在上一章，我们谈到黔系军阀具有依附性和掠夺性。黔系军阀所依附的，主要是邻省的滇系军阀。在西南各军阀派系中，滇系算得上是一股重要的势力。要谈滇系军阀，不妨先从云南陆军讲武堂谈及新军第十九镇谈起。
1907年8月，云南创办了一所新式的军事学校，就是云南陆军讲武堂。但是，到了1908年3月，讲武堂又告停办。1909年，当时的云南总督锡良重办，延聘李根源、李烈钧、方声涛、赵康时、沈汪度、唐继尧、张开儒、庚恩旸 等一批日本士官学校的毕业生担任教官，李根源任讲武堂总办。李根源，字印泉，又字雪生，云南腾越人，1879年出生。1904年，李根源入日本振武学校，1905年加入同盟会，1906年升入士官学校，1909年毕业回镇，即被聘任此职。云南讲武堂的规模较大，开设甲、乙、丙三个班。甲班学员第一期为一百二十人，来源于陆军第十九镇的管带、督队官、队管、排长等。乙班学员第一期为一百人，来源于巡防营的管带、帮带、哨官、哨长等三十岁以下，文理通顺者。丙班学员第一期为二百人，来源于贡生、禀生、中学学生，年龄在十六至二十二岁之间，学成后用来补充下级军官。以后，又从丙班学员中挑选成绩优秀者一百名，特授学术，为特别班。由于讲武堂总办李根源以及其他教职员工多为同盟会员和激进分子，云南讲武堂实际上成了培养民主革命战士的新式军事学校。辛亥革命前夕，讲武堂甲、乙、丙三班毕业，特别班也提前毕业一百人，分配到新军第十九镇各营担任下级军官或见习军官，成为辛亥云南起义的基本骨干力量。
云南新军从1902年开始编练，到1909年暂编成陆军第十九镇，共有步、马、炮等二十一营。第十九镇统制为钟麟同，总参议为靳云鹏，兵备处总办为王振畿，都是清廷的鹰犬。但是，第十九镇却也聚集一大批革命党人，充当各级军官。如镇参谋官殷承瓛 、统带罗佩金、管带李鸿祥、唐继尧、刘存厚、雷飚、谢汝翼、韩凤楼、李凤楼等。他们都是日本士官学校的毕业生，同盟会员。1911年2月，蔡锷由广西被调入云南担任第十九镇第三十七协统领。
蔡锷，字松坡，湖南邵阳人，1882年出生。蔡锷是梁启超的学生，戊戌政变后，追随梁启超到日本，1903年在士官学校第三期毕业。1904年回国后，先后在江西、湖南、广西等省任军职，做过广西新军混成协统领。蔡锷在政治上虽然追随梁启超，但他是一位真诚的爱国者，具有强烈的民主主义理想。到云南后，蔡锷同李根源等革命党人相处很融洽，同情他们的革命主张。
1911年武昌起义的消息传到云南，革命党人十分振奋，决心起义响应。蔡锷等人频频在唐继尧或刘存厚家里举行密谈，商量起义计划。大家公推蔡锷任总指挥，决定旧历九月初九重阳节（新历10月30日）发动。云南都督李经羲（李鸿章之侄）以及钟麟同、靳云鹏、王振畿等有所觉察，想将李根源、罗佩金、李鸿祥、谢汝翼等革命党人调职或撤职，但九月初九夜，革命党人发动了起义（史称“重九起义”），次日上午攻占了督署，中午控制了昆明全城。与起义军顽抗的钟麟同、王振畿被俘后处死，靳云鹏化装成轿夫逃出城外；李经羲以下很多官员被俘。蔡锷、李根源等与李经羲有旧谊，馈送川资护送出境。云南其他地方也先后发动起义，云南全省很快被革命党人控制。
11月3日，云南军政府成立，举蔡锷为都督，李根源为军政部长兼参议院长，殷承 瓛 为参谋部总长，韩建铎为军务部总长，张惟聪为省议会议长。不久，李根源任滇军第二师师长兼迤西国民军总司令，罗佩金继任军政部长。云南独立后，军政府立即着手整编军队，改革弊政，清理财务，平定匪乱，使全省政局很快趋于稳定。云南与四川历来关系密切，不但地理上互相邻接，而且云南的财政要靠四川协济。而此时，四川的局面仍在混乱之中，云南军政府决定以援助四川独立的名义，于11中旬组成谢汝翼、李鸿祥两个梯团入川，并以韩建铎为援川军总司令。
云南军政府原来并无援黔计划，但在已经宣布独立，组织了军政府的贵州省，立宪派分子、旧官僚与革命党的矛盾和斗争十分激烈，立宪派和旧官僚为了打击革命党人，请求蔡锷派兵入黔。蔡锷命令率师北伐的唐继尧，顺路入黔解决贵州两党争斗。唐继尧，字蓂赓，云南会泽人，1882年出生。1904年留学日本，后加入同盟会，毕业于士官学校。1909年回云南后，初在督练公所任参谋处提调兼讲武堂教官，后任新军第十九镇第七十四标一营管带。唐继尧在云南重九起义过程中起到相当重要的作用，起义后，他出任云南军政府军政部次长、参谋部次长兼讲武堂总办、陆军干部学校校长等。唐继尧颇善计谋，具有野心，这次能带兵入黔，他当然想乘机谋取个人的发展。1912年2月，唐继尧以“代平黔乱”为名率军进逼贵阳。3月，在贵州立宪派的支持和配合下，唐继尧指挥滇军推翻了贵州革命政府，夺取政权，随即被贵州立宪派控制的省议会推举为贵州临时都督。5月，袁世凯正式任命唐继尧为贵州都督。就这样，滇军以武力在贵州建立了军事统治，唐继尧因此也跨进入军阀的行列。
蔡锷领导了云南重九起义，出任云南都督，在南北议和期间，他对袁世凯的阴谋活动曾有所揭露。但是，随着清帝宣布退位和袁世凯的上台，他追随老师梁启超，变成了拥袁派。1912年2月，南北争都事起，他是袁世凯建都北京的支持者。6、7月间，同盟会为组阁问题与袁世凯发生一系列冲突，他以政府拥护派自居，积极作袁后盾。在地方，他支持唐继尧控制贵州，联络黔、蜀、桂各都督为袁世凯“保障西南”。在中央，他先后倡议军人不入党和解散一切政党，以瓦解同盟会，并且极力反对《临时约法》，主张给予袁世凯以自由解散议会和任命国务员之权。1913年3、4月，“宋教仁被刺案”和“善后大借款”事件相继发生，他无视全国舆论，为袁世凯多方辩护。及至“二次革命”爆发，他又不顾孙中山、黄兴等国民党人对他的善意争取，公然奉袁世凯之命派兵入川，参加镇压重庆熊克武的起义。
