在东北的经营问题上，究竟取何种方针，对于中国共产党能否最终控制和掌握东北是极其重要的。毛泽东自重庆谈判返回延安后不久即患重病，经苏联专家诊治后，一直未能完全病愈。而他虽然在病中，仍时刻挂念着关东的一举一动。据黄克诚回忆，为了弄准东北情况，制定切实可行的东北发展方针，12月初，毛泽东还普遍征求了东北局每一位领导成员的意见，发扬了决策民主的好风气。
林彪作为东北最高军事指挥员于12月11日，给东北局和中共中央发了电报，汇报了自己对作战和今后工作方针的看法。林彪指出了人民自治军的弱点：（一）各地皆有土匪。股匪、散匪到处皆是，许多县城被匪盘踞。我少数侦察人员皆派不出，战斗力尚不强，训练尚未成熟。
（二）老百姓说：八路军与中央军都是为老百姓的，彼此不打好了，并认为国民党是中央。旧政权。旧武装的人员皆盼望找国民党接头。
（三）我军收编的旧武装，一到与敌接近时，即叛变投敌。
（四）我军无钱，在乡村中行动时，则到处征发。老百姓恨我，与征给养人员打骂。我军驻城市时，因用边币大票子，商店关门。我新编部队纪律最坏，部队政治工作亦须大加整理。
（五）部队缺枪弹、衣服、鞋袜，现虽补充了一部，但均未补齐。仓库存的东西有的已经没有了，以后如何补充，尚无着落。
（六）战斗中我火力不强，不能压倒敌人。我冲锋时猛劲较差，这一则由于疲劳，次则未进行充分的政治动员，同时来东北的观念是进大城市，装备新武器，对打仗无精神准备。
（七）战斗中伤兵须用战斗员抬，下火线又要随军行动，甚感不便。指挥员最怕此麻烦。
（八）地图不全，致走弯路；电台不灵，致有部队调不到。电话线少，在出发与战斗中皆不能迅速动作。侦察未良好建立，对敌情了解迟缓而不正确。
（九）指挥机关不健全，锣齐鼓不齐，阴差阳错的事特别多。
考虑到人民自治军的以上问题，林彪建议对东北斗争须作长期打算。目前最重要的是坚决肃清土匪改造旧政权；建立后方基地，包括军工厂、兵站、医院；对部队进行整编训练。具体说，是将部队以团为单位，一概分散于广大乡村打匪，做群众工作，收集资料，建军与整训，准备度过整个冬天，而在明春再集中打大仗。林彪反对目前与国民党军队硬拼，他认为“以我部队的现状而勉强打，则结果多不佳。在锦州以前敌集中前进时，我如真的以主力投入大仗，则很可能演成主力的退却，而损兵、损士气。”
12月25日，林彪再次向中共中央和东北局致电，进一步表明了自己对建立根据地的意见。他指出：凡愈靠近城市与铁路的地方，人心愈浮动，群众愈难争取；而这一带亦往往首先失掉，使群众工作的建设白费力气。距城市与铁路线（北宁、长春两路）愈远的地方，人心愈巩固，群众工作愈易发动，且敌来的可能少，故愈易成为巩固的后方……故我群众工作的布置，应将重心布置于边缘地区。先把那一带搞起来，然后用群众运动的影响，来向城市扩张群众运动……我绝大部部队皆应严格离开城市，住到乡下去。
林彪的这份电报文字不长，大道理也不多，但意思却较深刻。言下之意就是要农村，到农村去，甚至是到较为远离大城市和铁路线的农村去，否则就难以取得胜利。至于城市眼前根本不要考虑它。
在此期间，东北局领导成员们也在认真研究和探索东北工作的新方针问题。
担任中共中央东北局副书记兼任北满分局书记的陈云，根据在东北工作的实践和对时局的看法，起草了（对满洲工作的几点意见）。于11月30日以他和高岗、张闻天的名义致电东北局并转中共中央。指出，苏联要把沈阳、长春、哈尔滨三大城市及长春铁路干线交给国民党，还要我们交出已接收的政权，国民党军已占领山海关至锦州一线，正准备向沈阳推进。根据以上情况，我们必须承认，首先独占三大城市及长春铁路干线以独占满洲，这种可能性现在是没有的。因此，当前的满洲工作的基本方针，应该不是把我们的全部注意力集中于这三大城市，而是集中必要的武装力量，在锦州、沈阳前线给国民党部队以可能的打击，争取时间。同时，将其武装力量及干部，有计划地、主动地和迅速地分散到北满、东满、西满，包括广大乡村、中小城市及铁路支线的战略地区，以扫荡反动武装和土匪，肃清汉奸力量，放手发动群众，扩大部队，改造政权，以建立三大城市外围及长春铁路干线两旁的广大的巩固根据地。
陈云的这个电报是11月29日和30日分两次发往延安的，中共中央第一天收到电文的一半时，就立即回电说：“看了你们未完的电报，中共完全同意。”
