毛泽东迫切希望林彪将开始攻击锦榆线的时间确定下来。然而，林彪的回答使毛泽东和中央军委非常失望。8 月8 日17时，林彪以林、罗、刘名义报告毛泽东说：“傅作义主力目前业已调至锦州、唐山之线，正便于我杨成武部向西袭击。因此我杨成武部能于日内出发西进则更好，否则，亦以愈早出发为好。为了造成杨成武部乘虚袭取归绥。集宁，决令目前在山海关西南之我十一纵，极力威胁山海关、唐山之线，以便吸引傅作义主力。东北主力行动时间，须视杨成武部行动的迟早才能确定。故目前还不能具体确定。”
毛泽东与周、朱、刘、任对林彪的电报进行了研究，认为林彪有些过于谨慎，并斤斤计较，一会儿要求杨成武行动，一会儿又说东北铁路及桥梁被洪水冲断，部队无法南下，现在又提出如杨成武部队能提早出动他才出动，这是不合逻辑的。杨部不出动，铁路桥梁被冲断就是东野的障碍；杨部出动，铁路桥梁被冲断就不成为障碍，哪有这样的道理？东野百万大军的行动，取决于华北野战军一个兵团四五万人先行，这无论如何是讲不通的。
毛泽东等认为，林彪对傅作义的顾虑也是多余的。傅不是蒋的嫡系，与蒋历来互有戒心，傅对自己地盘之外的事从来不愿多管，特别是在本地告急的情况下，更不会冒着被吃掉的危险用主力入关增援卫立煌。
所以，毛泽东收到东总8 月8 日的电报后，并没有改变他的初衷，于8 月9 日连续发出两道命令，要杨成武按原计划于8 月21日西进，9 月10日左右主力开始攻击归绥；要杨得志、罗瑞卿、耿飚部配合杨成武部绥远作战。并重申：在对傅作义作战期间，杨、罗、耿部及杨成武部均归军委直接指挥。
当天，毛泽东又根据中央军委各位同志的意见，给东野领导人起草了一份措词严厉的电报，重申了中央的战略部署，强调目前北宁线正好打仗，部队应迅速行动。他指示说：（一）杨成武部已确定21日由涞源以东出动，以20天行程（9 月10日左右）到达归绥、集宁附近，并开始攻击。
（二）傅作义自己所有的三个军（35军、暂3 军、暂4 军）及各个独立师均位于平绥线及北平附近，并未东去，随时可增援归绥。我军是走路，敌人是乘车或空运，我军走路的20天中可能被敌发觉，使援军先我或稍后到达。故杨罗耿必须向平古、平张配合行动，并须先几天打响，才能保障杨成武攻占归绥、集宁。
（三）你们所说的92军。94军、16军等部是交给傅作义指挥的蒋介石部队，不是傅作义自己的。这些部队的中心任务是保卫平榆、平古、平张、平保诸线，只要杨罗耿向平古、平张行动，除92军外，均将迅速缩回。94军、16军等部均对付杨罗耿，且距锦榆线极远，决不会妨碍你们打锦榆线。94军并无到锦州，第8 军王伯勋部两个师（旅）由秦皇岛经上海到蚌埠，并无回北宁线消息，只有92军确到滦县一带，你们以一部钳制该军，决不会妨碍你们打锦榆。你们不要被敌人的伪装所迷惑，你们应迅速决定并开始行动，目前北宁线正好打仗，你们所谓你们的行动取决于杨成武的行动，这种提法是不正确的。
面对毛泽东的批评，林彪也十分着急，但还是不能确定南下出动的确切时间。8 月11日11时，林彪再次致电中央军委，强调他的理由：“1.我们前几天得到的消息说，94军增加到了锦州，第8 军已回到了唐山以北。但近日又得到这样的消息说，在锦州之54军要开往山东。昨日合众社广播中说，范汉杰部将增援华中。又据报，沈阳敌人7 月29日起宣布戒严，承德敌第4 师有开古北口的消息。据以上情况看来，敌人是将作新的行动，但其具体情况与企图不明，正继续侦察中。如敌人不是打通沈锦路，则也有可能从锦州附近调兵增援华中。2.东北主力数月来均未作战，指战员均甚急迫要求作战，部队随时皆可出动。一但在现在地区，无战机可求，南下则因大军粮食的需要无法解决。向热河运粮，道路甚远，必须利用铁路、汽路。但今年雨水之大，为30年来所未有，铁路、汽路冲毁甚多，近日来雨势更猛。原估计8 月15日左右可修好铁路、汽路、桥梁，以现在雨势来看，能否如期完成仍无把握。我们现在只待郑家屯南北运粮道路修复，雨势稍减（因全军皆无雨具）即可随时出动，决不以杨成武部行动之迟早为标准，但目前对出动时间，仍是无法肯定。”
