孙中山在1914年组建中华革命党时，并没有宣布如何处理由五党联合组成的国民党。而曾遭袁世凯强行解散的国民党，虽在袁死后又恢复了名誉，但并未恢复组织活动。1916年10月13日，孙中山致函国民党员，表示要恢复国民党。
1919年10月10日，即武昌起义8周年纪念日，正式以中国国民党名义发表《通告》及《中国国民党规约》，宣告中华革命党改建为中国国民党，党名前加“中国”二字，以示别于1912年的国民党，并公布了中国国民党规约。孙中山也自然被推举为总理。国民党国外各支分部的英文名称一直不统一，孙中山后来还亲自规定了统一的英文译名“The Kuo Min Tang（Chinese Nationalist Party）”。
此后不久，国内形势就发生了变化，被岑春煊、陆荣廷等人窃据的广州军政府，发生了桂系和滇系间的矛盾与斗争。1920年2月10日，驻粤桂滇两军发生武装冲突，唐继尧、伍廷芳、林森等宣布脱离军政府，经香港转赴上海。国会中很多议员也因不满桂系而离粤赴沪，一时到达上海的国会议员多达300余人，发表共同宣言，否认广州军政府。
6月3日，孙中山与唐绍仪、伍廷芳、唐继尧以“四总裁”名义，共同发表宣言，指责广州军政府私自与北京议和，牺牲护法主张，并声明将军政府及国会移往云南。不久，孙中山又派徐绍桢为两广讨贼军总司令，命朱执信、廖仲恺、蒋介石去福建漳州，敦促陈炯明誓师回粤，讨伐桂系。但陈炯明以“饷械不足”延缓出兵日期。
这时中国北方的情形是：直系首领冯国璋病死，皖系段祺瑞借机复出，直系头子曹锟又联合吴佩孚发动第一次直皖战争。北方皖系急盼闽粤军尽快回师广东驱逐桂系，于是派人与孙中山密谈，愿以接济50万元军费、600万发子弹为条件，助粤军回师。
1920年8月12日，陈炯明在漳州公园举行誓师大会后，兵分三路向粤东进军。10月29日攻占广州，桂系势力退守粤西一线，广东又重回孙中山领导的革命党人手中。
11月10日，孙中山任命陈炯明为广东省省长兼粤军总司令，不久，他与伍廷芳、唐继尧、宋庆龄等由上海回到广州，恢复了军政府，重开政务会议。流亡到各地的国会议员也纷纷回到广州。
此时，在北方打败了?系段祺瑞的曹锟与吴佩孚，抬出徐世昌出任大总统，而徐世昌也以正式大总统自居，处理内政处交。孙中山认为，此时非常有必要建立一个强有力的新政府。
1921年4月2日，国会参众两院在广州联席召开非常会议，由居正等人联名提案，将总裁合议制改为总统制，取消军政府，组织正式政府。提案获得通过。依照参、众两院新通过的中华民国政府组织大纲，选举孙中山为新的正式政府的总统。
1921年5月5日，孙中山在广州就职非常大总统，在通电全国的《就任大总统宣言》中，他说：
文既为致力于创造民国之人，国会代表民意，复责文以戡乱图治，大义所在，其何敢辞？……际兹拨乱返治之始，事业万端。所望全国人才，各尽所能，协力合作，共谋国家文化之进步。
当日，20万广州居民举行了空前热烈的庆祝盛会，晚间举行提灯大会，以示祝贺。正式政府的总统府设在观音山（今越秀山）山腰的粤秀楼。孙中山其后又公布了政府人选，但被任命为财政总长的唐绍仪因不同意孙中山主张，并未就职。
建立了正式政府之后，孙中山立即写信劝徐世昌退位，以求全国统一。徐世昌则积极策划对广州革命政府的围剿，他先以重金收买失去广东地盘不久的陆荣廷出兵，向广东进犯。孙中山遂发出“大总统令”，任命陈炯明为援桂军总司令，率军反击。陈炯明的军队与陆荣廷的属下在灵山决战，打了个大胜仗。粤军势如破竹，桂军溃不成军一败涂地，以陆荣廷为首的旧桂系军阀覆灭。
与陈炯明的分歧
平息了桂系军阀后，孙中山开始积极整军北伐。作为孙中山倚重的一股重要军事力量，陈炯明却对“北伐”持强烈的反对意见。
