曾在中国现代史上显赫一时的冯玉祥和阎锡山等，都先后被新崛起的军阀蒋介石所击败，不得以而处于臣服的地位。这一章，我们就专门谈谈一代枭雄蒋介石是如何发迹，如何建立自己的嫡系部队——中央军，从而统治中国二十一年之久的。
蒋介石，浙江省宁波地区奉化县溪口镇人，1887年10月31日出生。学名志清，官名中正，字介石，以官名及字并行于世。蒋介石的祖父叫蒋斯千，字玉表，是一位盐商；父亲叫蒋明火，字肇聪。在蒋玉表死后继承家政。蒋肇聪前后娶过三房正式夫人，元配徐氏生长女蒋瑞春、长子蒋周康（字介卿）；徐氏死后，娶继室孙氏，孙氏不久亡故，无所出；后又娶嵊县王采玉为填房，生蒋介石及蒋瑞莲（另有一女一子早亡）。蒋介石九岁时，父亲蒋肇聪去世，母亲王采玉管理名下家产，抚养蒋介石及蒋瑞莲。蒋介石十五岁时，娶奉化县岩头村“毛祥丰”南货号老板毛鼎和之女毛福美为妻。毛福美比蒋介石大五岁，八年后，即1910年3月18日，生下儿子蒋经国。
蒋介石七岁开始在私塾读书，曾先后入过锦溪凤农学堂、宁波箭金公学、奉化龙津中学等。他自幼顽劣，不甚喜好典籍，总想将来当一名叱咤风云的军人。二十岁时，他自费到日本，想读军校，但因日本只收公费留学生，结果只好回国。回国后，恰逢袁世凯在保定办陆军速成学堂，即保定军官学校，在浙江招生。蒋介石即去投考并考取。第二年即1908年，蒋介石因成绩表现优异，成为保定军官学校第一批被派往日本深造的四人之一。蒋介石先入日本东京振武学校，后入日本士官学校，结识了张群、陈其美等人，又经陈其美而结识了孙中山，在日本期间，蒋介石加入了中国同盟会。
1911年10月，武昌起义的消息传到日本。蒋介石、张群等一些青年士官生即乘轮回国，10月30日到达上海。蒋介石参加了陈其美指挥的上海光复之役。陈其美出任上海都督后，蒋介石被任命为攻浙先锋队指挥官、沪军第五团团长。
1912年1月14日，陈其美派人刺杀了光复会首领陶成章，孙中山下令“严速究缉”，蒋介石因陶案牵连，逃避日本。1913年春，蒋介石回到上海参加孙中山发动的“二次革命”，受命进攻江南制造局，失败后遭沪军都督杨善德下令缉捕，蒋介石被迫逃往陈其美的娘姨姚怡诚的卧室内，遂纳姚怡诚为侧室。姚室没有生孩子，后将戴季陶与日本籍外室生的儿子领来代养（其时日妇已去世），这就是蒋纬国。“二次革命”失败，孙中山和陈其美等逃亡日本，蒋介石只好在上海混迹于江湖，拜青帮头子黄金荣为师，并与洪帮头子虞洽卿、青帮头子杜月笙等结为好友。
1914年6月，蒋介石再度到日本，追随孙中山，其后曾被派回上海、哈尔滨活动反袁，但均告失败。1915年，蒋介石又随陈其美回国，谋划夺取上海，但未成功。1916年5月8日，陈其美被袁世凯派人刺杀。陈其美是蒋介石的同乡，比蒋介石大十一岁，是蒋介石在政治上的良师益友，后来陈其美的两个侄子陈果夫、陈立夫一直受到蒋介石的重用。
陈其美死后，蒋介石被孙中山派往山东潍县居正的革命军中任参谋长。1918年3月，蒋介石被孙中山召到广州任陈炯明司令部作战科主任，不久又被调到福建长泰当援闽粤军第二支队司令。后所部与浙军发生火拼，蒋介石只身逃离福建往上海，奉孙中山命在上海开设一家商品交易所，经过一年时间，赚了一百万元，为孙中山筹措了一笔活动资金。
1920年，蒋介石受孙中山之命重返军界。10月，到达汕头参加陈炯明的部队进军广州。11月，蒋介石不愿与陈炯明共事而回上海，与苏州女子陈洁如同居，后陈洁如领养一女，取名蒋瑶光。1921年6月16日，蒋母王采玉去世，蒋介石回家奔丧，孙中山亦派陈果夫作为个人代表参加了葬礼，还亲笔题了“蒋母之墓”四个字。1921年10月，蒋介石返回广州，协助孙中山拟订进军两广进而统一中国的作战计划。1922年6月，蒋介石返回家乡祭奠其母逝世一周年。此时，陈炯明在广州叛变，围攻总统府。6月17日，孙中山登上永丰舰（后改名中山舰），率海军与陈炯明叛军对抗。孙中山急电蒋介石回粤。6月29日，蒋介石赶到广州，登上永丰舰护卫孙中山，于8月9日乘英轮转香港，8月14日到达上海。9月间，蒋介石写出了《孙大总统广州蒙难记》一书，歌颂孙中山，痛斥陈炯明。孙中山亲自为之作序，因此而对蒋介石更加信任。10月间，蒋介石被孙中山任命为许崇智的第二军参谋长。1923年2月，孙中山回广州设大元帅府，蒋介石又被任命为大本营参谋长。1923年8月，蒋介石以“孙逸仙博士代表团”团长的身份被孙中山派往苏联考察。在苏联期间，蒋介石考察了苏联党政军的组织情况，参观了陆军海军学校，会见了托洛茨基等人。12月15日，蒋介石回到上海，并写了一个考察报告。
1924年1月16日，蒋介石回到广州向孙中山复命。当时，国共合作的统一战线已经形成，为了培养革命的军事骨干，建立革命的武装力量，以推翻北洋军阀的统治，孙中山在苏联和中国共产党的帮助下，决定创建一所革命军官学校，因地址高在广州黄埔，故简称黄埔军校。由于蒋介石深得孙中山的信任，于1月24日，被孙中山指派为黄埔军校筹备委员会委员长。1月26日，正式组织筹备委员会，王柏龄、李济深、沈应时、林振雄、俞飞鹏、张家瑞、宋荣昌为筹委会委员。1月29日，孙中山任命廖仲恺为大本营秘书长，协助筹划军校开办事宜。苏联顾问鲍罗廷将军等也参加了筹备工作。2月16日，黄埔军校正式开始各项工作。
黄埔军校机构由校总理、校长、党代表组成校本部、直隶国民党中央执行委员会。其编制序列是：校总理孙中山、校长蒋介石、党代表廖仲恺、政治顾问鲍罗廷（苏）、军事顾问加伦（苏）、政治部主任戴季陶、教授部主任王柏龄、教练部主任李济深、教育长胡谦、军事战术总教官何应钦、军需部主任周骏彦、军医部主任宋荣昌。
蒋介石虽然出任黄埔军校校长及国民党军事委员会委员，但他还嫌官小无实权，竟于黄埔军校正式建立后几天，即2月21日私自跑到上海。孙中山叫他回广州，他回信说：“中正如果回粤，焉能专心办学而不过问军事政治？”于是，5月3日，孙中山又任命他为黄埔军校校长兼粤军总司令部参谋长，他才肯回校。5月5日，黄埔军校第一期学生入校学习。6月6日，黄埔军校举行开学典礼，孙中山亲临致开学辞，指出：“开办这个军官学校独一无二的希望，就是创造革命军，来挽救中国的危亡。”黄埔军校正式成立。
蒋介石是靠黄埔军校起家的。黄埔军校是在实现第一次国共合作的条件下，孙中山在苏联政府和中国共产党帮助下创办起来的中国历史上第一所培养革命干部的陆军军官学校，它为国共两党培养造就了大批军事政治人才和高级将领。在第一次国共合作时期，黄埔军校一共开办了六期，有不少国共两党著名的人物都在军校工作过。
在共产党人中，如周恩来、熊雄担任过政治部主任；聂荣臻担任过政治部秘书；叶剑英担任过教授部副主任；肖楚女、恽代英、李富春等担任过政治教官。而这六期的学生之中，有不少人日后也成了共产党的高级将领，如徐向前元帅（一期）、林彪元帅（四期）、陈毅元帅（六期）、陈赓大将（一期）、许光达大将（五期）、罗瑞卿大将（六期）、周士第上将（一期）、陈奇涵上将（学生队队长）、杨至成上将（五期）、陈伯钧上将（六期）、郭天明上将（六期），以及项英、左权、周逸群、卢德铭、刘志丹、朱云卿、袁国平、王尔琢等。
而蒋介石作为黄埔军校的校长，在培植自己的势力，建立自己的嫡系部队——中央军的过程中，更是依靠了一批跟随他的“黄埔系”军人，这批黄埔系军人，是蒋介石的中央军的支柱。从下列的名单中我们可以看到这一事实：
在黄埔军校中担任过领导人、军事教官、学生队队长等的国民党高级将领有：何应钦、顾祝同、陈诚、周至柔、刘峙、蒋鼎文、俞飞鹏、张治中、钱大钧、严重、陈继承、王俊、陈焯、张静愚、卢浚泉、王懋功等。
在黄埔军校前六期毕业，以后担任国民党集团军副总司令、兵团副司令官以上职务的有：
（一期）丁德隆、王仲廉、王敬久、王叔铭、邓文仪、甘丽初、关麟征、孙元良、刘戡、刘嘉树、李文、李玉堂、李仙洲、李及兰、李延年、李良荣、李铁军、李默庵、张镇、张世希、张雪中、张耀明、陈铁、陈武、陈大庆、陈明仁、何绍周、杜聿明、宋希濂、罗奇、周振强、郑洞国、范汉杰、胡宗南、贺衷寒、侯镜如、袁朴、袁守谦、桂永清、宣铁吾、俞济时、夏楚中、黄杰、黄维、黄珍吾、梁华盛、彭善、曾扩情、董钊、霍揆彰。
（二期）方天、毛邦初、李士珍、覃异之。
（三期）王耀武、方先觉、石觉、刘安祺、康泽。
（四期）文强、刘炜、刘玉章、李弥、沈向奎、胡长青、胡琏、罗列、周志道、钟彬、高吉人、高魁元、蒋坚忍。
（五期）陈克非、郭汝瑰、唐守治、彭孟辑。
（六期）唐纵、廖耀湘、戴笠。
（潮州分校一期）毛人凤等。
此外，在国民党中央军中担任军长以下职务的，还有大批都是黄埔军校前六期的毕业生。
蒋介石担任黄埔军校校长期间，以“左派”的面目再现，给黄埔学生作了数十次的演讲。另一方面，他又在学校秘密组织“孙文主义学会”，监视共产党，培养右翼政治势力。由于当时正处于大革命时期，蒋介石不敢也不能公开反对革命。
1924年10月，广州发生商团叛乱，蒋介石承担了孙中山交给的率领黄埔学生平叛的任务。10月15日，在一天之间，黄埔学生就将商团在广州的据占全部攻占，学校首树军威。同年11月，孙中山北上，胡汉民代理大元帅职务时，广东军阀陈炯明叛乱。1925年2月，黄埔军校的学生组织东征部队进行第一次东征，取得了胜利。3月12日，孙中山在北京病逝。6月初，滇、桂军阀杨希闵、刘震寰举行叛乱，占领广州。东征的学生军奉命撤离东江，回师平叛。6月12日，回师校军和其他革命军队一起，向叛军全线进攻，仅用了一周时间，便击溃滇、桂联军，收复广州，杨希闵、刘震寰逃往香港。
1925年8月20日，国民党左派领袖廖仲恺在广州中央党部门前遭到暴徒袭击，中弹身亡。当天，国民党中央执委会，国民政府委员会及军事委员会举行联席会议，决定由汪精卫、许崇智、蒋介石组织特别委员会查处。后查明这次刺杀廖仲恺是由国民党右派朱卓文、胡毅生、魏邦平、林直勉等人策划的。这些人有的是胡汉民的老部下，有的是许崇智管辖下的现役军人。蒋介石乘机把刺廖的罪名推到胡汉民、许崇智的身上，派学生军包围了他们的公署，逼迫胡汉民出国，许崇智逃亡上海。8月24日，蒋介石当上了广州卫戍司令。26日，蒋介石把黄埔军校的两团学生军组成国民革命军第一军，自任军长。这样，蒋介石利用廖案扩大了权力，掌握了军队。
