蒋介石在与毛泽东的决战关头几易东北主将，使得国民党军在东北的处境日益艰危，解放军在东北的主动地位日益稳固。这年年初，毛泽东打乱了蒋介石重点进攻的战略部署，蒋介石为解放军空前规模攻势所震惊，连续召开最高军事会议，确定了紧守东北和华北，争取中原，大力经营华南、西南和台湾的方针。他自我安慰说：东北和华北是两个定心丸，吃了就心安了。接着，在东北主力是否南撤的问题上，蒋介石又一次举棋不定。到了1948年春夏，国民党在东北的形势已是发发可危。
国民党军50万余人被东北解放军分割围困在长春、沈阳。锦州几个互不连接的孤立地区内，控制东北的总面积只有3 ％，并且士气低落，补给困难。长春、沈阳两座城市基本靠空投物资提供补给，情形十分严重。
这种险恶的形势促使当初曾声言东北势在必得的蒋介石，不得不考虑要撤出东北大军。1948年2 月2 日这一天深夜，蒋介石在反省录中写道：“东北新立屯与沟帮子各要点相继失陷，共匪紧逼锦州，沈阳形势更形孤立，国军若不积极出击，作破釜沉舟之决心，则沈阳二十万之官兵皆成瓮中之鳖。”
随后，新闻界即传出蒋介石要撤离东北的消息。结果，蒋介石的“探测气球”引起强烈反响。许多东北籍国民党军政要员纷纷反对放弃东北，一批批“东北民众代表请愿团”也跑到南京，呼吁政府不要放弃东北。蒋介石为情势所通，只得放弃撤离东北的打算，表示国民党将以最大决心加强东北的军事力量，扭转不利局势。
1948年4 月，蒋介石在伪“国民大会”上作施政报告时又说：今天东北的战略，不必要求作全面的控制，但必须守住几个重要据点，如长春、沈阳和锦州，以象征国民党政府国家力量的存在。显然，他在这里对东北问题的考虑更多地着眼于政治方面的需要，他要的是一种象征。正如后来国民党驻美国大使顾维钧在解释这一点时所说的那样：“政府很难做出一项决定。从军事上说，撤退是合理的，但从政治上说，则是不行的，因为那会遭到在关内的几十万东北流亡者的反对，其中有的还在政府任要职。我记得有一次蒋委员长对我说，这正是他的困难。在政治以及军事争端的复杂局势中，总有些无法估量的因素，使得问题更加复杂，更难找到简单的解决办法。”
不久，蒋介石在兵力部署问题上同东北国民党军主帅卫立煌发生了分歧和争论。
尽管蒋介石决定坚守东北，但对于东北的兵力部署仍然想采取向南收缩的方针。他的计划是：以现有兵力固守长春，将沈阳主力移至锦州，打通沈阳至锦州的交通线。这样，既可以比较容易地解决东北部队的后勤供给，又可控制辽西走廊，背靠华北，把解放军挡在关外，万一形势不利，还可以从陆上或海上从容撤退。
应该说，蒋介石的这一方案在保存东北实力，使东北主力部队置于一个比较机动的位置上，有一定的意义。
但是，卫立煌坚决反对蒋介石的方案，他看重的是沈阳。卫立煌是国民党军队内部的一位经验丰富的老资格高级将领，蒋氏对他既倚重，又不太放心。因此，他虽然名义上掌握东北国民党之党政军大权，但在许多情况上，并不能完全做得了主。
卫立煌到达东北后，吸取陈诚失败的教训，采取持重态度。他分析，依现有在东北的国民党军队，向解放军进攻则力量不足，但若防守一些战略要点，力量还是有余的。所以，当务之急是积蓄力量，固守沈阳，以待时局的变化。于是，上任伊始，便主张重新整军，固守东北，提出所谓“固点、联线。扩面”，“重点不重线”等作战方针，要打通沈锦联系必须补充东北兵源，使在解放军冬季攻势中受损的部队恢复元气；同时必须从华北增兵锦州，由锦州、沈阳同时对进，否则沈阳南下部队有被东北解放军层层切断，分别包围歼灭的危险。此外，卫立煌还强调，将主力集中于沈阳，足可以牵制住大量东北共军，从而解救华北的威胁。
1948年2 月初，林彪、罗荣桓指挥东北解放军向辽西、辽南发起猛烈攻势，在东北各据点防守的国民党军队阵脚大乱，各地迭电告急。蒋介石也格外焦虑，再三电令卫立煌派兵解各地守军之围，并打通沈锦线。但卫立煌坚持自己的意见，他认为，解放军的真正意图是围城打援，消灭国民党东北军主力，故不能轻举妄动，上其圈套。所以不管蒋介石的催逼和四周的风云变幻，仍然坚持自己的既定主张，把主力纷纷集中在沈阳附近，一面大力收揽人心，补充兵员和装备，一面加意整军经武，检查督促各部进行军事训练和实战演练。
蒋介石与卫立煌的争论持续了好几个月，其间蒋多次下令卫立煌南下，卫都不肯实行，卫立煌多次派东北要员南下说服蒋介石接受其固守沈阳的计划。最后，蒋介石不得不让步，同意了卫立煌的计划。其实，无论是卫立煌，还是蒋介石，都有一个共同的错觉，以为国民党大兵团集结，解放军无重武器，无攻坚大城市的能力，因而可以固守东北。无论重兵集结于沈阳还是集结于锦州，基本力量解放军是消灭不了的，一旦时机成熟，东北国民党军还可配合关内战场组织反攻。
蒋介石一贯过高地估计自己的力量，过低地估计解放军的力量。
事实上，东北国民党军面临的形势十分严峻。长春已久被东北解放军围困，粮食困难，每日军民需粮300 吨，只能空投110 吨，冬季燃料已完全绝望。若是一旦沈阳陷入相同情况，蒋介石所有的运输机和汽油都无法维持东北这么庞大军队的供给。加上，东北国民党军在东北解放军的连续打击下，将士多无斗志，已丧失了持久作战的能力。以如此饥饿衰疲之师，固守长春、沈阳，岂有不败之理？无论是蒋介石，还是卫立煌，当时都不愿正视这样的事实。
蒋、卫矛盾无疑加剧了东北国民党军形势恶化的速度。