在中国近现代史上，陈炯明算得上是一位叱咤风云的人物，也是一位充满争议的人物。孙中山与陈炯明之间的恩恩怨怨，也是各种正史与野史热衷于讨论的一个话题。在沉淀80多年后，我们再重新审视这段历史，也许得出的结论会更客观些。
陈炯明是前清举人，于清末广东法政学堂第一届毕业后，当选为广东咨议局议员，是维新运动所培养出来实行立宪的人才。他早年参加同盟会，策划了广东独立。辛亥革命后，他主政广东，致力于把广东建设成为全国模范省，禁烟禁赌，改革教育，发展经济，提倡新文化运动，还曾邀请陈独秀担任广东教育委员会秘书长，支持共产党领导的工会组织和报纸，推行地方自治，民选县长、县议员。
二次革命失败后，陈炯明对孙中山改组的中华革命党明确表示不满，赌气带了一批人去南洋开办橡胶公司，从1914年到1917年，他与孙中山断了音信，1916年袁世凯暴亡，陈回国充任国会议员，但是张勋复辟的时候，又悄然消失。后来，他从南洋到上海，专门拜见孙中山并且表示自己的悔过之心，孙中山也就宽容待之。因为陈炯明有军事才能，所以孙中山南下护法的时候，想建立一支由党人领导的军队，他亲自与省长朱庆澜交涉，把20营警卫军交给了陈炯明统率援闽，当时众人对如何打仗一筹莫展，陈炯明表现得非常卖力，他到泉州、漳州集训军队，1920年，他领导的粤军驱逐了盘踞在广东的桂军，而他的力量也逐渐加强，军权逐步集中到自己手中。
陈炯明和一般军阀不同的地方，在于他具有民主思想，反对军治、党制，提倡民治。孙中山的理想是成立一个正式的中央政府，领导全国革命，而陈炯明所倾心的，是联省自治。“五四”运动后，一些文人学者认为，既然南北政府都无力统一全国，与其连年征战，不如各省先行自治，把自己的事情办好了，再实行联省自治。如此便可以不通过武力而最终实现全国统一。因此，联省自治的主张一经提出，不仅风靡南方各省，而且迅速波及北洋政府治下的北方省份。
然而孙中山成立正式政府和选举总统的主意已定。1921年1月12日，非常国会在广州复会。孙中山号召国民党人，像推翻清政府、袁世凯那样，再发动一次全国性的革命，来推翻北洋政府，他宣称：“北京政府实在不是民国政府。我等要造成真正民国。”陈炯明则反对孙中山的意见，在他看来，一旦广东成立正式政府，结局只有一个：南北之间将再次陷入战争之中。在一次谈话中，他说，“因现下时机未熟，如广东选出总统，北方必借口来打，是自树目标，使人攻击”。陈炯明认为广东基础尚未巩固，一有战事，实在危险；届时他期望的“地方自治”还是建设“模范省”，统统都变成镜花水月。
但赞成孙中山意见、主张成立广东政府的还是主流派。1921年4月召开的非常国会上，表决通过了中华民国政府组织大纲，在这个大纲中，只规定了大总统的产生和权限，却没有任期，也没有规定政府的组织架构。一切政务、军务、内阁任免，均由大总统“乾纲独断”。会议采用记名投票，“以示负责”。结果孙中山得218票，陈炯明得3票，废票一张。孙中山当选为中华民国大总统。整个过程仅用了不到两个小时。
以下情势发展也正如陈炯明所料。1921年10月，国会非常会议通过了孙中山提出的北伐议案，在做北伐准备的巡视中孙中山到了南宁，多次召见陈炯明，商谈北伐事宜，反复向其说明北伐的重要意义，希望不要错过时机。但陈炯明仍然主张先定省宪，以确立民治的基础；再议国宪，循序渐进地推进统一。他说自己并不反对北伐，只是现在兵疲将惫，囊空如洗，根本不可能远征北方。
10月12日，孙中山致电陈炯明催付北伐费400万元，陈电复只允付200万元，而且还要等到北伐军出发后再交。孙中山得电后极为愤怒，想罢了陈炯明的职。胡汉民唯恐事情闹大、造成分裂，因此竭力调停。孙中山后来又多次电召陈炯明回广东，但陈一拖再拖，拒不回粤。
