有人曾这样形容“西安事变”在中国政治舞台上引起的错综复杂关系的演变，各种政治力量、各种人物的较量--有的人获得了胜利，有的人遭到了失败，有的人成为英雄，有的人成为小丑，他们之间进行的决斗就像旧戏舞台上两支军队所进行的决斗一样。他们口中连声呐喊，手中猛舞刀剑，令人胆战心惊，但实际上却一点也没有碰着对方。因为双方心里都明白这是演戏。最后，战败者颓然倒地，表示阵亡。但过了一会儿却又自己爬起来，大摇大摆地走下舞台；甚而威风凛凛，比胜利者还自豪。
这就是蒋介石回南京后给全国人民的感觉，人人都“得胜”了，只有历史是受骗者。
那天，孔祥熙和其他国民党军政要员在飞机场，象欢迎凯旋的英雄一样欢迎着蒋介石的归来。
就在蒋介石回南京的当天晚上，孔祥熙和宋零龄便前去探望，孔祥熙并当即提起辞去代理行政院长一事。
在几天后由蒋介石主持召开的国民党军政要员的会议上，张学良沉痛地对在坐的人说：“兹汗颜随钧座返京，听候惩处，以昭军纪。”
而蒋介石此际已恢复了他昔日的尊严，并以长者的“宽容”检讨说：“由于本人无德无才，教导部下无方，以致发生此史无前例之事变……汝既有悔过之意，自当转呈中枢，采取适当措施，以挽堕局。”
挽救的措施是什么？美国著名记者斯诺在1936年写到：“留心请看一切严厉措施都何等巧妙地因双方表示谅解而得到宽容，惩罚和赔礼都做得恰到好处。真不愧是妥协折衷大师的杰作，完全掌握中国人所说‘有实无名’和‘有名无实’之间的细微差别。”
蒋介石回到南京后，并没有立刻把孔祥熙辞去代理行政院长一事放在心上。孔祥熙是一定要这样做的，其实辞不辞的结果都一样。蒋介石要做的第一件事是立即向全党发表了一篇声明。其声明中说，他身为委员长，不仅没能制止叛乱，反而给国家带来危机，责任不可推卸。因此要求辞去他所担任的最高职务。在辞职之前，他下令把前去围攻西安的全部政府军撤出陕西，以履行他“停止内战”的诺言。
蒋的辞职没有得到“批准”，因为所有的人都没有把蒋介石提出辞职当真事，谁也不会幼稚到以为蒋介石真的想辞职，那不过是一个姿态罢了。但蒋介石又连提了两次，好像他真心地想辞职，就像孔祥熙一定要蒋批准他辞去行政院代院长一样。
和蒋介石上演的辞职闹剧一样，对张学良的‘’审判”同时也在进行。1936年12月29日国民党召开中常委的紧急会议，会上孔祥熙等一改“西安事变”时对张学良的谦恭，开始义愤填膺地口诛笔伐，大肆声讨张学良犯上作乱的“暴行”。会议决定把惩处张学良的工作交给军事委员会来完成。
12月对日，也就是1936年的最后一天，“西安事变”发生的20天以后，国民党最高军事法庭判处张学良有期徒刑10年。实际上，在判决的第二天，张学良就被释放。一切都像事先演练好的一样，张学良被一辆黑色轿车接到了宋子文家中，并天天晚上和宋子文、宋美龄一起打麻将消遣。
1937年元旦一过，蒋介石见自己的辞呈没有被“批准”，便向中常委请了病假，回他的浙江奉化老家养病去了。不久张学良也押往溪口。
蒋介石这一走，在南京的头头脑脑都慌了神。因为蒋介石一请病假，一回老家，就意味着高层要出现人事变动。而这次人事变动，又肯定和“西安事变”有关。那些沉不住气的，讲了真话或预谋趁机夺权的人便惶惶不安起来。
