宋庆龄是1913年6月离开美国的梅肯城，假道檀香山于8月到达日本横滨的。当时父亲来耀如到码头迎接了她。宋庆龄开始以为现在国内局势动乱，父亲和全家是暂时到日本避难的。她怎么也不会想到，在日本一住就是两年多，并且也就因为在日本居留这段不寻常的日子，奠定了她一生奋斗的目标即献身革命，而且她还与孙中山先生结为了夫妻。
当时，因为姐姐宋蔼龄向孙中山先生推荐了自己，宋庆龄便十分认真地担当起中山先生的秘书工作。由于整天跟随孙中山在一起工作，使孙中山与宋庆龄之间有了相当深刻的了解，并且使两个人的同志之间的友情，发展升华为彼此之间的互相爱慕之情。一时间，他们沉浸在热烈的爱情之中，当时孙中山年近50，而宋庆龄刚刚20岁出头。
在前一节我们已经讲过，孙中山当时已是有妻室儿女的人了。他的妻子叫卢慕贞，是一个没有什么文化的旧式女人。当初也是在双方父母的包办下，卢氏小小年纪便嫁到了孙家，并为孙中山生儿育女，操持家务。结婚以后，孙中山先是在香港读书，只是学校放假时才回家里与妻儿团聚。再后来，由于他奔走革命，长期逃亡海外，回家与妻子团聚的机会就更少了。长时间的分居，加之卢氏对孙中山从事的革命事业缺乏理解和支持，致使两个人的感情日渐隔阂。待到“二次革命”失败后，由于卢氏坚决反对孙中山的流亡生活并独自返回澳门生活，夫妇二人实际上已经正式分居了。
尽管孙中山和宋庆龄想尽可能长时间地保守他们之间的爱情秘密。但宋耀如还是很快发现了这方面的苗头。1915年6月，宋耀如出其不意地宣布宋家要返回上海。回到上海不久、宋家便宣布他们的女儿宋庆龄与一个名门子弟正式订婚了。而宋庆龄坚决反对，发誓决不与那位名门子弟成婚。
无奈，宋家把他们的亲生女儿扣了起来，宋耀如把宋庆龄禁闭在楼上她自己的寝室里。庆龄秘密写信给孙中山，询问她能否返回日本。这封信被她的女佣偷带出房发往日本，孙中山立即回信叫庆龄前去日本，说他迫切需要她。待等宋庆龄把实情告诉了自己的父亲时，宋耀如执意不肯并对女儿的想法表示愤慨。他命令女儿回自己的房间去。庆龄也不示弱，警告父亲她要出去。宋耀如采取了必要的防范措施，把女儿锁在房间里。但是当天晚上，宋庆龄的女佣替她看守着楼梯，她爬出窗户逃走了。当天夜里，宋庆龄便登船前往日本的神户。
对于一个年轻貌美且有地位的中国姑娘来说，这样的行动是大胆的，必须要有相当勇气。因为它严重违反了中国传统的道德规范。
此时，孙中山也意识到保持暧昧关系是愚蠢的，于是他为结婚作了各种必要的准备。“在我到达之前，我不知道他已经办了离婚手续并且想同我结婚，”多年后宋庆龄回忆说，“他解释说他担心他不这么办，我就被称作他的妾，这个丑闻就会损害革命，我同意了。我从未反悔。”
就在宋庆龄随父返回上海后，孙中山派人把夫人卢慕贞从澳门接至东京。在东京，夫妇二人协商办理了分离手续。照顾卢氏当时的社会影响，孙中山先生只得采用名日分居、实则离婚的变通办法。分居后，卢氏仍回澳门独居，其子孙科等人依旧对她奉养如前。
宋庆龄到达日本的第二天上午，孙中山便携她来到牛达区袋町五番地日本著名律师和田瑞家中，俩人签订了婚姻《誓约书入其全文如下：
暂约书
此次孙文与宋庆琳之间缔结婚约，并订立以下诸誓约：一、尽速办理符合中国法律的正式婚姻手续。二、将来永远保护夫妇关系，共同努力增进相互之幸福。三、万一发生违反誓约之行为，即使受到法律上、社会上的任何制裁，亦不得有任何异议；而且为了保持各自之名声，即使任何一方之亲属采取何等措施，亦不得有任何怨言。
上述诸条誓约，均系在见证人和田瑞面前各自的誓言，誓约之履行亦系和田瑞从中之协助督促。本誓约书制成三份；誓约者各持一份，另一份存在于见证人手中。
誓约人孙文（章）
同上宋庆琳
见证人和田瑞（章）
千九百十五年十月二十六日
一切手续完毕，当天下午，孙中山携宋庆龄乘车来到大久保百人町三百五十番地的梅屋庄吉家举行了简单的结婚典礼。当时，宋庆龄戴着大花边帽，穿一件粉红和淡绿花图案的裙子，衬裙透出白色，手里捧着一束鲜花显得光彩动人。孙中山则一身笔挺西装，神采奕奕，仪表堂堂。典礼在梅屋家的二楼大房间举行，客人有五六十人，其中有犬养毅、宫崎笸藏、营野长知、头山满、内田良平、古岛一雄、小川平吉、杉山茂丸、寺尾亭、佐佐木安王郎等许多日本政界的人士，以及孙中山的同志和朋友若干人。他们向新婚夫妇表示了祝贺。然后梅屋夫妇充当主婚人，让新郎和新娘喝交杯酒。犬养毅唱《祝福歌》。
