大革命时期入党的老党员，上海市委副书记、副市长潘汉年，曾长期从事对敌地下斗争和统战的领导工作，曾是国共两党第二次合作的联络人，是中共党内最具传奇色彩的人物。1955年，却因“内奸”罪而被判15年徒刑，“文革”中又改判无期徒刑，成为新中国建立后第一个受冤屈的高级干部，可称为共和国第一大冤案。
1906年1月18日，潘汉年出生在江苏宜兴县陆平村。世代是书香之家的潘家，由于不去做官，靠务农，做塾师，自然成为“破落户”。
1911年辛亥革命后，潘汉年的父亲潘莘臣一度被选为宜兴县议员，但仍课读乡里，教育子女。小汉年秉性聪颖，深得长辈喜爱。1919年夏，汉年在宜兴县立第三高小毕业，在林圩祖母吴氏的资助下进彭城中学读书。
中学期间，受“五四”新文化运动的影响，潘汉年十分爱好文学、外语，特别是戏剧，他常扮演穷苦人民的角色，因对生活在社会底层人民有着深厚的感情，他的表演使观众为之动容。1921年他离校投身了革命。
1925年初，在大革命洪流的鼓舞下，潘汉年告别了家乡父老，只身来到大上海，从此开始了新的人生旅途。
到上海不久，潘汉年就被聘为上海中华书局《小朋友》周刊的助理编辑。之后，他参加了创造社，并任《A11》周刊主编。同时，他还和叶灵凤合办了一个小小半月刊《幻洲》。在这两个刊物上，潘汉年发表了一系列战斗檄文，如《原来如此内除国贼！》、《幻想中的OAZO》、《街头闲话》、《对空炉评空话》、《新流氓主义》等。他长于讽刺，善于说理，嬉笑怒骂，皆成文章，在社会上引起强烈反响。他的杂文，一扫当时无聊文人的颓废之气，振奋了青年人，为徘徊中的青年指明了方向。
潘汉年还积极投身于汹涌澎湃的政治洪流。不久，他加入了革命的国民党，为反帝反军阀斗争奔走呼号。1925年夏，上海“五卅”惨案后，潘汉年迅速投入声势浩大的群众示威行列，并写了许多反帝檄文。在这场运动中，他切身感受到共产党人不怕牺牲，勇往直前的革命气概，毅然加入了中国共产党。
1926年底，国民革命军总政治部副主任郭沫若在南昌创办《革命军日报》。邀请潘汉年赴赣担任该报主编兼政治部宣传科长。征得党组织同意，潘汉年赶到南昌，担负这一任务。
他日夜辛劳，把这张军报办得严肃而又富于生气，受到读者欢迎。然而，潘汉年接办报纸数月，由于蒋汪叛变，革命形势急转直下。1927年7月，《革命军日报》随政治部被迫迁到九江。
南昌起义后，新军阀在九江强行接收政治部，潘汉年等只得全部撤出，回上海向党中央报到。
到上海不久，潘汉年被江苏省委任命为“上海文化工作党团”干事会书记。第二年，又担任由中宣部领导的文化工作委员会书记。当时，上海的左翼作家队伍由于反动势力的“围剿”及内部分歧，处于涣散状态。潘汉年依靠党的威望，调动各种积极因素，在短短一二年内，就使“左翼作家联盟”、“社会科学家联盟”、“剧联”等组织先后成立。作为“左翼文化总同盟”，中共党组书记，潘汉年还常活跃在各进步文化团体之间，将文化界各条战线的进步力量有机地联系起来，从而开创了30年代初上海进步文化百花齐放的局面，使国民党反动派手足无措！经过几年革命工作的磨炼，已成为上海文化界的名士。由于工作需要，他西装革履，风度翩翩，不知是谁还给他起了个代号“小开”（上海话小老板的意思）。从创造社的普通一员到小开是潘汉年社会阅历丰富的标志，也是他在革命征程中取得进步的象征。也为他今后在上海开展各种工作奠定了基础。