10月29日，孙中山在梧州设大本营，一面派汪精卫回广州筹饷；一面躬亲督师，溯江北上，向桂林前进。他愤然表明：“我已立誓不与竞存（陈炯明字）共事。我不杀竞存，竞存必杀我。”看得出，两人关系此时已几近崩溃。
炮轰总统府
1922年2月3日，孙中山以大元帅名义发布动员令，10万余大军分路出师北伐。但由于连年战乱，湖南方面宣布保境息民，公开拒绝北伐假道。入湘计划于是告吹。3月26日，孙中山在桂林召开会议，决定班师回粤，改道江西北伐。
4月9日，孙中山决意变更计划，令在桂各军一律返粤，潜师而行，到了梧州，陈炯明才知道。16日，孙中山在梧州召开军事会议，陈炯明仍避而不见。孙中山再一次愤怒，想将陈炯明的总司令、陆军总长、内务总长、省长等职一概免去，但胡汉民以操之过急恐生变为由，极力劝阻；另一面，胡汉民又劝陈炯明去孙中山面前认错，“照总理素来待人宽大的胸襟，定可以不咎既往的”。但等了三天，陈炯明还是没有出现，孙、陈二人的矛盾再次激化。孙中山随后解除了陈炯明粤军总司令一职，令其所属部队直属于大元帅。
4月23日下午，孙中山在越秀山总统府召开全体幕僚会议。大本营内有两种意见，一是主张暂缓北伐，先清内患，解决“陈家军”；二是立即转道北伐，避免与陈炯明直接冲突，双方仍留转圜余地。
孙中山赞成第二种意见，“竞存叛迹未彰，在桂粤军数年奋斗，犹欲保存”，因此，他决定亲自督师北伐，“两广仍交竞存办理，给以殊恩，当能感奋”。
孙中山急图北伐，与北方形势的发展，不无关系。4月下旬，第一次直奉大战爆发。孙中山与奉、皖军阀一直有秘密接洽，结成三角同盟。孙中山深感这是联合奉、皖军阀，夹击直系的千载良机，必须立即出兵策应，他已无暇顾及解决陈炯明问题了。
但出乎意料的是，直奉开战，仅及一周，奉军便被吴佩孚击败，狼狈退回关外，南北夹击直系的计划，化为泡影。但南方的北伐，却如弦上之箭，不得不发了。
1922年5月4日，孙中山以陆海军大元帅名义下令从韶关北伐，李烈钧为北伐军总司令，许崇智为三路总指挥。北伐军在前进途中秋毫无犯，纪律严明，声势大振，势如破竹。
北洋总统徐世昌在巨大的压力之下，宣布辞职。由于孙中山曾一再发表政治宣言，承诺只要徐世昌下台，他亦将同时下野。因此，舆论普遍认为，徐世昌下台后，停止内战，和平统一，终现一线曙光。6月3日，蔡元培、胡适、高一涵等200多位各界名流，联名致电孙中山和广州非常国会，呼吁孙中山实践与徐世昌同时下野的宣言，可见这个要求在当时是颇得人心的。但徐世昌下台后，皖系又借机抬出黎元洪复任大总统，遭到孙中山的通电反对。
这一边，当陈炯明被孙中山罢黜的消息传出，驻守在广西的粤军，顿时沸反盈天。1922年５月８日，孙中山委任陈炯明的部下叶举为粤桂边督办，以示对粤军的信任。然而叶举并不领情，5月20日，叶举率驻桂之粤军第一军所部50余营突然开入广州。同时，发电要求孙中山恢复陈炯明粤军总司令和广东省省长职。
汪精卫和马君武等到惠州征求陈炯明的意见，陈炯明信誓旦旦地说：他从党谊和人格起见，必无反对先生之理，对于部下各将领，也一定完全负责；倘有不听命令，而反对先生者，他唯有自杀以谢国人。
此时的陈炯明似乎并未最后下定反叛的决心，但随着矛盾的不断激化、升级，终于使他作出“天下大不韪之举”。
1922年6月1日，孙中山自韶关到达广州，一是想震慑陈炯明部队的滋闹，二来想让前方将士，知后方并无变故，可以安心前进。到广州后，孙中山想马上召见叶举等当面谈话，解决军饷和移防问题，但叶举却借故在一天前离开了广州。孙中山非常愤怒，曾密令海防司令陈策开炮轰击“陈家军”，但被劝阻。
陈炯明则在惠州隐居。各界吁请陈炯明回省的函电，铺天盖地，见诸报端；前往劝驾的使者，车水马龙，络绎不绝。甚至连陈独秀也到了惠州，劝陈炯明不如加入共产党，领导华南地区的革命。