结婚后不久，宋庆龄在写给卫斯理学院的一位同学的信中说：“婚礼是最简单不过的，因为我们俩都讨厌铺张的仪式和诸如此类的东西。我很愉快，尽量帮助我丈夫处理英文来信。我的法文大有长进，现在我能够阅读法文报纸，并能轻易地边看边翻译出来。你瞧，结婚对我来说好像是上学，只是没有“考试”来打扰我了。”
宋耀如发现女儿失踪以后，立即四处打听，后来得知她已乘一艘日本轮船渡海了。他紧咬牙关，订购了太平洋邮船公司的一张船票直追日本。抵达神户后他乘上一辆火车便赶奔横滨。但是太晚了，待宋耀如赶到时婚礼已经举行完毕。
据宋庆龄回忆，当时她父亲怒气冲冲地来到新郎新娘面前。在一场激烈的争吵中，他指责孙中山背叛了他们的友谊，所做的事愚蠢至极。激愤中，宋耀如提醒孙中山不要忘记他们共同奋斗了20多年，现在胜利指日可待，他最好的朋友怎么能够因为失去理智而破坏彼此的相互信任呢？
当场孙中山镇定自若，他一句话没讲。
宋耀如感到很痛苦。他认为孙中山这一次做得太过分了，并发誓再也不同孙中山或他的冒险行动发生任何关系，同孙中山及其同盟会断绝一切关系。宋耀如还脸色铁青，威胁女儿说要和她脱离父女关系。接下来，他便拂袖而去，搭乘下一班轮船返回了上海。
后来，每当提到女儿宋庆龄的问题，宋家老俩口只是说她“正式同孙博士结合”，然后便缄口不语了。
几个月后，宋耀如对自己的老朋友，传教士步惠廉发泄了他心中的苦闷：“比尔，我一生中从来没有这么伤心过，是我自己的女儿和我的最好的朋友害的。”
尽管当时宋耀如对亲生女儿和多年好友的“背叛行为”十分气愤。但没过多久他还是原谅了他们。他不仅为宋庆龄补办了一份丰厚的嫁妆，包括一套古朴典雅的家俱和一床百子图缎绣被面；而且还一如既往地在政治上和经济上支持孙中山领导的革命事业。虽然在当时，宋耀如尚未必能意识到，宋庆龄与孙中山的结合，已经为宋氏家族的未来前程，揭开了崭新的一页。
就在宋耀如与孙中山的关系异常紧张时，这期间发了一段小小的插曲。也许是历史有意的安排，这个小小的插曲大大缓和了宋耀如与孙中山之间的关系。
1917年，宋耀如的大恩人朱利安·卡尔的夫人南妮太太去世了。卡尔悲伤不已。于是宋耀如建议卡尔作一次环球海上旅行，并在上海小作逗留。卡尔最初反对，后经过再三考虑，接受了宋耀如的建议。
当卡尔抵达上海时，宋耀如戴着通常戴的那顶灰色软呢帽，胖得连他那件蓝哗叽上衣的扣子都扣不上了，亲自到码头迎接了这位恩人。然后他把卡尔带回自己的家中，把自己的夫人和家里的子女-一向卡尔作了介绍。当然宋庆龄除外。
由于卡尔在资助中国革命方面起到了巨大作用，孙中山和革命党人出面热情款待他。而卡尔又是宋耀如的恩人和朋友，捐赠的钱也是经过宋耀如的手来资助中国革命的。这样一来，宋耀如和孙中山只得先把一切怨恨都撇在一边。于是卡尔成了宋耀如和孙中山二人共同的贵宾。有两次宴会还是由孙中山亲自主持，宋耀如作陪。孙中山还特地送了三个精致的大瓷瓶给宋耀如的老朋友卡尔将军。
这次历史性的会面，对宋耀如、对孙中山、对卡尔来说都是极其难得的，因为在卡尔访问中国几个月后，宋耀如就因患胃癌而不幸病故。
公元1918年5月3日，52岁的宋耀如溘然长逝。临终时，5个女儿：宋蔼龄、宋庆龄、宋美龄都守护在他的身边。这种三姐妹的团聚就是在以后的岁月里，也是极为少见的。
如果宋耀如当初没有结识孙中山，而是沿着实业家的道路一直走下去，他或许早就成为一个腰缠万贯的巨富，但却不一定能成为一个积极从事反清活动的革命者。正是由于宋耀如在特定的历史时期和特殊的环境下结识了孙中山，才改变了他后半生的人生轨迹，从而成为一个革命者和一个曾对中国近代史产生不小影响的杰出人物，为自己本就富有传奇色彩的人生添上了不平凡的一笔，也为宋氏家族的辉煌提供了一个至关重要的先决条件。