虽然蒋介石已决心让孔祥熙下台，但绝对要做得“合情合理”，以免引起政坛动荡和人们非议。特别是不能投鼠忌器，伤了自己的老根和元气。
的确，孔祥熙从南京政府一成立就任实业部长，以后步步高升，任国民政府财政部长、行政院副院长、院长，成为在国民政府中举足轻重的人物。仅在1年前，祝贺孔任财政部长10周年的纪念会上，还都是一片颂扬之词，怎么能说倒就倒了呢？！
为使孔祥熙“合理”倒台，蒋介石绞尽了脑汁。首先，他让孔祥熙到美国讨债，这样就为在国内倒孔留出了空间。一方面他和戴笠、陈氏二兄弟交待，要严格控制对孔祥熙攻击的分寸。在政治态度和涉及与蒋个人关系方面的情况不允许走透一点消息。另一方面从整顿经济秩序、建立健全政策法规人手，先从经济上搞臭孔祥熙。
孔祥熙和宋蔼龄也非常清楚目前的处境。宋蔼龄失庞，必然累及孔祥熙，孔祥熙丢了乌纱帽，他庞大的财产就会被慢慢侵蚀掉。于是宋蔼龄借出国的机会，趁蒋对孔的斗争还没有公开化之前，赶紧把国内的巨额资金转移出去，以为下台后的归宿作好准备。他们把目标放在了南美，那里和中国的联系较少，受国际政治的影响较小，比较安全。而且南美有丰富的矿产，很多地区都是未开发的处女地，投资后能获得丰厚的利润。于是宋蔼龄于1944年6月到了美国后不久，便开始在巴西购买了大量的企业股票，在圣保罗银行存进了巨额资金。
就在孔祥熙夫妇加紧转移他们财产资金的时候，倒孔的计划经过紧锣密鼓的准备后，也公开登台了。
在蒋介石的授意下，一次国民党中央执行会上，陈立夫、陈果夫兄弟首先跳来向孔祥熙发难说“权力太集中不利于调动各方面的积极性，不利于监督，必然造成贪污和腐败。”明眼人一看便知，这是冲孔祥熙去的。
陈氏二兄弟发完言后，孔祥熙偷偷看了一眼坐在前面的蒋介石。蒋介石还是老样子，腰板挺得笔直，面部严肃看不出任何表情。但从他那双射着毒光的眸子里，孔祥熙看出了杀机。
孔祥熙顿时觉得脊梁骨上直冒凉气，汗珠不由自主地从额头浸出。他控制了一下自己的情绪，掏出手帕揩了一下脸，然后对端坐在中央的蒋介石说：“鄙人才疏学浅，本是委员长赏识，能为党国贡献绵薄之力，如有贻误，本人愿承当责任。为了国家大计，我请求委员长恩准，辞去行政院长和财政部长之职。”
蒋介石像早早知道孔祥熙要提出辞职一样，没有丝毫的惊异之举。他在最后的总结讲话中，照例把孔祥熙赞美了一番，但却同意了孔的辞职请求。
“诸位觉得怎么样？”蒋介石为了表示民主，又问了一遍在坐的其他人。
你都同意他辞职，别人还能说什么。在坐的其他国民党要员一概默不做声。
接着蒋介石又提议由宋子文接替孔祥熙的职务，当即就以“全票”通过。
孔祥熙辞职的消息在重庆慢慢传开。与此同时，国民党政府最要好的伙伴，美国人对孔祥熙的指责也不胫而走，似乎和孔的辞职遥相呼应。
当时，美国总统罗斯福的私人代表居里正在重庆。在一次招待会上，他当着众人说：“中国要人的子女有170多人在战争期间逃避兵役，在美国过着花天酒地的生活。其中有孔祥熙和他的红人徐堪的子女。”
美国中央情报局在美国公布过一份材料，1942年孔祥熙动用2亿美元的美国贷款，在上海向商人购买货物，结果你猜他购买了谁的货？他买的是他老婆宋蔼龄的货。
蒋介石发现，孔祥熙辞职仍不能平息各方面的愤怒，特别是来自美国的指责。于是他下决心丢卒保车，把孔祥熙推出来，并且就从孔私分美金公债开刀。一来表明他能大义灭亲，在政治上强化自己的统治；二来可以讨好美国，把美国人民对国民党政府的指责推到孔一个人身上。
实际上，蒋介石这样做也是迫不得已。他倒孔实际上是在揭自己的伤疤砍自己的膀臂，是自己要流血。孔祥熙是他的红人和死党，是他一手提拔起来的同僚和“宰相”。但公债事件闹得沸沸扬扬，全重庆似乎都在议论，纸包不住火。这张包火的纸已变成一个火团，他蒋介石还能说那是一张纸吗？
