黎元洪复职，要求徐世昌下野。
1922年5月24日，“第一届国会继续开会筹备处”成立。6月1日，旧国会议员150多人在天津开会，宣布国会“恢复”。6月2日，大总统徐世昌被迫下台。徐世昌这位圆滑世故的北洋元老，由皖系安福国会推上总统的宝座，任期三年零八个月后，又被直系军阀赶下台来，他的政治生涯也从此结束。此后，他在天津作了十七年的“租界寓公”，于1939年6月5日病逝,享年84岁。他晚年拒绝出任日伪职务，还能保持民族气节。
徐世昌下野后，曹锟、吴佩孚率直系督军联名通电要求黎元洪“依法复位”。黎元洪表示同意，6月11日入京供职，6月14日下令撤销1917年6月12日“解散国会令”。8月1日，旧国会议员召开会议，正式恢复国会，实现了直系的所谓“法统重光”。
然而，如同其他军阀集团一样，直系在独掌北京政权之后，作为直系首领的曹锟和吴佩孚之间的矛盾立即表露了出来，形成了以曹锟为首的保（定）派和以吴佩孚为首的洛（阳）派。两派在制宪和选总统问题上斗争激烈。而内阁倾向洛派，深为保派不满。为了推倒王宠惠内阁和驱逐黎元洪，使曹锟早日当上总统，1922年11月18日，在保派怂恿下，倾向保派的众议院议长吴景濂和副议长张伯烈揭发财政总长罗文干擅自与华义银行代理人罗森达、格索利签订奥国借款展期合同，换发新债票，使国家财产遭受5000万元损失一事，逼迫黎元洪亲下手谕，命令步兵统领聂宪蕃、京师警察总监薛之珩带兵逮捕了罗文干，解送法庭处理。后在吴佩孚的干预下，也因证据不步而释放。罗文干案件导致了保洛两派矛盾激化，吴佩孚最终屈从了曹锟，王宠惠内阁也于11月29日倒台。
1923年初，黎元洪已快满任期，曹锟本来再等几个月，也能顺当坐上总统的宝座，但是曹锟已经急不可耐，要把黎元洪赶走。黎元洪其实是个傀儡总统，本无实权，但是被人赶下台，又心有不甘，所以联系张绍曾内阁及政学系议员与曹锟对抗，不肯下台。5、6月间，直系保、洛两派取得一致意见，提出“拥曹必先驱黎，驱黎必先驱张”的策略。先由亲直系的阁员高凌尉、吴毓麟、程克先拆内阁的台，使张绍曾内阁不得不于6月6日全体辞职，张绍曾当晚被赶往天津。紧接着，曹锟便亲自导演了一场“逼宫夺印”戏。
6月8日，冯玉祥部张之江率军官数十人佩刀闯入新华门，围住居仁堂，向大总统索要欠饷。9日上午，曹锟党徒又怂恿警察罢岗，撤走总统府卫队。10日下午，又有中级军官三百余人到黎府索要欠饷。接着，“市民请愿团”、“国民大会代表”约千余人手持“黎元洪退位”的旗帜呼喊而来。12日，黎府又出现军警代表、“公民团”代表轮番示威骚扰。黎元洪明知是曹锟要赶他下台，却坚持不走。但不久黎宅断了水、电，黎元洪大怒之下，决定离开北京。他把总统的大小印信十五颗拿出来，十颗留在公府，五颗送去交给他那住在法国医院的危氏如夫人，并作了其他一些最后交待。13日下午，黎元洪乘专车离开北京。
曹锟得知黎元洪拿走了总统印信，急令直隶省长王承斌截车夺印。黎元洪的专车到达天津新站后，王承斌率领的大批军警便包围了专车，卸下车头，迫黎元洪交出印信。黎元洪被逼得拨枪自杀，被随员抢救没有打中要害。到了晚上，黎元洪无可奈何，只得说出实情，曹锟终于在14日清晨取回总统印信，才放走黎元洪。经过这场耻辱和劫难以后，黎元洪仍不甘心就此退出政治舞台，后还在天津、上海等地活动，试图东山再起。但不久也感到大势已去，回天无力，便隐居天津张园，从事工商业活动，担任中兴煤矿董事长等。1928年6月3日，因患脑溢血去世，享年64岁。