孔祥熙这时在干什么？他心里有底。蒋介石在西安时宋美龄就向他讲了孔祥熙在南京的所做所为。蒋介石对孔祥熙是满意的，也是放心的。但“西安事变”还是让孔祥熙吓出了一身冷汗。因为在那些日子里，他不只一次地想过，假如蒋介石真的回不来怎么办？假若蒋介石真的被张学良和共产党杀了怎么办？尽管他表面上不露声色，或是在关键问题上尊重大多数人的意见，但他非常清楚，他这个代理行政院长的位子实际上只是政治集团的一个筹码。因为他根本没有能力控制局面，从骨子里他是向着蒋介石的，不希望何应钦或汪精卫之流得势。但他又确实没法说服那些性情急躁的将军，比如他们要用飞机去轰炸西安等等。
南京的冬天也是很冷的。在蒋介石去浙江的那段日子，孔祥熙一直没敢休息，他怕蒋介石一个电话打来找不到他会误事。望着窗外灰蒙蒙的天空，干枯的树枝和偶尔飞过的一两只飞鸟，孔祥熙又一次感到了命运的无常和官场的冷酷。蒋介石下一个目标是谁呢？他想，会把何应钦怎样？那个一脸横向对他表面上恭敬骨子里鄙视的家伙。
有时下午太阳出来的时候，孔祥熙也到庭院里走走。他的秘书就会在客厅等候。而就在这时，蒋介石的亲信正在紧张地忙碌着，他们在搜集“西安事变”后拥蒋和反蒋力量的新的对比，并重新估计拥护蒋介石的实力，把像孔祥熙这样忠于蒋的人同那些准备在西安投炸弹炸死蒋的人区分开来。宋美龄就对宋蔼龄说，“西安事变”也是件好事，叫她看清了一些原来围着蒋介石阿诀之人的真面目。
1937年2月10日，就在蒋介石还在奉化“养病”的时候，中国共产党中央委员会向南京的国民党政府发出一封电报，电报向南京政府祝贺和平解决“西安事变”和“即将和平统一”全国。这份电报向国民党政府提出为了抗日救亡大业，应对自己的政策做四项重大修改。这四项修改主张即：停止内战；保证言论、出版、集会自由和释放政治犯；制订全国抵抗日本侵略计划；恢复实行孙中山遗嘱中的“三大原则”亦即当年第一次国内革命战争中一度实行的“联俄、联共、扶助农工”三大政策。
中国共产党中央委员会的电报还说，中国共产党为加速全国统一和抗日，准备停止一切推翻政府的尝试，并将红军改名为“国民革命军”，隶属于国民党中央军事委员会，苏维埃政府更名为“中华民国边区政府”，同时停止没收地主土地，集中人民力量投入抗战。
5天之后，蒋介石由奉化回到南京，并主持召开了国民党中央执行委员会全会。在这次会议上，蒋介石第一次正面讲述了他在西安被张学良、杨虎城扣押的全过程。他还特别强调了自己如何临危不惧，如何拒绝书面保证履行“叛军”的要求，如何反过来说服了张、杨同意他的观点，最后才不经意地谈到“叛军”的8点要求。
蒋介石的亲信在南京的调查活动此时已被人传出，国民党高层人士中不少人人心惶惶。既然蒋介石已经活着回来，谁还愿意再拿鸡蛋往石头上碰，所以此次全会坚持拒绝了张、杨当初提出的8点要求，再次对张学良的叛变行为进行谴责；同时亦再次表示对蒋介石的拥护、信任与爱戴，再次拒绝了蒋介石提出第三次辞职的请求。
在西安当狗熊、回南京当英雄，蒋介石这出自相矛盾的戏就这么唱下去了，而且越唱越来劲儿。到了这次会议快结束的时候，人们才发现蒋介石还没健忘到那种程度，还没有把临回南京时的许诺当成放屁一笑置之。
在会议的最后一天，蒋介石又做了长篇发言，在发言中他破天荒地提到了要给人民以更大的言论自由，而且第一次没有提到“共匪”，并且说今后不再使用“赤匪”和“共匪”这些字眼。当时，蒋介石还要释放政治犯等等。
当时，蒋介石学向全会建议，要给共产党一个“改过自新”的机会。即共产党必须答应4个条件，他就可以允许共产党合法存在。蒋的这4个条件是：取消红军改编为国军；解散苏维埃共和国；停止与三民主义相对立的宣传；放弃阶级斗争。
