所谓“百废待兴”，正是形容南京政府成立之初时最准确的一个词。对孙中山来说，这是他“革命”之后必须要面对的“建设”问题。
就在孙中山赴南京的前夕，据宫崎寅藏回忆，还有这么一件值得品味的事：黄昏，宫崎寅藏走进孙中山的寓所。孙中山部下的人，大都到了南京筹备成立临时政府的事。夕阳西下，平时闹闹嚷嚷的大院显得冷冷清清，人去楼空。
“你能给我借上500万元吗？我明天要到南京就任大总统了但却身无分文。”
“我又不是魔术师，一个晚上去哪里弄这么多钱。”
“明天没有钱也关系不大。但你如果不保证在一周之内给我借到500万元，我当了总统也只好逃走。”
话刚说完，孙中山脸上不由露出苦涩的笑容。
到达南京第二天，孙中山以临时总统身份召开各省代表会，通过了《临时政府组织大纲修正案》。民国政府设置陆军、海军、外交、司法、财政、内务、教育、实业、交通共9个部，并将“部长”改称“总长”。
根据组织大纲，各部总长由总统提名，但必须要经过各省代表大会同意。因此，各部总长人选的安排，实际上是一次权力再分配。省与省之间、代表与代表之间，旧官僚、政客、社会闻人都暗中较足了劲，一争高低。黄兴与孙中山商量，在人员安排上，采取“部长取其名，次长取其实”的原则。
1912年1月3日，代表大会正式表决、通过了新政府。名单如下：
临时大总统：孙中山
临时副总统：黎元洪
总统府秘书长：胡汉民
陆军总长：黄 兴 次长：蒋作宾
海军总长：黄钟瑛 次长：汤芗铭
外交总长：王宠惠 次长：魏宸组
司法总长：伍廷芳 次长：吕志伊
财政总长：陈锦涛 次长：王鸿猷
内务总长：程德全 次长：居 正
教育总长：蔡元培 次长：景耀月
实业总长：张 謇 次长：马君武
交通总长：汤寿潜 次长：于右任
至此，以孙中山为首的中国第一个以选举产生的民主共和国政府宣告组成。9位总长中，只有黄兴、王宠惠和蔡元培是同盟会成员，其余皆为清末官僚。这个成分复杂的政府组成名单，也为日后埋下了诸多动荡不安的种子。
为了保障刚刚诞生的民主体制能够健康运作，孙中山建议成立临时参议院，参议院组成人员也由各省选派。虽然同盟会成员占了参议员代表的多数，但意见分歧严重。在兴中会和同盟会时代就确认、用陆皓东设计的青天白日旗作革命军旗和国旗，但参议院在讨论后决定：以南京光复时用的五色旗作国旗，五色代表汉、满、蒙、回、藏五族共和之意，以武昌起义用的铁血十八星旗为陆军旗；以青天白日满地红旗为海军旗，这实际上是一个迁就各方的主张。
南京临时政府建立后，碰到的最迫切、最严重，也是最棘手的问题，就是财政问题，当时，国内有可能筹得现款的渠道如关税、盐税、厘金、田赋等，有的已被帝国主义控制，有的则一时无法征缴。而各地战事不断，军费耗用惊人。内无存储，外无支援，又无法贷款。这也是孙中山与革命党人放弃临时政府关键的财政、实业、内务、交通等诸总长位置的原因，他们正是期望借助于立宪派的声望、实力和经验来为新政府缓解财政困难，但立宪党人对此并不积极。
政府的运转要靠资金维持。孙中山不得不考虑采取一切可能的非常措施，以缓解财政紧急状态。
1月8日，孙中山批准发行中华民国军需公债，发行定额为1亿元。但临时政府根基未固，很难获取民间信任，民间应募者寥寥无几，向海外华侨所发售的公债应购者亦不踊跃，柏文蔚所领的公债券，派人到南洋劝募，最终竟如数带回，这笔公债只售出700多万。