当然，蔡锷的拥袁与其他的军阀、政客的拥袁有不同，蔡锷的拥袁始终坚持以爱国为前提，最终还是为了维护共和政体，为了改良政治。尽管蔡锷属于拥袁派，但仍然受到袁世凯的猜忌。袁世凯镇压二次革命之后，于1913年10月将蔡锷调往北京，担任陆军部编译处副总裁、全国经界局督办等虚职，实则将蔡锷监视起来。而云南都督一职，蔡锷力荐唐继尧继任，获得袁世凯批准。11月，唐继尧率部回滇任都督，掌握了云南军政大权，控制了全部滇军，开始了以他为首的旧滇军阀对云南的统治。
唐继尧出任云南总督后，在云南继续奉行蔡锷先前确立的方针。他虽然是老同盟会员，但是，此时，他和革命党人已经不是一条心，他限制和阻止革命党人进入云南，甚至亲自审讯并杀害过孙中山派往云南的革命党人。但是，云南毕竟不是袁世凯直接控制的地方，它经过辛亥革命血与火的考验，同盟会的影响根深蒂固，民主共和观念深入人心。因此，当1915年袁世凯帝制阴谋日益公开以后，不少云南籍或与云南有某种历史关系的革命党人，都利用云南富于革命传统而又地处边陲等有利条件，纷纷假借各种名义奔赴云南，从事反袁秘密活动。前云南同盟会支部长吕志伊，暗中与军界的罗佩金、李曰垓、杨蓁、邓泰中等旧同盟会同志密敌反袁方略，联络滇军中各级军官和士兵，使滇军上下统一了思想和行为。8月间，袁世凯使人组织筹安会鼓吹帝制的消息传到云南，云南舆论公开反对，尤其是《觉报》，旗帜鲜明地公开反对帝制，发表了一系列重要文章。与此同时，军界也在加紧密筹武装讨袁，这时，争取唐继尧反袁，成为滇军将领的首要任务。
唐继尧出任云南都督后，袁世凯又授他为将军府开武将军，极力拉拢，而唐继尧也无反袁之心。当滇军将领派出原旅长黄毓成、团长邓泰中、杨蓁为代表向他进言时，唐继尧仍以不了解在京的蔡锷的意向和各省各方的真相，以及云南只有两师兵力，且财力匮乏等原因而不肯公开宣布反袁。唐继尧的暧昧态度，激起了滇军将领的强烈不满。10月间，他们开会决议：一、于适当时期，要求唐氏表示态度；二、如唐氏反对帝制，则仍拥其为领袖；三、如中立，则将他送往安南；四、如赞成帝制，则杀之。11月上旬，唐继尧通过明查暗访，发现如不再表示反袁的立场，两师滇军就不是他所能掌握的了。另外，他也了解到蔡锷也转向反袁，因此，他迅速改变态度，要把反袁的领导权抓到手，以巩固自己在云南的统治。1915年12月19日，蔡锷历尽艰辛，回到了云南昆明。
蔡锷自1913年10月奉调入京后，先后担任过政治会议委员，约法会议议员资格审定会会员、参政院参政、将军府将军、全国经界局督办等职。在筹安会发生前，蔡锷还没有公开反袁，而是力图通过拥戴袁世凯以维护共和政体。1915年8月，由袁世凯一手操纵的筹安会成立，袁世凯要恢复帝制的野心昭然若揭，蔡锷感到失望，从此追随老师梁启超走上积极反袁的道路。之后，蔡锷秘密联络云、贵旧部和各方反袁势力，准备发动军事讨袁。为了麻痹袁世凯，他依约装出与梁启超分家的样子；对所任各职，他比以前更为主动和积极；在生活上，他故意表现出沉迷酒色，与京中名妓小凤仙时有往来。
尽管如此，袁世凯对蔡锷秘密联络云、贵旧部的消息已有所闻。10月14日，袁世凯派军警突然借故搜查蔡锷住宅，虽未查出证据，但蔡锷已深感北京不可久留，经和梁启超等密商，决定尽快逃出北京回云南发动起义。11月初，蔡锷以喉疾为由，要求赴天津就医，袁世凯没有怀疑，准假七天，这样，蔡锷名正言顺地到了天津。之后，蔡锷避过了袁世凯派来的耳目，于11月18日乘船再往日本“治病”，12月初抵达东京。袁世凯无奈，只得准假两月，并促他“早日回国销假任事”。随后蔡锷悄悄离开日本，经上海、香港转赴越南河内，途中挫败了袁世凯几次行刺阴谋，终于在12月19日到达昆明。
抵滇当日，蔡锷便不顾旅途劳顿，立即开始了各项准备工作。12月21日，唐继尧在其寓所召集了蔡锷、李烈钧、任可澄、罗佩金、刘祖武、张子贞、方声涛、顾品珍、熊克武、黄毓成、殷承瓛 、由云龙、籍忠寓、刘云峰、杨蓁、唐继虞、李曰垓、戴戡、孙永安、龚振鹏、戢翼翘、但懋辛、周官和、王伯群、李雁宾、瘐恩旸 等云南省内外重要人士参加紧急会议，会上宣读了梁启超起草的讨袁通电，决定成立“护国军”讨袁。至于都督人选，唐张尧和蔡锷推让不止，最后只好公决由唐继尧任中华民国云南都督府都督兼护国军第三军总司令，留守云南，蔡锷任护国军第一军总司令官，率部出征；并推李烈钧任护国军第二军总司令官兼筹饷局总办。其出兵总方略是，第一军北出四川，第二军东进广西，第三军居中策应，以四川为战略进攻的重点。12月25日，唐继尧、任可澄正式发出反帝制通电，限袁世凯25日10时以前答复。12月25日，未见袁世凯答复，唐继尧、任可澄、刘显世、蔡锷、戴戡遂联名发出二次通电，宣布云南即日起独立，护国战争爆发。
护国战争的重要战役有四川泸纳之战、湘西之战、滇桂边之战等，其中湘西之战已在上一章谈及，这里主要介绍泸纳之战和滇桂边之战。
云南宣布独立次日，即12月26日，护国军第一军总司令部在昆明成立。总司令官蔡锷，参谋总长罗佩金、参谋处长殷承瓛 、秘书处长李曰垓、副官处长何鹏翔、军需处长陈之阶，刘云峰、赵又新、顾品珍各为第一、二、三梯团团长，邓泰中、杨蓁、董鸿勋、何海清、禄国藩、朱德各为一、二、三、四、五、六支队长。1916年初，蔡锷率第一军经贵州比节入川，取纳溪、泸州。1月5日，袁世凯令曹锟、张敬尧组织征滇军，入川进攻护国军，以张敬尧为统领。护国军入川顺利，接连攻占燕子坡、横江、安边，于1月21日攻下叙州。2月2日，川军刘存厚师在纳溪倒戈反袁，刘自任护国川军总司令，迎蔡锷军入纳溪。2月5日，滇、川护国军会攻泸州，2月7日，张敬尧率征滇军杀至，护国军退回纳溪，北洋军穷追不已，护国军攻泸之役变为纳溪保卫战，在北起长江，南抵永宁，纵横百里的广阔战场上展开顽强抵抗，战况异常激烈。2月28日，护国军发起总反攻，朱德率部直扑陶家瓦房吴佩孚司令部，打得张敬尧落马，吴佩孚手足无措。但由于护国军兵少弹乏，未能逆转危局，3月7日，被迫退往永宁大州驿。3月17日，护国军再次发起总反攻，得熊克武、但懋辛等四川义军配合，进攻势如破竹，不数日，克纳溪、江安，围张敬尧于泸州城内。鉴于大势已去5月22日，四川将军陈宦宣布独立。同日，蔡锷去电促张敬尧倒戈反袁，不久，亲赴泸州劝说张敬尧。张敬尧将北洋军所余军械、子弹、马匹、粮秣等悉送蔡军，离部离川。6月13日，护国军进驻泸州。