1925年10月，蒋介石率国民革命军第一军等进行第二次东征。当时，周恩来担任第一军政治部主任兼第一军第一师党代表和东征军总政治部主任，黄埔军校教官和毕业学生，担任第一军各级指挥官和党代表。经过激战，东征军攻占陈炯明老巢惠州，其他残余部队也很快被肃清，广东革命根据地得到巩固。
蒋介石羽翼渐丰以后，开始露出他反动的真面目。1926年3月16日，蒋介石指使孙文主义学会分子欧阳格，以黄埔军校驻省办事处名义，传令海军局代理局长、中山舰舰长李之龙（共产党员），调中山舰到黄埔候用。当中山舰开到黄埔后，蒋介石派系随即散布谣言，诬陷“中山舰擅入黄埔，是共产党阴谋暴动”。3月20日，蒋介石宣布全城戒严，命令解除中山舰武装，逮捕李之龙，派军队收缴工人纠察队武装，包围省港罢工委员会和苏联顾问住所，强迫在第一军工作的周恩来等共产党员退出该军。中山舰事件（也称“三·二O”事件）是蒋介石阴谋夺取国民党和国民革命军领导权的重要步骤。毛泽东、陈延年、周恩来主张以叶挺独立团为主，发动工农群众，联合国民党左派和其他各军，声讨蒋介石，逼其下台，但中共总书记陈独秀采取让步政策，结果，共产党员全部退出第一军。同时，蒋介石借中山舰事件排挤国民政府主席汪精卫，将事件诿过于汪精卫，说汪精卫挑拨国共关系，迫使汪精卫离开广州出国。4月16日，召开国民党中央党部与国民政府联席会议，改选国民党中央政治委员会和军事委员会，蒋介石出任军事委员会主席，进一步掌握了国民党军政大权。
数天后，蒋介石又提出“整理党务案”，共九条内容，规定共产党人不能再担任国民党中央党部的部长；限制共产党员加入国民党者，在国民党高级党部任执行委员时，其额权不得超过该党部执行委员总权三分之一等。此案于5月15日获得国民党二届二中全会通过。蒋介石借此改组中央党部。当上了组织部长和军人部长。国民党中央常委会委员长一职由张静江代理，中央政治会议席由谭延闓代理，张、谭二人均受蒋介石操纵，至此，蒋介石把国民党的党权也抓到手。
1926年初，广东革命根据地得到统一和巩固，广西李宗仁、湖南唐生智等也加入了革命阵营，武装讨伐北洋军阀的条件基本具备。同时，北洋军阀联合进攻北方冯玉祥国民军并准备南伐，国共两党及时决定出兵北伐。1926年5月，第七军钟祖培第八旅和第四军叶挺独立团分途由桂、粤入湘援助唐生智，揭开了北伐战争的序幕。
蒋介石是极力主张北伐的。其时，他已初握大权，希望通过北伐，进一步扩大自己的权势。1926年5月31日，国共合作的北伐总司令部成立。6月4日和6日，国民党中央执行委员会和国民政府先后任命蒋介石为国民革命军总司令。7月9日，蒋介石举行了总司令就职及国民革命军北伐誓师典礼。国民革命军总参谋长为李济深，总政治部主任为邓演达，前敌总指挥为唐生智，行营参谋长为白崇禧，兵站总监为俞飞鹏，军事总顾问为加伦。
国民革命军共辖八个军，第一军军长何应钦，主要将领有王柏龄、蒋伯诚、顾祝同、张贞、冯轶裴、谭曙卿、叶剑英、王俊、刘峙、钱大均等；第二军军长谭延闓（副军长鲁涤平代），主要将领有鲁涤平、岳森、张辉瓒、谭道源、戴岳、陈嘉佑等；第三军军长朱培德，主要将领有黄实、王均、朱世贵、李明扬等；第四军军长李济深（副军长陈可钰代），主要将领有陈可钰、陈铭枢、蒋光鼐、张发奎、朱晖日等；第五军军长李福林，主要将领有刘敏、练炳章、王若周等；第六军军长程潜，主要将领有唐蟒、邓彦华、杨源浚等；第七军军长李宗仁，主要将领有王应榆、钟祖怀、陶均等；第八军军长唐生智，主要将领有张一鹏、李品仙、刘兴、何健、夏斗寅、周澜等。另有航空队，由林伟成、张静愚指挥。第二、三、四、六各军党代表兼政治部主任分别由中共党员李富春、朱克靖、廖乾吾、林伯渠担任。
1926年7月，国民革命军从广州出师北伐，苏联顾问亦随军出征。北伐战争所面对的军阀势力主要有三支：一是据有河南、湖南、湖北和直隶南部的吴佩孚约二十万人；二是盘踞江苏、浙江、安徽、福建、江西五省的孙传芳约二十万人；三是据有东北和山东、直隶、热河、察哈尔等地的张作霖约三十五万人。北伐军总兵力十余万人。根据当时的军事政治形势，北伐军决定采取各个击破的作战方针，先打吴佩孚，再打孙传芳，后打张作霖。
北伐军首先进入湖南作战，7月11日便攻占长沙。8月中旬，北伐军总司令部迁往长沙。由于孙传芳采取坐山观虎斗的态度，没有积极援助吴佩孚，蒋介石于8月12日在长沙召开军事会议，白崇禧、邓演达、唐生智、李宗仁、陈可钰及军事总顾问加伦等出席。会议同意蒋介石提出的“打倒吴佩孚，联络孙传芳，暂放张作霖”的策略，决定以四、七、八军为中央军，分左、右两路首攻武汉；以二、三、六军为右翼，担任江西方面作战；以第九军（军长彭汉章）、第十军（军长王天培）为左翼，担任洞庭湖以西地区作战。
蒋介石、唐生智率中路军直趋武汉，很快突破了吴佩孚的汩罗防线，继而攻克鄂南重镇汀泗桥和贺胜桥。唐生智率第八军从嘉鱼、金口渡江绕攻汉阳；蒋介石亲率四、七军直取武昌，以期达到“先入者王之”的目的。但是武昌却久攻不下，而唐生智则早已拿下汉口、汉阳。蒋介石只好让唐生智的第八军围攻武昌，自己率部转向江西作战。唐生智于10月10日武昌首义纪念日攻下武昌，吴佩孚的主力被消灭殆尽。1927年初，广州国民政府迁往武汉。
孙传芳原来采取“坐山观虎斗”的态度，当北伐军进入湖北以后，孙传芳认为北伐军战线拉长，而吴佩孚又即将被打败，正是他收拾残局的时候，于是调集大军进入江西。9月，江西便成为主要战场。蒋介石指挥北伐军向赣西、赣北、赣南发起攻击，很快占领二十余地县及赣南重镇赣州。但是，在进攻南昌时却遭到孙传芳部的顽强抵抗，蒋介石、白崇禧等亲临前线督战，从9月中旬起，连续进行了三次激烈的攻城战，直到11月8日才攻下南昌。与此同时，留守粤东的第一军由何应钦指挥，向福建进军，一路上没有遭到多大的抵抗，于12月占领了福建省。
1927年1月，蒋介石等北伐军将领在南昌召开军事会议，决定将北伐部队编成东路军、中央军、西路军。东路军总指挥为何应钦，前敌总指挥为白崇禧，主攻浙江和上海。中央军总指挥由蒋介石兼任，下分江右军和江左军。江右军总指挥为程潜，江左军总指挥为李宗仁，进攻安徽和南京。西路军总指挥为唐生智，留守武汉并北上进攻河南。
由于孙传芳的部将夏超、陈仪、周凤岐等在浙江率部投靠北伐军，所以东路军很快于2月18日攻占杭州。3月中旬，在上海工人武装起义的配合下，东路军进占上海。3月24日，中央军之江右军攻克南京。至此，孙传芳的主力所损过半，残部退往苏北地区。
3月26日，蒋介石到达上海，即与帝国主义、买办资产阶级密谋举行反革命政变。其实在此之前，蒋介石已在南昌与帝国主义分子及江浙财团密谋反共反革命，下令枪杀了赣州总工会委员长、共产党员陈赞贤，以武力捣毁了南昌市、九江市、安徽省等国民党党部和总工会，提出将国民政府从武汉迁往南昌。进入上海以后，蒋介石多次与李宗仁、白崇禧、李济深、吴稚晖、张静江等举行秘密会议，商谈反共清党问题。在这时候，汪精卫也从国外返回上海。4月3日，蒋介石、汪精卫、李宗仁、白崇禧、李济深、黄绍竑 、张静江、吴稚晖、宋子文、蔡元培、李石曾、古应芬等十余人在上海举行了一次秘密会议。会上，蒋介石等人力主马上实行反共清党，汪精卫虽同意反共，但在具体方法和时间上持异议，而主张于4月15日在南京召集国民党二届四中全会解决“党事纠纷”问题。4月5日，汪精卫离开上海去武汉。而蒋介石与李宗仁等则在龙华北代司令部召开会议，决定在上海清党。英、美帝国主义、上海大资产阶级虞洽卿等，以及青红帮头子黄金荣、杜月笙、张啸林都表示支持配合蒋介石的“清党”。4月9日，以白崇禧、周凤岐为正副司令的淞沪戒严司令部成立，并发布“战时戒严条例”十二条。蒋介石在一切布置就绪之后，于当天离开上海去南京。
4月12日凌晨，震惊中外的“四·一二”反革命政变开始了。国民党反动派在帝国主义军队和青红帮分子的配合下，大肆逮捕和枪杀共产党人和工人群众，查封革命组织和进步团体。据不完全统计，在事变后的三天中，共杀害共产党员和革命群众三百多人，拘捕一千多人，流亡失踪者五千多人。
4月15日，蒋介石发布了《清党布告》和《清党通电》，下达“已克复的各省一致实行清党”的指令，下令通辑著名共产党人和国民党左派一百九十余人。4月15日当天，留守广州的李济深、古应芬、钱大均等亦在广州戒严，开始大屠杀，中共党员、工人积极分子总计被杀害二百多人，包括邓增、肖楚女、熊雄、李启汉、刘尔崧等中共领导人。此外，有二千多人被捕。根据蒋介石的指令，广西、江苏、浙江、福建、四川等省亦相继“清党”，白色恐怖笼罩了蒋、桂军阀控制的地区。
4月17日，以汪精卫为首的武汉国民党中央下令开除蒋介石党籍，免去他本兼各职，“着全体将士及革命民众团体拿解中央，按反革命罪条例惩治”。4月18日，蒋介石在南京另立国民政府和国民党中央党部，与武汉的国民政府和国民党中央党部相对抗，这样，便出现了宁汉分裂的局面。
“四·一二”反革命政变后，宁汉同时存在两个相对立的政权。武汉国民政府受到四面军事包围和经济封锁，汪精卫、唐生智等认为继续北伐，与冯玉祥会师中帮，再北联阎锡山共讨奉张，最后解决宁汉对立问题较为有利。1927年4月19日，武汉北伐军在武昌南湖誓师，以唐生智为总指挥，分三路进行北伐。
蒋介石建立南京国民政府以后，受到北方孙传芳残部及直鲁联军的威胁，蒋介石为了解除北方的威胁，以及想先于武汉北伐军抢占交通要道和军事重镇，也决定进行北伐。1927年5月1日，蒋介石制定了三路渡江北伐的计划：第一路军总指挥为何应钦，率部由镇江攻扬州，直趋淮海；第二路军总指挥由蒋介石亲自兼任（白崇禧代理），陈调元为前敌总指挥，担任津浦铁路正面作战；第三路总指挥为李宗仁，率部由芜湖渡江袭击北面之敌。此外，海军舰队司令陈绍宽亦率军舰七艘相机作战。
6月1日，武汉北伐军与冯玉祥部会师郑州。6月2日，占领开封。奉军全部撤出河南。唐生智会见冯玉祥，希望联冯倒蒋。而冯玉祥主张停止宁汉之争，共同北伐。6月10日，汪精卫等与冯玉祥召开郑州会议，决定北伐军一律撤回武汉，河南让与冯玉祥。
与此同时，南京北伐军亦节节胜利。6月2日，第三路前敌总指挥王天培占领了徐州，其他各部也相继推进到陇海路南侧苏北皖北一带，直鲁联军退守山东。6月20日，蒋介石、李宗仁、白崇禧邀冯玉祥举行徐州会议。蒋介石极力拉拢冯玉祥，当冯玉祥到徐州时，蒋介石亲自到黄口车站远迎，立即馈赠五十万硬币犒军，并一再表示“继续北伐”。冯玉祥对蒋介石产生了好感。6月21日，蒋冯联合发出通电，“决定清党及贯彻北伐大计”；攻击武汉地区的工农运动；呼吁宁汉“通力合作”。