1931年春，党中央任命潘汉年为“特科”领导人，负责情报及保卫工作。从此，他就成了一个“神秘”的特工人员，长期出没于敌人的心脏地带。潘汉年既做党的秘密工作，又做上层的统战工作。这两项工作，一项是绝密的地下活动，一项是半公开的社会活动。他巧妙地把公开的工作与秘密的工作结合起来，利用与社会人士的公开关系掩护党的秘密工作；
而又隐身地下，联合进步人士组成外围力量，并派同志打入敌人要害部门，刺探情报，于是，潘汉年给人留下了“变幻无常”的形象，然而，正是这一形象才使他有可能在白色恐怖的环境里神出鬼没地活动，并取得巨大成绩。1931年1月，何孟雄、林育南等24位同志被国民党秘密逮捕。当潘汉年侦知这一消息后，冒着生命危险，及时通知江苏省委，要求营救，表现了身为“特科”领导人的潘汉年高度的责任心。1932年，国际进步人士牛兰夫妇被国民党拘捕，引起上海文化界极大愤慨。潘汉年挺身而出，为营救牛兰夫妇四处奔走。他利用合法形式，在汉口老半斋菜馆“请客”，邀集了不少社会名士，如柳亚子、田汉、郑振铎等，商讨联合发表致南京国民党政府函电，表示抗议，从而迫使国民政府释放了牛兰夫妇。潘汉年还与杨度保持着“神秘”关系。据夏衍回忆，1931年深秋的一个晚上，潘汉年带他去法租界会见了一位50多岁的绅士。当时，潘汉年只告诉他：这是一位知名人士，秘密党员，以后可与他保持单线联系。半年后，夏衍在与这位老先生的秘密往来中才知道，他就是曾经拥戴袁世凯称帝的筹安会“六君子”之一的杨度。杨度入党是由潘汉年介绍，经周恩来批准的。这件事，直到周总理临终前才对中央一位同志讲明，而潘汉年至死却没有对人透露此事，严守党的秘密。
1933年夏，潘汉年调任苏区中宣部副部长。他具有丰富的地下活动经验，党中央又派他与十九路军秘密谈判，谋求反蒋抗日。于是，潘汉年虽不再承担“特科”领导工作，但他的活动仍然很“神秘”。1933年10月26日，潘汉年等人代表中央政府和十九路军代表签订了“反日反蒋初步协定”。之后，他又和黄火青出使福州，策动“福州事变”，并和新生的福建政府签订了抗日停战协定、边界交通条约等协议。对打破蒋介石对中央苏区的经济封锁，推动反蒋抗日运动起了一定的作用。1934年1月，福州事变失败，潘汉年被迫撤往香港。不久返回瑞金，继续在中宣部工作。但很快又被派到粤赣边境与广东政府的代表秘密会谈，商讨合作抗日事宜，最后达成关于停战、通商等五项协定。1934年10月，第五次反“围剿”失败，中央红军被迫长征，潘汉年随营远征。第二年1月，党中央为尽快和共产国际取得联系，派潘汉年出使莫斯科。于是，潘汉年就从长征队伍里“神秘”地“失踪”了。他伪装成一个烟贩子，混在一群被红军俘获的烟贩子中间，机智地经过黔、桂、湘、粤四省关隘，经香港顺利回到上海。到上海后，他俨然又是风度翩翩的“绅士”，和宋庆龄及其他一些上层爱国进步人士取得了联系，向他们宣传了中国工农红军北上抗日的革命信念，并为筹备组织救国团体四处奔走。之后，他和陈云同志一起经海参崴到达莫斯科。那时，国共两党关系开始松动。蒋介石认为“剿共”已取得决定性胜利，幻想用“三分军事、七分政治”的方针，以谈判方式改编红军，然后予以彻底消灭。于是，国民党政府下令驻苏大使馆，和中共驻共产国际代表接触，进行试探。因此，中共代表团委派谈判老手潘汉年和国民党大使馆武官邓文仪秘密会谈，商讨停战条件。国民党以胜利者自居，条件苛刻。潘汉年坚持原则，谈判未果。