再说曹锟，指使直系军阀闹饷、逼宫、截车、夺印、赶走黎元洪种种暴行，激起了全国各界的反对。但曹锟对此全然不顾，为当总统一意孤行。他以40万元的高价收买了国会议长吴景濂，为他在国会选举中出谋出力，又以高价收买和胁迫国会议员来京参加国会选举，并派专人在北京宣武门外设立暗察处，对议员进行监视。1923年9月10日，国会开预选会议，曹锟以五千至一万元一张选票收买了五百多名议员。10月5日举行正式选举，曹锟派遣大批军警、宪兵“警戒”。原定十点钟开选，但到上午十一点四十分签到者也不过400多人，不足法定人数，选举会议主席吴景濂急得团团转，派出可靠议员分头去拉同党、同乡的议员，而已签到者已失出自由，不得外出。直到下午一点二十分，签到者达593人，这才摇铃开会投票，四点钟选举完毕，曹锟终于以480票“当选”为大总统，10月10日宣布就职。这次选举共支贿款1350余万元，因此，时称曹锟为“贿选总统”，国会是“猪仔国会”，议员是“猪仔议员”，在民国史上留下了丑恶的一页。
曹锟“当选”总统后，为巩固他的地位，首先竭尽全力扩大势力，将所有亲信均以封官晋爵，给直系诸将论功行赏。其次，利用他的最高权力，进一步聚敛财富，使得百姓苦不堪言。由于他臭名昭著，民心丧尽，不仅遭到全国人民的唾弃和反抗，就是各地军阀也不听从他的号令，相互争斗，抢占地盘。
第一次直奉战争之后，直系内部已经存在保定、洛阳两个派别，曹锟当总统以后，两派因争权夺利矛盾日深。吴佩孚居功自傲，自称是曹锟的长子，言外之意是迟早要取而代之。吴佩孚还把冯玉祥、王承斌等人的地盘和兵权也夺了去，因此，直系内部又形成了冯玉祥、王承斌、刘燮元结合起来的反吴三角联盟。直系外部以孙中山为首的广东政权，为实行北伐，采取了分化北洋军阀集团，联合皖、奉共同讨直的策略，形成了粤皖奉反直三角联盟。这两个三角联盟搞得曹锟焦头烂额。
1924年9月3日，江浙战争爆发，皖系卢永祥与直系齐燮元交战。（详见第二章第五节）9月5日，孙中山下令讨伐曹、吴。作为反直三角联盟之一的奉系张作霖也率军入关为助，随即爆发了第二次直奉战争。9月15日，曹锟接到奉天发来的挑战书，立即电召吴佩孚进京，下令讨伐张作霖，任命吴佩孚为讨逆军总司令。9月18日，直、奉两军在山海关一线正面接触，展开连日激战，双方投入20万以上兵力，均出动了海、空军参战，战争的规模是近代军阀混战史上空前的。
讨逆军第三军总司令冯玉祥，受命率部出古北口经滦平、承德向北进军。冯玉祥早已和吴佩孚矛盾激化，已有意倒戈反直。10月21日，冯玉祥乘吴佩孚与张作霖在前方酣战之时，将所率部队后队改为前队，由李鸣钟、鹿钟麟率领，昼夜兼程140里，沿途割断电线，封锁消息。22日午夜，在负责戌守北京的孙岳配合下，一枪未发，迅速占领了北京城，发动了北京政变。鹿钟麟派一营士兵包围了总统府，将还在睡梦中的曹锟抓了起来，囚禁在中南海延庆楼上。11月2日，王承斌到公府逼曹锟辞职。曹锟只得向国会提出辞职咨文，由新任的黄郛内阁摄行总统职权。曹锟看到前来逼他下台的人就是一年前截车夺印，捧他上台的干将王承斌时，不禁酸甜苦辣，成感交集。11月25日，段祺瑞被冯、奉捧为临时执政，不久，即下令将曹锟“着内务、陆军两部严行监视，听候公判”，实际是将曹锟保护起来。
1926年春，张作霖、吴佩孚联兵攻击冯玉祥。冯玉祥被迫通电下野，所部国民军交由张之江、鹿钟麟率令。鹿钟麟为分化直奉联盟，恢复了曹锟的自由，电请吴佩孚入京主持大计。曹锟也派人转告吴佩孚，想出来再当总统。吴佩孚拒绝曹锟的要求，复电命张之江、鹿钟麟同时下野。张、鹿获电后率部退出北京。
曹锟恢复自由后，还想恢复总统的职务，派人到汉口找吴佩孚，但吴不予支持。曹锟只好在当年5月1日通电发表补行辞职宣言，声称“因病辞职”。不久，曹锟离开北京，移居保定，又移居郑州。他曾企图利用吴佩孚到郑州车站迎接他时，将吴杀掉，自为主帅，布告天下，但终因感到力不从心而放弃此计划。
1927年2月，国民革命军北伐至河南，曹锟逃往天津，此后长期寓居天津英租界，过着荒淫无耻的生活。1931年九一八事变后，曾拒绝出任日伪职务，也算得在晚年显示了一点民族气节。1938年5月17日，曹锟在天津病死，时年76岁。