“四·一二”反革命政变后，汪精卫集团也加快了蜕变的进程，开始限制工农群众活动，打击共产党和国民党左派势力。5月21日，在三十五军军长何健的阴谋策动下，该军驻长沙第三十三团团长许克祥发动了反革命事变。武汉国民政府并没有对此事严肃查办，许克祥也没有得到应有的惩处。马日事变（因21日的电报代日韵目是“马”字，故称。）是武汉国民政府走向蜕变将与南京国政府合流的信号。7月15日，汪精卫集团终于公开宣布“分共”，背叛革命，发动了“七·一五”反革命政变，对共产党人和工农群众加以血腥屠杀。
“七·一五”反革命政变之后，蒋介石、李宗仁等通电欢迎武汉重要分子到南京“炳权”。但武汉的汪精卫、唐生智以国民党“正统”自居，力主倒蒋。8月，唐生智通电讨蒋，发兵进逼，沿长江两岸东进。蒋介石急令白崇禧率军回击武汉东征军，但白崇禧拒绝接受命令，反与不满蒋介石的分子谋划和武汉方面妥协，向蒋介石施加压力，其时，蒋介石亲临徐州作战，又惨遭失败，何应钦则与桂系串通，寻机向蒋介石发难。李宗仁为首的桂系集团，乘蒋介石的嫡系部队在外之机，武装控制了南京。蒋介石内外交困，不得不采取以退为进的办法解脱困境。
8月12日，蒋介石辞去总司令职，当晚离开南京去上海。13日在上海发表下野宣言，谓：“环顾四周情况，党国呈分裂之兆”，“然政治同志等不查真因，诽谤集余一人。余之存在既非党之利益，故余毫不踌躇，即刻下时。”同时提出武汉要员来宁，继续北伐，肃清共产党等三项条件。同日下午，蒋介石启程回奉化原籍。蒋介石下野之前，无端枪毙了第十军军长王天培，既推卸徐州战局失利的责任，也为自己被迫下野而泄愤。
由于蒋介石的下野，宁、汉双方暂取得和解。8月19日，武汉方面决定迁都南京。9月15日，国民党中央执监联席会议在南京召开会议，决定成立国民党中央特别委员会，接管宁汉两方政权。16日，特委会成立，改组国民政府，由谭延闓出任政府主席，汪精卫、胡汉民、李烈均、蔡元培、谭延闓为常务委员。17日，推定各部长、院长人选。至此，宁汉合流完成。
而蒋介石在奉化住了一段日子后，于9月29日携张群等人离开上海赴日本。10月3日，蒋介石与宋子文乘车前往神户的有马温泉，晋见在那里疗养的宋母倪桂珍，请其允许与宋美龄结婚。由于宋家与美国关系颇深，大姐宋蔼龄嫁给了中国的大富商孔祥熙，二姐宋庆龄和孙中山结婚，蒋介石出于政治上的考虑而向宋美龄求婚；而宋家同样是出于政治的目的，希望能得到蒋介石这位军事强人作为靠山，也同意将二十五岁的宋美龄嫁给四十岁的早有发妻及侧室的蒋介石。婚约成交之后，蒋介石在日本各地漫游了二十天，并会见了日本首相田中义一等。11月8日，乘船回上海。
蒋介石与宋美龄结婚前，先与发妻毛福美达成协议，蒋介石与毛福美离婚，离婚后仍让毛福美住在溪口蒋家老宅，保持丰镐房主人的地位，生活仍由他供给。从此，毛氏终日诵经念佛，把全部希望寄托在儿子蒋经国的身上。1938年农历11月2日，毛氏被日本飞机炸死于溪口。对于侧室姚怡诚，蒋介石安排她移居苏联，仍保持蒋纬国的养母身份。1949年，姚怡诚随蒋纬国去了台湾。对于另一侧室陈洁如，蒋介石送给她十万大洋，要她到美国“深造”。陈洁如被迫赴美后，苦修英文，获哥伦比亚大学硕士学位。回上海，守着女儿蒋瑶光，终身未再嫁。六十年代移居香港，1971年病逝。
12月1日，蒋介石和宋美龄在上海举行了婚礼。婚礼分两次进行。首先在西姆路宋家的宅邸里举行了基督教式的婚礼，由中国基督教青年会全国协会总干事余日章担任司仪。接着去大华饭店，蔡元培、余日章为证婚人，谭延闓 、何香凝、王正廷为介绍人，参加者达一千三百多人，其中有英、法、日、美等国的上层人物及外交官。蒋介石在婚礼上发表了《我们的今日》，称“我们的结婚，可以给中国旧社会以影响，同时又给新社会以贡献”。蒋宋联姻，它既使蒋介石通过宋氏家族和美国牢牢地联系在一起，同时又使中国的买办财团和军事独裁者稳固地结合在一起，还使蒋介石与孙中山的家庭连结成一体。
在蒋介石下野期间，宁、汉、沪（西山会议派）合流，9月16日，成立了国民党中央特别委员会，行使中央职权，三方共推举32人为特委会委员，其中汪派占少数，大权落入桂系和西山会议派手中。武汉方面的汪精卫不仅没当上“正统”领袖，反而在宁、沪两方的联合反对下，被迫通电下野。汪精卫回到武汉，联合唐生智，成立了武汉政治分会，与特委会抗衡。桂系则以特委会的名义武力讨唐，打败了唐生智，占领了武汉，唐生智逃往日本。汪精卫不甘失败，拉拢张发奎的第四军跑到广州，成立了广州国民党中央，出现了宁粤对立的局面。
以李宗仁、白崇禧为首的桂系集团，本想趁蒋介石下野独揽大权，但是南京方面的党政班底仍为蒋介石的部属，桂系无法控制，反而陷入困境。11月22日，南京召开“庆祝讨唐胜利大会”，蒋介石指使陈果夫策划枪击游行队伍事件，事后嫁祸于西山会议派，使西山会议派声名狼藉。
蒋介石看到时机成熟，便积极进行复职活动。他首先联合汪精卫，电邀汪精卫来沪商讨统一问题，借此打击桂系和西山会议派。桂系怕蒋汪联合对付自己，便建议宁、粤、蒋三方在上海举行国民党二届四中全会的预备会议。在会议上，汪精卫为了摆脱不利地位，抢先提出请蒋介石复职。当时冯玉祥和阎锡山正遭到张作霖的猛烈进攻，也电吁蒋介石复职，继续北伐。桂系和西山会议派已处于孤立，只好随声附和。蒋介石复职已成定局后，他又利用中共在广州起义的事件打击汪精卫，说汪精卫与共产党联合搞暴动，汪精卫被迫离开上海，再次亡命法国。不久，蒋介石又逼走国民党元老胡汉民，为他重拿大权扫清道路。
1928年2月，国民党二届四中全会在南京召开，蒋介石当选国民政府军事委员会主席、国民革命军总司令、国民党中执委常委、组织部长和中央政治会议主席。这样，蒋介石又一次将国民党的党政军大权集中到自己手中。
蒋介石复职之后，即着手进行国民政府的第二次北伐。2月15日，蒋介石在徐州召开军事会议。次日，蒋介石与冯玉祥、阎锡山相会于开封，决定组成四个集团军，以蒋介石、冯玉祥、阎锡山、李宗仁分任第一、二、三、四集团军司令，蒋介石为总司令。
蒋介石的第一集团军，主要是蒋介石的嫡系部队，下辖四个军团、总预备队、后方警备部队直辖部队。第一军团总指挥为刘峙，下辖刘峙、缪培南、顾祝同、杨胜治四个军；第二军团总指挥为陈调元，下辖曹万顺、陈焯、陈调元三个军；第三军团代总指挥为方鼎英，下辖谷正伦、张克瑶、夏斗寅三个军；第四军团总指挥为方振武，下辖阮玄武、鲍刚、马文德、高桂滋四个军；总预备队总指挥为朱培德，下辖王均、金汉鼎两个军及熊式辉、刘士毅两个独立师；后方警备部队司令为钱大钧，下辖钱大钧、方鼎英、谢文炳、任应岐四个军；第一集团军直辖部队有警卫军（司令官陈诚）五个团，炮兵（司令官樊煦）两个团；此外，有铁甲车部队（司令官屠金声），航空部队（司令官张静愚），兵站（司令官黄振兴）等。
1928年4月5日，蒋介石在徐州誓师，4月9日下达总攻击令，各集团军同时出动。蒋介石的第一集团军沿津浦路北上；李宗仁指挥第四集团军沿京汉路北上；冯玉祥指挥第二集团军在鲁西、直南策应京汉和津浦线；阎锡山指挥第三集团军攻打石家庄再转攻京津。
5月1日，蒋军攻取济南。5月3日，日军制造“济南惨案”，阻止北伐军北进。蒋介石穿着衬衣，狼狈逃出济南。为避免与日军冲突，蒋介石决定绕道北上。孙传芳战败通电下野，残部投降。张作霖眼看无法抵抗，于6月3日率文武官员离京出关，6月4日在皇姑屯被日军炸死。6月8日，阎锡山在保定就任京津卫戍司令。6月12日，南京政府任命张荫梧、傅作义为京、津警备司令。6月15日，南京政府发表宣言，宣布“统一”告成。
7月6日，蒋介石、冯玉祥、阎锡山、李宗仁等在北平开会，到西山碧云寺孙中山灵前举行“北伐完成祭告典礼”。蒋介石主祭，冯、阎、李襄祭。奏哀乐，施礼，开棺盖，瞻仰总理遗容。河北省政府主席商震宣读国民党中央执行委员会和蒋介石的祭文，称“统一大业完成”。次日，北平各界在天安门前举行北伐胜利祝捷大会。
北伐奉张的成功，是国民党新军阀暂时联合，共同对敌的结果。奉系军阀退出关外，尤其是1928年底张学良东北易帜之后，国民党新军阀之间尤其是蒋介石与其他军阀之间的矛盾很快又产生和激化。
1929年1月，蒋介石在南京召开了“编遣会议”，决定将现有的八十四个军，计二百七十二个师，裁减为六十五个师，六十万人。蒋介石以中央政府的名义强调“统一”和“集中”，要求各集团军“奉还大政”、“任命中央”，企图削弱蒋系“中央军”以外军阀实力派，但立即遭到各派的反对。
1929年2月，桂系利用蒋系将领鲁涤平与唐生智旧部何健的矛盾，以武汉政治分会的名义，撤免鲁涤平的湖南省政府主席兼第十八师师长的职务，任命何健为湖南省主席。与此同时，桂系叶琪的第九师、夏威的第七军向长沙进兵。3月26日，以蒋介石为首的南京政府下命免去李宗仁、李济深、白崇禧本兼各职及永远开除党籍。同时，蒋介石下命讨伐李宗仁等。“湘案”（也称鲁案、湘变）成了蒋桂战争的导火线。
为了消灭日渐强大的桂系集团，蒋介石利用“湘案”借机发难。他起用唐生智，让其策动旧部李品仙、廖磊等脱离桂系。他又借解决“湘案”为名，将国民党广州政治分会主席，广东省主席和第八路军总指挥的李济深骗到南京，3月21日将李济深囚禁于南京东郊之汤山，从而拆散了两广联盟。3月26日，蒋介石组成“讨逆军”，自兼总司令，何应钦为参谋长，朱培德、刘峙、韩复榘分任一、二、三路军总指挥，大举讨伐桂军。4月3日，被蒋收买的桂系将领李明瑞在孝感地区阵前倒戈，反桂投蒋，桂军全线动摇。4月21日，桂系将领胡宗铎、陶钧、夏威放弃武汉败逃后联名发表通电，表示服从中央。蒋军解决了桂系在两湖的主力，直捣广西。湖南的何健，广东的陈铭枢、陈济棠，云南的龙云等助蒋攻桂。6月，蒋介石打败了桂系，收编了李宗仁的第四集团军，李宗仁、白崇禧、黄绍竑 通电下野，逃亡国外。
在蒋桂战争中，蒋介石以给行政院长职和两湖地盘为条件，引诱冯玉祥出兵助己。蒋桂战争结束后，蒋介石不但没有履行对冯的诺言，反而积极进行讨冯军事部署。5月中旬，冯玉祥在华阴召开会议，决定武装反蒋，自任护党护国军西北路总司令。冯军行动开始，蒋介石先后收买策动韩复榘、石友三、刘镇华、杨虎城、马鸿逵等部叛冯附己。5月22日，蒋介石下令讨冯，接着宣布开除冯玉祥党籍，下令通辑。5月27日，冯玉祥通电下野。同年8月，蒋介石召开编遣实施会议，欲强行削弱各地方实力派的兵力。冯玉祥与阎锡山结成联盟，决定武力讨蒋。10月10日，西北军将领宋哲元等27人通电蒋。10月11日，蒋介石下讨伐令，亲自率部讨伐冯、阎。正当蒋冯两军激战之际，阎锡山却违背诺言，按兵不动。12月1日，冯军被迫退到潼关以西。蒋冯两次军事冲突，蒋介石都取得胜利。