当时在南京留守管辖之下的军人总共有30万人之众。一旦无饷可发的话，士兵随时有扰民之事发生。为了解救燃眉之急，1月31日，孙中山下令财政部发行总额100万元的南京军用钞票，“以维持市面”，规定3个月后，准持票到中国银行兑换银元。士兵领到军用票后，纷纷向各商店挤兑银元，或购买实物。商民甚为恐慌，发行数日后，即出现钱业、米业停市，市民以此来抵制军用钞票，这一政策同样宣告失败。
南京临时政府成立后，孙中山曾通过黄兴委托何天炯，请日本财政专家帮助设计筹组中央银行事宜，未获具体成果。2月5日，孙中山又批准原清廷在上海的大清银行改组为中国银行，但也无助于解决南京政府的财政困难。
按照张謇的预算，临时政府一年的军费需要5000万两、中央行政及外交经费至少需要3000万两，加上其他支出，一年的财政支出需要2亿两；但眼下海关税3000万两，两淮盐税仅1000万两，除此无其他进项，外省除江苏、浙江、广东稍有盈余补贴中央财政外，其他各省尚且不能自足，中央财政每年最少赤字8000万两。
府库空虚，庞大的军费开支无着落，连政府公务员的薪水都发不出。孙中山多次向英美银行协商借款，外国银行不愿借钱给临时政府，孙中山只好将目光再一次投向曾帮助过他革命的日本。
回到上海后，孙中山由宫崎寅藏陪同，与日本最大的企业三井物产会社上海分社支店长藤濑政次郎相见，商谈借款事宜。
藤濑立即与森恪商议，森恪是日本大阪人，早年在上海、长沙等地工作，与陈其美、张静江等人多有来往。武昌起义时，森恪原本正在三井物产会社纽约支店工作，三井财阀立即将他调回东京本店，充当与中国革命党人之间的联系人。
日本长期对中国的汉冶萍公司有所欲求。汉治萍公司为1898年盛宣怀所创办，但一直为资金不足所困扰。日本属于贫铁国，为发展重工业必须发展钢铁企业。由此日本便看上了汉冶萍公司，曾先后13次向汉冶萍贷款。
武昌起义爆发后，日本为巩固在汉冶萍利益，迅速派遣军舰前往武汉。当时日本海军大臣曾训令驻汉口第三舰队司令官：“关于大冶（铁矿山所在），如暴动波及该地，有理由以国家自卫权之名义进行防护。”其重视程度，可见一斑。
所以，当日本东京三井物产会社常务董事山本条太郎接到上海藤濑的报告后，立即征求日本外相及首相的意见，决定以中日合办汉冶萍公司为条件，贷款500万元给南京临时政府。
1912年元旦过后一周，三井物产会社将草拟的《中日合办汉冶萍公司契约书》送南京，交孙中山和黄兴签字。主要内容有：（1）公司资本定为日币3000万日元，由中日合办；（2）中日股金各半，股权相同；（3）公司已借日债1000万日元，此外再借500万日元共1500万日元，作为日方股金；（4）前项500万元由公司贷与南京临时政府，部分款项以现金交付余额作为向三井购买军火的费用。
但是根据国际法，这个契约书还须向汉冶萍公司总经理盛宣怀直接与三井签约，并由该公司股东半数以上同意才行。南京临时政府又与日本共同向盛宣怀施加压力。1月13日，南京临时政府驻日代表黄兴特命“赴东借募巨款”的全权代表何天炯，通知盛宣怀及正金银行神户分行，告知中日合办汉冶萍公司及500万日元借款契约已经签订。
但精明圆滑的盛宣怀，马上派驻上海公司要员陈萌明于15日赴南京，当面直接探询有关借款及签订合办契约书的情况。但出乎陈萌明意料的是，孙中山答非所问地表示：
民国于盛并无恶感情，若肯筹款，自是有功。外间舆论过激，可代为解释。惟所拟中日合办，恐有流弊。政府接认，亦嫌非妥当办法。不若公司自借巨款，由政府担保，先将各欠款清偿，留一二百万作重新开办费，再多借数百万转借与民国。
盛宣怀原本也不愿中日合办，更不愿由自己签约“同意合办”，这样不仅断送汉冶萍的一半主权，从此沦为日方控制之手，还要承担卖国的骂名。但如果不同意签字，无法解决贷款问题，也无法担当来自于孙中山、黄兴的巨大压力。
