国内外反动势力勾结起来绞杀革命，革命党人在国内难以立足，被迫在海外建立革命阵地，南洋各地的同盟会如雨后春笋，其中不少为孙中山亲自建立的。
中国同盟会在日本成立后，在国内外大力发展革命组织，其中海外各侨居地的革命组织发展很快，一日千里。在东南亚一带，同盟会组织星罗棋布。其中地位最重要且影响最大的要数新加坡同盟会和模榔屿同盟会。
介绍新加坡同盟会建立的过程，需要从孙中山同新加坡华侨革命人士的最初交往开始。
1900年孙中山来到新加坡时，尚未正式与当地进步华侨建立联系Z此后不久，他即被新加坡英国殖民当局驱逐出境，限期5年不得人境。1904年当地进步侨商陈楚楠张永福创办革命报刊《图南日报》，该报与其他各地华侨报刊多有联系和交换关系。为扩大宣传和增加发行量，1905年新年《图南日报》印有富有反满刺激性的月份牌（即日历表）随报寄至檀香山檀山新报社，被当时正在檀香山的孙中山见到，始悉新加坡也有反满革命思想的华侨，异常喜悦，随即以20美元购取月份牌20张，并致信尤列询问该报为何人所办，不久尤列复函告之。
同年夏，孙中山由欧洲东归，先期致信尤列等，告诉他船过新加坡时，引导请同志相见。届时尤列引导陈楚楠、张永福、林义顺登船相见，孙中山因限制人境期未满，加之急于赴日本东京筹建同盟会，故未下船，临行时孙中山告知他们，革命机关不日将在日本成立，嘱其在当地作好准备，是为孙中山与南洋革命华侨交结之始。此次会晤虽是匆匆，但为日后新加坡同盟会分会的建立奠定了基础。
1906年春，孙中山再次来到新加坡进行革命活动。4月6日，他召集当地进步华侨，在张永福的别墅晚晴园成立同盟会新加坡分会。当时会务的组织及开销均由陈楚捕和张永福协商分别承担。
会所晚晴园还有一段艳史，它原是一位富家公子的藏娇金屋，其门口的石灰柱子上有一块石牌，上面的英文是 Bin Chin House，这是那位美人的芳名。屋里的陈设据说是那位公子向欧美定制的，并留有情人的小影。后来该屋被张永福买下，为供其母休养的别墅，孙中山来到以后特地腾出来供开会所用。会议之所以选择在这里召开，一是因为它是张永福的家产；二是这里富丽典雅肃静，尤其是这里离市区较远，不会惹人注意。首次与会加盟者有陈楚捕、张永福、林义顺、许子麟、刘金声、黄耀廷、尤列、邓子瑜、张华丹、吴悟叟、林干廷、张秉庚等12人。推举陈楚楠为会长、张永福为副会长、许子麟为会计、林义顺为交际。这12人中有10人是较为富有的商人。在会议上孙中山首先带头宣誓，接着与会者分别宣誓，继之孙中山教给会员握手的符号和见面时谈话的密语。以后陆续加盟者有沈联芳、黄乃裳、许雪秋、郑聘廷、陈芸生、林文庆、陈嘉庚、李竹痴等400多人，现存的名录上知道名字的有255人。
同盟会新加坡分会的章程是后来孙中山偕胡汉民再来新加坡时，嘱胡汉民起草的，共有28条。后来又制定了（中国同盟会分会总章）（即南洋支部章程）16条。这些章程还分别对组织机构、会员人会的手续、缴纳会费及义务等做了具体规定。这两个章程与日本同盟会总章尽管有所不同，但其宗旨和目标是相同的。它们是根据侨居地华侨会员的实际情况灵活制定的，为当地会员规定了奋斗目标，当然是革命性质的章程。
按同盟会总章的规定，同盟会南洋支部设在新加坡，1908年秋，孙中山代表同盟会总部，发出（设立中国同盟会南洋支部通告）（支部长为胡汉民），分别寄给南洋各地同盟会分会负责人，（通告）说：
“近年以来，南洋各处同志日多，各就所处结合团体，以实行宗旨，发展势力，真有蒸蒸日上之势，殊可庆慰。今在新加坡设立南洋支部，欲使南洋各处团体互相联络，以成统一。”
这则《通告》说明南洋同盟会迅速发展的大好形势。
此后新加坡同盟会一度成为东南亚革命组织的总机关和活动中心。
新加坡同盟会建立后，孙中山和同盟会的负责人奔波马来西亚各地乃至南洋各侨居国建立革命组织。1906年8月，孙中山偕陈楚桶、林义顺、李竹痴等来到马来西亚的吉隆坡。8月7日，同盟会吉隆坡分会正式成立，孙中山亲自主持宣誓，当地华侨杜南、杜冠雄、杜著新、阮卿云、阮德三、王清（又名王清江）、陆秋泰等人加盟。从人会成员分析，除王清外，其余15人祖籍皆为广东顺德、南海、东莞，而且有6人来自两个家庭。尤其是70多岁老华侨阮英舫，聆听了孙中山革命宣传后，欣然率领两个儿子阮卿云、阮德三加盟。数天后，又有一批华侨入会，其中包括著名侨商锡矿主陈占梅和民主人士彭泽民。后在一次全体会员大会上，推选锡矿主陆秋泰为会长，王清为副会长。吉隆坡同盟会会员后来发展到1000多人。