曾经拥汪反蒋的张发奎，在蒋桂战争中被蒋介石起用，任为第一路追击司令。1929年9月，张发奎再次反蒋，率部进入广西，联系桂系发动护党运动，任护党救国军第三路总司令，后与桂系组成张桂联军。12月，蒋介石派何应钦率部将其击败。
原为冯玉祥部将的石友三，在蒋冯冲突中被蒋介石收买。但蒋介石对石友三处处防范和限制，石友三便暗中与唐生智紧密谋反蒋，参与改组派发动的护党救国运动，任护党救国军第五路军总指挥。蒋介石获马鸿逵告密，下令将石友三部从安徽调往广东，名为支援陈济棠攻打桂系，实则密谋在途中加以歼灭。石友三获悉，遂于1929年12月通电反蒋，炮击南京，爆发了蒋石之战。石友三战败后投靠阎锡山，反过来在阎锡山指挥下又去打唐生智。
蒋介石见唐石联盟破裂，转而主攻唐生智。唐生智被桂系打败后，依附蒋介石。但蒋介石对他十分猜忌，多方防范。唐生智又暗中与改组派联系，任护党救国军第四路军总指挥。1929年12月，唐生智在郑州通电反蒋，爆发了蒋唐之战。蒋介石在阎锡山等的协助下，击败唐生智。唐生智逃往天津租界隐居，残部被蒋、阎改编。
阎锡山本与唐生智、石友三秘密联合反蒋，但被蒋介石分化瓦解，助蒋攻打唐、石。当看到蒋介石把一个个对手击败之后，阎锡山知道自己将是打击的主要目标，于是，1930年2月，阎锡山与蒋介石展开了一场“电报战”，谴责蒋介石的武力统一政策和个人独裁统治。3月，阎、冯、桂三集团结成了以阎锡山为中心的反蒋联盟。4月，阎、冯、桂起兵反蒋，规模空前的中原大战爆发。5月1日，蒋介石发表讨伐阎、冯誓师词，并调集4个军团部署在津浦、陇海、京汉线上。5月11日，蒋介石在徐州下达总攻击令。在中原大战期间，蒋介石依靠美、英及江浙财团的支持，利用反蒋各派间的矛盾，使用金钱收买和分化瓦解的政治策略，逐步取得军事上的优势。9月18日，张学良在蒋介石的拉拢下，发表了拥蒋通电，接着派12万军队入关。11月初，阎锡山、冯玉祥宣告失败，通电下野，桂系退回广西，中原大战结束。
中原大战，蒋介石打败了他的主要对手，使阎、冯、李失去了与之争雄的实力。从此，蒋介石及其中央军控制了中国的军政舞台，使蒋介石能够实行长期的独裁统治。
中原大战之后，蒋介石的对手或被消灭，或实力大损，已难以和蒋介石进行军事上的较量。然而，蒋介石要实行独裁统治，却又不是一帆风顺的。
1930年10月，蒋介石致电国民党中央党部，提出立即召开国民会议，制订训政时期约法，由蒋介石出任总统，把五院院长统一置于总统管辖之下。但这一主张，遭到了国民党元老、立法院院长胡汉民的抨击。11月，国民党召开三届四中全会。蒋、胡在会上围绕国民会议应否制定约法而发生的激烈的争吵。胡汉民虽然同意召集国民会议，但认为国民会议无权代替国民大会制定约法，激烈抨击蒋介石擅制约法的独断专横的行为。蒋介石也引典反驳胡汉民。双方相持不下，会议最后只通过了召开国民会议的日期，而对是否制订约法则只字不提。会后双方又开始了争夺国民会议代表席位的角逐，胡汉民占了上风。为此，蒋介石先派吴稚晖劝胡去“休养”，遭到拒绝后，蒋介石便于1931年2月28日将胡汉民扣留。3月1日，胡汉民被迫提出辞呈，并被软禁于南京东郊之汤山。事后蒋介石移胡汉民是“引咎辞职”，改选林森为立法院长。3月2日，国民党举行常委会议，蒋介石不顾胡汉民派系的抗议，组成十一人的约法起草委员会，并于5月5日在南京召开了国民会议。会上通过了《训政时期约法》，从而结束了蒋胡之间的约法之争。
蒋介石扣押胡汉民之后，国民党内部矛盾尖锐起来，粤派要员纷纷离宁赴穗，汪精卫等人乘机活动指责蒋介石。1931年4月，邓泽如、林森、萧佛成、古应芬四位监委正式提出《弹劾蒋中正案》。两广方面的陈济棠、陈策、李宗仁、张发奎等人相继通电响应，限令蒋介石在48小时内下野。5月27日，胡汉民派、汪精卫派、孙科派、西山会议派和两广军人陈济棠、李宗仁等，联合在广州成立了中央执监委非常会议，28日成立了国民政府，公然与蒋介石的南京政府相对峙，形成了宁粤分裂的局面。
1931年“九·一八”事变爆发，由于蒋介石实行不抵抗政策，致使东三省沦入敌手，全国人民群情激愤，反蒋派更乘机谴责蒋介石。12月10日，孙科提出要蒋介石在20日前下野，否则四届一中全会就在上海举行。面对来自各方的压力，蒋介石只好以退为进，准备下野。在下野之前，为了日后东山再起，他进行了一系列的谋划和安排。首先他安插亲信，任命顾祝同、鲁涤平、熊式辉、邵力子为江苏、浙江、江西、甘肃省的主席。其次是唆使财政部长宋子文辞职，拿走重要档案，遣散部员，使财政部工作陷于瘫痪，再者是策划建立特务组织复兴社，由黄埔军校毕业生贺衷寒，康泽、滕杰、邓文仪、桂永清、戴笠等亲信负责。还有，趁下野之前，蒋介石于11月29日将国民党左派首领邓演达枪杀。
1931年12月15日，蒋介石发表下野通电，宣布辞去国民政府主席、行政院长、陆海空军总司令等本兼各职。随后，携宋美龄回到奉化溪口老家。12月29日，南京国民政府改组为合议制，由林森出任国民政府主席，孙科为行政院院长，张继为立法院院长，伍朝枢为司法院院长，戴季陶为考试院院长，于右任为监察院院长。由于蒋介石还有汪精卫、胡汉民均躲在幕后操纵所属势力左右政局，孙科政府无法行使职权，内外交困，不足一个月便夭亡了。于是孙科及朝野上下又呼吁蒋介石、汪精卫、胡汉民出山，希望三巨头合作执政。
蒋介石看到东山再起的时机已到，采取拉汪排胡的政策，以便重新夺回大权。1932年1月，蒋介石和汪精卫在杭州多次密谈，进行政治分赃，由汪主政，蒋主军，蒋汪全伙主党。1月25日，孙科宣布辞去行政院长职务。1月28日，蒋汪联合主持召开中央政治会议，改组南京国民政府，汪精卫继任行政院长。3月1日，国民党召开四届二中全会。经汪精卫提议，推举蒋介石任军事委员会委员长，使蒋介石获取了国民党的整个军事大权。由于汪精卫手中无兵，并无实权，蒋介石又成为实际上的专制独裁者。
1927年“四·一二”及“七·一五”反革命政变以后，国共合作破裂，大革命失败，中国共产党发动了南昌起义、秋收起义和广州起义，毛泽东、朱德等率部起义队伍上井岗山，建立了中央革命根据地。之后，湘鄂西、鄂豫皖等革命根据地相继建立。蒋介石当时正忙于与其他军阀混战，无暇顾及红军的壮大。中原大战之后，蒋介石调集兵力，先后五次向中央、湘鄂西、鄂豫皖及其它革命根据地发动“围剿”。
1930年12月，蒋介石出兵十万，以鲁涤平为总司令，张辉瓒为前敌总指挥，向中央革命根据地发动第一次“围剿”，结果，被歼、俘虏万余人，张辉瓒也当了俘虏。
1931年2月，蒋介石以何应钦为南昌行营主任，出动二十万人马，向根据地发动第二次“围剿”，结果，被歼三万余人，一败涂地。
1931年6月，蒋介石自任总司令，以陈诚、罗卓英、赵观涛、卫立煌、蒋鼎文等嫡系部队为主力，出动三十万人，对革命根据地进行第三次“围剿”，历时两个半月，结果，也是损失三万余人而告失败。
1933年1月，蒋介石集中五十万兵力，以何应钦为总司令，陈济棠为副总司令，陈诚为前敌指挥，对革命根据地进行第四次“围剿”，历时五十天，结果，被歼三个精锐师，损失万余人。事后，蒋介石伤心地说，自带兵打仗以来，从来没有这样的失败过。
1933年9月，蒋介石调集一百万兵力，二百架飞机，采取“持久作战，步步为营，堡垒推进”的策略，对中央革命根据地发动了第五次“围剿”。由于敌我双方兵力悬殊，加上中共领导人王明、博古及军事顾问李德的错误指挥，红军坚持作战一年多，终于在1934年10月中旬，被迫离开江西等地，开始了长征。
蒋介石调集部队进行围追堵截，试图将红军消灭在长征路上。他亲自飞到贵州，飞到云南，飞到四川，指挥中央军和地方军阀对红军作战，但一一遭到失败。中央红军于1935年10月到达陕北，建立了陕北革命根据地。
除了对革命根据地的“围剿”，对于抗日的部队，蒋介石进行破坏和打击。1932年1月28日，日军进攻上海，蔡廷锴、蒋光鼐、戴戟等指挥第十九路军奋勇抗敌，蒋介石不仅不支持十九路军作战，反而加以限制、破坏，并于5月5日，与日方签订了“淞沪停战协定”，出卖了中国的主权。淞沪抗战后，蒋介石把十九路军调往福建“剿共”。蔡廷锴等不愿与红军作战，于1933年11月发动了“福建事变”，在福州建立了“中华共和国人民革命政府”，粤系将领蔡廷锴、蒋光鼐、戴戟、李济深、陈铭枢、黄琪翔、邓世增等参与了这次事变。蒋介石调派十五个嫡系师，由张治中、卫立煌、蒋鼎文率领，兵分三路，合围福建，镇压了这次事变。
1936年6月，两广实力派军人陈济棠、李宗仁、白崇禧等，以抗战为名，发动了反蒋的“两广事变”。早在1931年5月蒋介石第二次下野之前，胡汉民等与两广军人另立中央与国民政府，与南京对抗。1936年5月，胡汉民病死，蒋介石趁机分裂两广联盟，陈济棠联合李宗仁、白崇禧打起“抗日救亡”的旗帜，公开反蒋，与之抗衡。蒋介石一方面调兵镇压，一方面发动“银弹”攻势，大肆收买粤军将领，分化粤军。6月9日，粤军主力第一军军长余汉谋通电“拥护中央”。7月4日，陈济棠的空军司令黄光锐率飞机数十架投蒋。陈济棠被迫于7月18日下野香港。陈济棠垮台后，李宗仁即从广州返回南宁。蒋介石调动大军进逼广西，李宗仁也动员十万兵力准备作战。由于全国上下一致反对，并经冯玉祥等人反复调停，蒋、李双方于9月达成协议，蒋介石接受李、白抗日救国的建议，两广事变和平解决。
蒋介石虽然接受了李、白的抗日救国的建议，但并无真心抗日，他念念不忘的是剿灭共产党和红军。两广事变解决后，蒋介石即于10月飞往西安，督促张学良、杨虎城进攻陕北红军，导致了西安事变的爆发。
1931年“九·一”事变后，蒋介石不准张学良抵抗日军的侵略，十余万东北军被迫撤出关外。其后，蒋介石又将东北军调往陕西，联同西北军杨虎城等部“围剿”陕北革命根据地。但张、杨在中共的感召下，出于民族大义，和中共签订了停战协定，主张团结抗日。
