按照蒋介石的命令，9 月27日，黄百韬开始由徐州附近回返新安镇地区，李弥兵团由徐州地区进到徐州以东运河以西的碾庄、曹八集地区，而邱清泉兵团则由鲁西南退回陇海路徐州以西的商丘、杨山地区。这正是毛泽东早已预料到的。
国民党军的上述变动，给华东野战军歼灭黄百韬兵团的作战增加了难度。粟裕预计，第一仗打黄百韬是个大仗、硬仗。一方面，由于黄百韬兵团已突出于徐州防线的左翼侧，有利于华东野战军抓住歼击该敌。但同时，李弥兵团所到达的碾庄和曹八集地区距离黄百韬兵团所在地新安镇很近，华东野战军一旦发起对黄百韬兵团的攻击，李弥兵团就会很快增援，而在徐州以西的邱清泉兵团也会沿陇海路东进，迅速赴援。这就是说，华东野战军除了要歼击一个主力兵团外，还要同时对付另外两个主力兵团短距离的增援。
因此，华东野战军要南进打两淮，必须首先打掉黄百韬兵团这只拦路虎。而要歼灭黄百韬兵团，又必须能够拦住徐州东援之敌。
根据这一情况，毛泽东及时对华东野战军提出了更为明确的要求。9 月28日12时，他致电饶漱石、粟裕、谭震林并告刘伯承、陈毅和华东局，考虑攻济部队休补，淮海战役规模大，指示华野、中野作好充分的战役准备。
电报说：“黄兵团调回新安镇地区业已证实。你们淮海战役第一个作战，并且是最主要的作战，是钳制邱清泉、李弥兵团，歼灭黄百韬兵团。新安镇地区距离徐州甚近，邱李两兵团赴援甚快。这一战役必比济南战役规模要大，比眼相战役的规模也可能要大。因此，你们必须有相当时间使攻济兵团获得休整补充，并对全军作战所需包括全部后勤工作在内，有充分之准备，方能开始行动。”
电报还设想了淮海战役的持续时间，明确干部会议推迟数天，战役开始时间亦由原定10月10日左右推迟到10月20日左右开始。
但是，由于华东战场敌军的部署重兵密集，便于机动，增援迅速，若要攻歼其任何一部，必须阻碍住敌人的援兵，才能争取歼敌的时间。因此，能否有效地楔人敌人各兵团之间的接合部，抗击增援兵团攻击，是影响战役胜败的关键。
此后数天里，毛泽东一面指挥北线东北野战军对卫立煌集团的决战，一面思考南线华东、中原两个野战军的战略方针和淮海战役的具体部署。
10月11日，毛泽东就淮海战役的作战方针起草致华东野战军并告华东局和中原局电，供粟裕等开作战会议时考虑。电报说：“本战役第一阶段的重心，是集中兵力歼灭黄百韬兵团，完成中间突破，占领新安镇、运河车站、曹八集、峰县、枣庄、临城、韩庄、沐阳、郊县、那城、台儿庄、临沂等地。为达到这一目的，应以两个纵队担任歼灭敌一个师的办法，共以六个至七个纵队，分割歼灭敌25师、63师、cd师。以五个至六个纵队，担任阻援和打援。以一个至二个纵队，歼灭临城。韩庄地区李弥部一个旅，并力求占领临韩，从北面威胁徐州，使邱清泉、李弥两兵团不敢惟全力东援。以一个纵队，加地方兵团，位于鲁西南，侧击徐州、商丘段，以牵制邱兵团一部（孙元良三个师现将东进，望刘伯承、陈毅、邓小平即速部署攻击郑徐线牵制孙兵团）。以一个至二个纵队，活动于宿迁、雅宁、灵壁地区，以牵制李兵团。以上部署，即是说要用一半以上兵力，牵制、阻击和歼敌一部，以对付邱李两兵团，才能达到歼灭黄兵团三个师的目的。这一部署，大体同9 月间攻济打援的部署，否则不能达到歼灭黄兵团三个师的目的。第一阶段，力争在战役开始后两星期至三星期内结束。”