1月26日，盛宣怀只能按照南京临时政府的指示，指派助手李维格，与三井方面在神户谈判，重新拟订草约十条，29日送盛宣怀过目。盛宣怀将第十条中的“以上所开新公司华日合办，已由中华民国政府电准……”中的“已”字改为“俟”字。后有学者评价盛宣怀这一字之改极为巧妙：既卸去了大总统孙中山批准“合办”，又不愿公开承担的“责任”，又为自己摆脱了两难的困境；既办完了借款手续，又为挽救汉冶萍免陷日手留下伏笔。签约后，2月10日藤濑即电告正金银行上海分行，立即拨款300万元给盛宣怀代表李维格。12日，李将其中的200万元赴南京交给孙中山。
整个借款过程都在秘密中进行，除孙中山、黄兴等少数人知情外，其余财政部、实业部、参议院一概不知。直至2月初，此事才为同盟会机关报《民立报》探知披露。消息传出，舆论大哗，参议院议员质询政府，张謇也反对此议，并辞去实业总长。孙中山在强大的舆论压力下，虽一再解释，但不得不宣布废约。
除了汉冶萍借款外，孙中山、黄兴还在酝酿新的贷款方案。他们想通过上海都督陈其美，说服轮船招商局，以招商局名义向日本借款1000万两，以该局全部财产作抵押。为此，孙中山、黄兴与日本政界、财界进行了频繁的秘密联系。而日本趁此机会，向孙中山提出东北满蒙问题，要求割让给日本接管，方借款支持中国革命。
1912年2月3日，日本财界、政界代表森恪与宫崎寅藏、山田纯三郎到南京拜访孙中山。森恪见面中单刀直入地提出转让“满洲”问题，森恪表示：日本认为满州最终难由中国独力保全，为抵制白种人先锋俄国之南下，希望先生将满州“完全委托给日本之势力”，以换取日本对革命的援助，并建议孙中山或黄兴秘密赴日与日本政界元老桂太郎商定此事。
当时革命党人普遍存有这样一个想法：满洲不是中国国土，满 人也非中国人。早在1898年，孙中山在日本东京，由宫崎寅藏介绍拜会内田良平时，就曾在谈话中流露类似想法：“原来吾人之目的，在于灭满兴汉，至革命成就之晓，即令满蒙西伯利亚送与日本亦可也。”1907年，当清朝要求日本政府驱逐孙中山，首相伊藤博文与内田良平商议，认为孙中山有利用价值，说：“孙文自前年以来，向我朝野诸人游说，言日本若能援助支那革命，将以满蒙让渡日本。”
而这一次，孙中山的答复比以往谨慎很多。他虽然对此前日本对中国革命的冷淡态度表示了不满，但仍表示希望日本能帮助自己应对财政困难。“万一此数日间无足够资金以救燃眉之急，许多军队要离散，革命政府将遭瓦解的命运”，孙中山对当前局势的分析是：如果在阴历年底得不到1500万元，就只有把政权让给袁世凯。
此后，孙中山连续两天致电森恪催促日本方面答复。但此事很快被英美所知晓，英驻日公使马上拜会日本外相，压迫日本停止借款谈判。而益田孝在回复森恪时，并没有允诺提供1000万元军费，反倒劝孙、黄二人与袁世凯妥协。此时国内舆论对此也强烈反对，借款条约不了了之。
临时政府财政困难到了极点，南京当时有十余万军队，但军费没有来源，黄兴已急得吐血。军队的伙食从干饭改为稀饭，以后连喝稀粥都不能保障。
作为临时大总统的孙中山的心情，在后来答复章太炎关于合办汉冶萍的质询中可窥一斑：
此事弟非不知利权有外溢之处，其不敢爱惜声名，冒不韪而为之者，犹之寒天解衣付质，疗饥为急。先生等盖未知南京军队之现状也。每日到陆军部取饷者数十起。军事用票，非不可行，而现金太少，无以转换，虽强迫市人，亦复无益。……至于急不择荫之实情，无有隐饰，则祈达人之我谅。
孙中山为解决南京临时政府财政困难，可谓耗尽心血，但最终均了无结果，并招致一片反对乃至斥责之声，后来不少历史学者也对孙中山欲出让满洲之举颇多微词。
