6 月3 日，蒋介石带着夫人宋美龄从北平飞返南京。
从1946年5 月5 日起，国民党中央政府宣布正式还都南京，一切党政机构皆在此前后从重庆迁到南京办公。中共代表团及各民主党派也同时搬到南京。从这时起，南京成为全国的政治中心。
马歇尔早已等得不耐烦了。蒋介石刚到南京，马帅就迫不及待地到黄埔路官邸拜访了蒋介石。马帅一点也不客气了，他要求蒋介石宣布停止军事行动，立即同中共重开谈判。，在马歇尔的强烈要求下，蒋介石允诺：东北暂时休战七天。在这一星期内，中共必须就东北停战、恢复华北交通和实施军队整编等问题同国民党政府达成协议。他还以不容置疑的蛮横语气告诉马歇尔：“这是我同共产党打交道的最后努力，因为国内经济情况迅速恶化，交通瓦解，全面的经济停滞，即使进行全力以赴的战争，也比这种情况好。”
面对蒋介石如此凶恶的武力叫嚣，马帅显得十分软弱，他只认为7 天休战太短无法操作。结果蒋介石同意延长为10天。马帅立即又同周恩来会面，转达了蒋介石的意见。
为了利用一切机会争取和平，周恩来同意休战及重开谈判，但休战必须二个月。
马帅只好再找蒋介石讨价还价，蒋介石最终同意把10天改为15天。
6 月一6 日，根据国共两党约定，毛泽东和蒋介石分别向各自的军队下达了从6 月7 日正午起，在东北停止前进、攻击和追击的命令。与此同时，休战谈判正式开始。此后，休战期又延长到6 月30日为止。
这一时期，在马歇尔为东北停战进行调解的过程中，周恩来发现，马歇尔越来越偏袒国民党。这主要表现在两个方面：一是马歇尔支持蒋介石占领长春的要求，、而毫无道理地向中共施加压力。二是在东北战火越烧越旺的情况下，马歇尔仍坚持要将国民党尚未启运的第60、第93军运往东北，从而使东北国民党军多达7 个军。周恩来从上述事实中不得不得出这样的结论：马歇尔的“公正”已开始贬值。为此，他在同马歇尔的会谈中再一次表示不满。
尽管如此，毛泽东和周恩来仍对美国对华政策和马歇尔取客观分析态度。
在5 月13日发给中共中央的一个电报中，周恩来说：由于国际形势不许，特别是马歇尔所代表的美国政策，尚未支持蒋之全面内战方针。惟于东北问题，美马对苏联及中共却具大疑惧，其本身亦急欲插足东北，故对蒋之接收长春主权，虽不公开主张，但亦不反对，而且助其运兵……
美马与蒋对中国内战看法，尚未一致。马一方面认为蒋只要拿下长春便可停战，另一方面也怕万一长春之战旷日持久，引起关内战争，那便全面破裂，又非美国之愿。蒋则认为只要美马不反对拿下长春，便可能在打下长春前挑起关内战争，那便拖下水，不容马不赞成中国内战。
两天以后中共中央发给党内的一个指示也认为，“美国政策除一般扶蒋及助蒋的东北作战外，对全国内战尚不赞成。”
鉴于上述认识，中共中央仍决定采取与美国、与马歇尔合作的政策，对他们的错误做法继续在内部进行批评、斗争，而不在公开场合予以抨击。
在13日的电报中，周恩来向延安提出建议说：对美国仍以争取为主，批评为辅。适当与严正的批评，应在个人谈话时多多为之。公开舆论（不限制我们自己），应要求其停运、撤兵及督促国方停战，并表示其应公正调处。各地停战小组有作用者，而工作关系与美亟谋改善。
中共中央完全同意周恩来的意见，并在5 月15日的党内指示中指出：对执行部及各执行小组的工作加以调整，改善对美国人关系，无论美国人如何偏袒国方，我除据理力争外，只，要美国未恢复赫尔利政策，策动全国内战，我即应尽可能争取美国人。最近时期，有些地方对美国人关系弄得不好，这当然是由于美国人态度不好所引起，但我们的争取工作亦有不足，今后应当注意研究争取美国人的工作。……
中共中央的忍让和克制态度避免了与美国关系过早恶化。
但是，白宫并未因东北内战的加剧而停止对国民党政府的援助，这使得中共领袖们感到愤慨。为了制止美国进一步援蒋，中共中央决定在全国发起一个要求美国执行莫斯科决议的运动。