6月2日，孙中山在总统府设宴招待粤军将领，竟没有一个高级军官应邀前来，只来了几个中下级军官。
孙中山一连拍了三封电报，要求陈炯明立即到广州面商一切，又派人到惠州催驾。但陈炯明拒绝在这个时候到广州。他说，在省城军队撤出之前，他都不打算到广州。陈炯明曾经说过，一旦粤军叛孙，则“天下之恶皆归焉”，他不在这个时候去广州似乎是为了避嫌。
然而，局势在继续恶化，6月3日，叶举宣布广州戒严，大街通衢，遍布岗哨。6月12日，孙中山邀请广州报界出席茶会，决心通过报纸，向陈炯明摊牌。孙中山不仅将他与陈炯明的矛盾公之于众，而且还语气颇为严厉地说：
现在我得向你们全体提出请求：请你们在10天内，以同一口径对他们发出警告。告诫其撤到距离广州30里以外地区。若他们置之不理，时间一到，我将用3寸直径的大炮发射有毒炮弹轰击他们。我会提前9小时发出通知让市民躲避，接着的3小时内，达姆弹将落到他们头上。那样的话，他们60余营的兵力会全部完蛋。
据记载，说这番话的时候，孙中山的表情十分愤怒，显然有些话已有情绪成分，但孙中山显然忽略了这个事实：此时陈的部队有5万余人在广东，孙中山只有500名的卫队，双方实力相差实在太悬殊了。
双方的火药味越来越浓。6月15日深夜，粤军高级将领在郑仙祠召开紧急会议，决定发动军事政变，驱逐孙中山下台。就在这危急关头，“陈炯明在惠州派秘书陈猛荪持亲笔信劝止叶举……信大意说孙中山出兵北伐如果能胜固好，如其失败，我以陆军部长身份暂将部队调返东江训练，做充分准备，到时仍可收拾残局。陈猛荪持信送到郑仙祠。叶举阅后，当着陈猛荪的面将信掷落地上，说陈炯明不知军事，还说：回东江哪里找吃的？叫陈猛荪回报陈炯明事情已不容不发……陈炯明怒不可遏地把茶盅也打碎了。”
叛乱终于发生了。6月15日，叶举先是通电要“孙中山与徐世昌同时下野”；当晚又在白云山下司令部召集旅以上军官会议，会上有人主张立即冲进总统府活捉孙中山，有人主张先炮击总统府，将孙中山赶出广州。最后决定炮击方案，并确定熊略为行动指挥官。熊略受命后，认为孙中山待人不薄，遂派亲信到总统府向孙中山秘书林直勉暗中通报。
其实早在当晚10点，总统府已接到一军官电话：“今夜粤军或有不轨行动，将不利于总统，务请总统离府。”但孙中山认为是谣言，不肯信。当林直勉12点又得到类似消息时，孙中山仍不肯相信，他说，当年陈炳?、莫荣新在广州如此作恶多端，尚不敢公开叛乱，何况陈炯明、叶举等人跟随自己多年，粤军第一军是一手培植起来的，不会敢于公然发难。当时，观音山总统府只有50多名卫士，所有的武器，就是34支手提机关枪、一万多发子弹。队长姚观顺直接负责保卫孙中山与宋庆龄所住的越秀楼。
16日凌晨1点钟，已经能听见总统府外的部队的集结声和嘈杂声音了，林直勉等三人再来劝孙中山离开，可是孙中山说：陈炯明“胆敢作乱，我便要负平乱之责，如力不如，唯有一死，以谢我四万万同胞。”已是凌晨三点，林直勉仍无法劝说孙中山离开总统府，见情势越来越危急，林直勉只好强挽着孙中山离开了总统府。
这是宋庆龄后来对当天所发生回忆：“6月15日之夜2时，我正在酣梦中，忽被先生叫醒，并催速起整装同他逃出，他刚得一电话，谓陈军将来攻本宅，须即刻逃入战舰，由舰上可以指挥剿平叛乱；我求他先走，因为同行，反使他行动不便，而且我觉得个人不致有何危险，再三婉求他，始允先行，但先令50名卫队全数留守府中，然后只身逃出。”
孙中山从总统府右侧的粤秀街走出，他身穿白夏布长衫，戴墨晶眼镜，很像个医生。在街上碰到叛军，林直勉说：“我的父亲患了重病，所以不得不深夜请医生到家里诊治。”泰然自若的孙中山并没有引起叛军怀疑。一路上，他们又数次与叛军遭遇，但是孙中山的态度一直很从容，他们沿着长堤一直走到海珠公园附近，公园是江中心一个不满1000平方米的小岛，当时海军的总司令部就设立在这里。
