1946年5 月26日，就在林彪率东北民主联军将土撤出四平向松花江北转移途中，中共中央东北局致电中共中央：东北我军经过长期作战，主力甚为疲惫。敌已占领四平至长春线及郑家屯至海龙线。我西满、北满甚为空虚。同时东、西、北满土匪尚未肃清，今又乘虚四起，现敌向我军前进，我甚难作有力抵抗。今后作战方针，请中央指示。
的确是如此，整个解放战争，东北的问题都比关内各战略区快一个节奏。国共双方第二次大规模内战，就是从东北开始的。围绕四平地区长达半年时间的会战，尽管取得了歼灭杜聿明部5 万多人的巨大胜利，但林彪所部却付出了近万人的伤亡代价。更为严重的是，国民党军在以重兵进攻的同时，还派遣大批军统特务到东北各地复活土匪势力，已严重威胁着新生的民主政权。
基于这种情况，5 月27日，中共中央致电林彪和东北局，指出：日前军事任务，除以一部与敌保持接触，用以扰乱及破路外，主力应不怕丧失地方，脱离并远离敌人，争取时间休养补充，恢复元气再行作战。总之，“我党须准备长期作战，最后总是要胜利的。”
34．林彪发誓绝不再让土匪在东北滋长
1946年5 月下旬，在林彪迈着疲惫的步履向北满撤退途中，忽有一天联军总部保卫部门给他送来一份急电：“东北民主联军总部作战科XX副科长携机密文件，叛变投敌……”
电报中还说是在特务的诱使并在一股土匪的接应下，逃跑投敌的……。
四平失利已使林彪这位军事奇才深深感到了不安，此时又发生了自己直接领导的部下投敌叛变之事，更使他感到前所未有的羞愧。林彪平时就少语多思，接到这封电报后，只说了两句话：“岂有此理，东北要想巩固必须消灭土匪和特务。”
东北的土匪历史之久，活动之广，人数之多，都是有名的。八路军、新四军自挺进东北后，为了建立巩固的东北根据地，就开始了清剿土匪的工作。经过1946年上半年的进剿，已将南满和西满大股土匪基本剿灭。但是东北民主联军在四平地区失利后，东北国民党军进攻达到顶峰时，全区的土匪势力迅速反弹，一时间，什么“花蝴蝶”、“草上飞”、“青山好”。“混天珠”、“占天时”、“滚地雷”、“座山雕”之类的国民党特务与当地传统土匪相勾结的股匪，少的几十人，多的成百上千人，总数达20万。这些土匪开始以沈阳、长春、哈尔滨为中心，迅速扩大到东北各地，以北满为最甚。据1946年6 月不完全统计，南满有5 万人，主要活动在通化、沈阳、安东三角地区；西满有万人，曾一度占领瞻榆、泰来等县城；东满有土匪约万人；北满有10万以上，北满近2 ／3 的县城及广大农村掌握在土匪手中。这些股匪经常四处祸害人民，扰乱秩序，袭击东北民主联军地方部队，杀害地方工作人员；特别是佳木斯、牡丹江地区的股匪，乘东北民主联军忙于前线作战、后方空虚之际，先后侵占东宁、东安、同江、萝北等县城，截断牡丹江至佳木斯铁路，企图配合国民党军向北满进攻，一时气焰甚为嚣张。
中共中央东北局、东北民主联军总部连续发出剿匪指令：——1946年6 月1 日：中共中央东北局发出《关于四平战役后东北形势与任务的指示》，把克服东北当前危机、转变危局的中心环节，放在了“彻底剿灭土匪，解决土地问题”上。
——6 月4 日，东北局又根据中共中央6 月3 日的指示，下令东北民主联军“抽调一部分主力分散配合现有的地方武装，带领地方工作队，到处打土匪发动群众，务求彻底消灭彻底挖根”。
