在抗战期间，孔祥熙还着重抓了沿海工厂的内迁及专卖事业，积极为国民党战时经济体制增砖添瓦。
抗战前期，通过一系列改革和建立战时的经济体制，使西南地区的工业有了一定程度的发展，使整个大后方的工业有了较好的基础。
所谓大后方，主要是指川、滇、黔、陕、甘、湘、桂七省。这些省基本上没被日军占领和骚扰，有相对和平安定的环境。抗战全面爆发前，这些地区的经济落后，工业基础非常薄弱。如四川，当年仅有电力一家、水泥厂一家、面粉厂一家、造纸厂和机械制造厂各一家。其他省份就更少，有的一个省里竟没有一个像样的工厂。
“七七”事变后，在社会舆论的强烈要求下，蒋介石、孔祥熙和宋子文加快了向内地迁厂的步伐。1938年3月，蒋介石正式下令，拆迁沿海工厂到内地。而在1937年8月，上海的各工厂已开始向内地迁移。
1938年6月，国民党政府下令拆迁武汉工厂。各工厂不论大小，凡对敌后军需民生有用者一律内迁。一时间，车轮滚滚，马达轰鸣，大大小小沿江而上的船舶，成为一条条车龙船龙，婉蜒在从武汉至重庆的长江水道及两侧。仅不到一年，上海、武汉两市就内迁工厂300余家。同进江苏、无锡、常州、南京、九江、芜湖、郑州、许昌、太原等地也都迁出不少工厂。
沿海工厂的主要机器设备拆迁内地，极大推动了大后方工业的发展。如上海、汉口等地的电厂拆卸电器设备2．5万多千瓦入川；汉阳、大冶等炼钢设备运大渡河。这些内迁的机器设备运到内地后，或扩展革新了原有的厂矿，或新建了工厂。
由于沿海工厂的大量内迁，许多立志报国的知识分子和工程技术人员也纷纷涌入大后方。因此，抗战前期大后方工业呈发展趋势。
1937年到1942年，大后方的工厂数目由200多家发展到1000多家，固定资产由2000多万元上升到10亿多元，扣除通货膨胀后仍有较大幅度的增长。
孔祥熙经常把这些挂在嘴边，作为自己的政治资本到处吹嘘。他在“四联总处”的会议上和接受记者采访时曾不止一次地提到，大后方工业发展是行政院不懈努力的结果，言外之意就是他努力的结果。
应该承认，孔祥熙在抗战中为了适应对日作战，对机构进行调整，对财政进行改革，为抗战做了一些事情。但他所以这样做的根本出发点，是为了维护蒋家王朝及自己的根本利益，而不是从主观上考虑人民的需要、尊重经济规律。1942年后，大后方工业呈日益衰败之势，就是证明。
一般经济学家认为，大后方工业之所以能有所发展，要有以下两个原因。
一是抗战初期工业内迁和技术力量的内流，如前面所说的那样。同时，沿海地区的大量资金内流，也为大后方工业发展提供了所需要的资金保证。由于抗战激发起来的人民的爱国热忱和坚决支持抗战的决心，也是大后方工业发展的内在动力。
在共渡难关、打败日寇的精神鼓舞下，近2万名工程技术人员和高级知识分子不讲条件，不计报酬，日夜工作在生产第一线。除领导工业生产外，还大胆革新，努力创造，作出了不少特殊的贡献。如水利专家们在西南地区先后勘查了40多条河流，最后在四川的桃花溪、清渊河，青海的汉水，贵州的修文河，甘肃的天水，西康的东河等地建起了多座水电站。地质学家经过长途跋涉，历经千辛万苦，终于在荒凉的高原找到了石油，并成功地将石油开采出来。化学专家先后研制出了酸碱、橡胶、水泥、甲醇等战时急需的化工产品等，所有这些都极大地推动了整个工业的发展。
再一是有相对独立的市场。抗战全面爆发后，特别是沿海地区被日军占领后，大后方和海外市场的联系几乎被全部切断。内地各省工业基础薄弱，工业品原来主要靠外国进口和沿海各省供应。抗战以后西方各国对华输出大幅度削减，沿海各省的民族工业产品的内销几乎中断。与此同时，由于沦陷区人口的大量移人后方对工业品需要的增大，正在进行的战事对军需品及药品、交通工具等需求的增多；供应的减少和需求的增加，就刺激了生产的发展，并为大后方提供了一个相对独立的大市场。
同时也应当承认，在抗战前期国民党政府采取的一些扶持工业发展的措施，在政策上对大后方的倾斜，对大后方工业发展也起到了积极作用。如支持沿海工厂内迁。沿海工厂内迁是上海爱国工商界人士发起的，国民党政府在政策上给予支持，并投款56万元做为拆迁补助费，而且所经车站、码头、关卡一律免验免检放行。工厂拆迁到内地后，在征地建厂中，又给了很多支持，如提供低息贷款，免收附加税等等。
当时实施的“行业专卖”政策，亦是孔祥熙为了维持国民党政府财政正常运转的又一重要举措。
1942年，抗日战争进入第五个年头。国民党政府的财政已越来越捉襟见肘，孔祥熙在抗战初期所采取的种种办法，其弊端也日益暴露，通货膨胀，物价飞涨，物资供应也愈来愈紧张。