上两节谈到直系军阀首领曹锟，总离不开吴佩孚。其实，曹锟是一个昏聩、粗野、愚昧无知而充满野心的封建军阀，他的“功名”，几乎都是吴佩孚替他创立的。
吴佩孚，字子玉，1874年生于山东蓬莱县一个小生意人的家庭。青年时考中秀才，因得罪当地土绅，1898年到天津入聂士成的武卫军当兵，1902年入保定陆军速成学堂学习。1906年，吴佩孚任北洋军第三镇曹锟部炮兵第三标第一营管带。
1911年10月武昌起义爆发后，清廷起用袁世凯出山，镇压革命军。袁世凯命曹锟率部入山西，镇压山西革命党人。部队从石家庄沿正太铁路入晋，目的地是井陉。当时是深夜行车，车过了井陉但没有停。原来炮兵第三标标统是革命党人，故意使列车开往由革命军占据的娘子关，想将曹锟的这个炮兵团全部吃掉。这事被吴佩孚觉察，及时将车上的革命党人制服。随后，又带人控制了车头，令司机把火车退回井陉车站，此时，协统卢永祥等才大梦初醒。随后，曹锟乘坐的列车也到达井陉，得知情况后惊呆了老半天，接着盛赞吴佩孚能当机立断，平息事变，当即提升吴佩孚为炮三标标统。井陉事变给吴佩孚提供了飞黄腾达的机会，从此，他成为曹锟的亲信和得力部将。
民国成立后，吴佩孚依然在曹锟部任职。1916年1月，西南护国军兴，吴佩孚随曹锟入川作战，升任旅长。1917年7月，张勋复辟帝制时，随曹锟参加“讨逆军”，任西路军前敌总指挥。1918年南北战争时，任第三师师长，随曹锟入湖南作战，攻岳州，陷长沙，4月占领衡阳。5月底，第一路军司令曹锟以养病为辞回天津与段祺瑞讨价还价，第二路军司令张怀芝也回到山东，入湘的北洋军由吴佩孚直接统率。6月，吴佩孚在衡阳与滇桂军阀信使往还，暗定停战协议，通电主和。8、9月间，吴佩孚接连通电攻击段祺瑞内阁及其武力统一政策，称武力统一政策实为“亡国的政策”，直系将领纷纷响应。1919年五四运动后，全国人民爱国热情空前高涨，段祺瑞政府陷于孤立，成了众矢之的。吴佩孚从反皖的目的出发，极力使自己以一个“爱国将军”的姿态出现，大谈军人的天职是“救国救民”，甚至还高谈“劳工神圣”，允许共产党人在其统治范围内的京汉、陇海等铁路沿线组织工会，因而，使他获得良好的名声。
1919年11月下旬，吴佩孚又与西南军阀签订了密约，即救国同盟军草约。草约总纲为平息内争、力谋统一、合力对外。其宗旨是：军人以卫国保民为天职，无论何时，国内争战，不得牵功武力，惟须弭患无形，以尽保民之责务。并须保全现在之主权，兼收回已失之主权等等。此草约充满了“爱国精神”，实质是直军与南军结成反皖同盟的标志，也为吴佩孚北上讨段消除后顾之忧。
1919年12月冯国璋死后，曹锟和吴佩孚成为北洋直系的首领。第一次世界大战的结束，促使了掌握北京政权的皖系军阀与直系、奉系的矛盾加剧，直皖战争已不可避免。1920年5月，吴佩孚自衡阳撤防北返，至直隶保定。7月，直皖战争爆发，吴佩孚出任“讨贼军”前敌总司令，在奉系的援助下率部打败了皖系，迫使段祺瑞下台，直、奉两派共同控制了北京政权。
直皖战争之后，吴佩孚获得“常胜将军”的美名，声望急速上升，由师长升任直鲁豫三省巡阅副使。1921年8月，升任两湖巡阅使。由于吴佩孚与奉系张作霖的矛盾日益激化，到了1922年初，双方已决定兵戎相见。4月3日，直系各军阀借祝贺吴佩孚的生辰，聚集洛阳，商讨对奉系作战计划。10月10日后，奉军相继开进关内。直军以吴佩孚为总司令，以保定为大本营，分头抵御。4月29日，第一次直奉战争爆发，战争的结束，以直系大获全胜而告终（第一次直奉战争详见本章第二节）。
第一次直奉战争之后，奉系势力退出关外，直系不仅占领了黄河、长江流域的许多地盘，而且控制了北京政权，曹、吴赶走了大总统徐世昌，推出了黎元洪作傀儡总统。吴佩孚由于军功被授予将军府孚威上将军，他拥有的嫡系武力，尽是全国精锐之师，一共有五师及一混成旅，吴佩孚依旧兼第三师师长，驻防洛阳。吴佩孚虽身居洛阳，实际操纵“直系中央”政治，甚至连他的老上司曹锟，也得看他的眼色行事，每一次国务总理更迭，都由曹锟派专使到洛阳征求吴佩孚的意见。