——6 月12日，东北局和东总联合发出《关于剿匪工作的决定》，对半年来剿匪斗争作了总结，找出了未能彻底肃清土匪的主要原因，就是“群众未发动，没有造成人民的剿匪运动”，“剿匪部队中缺乏基本的主力骨干”。《决定》还明确了一批主力部队参加剿匪，确定了剿匪兵力部署。要求剿匪部队发扬高度英勇果敢的战斗作风和刻苦耐劳的精神，采取灵活机动的战术，彻底全歼土匪。
——1946年6 月16日，东北局划分各军区建立根据地的区域，并下令各军区切实深入广大农村，发动群众，剿灭特务，根绝匪患。
6 月30日，东北民主联军总部下令成立兵团参加剿匪，以增大剿匪部队的机动性。
7 月1 日，东北局、东北民主联军下令各旅应派出1 ／3 部队参加剿匪和创建根据地的工作。
这些指示表明，东北局和东北民主联军总部剿匪决心很大，措施也很有力。因此，不长时间内就取得了巨大胜利。
从1946年6 月下旬到1947年春止，东北民主联军剿匪部队作战1300次，先后毙俘及收降土匪数万之众，歼灭土匪大小数百股，大部土匪迫于人民军队强大的压力，纷纷四散逃去。正如陈云所说的，不清除这些土匪武装，农民便不敢起来斗争，革命政权就不能巩固，就不可能有东北民主联军后来的胜利。在剿匪作战中，一大批罪大恶极，杀人不眨眼的匪首相继落网。其中包括有着“四大旗杆”之称的东北挺进军第一集团军上将总司令李华堂、外号叫“张黑子”的国民党军第15集团军先遣军中将总指挥的张雨新、外号叫“孙快腿”的国民党军第15集团军第二军中将军长的孙荣久，等等。值得一提的是，还破获了一个由国民党中统和军统特务机关联合派出，专门组织土匪暴乱的东北地区最大的特务集团，逮捕国民党中央执行委员会“敌后工作委员会”东北四省军事委员会的李明信、新编第27军中将军长姜鹏飞、第6 路军第3 军军长崔大刚等人，摧毁了国民党设在北满的策划土匪活动的指挥中枢。这对于彻底消灭土匪起着极为关键的作用。
剿匪作战中涌现过许许多多可歌可泣的颇具传奇性的故事，尤其以杨子荣消灭座山雕最为突出。
杨子荣是山东人，1945年9 月随田松支队从山东进入东北，直开北满的牡丹江地区担负剿匪作战任务。杨子荣先后任牡丹江军区第2 团班长、侦察排长等职，作战机智勇敢，多次出色地完成侦察任务。1946年上半年，第2 团在海林地区杏树林剿匪。当时股匪头子是两个连长，一个叫许大虎，一个叫郭富春，共有400 多人。土匪自恃人多，武器好，筑有坚固的工事，修有两米多高的土围子。村四角还有炮楼，村周围有2 两米多的壕沟，易守难攻，村内还有许多妇女、儿童。作为“尖刀班”班长的杨子荣为了无幸群众免受战祸，冒着生命危险进村劝降敌人。在匪连部，杨子荣机智地发现两个匪连长有矛盾，于是就充分利用土匪内部的矛盾，劝说郭富春反正，从而孤立了许大虎，同时又取得村内群众的支持，迫使匪徒全部缴械投降。杨子荣从此扬名。
杨子荣智取“座山雕”的故事，发生在1947年2 月。“座山雕”名叫张乐山，70多岁，世代为匪，被国民党特务委任为“东北先遣军第二纵队第二支队司令”，是一个作恶多端，狡诈阴险的匪首。牡丹江地区的大部股匪谢文东、孙荣久、张雨新、李华堂等相继被消灭，惟独“座山雕”老谋深算，带着数百名老匪潜藏在海林县夹皮沟深山老林中的蛤蟆塘，昼伏夜出，残害百姓。杨子荣带领孙大德、魏成友、孙立珍、赵宪功、耿宝林等5 名战士，化装成土匪，深人到海林县夹皮沟蛤螟塘，并以他的机智勇敢，取得了土匪的信任。杨子荣一行人历尽艰险，终于进入“座山雕”的老巢地窝棚，出其不意地当场活捉“座山雕”。
由于消灭了土匪，东北人民敢于起来斗争了，革命政权也因此而大大巩固。东北民主联军有了巩固的后方，他们可以对国民党军发动攻势了。