吉隆坡同盟会建立后，孙中山一行继续前往霹雳州的怡保发展组织，但当地保皇势力嚣张，锡矿富商保皇会首领胡子春，得知孙中山到来，威胁要以武力对付。孙中山得知后，为避免正面冲突而返回吉隆坡，在怡保建立同盟会分会的意图暂时未能实现。未几，经友人介绍，孙中山转赴槟榔屿（简称槟城），拟拜访某大资本家，但此人却避而不见，使孙中山受到尴尬。而当地另一富商吴世荣与其好友黄金庆得知后，主动出面接待，并介绍当地一些爱国华侨与孙中山相识，这是孙中山第一次与槟榔屿华侨结交。
孙中山在槟城逗留时间很短，旋因事返回新加坡，继派陈楚楠、林义顺持其介绍函到按城组建同盟会分会。首先加盟的有吴世荣、黄金庆、陈新政、辜立亭等22人，在陈楚楠、林义顺二人的主持下，加盟者-一举手宣誓。众推举吴世荣、黄金庆为正副会长。吴世荣是一名始终不渝、意志坚定的革命者。他祖籍福建海澄县，其父在槟城开设“瑞福号”，经营面粉、火柴及土特产，是当地著名殷商，父亲去世后，吴世荣继承产业。他身为富商，但平日生活衣着仍自奉节俭，常穿着经脏耐用的黑布裤子，但思想却很进步，热心社会公益事业，故在当地华侨社会中声誉颇佳。自和孙中山首次结识后，始终不渝地追随孙中山革命，甚至不惜倾家荡产，晚年穷困潦倒。
1910年夏，同盟会南洋支部根据孙中山的建议，由新加坡迁到槟榔屿，从此槟城便成为革命党人在南洋活动的中心。同盟会成立不久，由于经费的使用及个人思想差异等原因，章太炎、陶成章等同盟会负责人与孙中山产生矛盾，并大肆攻击孙中山，在新马各地尤其是新加坡华侨中进行反孙宣传等活动。新加坡作为同盟会南洋支部的所在地及其负责人的张、陈等，对陶成章等人的分裂活动表示沉默，未加反对，使孙中山感到失望。为摆脱这种不利局面，孙中山采取了这一措施；再者同盟会槟城支部建立后，涌现出了像吴世荣、黄金庆、陈新政等坚定的华侨革命党领导人，革命工作开展得有声有色，后来居上；另外，槟城与新加坡同样为英国殖民地，也同样具备较好的通讯、地理条件。这些大概是孙中山将同盟会南洋支部由新加坡迁往槟榔屿的原因。
南洋支部迁往槟城后，孙中山进一步采取了一些改组措施，任命吴世荣、黄金庆为支部负责人，颁布了新的章程20条，对南洋支部的组织机构、职权等作了详细规定；按军事组织将按城所有同盟会会员进行编组，并将全体会员进行重新登记。这些措施加强了同盟会的领导。
在越南华侨中较早建立同盟会的是西贡、堤岸地区。早在1900年孙中山初到西贡时，结识了法国银行买办华侨曾锡周、马培生及侨商李竹痴等人。1902年孙中山利用应法国总督之邀赴河内参观博览会的机会，组织兴中会，奠定了建立同盟会的基础。1905年冬，孙中山偕黎仲实、胡毅生、邓慕韩等再次来到西贡，受到曾锡周、马培生、李竹痴等热情接待，因此地为法国商业区，而附近的堤岸为华侨集居区，孙中山在西贡住了一二天后即赴堤岸，受到当地华侨的欢迎。随即成立同盟会，人盟者有李晓初、李卓峰。刘易初、黄景南、关唐、李亦愚、曾锡周、马培生、李竹痴等多人，举刘易初、李卓峰为正副会长，以刘易初的昌记行为通讯机关。
1907年春，孙中山为发动粤、桂、滇三省反清起义，住在越南河内，在甘必达街61号设立起义指挥总机关，并趁机将原河内兴中会改组为同盟会，先后加盟的华侨有杨寿彭、黄隆生、张美池、王和顺、黄明堂、吴祥生等数百人。同时在海防设立同盟会分会，会址设在台湾街32号万新楼，以刘歧山为会长，甄壁、林焕廷、陈耿夫等为干事。
1908年11月，孙中山偕胡汉民、胡毅生等来到逞罗（即泰国），受到萧佛成等接待，遂由孙中山亲自主盟，建立同盟会退罗分会，加盟者有沈劳思、萧佛成、陈载之、周道生、陈景华、梁社长、王杏洲、朱庆初等20多人。由萧佛成任会长。退罗同盟会分会建立后，创办了《革命机关报》、《华退日报》，宣传革命；复派人回国参加武装起义；建立中华阅书报社等，革命活动随之开展起来。