1916年1月，护国军第二军总司令部在昆明成立，第二军总司令官为李烈钧，参谋总长为何国钧，张开儒、方声涛分任第一、二梯团团长。第二军的战略目标是东出桂、粤，转道入赣。唐继尧将准备开往湘西的第三军一部也调往桂粤方向，以增加第二军的兵力，保证攻粤计划的完成。袁世凯令广东陆军第一师师长、龙济光之兄龙觐光为云南查办使，率粤军抵南宁，准备由百色、西林进攻云南。于是，双方军队在滇桂边境的富州、广南一带展开激虞。2月底3月初，双方互为攻守，呈僵持状态。3月15日，广西将军陆荣廷宣布独立，使护国军士气大振。3月16日，方声涛部举行反攻，收复龙潭。这时，另一支护国军从贵州兴义进入广西西隆，进而抄袭龙军黄恩锡部的后路，迫使黄恩锡率部逃遁。坐镇百色的龙觐光被马济、陆裕光等率领的桂军包围，缴械投降，接受改编。龙军右翼军司令李文富见状，也率部投降。此后，护国第二军进入广东活动，成为护法军政府的重要支柱。滇桂边之战粉碎了袁世凯迂回袭滇的计划，保障了护国军大后方的安全。
护国战争爆发之后，贵州、广西、浙江等省也相继宣布独立，袁世凯在内外压力之下，于1916年3月22日被迫宣布撤消帝制，但仍想当大总统，结果又遭到各方反对。广东、陕西、四川、湖南等省又相继宣布独立。西南护国各省，还于5月8日在广东肇庆组织护国军务院，推举唐继尧为军务院抚军长，蔡锷、罗佩金等滇系将领也出任抚军。但由于唐继尧坐镇昆明，军务院实际为桂系岑春煊、陆荣廷等把持。6月6日，袁世凯病死，护国战争胜利结束。不久，南北议和，护国军务院也于7月14日宣告撤消。
滇军凭借护国战争，将势力扩展到了四川。袁世凯病死、护国战争结束后，以唐继尧为首的滇系军阀也正式形成。
护国战争结束后，以梁启超为首的进步党人希望在西南建立自己的根据地，所以梁启超极力与北京政府段祺瑞接洽，为他的学生蔡锷在四川谋取职位。7月6日，北京政府任命蔡锷为四川督军兼省长。
对于蔡锷入主四川，唐继尧并非很高兴。早在护国战争之初，蔡锷率军入川作战时，唐继尧就唯恐蔡锷部在与北洋军作战中发展壮大，于己不利，因而对蔡锷的护国军第一军多方掣肘，无论在经费、兵员、武器各方面都未予必需的援助。蔡锷被任命为四川督军，鉴于蔡锷的声望，唐继尧难以反对。对入川的滇军，他更无法进行遥控。
然而，蔡锷就任川督不久，病势即日渐恶化，最后实在无法坚持正常的工作，只得电请北京政府准假养病。8月7日，北京政府批准蔡锷暂离职休养。8月9日，蔡锷离开成都，到泸州等地休息治病。但是，蔡锷的病日趋严重，不得不于8月底离川东渡日本治疗。蔡锷离川前，保举入川滇军总参谋长罗佩金暂署四川督军，入川黔军总司令戴戡为四川省长兼军务会办。蔡锷到日本后，仍医治无效，于11月8日在日本逝世，享年仅三十四岁。蔡锷是中国近代史中一位重要的军政界人物，尤其是他策动和领导了护国战争，推翻了袁世凯的统治，这功绩是永垂史册的。
蔡锷病逝后，罗佩金出任四川督军。罗佩金是云南澄江人，1878年出生。1904年留学日本士官学校。1905年加入同盟会。1909年6月毕业回国后，曾任广西武备学堂监督、新军标统兼南宁讲武堂总办、滇军督练处参谋兼陆军小学堂总办、新军第七十四标标统等。1911年参加云南重九起义，后历任云南军政府军政部总长、云南民政长、护国军第一军总参谋长等。由于罗佩金早已倾向唐继尧，因此唐继尧得以遥控入川的滇军。
当时，入川滇、黔军占据了四川省大片地方和成都、重庆等重要城镇。罗佩金完全抛开蔡锷的“重建四川”的计划，秉承唐继尧的旨意，尽力搜刮四川的财富，掠夺盐税，强令四川人民负担入川滇、黔军的军饷，由此，与四川军民矛盾日深。罗佩金又奉行“强滇弱川”政策，扩充入川滇军，压制川军。1916年冬，罗佩金召开编遣会议，裁减川军，激起川军五师长联名通电控诉。1917年3月，罗佩金又以武力解散川军第四师，川军将领深感祸将及己，第二师师长刘存厚乘机联络川军各部共谋驱罗。
1917年4月18日，刘存厚率部围攻驻成都皇城之罗佩金部，刘罗之战爆发。滇军用煤油喷射四周民房，声言“亮城”，防止川军凭借民房伏击。刘存厚亦以大炮、地雷进击，很多炮弹落在民房区。双方巷战达七昼夜，死伤惨重。由于滇军增援部队赵又新部在资阳、内江地区遭到川军第二师的阻击，罗佩金孤立无援，被迫交出督印，于4月24日率部从成都退往简阳、自贡等地。在战争期间，北京政府电令免罗佩金四川督军职，调为将军府超武将军；免刘存厚川军第二师师长职，调为将军府崇武将军，两人停止战争，进京供职。同时任命刘云峰为川军第二师师长，戴戡暂代四川督军。刘罗之战是西南军阀史上的第一次军阀混战。是役，成都民房被毁三千余间，民众死伤八千余人，财产损失无数。
刘罗之战后，紧接着又爆发了川军刘存厚与黔军戴戡的刘戴之战，结果黔军又被赶出成都遭歼灭，戴戡身亡。（刘戴之战详见第十一章第二节）滇黔联军在与川军作战中连连失利，退入川南，四川脱离了滇系军阀的控制，使唐继尧十分恼怒和失望。1917年7月，针对张勋复辟，段祺瑞解散国会，孙中山南下广州领导反对北洋军阀的护法运动。唐继尧认为有机可乘，决定利用护法，把滇系势力重新深入四川，于是通电响应护法。但是，唐继尧并非站在孙中山的护法旗帜之下，而是另树一帜，宣布“靖国”，把滇黔所部八军编成靖国军，号称“滇黔靖国联军”，唐继尧自任总司令，以杨蓁为总参谋长，以顾品珍、赵又新、瘐恩旸 、黄毓成、张开儒、方声涛、张熙、叶荃分任八个军总司令，加上黔军王文华第一师，共七十多营约四万人。11月14日，唐继尧以川军刘存厚阻碍滇军为名，率滇黔联军誓师出发，发动了靖国战争。