几年前，吴佩孚为了对抗皖系军阀，争取民心，曾大谈“救国救民”、“劳工神圣”，允许共产党人在其统治范围内的京汉、陇海等铁路沿线组织工会。但时至今日，吴佩孚完全剥下了伪装，由他一手制造了震惊中外的“二七惨案”。
1923年2月1日，京汉铁路工人在中国共产党领导下，在郑州举行京汉铁路总工会成立大会，但遭到吴佩孚的武力阻挠。总工会决定举行总罢工表示反抗，并将总工会移至汉口江岸办公。2月4日总罢工开始，全线各站工人一致行动，使长达一千余公里的京汉铁路顿时陷于瘫痪。罢工得到社会各界进步人士的支持。2月7日，吴佩孚在帝国主义支持下，命令其部将湖北督军萧耀南等在郑州、江岸、长辛店等进行血腥镇压，工人被杀四十余人，造成“二七惨案”。经此惨案，吴佩孚的凶残的真面目暴露无遗。
几年前，吴佩孚也极力反对段祺瑞的武力统一的政策，称之为“亡国的政策”。但是，当他大权在握时，也积极推行直系的武力统一政策。吴佩孚计划把全国分为9个军区，编全国军队为40个师，军政大权归中央。1923年3月，吴佩孚在洛阳召开军事会议，公开提出“武力统一”的主张，联合直、鲁、豫、晋、陕、甘、苏、皖、赣、鄂10省，在英美支持下，一面准备打到关外与奉系张作霖作战，一面把势力伸面南方，勾结陈炯明，反对孙中山北伐。
1923年4月，吴佩孚在洛阳大办其五十大寿，各省军政要员前往贺寿的有七百多人。康有为也亲来致贺，并送了一副恭维得体、传诵一时的寿联：“牧野鹰扬，百岁勋名才一半；洛阳虎踞，八方风雨会中州。”这副寿联把吴佩孚当时春风得意、趾高气扬的境况描绘得十分逼真。
1923年10月，吴佩孚帮助他的老上司曹锟当上了“贿选总统”。本来，吴佩孚对曹锟的“总统梦”不以为然，以吴佩孚的威望和实力也完全可以取曹锟而代之。但是，秀才出身的吴佩孚，深受儒家“上下”、“尊卑”、“主从”等封建道德的束缚，终究还是服从了他的那个昏庸的上司。
由于吴佩孚极力推行直系的武力统一政策，使各地军阀纷纷以“省自治”和“联省自治”相抵制，并形成了奉粤皖反直三角同盟。1924年9月江浙战争爆发，张作霖乘机率军入关，第二次直奉战争随之爆发。曹锟急电吴佩孚火速入京。9月27日，吴佩孚到达北京，28日晚，在中南海四照堂点将誓师。
点将誓师本是一件庄严慎重的大事，但吴佩孚只身穿便服，吸着纸烟，还歪坐一旁，随便宣读了讨张电文，接着宣布自任讨逆军总司令，王承斌为副司令，彭寿萃为第一军总司令，沿京奉线出发；王怀庆为第二军总司令，出喜峰口趋朝阳、平泉；冯玉祥为第三军总司令，出古北口趋赤峰……由于他事先没有认真考虑，把很多重要单位遗漏了，使得部下要起而提醒。吴佩孚“四照堂点将”，充分反映了他骄傲轻敌的心理，他的失败也就不足为奇了。
10月初，直、奉两军在榆关（山海关）展开决战。正当双方酣战之际，早已同吴佩孚矛盾激化的直军第三军总司令冯玉祥，于10月22日晚率部回师北京，发动了北京政变。吴佩孚在榆关前线闻变，大惊失色，直军亦随即土崩瓦解，吴佩孚的精锐几乎被奉军全歼，仅率万余人突破重围疾趋天津，回师讨冯，但在杨村一战，又损兵折将。吴佩孚急盼的江苏齐炎元、浙江孙传芳、湖北萧耀南、河南李济臣等直系援军又中途受阻，无法北上。到11月3日，奉军和冯军逼近天津，吴佩孚不得不率残部二千余人分乘三艘兵舰自塘沽出海南下，狼狈遁逃。
第二次直奉战争，由于吴佩孚的轻敌，加上冯玉祥的倒戈，使吴佩孚落得个泛海南逃的可悲结局。他当然不甘心失败，南下到南京，到汉口与齐燮元及萧耀南商议由黄河上游与长江流域各省在武昌成立“护宪军政府”。齐燮元表面应允，事后又反悔，并与萧耀南、孙传芳、周荫人、蔡成勋、杜锡珪、马联甲、刘镇华、李济臣、李炳之等联名通电拥护段祺瑞组织政府。此时的直系将领都急于自保或联省自保，并不想刺激风头正盛的张作霖和冯玉祥。
