兴中会成立不久，孙中山急如星火地回国，紧锣密鼓地谋划反清起义。
筹划不周，内部争权，奸人告密……首义未举，旋即流产。清王朝悬赏通缉，孙中山被迫开始16年的流亡革命生涯。
孙中山在动身回国前，与兴中会的同志商讨了起义地点。孙中山认为，选择起义地点必须考虑三个条件：急于聚人，利于接济，快于进取，并因此提出“以广东为最善”的意见。兴中会采纳了这一提议，决定以广东为革命举义发祥地。
发动起义，必须要有大量的同志参加。于是，孙中山到了香港之后，立即召集旧友陈少白、陆皓东、郑士良，与他们讨论扩大兴中会事宜。他们决定分头行动，联络同志，筹建兴中会总会。
经过一番紧张的筹备活动，他们租下香港中环士丹顿街13号楼房为总会所，以乾亨行的名义作掩护，兴中会总会成立大会于1895年的2月21日举行。
成立大会通过了修订过的《兴中会章程》，修订后的《章程》比檀香山制订的《章程》有很大进步。它公开抨击清王朝“政治不修，纲维败坏，朝廷则公行贿赂；官府则剥民刮地，暴过虎狼”，造成全国“盗贼横行，饥殍交集，哀鸿遍野，民不聊生”。
陈少白、陆皓东、郑士良、尤列、杨鹤龄、黄咏襄、朱贵全、余育之等数十人参加了兴中会。
香港辅仁文社成员杨衢云、谢统泰等接受孙中山的建议，也加入了兴中会。
成立大会之后，各人分头行动。陈少白赴上海找郑观应，谋求他的支持，并希望从上海找到一些同志，再回广州。
孙中山则同陆皓东、郑士良、邓荫南分赴广州秘密串连，建立兴中会广州分会。程奎光、程壁光、程耀哀、朱淇、左斗山、王质甫。魏友琴等数百人陆续参加。
与此同时，孙中山仍借着行医的招牌，积极联络会党、绿林、游勇、防营、水师，向他们宣传自己的主张，共同谋划举事计划。
杨衢云、谢统泰、黄咏襄则留在香港筹措经费、募兵、购运枪支。
孙中山在扩大组织、联络同志的同时，还注意争取国际友人和外国政府的理解与支持。
就在孙中山到达香港不久，在一次慈善团体举办的宴会上，经康德黎博士的介绍，孙中山认识了日本人梅屋庄吉。
梅屋庄吉在香港中环大马路28号开设了一家照相馆。孙中山认识梅屋后，即直接到照相馆去拜访梅屋。
梅屋见到孙中山，非常高兴，热情而又客气地对孙中山说：
“请照一张相吧。”
照过相之后，孙中山并没有走的意思，就与梅屋亲切地交谈起来。从谈话中，孙中山了解到梅屋有办法弄到武器，并可以把它隐藏起来，于是问道：
“梅屋先生，不打倒清王朝，中国是没有前途的。梅屋先生，你能不能帮助我们的事业？”
梅屋踌躇了一会，随后爽快地说：
“感谢你！我很高兴，我的志向和你一样。你发动吧，我以资金帮助你，虽然不够，但我愿意多方寻求办法。这是日本人的仗义精神。”
两个人四只手紧紧地握在一起。
“我发誓，我要干，梅屋先生。”
“从今天开始，我是属于你的。”
孙中山取得了梅屋的支持后，萌发了寻求得到日本政府援助的念头。于是，他从3月初开始，多次到日本驻香港领事馆走访中川恒次郎领事。对此，中川借给当时的日本首相原敬写过两封信，谈及此事。可日本政府有它自己的算盘，断然拒绝了孙中山的要求。
孙中山又转而通过谢统泰与《德臣西报》主笔黎德和《士蔑西报》主笔邓肯联系，取得了这两家英文报纸的支持。
1895年4月，在中日甲午战争中惨败的清王朝，不得不派李鸿章为代表与日本签订了丧权辱国的《马关条约》。
消息一传出，举国震惊。全国各地掀起了反对割让台湾、反对投降的斗争。
孙中山抓住这个有利时机，加紧布置起义事项。