唐继尧将滇黔靖国联军总司令部驻在贵州毕节，然后挥军入川。滇军顾品珍部由泸州东下，联合黔军王文华部突袭重庆。12月3日，北京政府派入四川的四川查办使吴光新和四川督军周道刚撤出重庆。吴光新部一直退入湘鄂边境，周道刚则败走永川。12月4日，滇黔联军进入重庆，向川南进击，于12月14日占领泸州。12月8日北京政府任命刘存厚为四川督军，在成都令川军第一、二、三师重新部署，以对付滇黔联军的进攻。12月21日，川军熊克武、但懋辛、石青阳等通电加入靖国联军，推举熊克武为四川靖国各军总司令，并推举唐继尧为滇川黔靖国联军总司令。1918年1月9日，熊克武召集川、滇、黔靖国各军将领在重庆开会，决定兵分三路，直取成都。东路由滇军顾品珍、赵又新统领；中路由黔军袁祖铭、王天培统领；北路由川军第五师但懋辛统领。2月20日，三省联军攻入成都，刘存厚等部退往陕南汉中地区。至此，唐继尧以夺取和控制四川为目标的靖国战争基本结束。
唐继尧控制了滇、黔、川三省，声势显赫，更加飞扬跋扈。2月25日，他自任熊克武为四川督军兼省长。3、4月间，他借援鄂、援陕名义，又连续任命八个总司令，即以黄复生、叶荃、王文华、顾品珍为援鄂第一、二、三、四各路总司令；以石青阳、颜德基、李国定、丁泽煦为援陕第一、二、三、四各路总司令。此外，他还安插王文华为重庆镇守使，赵又新为四川军务会办，顾品珍为叙泸镇守使，叶荃为夔万镇守使等。
唐继尧为了牢固地控制四川，并进一步向陕西、湖北扩张，便以商讨北伐为名，决定于1918年9月在重庆召开川、滇、黔、鄂、豫五省联军会议，并就任“五省联军总司令”职。会议除了川、滇、黔军主要将领外，还有湖北靖国军总司令黎天才、河南靖国军总司令王天纵等。
9月10日，唐继尧以贵州毕节到达重庆南面的綦江，故意逗留一周之久，以显示“联帅”的威风。9月17日，他才前呼后拥、戒备森严的情况下到达重庆。这一天，重庆全城戒严，唐继尧在二十一响礼炮和盛大的仪仗伴随下，乘坐八抬绿呢大桥入城，然后乘其黄骠坐马，足登金镫，浩浩荡荡，威风凛凛，进入行辕。
在重庆联军会议上，唐继尧抛出一份早已草拟的以“准备北伐案”为题的《川滇黔三省同盟计划书》。他和贵州督军刘显世早已签了字，现在就等四川督军熊克武签字。这份同盟计划书的主要内容有：四川兵工厂作北伐军械弹药补充，归联军管辖支配，实则全归滇黔军所有；造币厂亦归联军管辖支配；四川全省厘税，包括盐税、并税、酒税等，作北伐军军饷的补充，实则是作滇黔军的军饷；资中、资阳、简阳、叙府、泸州、重庆、万县及自流井、荣县、威远和会理、宁远、酉阳、秀山各属，凡川东南财富之区，悉作滇黔军所有；上述各项由联军总部在重庆特设机构主持办理。对于这份实则“亡川”的同盟书，熊克武拒绝签字。唐继尧无奈，于10月2日发布援鄂援陕命令后，会议草草收场。唐继尧也于10月8日离开重庆，经泸州返回昆明。
唐继尧利用孙中山护法这块招牌，打着靖国的旗号，以滇、川、黔、鄂、豫、陕、湘、闽八省联军总司令自命，使他的声威达到顶峰。这时，北洋直系军阀为对付皖系段祺瑞，鼓吹以“和平”方式解决西南争端，以唐继尧、陆荣廷为代表的西南军阀立即响应。1919年2月南北和议开始以后，直系吴佩孚与西南军阀的勾结进一步加紧。随后，双方共同签订了《救国同盟条约草约》。这样，唐继尧与孙中山为首的革命党人的距离愈来愈远。
由于熊克武拒绝在《川滇黔三省同盟计划书》上签字，唐继尧完全控制四川的野心未能实现。唐继尧深感熊克武是他企图控制四川的最大障碍，他想法分化拉拢熊克武的部属，胁迫其就范。1919年6月22日，在唐继尧的授意下，滇军将领顾品珍、赵又新等在重庆发起成立了川滇黔俱进会。参加该会的，有黔军将领袁祖铭等；熊克武的得力部将但懋辛、余际唐、吕超；与熊克武有矛盾的民军首领黄复生、卢师谛等。公推顾品珍、余际唐、袁祖铭为会长，并发表了通电和成立宣言，主张维护西南护法政府，加强三省密切合作，促进共同利益的发展。其实该会的真正目的是为分化熊部并最终倒熊。
1920年春，川军将领吕超、石青阳等策划倒熊克武，反动了倒熊之战，唐继尧乘机鼓动支持。3月，唐继尧下令免去熊克武四川靖国军总司令职。5月，又任命吕超为四川靖国军总司令。5月下旬，川军吕超、石青阳等率部从绵阳、中江攻成都；滇军顾品珍、赵又新部从川南攻成都；黔军王文华部与川军黄复生部在重庆、綦江一带攻熊系余际唐部。熊克武见局势于己不利，遂宣告辞去四川督军职。后得旧川军将领支持，发起反击，但失利。7月10日，熊克武离开成都，退往川北保宁一带。7月18日，吕超率军入成都，通电就任川军总司令，兼任川滇黔联军副总司令。
川军吕超部虽然进入成都，然而，滇黔军却凌驾于吕超之上，并设立了三省联军总部，以唐继尧为统帅，要把川省军、民、财各政统归联军总部管理，川省中央税收及地方财政收与四川兵工厂、造币厂，全归联军总部支配，这是过去唐继尧强令熊克武接受但遭到熊拒绝的条件，他又企图强令吕超接受。吕超同样深感事关重大，未予同意。
唐继尧及滇黔军对四川的侵入和压迫，激起了川军将领的普遍不满和反对。熊克武、刘存厚等联合起来，决定以武力驱逐滇黔军，发动靖川之战。1920年8月6日，刘存厚在汉中组织靖川军，自任总司令，委任田颂尧为第一路司令，唐廷牧为第二路司令，张印本为第三路司令。熊克武部亦进行了整编，委任但懋辛为第一军军长，刘湘为第二军军长，刘成勋为第三军军长。熊、刘共推刘湘为前敌总指挥，两军分道出发，夹击成都。川军各部，亦相机通电响应。9月8日，川军攻入成都，接着，川军与滇军赵又新、顾品珍部在成都近郊及龙泉山展开会战。川军集结兵力八十一营，滇军及依附滇军的川军吕超部集结兵力六十三营，双方激战十二昼夜。9月21日，滇军战败。随即，川军发起追击战，昼夜强行军，连克简阳、资阳、隆昌等县。10月3日，川军咬住溃败的滇军赵又新部，将其围困于泸州，击毙了军长赵又新，顾品珍无心再战，率军回滇。10月上旬，川军分三路直攻驻重庆的黔军，黔军总司令王文华逃往上海，残部由卢焘代总司令率领，逃回贵州。靖川之战，滇黔军完全退出川境。