1936年4月，潘汉年奉命回国和陈立夫、陈果夫洽谈国共合作抗日事宜。为了安全，他和胡愈之取道巴黎，5月初到达香港。在港停留期间，潘汉年利用邹韬奋主办的《生活日报》，大力宣传民众的抗日要求与中共的政治主张，并帮助救国会开展了许多活动。之后他返回上海，致力统战工作。他通过各种关系先与国民党中宣部副部长张冲建立了联系，接着前往南京同陈立夫的代表曾养甫进行秘密会谈。曾要求潘汉年与陕北党中央负责人联系，再进行谈判。于是，潘汉年再回上海，经党组织同意，到陕北向党中央汇报请求工作。
1936年8月，潘汉年从上海经西安进入陕北，赶到瓦窑堡，向党中央汇报了在莫斯科与共产国际和中共代表团联系的情况；同时汇报了和国民党方面的接触情况，并详细介绍了香港、上海方面爱国运动的发展情况。9月下旬，党中央命潘汉年回上海担任中共上海办事处主任，继续从事统战工作。回上海后，他一方面在宋庆龄、沈钧儒等爱国人士中间大力开展工作，为推动上海各界抗日救亡运动奔走，另一方面又和国民党方面秘密接触，商讨合作事宜。潘汉年再次找到张冲，经周密安排，他和陈立夫在上海沧州饭店进行了一次“神秘”会谈。潘汉年拿出了周恩来致国民党的信，并口头转达了中共中央起草的国共两党抗日救国协定草案。但因陈立夫缺乏诚意，谈判未有实质性进展。此后双方多次秘谈，均不欢而散。在谈判中，潘汉年既坚持原则，又机智灵活，尽管未取得重大突破，但为后来的谈判准备了条件。
“西安事变”后，国共和谈出现新转机。不久，陈立夫就派人把潘汉年请到南京，紧急商谈。潘汉年向他申明了我党关于和平解决的方针，并希望南京方面积极响应，万万不可做出亲痛仇快的事。这次会谈使国民党方面下决心派宋子文、宋美龄等飞往西安，参加谈判。之后，潘汉年又奉党中央之命，多次往返宁沪，为国共高层次会谈穿针引线。“八·一三”抗战后，潘汉年改任“八路军驻沪办事处”主任。他利用“八办”的合法身份，积极开展救亡斗争，把上海各种爱国群众团体有机地统一起来，组成了一个强大的抗日救国阵线。他还通过夏衍团结了一批文化人、新闻记者、作家，创办了《救亡日报》，组织出版了许多刊物。同时，他还一如既往地进行秘密活动，派遣同志打入敌特机关，广泛搜集情况。
1937年冬，上海沦陷，“八办”被迫转入地下，潘汉年撤往香港，继续从事文化、情报活动。他利用各种关系，巧妙地安排宋庆龄、何香凝和救国会、文化界名人安全离沪，转移到香港或大后方，并迅速建立起香港情报网，把抗战信息传送给党中央及地方党组织。他还一度驰往武汉，向周恩来汇报工作。在武汉期间，潘汉年展开高超的统战才能，为党积极寻找内线，搜集情报。
1938年9月，潘汉年到延安任中共中央社会部副部长。
已习惯白区生活的潘汉年奈不住后方的“寂寞”，常到城工部研究敌占区工作问题，并不时到中央党校、情报训练部讲课。
丰富的实践经验和杰出的演讲才能，深受广大听众欢迎，董慧是他的一位热心听众。她本是香港富商的千金，在抗日热潮下，她舍弃舒适的都市生活，来到延安。在与潘汉年接触过程中，她逐渐产生了爱慕之情，不久他们结为终身伴侣。