吴佩孚失败后众叛亲离，无处落脚，在苦闷中饮酒作诗，“戎马生涯付水流，却将恩义反为仇。与君钓雪黄州岸，不管人间可自由。”最后，他到河南信阳的鸡公山避居。他自己也很难预料，能否有东山再起的一天。
然而，在军阀混战的年代里，一些不可思议的奇迹竟也会发生。如同段祺瑞蛰居四年后有人将他捧上临时执政的宝座一样，无兵无钱的吴佩孚也在倒台后不到一年的时间，又有了东山再起的机会。
第二次直奉战争之后，张作霖的奉军和冯玉祥的国民军控制了北京政权，奉冯两派亦不断扩张势力，尤其是奉系，多次向关内进军，到1925年9月，津浦沿线各省区全部为奉系所占有：李景林为直隶军务督办、张宗昌为山东军务督办、姜登选为安徽军务督办、杨宇霆为江苏军务督办。此外，邢士廉等部进驻上海。奉系势力日益向东南扩张，直接威胁到直系的利益，使得直系将领们不得不谋求联防自保。
江西督军方本仁，首先发起湘、鄂、赣三省联防。湖南督军赵恒惕开始对此不感兴趣，正在岳州居住的吴佩孚乘机鼓动赵恒惕，“我们何不来个湘、鄂、川、黔四省联防呢？”赵恒惕觉得这主张不错，就答应了。很快，湘鄂川黔四省联防组成，公推吴佩孚为盟主。不久，豫、陕、晋亦加入，四省联防扩大到七省联防，吴佩孚的声威一下猛增。
浙江督军孙传芳，原来曾联奉自保，此时也乘势而起，组织了苏、浙、闽、赣、皖五省联军，自任总司令，并用这五省联军与吴佩孚的七省联防合流，推吴佩孚为盟主。1925年10月，吴佩孚在武汉出任十四省讨贼联军总司令，并发表通电，决心“再与天下群雄共角逐”。
北京临时执政段祺瑞，听说吴佩孚东山再起，挥兵北上“讨贼”，急忙央求张作霖和冯玉祥出兵，讨伐吴佩孚。但在此时，冯玉祥与张作霖的矛盾已经异常尖锐，势同水火。1925年11月，冯玉祥串通掌握奉军大半精锐之师的郭松龄和时任直隶督军的奉系将领李景林，结成反奉三角同盟，并签订了“反奉密约”。11月下旬，郭松龄倒戈，发动反奉战事，向张作霖发起突然攻击，杀得张作霖措手不及，险些束手待毙。12月，张作霖得到日本关东军之助，杀败了郭松龄（郭松龄倒戈反奉战争由下一章详述）。从此，张作霖对冯玉祥恨之入骨。当吴佩孚挥军北上讨奉之时，张作霖暗中向吴佩孚修好，希望联合起来，共同解决冯玉祥。吴佩孚因冯玉祥倒戈，发动北京政变，弄得自己浮海南逃，早已恨透冯玉祥，今见张作霖的态度，便决心与之合作，共同讨冯。这样做，也符合英、日等帝国主义欲压制国民军及北方革命群众运动的要求。于是，吴佩孚将“讨贼军”改为“讨赤军”，联合奉军夹击国民军。史称“国奉战争”。
1926年1月1日，冯玉祥在英、日等帝国主义及奉、直军阀的压迫下，通电“引退”。1月4日，将全权交给张之江，准备赴俄游历。1月9日，段祺瑞发表冯玉祥为考察欧美农业专使，另委任张之江继冯为西北边防督办，并由鹿钟麟、张之江、李鸣钟、宋哲元、刘郁芬分任京畿及察哈尔、绥远、热河、甘肃等省区军事长官。
吴佩孚与奉系联合之后，并得到英国的援助，即向国民军发动进攻。1926年1月下旬，由寇英杰部及靳云鹏部合攻河南，3月初全部占领河南，国民军岳维峻率残部西逃。另外，东北的奉军占领山海关，山东的奉军李景林部越过马厂北进。国民军被迫放弃天津，固守北京。4月初，北京被直、奉军在包围，鹿钟麟为缓和与直系的矛盾，释放了曹锟，请吴佩孚入京主持大局，但吴佩孚不为所动，要张之江、鹿钟麟同时下野。4月15日，国民军退出北京，把守南口。此后，国民军与奉直联军激战于南口达四个月之久，终于失败，退往西北。
1926年6月，吴佩孚、张作霖进入北京，直奉合作，把持了中央政权。吴佩孚、张作霖表示要捐弃前嫌，还交换兰贴，结为兄弟。但是好景不长，1926年7月6日，广东国民革命军誓师北伐，直指湖南。7月11日，已攻克长沙，随即向湖北推进。吴佩孚急忙率数万精锐于8月22日乘车兼程南下，25日在汉口召开紧急会议，准备固守汀泗桥和贺胜桥等战备要冲。