他派郑士良往北江，联络英德、清远、花县一带会党；派李杞、侯艾泉联络香山、顺德等县绿林；又派人联系潮汕、惠州的会党和广州三元里的乡团。
孙中山在广州东门外成虾栏张公馆、双门底圣教书楼后礼拜堂设立了机关和接待站，接纳往来同志，贮藏文件、武器；还在广州河南洲头嘴设置了由美国化学师奇列负责的炸弹制造所，组成了由陈清负责的炸弹队；另外还购置了两只小火轮作为运输工具。
兴中会决定将广州作为起义地点，还决定采用陆皓东设计的青天白日旗作为起义军的旗帜，决定邀请何启代表兴中会起草宣言。
但是，在如何攻占广州这个问题上，兴中会的干部却有分歧意见。
一开始，孙中山提出了“外起内应”的战术。他以太平天国时代刘丽川动用七人，以迅雷不及掩耳之势攻陷上海为例，认为攻占广州的人，贵精不贵多。以五人一队进攻衙署，二三十人埋伏要道抵御援军，二三十人占领西门、归德门两处城楼，再以一二十人围攻旗界。任务完成后，则分头放火，以壮声势。
兴中会的其他同志认为人少力薄，过于冒险，建议将“外起内应”的战术改为“分道攻城”。约定时日，各地会党、绿林、民团，分顺德、香山、北江、潮汕、西江、香港几路，会集羊城，同时举事。
孙中山经过深思，打消了自己的设想，服从众人的意见。
可是，起义的几千人马，突然驻扎广州城，不仅驻地难找，而且难保不招致防营缉捕的怀疑。如果稍有不慎，秘密泄漏，后果将不堪设想。
大家又开始讨论起来。经过讨论，兴中会决定利用重阳节作掩护发动起义。
重阳节是粤俗扫墓的日子，无论什么人都要回省城去，那时来往的人多，参加起义的人混杂在人群中进城，就不易被人注意了。
于是，孙中山和他的同志们就把起义的时间定在1895年10月26日，即农历九月初九。
经过半年多的努力，起义工作进展得顺利而迅速庐势颇为壮观，筹备的事项也很周密。孙中山认为这时应召开一次会议，公举一位会长来领导广州起义。大家都同意孙中山的意见。
10月10日，兴中会召开了会员大会，选举会长，也称伯理玺天德（President），意即总统。
结果，孙中山当选。大家都来到孙中山面前，同他热烈握手，表示祝贺，并预祝起义取得圆满成功。
孙中山握着那一双双温暖而热情的手，感到自己肩上的担子更重了。
但他义无反顾，他无所畏惧，勇往直前！
孙中山当选为伯理玺天德之后，决定偕陈少白、郑士良等返回广州，主持起义。
这时，杨衢云忽然害怕起来，畏缩不前，不肯去广州冒险。孙中山与其他人都鼓励他，最后他才答应在阴历九月初八的晚上，带领三合会3000人搭夜船到广州，天亮到岸，便立即发动起义。孙中山于是把银行里的存款和在香港的所有军械都交给了杨衢云，让他起义时带往广州。
又隔了一天，杨衡云忽然又对孙中山说：“前天商议的办法，都是很好的。但我在香港主持一切，不可以没有一个名分。因此，我想请你把总统的名义让给我，以后到省城把事情办好了再让给你，你看如何？”
孙中山听了十分惊讶，也很不高兴，觉得事情还没开始，同志之间就有了地位之争，一时不知道如何回答。
但孙中山毕竟是个无私而坦荡的人，他沉思了片刻，回道：
“这有什么不可以的呢。可是，这个总统的名义是大家推举的，所以你要当，也还是得请大家来商量才行。”
“那什么时候开会商量？”杨衢云迫不及待地追问。
“就今天晚上吧。我先去同其他几位说一声。”
孙中山马上约见了郑士良、陈少白，同他们商量这件事。
郑士良听了非常恼火，大声嚷道：“这是不能答应的。让我一个人去对付他，非杀了他不可！”
