孔祥熙在抗战时期集数权于一身，成为国民党金融财政的化身。又靠着蒋介石的庇护，得意于一时，致使当时众多的阿谀奉承承、溜须拍马之徒也纷至沓来。但中国的知识分子，历来就有不畏权势，敢于舍身取义的。因此没过多久，“春风得意”的孔祥熙不仅受到了党派争斗之煎熬，而且也遭受到刚直不阿的知识分子的公开批评和抨击。其中最著名的一次，就是当时中国著名的经济学家马寅初先生，在一次会议上当面痛斥孔祥熙。
马寅初先生是我国著名的经济学家，早年毕业于美国哥伦比亚大学，并获博士学位。回国后不久，就担任了重庆大学商学院院长。本来马寅初完全可以留在美国，过一种舒适安逸的学者生活，因出于对祖国的热爱，他毅然返回了水深火热中的中国。所以对孔祥熙制订出台的一系列有损国家利益和主权的法案、政策，马寅初先生当时特别痛恨并7再仗义直言，而且即使是在有孔祥熙和宋子文等人亲自出席的会议上，他也毫不留情。
孔祥熙曾对他的秘书说，他还从来没见过像马寅初这样敢于在大会上公开顶撞他的学者。
1939年春，马寅初到重庆任重庆大学商学院院长。当时国民党政府政治腐败，军事上节节败退，经济上一片混乱。而孔祥熙。宋子文等豪门却利用手中权力，巧取豪夺囤积居奇，大发国难财。
当时，物价开始大幅度上扬，法币逐渐贬值，市场上出现了黄金、白银和美钞黑市。而在此时，孔祥熙突然命令财政部宣布将法币对美元的比价降低一倍，这等于无形中承认法币贬值一倍。一时间人心动荡，物价如脱缰的野马直线上升，市场一片混乱。对此孔祥熙不但不想办法，反而事前利用职权购进换进大量美元和黄金。一时间上行下效，财政部和中央银行的官员们也借了大量法币抢购黄金和美元，法币一宣布贬值，他们即可用一半美金偿还借款，自己净得一半。
马寅初目睹了这一切后，不禁痛心疾首。当即他便借召开1939年中国经济学社年会的机会，邀请孔祥熙参加时，准备和孔祥熙好好理论理论。孔祥熙平日里作威作福服本没想到马寅初会拿他是问。届时果真坐着高级轿车大摇大摆地走进了会场，还装出一副平易近人的样子和到会的学者专家们握手微笑。
会议开始后，马寅初首先发言。在介绍了各位来宾后他说：“今天我们很荣幸，请到了我们的社员、现任财政部长孔祥熙先生在百忙之中到会。孔先生是财政专家，又是现任主管全国财政命脉的最高行政长官，我想还是先请他来对当前国家财经情况作一指示。”
孔祥照经常出席各种会议，每次发言都要预先准备。这次出于情面原想应付一下，想听听别人的意见再考虑是否发言，根本没想到马寅初会将他一军。但这时大家已鼓起掌来，只得硬着头皮走上台去，装模做样地讲了几句。
孔祥熙讲完后，马寅初走向讲台说：“刚才部长先生讲了一通形势，我想请问一句，在法币已经贬值、物价不断上涨的情况下，财政部不但不设法出面于预，防止因通货膨胀给人民生活带来的影响，反而突然宣布大幅度降低法币对美元的对价，无形中对物价上涨起到推波助澜的作用。而一些大倒小倒，利用手中职权，在市场上抢购美钞、黄金，在黑市上转手倒卖，大发横财，坑了国家和百姓。对此不知部长先生有何感想。”
听到马寅初这番人木三分的言词，孔祥熙变得面红耳赤。但当着众人的面又不好发作，真是坐又坐不得走又走不掉，只好在那里干瞪眼白生气。
马寅初如人无人之境似的继续讲道：“我们中国经济学社的基金和我个人微薄的储蓄，都存在国家银行分文未动，就是将来在法币继续贬值下不值一文，如果国家需要，我们也决不会去提那些存款……”
当时不少到会的社员见马寅初敢当着孔祥熙的面揭那些丑陋的伤疤，不禁为他捏了一把汗。但又为马寅初不畏权势，敢于讲出大家想讲又不敢讲的话而感到由衷地敬佩。于是会场上顿时响起经久不息的掌声。
这时孔祥熙在主席台上已如坐针毡，大汗淋淋了。赶巧这时有人提议休息10分钟，总算为孔祥熙解了围。孔祥熙趁机溜之大吉，但从此对马寅初恨之入骨。
第二年，马寅初又牵头组织召开了1940年中国经济学社年会，大后方地区的社员都应邀出席了年会。孔祥熙虽接到了邀请，但回想起头一年被马寅初当场质问的情景，便以公务繁忙为由推辞了，只派了他的几个助手代他前往。