汀泗桥位于咸宁以南，东面为山岭，其他三面环水，地势险要。吴佩孚企图凭借天险顽抗，等待北方大部援军开到，再进行全力反攻。他亲临前线，往返指挥，还派出八个大刀队督阵。但北伐军第四军英勇善战，经两昼夜血战，于8月27日夺取了汀泗桥。吴佩孚仍想固守贺胜桥，亲乘装甲火车在桥北督战，仍派出大刀队督阵，但很快也被北伐军攻破防线。吴佩孚只得退回汉口。不久，北伐军兵临城下，吴佩孚的部将刘佐龙率部起义，武汉三镇相继失守，吴佩孚只好率残部败退河南。此时，吴佩孚结拜兄弟张作霖不但见死不救，而且派兵占领了直隶全境，阻止吴佩孚进入直鲁地区。吴佩孚东面、北面无去路，又处在南面北伐军和西面冯玉祥军（改称国民革命军）的夹击之中，虽然尚号称有二十万之众，但将士已无斗志，纷纷瓦解。1927年3月17日，奉军占领郑州，吴佩孚只好率领随从卫队西行入川，投奔四川军阀杨森，从此，他的政治生涯也宣告结束。
吴佩孚在四川生活了五年，似乎又回复到“秀才”的本来面目，终日读书、写作、吟诗、画梅。他先后住过白帝城、万具、广安、大竹、绥定等地，其中在绥定住得较久。吴佩孚并非不想东山再起，但当时中国的政坛已由国民党新军阀所操纵，他只能抒发一些英雄末路的慨叹。1931年底，吴佩孚由四川入北京，受到“世侄”张学良的盛大欢迎和殷勤接待，从此，吴佩孚蛰居北京。
本来，军阀头子的晚年不必多提，但吴佩孚的晚年却需要大书一笔。1938年底，日本侵略者采取威胁利诱的手段，企图迫使蛰居北平的吴佩孚出任北京绥靖军事委员会委员长这一汉奸职位，但遭到吴佩孚的拒绝。日本大本营特务部长土肥原十分恼火，决定采取强硬手段，强迫吴佩孚召开一次记者招待会，公开说明他对中日和议所持的态度。
1939年1月30日，130多名中外记者聚集在吴公馆，而公馆附近军警林立，特务往来。吴佩孚首先出示亲笔撰写的一副长联：“得意时清白乃心，不怕死，不积金钱，饮酒赋诗，犹是书生本色；失败后倔强到底，不出洋，不入租界，灌园抱瓮，真个解甲归田。”此联有溢美之处，但“不积金钱”、“不出洋”、“不入租界”等，亦确是他的所为。接着，吴佩孚明确地向在场的中外记者表示：“本人认为今天要讲中日和平，唯有三个先决条件：一、日本无条件的全面撤兵。二、中华民国应保持领土和主权的完整。三、日本应以重庆的国民政府为全面议和的交涉对象。”吴佩孚的鲜明态度，令日方大为尴尬和羞恼。
之后，大汗奸汪精卫多次劝说吴佩孚与他合作，日方要员包括驻华派遣军总参谋长板垣征四郎等，也一次又一次促请他“出山”，甚至决定划出湖南、湖北、江西、河南、山东、河北六省的地盘，交请吴佩孚主持一切，但吴佩孚始终不为所动。1939年12月4日，吴佩孚在北平病逝，享年66岁。不过，也有些学者认为，吴佩孚是由日本人以为他治牙为名将其杀害的。
吴佩孚一生做过不少与人民为敌的事，但他晚节可风，与同是直系将领的齐燮元等人相比（齐后来成为大汗奸），毕竟要好一些。
孙传芳在北洋军阀中属于直系，但并非曹锟、吴佩孚的嫡系。他可以称得上是直系军阀的“后起之秀”，在第二次直奉战争后的几年中，他凭着自己的多谋善变，使得势力逐渐扩大，曾一时称雄于东南五省。
孙传芳，字馨远，1885年生于山东泰安。早年入保定军校速成学堂，后被保送入日本陆军士官学校第六期。归国后在北洋军第二镇任职，后以战功升任第六师团长。1917年1月，升任第二师第三旅旅长。同年10月升任第二十一混成旅旅长。1921年8月升任长江上游总司令。同年12月，奉吴佩孚令率军援闽。1923年3月任福建军务督理。
与孙传芳一起受命援闽的，还的陆军第二师师长周荫人。周荫人与孙传芳合谋驱逐了福建军务督办王永泉，夺取了福建地盘。此后，周荫人自恃在倒王之举中出力较大，对孙传芳处处排挤。有一天，孙传芳在福州西大街遇到汽车被炸事件，孙传芳虽幸免于难，但已感到来自周荫人的威胁。他也知道，一山难藏二虎，自己暂时无力与周荫人争斗。于是，1923年5月，以王永泉残部在闽南与各县民军结合谋变为由，电请曹、吴批准，出任闽粤边防督办前去剿灭，而将福建军务督理一职让与周荫人。