张、杨的态度使蒋介石十分恼怒，1936年10月，蒋介石飞抵西安亲自督战，并调其嫡系蒋鼎文等部到陕西来监视东北军和西北军。在洛阳过完五十岁生日后，蒋介石于12月4日又飞到西安，以临潼华清池作为“行辕”，逼迫张、杨服从他的“剿共”命令。随蒋介石一起到西安的，还有陈诚、朱绍良、蒋鼎文、卫立煌、蒋百里、邵元冲、钱大钧等南京大员。
被蒋介石逼得没有办法的张学良，先是向蒋介石再三“劝谏”，继而“哭谏”，最后不得已，联合杨虎城实行“兵谏”。12月12日，张学良、杨虎城发动了西安事变，蒋介石被活捉，邵元冲被击毙，钱大钧负枪伤，其他随员陈诚、朱绍良、卫立煌、蒋鼎文等也被拘捕。
西安事变发生后，国民党内部，何应钦等主张武力讨代张、杨；宋美龄、宋子文等则主张和平解决，以维护蒋介石的地位。12月14日，宋美龄请曾先后当过蒋介石和张学良顾问的澳大利亚人端纳乘飞机到西安，将南京的情况告知蒋介石，蒋介石同意派宋子文来西安商谈，并派蒋鼎文飞回南京制止何应钦的讨伐行动。12月17日，周恩来率中共代表团抵达西安，协助张、杨逼蒋抗日，和平解决西安事变。12月23日，三方开会商谈，周恩来提出中共和平解决西安事变的六项主张：停战，撤兵至潼关外；改组国民政府，排除亲日派，加入抗日分子；释放政治犯，保障民主权利；停止剿共，联合红军抗日，召开各党各派各界各军救国会议；与同情抗日国家合作。12月24日晚，蒋介石作出六项承诺。12月25日，张学良送蒋介石回南京，西安事变和平解决。
西安事变成为时局转换的枢纽，结束了中国长期军阀混战的局面，国共两党的内战亦基本结束，给国共两党再次合作建立了必要的前提。蒋介石虽然背信弃义囚禁了张学良，但西安事变后，他毕竟从反共到联共，从不抗日到抗日，时势把他推到了中国抗日的领袖地位上。
1937年2月，国民党召开了五届三中全会。会议确定了与共产党重新合作和抗日的政策。7月7日，卢沟桥事变爆发，日军大举入侵华北，中国守军宋哲元部顽强抵抗。7月29日，北平沦陷；30日，天津失守。至此，蒋介石下定决心“决战”，认为“现已到最后牺牲关头，已无和之可言”，又说：“现在，和平既然绝望，只有抗战到底。”8月20日，国民党军事委员会将南北战场划分为五个战区。大敌当前，曾经混战多年的国民党各派军阀在抗日的旗帜之下终于联合起来，共同对敌。8月22日，蒋介石同意将红军改编为国民革命军第八路军（9月11日改称为第十八集团军），朱德、彭德怀分任正、副总指挥。10月12日，正式承认华中华南的红军改名为新四军，叶挺、项英分任正、副军长。从此，国共两党共同投入到民族抗战之中。
抗日战争初期，蒋介石及其李宗仁、白崇禧、卫立煌等将领组织、指挥和参与了不少重大的战役：
太原保卫战。1937年9月底，日军南下直迫太原。中国第二战区司令长官阎锡山调集16个师兵力会同八路军进行防御会战。10月中旬，板桓征四郎率5万日军发起进攻。中国军队在奋起抵抗，在忻口、娘子关等战线与日军展开血战，至11月9日撤出太原。
南京战役。1937年11月，日军占领上海后分三路向南京进犯。南京卫戍司令唐生智率十余万兵力守卫南京。12月初，双方展开激战，伤亡惨重。12月12日，唐生智奉蒋介石令弃城突围。次日，南京失陷。日冠进行了南京大屠杀。
台儿庄战役。1938年1月，日军沿津浦线南北对进，企图占领战略枢纽徐州，打通津浦线。蒋介石调集大军在第五战区司令长官李宗仁指挥下于徐州外围进行会战。3月下旬，战役打响，双方展开血战。4月3日，中国军队发起反攻。4月6日，日军后撤，中国军队取得战役胜利。是役共歼敌一万余名，取得了抗击日军的重大胜利，振奋了全国人民的抗战意志。
武汉会战。1938年6月，日军35万人在华中派遣军司令烟俊六指挥下分三路合围武汉。蒋介石集中129个师、110万兵力进行防御。其中第五战区李宗仁部负责长江以北防务，第三战区顾祝同部防守湖口以东的江南地区，第九战区陈诚部防守武汉以东的江南地区。6月上旬，至10月24日，蒋介石下令放弃武汉，次日，武汉失守。
抗战初期，虽然中国军队进行了奋勇的抵抗，但由于蒋介石实行的是片面抗战路线和单线军事防御的战略方针，使国民党军队节节溃败。仅一年又三个月的时间，中国的七大城市——北平、天津、上海、徐州、南京、广州、武汉均沦入日军之手。此外，蒋介石的一些错误指令，也给人民带来了极大的灾难。1938年6月5日，开封沦陷，郑州危急。6月9日，蒋介石为阻止日军前进，炸开了郑州以北花园口的黄河大堤，使豫皖苏三省三千多平方公里的田园尽成泽国，数十万人被淹死。而这，并未能阻止日军的前进。1938年11月12日，长沙警备司令 悌根据蒋介石的密令，实行焦土抗日，日军未至便纵火焚毁长沙，大火燃烧三日，烧死二万余人。11月20日，蒋介石为了平息民愤，在长沙枪决了 酆 悌、徐昆、文重孚三人。
11月20日，蒋介石在衡阳南岳召开军事会议，部署第二期抗战，制定了指导方针，提出：“连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人，策应敌后之游击队，加强敌后方之控制与扰袭，化敌人后方为前方，迫敌局促于点线，阻止其全面统治与物资掠夺，粉碎其以华制华，以战养战之企图；同时，抽出部队轮流整训，强化战力，准备总反攻。”根据已经变化的战场形势，蒋介石重新调整战区：第一战区，司令长官卫立煌，辖河南及安徽之一部；第二战区，司令长官阎锡山，辖山西及陕西一部；第三战区，司令长官顾祝同，辖苏南皖南及闽浙两省；第四战区，司令长官张发奎，辖两广；第五战区，司令长官李宗仁，辖皖北鄂北及豫南；第八战区，司令长官朱绍良，辖甘宁青及绥远之一部；第九战区，司令长官蒋鼎文，辖陕西。苏鲁战区，总司令于学忠，辖苏北及山东之一部；冀察战区，总司令鹿钟麟，辖冀察方面。
此后，蒋介石主要坐镇陪都重庆，指挥了一些较大的战役，如华南战役、桂南战役、随枣战役、中条山战役、鄂北战役、豫南战役、三次长沙会战、浙赣战役、豫湘桂战役等。此外，1942年3月，蒋介石还派罗卓英任中国远征军总司令，率军入缅甸协助英军抗日，打通了滇缅公路和中印公路。
然而，随着日本帝国主义在1939年后改变战略方针，把对国民党政府以军事打击为主改为对蒋介石诱降及将主要兵力移向解放区战场，蒋介石在抗战的同时也进行反共活动，掀起了一次次反共高潮，派出大军包围陕甘宁边区，不断与八路军、新四军搞武装磨擦。1940年底蒋介石命令新四军渡江北移。1941年1月6日，新四军九千人北移至皖南茂林地区，遭到受蒋介石密令的顾祝同所属上官云相等八万人的包围袭击，几乎全军遇难。“皖南事变”发生之后，蒋介石反而宣布新四军为“叛军”，将军叶挺交付“军法审判”。
八年抗战中，蒋介石注意保存其嫡系中央军的实力，尤其在战争的中、后期，在正面战场上与日军交战的，主要是共产党的八路军、新四军以及国民党的桂、川、滇、粤等“杂牌军”，他的几十个美式机械化师，远在滇西、缅北的崇山峻岭之中。
1945年5月8日，德国法西斯宣布无条件投降。苏联及美英盟军加入大规模对日作战。中国军队也在各个战场展开战略大反攻。日本法西斯在中国人民和世界反法西斯力量的沉重打击下，人力、物力、财力消耗殆尽。8月15日，日本天皇裕仁正式宣布无条件投降。9月2日，日本外相重光葵和日军参谋长梅津美治郎，代表日本天皇、政府和大本营在东京湾美军旗舰“密苏里号”上，向同盟国代表（中国代表为徐永昌）正式签署了无条件投降书。9月9日，日本的中国派遣军总司令官、陆军大将冈村宁茨，在南京向中国政府代表、陆军上将何应钦签署了无条件投降书。至此，中国的抗日战争胜利结束。
国民党内部派系斗争纷乱复杂，而蒋介石嫡系内部也并非铁板一块，同样是派别林立，山头众多，彼此争斗不息。蒋介石不仅无法遏止各种派别的形成，反而有意无意地扶植这一派来抗衡另一派，以保住自己最高的统治地位。由于蒋系之中大大小小的派别很多，无法一一叙述，在此，我们加插一节谈谈何应钦、陈诚、胡宗南、汤恩伯这蒋系中的四大派别。
何应钦，字敬之，贵州兴义人，1889年生。何应钦早年就读贵阳陆军小学，武昌陆军第三中学。1909年秋，与谷正伦（贵州安顺人）等被保送日本，入振武学校、陆军士官学校，加入同盟会。1911年曾回国参加辛亥之役，在沪军都督府陈其美手下任职，认识了蒋介石。1915年学成回国后，在王文华黔军第一师任团长。1916年4月，何应钦与贵州督军刘显世之外甥女、王伯群、王文华之胞妹王文湘结婚。之后，何应钦升黔军第五混成旅旅长，并创设了“少年贵州会”，自任会长，联合王文华准备推翻刘显世，夺取贵州政权。1920年，王文华指挥部下推翻了舅父刘显世，而自己在上海被刺身亡，贵州局面陷于群龙无首的状态。何应钦企图与王伯群重建贵州政权，但此时谷正伦乘机发兵入贵阳，限令何应钦即日离黔。何应钦被迫交出兵权，流亡昆明。然而，何应钦到昆明不久，又被贵州守旧派买凶杀伤，身中两枪，险些丧命，其后，何应钦走避上海等地活动，但无所作为。
1924年，孙中山在广州建立黄埔军官学校，蒋介石任校长，何应钦以与蒋介石同过学、共过事的关系，进入了黄埔军校，并出任少校总教官。刘峙、顾祝同、钱大钧、蒋鼎文、陈继承等都是他属下的军事教官，这批人后来都成为蒋介石嫡系的重要将领，同时，也是何应钦的亲信心腹。
何应钦以黄埔军校开始发迹，以后历任黄埔军校教导第一团团长、国民革命军第一军第一师师长，第一军军长兼北伐东路总指挥、国民革命军陆海空军总司令部参谋长、陆军训练总监、军政部长、行营主任、军委会北平分会委员长、参谋总长兼军政部长、抗日战争时任中国战区陆军总司令等。在国民党的军政界，何应钦已到了“位极人臣”的地位，甚至有蒋何并称。
何应钦虽然是拥蒋起家，然而，当他执掌大权以后，他便极力培植自己的势力，形成自己的派系，刘峙、顾祝同、钱大钧、蒋鼎文是他的手下“四大金刚”，位居集团军总司令、行营主任、战区司令长官等职务。在合适的时机，何应钦还敢向蒋介石下手。例如1927年夏，汪精卫、唐生智通电讨蒋，发兵进逼南京，何应钦则串通桂系，利用蒋介石在徐州战败而发难，实行“逼宫”，迫使蒋介石下野。1936年12月，蒋介石在西安被张学良、杨虎城扣押，何应钦力主以武力讨伐张、杨，解决“西安事变”，实则置蒋介石性命于不顾，想趁此机会取而代之。他组织了两路讨逆军，以刘峙、顾祝同为总司令，并与王伯群密商党、政的新人选。由于西安事变的和平解决，何应钦的美梦化为泡影。