接着，毛泽东设想了第二、第三阶段的具体计划，要求粟裕“以11、12两月完成淮海战役。明年1 月休整。3 至7 月同刘邓协力作战，将敌打至江边各点固守。秋季你们主力大约可以举行渡江作战”。
同时，毛泽东命令中原野战军采取有力行动，钳制华中白崇禧集团，配合华东野战军作战。同一天，毛泽东致电刘伯承、陈毅、邓小平，告之蒋介石已命令郑州孙元良兵团三个师东进，要他们立即攻击郑州、徐州一线，以牵制孙元良兵团。
如何赢得歼灭黄百韬兵团的时间呢？
在西柏坡，毛泽东与周思来等进行了周密的部署，即以一半以上的兵力牵制和阻击歼灭援敌一部，并从西面和北面威胁徐州，使邱清泉。李弥两兵团不敢全力东援，并要求打援部队应在援敌的侧面，即位于徐州的北面、西北面、南面，造成围攻徐州之势，使徐州之敌第一个感觉是我军似乎有意夺取徐州，而不能确切断定我军并非夺取徐州，而是歼灭黄百韬兵团。等到我军对黄兵团攻歼紧急而决定增援时，又发现如不解除南北两侧威胁，则很难赴援。这样就给我军以必要的时间歼灭黄百韬兵团。
一般来说，主力兵团应集中投入于攻歼目标上，毛泽东却在我军有足够兵力，且在敌军兵力集中的情况下，大胆采取了相反的策略。
不过，毛泽东起草的这份电报为淮海战役确定的作战任务，主要是消灭国民党军刘峙集团主力的一部，开辟苏北战场，使山东、苏北打成一片。这份电报上写明了这一点，19ho年出版（毛泽东选集）第四卷时，将反映这一思想的第四点删去了，所以，现在大家看到的（毛泽东选集）第四卷的一封电报中的第四点，应该是电报原文的第五点。电报原文的第四点接下去的一段话是：“邱李两兵团固守徐蚌一线及其周围，使我难于歼击。此时，你们仍应分为东西两兵团。以大约五个纵队组成东兵团，在苏北苏中作战，以其余主力为西兵团，出豫皖两省，协同刘邓，攻取菏泽。开封、郑州、确山、信阳、南阳、淮河流域及大别山各城。西兵团与刘邓协力作战的方法，亦是一部兵力打城，以主要兵力打援阻援，这样去各个歼敌。刘邓因为兵力不足，不能实现如像你们攻济打援战役及淮海战役那样的作战。你们西兵团去后，就可能实现那样的作战。六七两月开封眼相战役就是西兵团与刘邓协力的结果。”
联系淮海战役后来的发展，今天来看这份电报，仍然让人领会到毛泽东的战争指挥艺术的高超。毛泽东能够对战争形势作较准确的预测，同时随着战争形势的不断变化，及时修正完善作战部署。淮海战役是人民解放军在数量上仍处于相对劣势的情况下发动的大决战，此时在淮海地区，人民解放军不仅兵力上劣于国民党军，而且在部署上还没有形成对敌人的决战态势，毛泽东在此后的作战中有意识地谋势造势，一旦有了这种态势，立即下决心与敌人决战。
华东野战军已于10月12日两次致电军委汇报初步作战计划，收到10月11日电后，对毛泽东制定的作战方针表示完全同意，认为这一指示有两大好处：（一）我们兵力规定全部展开避免拥挤，给徐州敌侧背威胁大，增大敌人顾虑，减轻我对敌正面抗击、阻击压力。（二）便于粮食供给和后方交通运输。
10月14日凌晨3 时，窗外北风在呼呼地响着，毛泽东坐在他的办公桌前，脸上没有一丝倦意。桌上放着几份电报，一张地图。他把燃尽的烟放进烟灰缸里，抬起头，向窗外看了一眼，外面仍然是一片漆黑。这一天，正是锦州战役总攻的日子。天渐渐凉了，天亮得也晚了。再过几个小时，在北宁线上作战的东北野战军就要向锦州发起总攻了。此时，毛泽东还顾不得休息，有关淮海战役的作战方针及部署占据着他的脑海。