国民党在重庆召开五届八中全会时，虽然蒋介石对孔祥熙的经济工作还是肯定的，但来自其他方面的不满却使他不安起来。特别是宋子文，虽然在位置上宋子文不能与他抗衡，但宋子文深通经济。孔祥熙的那些所谓“改革”把戏经不住宋子文一驳，加上宋子文是“国舅”，哪天到宋美龄那里吹吹风，揭揭他的老底，他也会吃不了兜着走。因此，孔祥熙在大刀阔斧地进行田赋改革的同时，就琢磨着怎么能想出点新招，维持日益亏空的国库。
孔祥熙的办法，就是要对重要的四种商品进行政府专营，由政府赚这几种商品的钱，而不再让别人赚。这四种商品分别就是当时销量最大、日常生活又最离不开的盐、糖、卷烟和火柴。
其实，这还真不是什么新玩意。秦始皇统一中国后，就对盐进行过专营。而后的封建王朝，都对一些重要的商品进行专营，如秦朝的盐、铁等。
食糖专卖是从1942年2月开始的，紧接着是盐类专卖、烟类专卖，然后就是火柴专卖。
食糖专卖一开始就出现了麻烦。按照所谓的《食糖专卖条例》，应对食糖实行实物收购。但要全部收购则需要大量资金。1942年夏，当各地政府部门纷纷向孔祥熙伸手要钱时，孔祥熙才发现这样划不来。大量资金拨下去，自己手头紧张不说，谁知下面这些贪官污吏拿这些钱干什么。到时候食糖收购不上来，你还能砍他的脑袋？
当下孔祥熙又规定了一条办法。他对各省官员说，食糖原则上按条例全部收购，但具体操作的方法是，食糖中央暂不收购，只按照收购价格的30％征收“专卖利益”，其中15％为代征统税；收购价格的30％人专卖利益帐。
这里我们不必在经济学的术语上兜圈子。他的这个办法简单说来，就是收购资金由地方应缴中央的税款中支付，等于孔祥熙一分钱不往外掏却照样能获利。
“食糖专卖”一实施，糖价立即大幅度上涨，社会各界议论纷纷。消息传到蒋介石那里，蒋也颇为不满。原来说的实行专卖是为了平抑物价，防止投机，怎么适得其反呢？
于是蒋介石一个电话打到孔祥熙那里，孔祥熙连忙采取对策。即采取行政规定糖价，各商业网点的经销单位一律不许涨价。但孔祥熙没有弄明白，食糖生产主要在民间，他们出售给收购者的价格并不多。都是一些中间盘剥商从中哄抬物价，牟取暴利。如不调整收购价，就会影响生产，供应失调，专卖收入也会随之减少。但孔祥熙当时已经感到了蒋介石的压力，不敢再提高收购价格。他只能强行命令甘蔗和食糖照旧价出售。而蔗农售出后都不够成本，又不能不售，因甘蔗属于时令产品，不易保存和贮藏，结果种甘蔗的老百姓受到很大损失。
规定限价，中间商一见无利可图，便纷纷囤积压货，于是黑市发生，社会上的百姓买不到平价糖，只能以高出几倍的价格到黑市上去买，这样一来难免也怨声载道。
据说，当年的四川省主席张群一次乘车从成都到重庆。内江等地的蔗农得知消息，将甘蔗砍下来，在公路上铺了一里多长，以阻挡汽车前进。制糖业的业主和工人上千人自发聚集起来，向张群请愿，结果闹得张群狼狈不堪。
烟类专卖也是一样，一开始就遭到民族资本家和个体手工业者的反对。因为专卖局不但要到工厂仓库登记要货，而且要派出工作人员长期住厂“监督”。这使生产烟卷的工厂极为恼火。过去，他们生产烟卷只要交纳统税，而现在除纳统税外，还要缴纳“专卖利益”。在烟盒上贴上专卖标签，比过去的税高出近一倍，又不让提价。
连卖烟的小贩也受到了限制，原来小贩批发到香烟就可以到市场上叫卖，现在不行，要到登记处登记，缴纳一笔“专卖税”后才可出售。本来获利微薄，眼下又被孔祥熙的专卖事业扒了一层皮。
而火柴专卖也迭起风波。因为战时火柴原料无法进口，各火柴厂家只能仰仗孔祥熙的恩惠分配原材料。孔祥熙便把火柴原料的分配大权交给了他的一个亲信。这个亲信借助孔祥熙的权力，把其他厂-一挤垮，最后他自己担任了火柴专卖公司总经理。于是被挤倒的火柴厂联合各界群众和工人，到重庆国民党政府门前请愿，一时闹得沸沸扬扬。
专卖制度为孔祥熙摆脱财政困境带来了一些好处，但由于它是以政府独占生活必需品的经营权，就必然造成对生产者和消费者的掠夺，以及对生产的严重破坏。对国民党的经济来说，这些举措无益于饮鸩止渴。所以，专卖制度难免又是极短命的。
从1942年开始到1944年夏天结束，实行了2年的食糖专卖终于废止了。1945年2月，国民党政府又废止了盐、烟和火柴的专卖，改为征税。其中，近四项专卖为孔祥熙及国民党政权带来了22．7亿元的收入。而这22．7亿元的收入，简直就是劳动人民的血汗钱啊。