随着国民党军加紧调兵遣将，以及东北日趋紧张的斗争形势，加之扩军中指导思想有偏差，放松了政治质量原则的要求，因此，从10月初开始新扩建的部队即不断发生哗变。
东北局、东总的往来电报反映了这一点。10月8 日，彭真等通报：……在沈阳收编之两团伪军，在运昌部撤出城时，于2 日哗变。……
11月25日，彭真、罗荣桓、林枫等带领东北局机关撤出沈阳，移师到本溪。李富春、吕正操、张平化组成东北局西满分局至抚顺；陶铸、邓华带领辽宁省委和军区去法库。由于走得太急，甚至一些该撤的单位都没有通知到，随着中共的撤出，沈阳城里的国民党地下军和原伪满官员、军人、警察乘机大肆活动，一哄而上，冲击中共党政机关驻地，追杀中共党员和八路军干部。
暗藏的国民党特务和地下军造谣惑众，四处活动；原伪满人员和汉奸也公开倒向国民党，只要是身穿八路军灰棉衣的干部便成了他们的袭击对象。他们在大白天的大路上向中共委任的辽宁省主席张学思的汽车扔手榴弹。中共在城市活动的一些公安局长、区委书记等的生命安全都受到了极大的威胁。
彭真得知这一情况后，于11月28日向中共中央作了报告。报告指出：我们25日退出沈阳，此间国特即有数处骚动，并有数处警察叛反我们。接着苏军即大举肃清潜伏反动武装，闻搜捕之人甚多。
由于苏联红军的着力维持，才平息了这股叛乱。
与此同时，长春铁路沿线的大中城市也掀起了一股叛乱浪潮。被中共收编或留用的伪满人员、土匪、旧军人纷纷倒戈。各地新组建的部队和保安部队整连、整团的哗变。刚刚建立的中共省委、县委和地方政府遭受严重破坏，一些干部被叛乱分子杀害，国民党特务反共气焰十分嚣张。11月19日，苏军强迫中共人员撤离长春，造成周保中、张启龙、伍晋南等与吉林省工委干部到处迁移，无法正常指挥下级党政军机关和部队。相反，国民党地下军却组织起了什么“吉林省党部”和“东北党务专员办事处”，与中共组织公开对抗并四处发展党员，网罗日伪，收编加委土匪。在几天内，桦甸、农安、德惠、榆树、舒兰等县都出现了国民党的县党部。周保中等收编的原伪满地方武装绝大部分叛变了。农安县独立团一部500 人叛变。原地方武装九台数百人，怀德上千人，范家屯600 人，敦化8 个大队中的七个半（只有一个朝鲜族中队没出问题），以及榆树、舒兰、安图、蛟河等保安队，也都先后叛变。叛军多达9000多人，拖走枪支在5000以上。这是中共在吉林工作的一大损失。
哈尔滨的形势也出现逆转。李兆麟等抗联干部一直在此坚持工作，同年11月16日陈云来到哈市主持工作，接着张闻天、高岗也来到这里坐镇。但是苏军于11月17日命令中共党政军机关必须于23日前退出哈市。在不得已的情况下，陈云、高岗只得撤出哈尔滨。当时，陈云手上仅掌握1500人的老部队和60个干部，处境十分危险，县级党政机关遭受大损失。东北局老人张秀山回忆说：“为防止土匪突然袭击，当时许多同志经常是抱着枪支，轮流坐班或和衣枕戈待旦的。”
佳木斯、牡丹江一带的合江省范围内敌情更加严重。原抗联武装收编的部队到了11月共达8000人。其中土匪头目孙荣久被委任为勃、宝林三县司令；谢文东被委为富、绥、同3 县司令，其余小股土匪被收编的为数也不少。而作为中共三江军区司令的孙景宇手中只有1 个特务团、1 个新兵团和两个县大队，总计才2000人。随着形势的变化，到了12月初，谢文东被国民党特务委任为上将司令，这些被收编的部队大肆叛变，疯狂杀害中共干部。整个合江省叛变武装达5000多人。李华堂、谢文东、孙荣久、张雨新、刘山东等大小十余股土匪很快发展到上万人，加上各地地主武装“大排队”总数约在2 万左右，成为中共在合江地区的凶恶敌人。这些叛变武装有的大白天敢于冲入佳木斯政府杀害中共副市长；有的敢于攻击牡丹江军区司令部大门；有的敢于伏击八路军的列车；其猖獗程度达到了顶点。11月底，东北局为加强合江军事工作派方强去主持大局，为进入佳木斯市区，方强只能化装成考百姓冒险通过土匪盘踞的勃利县，才到达佳木斯的。
此外，齐齐哈尔形势也非常严峻。该市原为中共嫩江省委和军区所在地。11月中旬，当嫩江省委、军区和警备旅撤离后，国民党组织伪满警察和各县地主武装成立“光复军”，人数竟达1.8 万人，还配有装甲车、重炮等装备。该匪所到之处尽占原中共掌握的县城，杀害八路军营团干部，成为中共的凶恶敌人。
12月7 日，我自治军部队部分指挥员电告林、彭、罗指出，其部队哗变6000人，失县城3 座。该电指出：林、彭、罗：……20天来我部先后哗变6000余人，约5000枪。被匪消灭1500人，……现剩下2.5 万人内较可靠的仅1.9 万人，失掉县城三个。
周、张、伍