对于何应钦的所为，蒋介石自然含恨在心，但为了巩固黄埔系的势力，未便公然发泄而加以宽忍。为了遏制何应钦派的势力扩张，蒋介石极力扶助陈诚与之抗衡。
陈诚，字辞修，浙江青田人，1898年生。1917年毕业于省立第十一师范学校。1919年考入保定军校第八期炮科。1922年毕业后，在浙军中任职。同年底，邓演达到上海招收军官，在广州大本营组建粤军，陈诚私自报名，随邓演达南下广州，任副官、连长等。
1924年6月，黄埔军校正式成立，陈诚被调入该校，任副官、炮兵教官、炮兵连长、参加了两次东征，立有战功，并得到蒋介石的赏识。北伐战争时，升任第二十一师第六十三团团长。攻下南京后，升任第二十一师副师长兼六十三团团长。“四·一二”政变后，陈诚追随蒋介石，历任第二十一师师长、南京警备司令、第十一师师长、第十八军军长。第十八军是陈诚军事集团的基础，他属下的主要将领有周至柔、罗卓英、胡琏、高魁元、尹俊、阙汉骞、戴朴、叶佩高、吴仲直、刘云瀚、彭战存等。1931年底，第十八军已扩充到五个师，二十九个团，成为蒋介石嫡系中的主力。也是在1931年底，蒋介石将干女儿谭祥（谭延闓 之三女）嫁给了陈诚，陈诚与蒋介石的关系更加紧密了。
此后，在蒋介石的提携和扶植下，陈诚更加青云直上，历任“剿匪”军中路军总指挥、第一路总指挥、宜昌行辕参谋长、武汉行辕参谋长、军政部常务次长、第四集团军总司令、抗日战争爆发后，陈诚的职位更加显赫，历任第十五集团军总司令、武汉卫戍总司令兼军委会政治部部长、湖北省主席、三青团中央团部书记长、第九战区司令长官、第六战区司令长官、中国远征军司令长官、第一战区司令长官、军政部部长等。陈诚的冒升以及陈诚军事集团的壮大，使他在国民党内部已成为一个举足轻重的人物，人称他是“蒋介石的替身”、“第二号人物”。其实力完全足以与何应钦抗衡，而陈诚又绝对忠于蒋介石，所以蒋介石对他们互相之间的争斗并不会过分担心，只是在闹得不可开交时才出面调解，平息事端。
陈诚虽然在黄埔军校任过教官，但说到出身，则属保定军校。因此，他独揽大权，自然会受到其他派系尤其是黄埔系的不满。蒋介石虽然宠爱和重用陈诚，但是，也培植了别的嫡系势力，以遏止陈诚派系的过分的壮大，这就胡宗南集团。
胡宗南，字寿山，号琴斋，浙江镇海人，1896年生。1915年，胡宗南在湖州吴兴中学毕业后，在考丰县高等小学任教。后与考丰人王微争夺小学校长位置失败，又遭到婚姻问题的打击，便于1924年春离家出走上海，得旧同学章旭初的资助，南下广州考上了黄埔军校第一期，当时，胡宗南已经二十八岁。
由于胡宗南谨小慎微，又是蒋介石的浙江同乡，很快得到蒋介石的赏识，北伐时，历任营长、团长，1927年3月攻克上海、南京后，胡宗南被蒋介石晋升为第一师少将副师长，成为黄埔系学生中第一个晋升将军的人。同年11月，胡宗南升任第一军第二十师师长，他又是黄埔学生中最早被提升为师长职务的。1930年，胡宗南出任第一师师长，该师下辖四个旅十三个团，是蒋军中最庞大的师，也是蒋介石最亲信的嫡系部队之一。后来胡宗南的黄埔系军事集团，就是从这个第一师发展起家的。
此后，胡宗南在蒋介石的大力持植下，历任第一军军长、第十七军团军团长、第三十四集团军总司令、第八战区副司令长官、第一战区司令长官，抗战胜利后，胡宗南出任西安绥靖公署主任，这时他已拥有李延年第三十四、陶峙岳第三十七、范汉杰第三十八和李铁军第二十九四个集团军以及其他部队，兵力合计四十余万，统治着除共产党控制的陕甘宁边区以外的西北诸省，成为了“西北王”。
胡宗南的用人标准是“黄、陆、浙、一”四个字，即必须是黄埔军校毕业的；陆军大学毕业的；浙江人；第一师的。后来又加上一个“七” 字，即中央军校第七分校（设在西安）毕业的。胡宗南还建立了自己的帮会组织——铁血团，主要成员是他的师、旅长以上高级军官，如李文、罗列、袁朴、赵龙文、盛文、钟松、周士冕、王微等。
胡宗南之所以飞黄腾达，除了蒋介石的培植之外，还与他能得到军统和戴笠的支持分不开。戴笠，字雨农，浙江江山人，1891年生。黄埔军校第六期毕业，后在胡宗南部任副官。胡宗南认为他有“异才”，把他推荐给蒋介石。1931年蒋介石第二次下野，授意一班亲信成立黄埔系的法西斯帮会组织，于是，胡宗南、贺衷寒、曾扩情、康泽、邓文仪、周复、戴笠、滕杰、酆 悌等组织了蓝衣社，胡宗南和戴笠都成为蒋介石手下的“十三太保”之一。1938年8月，蒋介石成立了特务组织国民党政府军事委员会调查统计局（简称军统），戴笠以副局长负全责。由此，戴笠亦成为蒋介石身边的大红人，与陈诚、胡宗南并称为蒋介石门下的“三鼎甲”。那时，国民党军队包括蒋介石嫡系部队的将领，提起军统和戴笠，无不谈虎色变。唯独胡宗南，因对戴笠有提携举荐之恩，戴笠对他只是隐恶扬善，处处吹捧，这也促使蒋介石对胡宗南愈益宠信。
由于胡宗南坐大一方，自成派系，常与陈诚在蒋介石面前争宠而弄得积怨很深。1940年，胡宗南就联合戴笠、贺衷寒、邓文仪等黄埔系干将，迫使蒋介石把陈诚的政治部部长、三青团中央书记长两个全国性的要职让出，由张治中继任，使陈诚受到一次不小的打击。1944年4月，蒋介石重划战区，陈诚争得了第一战区司令长官，胡宗南由第八战区副司令长官改任第一战区副司令长官，由陈诚节制，这对胡宗南来说，也是沉重一击。不过，在陈诚上任之前，胡宗南秘密召开军师长会议，商议拒陈策略，自己则上华山“养病”。陈诚到西安后，对胡宗南的部队根本指挥不动。7月，蒋介石又改任陈诚为军政部部长，将胡宗南升任第一战区司令长官。
汤恩伯，原名克勤，浙江武义人，1899年生。1920年毕业于杭州体专后，不务正业。蒋介石的心腹爱将陈诚、胡宗南、戴笠等都是黄埔军校师生，以杂牌军而成为蒋介石嫡系亲信的极少，而汤恩伯就是其中一个。1921年春，汤恩伯伴随同乡富商童乐勋赴日本留学。1922年3月入明治大学攻读政治经济学，后考入士官学校，1925年因经济拮据回国，后得浙军师长陈仪资助，得以再赴日完成学业。1927年回国，在陈仪部任职，时陈仪已依附蒋介石，经陈仪举荐，汤恩伯也一步步投靠蒋介石，历任教导二师第一旅旅长、第八十九师师长、第十纵队指挥官、第十三军军长。
抗日战争爆发后，汤恩伯率部北上作战，出任第二十军团军团长、第三十一集团军总司令，这第三十一集团军是汤恩伯军事集团的骨干和核心。1940年，国民党设立鲁苏豫皖四省边区总部，汤恩伯兼任总司令。此后几年间，汤恩伯没有指挥部队和日军打过一仗，而是盘据四省边区，极力扩充实力，横征暴敛，拥兵称王。汤恩伯不是黄埔军校出身，但他深知黄埔系即蒋系，因此他以黄埔系统奠定自己的人事基础，大量任用黄埔生，他手下的重要将领张雪中、陈大庆、关麟征、王仲廉、马励武等都出身于黄埔军校。不久，他便拥有第十五、第十九、第二十八、第三十一、第四十五共五个集团军，此外，还掌握了贺粹之第十二军、刘昌义暂十五军，顾锡九暂九军、李仙洲第九十二军，王毓文第九十七军，以及骑二军。除上述正规军，他又以陈又新为总指挥，将四省边区游杂部队编成八十多纵队，总兵力号称四十万之众。于是，汤恩伯踌躇满志，自封为“中原王”，成为继陈诚、胡宗南之后蒋介石的三张红牌之一。
汤恩伯当上“中原王”以后，目空一切，对辖区内的中下级官员随意撤换甚至杀害，位居河南省席的李培基、山东省主席的牟中珩、以及先后任江苏省主席的王懋功、韩德勤，也得看他的颜色行事。1940年冬，蒋介石及何应钦的亲信蒋鼎文到洛阳接任第一战区司令长官，做了汤恩伯的顶头上司，汤恩伯根本不把他放在眼内，两人一直明争暗头斗至1944年，汤恩伯最终占了上风。此外，汤恩伯盘踞中原四省边区，给人民带来深重的灾难，人们称之为“汤灾”，与当时发生的水灾、旱灾、蝗灾并称“水、旱、蝗、汤”四大灾害。他因杀人如麻，又有“汤屠夫”之浑名。
1944年4月，日军为打通从北平到南洋的大陆交通线，发动了豫湘桂战役，首先进攻中原，发动了中原战役。当时，汤恩伯和蒋鼎文之间仍在争权夺利，致使中原战役开始不到十天，蒋鼎文、汤恩伯掌握的四、五十万大军便一败涂地。蒋介石异常气怒，将两人撤职，由陈诚接任第一战区司令长官。汤恩伯的部队，则由陈诚和胡宗南吞并改编，而这又是受蒋介石所指使，主要原因，是汤恩伯做了中原王还不满足，还想学刘秀学曹操，发迹于中原而最后称帝，蒋介石当然要伺机削藩的。
在日本投降，抗战胜利之际，蒋介石立即忙于抢夺抗胜利的果实。在8月11日，蒋介石便下了三道命令：一是要解放区人民军队“就地驻防待命”，不得向敌伪“擅自行动”；二是要其嫡系部队“积极推进”，“勿稍松懈”；三是要伪军“切实维持地方治安”，“趁机赎罪”，抵抗人民军队受降。日本宣布投降后，蒋介石宣布将中国战区分为十六个受降区，任命卢汉、张发奎、汤恩伯、王耀武、胡宗南、阎锡山、顾祝同、刘峙、孙蔚如、余汉谋、薛岳、李品仙、孙连仲、李延年、傅作义、陈仪为受降主官，不许八路军、新四军受降。对投降的一百二十多万日军及其日本战犯，蒋介石又用“以德报怨”的政策，实质是达到与日合流的目的，“利用日本军队阻止共产党人”。冈村宁次等大批日本战犯，摇身一变成了蒋介石的军事顾问。对投降的六十多万伪军，蒋介石也“既往不咎”，实行收编。大汗奸周佛海、罗君强被委任为上海行动正、副总指挥，任援道被委任为南京先遣军总司令，门致中被委任为北平绥靖司令。伪军将领、集团军总司令庞炳勋、孙良诚、张岚峰、孙殿英、吴化文、郝鹏举，分别被委任为国民革命军第一、二、三、四、五、六路军总司令。
抗战胜利之后，蒋介石本想立即发动内战，消灭中国共产党及其人民武装，但鉴于全国人民迫切要求和平与民主，又鉴于大量国民党军队远在西北、西南，未能开赴到重要城市和交通干线，于是他打出“和平建国”的旗号，再三电邀延安毛泽东到重庆谈判，为全面内战争取准备时间。
中共为粉碎蒋介石的和谈阴谋，1945年8月28日，由毛泽东偕周恩来、王若飞等赴重庆谈判。蒋介石对谈判其实毫无准备，毛泽东的到来，反使他十分狼狈和被动。9月2日，谈判正式开始，毛泽东、周恩来、王若飞与国民党代表张群、王世杰、邵力子、张治中经过一个月的紧张商谈，于10月10日签署了《国民政府与中共代表会谈纪要》，即“双十协定”。10月11日毛泽东返回延安，留下周恩来、王若飞继续谈判。
在重庆谈判期间，蒋介石在美国的支持下，利用海、空运输力量，将大量武装部队运往东北、华北、江浙等地区，抢夺城市和交通线，并在接管区内大肆“劫收”。与此同时，蒋介石还密令部队，以“恢复交通”为借口，分路向解放区发动进攻，其中大规模的战役就有上党战役、察绥战役、邯郸战役、津浦路战役等。