武昌起义后，清廷仍试图作最后的努力，1911年11月1日，清皇族内阁辞职，被罢黜的袁世凯被任命为内阁总理。袁挥兵南下，占领了汉阳。与革命军形成南北割据的局面。
老谋深算的袁世凯一方面对清廷表示要“杀身成仁，以古圣贤之心为心……誓为清廷保全社稷”；另一方面却对其亲信的前方将领指示要“计出万全”，不可轻易督师进攻，要“慢慢走，等等看”。清廷和革命党人都在努力拉拢袁世凯，而袁的如意算盘是利用双方的矛盾和弱点，抬高自己身价，从而达到一箭双雕的目的。
早在10月19日，袁世凯电召自己的幕僚刘承恩从襄阳赶赴河南彰德，希望刘利用与黎元洪的交情来代其游说。刘承恩于是带话给黎，称袁可与革命军合作，不久就可以进行和平谈判。这应该是袁第一次传递出议和的信息。黎元洪在收到刘氏的信函后，“问大众应如何答复，一般同志均主张置之不理”。
当被清廷委以重任的袁世凯督师南下时，他又一次致函黎元洪。这一天，袁的两位代表刘承恩与海军正参领蔡廷干抵达武昌，要求承认君主立宪，与黎元洪代表汤化龙等议和。而黎元洪回复袁的信函，也由刘、蔡二人带回北京。此为南北议和正式开始接触。约11月下旬，袁世凯长子袁克定又派同盟会员朱芾煌为代表赴武汉，试图与黄兴有所接洽。清军第一军总统冯国璋不明真相，将朱抓到，直至袁克定亲自写信才获救。
袁世凯在秘密与南方革命党人单线联系的同时，又通过与其联系密切的英国驻华公使朱尔典出面，提议停战议和。
此时，奄奄一息的清廷对袁世凯也言听计从。袁世凯回到北京后，以内阁总理大臣的名义，借口非常时期、整理军事的需要，取得了京畿周围各路军队的指挥调遣大权，同时改编和掌握京师禁卫军，让自己的亲信冯国璋担任统领，轻而易举地解除了皇族掌管的京师禁卫大权。接着宣布停止各部衙门的“事权”，一切均由内阁办理。摄政王载沣监国，亦以与“君主立宪”、“责任内阁制”不合为由，奏请停止了他的职权，令其归藩邸休息。
至此，袁世凯实际已掌握控制了清廷的全部军政大权。他从多种信息渠道得到反馈，只要他能逼迫清帝退位，南方就可以选他担任临时大总统。
实际上，当时在革命党中也普遍存在着一种认为袁如能反正，借袁之力推翻清廷，以建民国最为有利的心态。这种认识在当时的革命军和临时政府中占有主导地位，所以，和议的呼声很高。1911年12月2日，由代表会议正式讨论决定：“若袁世凯反正，当公举袁为临时政府大总统。”
袁世凯闻知消息，决定正式举行南北议和。革命军推举伍廷芳为和议代表，袁世凯派了唐绍仪上海正式举行议和谈判。议和谈判从12月18日开始至31日，共进行5次会议。但孙中山12月25日自海外归来，后被选为临时大总统，一下子打乱了袁世凯的部署。谙于政道的袁世凯态度忽明忽暗，让革命党人一直被他所牵制、左右。
孙中山等革命党人长期以来以“排满”为第一目标，排满目标一旦实现，他们的主要任务也就完成，对于建立和发展新的共和政权，缺乏应有的思想、理论、组织准备。黄兴本人亦多次表示，和立宪党人旧官僚相比，自己能力与经验皆不足。他在致袁世凯的电文中说：“明公之才能，高出兴等万万……苍生霖雨，群仰明公……”这并非完全是客套的谦逊之辞。
不仅黄兴如此，孙中山经过一个多月临时大总统的折腾，也深感心有余而力不足。他说：“清帝退位，民国统一，继此建议之事，自宜让熟有政治经验之人”去完成。“欲治民国，非具新思想、旧经验、旧手段者不可，而袁总统适足当之”。孙中山、黄兴的思想状态反映了当时大多数人革命党人的心态。
