李宗仁虽全力支持蒋介石，但蒋不愿李宗仁手握重权，因此定都南京后，蒋千方百计要削弱李的军权，从此两人交恶，演出了一出助蒋又反蒋的闹剧。
1929年1月，在蒋介石的旨意下，“国军编遣会议”在南京开幕。这个会议的矛头是对准李宗仁、冯玉祥、阎锡山的，而主要是李宗仁。混乱岁月，李视军队如命根，要他削减军队显然办不到。会议遭到了李宗仁的强烈反对。这使蒋很恼火，对李耿耿于怀。政治手段解决不了，蒋决心以武力来达到自己的目的。
第一期北伐胜利后，李宗仁的桂系势力大增，白崇禧部驻扎华北；张定潘控制上海，黄绍弘占据广西，李宗仁亲率第四集团军驻防武汉。此外，与李宗仁过往甚密的李济深控制广东。桂系控制这些地盘，使蒋介石心怀不安。蒋曾与冯玉祥在汤山洗澡时的一席话，颇能说明他的这种心理：“常话说，平、粤、沪、汉这四个地方拿在手里头，全中国就都在他们手里头了”。
李宗仁势力的庞大和发展，对独裁的蒋介石有着严重的威胁。于是，蒋决心首先除掉他。
1929年2月初，蒋派人秘密运送大批弹药，取道江西，接济湘南的鲁涤平及其第二军，以便对武汉的李宗仁第四集团军用兵时取两面夹攻之效。没有不透风的墙，这一秘密被李部将领夏威、胡宗泽、陶钧发觉，夏、胡、陶年轻气盛，又仗着部队战斗力强的优势，在没有征得李宗仁同意的情况下，采取突然袭击的方式，以武汉政治分会会议的名义罢免了鲁涤平的职务，以何键取而代之，并对湖南用兵。夏、胡的行动，在南京的李宗仁还蒙在鼓里。21日凌晨，海军署长陈经宽忽来南京成贤街李宗仁邸宅，说他接到长沙海军电台告急，武汉用兵长沙，武装解决了鲁涤平手下的于部，原因不详。李宗仁听了大为惊诧，知道部下闯下了弥天大祸，后果不堪设想。李当即化装，偕侍从副官季光潜潜往下关，连夜搭乘火车赴沪，住迸法租界海格路陈光甫的“融园”。亏得李当机立断走得快，他出走后不久，陈果夫、何应钦先后往李宅探询李的踪迹。李的妻子郭德洁是位聪明人，她估计李已到了上海住下，才于第二天晚上告诉他们李已赴沪。
武汉的军事行动，使李遭到了舆论界的诋责，李无奈，遂于3月1日，在上海发表谈话，声明拥蒋，“促进统一”。然而蒋介石却把胡、夏、陶在武汉的举动看作借口消灭李宗仁势力的好机会，因此不肯罢休，从而演出了蒋桂战争的独幕剧。
3月15日，在蒋介石的主持下，在南京召开了国民党第三次全国代表大会。会上，蒋发表演说：有人认为两湖事件是局部问题，此乃错误认识。地方军人，目无中央，骄恣成习，积而有此重大违法之举。蒋的话实际上宣布了李宗仁的罪状，也表明了他对桂系用兵的决心。21日，蒋介石把李济深软禁于汤山。李济深被软禁，李宗仁感到上海不是栖身之地，继续呆下去极为危险，决定避回广西。3月22日，李在上海市长张定潘的安排下，带着副官乘专车去中国饭店。正如张定潘预料的那样，李的汽车一出门，蒋介石特务的汽车就紧跟不舍。李进饭店上楼后，立即又从后面工杂人员专用的搂梯下去，坐上已经准备好的另一辆汽车，飞驰黄埔江边市政府专用码头，匆匆上了汽艇，直开吴淞口外，搭乘邮船转往香港。蒋介石见李宗仁避匿香港，非常恼火。27日，在他的指使下，中央委员会开除了李的党籍。同日，蒋介石又以国民政府名义下令付伐李宗仁。蒋在讨伐令中说：李宗仁、李济深、白崇禧等，“借革命之名义以消灭革命”，“实力国民革命之障碍，三民主义之叛徒”，除“着即免其本兼各职，听候查办”外，令前方各军对李宗仁的部队”痛加讨伐”。