陈少白却很冷静，他摇摇头，不紧不慢地说：“怎么能这样做呢？杀了杨衢云，在香港就出了人命案件，我们还能起事吗？依我看，不如我们先去省城办事。办成功那就没有问题了。假如不成功，随便什么人做总统都是无所谓的。”
孙中山点头称是，觉得陈少白的意见很符合自己谦让的打算。郑士良见陈少白说得有理，心里虽是愤愤不平，也不再说什么。
当天晚上，兴中会再一次召开联席会议。孙中山从革命大局出发，主动提出把总统让给杨衢云，因为事前已同大家商量好，自然没遇到障碍，一致通过了。
第二天，即10月13日，孙中山便先行赶到了广州。过了两天，郑士良、陈少白等数人也抵达广州。在香港，只留下杨衢云主持工作。
10月25日晚，广州附近各路队伍，打着大书某族省墓灯笼，云集广州。
陈清率领的炸弹队，在城内要道埋伏。他们准备在各要点施放炸弹，各路人马听到炮声即同时发动。
10月26日，天刚蒙蒙亮，好几路会党、绿林、民团首领已经在起义总机关等候命令。他们准备以青天白日旗为旗帜，以“除暴安民”作口号，以红带缠臂做标志，大举进攻。卫队的100多名战士身藏利器，在起义总机关的四周待命。
就等孙中山一声令下，起义队伍即刻就出击了。可是，孙中山却没有按时回到起义总机关。陈少白、郑士良等兴中会同志一个个焦急万分。
原来，孙中山忽然接到汕头、西江两军报告，道是“官军戒备，无法前进”。这一突变情况使孙中山预感到事情出了问题。
问题到底出在哪里呢？孙中山正在紧张地思考，又接到杨衍云电报：“货不能来，延期两日。”
杨衢云之所以发这份电报，造成这种不能如期率队伍参加起义的结果，完全是因为他的私心所造成的。
杨衢云取得了总统的名义后，首先编了一支总统卫队，规定卫队队员与各队领队待遇一样：即先发饷，给手枪，又每人发与钟表。这样做引起各队领队的不满。在偏僻地方试枪时，各领队又发现他们的枪支有好有坏，而卫队的枪支，却是支支精良。领队们本来就有意见，这下更是议论纷纷，吵吵嚷嚷地要求更换坏枪，否则，初八晚上决不带队开赴广州。到了这时，杨衢云哪里再有枪支可换？而领队们又不肯让步。一时间，杨衢云急得像热锅上的蚂蚁。无可奈何，只得电告孙中山。
孙中山哪里知道这些情况！他只知道问题更为严重了。他赶忙拿着两份电报，急匆匆赶到起义总机关。这时已经是上午8点多钟。
陈少白看了电报，大惊失色，连忙说：“凡事过了期，必然走漏风声。假如还硬要发动起义，是一定要失败的。我们只能暂时把事情压下去，等待以后的机会了。”
孙中山觉得陈少白说得有道理，便当机立断，把钱分发给各路首领，叫他们回去等候命令。接着，又发急电给杨衢云，称“货不要来，以待后命”。
孙中山意识到形势十分危险，但他首先想到的并不是自己的安全，而是同志的安全。他连忙对陈少白说：“你赶快走吧，我留下来处理一些事情。”
当晚，陈少白匆匆忙忙搭轮船回香港了，孙中山则同郑士良赶到咸虾栏张公馆焚毁文件，贮藏枪械弹药，布置同志转移。
在处理这些事情的整个过程中，孙中山始终镇定自若，临危不乱，给郑立良以很大的鼓励，使郑士良感到孙中山“毕竟不愧为领袖”，一副大将风度。
却说这时的两广总督已经是谭钟麟。这是个年迈昏聩的官僚，对兴中会的革命活动始终没有察觉。重阳节这天上午，他接到香港总督密电：有人从香港私运武器进入广州，请留神。
谭钟麟看罢，并不在意，只是一笑了之。心想：英国人连是谁私运武器都没弄清，岂不是捕风捉影？
谭钟麟正在暗自好笑，又见省缉捕统带李家体气喘吁吁地跑来报告：市面上外地人突然大增，行迹可疑，听说可能是要造反。