1924年9月，江浙战争爆发。直系江苏督军齐燮元与皖系浙江督军卢永祥，为争夺上海而进行激战，孙传芳认为有机可乘，便决定让出福建，率军入浙，援助齐燮元，当然，其真正目的是为了入浙开辟新地盘。周荫人也巴不得孙传芳离开福建，所以表示支持。于是，孙传芳率部入浙。为了使部队置之死地而后生，孙传芳发给官兵每人一本《入浙手册》，内容大意是说，我们是被周荫人给逼出来的，福建不能再回了，我们要勇往直前，进入杭州。孙传芳规定，部队宿营、休息、吃饭，甚至行军时，都要由官长领着士兵念，激励斗志。所以，孙军入浙时，穿短裤、着草鞋、戴斗笠，凶猛如饿虎。浙江屏障仙霞岭防守司令张国威，慑于孙军的勇猛，未战即降，引孙军直取杭州。卢永祥见大势已去，仓惶北逃。孙军乘胜追击，与齐燮元部夹击卢永祥部于淞沪。卢永祥大败，通电下野，残部为孙传芳所收编。孙传芳入浙成功，坐收渔利，并出任闽浙巡阅使兼浙江军务督理。
1924年10月，在第二次直奉战争的关键时刻，冯玉祥自古北口班师回京，通电主和，囚禁“贿选总统”曹锟，迫使吴佩孚浮海南逃，直系迅速溃败。11月，段祺瑞上台执政，但北京政府实际处于冯玉祥和张作霖的共同控制之下。段祺瑞就任后，即命卢永祥为江浙宣抚使，要消灭齐燮元部，夺回地盘。张作霖也企图向南扩张，派张宗昌率部南下。
齐燮元得此消息，急约孙传芳在上海晤商御敌之策，决定成立江浙联军第一、二路司令部，共同御奉，维持直系的一线生机。1925年1月，孙伟芳出任江浙联军第二路军总司令，督办浙江军务。孙传芳虽与齐燮元联合御奉，但他也知道，区区的江浙联军难以抵挡奉军的进攻，为自己着想，他暗中派其亲信、浙江盐运使王金钰去见张作霖。张作霖也有意拉笼孙传芳，当即保证消灭齐部后，停止向浙江进军。1月中旬，奉军张宗昌部及卢永祥部向沪宁线的齐军步步进逼。1月17日起，两军大战于丹阳、无锡间。在此时候，孙传芳突然将协同齐军作战的部队撤走。1月25日，齐燮元从苏州狼狈败退上海，通电下野，旋赴日本，部队为孙传芳所接收。奉军进入上海，张宗昌约孙传芳会晤，两人结拜为兄弟。后卢永祥被任命为江苏督办，与孙传芳签订了江浙互不侵犯的和平公约。这样，孙传芳依靠其不光彩的手段，稳得浙江这一地盘。
1925年间，奉军多次入关，到当年9月，津浦沿线各省区全部为奉系所占有。奉系向东南扩张，直接威胁浙江。孙传芳既感到恐惧，但他也看到奉军孤军深入，人地生疏，将领之间矛盾重重；冯玉祥和张作霖已势成水火；而吴佩孚又有重整旗鼓，东山再起之势。于是，孙传芳决定利用这一时机，与奉军一决雌雄。他派王金钰为代表住在奉天，迷惑张作霖。又派心腹杨文恺到福州联络周荫人，到上海联络国民党人，以缓解后顾之忧。之后，再派杨文恺到张家口会见冯玉祥，请冯玉祥在北方牵制奉军。冯玉祥还与孙传芳结拜为兄弟。此外，杨文恺再衔命前往岳阳，代表孙传芳敦请吴佩孚出任十四省讨贼联军总司令。杨文恺还游说江苏军务帮办陈调元，约定里应外合，驱逐奉系江苏督军杨宇霆。孙传芳还利用江苏人民痛恨奉军这一有利条件，发动上海、南京等地的士绅、群众举行抗议奉军暴行的游行请愿，为进攻奉军制造舆论准备。
1925年10月，孙传芳联络苏、皖、赣、闽几省的直系军阀，以“双十节”检阅为名，调集大军，于10月15日自称为浙闽皖赣苏五省联军总司令，分五路出兵进攻上海，奉浙战争爆发。奉系杨宇霆、姜登选等兵败弃职而逃，孙传芳很快占领上海、南京。接着，孙传芳命谢鸿勋、卢香亭等率部往北推进。