入川滇军将领顾品珍，云南昆明人，早年留学日本士官学校。回国后，任云南讲武堂教官。1911年参加重九起义，后历任滇军第一师师长、云南讲武堂监督、护国军第一军第三梯团长、第五师师长、靖国联军参谋长兼第一军总司令等。顾品珍原来就不满意唐继尧强驱滇军入川混战，更不同意倒熊之战。这次率部离川返滇，决定乘机联合第八军军长叶荃发动倒唐，与熊克武达成默契，并得其资助。1920年12月，先回滇的叶荃计划袭取昆明。不料唐继尧已得知叶荃部下告密，调集重兵迎击，叶军连遭败绩，几乎全军覆没。后叶军退往玉溪方向，而唐军尾随追击。顾品珍乘唐军兵力分散，远离省城之机，于1921年2月初突然进军昆明。唐继尧措手不及，无力抵抗，于2月7日旧历除夕仓皇逃至蒙自，企图收集部队反攻。2月8日，顾品珍率部进入昆明。顾品珍一面派民意代表“劝”唐继尧出国游历，一面派兵进逼。唐继尧不得已委任李友勋为第二卫戍区司令，龙云为近卫团长，同驻蒙自地区，作为日后东山再起的力量，然后率少量亲信护卫乘滇越铁路火车向南出走，流落香港。顾品珍即以滇军总司令名义总揽军民政务。倒唐之战的结果，使顾品珍取代了唐继尧在云南的统治地位。
顾品珍执掌云南军政大权后，起用了一些滇军旧将。如罗佩金，在1917年刘罗之战失败后回滇闲居，顾品珍委任他为迤南巡阅使。但是，顾品珍也与某些将领不和，如叶荃（云南云州人），后来出走广州，在孙中山大本营中，任参军长。又如杨蓁（云南昆明人），原任第三卫戍司令，也与顾意见不合，被逐入粤。对唐继尧旧部亲信，顾品珍更是处处防范并加以打击。
唐继尧到达香港后，积极筹划，准备返回云南夺权，返滇之战随即打响。1921年秋，唐继尧亲信李友勋、龙云等部借响应孙中山讨伐桂系军阀陆荣廷的名义，进兵广西，攻下柳州。这时，唐继尧即令所有在两广的滇军，迅速脱离北伐大本营，开往柳州，与李友勋、龙云部汇合。1922年2月，唐继尧将集中在柳州的四千余人编为第一、二、三、四军。李友勋任第一军军长、龙云任第一军的前敌司令，率部返滇攻打顾品珍部。在回滇途中，李友勋被广西自治军击毙，龙云即代理第一军军长，继续向顾品珍部进攻。顾品珍率部在滇东抵抗。3月，顾品珍战死于路南天生关鹅毛寨，余部溃散。第八旅旅长范石生、第一梯团长杨希闵部到广东投孙中山。罗佩金则逃亡迤西，5月3日，被土匪普小洪捕杀于苴却。
1922年3月，唐继尧返回昆明，重新控制云南军政大权。唐继尧将所部滇军扩编为“建国军”，自任川、滇、黔、鄂、豫、陕七省“建国联军总司令”。1922年，在贵州军阀内讧中，刘显世下台，流亡昆明，贵州实际已脱离了滇系军阀的控制。这年底，唐继尧已经在云南重新站稳了脚跟，他组织了滇、贵联军，自任总司令，以刘显世为副总司令决定重新控制贵州。1923年3月，唐继尧以其兄唐继虞为东南宣抚使兼滇贵联军前敌总指挥，率军进入贵州。3月12日，贵州省长袁祖铭退入四川。唐继尧、刘显世联名委任唐继虞为贵州军事善后督办，刘显世恢复贵州省省长职。唐继虞将贵州分为五区、十余分区，设置卫戍司令，进行严密控制，贵州再次沦入滇系军阀的手中。
唐继尧虽然控制了贵州，但是，其主力也被牵制在贵州这个贫瘠的省份，难以向外扩张。为了摆脱这种局面，唐继尧只得和黔军袁祖铭妥协。1924年，唐继尧决定乘第二次直奉战争、吴佩孚下台之机，摆脱困境，问鼎中原，向外扩张，于10月份派出毛鸿翔、何麟书、卢焘为代表，与袁祖铭进行和平交接贵州的谈判。到12月间，双方达成了《滇黔和解协议》，主要内容为：驻黔滇军全部由黔入湘，由袁祖铭派彭汉章回黔主政。1925年1月5日，唐继尧通电黔境滇军全部开拔，黔政概归黔人自理。不久，唐继尧即为占领两广而发动了第一次滇桂战争。
当孙中山在广州组织大元帅府时，为了争取唐继尧，曾推举他任副元帅职，但唐继尧拒不就任。1925年初，唐继尧趁孙中山北上病危之机，忽然通电就任副元帅，派出两路大军，假道广西，声称前往广州视事。1月下旬，龙云率一路三万余人由云南广南府进发，占领广西百色县，沿各江直趋南宁。唐继虞率一路二万五千余人由贵州榕江县进入广西，占领三江县、融县、直趋柳州。当时，桂军李宗仁、黄绍竑 部正在追击沈鸿英，力量单薄，主动退出南宁。龙云部即入驻南宁。桂军以部分兵力牵制住南宁方面的滇军，然而集中兵力，联合半援的驻粤滇军范石生部（总指挥杨蓁于6月在广西遇刺身亡），先后在沙浦、庆远、孙远等地击败滇军。柳州之唐继虞部只好退回云南。南宁之龙云部也由于势单力孤，被迫于7月上旬撤出南宁，退回云南。
滇军从广西退回云南后，云南各界反唐继尧的呼声日高。当时，全国革命的激流汹涌澎湃，国民政府于1925年7月在广州成立。1926年7月，广州国民政府举行北伐，横扫两湖和浙赣，北洋军阀的统治已近末日。云南人民对唐继尧穷兵黩武，勾结北洋军阀的行为十分愤恨。此外，自第一次滇桂战争后，唐继尧乘机撤销各军番号，加强亲信近卫部队，宠信亲族，排斥异己，也引起了不省滇军将领强烈的不满。1927年2月6日，蒙自镇守使胡若愚、昆明镇守使龙云、昭通镇守使张汝骥、大理镇守使李选廷共同发动了云南二·六政变（也称云南四镇守使倒唐事件）。
2月6日，四镇守使发出联名通电，要求唐继尧驱逐肖小唐继虞、陈维庚、李伯勋、白之瀚、李秉扬、李子由等。同时，胡若愚、张汝骥两军即向昆明进发。2月10日，胡若愚、龙云等在宜良开会后，又以四镇守使的名义发出通电，提出立即改组省政府，确立会议制度，提前成立军事机构，统一军权，清发欠饷，惩办贪污，与广州方面合作等要求。声称各项要求如唐氏不采纳，势必以兵戎相见。唐继尧在各军的军事压力下，被迫同意了这些要求，令唐继虞等人出走，同意改组省政府。2月中旬，胡、张两军先后到达昆明。经过多次协商，最后决定废除省长制，采取合议制，于3月初由各法团联合会拟定组织大纲。根据组织大纲，推唐继尧为云南省政府总裁，推胡若愚、龙云、张汝骥、李选廷、王人文、王九龄、周钟岳、马聪、张耀曾九人为省和委员会委员。在省务委员会之下，设军政、内政、财政、外交、司法、教育、实业、交通八个厅。3月8日，新政府成立，总裁及省务委员宣布就职。在第一次省务委员会议上，公推胡若愚为省务委员会主席。