“党首是哪一个？”谭钟麟并不相信，以一种自负的口吻问道。
“孙文！”
“孙文？”谭钟麟仰面大笑起来＄边笑边说：“孙文乃狂士，好作大言，岂敢造反？”
李家体尴尬地站立在一旁，不知如何是好。他闷闷地退出总督府，心里并不服气。于是，他派了一些侦探去监视孙中山。
这一天，孙中山仍和平常一样，镇静自如。他同区凤樨老师准时去参加一个朋友的娶媳宴会，途中见兵勇很多，知道情况异常，但他依然谈笑自如，旁若无人。
区凤樨却很诧异，向孙中山问道：“今天的兵勇为什么这样多？”
孙中山微微一笑，说：“是来侦探我的行迹的吧！”
区凤樨大吃一惊，忙问：“为什么？”
孙中山反而问他：“行人都说我孙文举事，你没有听到吗？”
到10月27日，事情终于败露了。
事情出在朱淇的哥哥朱湘身上。朱湘是清举人，主持西关清平局事务。朱淇起草了起义的《讨满檄文》，朱湘得知后，生怕连累到自己，便冒用朱淇的名义向李家焯告发。
李家焯连忙报告谭钟麟。谭钟麟一听，惊得汗如雨下，一副狼狈相。呆了一阵才缓过神来，连忙调兵遣将，加强广州防卫，并派李家焯领兵搜索双门底王家词和咸虾栏张公馆肥守各处关口和码头。
这时，孙中山和陆皓东正在河南一个秘密机关里，听到清兵出动搜索的消息，连忙布置转移。陆皓东自告奋勇，要去云岗别墅焚毁兴中会名册，以免落入朝廷之手。孙中山同意他前往处理，并与陆皓东约定：事完之后，黄昏在水鬼潭埠头会合，然后一同离开广州。
陆皓东立即渡江赶到北岸的云岗别墅，焚毁了兴中会名册。正要撤离，清兵已把云岗别墅重重包围了。
除了陆皓东，被捕的还有程耀高、程奎光、程怀、刘次、梁荣等人。
这天黄昏，化装成商人的孙中山到了水鬼潭埠头。他等了很久，仍不见陆皓东的影子。他知道好朋友凶多吉少了，迫于风声越来越紧，只好独自登上一只事先备好的小汽艇，在弯弯曲曲的小水道里拐来拐去，终于躲过敌人的盘查，朝香山县唐家湾方向驶去。
杨衢云虽是接到孙中山“不要再来”的电报，但7箱军械早已经交给“保安”号轮船，若是起回，又怕事情败露。于是只好硬着头皮，仍派朱贵全、丘四带领200人随船赶往广州，同时复电孙中山：“接电太迟，货已下船，请接。”
28日清晨，“保安”号轮船刚刚抵达广州，等候多时的南海县令李征府及缉捕统带李家焊即挥兵上前截缉。起义者们的7箱枪支，全被杂货积压在下面，临时根本无法拿出，朱贵全、丘四等40多人无奈，束手就擒；木箱内的200多支手枪和弹药，也尽被查获。
广州起义至此即告彻底失败。
陆皓东被捕后，被押到南海县县衙，县令李征庸亲自审讯，严刑拷打，妄图逼使陆皓东供出同党而一网打尽。然而，陆皓东坚强不屈，横眉冷对李征庸，嘲笑似的对他说：
“你虽严刑加之于我，但我肉痛心不痛，你将奈我何？”
11月7日，谭钟麟令营务处将陆皓东、朱贵全、丘四三人绑赴刑场杀害。
广东水师统带程奎光，在营务处受责600军根，病死狱中。
闻知陆皓东牺牲，孙中山极为悲痛，称他是“命士之英才”，“为中国有史以来为共和革命而牺牲者之第一人”。
接着，清王朝下令对孙文、陈少白、杨衢云、朱浩、汤才、王质甫、李杞、侯艾泉、夏百子、莫亨、吴子材等十余人悬赏捉捕。
孙中山被列在缉捕名单的最前面，赏银也最高，为花红银1000两。另外，清朝总理衙门向亚洲、美洲、欧洲各国清使馆发电，通缉孙文。
再说孙中山于10月27日晚上到达唐家湾之后，马上改坐轿子赶到澳门。过了两天，从澳门搭船去了香港。
到了香港之后，孙中山与陈少白、郑士良会合，搭船前往日本，终于摆脱了清廷的追捕。