5 月28日，延安致电南京，指示周恩来、董必武采取必要的行动。在电报中，中共中央对美国的援蒋政策提出了尖锐的批评：中国政府中的反动派，这一切破坏三国协定的反动措施，实际是在美国援助下进行的，马歇尔调处中国内争的努力，除开表面的成绩而外，没有阻止中国反动派的任何活动，中国反动派在美国许多实际援助下反而更加活跃与毫无忌惮，这就是美国海陆空军的继续留住中国‘，并以极大规模的军事运输不断从南中国运输美国所装备的国民党军队及大量美国军火，包括一切重武器到华北及东北的内战前线，继续供给反动派大批武器，包括数百架飞机、数百辆坦克及数万辆卡车、数十艘武装舰船在内。美军人员还继续帮助中国反动派，训练大批海陆军人员，不断输送到内战前线，供给中国反动派的军事情报，并有美国帮助所组织训练与武装的数万特务人员，出现于内战前线。
……这些实际帮助，是中国反动派继续坚持独裁，反对民主改革，扩大内战，不理睬三国会议决定……，并使马歇尔的和平调处只是成为无效的表面上的配角而已。
以上电文与半个月前对美国政策的评价已完全不同。这是自马歇尔使华以来，中共中央第一次如此严厉地批评美国的援蒋政策。当然上述批评内容仅在内部传达，尚不是公开的文件。
延安公开地抨击美国的对华政策，是在6 月下旬。
6 月14日，美国国务院正式向国会提交一项军事援华法案，请国会审议。同一天，白宫又与国民党政府签订一项由该法案所提出之协定，即《中美处置租借法案物资协定》。这一协定规定，美国将保证供应国民党政府以充分的军火和器材。
华盛顿的这一举动，极大地激怒了延安，使中共中央的领导人再也无法忍受下去，很快便作出了强烈的反应。
6 月22日，延安以中共中央毛泽东主席的名义公开发表声明，坚决反对美国的军事援蒋法案。声明尖锐地批评了所谓的军事援助，指出：……美国实行所谓军事援助，实际上只是武装干涉中国内政，只是以强力支持国民党独裁政府继续陷中国于内战。分裂、混乱、恐怖和贫困，只是使中国不能实现整军复员和履行其对于联合国的义务，只是危害中国国家安全独立与领土主权完整，只是破坏中美两大民族的光荣友谊与中美贸易的发展前途。
这是自1946年1 月以来的半年内，中共第一次公开地、全面地谴责美国的援蒋政策，措词之严厉，也是前所未有的。
这个声明的发表，表明中共中央的对美政策已开始发生根本性的变化，中共与美国的关系已开始恶化。
此时，中共中央实际上已不再信任马歇尔的“公正”了。然而，延安在对美斗争的策略上仍十分谨慎。
毛泽东主席的声明发表以后，中共中央又要求全党仍须“注意不要反对整个美国与整个美国政府，亦不要反对杜鲁门。马歇尔与美国调处中国内战，对美方公正人土与普通人员，仍应争取同情”等等。至于对待马歇尔个人的态度，中共中央说：“不要公开说他好，也不要公开说他不好，在谈判中仍须经过他来缓和局面。”
在国民党不理睬、共产党又不信任的情况下，马歇尔在谈判中的“调解”作用势必越来越小，谈判成功的希望也就更加渺茫了。
正如中共中央的判断那样，到了6 月30日休战期满的时刻，由于蒋介石蓄意破坏，谈判没有取得成果。国共两党虽都明确表示，并不因此关闭和谈大门，但整个中国局势却发生了不可逆转的大变化。
对于6 月休战谈判的失败，马歇尔有一段发人深思的评论。他说：“不管是什么原因，看来清楚的是，在休战期间的谈判中，共产党是比较愿意就停止冲突达成协议的，而政府则提出如此苛刻的条件，共产党接受这些条件是不大可能的。看来同样清楚的是，某些国民党文武领袖的力量和权力是以武力解决为目标的，他们的信念是，全面战争要比目前伴之以经济与政治停滞的半战争状态为好。”
马歇尔虽然在调处东北内战的过程中逐渐失去“公正”，但他对事实的真相毕竟还是心中有数的，并且对他的上司杜鲁门说了真话。
谈判最终被蒋介石破坏而失败了，代之而起的是东北的大打，全国性的内战随着战火的浸延也不可避免地要在全国爆发了。