这实际上等于接受了中国共产党中央委员会电报的条件，不过给人的印象倒是反了过来，好像是中国共产党接受了国民党的条件。
显然，这标志着共产党和国民党通过“西安事变”达成的第二次国共合作已经开始。
蒋介石的这一切做法，真是煞费苦心，但却也颇有成效。这样他就可以既不降低他在国民党中的威望，又能同反对派和解（“西安事变”使他认识到了反对派的力量）。他几乎满足了当时全国各反对派别的政治要求，又不引起国民党内部的分裂。所以最后很明显的结果是，长期的内战停止了，至少在表面上是停止了。蒋介石领导的政府就要率领中国人民抗日了，因而也会得到人民的“拥护”了。
当时，蒋介石走的这是一步险棋。如果换了别人，很可能会轻率地采取报复措施。当时南京政府的很多人都是这样认为的，连孔祥熙这样的“稳健派”都坐不住了，都希望能做点什么让西北当局看看，他们粗暴扣押蒋介石应付出怎样的代价。但这时蒋介石却能“忍辱负重”，这也许是他比别人的高明之处。其实，蒋介石的报复观念是最强的。但作为一个政客，他太知道利用机会和抓住机会了。“西安事变”就给他提供了一个重新树立自己形象的机会，一个重新打击、削弱反对派的机会，一个重新为自己大捞政治资本的机会。
于是蒋介石没有收回在西安时期作出的承诺，也没有马上对张学良和其他扣留他的人进行报复。他只是软硬兼施，恩威并重，并且在不久就成功地把东北军从陕西调到安徽和河南，把西北军整编和归属了中央军。
到1937年2月下旬，蒋介石派出的嫡系部队不发一枪一弹就进驻了西安，并开始正式和共产党谈判。
也只有到这时，孔祥熙才真正领略了蒋介石在处理“西安事变”时的全部计划和手腕。当下他对宋蔼龄说，难怪委员长能统一天下，成为一国君主，这次他真是领略了。
蒋介石在这完成了这一切部署之后，在重新稳固了他的根据地之后，就开始对张学良下手了。而且最开始软禁张学良时，就是在孔祥熙的一栋别墅里。
此前一天孔祥熙还和张学良喝茶聊天，第二天再去时门口的哨兵已是荷枪实弹。蒋介石下手之快、之狠，连孔祥熙事前都没得到半点消息。
蒋介石终于违背了他在西安时的诺言，露出了他的狰狞面目。
当时，听说张学良又遭蒋介石的“毒手”，孔祥熙和宋蔼龄都起了怜悯之心。1937年1月，宋蔼龄曾找过宋美龄，希望能做做蒋介石的工作，放张学良出来，哪怕给个闲职养起来，出出头露露面也能显示出蒋介石的海量。但深知蒋介石秉性的宋美龄却没去当说客。孔祥熙也曾在1937年初密电南京政府，请求特赦张学良，电文中说到：
“西安事变发生之日，张即电孔表示负责保护委员长的安全。孔乃以私人资格，在这次复张函电中，表示张如能迅速护蒋回京，孔亦保证张的个人安全。”
张学良自然知道孔祥熙的态度，因此在宋蔼龄前去探望时，向宋倾吐了心中的焦虑和后悔。
然而后来，张学良将军却始终没能获得自由。在国民党特务的严加看管下，他先后被软禁在南京陵园、奉化溪口、安徽黄山。江西萍乡和湖南郴州等地。1949年又被秘密押往台湾。而杨虎城将军则被长期关押在重庆，并于1949年新中国成立前夕，被蒋介石派人秘密杀害了。
虽然孔祥熙在软禁张学良的问题上给蒋介石提过意见，但总的来说，在“西安事变”中的孔祥熙为了蒋介石和蒋家王朝的利益，可谓鞍前马后忠心耿耿，从而进一步赢得了蒋介石和宋美龄的信任和好感，成为蒋介石在政治上继续巩固其势力的资本。同时，孔祥熙得到的回报就是，奠定了在八年抗战中大发横财的基础。