张作霖不甘心失败，任命张宗昌为江苏善后督办，施从滨为安徽善后督办，率领白俄军等部南下收复失地。张宗昌任命施从滨为前敌总指挥，率兵从兖州、泰安防地出发，进占蚌埠。施军与孙军在蚌埠一带激战，结果施军战败，施从滨也被俘。当施从滨率军南下时，孙传芳连发三个电报要施同他合作，倒戈内应，但施不予理睬。孙传芳俘虏施从滨后，即于当晚将其斩决，并弃尸旷野数日。这一残暴行为，也为他十年后被刺身亡埋下了祸根。
孙传芳大军乘着屡战屡胜的声势，一直打到徐州以北的山东边境，才停止追击。此时的孙传芳，急欲筹组五省联军，称霸东南。于是，奉浙战争结束，孙传芳在徐州子房山大摆庆功宴会。11月23日，孙传芳由徐州凯旋南京。25日，召开五省联军大会，宣布成立浙、闽、苏、皖、赣五省联军，自任总司令兼江苏总司令，任命周荫人为福建总司令，卢香亭为浙江总司令、陈调元为安徽总司令、邓如琢为江西总司令、刘宗征为总参谋长，杨文恺为总参议，万鸿图为秘书长。又聘请日本人冈村宁次为高等军事顾问，社会名流蒋百里、章太炎为顾问。从此，孙传芳统辖富庶的东南五省，成为吴佩孚以外另树一帜的直系巨头。
1926年夏，广东国民革命军开始北伐，吴佩孚在两湖连遭惨败，多次急电孙传芳出兵援助，但孙传芳却按兵不动，他想趁吴佩孚失去两湖后，再由他坐收渔利。9月，国民革命军进攻江西，孙传芳才出兵应战。他根本没把北伐军看在眼里，应战的目的是为了夺取武汉、长沙。但是，不到一个半月，孙军遭到惨败。谢鸿勋战死，邓如琢溃败，卢香亭部受重创，九江、南昌难保，孙传芳狼狈逃回南京，孙军亦全部退出江西。
面对北伐军的步步紧逼，孙传芳想谋求北洋各系的大联合，挽回颓势。他邀请段祺瑞、吴佩孚各派代表到南京开会，商讨共同抵御国民革命军。但孙、吴、段各派矛盾重重，互相讥骂，会议不欢而散。孙传芳不得已掉转头来乞怜于奉系。1926年11月，孙传芳派杨文恺到济南见张宗昌，又到天津见张作霖，表示捐嫌修好，共同对敌。此时的张作霖，也不想计较旧怨，表示双方联合，化敌为友。于是，孙传芳亲到天津见张作霖，当面道歉，并与张宗昌等推举张作霖为最高军事首领，统一指挥，成立“安国军”。12月1日，张作霖出任安国军总司令，张宗昌、孙传芳为副司令，杨宇霆为总参议。张作霖答应派张宗昌率直鲁联军南下支援，并为孙传芳接济军械。孙传芳如愿以偿，返回南京。
孙传芳以为有了奉系支持，可以挽回颓势。但是不久，周荫人与孟昭月为争夺浙江总司令一职发生内战，陈仪、周凤歧等归附北伐军，陈调元、王普也先后起义编入国民革命军。这样，北伐军很快占领杭州、嘉兴、安庆、芜湖等地，直逼淞沪以及南京。孙传芳见大势已去，逃往扬州。1927年3月下旬，北伐军先后占领南京、上海，后又渡江北进，于5月攻占蚌埠、南京。至此，孙传芳的五省割据局面完全垮台，残部退往山东，完全投靠张作霖。
1927年6月18日，张作霖在北京就任安国军政府大元帅。随后，命孙传芳率兵反攻徐州。孙传芳一战而夺回徐州，继而攻克蚌埠，进占浦口。孙传芳自恃兵多将广，贪功心切，即挥军渡江，结果伤亡惨重。过江的部队在龙潭立足未稳，又被白崇禧、何应钦两部围歼。此役，孙传芳损失四万多人，元气大伤，退回山东。
1928年4月，国民党军继续北伐。孙传芳与张宗昌在山东战场顽抗，不久兵败退守济南。蒋介石、冯玉祥两路大军进逼济南，孙传芳与张宗昌率残部过黄河北逃。6月4日，张作霖在皇姑屯被日本人炸死。孙传芳残部在冀东宝坻一带挂旗投降，被阎锡山派人收编。孙传芳逃往沈阳，投奔张学良。可以说，直系军阀势力至此已完全消亡。
孙传芳到沈阳后，还想劝导张学良割据东北，与蒋介石争天下，但张学良权衡利害，最终归附南京政府。孙传芳感失望，移居大连。1931年定居天津英租界，出资建一佛教居士林，皈佛诵经。1935年11月13日，孙传芳在居士林被刺身亡，时年仅50岁。原来，1925年奉浙战争中，施从滨被俘后遭孙传芳残杀，其女施谷兰立志为父报仇，改名施剑翘，经过十年的准备，终于找到这一报仇的机会。孙大帅最后立地不成佛，饮弹身亡，也算得是自食其果了。