1945年12月7 日12月20日，周、张、伍再报林，彭、罗，具体内容如下：林、彭、罗：（一）长春西面国匪猖狂已将我长岭怀德乾安占领损失四个步兵整连，牺牲一个政委傅根深。
（二）近10天来新部队先后哗变2600人，枪近2000. 周、张、伍1945年12月20日12月29日，陈云、高岗致电东北局并转中共中央，指出：……黑龙江、嫩江、松江、合江、牡丹江……总计北满数字上有4.4 万人，枪3.9 万，存枪5000支，但可靠者只有1.1 万。其余3.3 万不可靠……
在这份电报中陈云、高岗还指出，这些“招兵买马”来的部队不可靠的原因是：（一）首领与国民党勾结；（二）许多是旧公安队改编的八三）委任大排来的；（四）新兵觉悟低，易被反动分子拖去，干部又少。据此，陈云和高岗估计：“如此大量不可靠部队，将来定成后患。”事情的发展证实了陈。高的预见。
自治军将领倪志亮等于12月30日致电东北局并吕正操。李运昌，电文如下：东北局并吕、李。
……怀德30团于本月13日两天内全部叛变，团江政委幸免逃回。16日黑林子镇部队三个营继之叛变，叛部武装外并将怀德库存之轻重机枪百余挺弹药资甚多，全部抢走殊堪痛惜。
倪、郭1945年12月2 日12月31日，彭真、罗荣桓通报：……据倪、郭来报怀德之一个团叛变，政委幸其逃回，继之黑林子镇一个营叛变，并将怀德库存之轻重机枪百余及大批物资弹药抢走……
彭、罗1945年12月31日据东北军区编辑的（东北三年解放战争军事资料）统计，1945年12月底至1946年1 月初，仅10天左右，“先后叛变者有：吉林1.2 万人，合江5000人，龙江约3000p 余人，牡丹江3000人，松江1 万人，辽北3000余人，嫩江3000余人，先后叛变共约4 万余人。”
在血的教训面前，东北局各级领导成员先后有了清楚的认识。为此，东北局在12月13日即向东北各级党政军领导和机关发布（警惕敌之内奸政策）的指示。该指示说：……反动分子因无合法地位又怕引起外交纠纷，到处采取内奸政策，特别打人我军内部组织成部队请我收编，一面待机叛变，一面故意破坏我军纪律，破坏我与民众关系，故敌称此种政策为挖底政策。……据陈光同志电敌占锦州后盘山县大队沟帮子区队30旅60团之两个叛变投敌，并有一个连溃散，我军数日内则损失人枪500 余，……为了防止上述事件发生……对于所有武装详加检查，见不可靠者应迅速分居与老部队合编或由老部队或党政机关迅速予以洗刷整理或坚决解决之。
北满分局领导人李运昌、吕正操等于12月18日在给东北局并中央的电报中也指出了导致扩充部队叛变的内外原因，该电指出：北满各省新部队，不断发生整连整营整团的哗变，证明国民党的军警特务混进部队，不少成批或合股来的首领是动摇分子，各省必须立即进行清洗坏分子，适当处理动摇分子，团结与培养新干部，纠正不择对象扩兵愈多愈好来计算成绩的想法，立即停止以委任地方武装作为我们扩兵的办法，并明令禁止野心家收编民枪，摊派款项。
……在新部队中则表现为军阀主义倾向，单纯的军事观点（兵多官大的坏思想，乱抓物资乱打兵，不集中，不统一，不听命令，违犯政策，放松了纪律，脱离人民，脱离部队的土匪主义倾向也因之产生）
12月23日，北满分局在致东北局、中共中共的电报中，对此问题的认识也是十分深刻的。该电指出：委任地主组织武装是完全错误的……
（一）各满各县委任地主分子组织变相大排的保安队，证明完全错误，实际上增加了许多国民党武装，增加了我们许多敌人，应立即以明令禁止野心家组织武装，私缴民枪，摊派粮款……对我们委了的，或地主已经组织的地主保安队，则给其限制，并使其不积极协助匪，又因为地主武装多，我们又是新部队，不宜简单缴枪而多树敌人，解决地主武装的根本办法，是在农民斗争中将它变成农民武装，但不能粗暴，必须精细研究办法。
（二）委任地主分子，组织保安队的根本原因，在于目前北满许多干部思想方法中存在着一种错误，不是实事求是认清现实而是把今天的东北看成抗战初期的敌后，机械地搬运经验，未认清抗战初期的敌后与今日东北带根本性质的区别，前者是日本打进来，后者是日本被赶出，再加中苏条约规定，苏军将撤，国民党将来，因此人民情绪不是斗争，而是求安，人民对国党国军不是失望而是幻想；人民对我党我军，不认为惟靠山，而是冷待旁观，人民这种情绪与态度是暂时的，我们工作深入后一定会起变化的。但目前便利国民党，增加我们的困难。……
总之，“招兵买马”的风波使初人东北的中共部队付出了惨痛的代价，教训是沉重的。但也使东北局各级领导成员在扩军问题上吃一堑长一智，为后来建设强大的东北人民武装摸索了经验。