他们雇了小船渡河前往海珠军部。行至河中时，有哨兵喝止，喊口令，而他们又答不上来。紧急之下，林直勉大声喊：我是总司令的朋友，来自总统府，有要事报告。海军总司令温树德亲自出来，林直勉说：“大总统在此。”这才登岸。
叶举部署了第二师4000多叛军围攻总统府，但他们的多次冲锋均被总统府卫队击退。下午4时，总统府终被占领，财物被抢劫一空，大批文件被烧毁。
叛军从后门冲进来时，卫士马湘和黄惠龙护着宋庆龄从前门逃出来，埋伏在附近的叛军冲过来的时候，马湘把自己手中的50多枚银元撒在地上，趁叛军抢钱之时，匆忙躲进了对面小巷的一家开着门的民宅中。
宋庆龄后来写下了《广州脱险》一文，详细记述了她在叛军枪林弹雨中脱险的经过，被她称为“将来自传中最动人之一章”。
他走了半小时以后……忽有枪声四起，向本宅射击……叛军喊着：“打死孙文！打死孙文！”
到了8时，卫队的枪弹几乎用完，队长劝我下山……我们4人，在地上循着那桥梁式的过道爬行……我们四面只听见流弹在空中飞鸣。有一二回正由我鬓边经过。后来，我再也走不动了，凭两位卫兵一个抓住一边肩膀扶着走。我心想再也熬不过了，请他们把我枪毙。四周横七竖八躺的都是死尸……
我们跑过一家矮小的农舍去躲避，我昏倒在地……枪声沉寂之后，我化装成村妇，不知走了多少路，最后来到了一位同志的家中……那夜通宵闻见炮声……最后听见战舰开火的炮声，才使我如释重负，知道中山先生已安全无恙了。
那天晚上，我终于在舰上见到了中山先生，真是死别重逢。
一路艰辛的宋庆龄终于住进了中山大学的校长钟荣光家，由于过度紧张和劳累，她在钟家流产了，这也是她一生中的唯一一次妊娠。这一路的磨难对于她而言是九死一生，而她在此事上表现的临危不惧和几年来辅助孙中山先生的功绩，使国民党中原来一些对他们婚姻不满的党员也开始对她刮目相看。
“永丰”舰上的55日
从1922年6月16日到8月9日的55天，孙中山一直住在永丰舰上。这艘舰是1910年向日本订购的，1917年，北洋舰队第一舰队司令林葆铎拥护护法运动，脱离北京政府，率领舰队开赴广州，自陈叛乱后，孙中山一直以此舰为座舰指挥舰队和陈的叛军作战，他逝世后，此舰改称为“中山”舰，装有8门大炮，1938年在对日作战中，中山舰被日军击沉，沉没在武汉附近的长江金口，全体官兵殉国。
孙中山移驻“永丰”舰后，外交总长伍廷芳即来谒见。孙中山嘱伍廷芳尽快把广州叛乱的情形设法转告北伐诸军，速回师广州，平息叛乱；再将陈炯明等叛乱内情转告外国驻穗使节，以争取国际上的声援。年逾80高龄的伍廷芳因此悲愤交加，旧病复发，几天后便溘然长逝。孙中山闻迅后悲痛不已。
6月17日，孙中山在“永丰”舰上召集海军诸将商讨平叛办法，决定将泊在珠江江面各舰集中到二沙头江面，炮击叛军；同时派人和广州市卫戍司令魏邦平联系，着其率陆上部队配合平叛行动。下午，孙中山亲率“永丰”、“永翔”、“楚豫”、“豫章”、“同安”、“广玉”、“宝璧”等舰驶入珠江，向大沙头、白云山、沙河、观音山等处叛军据点发炮轰击。
6月18日，“陈炯明以巨款派人运动海军内变，幸海军上下，一心一德，服从总统命令，始终如下，不为利诱。”6月21日，陈炯明控制下的广东省议会通电宣称“推举”陈为“临时省长”，同时敦劝孙中山“下野”。23日，海军各舰以全体官兵名义发出通告称：
我海军各舰人员，只服从护法之孙大总统。所云服从陈逆炯明，即谓我海军人员弃顺投逆，断无是理。
25日，海军全体官兵宣布加入中国国民党，表示效忠孙中山。而这一天，宋庆龄化装离开广州，经香港乘船到达上海，住在父母家里。6月29日，在宁波老家接到孙中山电报的蒋介石登上“永丰”舰，与孙中山合面。孙中山非常高兴懂军事的蒋来到身边，说：“蒋君一人来此，不啻增加了二万援军。”孙中山将海上的指挥权交给了他。后来，孙中山回忆这段情况时说：蒋“日侍予侧，而筹测多中，乐与予与海军将士共生死”。而陈炯明知道蒋来的消息，惊惶失措：“他在先生身边，必定出许多鬼主意。”