1945年8月下旬，国民党军阎锡山部一万七千人，在史泽波率领下，进犯晋冀鲁豫解放区的长治地区（古属上党郡），意图分割太行、太岳两区，占领晋东南。共产党刘伯承、邓小平部三万余人，民兵五万余人奋起自卫，于9月10日发起进攻，连克屯留、壶关、长子、潞城，随即围攻长治。阎锡山急令彭毓斌率二万余人增援。刘、邓部队围城打援，激战五日，在老爷岭歼敌援军，击毙彭毓斌。10月8日，长治守军弃城而走，刘、邓部队乘胜追击，于12日歼敌于将军岭、桃川地区。是役国民党军被歼三万五千余人，史泽波以下二十七名将官被俘，国民党的战略部署被打乱。
10月中旬，傅作义指挥第十二战区五万余人主力部队向丰镇、集宁出动，进犯晋绥、晋察冀解放区，妄图侵占张家口。人民军队于10月18日以五万余人兵力先行包围傅部二万四千余人困守的归绥。其后再以主力攻打包头。察绥战役使傅作义部损失一万二千余人。
10月14日，国民党第十一战区孙连仲部向晋冀鲁豫解放区首府邯郸发动进攻，妄图打通平汉线交通。第十一战区副司令长官马法五、高树勋率四万五千人，由河南新乡，经洛阳向北进犯，企图同胡宗南部在石家庄会合。10月20日，共产党刘伯承、邓小平部向国民党军发起反击。30日，副司令长官兼新编第八军军长高树勋率该军一万余人在前线马头镇起义。马法五率部南逃，途中被大部围歼。马法五以下二万三千人被俘。邯郸战役使国民党损失四万余人，打通平汉路的目的也未能实现。
10月中旬，国民党以十七个军四十余万人向华北解放区进犯，以尽快打通津浦路。驻山东的人民武装与北调的新四军配合，于10日中旬主动出击，阻止国民党军北进。19日，攻下邹县、大汶口，歼日伪军一部。11月3日，在界河以北歼灭伪军吴化文部四千余人。12月中旬，攻占滕县及临城外围。至此，从徐州至济南间二百余里的铁路线为人民武装所控制，国民党打通津浦路的企图也未能实现。
在战争失利以及国际国内和平舆论的压力下，蒋介石被迫于1945年12月31日，同意签订《关于停止国内军事冲突办法的协议》，并同意召开政治协商会议。1946年1月10日，发布了停战令。同日，有各党派参加的政治协商会议召开，会议通过了军事问题、宪章问题、和平建设纲领、政府组织、国民大会等五项协议。
然而，停战令的发布和政治协商会议的召开，都不过是蒋介石的和平烟幕，在其后的几个月中，蒋介石加速调兵遣将，内战的阴云笼罩着中国大地。终于，1946年6月，蒋介石在准备就绪之后，撕下了和平的面纱，大举围攻中原解放区，掀起了规模空前的内战。
内战开始阶段，蒋介石实行全面进攻战略，蒋介石及其主要战将陈诚、胡宗南等都乐观地认为“在三个月或六个内解决问题”。面对蒋介石的全面进攻战略，中共采取不以保守地方为主而以集中优势兵力歼灭国民党有生力量为主的战略方针，主动放弃一些地方，而在运动中寻找战机。经过八个月的战斗，国民党军占领了解放区包括张家口在内的一百零五座城市，但却损失兵力六十七个旅七十一万人。其中苏中战役（46·7—8）七战皆北，被歼五万六千人；定陶战役（46·8—9）被歼四万八千人；宿北战役（46·12）被歼二万一千人，第六十九师师长戴子奇自戕身亡；莱芜战役（47·1—2）被歼五万六千人，第二绥靖区副司令李仙洲被俘虏；临江战役（47·1—3）被歼三万九千人，国民党军在东北地区的攻势被瓦解。
1947年2月以后，蒋介石被迫由全面进攻转入重点进攻，重点进攻的地区是陕北和山东解放区。1947年2月，蒋介石调集胡宗南等部共二十三万人，南北夹击陕北延安，在敌强我弱的情况下，中共决定暂时放弃延安。3月19日国民党军占领延安，蒋介石、胡宗南等只能空欢喜一场，接着急于寻找共产党的主力部队决战，却又连连扑空。其后，在延安城南、青化砭、羊马河、蟠龙、陇东、榆林、沙家店等地遭到西北野战军的伏击，损失惨重，仅沙家店战役（47·8），就被歼六千多人。在山东方面，蒋介石以顾祝同为总指挥，于1947年4月率领四十五万兵力进攻山东解放区。5月中旬，华北野战军集中优势兵力，将趾高气昂、推进最快的蒋介石“五大主力”之一的整编七十四师分割包围于孟良崮山区。蒋介石想尽办法解救七十四师而无效，经过两天多的激战，整编第七十四师及整编第八十三师一个团被全歼，蒋介石的爱将、师长张灵甫被击毙。孟良崮惨败，蒋介石痛哭流涕，自责不已。
蒋介石的重点进攻遭到严重挫折，其主力深陷在陕北和山东两个相隔很远的战场上，战略协同十分困难。在这种形势下，他在各个战役中继续遭到惨败，损兵折将。1947年4、5月间的正太战役，被歼三万五千余人，丢失县城七座及正太铁路180公里，使石家庄成为孤城。1947年7月的鲁西南战役，被歼五万六千余人，迫使蒋介石从陕西、山东调兵。1947年10月的清风店战役，从石家庄北进增援东北的国民党第三军两万余人被全歼，军长罗历戎被俘。1947年11月，人民解放军发起石家庄战役，经过六天激战，国民党丢失华北重镇石家庄，守军二万四千余人被歼，使共产党晋察冀、晋冀鲁豫两大解放区连成一片。1947年9月至12月的胶东战役，蒋介石企图以十余万兵力消灭山东地区的人民解放军，但在人民解放军的反击下，国民党军被歼六万三千余人，被迫撤离胶东腹地。一年内战，蒋介石损失兵力一百二十万人。
人民解放军在节节胜利的形势下，果敢地进行战略出击。1947年8、9月间，晋冀鲁豫野战军（刘邓大军）、太岳兵团（陈赓、谢富治）、华北野战军外线兵团（陈毅、粟裕）三路大军挺进大别山区，成“品”字形展开，瞰制中原，威胁武汉和南京。这一形势，迫使蒋介石不得不由进攻战略改为防御战略，继而又由全面防御转为分区防御，将战略集团分别放在徐州、沈阳、北平、汉口、西安五个中心战场上。
在军事上不断失败的时候，蒋介石仍念念不忘登上总统宝座。1948年3月29日至5月1日，“行宪国大”召开，在一片扰攘声中，蒋介石终于被选为大总统，李宗仁为副总统。但是，军事形势却越来越不利，人民解放军不断发起大规模的进攻，国民党军到处遭到沉重的打击。1948年2月至3月的宜川战役（瓦子街战役），被歼近三万人，第二十九军军长刘戡被击毙，国民党被迫放弃延安、洛川。1948年3月至4月的洛阳战役，被歼三万五千人，青年军第二0六师师长邱行湘等被俘虏，洛阳被解放军占领。1948年3月至5月的临汾战役，被歼二万五千人，第六集团军副总司令梁培璜被俘虏，晋南全境尽失。1948年6月至7月的晋中战役，被歼约十万人，太原绥靖公署副主任赵承绶被俘虏，晋中地区除太原以外尽失。1948年7月的襄樊战役，被歼二万多人，第十五绥靖区司令官康泽被俘虏，襄阳、樊城被解放军占领。1948年9月的济南战役，被歼十余万人，第九十六军军长吴化文率部起义，第二绥靖区司令官兼山东省主席王耀武被俘虏，山东全境尽失。
两年内战后，蒋介石剩下的一百九十万正规军被分别牵制在东北、华北、华东、中原、西北五个战场上。在这种形势下，蒋介石决定实行重点防御的战略方针，并准备撤出东北，确保华中。但是，人民解放军已经集结了强大的兵力，准备同时在东北、华北、中原与国民党军的精锐部队展开战略决战，济南战役揭开了战略大决战的序幕。
1948年9月，辽沈战役开始。当时，国民党在东北拥有兵力五十万人。蒋介石以卫立煌为东北“剿总”总司令，杜聿明、郑洞国、范汉杰、梁华盛、孙渡、万福麟、张作相、马占山、陈铁为副总司令，赵家骧为参谋长，范汉杰兼任锦州指挥所主任。东北“剿总”共辖郑洞国第一兵团、卢浚泉第六兵团、周福成第八兵团、廖耀湘第九兵团、侯镜如第十七兵团，尽是蒋介石的嫡系部队。这五十五万人被分别困守在长春、沈阳、锦州等几个孤立地区，是撤是守，蒋介石举棋不定。9月12日起，东北野战军包围了锦州，10月14日发起总攻，次日攻克锦州，范汉杰、卢浚泉等被俘虏。接着，长春守军六十军军长曾泽生率部起义，郑洞国率余部投诚，10月19日长春失守。蒋介石命令廖耀湘兵团向锦州反攻，途中遭到阻击被围歼，其中包括蒋介石的“五大主力”的新一军和新六军，廖耀湘也被俘虏。随后，沈阳被围，卫立煌等乘飞机逃走。11月2日，沈阳、营口被攻克，周福成被俘虏。杜聿明、侯镜如则率残部由海路南逃。辽沈战役中，国民党军被歼四十七万人，东北全部丢失。
1948年11月，淮海战役开始。当时，国民党军六十余万兵力，集结在徐州为中心，东至连云港，西至商邱，北至临城，南至蚌埠的战线上，被华东、中原野战军分割包围。蒋介石任命刘峙为徐州“剿总”总司令，杜聿明、孙震、刘汝明、冯治安、韩德勤、李延年为副总司令，李树正为参谋长，杜聿明兼任前进指挥部主任，孙元良、赵家骧为副主任，舒适存为参谋长，文强为副参谋长。徐州“剿总”共辖邱清泉第二兵团、李延年第六兵团、黄伯韬第七兵团、刘汝明第八兵团、黄维第十二兵团、李弥第十三兵团、孙元良第十六兵团，以及周渤的第一绥靖区、冯治安的第三绥靖区等。11月8日，第三绥靖区副司令官何基沣、张克侠（二人均为中共地下党员）率二万三千人在台儿庄、贾汪前线起义，使徐州北大门洞开。解放军首先打击的对象是黄伯韬第七兵团，11月6日至22日，该兵团在碾庄地区被包围全歼，黄伯韬被击毙。11月23日至12月15日，黄维第十二兵团在双堆集地区又被包围歼灭，其中包括蒋介石“五大主力”之一的第十八军，司令官黄维被俘虏。杜聿明率领第二、第十三、第十六共三个兵团弃徐州西逃，在青龙集、陈官庄地区又被重重包围，很快，孙元良第十六兵团被歼灭，孙元良逃脱。12月16日至1949年1月10日，杜聿明所率领的邱清泉第二兵团和李弥第十三兵团亦被歼灭，其中包括蒋介石“五大主力”之一的第五军，邱清泉被击毙，李弥只身逃脱，杜聿明以下大量高级军官被俘虏。在淮海战役关键时刻，刘峙就借故离开徐州。在整个战役中，蒋介石都在想尽办法解救黄维、杜聿明，但都无济于事。是役，国民党军被歼五十五万五千人，几乎都是蒋介石最精锐的嫡系部队。淮海战役后，国民党完全失去了长江中下游以北广大地区，使南京及上海、武汉直接处于人民解放军威胁之下。