1939年，潘汉年夫妇奉命回港从事情报工作。他们的情报据点主要在香港和上海，董慧以银行职员身份为掩护，负责传递情报、筹措经费，潘汉年则常往来于港沪之间。1941年底，太平洋战争爆发，日委与潘汉年，迅速从上海转移到淮南抗日根据地去。1942年11月初，潘汉年在安排江苏省委机关同志安全转移后，才与刘晓、王尧山等人向淮南进发。途中，他装成一阔绰商人，西装革履，俨然洋派经理模样。从上海乘火车到镇江，一路上盘查很严，但潘汉年一行坐在华贵的二等车厢里，没受到检查。到达镇江后，潘汉年马上和当地特工站负责人取得联系，在他们帮助下顺利通过各道关卡，安全到达目的地。
在淮南工作期间，潘汉年担任华中局社会部长、联络部长等职，主要负责上海、南京一带敌占城市的对敌隐蔽斗争。
他坐镇小王庄统一部署，全盘规划，在宁、沪、淮间，建立了一个秘密交通图，使许多重要情报经过分析、研究后及时告之党中央及其他部门。1943年秋，被饶漱石派到上海调查日伪军在江南的清乡计划和具体部署。潘汉年发动情报人员，查知汪伪江苏省长李士群有观望之态，便经党中央同意前去做策反工作。李士群原先也是共产党员，曾任过周恩来的警卫员，但他后来被捕叛变成为汪伪特工头目，臭名昭著的“七十六号”魔窟就是他一手操作的。他深知汪伪政权不稳固，于是四面观望，左右逢源。在潘汉年反复劝导下，李表示愿意将功赎罪，并详细介绍了敌伪清乡部署情况。此外，李士群说汪精卫的南京政府并不巩固，极想拉拢共产党组织一个参议会，猎取政治资本，叫潘去见汪精卫。当时潘汉年考虑到李还有利用价值，只得答应考虑考虑，这时，李士群对手下一使眼色，潘马上就被挟持到汽车里，直奔汪公馆。潘汉年是国共谈判老手，不管“蒋记”或“汪记”国民党，均扯得十分清楚，他一口回绝了汪的许愿。潘汉年回到根据地，准备向华中局饶漱石汇报此事，但他看到当时“抢救运动”中乱整人的现象，于是暂时把这事压了下来。
1944年底，潘汉年奉命北驰延安，参加了党的第七次代表大会。1945年8月，他又急赴东北，从事苏占区接管工作。
1946年初，潘汉年再度南下，继续开展情报、统战活动。他充分利用他在上海的活动基础，从容斡旋于各派人士之间，把许多绝密情报巧妙地送到中共代表团机关所在地“周公馆”，因此获得“潘汉年的消息实在灵通！”的美誉。内战爆发后，潘汉年撤到香港。在香港设立了秘密电台和“流动办公室”，有条不紊地安排港、沪情报工作，为解放战争作出巨大贡献。
1947年，在全国人民反内战、反饥饿、反迫害运动中，各民主党派人士纷纷到香港从事组织活动。潘汉年随即投入紧张的统战工作，为共商反蒋救国大计奔走。凭着党的威信和个人才能，他将一批批民主人士争取过来，大大孤立了国民党反动派。1948年末，根据中央指示，潘汉年不顾敌特的破坏和港英当局的阻挠，排除万难，分批将民主人士等350余人，从海路安全送到华北解放区，参加新政治协商会议的筹备工作。另外，他还亲自部署了国民党资源委员会、上海海关和中国、中央民航在港员工起义，从而为新中国提供了一大批宝贵财富。在香港他广泛联系文化人，支持创办了《华商报》、《文汇报》，并在香港组织义演，为革命活动筹集大笔资金。
1949年5月5日，潘汉年按党中央的号召与夏衍、许涤新等人一同抵京，毛泽东、周恩来先后接见了他们。潘汉年在上海有良好的活动基础，党中央决定派他到上海工作。临行，周恩来满怀希望地对他说：“上海即将解放，中央决定派陈毅当市长，你要当好陈毅的助手，做好各方面工作。”