7月1日，中山大学校长钟荣光带来陈炯明的亲笔信，来“永丰”舰上请求和解。陈炯明信中声称自己悔过，希望孙中山“保全人道、以召天和。”孙中山置之不理。不久魏邦平又来舰上，表示愿意为双方和解效力，孙中山则义正辞严地否定：
宋代之亡，尚有文、陆；明代之亡，亦有史可法等。而民国之亡，如无文天祥其人，则何以对民国已死无数之同志， 垂范于未来之国民，以自污其民国十一年来庄严璀璨之历史，而自负其30年来效死民国之初心乎？
7月8日夜里11点，被陈炯明部收买的“海圻”、“海琛”、“肇和”三大舰升火起锚，离黄埔港外驶。当时岸边的鱼珠炮台已经落在叛军手中，一直向长洲要塞的司令部炮轰，9日下午，长洲炮台也宣告失守，于是孙中山领导的舰队就在两岸的炮轰之下，孙中山命令各舰驶入黄埔背后的一条小河转移，当时各舰官兵都觉得孙中山命令失误，因为此河平时连大轮船都没有走过，但是又不能违抗命令，幸运的是，各舰都从小河驶过――孙中山至此才说，当年广州雨水较大，加之孙中山前段时间制定《实业计划》时，跑遍了广州郊区，有了很多的河流水利方面的知识，他当时是知道这小河也能行走军舰的。
7月9日，孙中山决定将舰队停泊在白鹅潭，因为此处靠近外国人停泊之所，叛军不敢进犯。可是从新村驶往白鹅潭有段必经之路河面狭窄，河中心和两岸还有敌军的野战炮队，舰队很难穿过，10日7时，舰队靠近车歪炮台，叛军野炮由四面八方向“永丰”舰发射。“永丰”中弹，船身震动，其余各舰也受微伤。
在双方激战时，孙中山一直站在甲板上指挥，还频频叮嘱：“子弹要爱惜，瞄准了才好放。”蒋介石等随侍在他身边。有人劝孙中山入舱暂避，可是孙中山还是说：“你以为舱下就安全吗？其实是一样的。”
孙中山一面为受伤的官兵包扎伤口，一面对大家说：“作为革命党人，就有万死一生的危险，但是不要灰心。”炮火暂稀，孙中山才下舱看书。这时蒋介石仍守在舵楼，注视着时针，约20分钟后，“永丰”终于通过炮台，化险为夷。各舰也相继通过炮台，直入白鹅潭集中。
刚下锚，广东海关的英国税务司的夏利士就登舰求见孙中山，劈头就问：“你到这里来，是不是避难？”孙中山很不客气地回答他：“白鹅潭是中国领土，我是中华民国大总统，凡我国的领土，无论在什么地方，都是我的权力范围。我都可以往来自由，岂可说是避难？你的话用意何在？”
夏利士换了口吻，说这里是通商口岸，接近沙面，万一战争发生，恐怕引起外国干涉，“不如请总统离粤，使通商自由无碍。”
孙中山厉声斥责他：“这不是你应该说的话，我生平不服暴力，不畏强权，只知道正义与公理，绝不受无理的干涉。”夏利士非常尴尬地退下。在座的一为西方记者日后写道：“我今天才见到孙总统的真面目。他确实是中国真正的爱国者，谁说中国无人才？”
陈炯明的叛军虽然不敢直接炮轰，但是还是想方设法进行攻击。叶举用重金从香港雇佣了两个水雷工程师，7月18日驾小艇前来轰炸，说来巧合，就在水雷即将袭向“永丰”舰的时候，“永丰”舰正在退潮掉头，正好是一个90度的转弯，水雷在几丈远的地方爆炸了。
处于责难声中的陈炯明陆续派人来说和，都被孙中山凛然拒之。但实际上，孙中山内心也一直处于焦虑中，首先是四艘军舰的供给日益困难，使得孙中山不得不亲自管理具体事务，他曾经下达这样的手令：“无论何人，非经大元帅签字，不准支款。”可是军舰的煤炭和粮食供应还是日益紧张，而北伐军队的时好时坏的消息，更让他紧张不安。北伐军方面，6月17日，胡汉民在韶关大本营与广州方面的电信忽然全部中断，火车亦中断，他由此判断广州方面已发生了叛乱。当时韶关仅有200士兵，而北伐军已攻克赣州，胡汉民决定北进赴赣州班师回粤救难。但回师途中，又发生了粤军第一师叛逃事件。7月9日，北伐诸军已从赣南回到广东南雄，遭到叛军的阻击，部分部队不得不回撤。一直到8月初，军队还是不见踪影。虽然有人劝他离开，孙中山却觉得在没有接到前方败退的切实消息时，他不能抛下患难相随的海军官兵自己离开广州。