云南二·六四镇守使倒唐事件，名曰“兵谏”，实质政变，唐继尧成了有名无实的“总裁”，他对云南十四年之久的统治亦宣告结束。四镇守使尤其是胡若愚、龙云，都是唐继尧一手提拔的部将，这次倒戈相向，令他气愤交加。两月后，即5月23日，唐继尧病死，享年不过四十四岁。唐继尧死后，旧滇系军阀亦告结束。
二·六政变之后，蒋介石委任龙云为国民革命军第三十八军军长，胡若愚为第三十九军军长，张汝骥为独立第八师师长。云南的实际大权操纵在胡若愚、龙云之手。张汝骥倒向胡若愚一边；而李选廷只有一个团的兵力，只求自保，不敢参与相争。唐继尧死后，胡若愚、龙云、张汝骥各怀野心，为争夺云南的统治权，矛盾日益尖锐，不久即发生了六·一四政变，龙云被囚禁。
在此，有必要先简介龙云及其发迹史。龙云，字志舟，原名登云，彝族人，彝名纳吉鸟梯。1884年11月9日，龙云诞生于云南昭通炎山。龙云幼年时，父亲病逝，家境沦落，流浪于昭通和四川凉山等地，学了一手好拳法。辛亥云南起义时，龙云已二十七岁，与卢汉、邹若衡等投永善人魏焕章率领的义军，不久加入滇军谢汝骥梯团，随部入川。回滇后，龙云被保送到云南陆军讲武堂学习。1914年秋，有一法国拳师在讲武堂摆擂三天，头两天，均无敌手，到了第三天，龙云上台，击败法国拳师，轰动了昆明，也引起了云南都督唐继尧的注意。1915年底，蔡锷率护国第一军入川，要调唐继尧身边的随从副官邹若衡为副官。邹若衡便推荐龙云为唐继尧的副官。唐继尧想起龙云打败法国拳师的情景，即表示同意。从此，龙云在唐继尧手下，历任侍从副官、警卫军（称为佽飞军）中队长、副大队长、大队长、近卫军团长、第五军军长兼滇中镇守使、昆明镇守使等。1926年2月6日，龙云参与了二·六政变，并出任国民革命军第三十八军军长、云南省务委员会委员兼云南陆军讲武堂学校校长。
1927年6月14日夜，胡若愚联合张汝骥，突然派兵袭击龙云在昆明翠湖东路的住宅及第三十八军军部。一颗小型炮弹在龙云住宅的花园爆炸，击毁了门窗。龙云的一只眼睛被玻璃片砸伤，顿时鲜血淋漓，束手就擒，被胡若愚并在铁笼子里。龙云的眼睛由于没有得到及时治疗，后来成为终生残疾。这就云南六·一四政变。
在六·一四政变生时，龙云部主要将卢汉、朱旭、高荫槐、周文人等趁混乱之机逃到滇西，邀请滇军元老胡瑛代理第三十领先军军长，指挥部队反击昆明，在祥云、禄丰等地展开激战，击溃胡若愚军，乘胜进逼昆明。7月24日，胡若愚被迫挟持龙云撤离，并将省主席的印信交给周钟岳，请周转告第三十八军切勿追击，他将保证龙云的人身安全。7月25日，胡瑛率第三十八军进入昆明，胡若愚退至昆明东郊大板桥时，恐怕第三十八军追击，于是便向龙云表示和解，双方达成了“板桥协议”，商定龙云回昆明主持省政，胡若愚、张汝骥即行北伐，由龙云在后方补充饷械。8月13日，龙云回到昆明，接任第三十八军军长兼代云南省政府主席，重新改造云南省政府。
龙云重新掌权后，并不遵守“板桥协议”，命卢汉、朱旭等部将胡若愚、张汝骥部包围于曲靖，准备加以消灭。但此时，逃亡大理的唐继虞趁昆明城防空虚，发兵进逼昆明，昆明危在旦夕。龙云一面指挥部队固守，一面派代表向胡、张疏通，表示不再为难，维护“板桥协议”。说成后，即将朱旭部调回昆明，将唐继开部击退。
胡若愚、张汝骥被解围后，也不执行“板桥协议”，却与贵州周西成相勾结，联合黔军向昆明反击。龙云任命胡瑛为第三十八军前敌总指挥，双方在曲靖、宣威一带反复混战，龙云部将周西成之黔军击退，进而将胡、张部赶至川、滇、黔边境。1928年1月，龙云被蒋介石任命为云南省政府主席，并兼国民革命军第十三路军总指挥，从而在云南的地位逐渐巩固。
1929年初，龙云为报周西成黔军进犯滇东之仇，乃以胡瑛代理省主席，自率朱旭、张凤春等师进军贵州，发动了滇黔战争。与此同时，黔军将领李燊 也在蒋介石及龙云的支持下，由湖北宜昌率部回黔倒周西成。在龙云和李燊 的联合攻击之下 ，周西成节节溃败，4月间，周西成部在镇宁一带被击溃，周西成也被击毙。
滇黔战争爆发后，胡若愚、张汝骥认为有机可乘，联合龙部叛将孟坤，分别从川南、滇东北合攻昆明，龙胡之战又爆发。龙云急调入黔之滇军，星夜赶回昆明增援，与胡、张部激战于昆明碧鸡关。龙云采用参谋长孙渡所献之反间计，由胡瑛寄信给孟坤，却故意将信送往胡若愚、张汝骥处，信中暗示与孟坤已部署当合击胡、张，使胡、张对孟坤大为怀疑。当龙云部发动反击时，胡、张不增援孟坤，使孟坤部几乎全这覆灭。待胡、张知道上当时，后悔已晚，只有退往滇西。龙云挥师追击，胡、张节节败退，由华坪、宁蒗退入四川盐源、木里一带。1930年春，张汝骥在盐源战败被俘，押到云南下关枪毙；孟坤在渡江进，翻船淹死；只有胡若愚只身逃脱，后率残部并入桂军。
从1927年六·一四政变算起，这场龙胡之战经历了近三年。龙云最后消灭了对手，统一了云南，确立了他在云南的统治地位，当上了“云南王”，云南从此也进入新滇系军阀的统治时期。
旧滇系以清末陆军第十九镇为基础发展而成，其首领是唐继尧；新滇系则由旧滇系演化而来，其首领是龙云，已属于国民党新军阀之列。新滇系的主要将领有卢汉、孙渡、朱旭、张凤春、张冲、刘政富、安恩溥、龙雨巷、龚顺壁等。其中卢汉，也是彝族人，是龙云的同乡（昭通炎山人），与龙云的家仅有一山之隔。卢汉原名卢邦汉，字永衡，1895年出生。辛亥革命时，卢汉刚十六岁，跟随龙云投身滇军，以后历任排长、连长、营长、团长、旅长、师长，成为新滇系军阀中仅次于龙云的实权人物。