1949年5月28日上海解放，陈毅任市长，潘汉年任副市长、市委第三书记、华东局统战部副部长兼上海市委统战部长。当时，上海还处在混乱之中，整顿社会秩序、净化社会环境成为人民政府的当务之急。在陈毅市长的支持下，潘汉年先向流氓势力开了刀。他擒贼先擒王，派人向黄金荣讲明政策：只要他坦白认罪，不再包庇徒子徒孙，破坏社会治安，便可得到宽大处理。那时年过八十的黄金荣，只求安度晚年，于是欣然接受这个条件。1951年5月20日，上海《新闻日报》在醒目位置，刊登了《黄金荣自白书》。黄金荣交待了自己在旧社会的种种罪行，并告诫门徒改恶从善。这篇声明轰动一时，使有恃无恐的流氓歹徒失去了后台，再不敢横行霸道，上海从此秩序井然。
同时，潘汉年还着手治理“三鸟”之害。“三鸟”即赌博、嫖娼、吸毒。取缔赌场、禁止吸毒较简单，取缔妓院则十分复杂，因为这牵涉到大批妓女的善后处理问题。潘汉年多次召集妇女干部，共同研究办法，不久大多数妓女找到正当出路：有的回家，有的嫁人，有的当了工人。一时传为美谈。
为尽快恢复上海经济秩序，潘汉年协助陈毅市长在工商界开展活动，他陪同陈市长召开上海工商界上层人士的座谈会，说明党的政策，争取早日恢复生产。并要求挟资到香港的资方人士回上海开办企业。在党的政策感召下，本有疑惧心理的资本家，陆续恢复生产，当时党内一些干部，怕与资本家接触，怕人说阶级立场不稳。于是，潘汉年对这些干部进行了耐心教育，在党的会议上再三强调统战政策。他认为要团结工商业者，先要接近他们，加强相互了解。据刘靖基回忆，在盛康年同志特意安排的一次家宴上，他第一次见到了潘汉年，起初甚感不安，但“看到潘副市长像我们一样穿着便衣，讲着上海话，谈笑风生，平易近人”，紧张情绪顿消。
潘汉年还经常深入基层，开展群众工作。当时，上海有时发生劳资争议，严重时工厂被迫停工。潘汉年往来于劳资之间，一边做工人的思想工作，一边对资方进行开导。不但稳定了上海工商业生产，而且使广大商界人士对“发展生产、繁荣经济、公私兼顾、劳资两利”的方针有了深切了解。
1950年2月6日，美蒋飞机突然对上海杨树浦发电厂进行轰炸。陈、潘两位市长不顾生命危险，亲临现场视察被炸情况，指挥电厂抢修，很快使电厂恢复生产。“二六轰炸”事件是美蒋蓄意破坏上海生产的罪恶行径，然而后来竟有人嫁祸潘汉年，是他用秘密电台把敌机招来的。在文教方面，潘汉年不但规划了高校建设，还经常召集高教界代表人士进行座谈，定期到高教协会作报告，认真体察知识分子的生活、思想状况。到现在，还有一些知识分子念念不忘潘副市长对他们的关怀和照顾。
在解放初期的几次政治运动中，潘汉年是陈毅市长的得力助手。1951年春，上海发动了“镇压反革命运动”，两位市长把握“稳、准、狠”的政策，仔细鉴别，使运动得以健康发展，基本上做到不放过真正的敌人，不冤枉一个好人，使社会治安明显好转。之后，潘汉年又负责“清理中层”工作。
解放初期，我党对大批从国民党政府留下来的公务人员，采取包下来的政策，留用各机关，这对于稳定人心，减少失业，是一个合理措施，但另一方面，因没经过审查，因此极有必要进行清理。潘汉年本着“救人”的原则，对他们进行认真清理，取得良好效果。“三反、五反”运动中，潘汉年又分管“五反”，对象是工商业者。他坚持“五反”、生产“两不误”的方针，一面要求资本家以国家和人民的利益为重，对违法工商业户加以制裁，另一面支持已清除了“五毒”的资本家，“各安其位”，努力从事利于国计民生的生产事业。