8月9日，孙中山得到确切消息：陈炯明有袭击“永丰”的计划。孙中山觉得在前方北伐军不利的情况下，自己“株守省河”，有损无益，遂于8月9日乘英国兵舰次日至香港，然后转乘商轮到达上海。
转赴上海的8月14日，正好有暴风雨来袭击，但还是有2000多群众冒着风雨去接他。15日，他在上海发布了粤变始末及统一主张宣言，将陈的罪行向全国说明。陈炯明的叛乱，是孙中山一生中遭遇的最惨痛的失败，他深自痛恨：“文率同志为民国而奋斗垂30年，中间出生入死，失败之数不可屡指，顾失败之惨酷，未有甚于此役者。”
蒋介石通过此次与孙中山的共同战斗，从此成为孙中山最信任的助手之一，事后，孙中山在给蒋介石的书籍《孙大总统广州蒙难记》中写的序言中，对蒋介石的表现予以高度评价。蒋介石后来担任东路讨贼军参谋长，因军事进展缓慢而萌生退志时，孙中山还用白鹅潭共患难的事情来挽留他。
联手苏俄
孙中山一生中一直在领导革命，所以对别的国家的革命也非常关注。1917年，俄国十月革命爆发，推翻了克伦斯基的临时政府。1919年7月25日，苏俄以代理外交委员长加拉罕的名义，发表致中国南北政府声明，表示愿意放弃在沙俄时代对中国的侵略所取得的权利，1920年又重申了这个外交主张。俄国是自鸦片战争以来，攫取中国领土最多的一个国家，如今新政权发表了这样一个声明，虽然明显是一种策略性的考虑，目的是争取中国北京政府的承认，以对付日本，并有利于在西伯利亚地区镇压白卫军。但这种外交姿态在当时也实属不易，因而得到了孙中山的热烈欢迎。
1920年，苏俄外交人民委员会委员契切林写信给孙中山，要求与中国争取解放的力量建立联系，而孙中山直到1921年6月14日才收到这封信，这也是孙中山首次正式接获苏俄官方的来函。8月28日，孙中山写了一封回信，除了介绍中国目前的形势外，孙中山在信末很直接地表达了自己的愿望：
在这个期间，我希望与您及莫斯科的其他友人获得私人的接触。我非常注意你们的事业，特别是你们苏维埃的组织、你们军队和教育的组织。
1921年7月，中国历史上发生了另一件意义深远的大事――中国共产党成立。由此，客观上也为孙中山与共产国际和苏俄之间的联系形成了条件。
1921年12月，从共产国际来的代表马林自上海来到桂林拜访了孙中山。马林在桂林住了9天，与孙中山进行了三次长谈。会谈中，马林试图要孙中山接受共产国际和苏俄的观点，希望能达成孙中山与苏俄的联盟；孙中山则表示：“一俟义师北伐，直捣幽燕，再谋具体合作，未为晚也。”虽然这次孙中山委婉地拒绝了马林的提议，但“联俄”的念头，已在孙中山头脑里悄然播下种子。
1922年4月，共产国际远东处书记马林到广州又拜访了孙中山，按照苏俄和共产国际指示，马林再次提出了同苏俄联盟的问题。孙中山回答：“请不要忘记，香港就在旁边，如果我现在承认苏俄，英国人将采取行动反对我。”此时的孙中山仍显得犹豫不定，他一方面希望在将来的革命事业中能够得到苏俄的帮助，但眼下的国际形势及国民党内部亲英美、反苏俄的力量又让他一时难以下定决心。
这一年，由于陈炯明叛变，回到上海的孙中山心情十分沉重。孙中山不得不重新思索革命的出路，寻找新的同盟者。苏俄的友善态度使他下决心走上和苏俄结盟的道路，他自己描述他这时候的心态：