彻夜未眠的毛泽东读了这份电报后，非常生气，立即提笔对林彪等提出严厉批评，特拟电报，加注粗粗的四个“A ”字。电报说：“关于敌人从东北撤运华中之可能，我们在你们尚未结束冬季作战时即告诉了你们，希望你们务必抓住这批敌人，如敌从东北大量向华中转移，则对华中作战极为不利。关于你们大军南下必须先期准备粮食一事，两个月前亦已指示你们努力准备。两个月以来你们是否执行了我们这个指示一字不提。现据来电则似乎此项准备工作过去两个月全未进行，以致现在军队无粮不能前进。而你们所以不能决定出动日期的原因，最近数日你们一连几次来电均放在敌情上面，并且因此又均放在杨成武是否能提早出动上面。你们6 日19时电，虽曾提到粮食问题，但是你们说‘如杨成武部出动时间能提早，则我们出动时间亦能提早’。你们8 日17时电，则全未提到粮食问题，但说敌情严重，并作出结论说：”东北主力行动时间，须视杨成武部行动的迟早才能确定。‘当着我们向你们指出不应当将南面敌情看得过分严重，尤其不应当以杨成武部之行动作为你们行动的标准，并且同时即确定了杨成武的行动时间以后，你们却说（相距不到三天）’决不以杨成武部行动之迟早为标准‘，而归结到了粮食问题。对于你们自己，则敌情。粮食、而具样样必须顾虑周到，对于杨成武部则似乎皆不成问题。试问你们出动遥遥无期，而令该部孤军早出，傅作义东面顾虑甚少，使用大力援绥，将杨成武赶走，又回到东边来对付杨罗及你们，如像今年4 月那样，对于战局有何利益。你们对于杨成武部采取这样轻率的态度，是很不对的。对于北宁线上敌情的判断，根据最近你们几次电报看来，亦显得甚为轻率。为使你们谨慎从事起见，特向你们指出如上，你们如果不同意这些指出，则望你们提出反驳。“
毛泽东的分析深刻而透彻。
锦州是连接国民党北线中东北和华北两大战区的战略要点。在这场决战中，毛泽东最重要的决策是以极大的决心，选择敌人防御相对薄弱而对全局来说又最关键的锦州作为突破口，实施出其不意的打击，从而取得整个战役的主动。从东北战场局部来看，依次打长春、沈阳、锦州似乎更为稳妥，风险较小。虽说也有一定的困难，但这样打最大的问题是有可能迫使原先处于撤守举棋不一的卫立煌集团拼全力打通北宁线，将主力撤往锦州一带，守住东北通向关内的咽喉要道，进而伺机转用于华北、华东战场。从消灭蒋军有生力量、加速解放战争进程的全局来看，这是很不利的。
从2 月提出“关门打狗”的战略构想，到9 月下旬东北野战军确定攻打锦州，毛泽东不断向东北野战军发出攻打锦州的指示。
看了毛泽东的回电，罗荣桓政委深感不安和自责。他是个原则性很强的人，感到是自己的工作没做好。他告诉林彪，冀热辽地区已准备了一亿斤粮食，汽油和弹药也筹备好了，应该按中央指示立即行动了。但是，林彪对此没有足够的认识和信心，没有很好领会毛泽东的战略意图，只是从东北的局部利益来考虑问题。到9 月初，毛泽东的战略决策更加坚定。
9 月初，中共的领导人云集河北平山县酉柏坡，在这里即将举行中共中央政治局的会议，筹划打倒蒋介石，建立新中国。华北、华东和晋冀鲁豫野战军的领导人都到了，但是远在双城的林彪、罗荣桓，却因忙于筹划南下作战而未能到会。
毛泽东一面主持开会，一面组织指挥作战。
1948年9 月，毛泽东部署了济南战役，切断国民党军南北两战线的战略联系，随即开始组织大规模的战略决战，大决战的初战方向就是东北。