1953年春，中共中央正酝酿召开第一届全国人民代表大会及党的八大，考虑国家体制、中央及国家领导机构人选调整的问题。然而此时发生了高岗、饶漱石搞反党分裂活动的严重事件。高岗和饶漱石以为争夺党和国家最高领导权的机会到了，在1953年夏的全国财经会议上，高岗散布谣言，攻击刘少奇、周恩来，制造党内纠纷。会后，他又以休假名义到华东和中南活动，企图在一些高级干部中煽动对中央的不满情绪，饶漱石则配合高岗进行反刘少奇的活动。中央和毛泽东发现了高岗等人的不正常表现，并在1954年2月召开七届四中全会，批判了高岗等人的问题，并通过了《关于增强党的团结的决议》。之后，中共中央书记处分别召开了关于高岗问题和关于饶漱石问题的座谈会，揭发和对证他们阴谋活动的事实，同时对他们进行教育挽救。但是高岗以自杀自绝于党和人民。1954年3月，在党的全国代表会议上通过《关于高岗、饶漱石反党联盟的决议》，开除了高岗、饶漱石的党籍并撤销他们所担任的一切职务。因饶漱石曾任华东局书记分管华东暨上海市的公安工作，于是审查饶漱石时便涉及到了上海公安局副局长杨帆和曾分管上海公安局工作的副市长潘汉年。于是一些捕风捉影的人便认定潘汉年、杨帆与饶漱石有“反革命”关系，开始把矛头指向潘、杨二人。
凭着长期地下隐蔽工作积累的经验，潘汉年已察觉到灾难到来前的血腥味。但他坚信自己是清白的。不久，他到北京参加党的全国代表会议。他决心把事情说清楚以证明自己的清白，然而他万万想不到，这次北京之行便是他悲剧的序幕。
1955年3月15日夜，潘汉年乘北上列车参加党的全国代表会议。
到了北京的潘汉年急于找人诉说。因为有一件事常使他不安，那就是1943年秋被李士群挟持去见汪精卫的事。其实，一个绝好的解释机会，他没有抓住。1944年，潘汉年到延安参加党的“七大”，在杨家岭见到毛泽东。那时，毛泽东正在看文件，见到潘汉年，毛泽东十分高兴，两人握手后，毛泽东顺手从旁边书架上拿了一瓶酒，倒了一杯给潘，然后举起杯子祝贺潘工作的胜利。这本是极好的解释的机会，但潘汉年几次欲言又止，终于没有把事情说出来，离开延安后，他十分后悔。事后潘汉年对朋友说，是因为小资产阶级的爱面子和个人英雄主义使他把要说的话吞了回去。
潘汉年到了北京后，鼓足勇气，向中央负责人交代了1943年见汪精卫这件事，他态度诚恳，十分痛心地深刻检讨，然而，他的一片真诚并没有得到党的谅解，那位负责人十分怀疑地盯着他。
4月3日，潘汉年在北京饭店被公安部长罗瑞卿宣布实行逮捕审查。
之后，他被带到公安部看守所功德林监狱，监狱管理人带潘汉年走进一间单人牢房，沉重的铁门打开后，潘汉年一看，房间有15平方米左右，一张单人沙发床，桌子及椅子，地上铺着地毯，墙角还有抽水马桶与洗脸池等，房里有暖气。
管教人员毫无表情地说：你就住这里，墙上贴有注意事项，身上有什么小刀、钥匙之类的金属器具，交给我们保存。有什么要求和需要，随时向我们提。他说完便锁上门走了。潘汉年站在屋里，刚才的情景一幕幕在他眼前闪过，在短短的时间里，他就从一名副市长变为囚徒，从一名共产党员变为“反革命分子”。潘汉年只觉得心口隐隐作痛，有一种被人出卖的感觉。
潘汉年的消失并没引起多大震动，因为潘汉年是被秘密逮捕的。当时，亲属和朋友都认为他又去执行什么特殊任务。