1945年7月，国民党政府的国民参政会在重庆召开。这时抗战胜利大局已定，但重庆及大后方的经济情况却越来越糟。此时传来的少数金融界要入侵吞美元公债的消息，就像在布满干柴的大地上放了一把火，一时间群情激愤，参政会就成了这场大火的中心。
参政员黄炎培、陈庸稚等代表民意首先发言，向会议提出质问案。质问案将美元公债一案由幕后拎到了幕前。由于孔祥熙赴美出访未归，众多议员无所顾忌，畅所欲言，对政府的腐败贪污猛烈抨击，并一致认为要一查到底，并追究当事人的法律责任而不管他是谁。
侵吞美金质问案在参政会上引起轩然大波。参政会主席团负责人王世杰因是孔祥熙的朋友，就私下找到黄炎培和陈庸稚说，这个案子事关重大，弄不好会授人以柄，成为别有用心的人攻击政府的借口，就会影响政府的威信和抗战的前途，亲痛仇快。如其想查清此事，不如采取其他办法。再说此案查若不实，对提案人的信誉也会造成极大的损害，望二兄考虑再三。
蒋介石侍从室的陈布雷这时也找到陈庸稚说，“你们的提案很好，材料准备的也很翔实，但这里有个投鼠忌器的问题。如果此案真像你们说的那样，向全社会曝光，那么全世界都会认为我们是一个贪污腐败、徇私舞弊的国家，对抗战的最后胜利，对团结人民不利。不如将这个提案改为书面报告油主席团交给蒋介石查办，我也将尽力协助，使此问题能在一定范围内解决，这样比较稳妥。”
黄炎培、陈庸稚见如此状况，便同意把提案改为书面报告检举。
即便这样，孔祥熙的地位已处于风雨飘摆之中了。
蒋介石听了参政会主席团的汇报后，即找有关负责人谈话，同时亲自打电话给财政部代理部长俞鸿钧，要迅速查清此案。
俞鸿钧自然不敢怠慢。他找到其密友、公债司司长陈炳章，决定立即派调查小组到中央银行查账。孔祥熙不在，俞鸿钧、陈炳章又有蒋介石的支持，工作很快打开了局面。发现美元公债自登报停业出售后，所剩约5000万美元公债也几乎全部售完。买方姓名地址也大部是假的。甚至连南京、上海的沦陷区也“出现了大宗买主”。孔祥熙原来办的山西铭贤中学也是买主，大多数买主的地址姓名无法查实。所传中央银行和各级官员的每股，确有其事，但到手的都是副局长，副处以上的干部，还有一笔是专门分给国库局职员的。国库局的业务局长郭景琨和国库局长吕咸二人是孔祥熙的死党，他们对调查组的调查极不配合，说一切都有孔祥熙批示，他们执行的。但在查账过程中却查不到孔祥熙的一个批字。
陈炳章把这些情况一一向俞鸿钧报告，俞鸿钧则向陈布雷汇报，并转呈蒋介石。
蒋介石听完汇报后，叹了口气说：“没想到事情搞得这样糟，我看庸之只好辞职了，侵吞的美金公债分期偿还吧。”
陈布雷虽跟随蒋数年，但对蒋的这一态度仍有些捉摸不透。蒋想牺牲孔，但牺牲到什么程度，这件事是否就此罢手，要知道几百名参政员都在看着蒋的态度呢。
“对孔院长是否提立公案，还请委员长明断。”陈布雷又小心翼翼地补充说。
蒋介石慢慢从沙发上站起，转身凝视窗外说：“你知道吗，此事一列人提案公开，会对政府造成极坏的影响，美、英、苏等友邦会认为我们是一个循私舞弊的国家，对继续抗战不利呀！”
尽管蒋介石想小范围地处理孔祥熙，但没有不透风的墙，参政会上对孔的批评浪潮刚一平息，社会上对孔祥熙的批评浪潮又起。一时间，孔祥熙侵吞公债、询私舞弊成为重庆各报纸的热点新闻，整个工商界和国民党军政上层都被孔祥熙一事闹得沸沸扬扬。孔祥熙之举谁人不知，孔祥熙都能被披露，谁能保之。有的社团竟公开提出了要“除奸相”、“杀晃错以谢国人”的激进口号。孔祥熙的名声从参政会议一直臭到了重庆的大街小巷。
这时，监察院根据参政会部分议员的提议，派人到中央银行检查。中央银行失去了孔祥熙的保护，如同暴露在旷野没有遮挡不的士兵，立刻遭到来自各方面的攻击，倾刻之间便缴械投降了。