9 月5 日，毛泽东指示东北野战军说：“你们主力不要轻易离开北宁线，要预先设想继续打锦州、山海关、唐山诸点，控制整个北宁线（除平津段）于我手，以利尔后向两翼机动。”并提醒他们说：“你们主要要对付的敌人，目前仍然是卫立煌。因此，你们现以七个纵队又六个独立师位于新民及沈长线是正确的。但在你们未攻锦州以前，长、沈敌人在你们强大兵力威胁下，是否敢于有所作为，还不敢断定，恐怕要在你们打通锦州时，才不得不出动。”
毛泽东给林彪留下了很大的商量余地。他说：“以上是我们对敌情之估计及你们行动之大体设计，希望你们预先加以考虑。具体判明及决定，要在你们打了几部敌人之后。”
大势所趋，林彪不敢再违抗了。9 月6 日，林、罗、刘致电中央军委表示完全同意9 月5 日电的指示。对此毛泽东非常高兴。
9 月7 日，中央军委和毛泽东下了最后决心，作出战略决断，也就是辽沈战役的作战方针，指示东北野战军将主力使用于锦州至唐山一线。电报首先阐述了中共中央对解放战争作出的战略判断：“我们准备五年左右（从1946年7 月算起）根本上打倒国民党，这是具有可能性的。只要我们每年歼灭国民党正规军100 个旅左右，五年歼敌500 个旅左右，就能达到此项目的。过去两年我军共歼敌正规军191 个旅，平均每年95个半旅，每月8 个旅弱。今后三年要求我们歼敌正规军300 个旅以上。今年7 月至明年6 月，我们希望能歼敌正规军115 个旅左右。”而东北野战军的任务是“配合罗瑞卿、杨成武两兵团担负歼灭卫立煌、傅作义两军35个旅左右（7 月杨成武已歼一个旅在内），并攻占北宁、平绥、平承、平保各线除北平、天律、沈阳三点以外的一切城市。”
随后，毛泽东对东北野战军的战略战术作了具体分析。他说：“欲达此目的，战役部署指挥的适当，作战休息调节的适当，是决定性关键。你们如果能在9 、10两月或再多一点时间内歼灭锦州到唐山一线之敌，并攻克锦州、榆关、唐山诸点，就可以达到歼敌18个旅左右之目的。为了歼灭这些敌人，你们现在就应准备使用主力于该线，而置长春、沈阳两敌于不顾，并准备在打锦州时歼灭可能由长、沈援锦之敌。”
为什么要这样部署呢？毛泽东分析：“因为锦、榆、唐三点及其附近之敌互相孤立，攻歼取胜比较确实可靠，攻锦打援亦较有希望。如果你们以主力位于新民及其以北地区准备打长、沈出来之敌，则该敌因受你们威胁太大，可能不敢出来。一方面长、沈之敌可能不出来，另一方面锦、榆、唐诸点及其附近之敌门个旅）则因你们去的兵力过小，可能收缩于锦。唐两点，变为不甚好打而又不得不打，费时费力，这样就有可能使自己陷入被动地位。不如置长、沈两敌于不顾，专顾锦。榆、唐一头为适宜。再则，今年9 月至明年6 月的十个月内，你们要准备进行三次大战役，每次准备费去两个月左右时间，共费去六个月左右时间，余四个月作为休息时间。如果你们进行锦、榆、唐战役（第一个大战役）期间，长、沈之敌倾巢援锦（因为你们主力不是位于新民而是位于锦州附近，卫立煌才敢于来援），则你们便可以不离开锦。榆、唐线连续大举歼灭援敌，争取将卫立煌全军就地歼灭。这是最理想的情况。”
毛泽东在电报最后特别提醒东北野战军：“你们应当注意：（一）确立攻占锦、榆。唐三点并全部控制该线的决心。（二）确立打你们前所未有的大歼灭战的决心，即在卫立煌全军来援的时候敢于同他作战。（三）为适应上述两项决心，重新考虑作战计划并筹办全军军需（粮食、弹药、新兵等）和处理俘虏事宜。”
这一部署表明，毛泽东已把北线作战的突破口，选在了锦州地区，提出了攻锦打援、中间突破、两翼机动的作战方针。这份电报在收人（毛泽东选集）时，被加上“关于辽沈战役的作战方针”的标题，可见其指导作用十分重要。
林彪终于相信毛泽东切断北宁线、“封闭蒋军在东北加以各个歼灭”的战略构想是一着绝妙好棋，他钦佩毛泽东的敏锐眼光和排山倒海般的伟大气魄，经与罗荣桓、刘亚楼研究后，于9 月9 日复电中央军委，表示完全同意军委指示电精神。