1912年1月14日，唐绍仪奉令致电伍廷芳，说明清廷正在筹商有关退位事宜，再次试探孙中山的态度。孙中山答复：“如清帝实行退位，宣布共和，则临时政府决不食言。文即可正式宣布解职，以功以能，首推袁氏。”
这是孙中山在南京临时政府成立后不到半个月之内，第二次有关“如袁反正当举为总统”的公开表态。袁氏犹不放心，又指派多人到南方进一步摸底，并得到孙、黄的再次保证。加之张謇、汪精卫、杨士琦、唐绍仪等纷纷要求袁痛下决心，立即筹商清帝退位。至此袁世凯也认为时机已成熟，该是行动的时候了。
此时，以英国为代表的国际社会，也公开表态对袁世凯的支持。他们认为，“中国当代……找不出一个比袁更能干的人”，“是能使中国避免出现一个混乱时期的唯一力量”。相反，他们认为孙中山是好说“大话”、“空话”的政治家。此前，南京总统府以外交总长王宠惠的名义，正式照会各国：已建立临时政府、选举临时总统、组织内阁，请求各国承认。但这一要求被列强拒绝。
让位
1912年1月16日，四川革命党人杨禹昌、黄之萌、张元培3人在北京的丁家街向袁世凯投掷炸弹，炸死卫队长及卫士十多人，三位勇士当场被捕，英勇就义。袁世凯利用这次遇刺事件，令人四处散布“革命党人已遍布北京”的谣言，希望给清廷的遗老遗少造成心理恐慌。
唐绍仪让伍廷芳转告南京政府，要求清政府退位后的两天内，解散南京政府。孙中山命令伍廷芳给袁世凯去电，明确四条：一、清廷退位，放弃一切主权；二、清廷不得干预临时政府组织之事；三、临时政府地点须在南京；四、孙总统须俟列国承认临时政府，国内改革成就，和平确立，方行解职；袁世凯在孙总统解职以前，不得干预临时政府一切之事。但由于受到党内和谈主张的困扰，孙中山不得已又作了修正，其中有袁世凯必须宣布绝对赞成共和，然后由参议院推为总统。
孙中山将秘密和议的内容公诸于世，袁世凯立即遭到皇亲贵族中的极右势力、为维持君主立宪而成立的宗社党的激烈反对，威胁要和袁世凯同归于尽。袁世凯无力逼迫清帝退位，就假称生病，不再入朝。他的另一个意图是让革命党和良弼的宗社党决战，自己可伺机从中渔利。并借此称病不入朝、不理事。
1月19日，袁世凯会见朱尔典，设计由清廷授权他组织临时政府的方案，让朱尔典出面斡旋；另一方面，袁世凯收买隆裕太后身边的亲信不断散播“倘能退位，则有优待”，“否则性命难保”的信息。但由于皇亲贵族的反对，隆裕太后一时难以下定退位的决心。
1月22日，袁世凯又接到孙中山最后提出议和办法五条，其中第三条提到，“（孙）文接到外交团或领事团通知清帝退位布告后，即行辞职”，并郑重申明“此为最后解决办法”，如果袁不能实行，则无议和可言。
袁世凯于是运用他的力量开始要挟清帝退位。1月26日，革命志士彭家珍在良弼的住宅炸死了良弼，宗社党人吓得四处逃亡，于是袁世凯又指使以段祺瑞为首的北洋军前线将领，以联名通电的形式，向清廷提出语带威胁的警告，充满杀气。
这时的清政府气数已尽――再召集会议时，也无人上朝。2月12日，隆裕太后终于不得不以宣统皇帝的名义下诏退位，公布天下。据称，当天晚上，袁世凯在外交部大楼里把拖在脑后的辫子剪掉，一边剪，一边不断哈哈大笑，“这种开心的狂欢在其一生中极其罕见”。
2月13日，袁世凯拍电报向南京临时政府表示：“共和为最良政体，清帝既明昭辞位，永不使君主政体再行于中国。”孙中山接到电报后即履行诺言，向参议院送交了辞去临时大总统职务的咨文，并向参议院推荐袁世凯继任临时大总统。
因为满清政府终于退让出统治200余年的中原大地，1912后2月15日上午11点，孙中山率领各部及右都尉以上将校，赴明孝陵举行祭告礼，孙中山统率军民谒陵，并宣读谒陵文。下午2点，总统府举行庆贺南北统一共和成立礼。孙中山发表演说：