在潘汉年被捕之前，上海市公安局副局长杨帆也被关押。
这就是骇人听闻的“潘杨案”，潘、杨之所以被联系在一起，是因为潘汉年在淮南工作时，杨帆被指控为“内奸”关押在新四军军部，“杨案”审理人员潘汉年以极强的责任心，对此案认真调查后，断定杨无罪，并给他亲切鼓励，后杨帆因查无实据被释放。然而这段往事却被阴谋家们作为潘杨勾结的证据。至于潘杨究竟犯了何罪，当时没有公布，也没有公开审问，更无律师辩护，直到1958年7月18日，在上海《解放日报》的一篇社论上才透露出一点消息。该社论说：
“在揭露胡风反革命集团以后，党曾提出，钻到我们党内的绝不限于胡风反革命集团的一些人，还有其他反革命分子、阴谋家、阶级异己分子等。已逮捕审判的反革命分子潘汉年，就是其中的一个。我们要求严惩罪大恶极的反革命分子潘汉年、胡风……”
直到1982年中共中央为潘汉年平反时，才真相大白。他的主要“罪状”是：
第一，1936年在国共谈判中“投降国民党”。
第二，“投靠日本特务机关”。
第三，“掩护大批特务、反革命分子”。
第四，“供给敌人情报，导致二六轰炸”。
已成为“内奸”的潘汉年被囚禁在那间布置舒适的监房里，每日的“工作”便是写材料，有自己的，也有别人的，时间一天天过去了，在铺着地毯的监房里，潘汉年内心十分孤独，材料也不知写了多少遍。慢慢地，潘汉年开始思索，这究竟是一次错误还是别有用心的人的阴谋？当夜深人静时，他会想起过去的岁月，想起朋友和妻子。他哪里知道，由于受他的牵连，妻子董慧也被关进了监狱：曾经和他工作过的、甚至有点联系的人也被关押、审查。潘汉年一案株连的人数远远超过了同期的“胡风反革命集团”。
在设备齐全，食物不菲，地上又铺着地毯的监房里，潘汉年的内心却十分孤独和寂寞。百无聊赖之际，他便用纸和笔抒发自己的情怀。一个除夕之夜，听着远处的鞭炮声，他挥毫写了《岁暮念妻》：
纵然废弃在人间，塑料原材岂等闲。
十里相思知何处，几年隔绝梦巫山。
黄昏人影伶仃瘦，夜半铁窗风雪寒。
又是一年终岁暮，难忘往事走延安。
同时期，他还写了“倘有罪千般，当先有见闻”、“天摇地动倒流水，但愿冬寒化早春”等诗句，对自己无端被关押感到愤慨。
1963年6月，最高人民法院对监禁了8年的潘汉年作出终审判决，以“内奸”罪名判处有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。
判刑后不久，潘汉年被“假释”出狱。夫人董慧比他早出狱一年，这对患难夫妻久别重逢，悲喜交集。不久，他们被安排到北京郊区的田河农场劳动，但可以种花、钓鱼，可到市内探亲访友。但他们怕连累别人，一直没有进城。董慧在农场植棉，专心研究植棉技术，她的双手磨破了皮，磨出了血，但她从不吭声。对妻子的举动，潘汉年十分理解，这么多年的监禁生活，妻子有多少话语要向人倾诉，但看到丈夫的苦痛，她不愿再去加深他的痛苦。她只有借种棉花来医治内心的创伤。
这时，十年浩劫“文化大革命”到来了。
1967年6月的一天，董慧来到好友唐瑜家，神情淡漠。说他们要搬到小温泉去，给唐瑜和孙师毅的小孩两盒饼干。在给师毅的包里挟了一张便条，写着：你家的事我已知道了，我们后天就要搬到小温泉去。让我再给孩子们买一次糖果吧！希望他们健康长大。我们今生恐不能再相见了。
6月22日，潘汉年夫妇又被关进了秦城监狱。