龙云掌握云南军政大权以后，即依附蒋介石，参与国民党新军阀之间的混战。1930年中原大战爆发，桂系李宗仁、白崇禧及张发奎率部北上入湘，企图与冯玉祥、阎锡山会师中原。蒋介石命令龙云发兵讨桂，并许诺如攻下南宁，则委派卢汉为广西省政府主席。龙云欣然受命，挑起了第二次滇桂战争。5月，龙云令卢汉为前敌总指挥，率领三个师共十五个团二万余人进入广西，抄袭李宗仁的后路。滇军先攻占百色，7月，包围南宁。南宁守军韦云淞部凭城固守，而滇军则因气候恶劣，水土不服，疾病流行，致使军心怠惰，士气沮丧，攻打南宁城三月而未下。9月底，桂张军从湖南撤回，白崇禧率部回援南宁。经过两周激战，至10月中旬，滇军失败，退出广西。1931年2月，滇军撤回昆明，经过整编，仅剩下六个团，损失大半。
这时，龙云借整编部队之机，削弱异己力量，提出“废师改旅”的整军方案，而他可以越过旅长直接指挥团长。卢汉、朱旭、张凤春、张冲四个师长不服，于1931年3月10日以“清君侧”为名，进行倒龙，演出了“四师长倒龙”一幕。龙云为了避免“二·六政变”时唐继尧的下场，以“扫墓”为名，离开昆明回昭通，实际只到寻甸羊街躲避风险。龙云离开昆明后，四个师长由谁来当主席，议论纷纷，争执不下。最后，卢汉、张冲只好把龙云请回来当省主席。龙云重返昆明后，宣布四个师长以下犯上之罪，下令全部扣押起来，立即撤销各师番号，实行废师改旅。不久，他又将卢汉、朱旭、张冲释放，另行安排工作。未获释的张观春不服，说话激怒了龙云，当场被打了两耳光，一直关押到抗战初期。
这之后数年，龙云全力加强云南的统治，并建立起忠于自己的滇军系统，成立军官学校，直接向法、德、比、捷等国购买军火，武装滇军。此外，在1935年及1936年间，龙云奉蒋介石之命，对长征路过滇黔边境的中央红军进行防堵追剿，受到蒋介石的嘉奖。
抗日战争爆发之后，龙云先后担任军事委员会委员长昆明行营主任、国民党陆军副总司令。他在云南积极组织人力物力，支援全国抗战，并编成三万人的第六十军，以卢汉为军长，安恩溥、高荫槐、张冲为师长，开赴抗日前线。之后，又新编成第五十八军和新三军，与第六十军合组成第三十军团。之后，第三十军扩编为第一集团军和第一方面军。滇军在抗日战争中，参与了台儿庄战役、武汉保卫战等，为国家民族作出重大贡献。出身于滇军的第三军中将军长唐淮源、第三军第十二师（追赠）中将师长寸性奇、第七十九军（追赠）中将军长王甲本、第四十八军第一七一师少将副师长周元等，都是为抗战而牺牲的烈士。1942年5月，日寇从缅甸入侵滇西，龙云领导云南军民奋起抗战，于1945年1月收复滇西。由于滇西抗战及中国远征军入缅作战，国民党蒋介石的嫡系杜聿明、宋希濂、关麟征等部乘势进入云南，打破了由滇系军阀统治的云南这个独立王国。
1945年8月抗日战争胜利，蒋介石任命第一方面军总司令卢汉为中国战区越南方面受降主官，令其率第一方面军开往越南。当滇军开拔后，蒋介石即坐镇西昌，亲自指挥昆明防守司令官杜聿明，于10月3日凌晨突然占领昆明市各要害地区，包围龙云的住宅。龙云在仓皇中逃上五华山。清晨，杜聿明派人给龙云送去蒋介石的命令，免去他军委会昆明行辕主任、云南省政府主席及所兼各职；任命他为军委会军事参议院上将院长，由杜聿明接收云南地方部队。龙云拒绝离开昆明去重庆任职。蒋介石先后派何应钦、宋子文来劝驾，又以武力相威逼。龙云无奈，只得于10月6日乘飞机到重庆任职。蒋介石这次“小偷式政变”（龙云语），从此结束了龙云在云南的十年统治。
此后，龙云担任军事参议院院长、战略顾问委员会副主任（代主任）等闲职，实质遭到蒋介石软禁。1948年秋，龙云得到消息，蒋介石要劫持他到台湾，因而决心出走。在行政院救济部署空运大队队长、美国人陈纳德的帮助下，12月8日，龙云乘飞机秘密离开南京，经上海转广州，于9月乘轮船到达香港。龙云到香港后，即从事反蒋民主活动，加入中国民党革命委员会，成为民革中央负责人之一。
再说卢汉，于是1945年9月20日率领总部人员直飞河内，9月28日在河内总部主持了日军受降仪式。当几乎全部滇军进入越南以后，蒋介石发动了10月3日“小偷式政变”，以武力解除龙云职务，改组云南省政府。10月4日，何应钦以中国陆军总司令身份飞往河内，名为视察，实则监视卢汉行动。接着，空军副司令王叔铭飞往河内，向卢汉宣布蒋介石的命令，任卢汉为云南省政府主席，未接任前，由亲蒋的新任民政厅长李宗黄（云南鹤庆人）代理。对此事变，卢汉也无可奈何。
蒋介石原想以李宗黄取代卢汉，但李宗黄与警备司令关麟征镇压昆明民主运动，遭到云南各界的强烈不满。就在昆明“一二·一惨案”（殴打、杀害爱国请愿的师生）的当天，卢汉回到昆明就任云南省政府主席。但蒋介石要把滇军调往东北参加内战，卢汉此时受到控制，被迫同意。他将滇军两个军即曾泽生的第六十军和卢浚泉的第九十三军交由孙渡指挥，合编为第六兵团，孙渡任兵团司令，于1946年春开赴东北参加内战，孙渡还兼任东北“剿总”副总司令。但是，不到两月，即5月31日，第六十军第一八四师就在师长潘朔端的率领下在海城起义。到1948年10月，第六十军二万余人在军长曾泽生率领下在长春起义。而第九十三军则被东北解放军消灭于锦州，军长兼第六兵团司令官卢浚泉被俘虏，派到东北的滇军就这样瓦解了。
由于滇军被调往东北打内战，卢汉在统治云南的几年间，为了掌握自己的武装，不断建立和扩充新型的以保安团队为牌号的滇军。到1949年，已扩编有十七个保安团，组成了以余建勋为军长的第七十四军和以龙泽汇为军长的第九十三军。6月，迫于形势，蒋介石撤销了由国民党中央接近指挥的设在昆明的云南警备司令部，成立云南绥靖公署，卢汉以绥靖公署主任兼省主席，正式合法地总揽了全省的军政大权。
龙云从南京逃到香港以后，积极参与反蒋民主活动，成为民革中央的负责人之一。他多次派人回云南与卢汉联系，策动云南起义。卢汉也看到人民解放军战争的形势迅猛发展，蒋家王朝崩溃在即，也不愿充当蒋介石的殉葬品，暗中也在作起义的准备。他一面与中共地下党和游击队联络，一面派人与西康省政府主席刘文辉以及西南军政副长官邓锡侯、潘文华相约，在适当的时候共同举行反蒋起义。因而，他在云南开放了一定限度的民主运动，放松了新闻限制，拒绝国民党中央军和桂系部队进入云南境内，反对在云南发行银元券，撤销军师长管区和警务处，停止征兵征粮等。