他拿起笔，开始起草中央军委给饶漱石、粟裕、谭震林告中原局的电报，对淮海战役进一步作出详尽而周密的指示：（一）你们12日1 时电部署的缺点是将打援兵力放在正面。而不是放在侧面。你们13日13时电同意我们11日电意见，即可改正此项缺点。其具体部署应以一个强力纵队袭占运河车站，歼灭守敌，控制该地一带；以三个纵队攻占及控制台儿庄及其以南地区，一部直达铁路；以两个纵队攻占临韩（得手后留一个纵队于临韩，直迫贾汪，以一个纵队移至台儿庄及其以西地区）。以上共六个纵队，可由第3 、8 、10、13纵＿渤纵及从韦吉到路北之两个纵队中抽出一个纵队充任；务使邱李援敌感到威胁，不驱逐我侧面兵力，不攻占台儿庄，即无法越运河向东增援，又使徐州城内感受威胁，不得不留李部第8 军驻守。
（二）韦吉的一个纵队南下（不要到滨海去补棉衣，应在现在补棉衣，即从运河车站附近直下维宁），会合留在路南的第u 纵，不要位于宿迁以东，而要位于维宁地区，控制徐宿公路，从南面威胁徐州，使邱李援敌感到如不驱逐韦吉，则无法经难宿东援，同时对于徐蚌线亦起威胁作用，使李部第9 军不敢离开该线。
（三）以第9 、广两纵出鲁西南，会合当地地方兵团，位于丰县、鱼台以西，虞城以北，成武以南地区，从西北威胁徐州，使孙元良部只能对付我第9 、广两纵，而不能到徐州接替李部第8 军守城。
（四）我刘邓主力第1 、3 、4 、9 纵，不日开始攻击郑州，得手后以一部向东，威逼开封，吸引刘汝明全部、孙元良一部西顾。
（五）以上各项部署，都是为着钳制徐州各部援敌，使其第一个感觉是我军似乎有意夺取徐州，而不能确切断定我军并非夺取徐州，而是歼灭黄兵团。等到我军对黄兵团攻歼紧急而决定增援时，又发现如不解除南北两侧威胁，则很难赴援。这样就给我军以必要的时间歼灭黄兵团。至于敌人援军的组成，大概只能使用邱兵团各师。李兵团似难离开徐蚌，因为刘峙不但要对付我军对徐蚌的威胁，而且要防备冯治安孙良诚的可能叛变。孙元良部则可能停留在汴徐线上。
（六）以第1 、4 、6 、7 、11、鲁中等六个纵队再加特纵，负责歼灭黄兵团三个师。这是全战役的中心目标。
（七）除第9 、广两纵应从兖济直出丰、鱼、虞城地区外，其余各部，第一步，先全部开至临沂、梁丘、白彦、邹县之线的展开位置，并休息几天，而不应先后参差不齐；第二步，各按规定任务由该线同时前进。因此，你们不但应等候棉衣、棉花完全到手分配，而且应等候攻济各部的兵员补充及由济南附近开到临沂、邹县之线，因此全军从临邹线向南出动之日期，应推迟到11月5 日至10日之间为适宜。
在电报中，毛泽东要求后勤工作准备（粮食、弹药等）及政治工作准备，力求比较完备周到。
毛泽东以他卓越的战略家、军事家的才能，紧紧抓住了淮海战役首仗成功的关键，即：较主攻方向为多的兵力进逼徐州，造成围攻徐州的态势，以之钳制徐州国民党军主力，使其不能救援黄百韬兵团，从而取得歼灭黄百韬兵团，实现淮海战役第一个目标。
正像辽沈战役把首战矛头指向锦州一样，毛泽东在淮海战场把首战目标始终指向了黄百韬。通过打击歼灭黄百韬，调动和牵制国民党军，掌握淮海战场的主动权。同时，毛泽东的作战指示明确而坚定，具体而周密，使得前线指挥员能够迅速作出连续作战的反映。
毛泽东的这一招的确厉害，简直难坏了“笨将”刘峙。他一直弄不清解放军是要直取徐州还是围歼黄百韬兵团，所以也就一直不敢倾力援救黄兵团，左右为难。直到黄百韬兵团彻底覆灭，他才算真正了解毛泽东的意图，但已经太晚太晚了。