在淮海战役的同时，平津战役亦打响。华北的国民党军傅作义集团六十多万人，被困守在以平津为中心，东起唐山，西至张家口长达千余里的铁路线上。傅作义任华北“剿总”总司令，陈继承、刘多荃、上官云相、宋肯堂、邓宝珊、吴奇伟、冯钦哉、郭宗汾为副总司令，李世杰为参谋长。华北“剿总”共辖李文第四兵团、石觉第九兵团、孙兰峰第十一兵团、侯境如第十七兵团，以及陈长捷的天津警备部队，其中不少也是蒋介石的嫡系部队。1948年12月下旬，傅作义的王牌部队第三十五军于新保安被华北野战军全歼，军长郭景云自杀身亡。接着，从张家口突围的孙兰峰第十一兵团七个师共五万四千人又被歼灭，孙兰峰率残部逃往绥远，张家口丢失。1949年1月14日，东北野战军对天津发起总攻击，经过29个小时激战，国民党守军十三万人被全歼，天津警备司令陈长捷被俘虏。1月16日，塘沽守军侯境如部三万六千人四海路逃路。北平傅作义完全处于孤立，陷于困境，开始和中共展开谈判。蒋介石先后派军令部长徐永昌、装甲兵司令参谋长蒋纬国及国防部次长郑介民到北平，劝诱傅作义率部南撤，均被傅作义婉言拒绝。经过和平谈判，1月20日，傅作义接受“离城改编”的办法，率北平守军二十五万人接受和平改编。蒋介石鞭长莫及，只有求得傅作义同意（傅征得解放军方面同意），派飞机到北平接走李文、石觉等中央军大部分团以上的军官。平津战役中，蒋介石又损失了五十二万军队，华北地区亦基本丧失。
历时四个多月的三大战役，蒋介石共损失一百五十四万兵力，他赖以发动内战的精锐嫡系部队基本已被消灭。他气得大发“神经”，“以手枪向屋顶连放十余枪，并击毙其爱犬”。不仅如此，蒋介石军事上的连连失败，也导致了他政治上的危机。美国政府看到他已失去了扶持的价值，决定换李宗仁出来应付局面；桂系李宗仁、白崇禧此时也乘机逼蒋介石下台。蒋介石不得已，于1949年1月21日，以“因故不能视事”为由，宣布“引退”，由副总统李宗仁代理总统。次日，他由陈诚、汤恩伯陪同飞回奉化溪口老家。
蒋介石虽然下野退居溪口，但仍控制党、政、军实权。下野之前，他已任命亲信陈诚为台湾省主席兼台湾警备总司令，朱绍良为福建省主席兼福州绥靖公署主任，方天为江西省主席，薛岳为广东省主席，余汉谋为广州绥靖公署主任，张群为重庆绥靖公署主任，汤恩伯为京沪杭警备总司令。1月25日，他又在溪口召见何应钦、顾祝同、汤恩伯等，策划长江防务，决定把长江防线划为两个战区：从宜昌至湖口以西由白崇禧集团二十五万人防守；从湖口以西至上海由汤恩伯集团四十五万人防守，趁李宗仁政府派遣和谈代表团到北平与中共谈判之机，加紧部署兵力。
以张治中、邵力子、黄绍 、章士钊、李蒸、刘裴为代表的国民政府和谈代表团，在北京与中共谈判，拟定了《国内和平协定》。4月16日，黄绍竑飞回南京，请示签字。4月20日，蒋介石命令拒绝接受，李宗仁不敢签字。4月21日，毛泽东、朱德发出《向全国进军的命令》，解放军百万雄师过长江，发起渡江战役，三个作战集团由东、中、西三路突破长江天险，蒋介石苦心经营三个半月的长江防线在一、两天内全线崩溃。
解放军渡江以后，即发动京沪杭战役。4月22日，蒋介石在杭州召集李宗仁、何应钦、白崇禧、张群等人商讨“最后一战”。但就在当夜，国民党第二舰队司令林遵率舰艇25艘在南京江面起义。次日，南京被解放军占领，李宗仁、何应钦、顾祝同等军政要员逃离南京。4月底，蒋介石乘“太康”号军舰到上海黄埔江边的复兴岛上，多次召集汤恩伯及海军司令桂永清、空军司令周至柔、炮兵司令邵伯昌、装甲兵司令蒋纬国等布置保卫大上海的作战方案，目的是尽量多坚持一些时间，以便把上海的金银和贵重物资全部运往台湾。
蒋介石离开上海又回到溪口，遍游溪口十景，祭拜母亲坟墓，对外公外婆的墓地和少年时代游历过的地方一一叩别，他知道，离开家乡和大陆的日子不远了。5月3日，杭州被解放军攻占。5月12日，解放军对上海地区的汤恩伯集团二十余万人发起总攻。5月22日，上海外围已失守；5月25日，苏州河以南市区也被解放军占据。5月26日清晨，蒋介石乘坐“太康”号军舰驶到吴淞口外，眺望上海，悲愤交织，只得命令汤恩伯、石觉等率残部由海上撤逃。5月27日，上海完全被解放军占领。
上海战役，汤恩伯集团被歼灭十五万人。在渡江战役和京沪杭战役中，蒋介石共损失四十五万人，南京国民政府从此灭亡。
国民党军的长江防线崩溃、南京丢失后，国民政府迁至广州。代总统李宗仁及行政院长兼国防部长何应钦虽然到广州继续任职，但既无军权，又无财权，李、何的权力名存实亡。5月20日何应钦辞职，由阎锡山取而代之；李宗仁后来也与蒋介石决裂，出走美国。
当时，国民党的残余部队尚有近二百万人，蒋介石以国民党总裁的身份在幕后遥控指挥。7月14日，他干脆由台北飞抵广州，7月16日成立国民党非常委员会，自任主席，由幕后又转到台前，公开指挥国民党军残余力量作最后一战。他任命陈诚负责东南战事，白崇禧负责华中战事，张群负责西南战事，胡宗南负责西北战事，企图负隅顽抗。
但是，人民解放军横渡长江以后，在各个战场上向国民党残余部队展开扫荡，势如破竹，蒋介石绞尽脑汁，疲于奔命，也无法挽救其彻底灭亡的命运。
在华北方面，华北野战军于4月20日向太原发动攻势，4月24日太原被占领，阎锡山十二万人被全歼。随后，大同、新乡、安阳先后失守。6月2日，刘安琪第二十一兵团也从青岛经海路南逃，华北全境完全被解放。
在西北方面，从1949年5月起，人民解放军第一野战军进军西北，向胡宗南集团及甘肃马步芳、宁夏马鸿逵等部发起攻势。胡宗南先后丢失咸阳、西安、宝鸡、凤翔等，被歼四万五千人，残部退往四川。而二马更被解放军一路追击，先后丢失平凉、天水、兰州、西宁、银川，到9月底，马家军被歼约十五万人。同时，西北军政副长官兼绥远省主席董其武及兵团司令孙兰峰于9月19日率五万人通电起义；新疆警备总司令陶峙岳及新疆省包尔汉于9月26日率十万人通电起义。西北全境也被解放。
在东南方面，蒋介石力图保住福建及沿海岛屿，借以屏障台湾。7月23日，他亲到厦门召集朱绍良、汤恩伯、李延年等开会，部署福建、厦门、金门的防务，以周 喦 、石觉率三个军约六万人据守舟山群岛；朱绍良、汤恩伯指挥李延年、刘汝明、李良荣三个兵团十个军约十五万人据守福州、厦门、泉州、漳州及沿海岛屿。7月下旬起，华东野战军发起福州战役，国民党军节节溃败。8月17日，福州被攻占；10月17日，厦门被攻占，被歼十余万人。汤恩伯、朱绍良、李延年等逃往台湾。
1950年5月，解放军准备渡海解放舟山群岛，国民党十二万五千守军秘密撤往台湾。5月19日，舟山群岛被解放。
在华南方面，5月14日，解放军在武汉附近突破长江防线，白崇禧率部撤离武汉，退入湖南。5月15日，河南省主席兼第十九兵团司令张轸率二万余人在贺胜桥、金口起义。武汉、九江、南昌先后被解放。8月4日，湖南省主席程潜和第一兵团司令陈明仁率三个师在长沙起义，迫使白崇禧集团主力退到衡阳、宝庆（邵阳）一线。蒋介石命令白崇禧统一指挥鄂赣湘桂四省军事。当时，白崇禧所能指挥的军队，有其主力五个军、宋希濂集团、余汉谋集团以及黄杰兵团、鲁道源兵团、孙震兵团、沈发藻兵团、胡琏兵团等。9月中旬，人民解放军发起衡宝战役，10月6日攻占韶关，切断白崇禧集团逃往广东的退路。白崇禧被歼四万七千余人，于10月17日向湘桂边境败退。解放军发起广东战役，10月14日占领广州，国民党政府逃往重庆。余汉谋集团往粤西溃退，刘安琪兵团近五万人在两阳地区被全歼。胡琏兵团则由汕头逃往台湾。白崇禧集团退入广西后，尚有五个兵团近二十万人。白崇禧以张淦兵团、鲁道源兵团共五个军南下雷州半岛，企图与余汉谋残部会合，从海上逃跑，但在博白地区被解放军歼灭，张淦被俘虏。12月，解放军发起广西战役，徐启明兵团在灵山以西被歼，黄杰、刘嘉树两兵团在桂越边境被歼，刘嘉树被俘虏。1950年4月16日深夜，解放军横渡琼州海峡，在海南岛登陆，突破海南防卫总司令薛岳设立的三道防线（薛岳字伯陵，自称“伯陵防线”），歼敌三万余人。薛岳率残部六万余人乘船逃往台湾。至此，华南全部被解放。
在西南方面，蒋介石试图利用西南地区的崇山恶水，阻挡解放军进入，使之成为日后反攻的基地。1949年8月24日，他由广州飞往重庆，亲自处理西南军政事务（李宗仁于前一天从桂林经香港飞往美国）。蒋介石先后多次召集四川张群、贵州谷正伦、西康刘文辉等各省头目以及胡宗南、宋希濂、罗广文、李弥等高级将领开会、布置西南防务。他以胡宗南集团三个兵团十二个军依托秦岭、白龙江、米仓山、大巴山构成防线，阻止第一野战军入川。以宋希濂集团两个兵团两个军，在恩施、奉节一带共守川东大门。以罗广文兵团两个军在南充、大足一线作机动。以贵州绥靖公署主任谷正伦之何绍周兵团两个军守川黔边境。以云南绥靖公署主任卢汉部四个军守云南。11月初，人民解放军发起西南战役，国民党军四处溃退。11月14日贵阳丢失；11月29日，重庆丢失，蒋介石及行政院逃往成都。12月8日，蒋介石及行政院召开紧急会议，决定逃往台北。12月9日，云南省主席卢汉、西康省主席刘文辉、西南军政公署副长官邓锡侯、潘文华分别在昆明、彭县、雅安宣布起义，云南、西康和平解放。卢汉致电刘文辉，要其会同四川各将领扣留蒋介石，此电被蒋介石截获，次日，慌忙携子乘飞机逃离成都去台湾。12月21日至27日，孙元良、罗广文、陈克非、裴昌会、李振五兵团先后起义，成都解放。胡宗南、宋希濂率残部逃往西康。李文兵团三个军企图突向西康逃跑，大部被歼，李文被俘虏（后从看守所逃走去了台湾）。李弥第八军和余程万第二十六军曾进攻通电起义的卢汉部，失败后逃往蒙自，1950年1月中旬，分别在蒙自、沅江地区被消灭，李弥、余程万率数千残兵逃入越南、缅甸。1950年3月，人民解放军以六个军分由成都、昆明夹击西昌地区的国民党军残部三万五千余人，国民党军大部被歼，宋希濂被俘虏，胡宗南乘飞机逃跑，西昌解放。在西南战役中，国民党军被歼九十三万人。1951年，西藏和平解放。至此，整个中国大陆全部解放。
三年半的解放战争，把蒋介石赶出了中国大陆。以蒋介石为首的国民党新军阀在中国大陆的统治也彻底结束。蒋介石率领几十万残兵败将及“国民政府”逃往台湾，继续统治着台（湾）、澎（湖）、金（门）、马（祖）地区。1950年3月1日，蒋介石在台北复任“总统”，陈诚任台湾“行政院”院长。蒋介石借助美国的势力，时刻想反攻大陆。然而，新中国的崛起和不断强大，使他的梦想最终威严。跟随蒋介石逃亡到台湾的一批国民党高级将领，如谷正伦、汤恩伯、桂永清、徐永昌、郑介民、罗卓英、胡宗南、朱绍良、陈诚、白崇禧、刘峙、李弥、蒋鼎文、熊式辉、李延年等，都先于他而病死。1975年4月5日，八十八岁的蒋介石也终因心力衰竭而病逝于台北。