先期进入东北的八路军、新四军和抗日联军部队，为阻止秦皇岛等地国民党军进占东北，根据中央军委指示和形势的变化，在军事部署上做了几度调整。
从1945年8 月到10月，共产党进入东北的部队共约4 万人，除冀热辽军区先期到达8 个团外，还有晋绥第32团，晋察冀第31团，晋冀鲁豫第24团，山东军区第6 、第7 师，第5 师一部及两个支队，另有党政干部7000人。按照中共中央实行“分散”的方针，东北局将部队部署在靠近苏联、朝鲜。蒙古地区，实行有依托、有重点的分散配置，以建立持久斗争的基地，收编改造伪军，迅速发展壮大队伍，进而夺取和控制交通干线和各大城市。
10月9 日东北军区司令部成立后，合理调度各方，迅速实行初步的新老部队合编，配合各级党组织建立民主政权，肃清敌伪残余势力，发动群众，扩大地方武装，展开清剿土匪等项纷繁复杂工作。并抢先占领安东、营口、葫芦岛等处重要港口，从陆上扼守了连接关内外的咽喉要道——山海关及中间地带冀东、热河。同时华北、华东解放区也相应地控制着通往东北的几条交通干线，从战略上予以配合，由此造成了阻隔国民党军运兵东北的陆路通道，迫使国民党只能从西南大后方及越南、缅甸、九龙经海上和空中运兵东北的形势。依据这一良好的客观局面，中共“独占东北”，即全部控制东北的设想在毛泽东头脑中占了主导地位。
美国政府一直没有忘记帮助蒋介石调兵遣将，其驻华海军、空军在支援蒋介石运兵方面是十分称职的，如果没有美国“盟友”的全力相助，蒋介石的正规军将不可能染指东北。随着形势的变化，尤其是美军不断帮助国民党军海运北上，争夺东北的战争迫在眉睫。10月11日，毛泽东由重庆返回延安。10月16日，毛泽东决心调整刘少奇所提出的东北现行的“分散”方针，改行“集中”方针。于是，指示彭真：蒋军从秦皇岛登陆，向山海关、锦州攻击前进，是必然的。除令在途各部兼程急进，胶东方面星夜海运，并令林彪急至沈阳助你指挥作战外，望你就现有力量加强训练，并动员民众坚决阻止登陆，争取时间。
就在10月16日这一天，中共中央又电示彭真、陈云、程子华等。电文曰：蒋军在东北登陆及从任何方面进入东北之蒋军，须坚决全面消灭之。凡我到东北之曾克林、万毅、萧华等部，须迅速集中加以补整，全力消灭蒋军。除早已分散者外，不要再分散。此刻我军须集中作战，暂时不能分散。如能消灭蒋军先头部队，即可使蒋军后续部队有所畏惧，方可争取时问……万毅、吕正操。萧华、李运昌应暂留辽宁，指挥作战；整训部队，战胜蒋军登陆，是目前中心一环，其他一切均为此服务。
中共中央发出以上两电后，还不放心，10月19日又再次指示东北局。指出：我党方针是集中主力于锦州、营口、沈阳之线，次要力量庄河、安东之线，坚决阻止蒋军登陆及歼灭其一切可能的进攻，首先保卫辽宁，安东，然后掌握全东北，放弃过去分散的方针。
目前我在东北工作的部署，应该是全力加强辽宁、安东二省的工作，守住东北的大门，争取时间，以便开展全东北的工作。
毛泽东及中共中央的以上指示，将原来“分散”发展的方针一下子改为“集中”方针，而且决心相当之大，正如毛泽东在10月23日给东北局的电示中所述：“总之，竭尽全力霸占全东北，万一不成，亦造成对抗力量，以利将来谈判。”