大会在马寅初的主持下又一次反映了民意，对当时重庆政府的财经政策提出了批评。会后孔祥熙的耳目把会议的情况向孔祥熙做了汇报。孔祥熙当即气得大发雷霆，当着秘书的面大骂马寅初不识抬举。
马寅初是著名学者，在学术界颇具声望。孔祥熙觉得自己不便直接对马寅初下手，就让宋蔼龄去向宋美龄吹风，让蒋介石下决心铲除马寅初。
其实除了孔祥熙，当时戴笠的军统和陈氏兄弟的中统也把马寅初在公开场合批评重庆政府的言论反映给蒋介石，并建议蒋介石下决心采取措施。否则会导致其他人效仿，对政府的威信不利。
蒋介石何偿不想把马寅初抓起来，但马是留美博士，在美国和在重庆都有不少支持者。如果仅因为他发表过一些批评意见就采取行动，会遭到很多人反对，在抗日战争的大背景下反而会惹下麻烦。所以蒋介石并没有立即下令逮捕马寅初，而是想找他好好谈谈。在蒋介石的政治生涯中，和知识分子打过不少交道，总觉得他们难成大气。有时别看他们怒气冲天，给一点小恩小惠，或“招安”后封个一官半职，马上就会对你感恩戴德服知遇之恩。
宋蔼龄几天和宋美龄通一个电话，当得知蒋介石对马寅初的这一态度后，即打电话告诉了孔祥熙。于是孔祥熙马上来了个180度大转弯，提出要让马寅初出任财政部副部长。
马寅初真是一代人杰，挣挣风骨。他先是对孔祥熙的邀请表示谢绝，并对前来充当说客的孔祥熙的秘书说，“本人无人仕之意，也无人任之才，只适合在学校教书或搞点学问，请转告孔部长，谢谢他的好意。”
蒋介石想找马寅初谈谈，但不直接说出这层意思，而叫重庆大学校长叶元龙来，叫叶元龙和马寅初说，欢迎马寅初到蒋府作客。有什么意见和想法，可以直接找他蒋某人谈。
叶元龙不敢怠慢，回去后找到马寅初并转告了蒋介石的意思。马寅初却说，“他是一党一国之领袖，我一个区区百姓，有什么可谈呢？无非是要见我一面，好让我领他一个情，我看还是不去为好。”
叶元龙劝不动马寅初只好回来告诉了蒋介石。蒋介石一听就翻了脸，训斥叶元龙说：“你怎么可以让马寅初当院长，你知道他在外边是怎么骂孔院长的吗？”
由于当时马寅初不肯向黑暗势力低头，终于招致了蒋介石和孔祥熙的毒手。
1941年春天的一个上午，一群便衣特务乘车来到重庆商学院。他们来到院长室对正在办公的马寅初说，政府有一个特别会议请马寅初参加，让马先生立刻跟着他们走。
马寅初抬头看看这些要他去开会的人，立刻明白了是怎么回事，因而平静地说：“我把这个报告写完，就跟你们走，请稍等片刻。”
这时，特务要绑架马寅初的消息已像长了翅膀一样飞遍了校园。几万名学生自发地来到办公室前，将特务的车团团围住，要阻止马寅初上车。
马寅初从屋里走出来，看到群情激愤便说：“同学们放心，他们不会把我怎样，我就会回来。”当时，马寅初是怕学生们因为他和特务发生冲突，以致连累他人。
特务们将马寅初带到军统的一个据点，又在那里换上了一辆囚车，从重庆一直开往贵阳。就这样，马寅初来不及和家人告别，就被秘密押解到贵州息烽一个秘密处所软禁起来。
蒋介石及孔祥熙以为将马寅初秘密关押起来，就能平息人民对他的批判和揭露。可是他们的算盘打错了。马寅初被捕以后，重庆大学商学院和社会各界掀起了一个营救马寅初先生的浪潮。美国、英国的学者和一些国外华侨也纷纷给蒋介石写信打电话，询问马寅初的下落，并希望蒋介石严惩逮捕马寅初的特务；与此同时纷纷谴责这种完全不符合法律的特务行径。
1942年8月，马寅初先生秘密被捕一年以后，国民党政府迫于国内外民主人士尤其是中国共产党以及重庆大学生的压力，不得不将马寅初释放回重p，但仍被软禁在歌乐山家中。直到1944年，才将马寅初完全释放。至此，马寅初终于重新获得了走上讲台的机会，当即重庆商学院为马寅初举行了隆重的欢迎仪式。
孔祥熙对马寅初的迫害，进一步在人民群众和社会舆论面前暴露了他表面中庸平和、内心残忍凶狠的本来面目。虽然后来，他对马寅初先生实施了阴险的报复；但毕竟将其丑恶的嘴脸，尤其是其大发国难财的罪恶勾当因此曝光，并引起国内外各界的密切关注。可以说，这件事亦为孔祥熙日后不久的垮台，埋下了一个有力的伏笔。