3月28日，朱培德奉蒋介石之命，为第一路军总指挥，率第三、五两军，从九江、南昌攻打武长路，以截桂军退路；刘峙为第二路军总指挥，率第一、三军，由皖、鄂边界沿长江西取武汉，韩复榘为第三路军总指挥，率第六、七军回南阳、信阳，南袭武汉。
对于蒋介石的军事讨伐，李宗仁早有所料，他在逃离上海前，已电告汉口第四集团军司令部参谋长张华辅，命何键为第一路司令，守湘东；叶琪为第二路司令，守武长路；夏威为第三路司令，守黄陂、祁家湾一线；胡宗泽为第四路司令，守阳罗；陶钧为第五路司令，守三、四两路军的中间地带。双方的军事部署，预示着一场大规模的决战。由于蒋介石军队人多势众，加之李宗仁手下的俞作柏、李明瑞、杨腾辉被蒋介石收买，4月4日，蒋军占领武汉。4月15日，胡宗泽、陶钧、夏威在蒋军的追击下，通过孔庚向蒋投降，通电下野，部队全为蒋收编。李宗仁在北伐后期统领的第四集团军在短短3个月中就化为烟云。
蒋介石在解决了武汉桂系部队的同时，又通过重新起用的唐生智，领兵向平、津白崇禧部进攻。大兵压境，且唐部绝非孤军作战，白知处境不妙，即弃部逃亡，由天津经海路往香港，与李宗仁“作伴”。
为了彻底打垮李宗仁的势力，蒋介石在4月19日发布“以根本铲除桂逆之目的，拟即由湘、粤、滇三路进攻广西”的命令。李宗仁到香港后，并未耽搁，即与白崇禧入广州。5月初又由广州返回广西梧州。蒋得悉李宗仁、白崇禧入广西，即密电黄绍弘将他两人扣押。黄、李、白，是广西的首领，曾经患难与共，重大事情总是三人抱着一团，因此蒋介石的密令无济于事，但蒋的紧逼，促使李下决心对蒋孤注一掷。5月5日，李宗仁组织了南路护党救国军，自任总司令，发出反蒋通电，命白崇禧、黄绍弘领兵分两路进兵广东。但李宗仁兵力有限，经不起蒋介石部的反击，于6月初败回梧州。6月下旬，粤军在蒋介石的军事配合下，先后攻占桂林、梧州。李宗仁在广西无立足之地，再次逃亡香港。至此蒋桂战争结束。
李宗仁逃到香港后，住在罗便臣道92号，这是一座位于半山之中的3层楼洋房，原系陈炯明在广东失败后来港避难时的栖身之地，如今成了李宗仁的匿身之所了。李虽说败逃香港，但毕竟是一位风云人物，到港后不久，来访者便络绎不绝。
不过蒋的轻动干戈，引起了连锁反应。蒋桂战争未了，冯玉祥预感到蒋在打败李宗仁后，将会锋转西北，对准自己。为了“自我保护”，冯于5月15日，在郑州扯起了“护党救国军西北总司令”的旗帜从平汉、陇海两线发动反蒋战争，于是蒋冯大战迫在眉睫。蒋恐李宗仁、白崇禧在香港与冯暗通款曲，策动粤桂起义，为冯声援，乃向香港总督交涉，逼李出境。李、白无奈，10月初离港，不久到达越南的海防。他们刚到海防不久，广西政局发生了很大变化，俞作柏、李明瑞脱离桂系。李宗仁决心东山再起，在黄绍弘的精心安排下，顺利回桂，重主广西。不久李又率八桂兵再度入湘作战，参加倒蒋战役。