其间，苏联红军按中苏条约规定已经撤离了热河的承德。平泉二地区。八路军黄永胜部进入该地区后根据中共中央指示即国驻下来，未再北上。毛泽东分析了东北整个情况后认为，我军在东北力量薄弱，又是新到，立足未稳，如果苏军按期于1945年底全部撤离东北，面对蒋军在东北的登陆，我军将难以对付。因此特别需要得到苏联的配合和帮助。为了得到援助，毛泽东于10月27日，代表中共中央致电斯大林。电日：（一）推延撤退时间至明年1 月或2 月，热河友军则请留至12月底才撤。
（二）在上述期间请求友军拒绝蒋军登陆及接收政权。
（三）允许我方接收政权，民选地方政府及组织武装力量。
中共中央的三条请求中尤以阻止国民党军在大连登陆最为重要。当彭真等向苏方转达了中共中央的这一请求时，得到了苏方的允诺。彭真将以上情况报告毛泽东后，毛泽东感到“甚为欣慰”。应当说，苏联红军确实给了中共以很大支持。首先是允许中共军队在不使用共产党和八路军名义的情况下，可以进入东北地区；其次是要求中共迅速接防东北各城市以及内蒙地区，并在以上地区先人为主，遍地开花。这一切，离不开苏联。对此，重庆谈判结束后，毛泽东曾经不无感激地说过：“对我们帮助最大的是苏联，开始蒋介石以为中苏条约对我们不利，但后来我党并不如此。”
国民党军大连登陆问题解决后，东北现存的当务之急的问题就是如何阻止国民党军在华北出海口秦皇岛登陆。对此，毛泽东对李运昌的冀热辽八路军部队寄予了很大的希望。
10月25日，毛泽东电示彭真、程子华、李运昌指出，将李运昌的冀东部队抽出有战斗力的2 万人，编为10个团，总称冀东纵队。由“运昌亲率位于机动地区”，准备迎战来自海上和承德方面的国民党军。毛泽东此时过于乐观，认为如果照冀热辽军区部队的发展速度，到年底有望组成lbo 万地方军，加上苏方暗地里帮助，在两个月内阻止国民党军登陆是有把握的。
毛泽东调给彭真的文臣武将其数量已相当可观，但是还有一位统帅全东北军事工作的大将一直未登场。他就是林彪。对于林彪的使用和安排，毛泽东早已心中有数，眼下最令毛泽东焦急的是林彪自10月中旬中央电令其速去沈阳以来，已经有十多天没有音信了。
直到10月30日，中共中央还在连发两电追问林彪下落。一是毛泽东问彭真：“林彪等现在何处？”二是刘少奇致电林彪、萧劲光，指出：“你们现在何处？中央前电要你们即速赶到沈阳，收到否？你们意见如何？久末得复，甚为焦念。现美蒋军急于在营口、葫芦岛登陆，苏军恐难以拒绝，我军必须坚决抵抗，以阻止蒋军进入东北。在此情况下，冀东战略地位，已不如沈阳重要。望你们星夜赶去沈阳，指挥作战。”
林彪等不是没有收到中央的电示，而是苦于没带电台（后来到了东北仍无大电台，指挥部队得借用下面部队的电台），所以十多日未与中共中央联络。10月29日，当林彪乘火车到达沈阳未及喘口气时，山海关一线就已经打起来了。林彪遂赶往锦州指挥战斗。
东北自林彪到来后，彭真有了一位主持军事工作的大将，各项军事工作进一步展开。
10月31日后，中共中央又决定，成立东北人民自治军总部，这是进入东北的中共各支武装力量的最高指挥机构。进入东北的八路军、新四军部队与抗日联军统一组成东北人民自治军，实行统一指挥，命林彪任总司令，吕正操任第一副司令，李运昌任第二副司令，周保中任第三副司令，萧劲光任第四副司令兼任参谋长，彭真任第一政治委员，罗荣桓任第二政治委员，程子华任副政治委员，伍修权任第二参谋长，陈正人任政治部主任，周桓任政治部副主任，叶季壮任总后勤部部长，吴溉之任后勤部政治委员。
这是东北中共军事工作上一件有重要意义的大事。