清帝退位，南北统一，袁公慰廷为民国之友，盖于民国成立事业功绩极大。今日参议院选举总统，若袁公当选，余深信必能巩固民国。至临时政府地点，仍设南京。余于解任后，亦仍愿尽力于新政府也。
按孙中山的想法，他希望将国都继续保留在革命党势力之内的南京，以对袁世凯有所约束。岂料，在用记名投票法表决时，28票中有20票主北京，而南京只有5票，与孙中山的初衷相悖。
据吴玉章回忆，本来在参议院中，革命党人占据多数，是完全可以根据孙中山的意见通过建都南京、反对迁都北京的。但2月14日一开会时，一位叫李肇甫的革命党人，却跑到台上大放厥词，说了一通迁都北京的必要，而后，“赞成迁都北京的人便成了多数。”
孙中山和黄兴知道此事后，非常生气，当天晚上便把李肇甫叫来大骂一顿，并限次日中午12时以前必须复议改正过来。
15日晨，秘书处把提请复议的咨文作好后，需要总统盖印，而这时总统已动身祭明孝陵去了，我急着去找黄兴，他也正在穿军装，准备起身到明孝陵去。我请他延缓时间，他说：“过了12点如果还没有把决议改正过来，我就派兵来！”说完就走了。这怎么办呢？只好找胡汉民去。好容易才把他找到，拿来了钥匙，开了总统的抽屉，取出他的图章盖了印，把咨文发了出去。同时，并通知所有的革命党人，必须按照孙中山的意见投票。经过我们一天紧张的努力，当天召开的参议院会议终于把14日的决议纠正过来了。
而胡汉民的记述与吴玉章有差异，他说章太炎等人最反对定都南京，他们认为定都南京不足以控制东北，也即意味着放弃满、蒙，参议院诸员也为其言论所动。不管其真正原因为何，参议院总算在第二次重新投票中统一了意见，决定仍定都于南京。
孙中山多次去电催促袁世凯到南京就职，但袁不愿离开自己的势力范围，去南京受革命党人操控，他复电南京方面称：“与其孙大总统辞职，不如世凯退居，……今日之计，惟有由南京政府将北方各省及各军队妥筹接收以后，世凯立即退归田里，为共和之国民。当未接收以前，仍当竭智尽愚，暂维秩序。”
屡次敦促袁世凯南下无果，孙中山于是派蔡元培、汪精卫、宋教仁等为“迎袁专使”，去北京迎接袁世凯，2月21日他们到北京时，还受到了袁世凯盛大的欢迎。
2月29日夜里，迎袁专使团正在议事时，突然枪声大作，东城和前门一带，火光冲天，发生兵变。混乱中，一些士兵竟持抢闯入迎袁专使的驻地，蔡元培等人仓皇逃到六国饭店。当夜枪声未断，第二天哗变的范围迅速扩大，甚至天津保定的北洋军也纷纷出动，放火、抢劫，焚毁衙门，数千家市民惨遭劫掠，一时人心惶惶。
袁世凯是这出闹剧的幕后主使，似乎已成了历史定论，目的是以此借口，制造一旦南下、北方将大乱的假象，但也有一些学者对此存疑：袁世凯未必知情。不管袁世凯是否真的是这一幕的“总导演”，它客观造成的结果确实对袁世凯有利。蔡元培等人在惊恐之余，连电南方说明袁大总统走不得，必须“改变临时政府地点”，“速建统一政府，为今日最要问题，余尽可迁就，以定大局”。这样，“迎袁专使”反倒成了“留袁专使”。
于是一切按袁世凯的心意继续发展。3月6日，经参议院议决：允袁世凯在北京受职、宣誓、拟定国务院组成人员名单，电达参议院批准，然后接管南京临时政府，孙中山卸职，临时政府迁都北京。
1912年3月10日，袁世凯在北京宣誓就职。蔡元培代表孙中山致辞祝贺。而在这一天，孙中山与胡汉民、孙科等前往紫金山狩猎，提及希望自己百年后葬于紫金山之意。一面是志得意满的袁世凯，一面是有点黯然神伤的孙中山，这样的历史画面不能不令人感慨万端！