如同半路上杀出程咬金，就在蒋介石为孔祥熙一事怎样了结苦思冥想时，监察院因查出郭景琨瓜分美元公债对其提出弹劾，并将其移交司法机构立案审判。
就在这时，孔祥熙从美国回到了重庆。
孔祥熙一回来，就有人给他报信，说蒋介石正亲自调查美金公债一事，要他赶快想想办法。
孔祥熙自然知道目前的处境，但他并不惧怕。毕竟做了10年的政府要员，权倾朝野，为党国忠心耿耿。这次又为老蒋讨回债务且购了黄金，量他也不敢把我怎么样。再说老蒋把我搞臭了，对他自己又有什么好处。我当财政部长、行政院长、中央银行总裁不仅是个人的面子，而是代表政府，代表你蒋介瓦。我是坏蛋，你能是好人吗？
所以孔祥熙仍大摇大摆地上班，仍像从前一样和他的部属同僚打招呼。他听说郭景琨被拘捕后，专门去郭家看望了郭的妻小，还为郭景琨请了一名极有名望的律师端木恺，并送了端木恺很多钱，叮嘱他一定要打赢这场官司。郭景琨为此感激不尽。
国库局局长吕成看到郭景琨被捕，整日坐立不安，心想下一个目标就会转到自己。这年头人都是明哲保身，关键时候谁也不会帮你一把，发给国库局职员的这笔公债，只是孔祥熙口头同意，没有证据，一旦要查下来岂不成了我的罪状。左思右想不对劲，就补写了一个签呈，想叫孔祥熙补批，这样就能与自己无关了。但转念一想，这不等于给孔祥熙找麻烦吗？哪有奴才遇上了麻烦往主子身上推的？应该是奴才替主子担责任，才能得到主子的赏识。但看这架势，孔祥熙能不能保住乌纱帽还难说呢，这年头谁管谁呀？
想是这样想，他始终没勇气主动把这事提出来，倒是孔祥熙看出了问题。一次在办公室里问吕咸，为什么愁眉不展，吕咸道出了原委。孔祥熙听后哈哈一笑说，“吕咸弟你为何不早说，拿来我签字就是了。”
吕咸听后大喜，赶忙递上自己起草好的签呈。孔祥熙看都没看，就在上面写到：“同意。孔祥熙。”
倒不是孔祥熙多仗义，因为孔祥熙知道蒋介石不会把这件事摘大，但也不会放手不管。反正结果是一样的，不如做个人情，多为将来留条后路。
事情正像孔祥熙预料的。几个月后吕咸并没有被捕，郭景琨也被无罪释放了。
郭景琨被释放后，孔祥熙在自己的寓所范庄为他设宴压惊。一时间也成为重庆国民党上层的热门话题。
孔祥＿回到重庆后，俞鸿钧曾专门看望过他，并把蒋介石和参政会上的意见给孔祥熙做了转达。据说孔祥熙虽然拒不认错，但最终还是同意“吐出”侵吞的款项。从后来了解的情况看月B5000万美元公债的分配比例是，孔祥熙、宋蔼龄得到了70％；吕咸、郭景琨得到了25％；其余的关系只得到了其中的5％。
但这些贪污犯到底什么时候能“吐出”，也只有天知地知他们知道了。
1945年8月，也就是国民党参政会闭幕大约一个月后，重庆的《中央日报》刊登了这样一条消息：“中央银行总裁孔祥熙及国库局长吕咸，辞职获准。”寥寥ZI个字，没有任何解释。
孔祥熙在美国半年多，利用他最后的影响力为将介石讨回了1亿多美元的垫款，又购买了大量黄金，做为国民党政府发动内战的金融准备。作为回报，蒋介石虽然提出了孔祥熙的问题，但并没有公开揭露和批判，保全了孔祥熙的面子。这是蒋孔十几年政治生涯的最后一次合作和交易，而且彼此心照不宣。但无论如何，孔祥熙下野已是大势所趋民心所向，不可逆转了。
正如当时《中央日报》公布的那样，无可奈何之中，孔祥熙继辞去了行政院长、财政部长之后，又相继辞去了中央银行总裁、中国农民银行董事长、四行总处副主席等职务。
这样在不到一年的时间里，孔祥熙先后辞去了5个最重要的职务，只剩下中国银行董事长、国府委员和国民党中央执行委员这些有名无实的闲职。原来被人们认为“坚如磐石”的孔氏江山，就这样“忽啦啦似大厦倾，昏惨惨似灯将尽”了。