潘汉年对自己入狱已有所了解，他知道有人不会放过他们夫妻二人，那就是江青，因为江青丑恶的历史被他知道了，而且，董慧还是江青抗大的同学，对她的好出风头的轻薄行为还进行过劝说，如今，江青权倾朝野，当然不会放过那些曾有“罪”于她的人。狱中的看守按主子的意图，决心要从潘汉年身上打开缺口，不分昼夜的审讯，稍有反抗便拳脚相加……5年的审查，没有发现什么“新罪状”、“新问题”，但江青等人不会善罢干休，“反革命分子”潘汉年又被打成“右倾机会主义”。她们利用手中的权力，未经任何法律手续，便改判潘汉年为无期徒刑，永远开除党籍。江青、康生等人想亲眼看着潘汉年被慢慢地折磨，痛苦地死去。还妄想有一天，潘会低头向他们屈服，写出一些“反革命分子”的名单来。
1975年5月，潘汉年终于走出秦城监狱，董慧也随着出狱。他俩被发配到湖南劳改农场，在那里，潘汉年夫妇度过了最后岁月。
农场的领导和群众对来改造的年老夫妻议论纷纷，他们猜测是上面的“大人物”。农场领导把他俩安排在一间20平方米的屋里，屋里除了木床，还有桌、椅。场员们还尊敬地称他们为“俩老”。潘汉年已近七旬，多年折磨使他患了多种疾病，基本上失去劳动能力，生活不能自理。董慧为照顾潘汉年，与他一起来到农场，而不是去香港。潘汉年每天提着一只竹篓，到农场的木料场捡碎木片。冬天，他蹒跚地到外面散步、买菜。他总是谦让温和，见人笑嘻嘻。他每天打太极拳，读一些书。潘汉年夫妇没有子女，就给场里的孩子讲故事。董慧还给保姆的女儿补习英语。
1976年10月，粉碎“四人帮”的消息传到了农场，人们奔走相告。潘汉年说：“我早知道江青是坏人，但过去不敢说。”
潘汉年动手给党中央写了申诉信，要求平反，撤销原判，恢复名誉。但由于当时中央领导仍坚持“两个凡是”，使潘汉年夫妇的希望落空了。潘汉年的病情也渐渐加重，潘汉年肝区有病变，下肢浮肿，不思饮食，到3月份已经卧床不起。
1977年3月24日，潘汉年被人抬进救护车，送到长沙省立医院第二附属医院第十四病室治疗。临别，他安慰董慧：
“我一定要回来的。”潘汉年入院时用了“肖淑安”的名字，这是他曾用来迷惑敌人的化名。4月14日，在董慧要求下，她被允许看望潘汉年。就在当日下午7时54分，因多囊肝并消化道出血、慢性支气管炎、肺气肿等多种疾病，医治无效，潘汉年终于含冤病逝，终年71岁。他在临终前没留下任何遗言。
27日，潘汉年的遗体在长沙火葬场火化，骨灰被埋放在长沙市火葬场金盆岭西侧半山腰墓地。墓碑上写着：“肖淑安之墓，1977年4月14日病故，妻董慧立。碑号：77—625。”
潘汉年这位“隐姓埋名”的英雄，直到他被埋在地下时，英名仍不能见天日！
两年后的1979年2月24日，董慧因高血压脑溢血病故于农场职工医院。据董慧的保姆说，董慧在潘汉年去世后曾说了一句话：他将来会复活的。
1982年8月23日，中共中央发出通知，为潘汉年平反昭雪，恢复党籍，追认他的历史功绩，公开为他恢复名誉。董慧的话终于说中了。
党中央在通知中指出：“潘汉年同志几十年的革命实践充分说明，他是一位坚定的马克思主义者，卓越的无产阶级革命战士，久经考验的优秀共产党员，在政治上对党忠诚，为党和人民的事业作出了重要贡献。”含冤27年的潘汉年终于重见天日！
1983年4月15日，潘汉年夫妇的骨灰从湖南长沙送到北京八宝山革命公墓安放。