8月15日，龙云与黄绍竑 等四十四位国民党高级军政人员，在香港发表《我们对于现阶段中国革命的认识和主张》的声明，表示脱离国民党反动集团，归向人民，受到中国共产党和人民群众的欢迎。这事，史称“香港起义”。同一天，香港报纸登出“云南在龙云的策动下，已准备成熟，即将举行起义”的消息。国民党行政院长阎锡山获悉后，主张即以武力解决云南问题，代总统李宗仁也下令指派桂系部队入滇震慑。蒋介石恐怕云南落入桂系之手，于8月24日由台湾飞往重庆，连续发电报召卢汉赴渝。
卢汉顾虑重重，怕被扣留，称病不去，一拖再拖。蒋介石派俞济时到昆明催促，卢汉无奈，只好派民政厅长杨文清、省政府秘书长朱景暄代表他前往。但蒋介石一定要卢汉亲自去面商，同时派出中央军余程万第二十六军、李弥第八军、刘伯龙第八十九军分路向云南进逼，形成对昆明的包围之势。另外，西南军政长官张群多次来电催促，表示愿意担保安全。卢汉迫于形势，不得已于9月6日飞往重庆。临行前，卢汉对安恩溥、龙泽汇等人说：“我这次去重庆，吉凶难卜，万一被扣，就插红旗，通电起义，不要管我。”他指定军事由龙泽汇负责，政务由安恩溥负责。
卢汉到重庆后，即主动向蒋介石提出辞职。当时，蒋介石要利用云南作为反共基地，需要稳住这块大后方的秩序，因而他不仅没有扣留卢汉，反而表示交给卢汉全权处理云南问题，并拨军费银元一百万元以及武器、弹药装备补充云南两个军，但是，要卢汉逮捕黑名单上的一大批共产党员及进步人士。卢汉表面上同意，于9月8日下午即飞回昆明，立即通知了黑名单上的一些共产党员迅速转移。
9月9日下午，云南的特务在军统西南特区区长徐远举等的率领下进行大搜捕，共逮捕近五百人之多。这就是“九·九整肃”事件。经过残酷的审讯后，准备枪决的有一百多人，其余的也大多判了刑。国民党保密局局长毛人凤企图借刀杀人，嫁祸卢汉，将处理人员的名单送交卢汉，要他立即批准。卢汉采取复审拖延的办法，直到11月初，李宗仁逃往香港路过昆明，经卢汉请求，李宗仁同意从宽处理这批人员，卢汉即下令一律释放。
11月下旬，贵阳、重庆相继解放，人民解放军已迫近云南，卢汉将其第七十四军和第九十三军调往昆明及其附近地区，作好起义的准备工作。12月1日，卢汉下令成立昆明警备司令部，加强治安管理，维持社会秩序。
卢汉准备起义这一情报，国民党国防部驻云南区专员兼军统局云南站站长沈醉已经掌握，他电告毛人凤，请求指示。由于时局紧张，怕杀了卢汉会导致云南人民更加强烈的反抗，毛人凤迟迟没有下达命令，只命令沈醉严密地监视卢汉。12月6日，深醉亲自去见卢汉，对他进行试探，提出要在昆明进行一次大搜捕和大破坏，但卢汉摇摇头说：“目前时局紧张，不能这样做，免得人心混乱。”以此来应付沈醉。同一天，西南军政长官张群飞到昆明，监视卢汉，要把云南建成反共的基地。
12月8日，蒋介石召集驻滇各军军长余程万、李弥等开会。卢汉即利用余程万、李弥离开昆明的时机抓紧布置，并决定于12月9日夜举行起义。9日下午，张群、余程万、李弥等又回到昆明。卢汉突然派兵把张群软禁在自己家中，然后把张群的图章抄走，并以张群的名义发出通知，邀请国民党中央驻滇军事首脑于当晚九时在卢汉公馆举行紧急会议。结果，当国民党第八军军长李弥、第二十六军军长余程万、师长石补天、空军第五军区副司令沈延世、宪兵副司令李楚藩、军统云南站站长沈醉等依时到达后，亦遭到软禁。晚上十时正，卢汉在五华山云南省政府主席办公室宣布了“云南起义”的命令。同时向全国发出起义的通电，成立了以卢汉为主席的云南人民临时军事委员会，作为临时的最高权力机关。
12月10日，卢汉迫使李弥、余程万、沈醉等发布手令，命令国民党中央军及军统特务停止一切的活动，服从卢汉的指挥。但是，第八军和第二十六军并没有执行手令，从12月16日起，三面包围昆明，全面发起攻势。卢汉指挥昆明军民，开始了艰苦的昆明保卫战。由于战况危急，卢汉不得已将李弥、余程万、石补天释放。他们出去之前都满口答应，归队后，一定制止部队攻打昆明。但是，他们归队后，不但没有停止对昆明的进攻，反而打得更加激烈。国民党军一度进占昆明飞机场，推进到昆明城边，但仍被昆明人民和起义部队击退。到12月21日，敌军得知人民解放军即将进抵昆明，纷纷撤退，坚持了一周的昆明保卫战胜利结束。不久，人民解放军迅速进军滇南、滇东，彻底消灭了国民党在云南的全部军事力量。1950年2月20日，陈赓、宋任穷率领解放大军进入昆明。3月，云南省成立军政委员会，卢汉任主任。
云南起义，标志着滇系军阀的最终结束。新滇系军阀的首领龙云和卢汉，在历史的转折关头，都站到了人民的一边。
1950年1月3日，龙云离开了避居一年的香港回大陆，于1月18日到达北京。在新中国期间，龙云历任中央人民政府委员、人民革命军事委员会委员、西南军政委员会副主席、西南行政委员会副主席、全国人大常委会委员、国防委员会副主席、全国政协常委、民革中央常务副主席等。1957年，龙云被错划为右派分子。1962年6月27日，龙云在北京病逝。1980年7月，中共中央给予他彻底平反。
在新中国期间，卢汉历任云南省军政委员会主任、西南行政委员会副主任、全国人大常委会委员、全国体委副主任、全国政协常委、国防委员会委员、民革中央常委等。1974年5月13日，卢汉在北京因肺癌逝世。
而担任国民党西南军政长官公署副长官的孙渡，兵败后逃匿隐藏，1952年在清匪反霸运动中被人民政府逮捕，被关押改造，1963年获特赦，曾任云南省政协委员。1967年逝世。
还想加一段：曾任滇军团长、少将旅长的朱德，1922年因厌倦军阀混战，为寻求救国真理，弃官离职，赴德国留学，认识周恩来并加入中国共产党。1927年后成了红军的创建者和领导者。建国后，成了共和国元帅、担任全国人大常委会委员长。