中华民国就像是我的孩子，他现在有淹死的危险，我要设法使他不沉下去，而我们在河中被急流冲走。我们向英国和美国求救，他们站在河岸上嘲笑我。这时候漂来苏俄这根稻草，因为要淹死了，我只好抓住它。英国和美国在岸上大声喊，千万不要抓那根稻草，但是他们不帮助我，他们自己只顾着嘲笑，却又叫我不要抓苏俄这根稻草，我知道那是一根稻草，但总比什么也没有强。
8月，马林与孙中山在上海再次会面。两人有如下一段对话：
孙：我现在感到与苏俄建立一个更紧密的联系是绝对必要的。
马：劝你不要单纯用军事行动去收复广州，而要以上海为基础开展一个群众性的宣传运动。我去莫斯科，共产国际已经通知中国共产党人参加国民党。
8月23日，中共早期领导者李大钊来到上海莫利哀路孙中山的寓所中，讨论如何“振兴国民党，以振兴中国”，孙中山对李大钊的真诚来访表示很高兴，李大钊回忆两个人谈话“畅谈不倦，几乎忘食”。
孙中山对李大钊十分尊敬，宋庆龄记得“我们总是欢迎他到我们家里来。孙中山见到这样的客人后，常常说，他认为这些人，是他真正的革命同志，他知道在斗争中，他能依靠他们明确的思想和无畏的勇气。”据宋庆龄说：当时孙中山已经认识到，国民党正在堕落中死亡，“因此要救活他，就要新的血液。”根据《李大钊传》记载，也是在孙中山家中，孙中山谈到了希望李大钊加入中国国民党，李大钊说自己是第三国际的党员，孙中山说：“这不打紧，你尽管一面作第三国际党员，一面加入本党帮助我。”李大钊根据党的指示，同意了孙中山的提议。由张继作介绍人，由孙中山主盟，加入了国民党。这也为今后的共产党员加入国民党开了先河。陈独秀、蔡和森此后也先后加入。
中国共产党早期领导人张国焘对当时孙中山所处的环境及合作的过程也有很详细的记载：
陈炯明的叛变使孙中山先生一时似乎失掉了一切。当时孙先生的处境十分恶劣，陈炯明不仅是军事上的胜利者，而且获得一部分舆论的同情。北京在高唱孙中山与徐世昌同时下野的调子，北方的实力派吴佩孚和西南各省的联省自治派，都在或明或暗地支持陈炯明。国民党分子背离他的也不少，尤其是李石曾、蔡元培、吴稚晖、王宠惠等49人联名通电请他下野，这件事给他的打击更是不小。
这个时候，几乎只有中共向他表示好感。中共公开宣言要与孙先生合作，指斥陈炯明为反动；而且行动上不惜处分在广州支持陈炯明的少数中共党员。这些事使孙先生为之感动，认为中共确有诚意与他合作。
1922年夏，苏俄政府副外长越飞来中国与北京政府商谈外交、商务等事宜的同时，于下旬派遣代表来上海会见孙中山，代表在李大钊和林伯渠的陪同下会见孙中山。之后，孙中山和越飞直接通信，交换对中国国内革命情况和国际形势的看法。
1923年1月17日，越飞携夫人自北京来到上海。自18日开始，越飞在孙中山寓所和孙中山就苏俄与中国国民党的关系问题进行谈判。当时，孙中山和越飞的频繁会面引起了租界里的巡捕的怀疑和监视，孙中山只能派廖仲恺为代表和越飞在日本会谈，廖仲恺的哥哥廖凤书是当时北洋政府驻日公使，他们利用公使馆这一条件进行会谈。之后被特高课注意，大家又转到热海温泉会谈。在这样困难的条件下，双方商定了中国共产党加入国民党的问题，还探讨了中苏联合反对帝国主义，苏联帮助中国建立军校、打倒军阀等问题。
1923年1月26日，孙中山与越飞在上海签署了“联合宣言”：“中国当得俄国之最挚热之同情，且可以俄国援助为依赖。”“俄国政府准备且愿意根据俄国抛弃帝俄时代中俄条约之基础，另行开始中俄交涉。”这个宣言的发表标志了孙中山的联俄政策的正式确立。
得到苏俄的支持后，孙中山开始致力于收复革命根据地，他在1923年1月4号发表了讨伐陈炯明的电报，号召各路部队一起讨伐陈炯明。在强大的军事压力下，被赶出广州的陈炯明不得不通电下野。2月15日，孙中山与宋庆龄等离沪返粤。为了争取与北方的和平统一，孙中山决定不复任总统，以避免各方面的猜忌。1923年3月2日，一个特殊的党政军指挥机关――大元帅府在广州成立，孙中山就任大元帅。