此时，东北野战军司令部乘坐的赴锦州前线的装甲列车喷着黑烟和白气，经过通辽向南奔驰。车厢内，林彪坐在那张五万分之一的作战地图前，正在思考着什么。罗荣桓坐在车厢里看着远处村落里的点点星火缓缓地向后移去，看着大地渐渐从黑夜中醒来，金黄和火红的地平线，在湛蓝的苍穹下跌荡起伏，在南下大军急促的脚步声和车轮昂奋的转动中，历史向着黑土地三年战争的终点线轰轰隆隆地冲刺。
到9 月25日，东北野战军已经将锦州地区国民党守军范汉杰集团分割于锦州、锦西、山海关三处，下一步东北野战军进攻的矛头应该首先指向哪里？毛泽东和东北野战军领导人为此思虑再三。
9 月26日，林彪、罗荣桓、刘亚楼致电中央军委：东北我军准备于9 月27日以一部攻歼绥中之敌，一部攻占义县，一部歼高桥、西河口之敌，一部向锦西前进。“义县、高桥解决后，准备接歼锦西。兴城之敌。然后如山海关之敌未逃时，即攻山海关，如敌已逃，则回头打锦州。”
毛泽东于9 月27日复电指示，先打锦州可使我军完全处于主动地位。电报说：“计划极好，惟歼灭义县、高桥、兴城、绥中、锦西五处之敌以后，如能同时打锦州山海关两处，则应同时打两处。如不能同时打两处，则先打山海关还是先打锦州值得考虑。因先打山海关，然后以打山海关之兵力回打锦州则劳师费时，给沈阳之敌以增援的时间；如先打锦州，则沈阳之敌很可能来不及增援，继续陷入麻痹状态（目前已是麻痹状态），我则可以主力移攻山海关、滦县、唐山、塘沽，并且只要有可能便应攻占葫芦岛、秦皇岛，完全肃清锦州、塘沽之线，直迫天津城下，迫使国民党用空运方法从沈阳调兵增防平津。除此以外绝无其他方法增防平津，而空运方法则是很迟缓的，并且是运不完的。这个时候你们全军休整一个月至多四十天（不要超过四十天），然后分为两个集团，以一个集团第一步攻占平承线，第二步攻占平张线，以另一集团攻沈长，如此方使敌人完全处于被动地位，我军则完全处于主动地位。你们现在就应计算到这些步骤。”
毛泽东在发出上述电报后考虑，如果东北野战军拿下锦州，东北的国民党军即将被封闭在关外，而此时济南已经解放，华东野战军正在酝酿举行淮海战役，整个解放战争的进程将大大加快。他经过计算，提出：在战争的第三年（1948年7 月至1949年6 月），人民解放军全军应担负歼敌128 个旅左右，其中东北野战军担负36个旅，华北两个兵团担负12个旅。
9 月28日，林、罗、刘致电中央军委，决心“先打锦州，再打锦西”。29日，毛泽东在为中央军委起草给林彪、罗荣桓。刘亚楼的电报中首先肯定他们的计划公正确的，指出：“先打锦州后打锦西，计划甚好。”
毛泽东要求林、罗、刘注意掌握战役主动权。电报说：“卫立煌赴宁与蒋顾何会商，27日返沈，必是决定接出长春之敌和增援锦州之敌无疑。因卫如不接出长春之敌，则难向锦州增援。……你们是否尚有足够兵力确有把握地于二十天左右时间内歼灭义县锦州锦西三点之敌。我们认为，你们必须将作战重心放在攻占这三点上面，因为这是我们整个战局的关键。如果以现到锦州地区各纵难于在二十天左右时间内攻占三点，则宜从现位沈阳以西各纵中抽调一部加强之，确保迅速攻占三点至少三点中之两点。当然卫立煌亦有不顾长春，仅向锦州增援之可能。假定如此，你们更应于攻克义县之后，力求迅速攻克锦州，否则敌援接近，你们集中全力去打援敌时，锦州锦西两处之敌势必集中一处扰我后路，并使尔后难于歼击该敌。若你们能够迅速攻克义县锦州两点，则主动权便可握在你们手中，否则，你们可能产生像过去半年那样处在长沈两敌之间，一个也不好打的被动姿态。”
毛泽东再次提醒东野领导人：“你们必须估计到打沈阳倾巢援锦之敌时，有好打不好打，打得胜打不胜两种可能性。因此你们是否能取得战役主动权（当然战略主动权是早已有了的），决定于你们是否能迅速攻克三点尤其是锦州一点。只在两种设想之下，你们可以在未占锦州的情况之下，也能获得战役主动权，这即是你们能于沈敌北上迎接长敌时，能打一个极大的胜仗，歼灭敌军十万左右，或者于沈敌援锦时你们也能打一个这样的大胜仗，但是我们不知道确有此种把握否。……此外，我军从9 日出动至今日已二十一天，尚未开始攻击义县，动作实在太慢，值得检讨。”
29日当天，林、罗、刘致电军委：“锦州是敌薄弱而又要害之处，故沈敌必大举增援，长春敌亦必乘机撤退（已是密息证明）。故此次锦州战役，可能演成全东北之大决战，可能造成收复锦州、长春和大量歼灭沈阳出援之敌的结果。我们将极力争取这一胜利。”
毛泽东看到这封电报后十分高兴，于9 月30日复电林彪。罗荣桓、刘亚楼：“决心与部署均好，即照此贯彻实施，争取大胜。”
自从辽沈战役发动以来，大批部队南下，出现了封锁机场等事件，东北野战军前线指挥所仍驻留远离前线的双城就显得不合适了。根据毛泽东指示，9 月30日，林彪、刘亚楼、谭政及由野战军司令部、政治部组成的前线指挥所人员乘火车由双城出发。
东总的列车先北开哈尔滨，在哈尔滨的罗荣桓从一个货站上了车。由于在道里江桥发现国民党特务的潜伏电台，为了保密，列车又朝东南开到了拉林站，然后突然掉头北返，过三棵树江桥，经江北联络线转向滨洲线经昂溪南下。