刚刚到达两锦地区的黄克诚，也就建立根据地的问题，于11月29日致电东北局，指出：已进入及将进入东北之主力及新组建成立之部队，数目特别巨，但若无党政民之支持，无粮食经费的充分供给，无兵员的源源补充，将必大大削弱原有之强大力量，目前东北大城市顽占，乡村则为土匪盘踞（大都与顽有关），我则处在既无工人又无农民之中小城市。这样下去，不仅会影响作战，且有陷入不利地位之危险。因此，利用冬季不能进行大规模作战的5 个月时间，发动乡村群众，肃清土匪，建立各级党与政权为当前急务，求得5 个月内建立根据地之初步基础，便利明春之大规模作战。
黄克诚还根据华中地区经验，建议“立即划分主力师（旅）的补充熟悉地区，作为该师的根据地，每师划3 至5 个县。……该师（旅）立即派遣地方工作干部前往规定地区开展工作，建立政权和党委，发动群众，建立地方武装。该师（旅）立即派出必要兵力肃清土匪，恢复社会秩序。在规定地区内，该师（旅）收集粮食资材、建立医院、工厂，扩大新兵，源源补充主力部队。……如规定地区已有党委、军区时，则分区领导工作之进行。……主力部队集结作战，伤病（员）则送该区休养……”如果在整个东北部队中不参实施，“则请划10个县、地区给3 师各旅去建立后方，开辟工作，以免伤病（员）继续妨碍主力行动与作战。我认为20多万军队没有千万以上群众支持是不堪设想的”。
12月初，西满分局负责人李富春、吕正操、张平化联名将（关于形势及我们的任务）的电文告彭真、罗荣桓、林彪，认为“独霸东北目前既不可能，但力争优势仍有充分可能。中央指示既要力争控制长春路与中心城市，更要控制次要交通线、城市及广大的农村的工作方针是完全对的”。随电提议西满工作布置“是以控制从阜新、通辽、双辽、挑南到索伦的铁道，及从长春经批安到王爷庙的铁道为中心，面向长春铁道沈阳等中心城市。掌握铁道西边的城市及广大农村，各省有重点地建立西满根据地，确立在西满、热东野战军的后方”。
这些意见，对于统一思想认识，实施工作重心转变，完善建立根据地的计划，起到了良好的作用。
毛泽东虽然远在陕北，但通过对这一份份电文的仔细研究，看出了东北的斗争一定要做长期的打算的形势，感到必须使用建立巩固的根据地这个民主革命时期的老办法。建立根据地已经是东北局领导成员的共识了，但是在如何建立根据地的问题上认识差距较大。有的成员虽然同意退出大城市，但总是不愿意走得远一些，总希望找个机会再打回大城市来，因此，总是不忘马上找机会与国民党军争夺沈阳、长春等大城市。
经过深思熟虑之后的12月28日，中共中央发出了由毛泽东起草的给中共中央东北局的“建立巩固的东北根据地”的指示。这一指示就是后来被收入《毛泽东选集》的重要文章（建立巩固的东北根据地）。
毛泽东在这个具有纲领性质的指示中明确告诉东北局：目前“我党在东北地区的工作重心是群众工作”。如果不抓紧群众工作，“我们在东北就将陷于孤立，不能建立巩固的根据地，不能战胜国民党的进攻，而有遭遇极大困难甚至失败的可能”。毛泽东要求中共所有的干部和军队，必须给东北人民以看得见的利益，要下决心与东北人民打成一片，要彻底扫除干部中一切不经过自己艰苦奋斗，流血流汗，而依靠意外便利，侥幸取胜的心理。
其核心意图是在东。北、西满建立军事政治根据地。毛泽东指出：“我党现时在东北的任务，是建立根据地，是在东满、北满、西满建立巩固的军事政治的根据地。”“建立这种根据地的地区，现在应当确定不是在国民党已占或将占的大城市和交通干线”，“也不是在国民党占领的大城市和交通干线的附近地区内。”“建立巩固根据地的地区，是距离国民党占领中心较远的城市和广大乡村。”
他并预见到东北斗争的艰苦性，要求东北全党全军放手发动群众，逐步积蓄力量，准备在将来转人反攻。还具体制定了东北人民自治军的战略部署和战斗任务，要求迅速在西满、东满、北满划分军区和军分区，将军队划分为野战军和地方军。将正规军队的相当部分，分散到各军分区去，放手发动群众，消灭土匪，建立政权，组织游击队、民兵和自卫军。以便稳固地方，配合野战军，粉碎国民党的进攻。一切军队，均须有确定的地区和任务，才能迅速和人民结合起来，建立巩固的根据地。
毛泽东关于建立巩固的东北根据地的指示，进一步明确了东北局和东总的工作方针和任务，指明了新形势下发展壮大人民军队在东北的力量，同国民党作长期斗争，最后夺取全面胜利的途径，对东北根据地的开创具有决定性意义。